質問し合うと、お互いの理解が進むが、虚勢の人は、質問を受けると無知があからさまになる側面がある。

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１）実際に RNA-seq、ChIP-seq に用いた細胞株／マウス系統が論文記載、公共データベース登録内容と異なっている

（調査結果）
論文や公共データベース登録内容に基づくと、これらの解析に用いている細胞株はCD45+細胞、TS 細胞を除いて 129xB6 ヘテロ系統マウス由来であり、挿入されている GFPのタイプは CAG もしくは Oct4 である。しかし、ChIP-seq input データの解析から、FI幹細胞は Acr-GFP/CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統、CD45+細胞は Oct4-GFP が挿入された B6 ホモ系統、STAP 細胞, STAP 幹細胞は CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統由来であることが強く示唆された。一方 RNA-seq (Truseq)データの解析からは、FI 幹細胞は Oct4-GFP が挿入された B6 ホモ系統、CD45+と STAP 細胞は CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統、STAP 幹細胞は Acr-GFP/CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統由来であることが示唆された。このように、RNA-seq における FI 幹細胞ではマウス系統が論文記載のものと異なっており、また ChIP-seq における FI 幹細胞、STAP 幹細胞では論文には記載のないAcr-GFP/CAG-GFP が挿入された細胞が用いられている。これらの実験は全て小保方氏によりサンプル調製がされているため、どのようにサンプルを用意したのかを中心に聞き取り調査を実施したが、その当時あった細胞を集めて用意したとの説明しか得られず、ノート等の記載も見当たらないため詳細は不明であった。

データです。
①論文や公共データベース登録内容に基づくと、これらの解析に用いている細胞株はCD45+細胞、TS 細胞を除いて 129xB6 ヘテロ系統マウス由来であり、挿入されている GFPのタイプは CAG もしくは Oct4 である。
②しかし、ChIP-seq input データの解析から、
③FI幹細胞は Acr-GFP/CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統、
④CD45+細胞は Oct4-GFP が挿入された B6 ホモ系統、
⑤STAP 細胞, STAP 幹細胞は CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統由来であることが強く示唆された。
⑥一方 RNA-seq (Truseq)データの解析からは、
⑦FI 幹細胞は Oct4-GFP が挿入された B6 ホモ系統、
⑧CD45+と STAP 細胞は CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統、
⑨STAP 幹細胞は Acr-GFP/CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統由来であることが示唆された。
⑩このように、RNA-seq における FI 幹細胞ではマウス系統が論文記載のものと異なっており、また ChIP-seq における FI 幹細胞、STAP 幹細胞では論文には記載のないAcr-GFP/CAG-GFP が挿入された細胞が用いられている。これらの実験は全て小保方氏によりサンプル調製がされているため、どのようにサンプルを用意したのかを中心に聞き取り調査を実施したが、その当時あった細胞を集めて用意したとの説明しか得られず、ノート等の記載も見当たらないため詳細は不明であった。

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