考察学とみ子
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さて、続きです。 >> After the above three SNP clusters reflecting parental heterogeneity are excluded, the remaining 1,290 SNP alleles that distinguish FES1 and FES2 are supposed to have accumulated at or after establishment in 2005. Regarding these SNPs, STAP cell lines FLS3 and CTS1 and 129/GFP ES cells are nearly identical, but differ slightly from FES1 (at 30% of these alleles), suggesting that STAP cell lines FLS and CTS were derived from a sub-stock of FES1 ES cells. どんな由来の細胞なのかという証拠能力に関する検討は一切ないわけでした。証拠能力に関するお話は以下が分かりやすいですかね。 https://www.youtube.com/watch?v=7ZHjfAaRLAk この件は取り敢えず離れて、BCA報告論文の論旨を追いましょうかね。 今F1に関する問題だけを追っていて、この件の本文は上記で終わりですが、この分析に関するサプリ情報があって以下ですね。 >> Whole-genome sequencing and SNP identification We used the TruSeq DNA PCR-Free LT Sample Prep Kit for sequencing library construction using a standard protocol. The insert size of the STAP cell lysate sample is 350 bp and the other 14 samples are 550 bp each. We performed paired-end 150 bp sequencing for each DNA sample using 2 flow cells in the rapid-run mode of a HiSeq 2500 sequencer. We aligned paired-end sequence tags to the GRCm38 (mm10) mouse reference genome using BWA software4 (ver. 0.7.10) with “-n 0.02” option for the bwa aln command and “-a 2000000” option for the bwa sampe command. Raw data are available at DDBJ DRA (accession: DRA002862) (http://trace.ddbj.nig.ac.jp/DRASearch/submission?acc=DRA002862). After filtering properly mapped tags and then removing PCR duplication with SAMtools (ver. 0.1.19), we identified SNPs from the aligned sequence data using SAMtools Mpileup and BCFtools (ver. 0.1.19) with default options. We also identified reliable SNVs including heterozygous alleles from aligned sequence data that satisfied the following criteria using SAMtools Mpileup after filtering the properly mapped tags. (1) Sequence coverage > 20. (2) At least 25% of reads supported alternative alleles that differed from the B6 reference sequence. For comparison to 129/Sv SNPs, we used commonly called SNPs in 129P2/OlaHsd (EMBL ENA: ERP000034), 129S1/SvImJ (EMBL ENA: ERS076385), and 129S5SvEvBrd (EMBL ENA: ERP000036) but not called in C57BL/6NJ (EMBL ENA: ERS076384) provided by the Wellcome Trust Sanger Institute (http://www.sanger.ac.uk/resources/mouse/genomes/).
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本庶先生の解説を別立て記事としました。 (09/19)
桂報告書の17頁には、「意図的な捏造であったとまでは認定できない」「意図的な捏造との確証を持つには至らなかった」「捏造に当たる研究不正とは認められない」と、3回もダメ押しをしています。 (09/18)
チップセック実験は、STAP細胞、FI幹細胞、STAP幹細胞、ES,TS, CD45細胞と、主役の細胞が姸を競うデータです。 (09/16)
ES混入前の実験か、ES混入後の実験かを、それぞれ区別して読み比べて行くことで、STAP論文理解が深まると思います。 (09/14)
外交官や権力者が発するなまの「せりふ」が書かれた記事がおもしろい。 (09/09)
最新コメント
一言居士:桂報告書の17頁には、「意図的な捏造であったとまでは認定できない」「意図的な捏造との確証を持つには至らなかった」「捏造に当たる研究不正とは認められない」と、3回もダメ押しをしています。 (09/21)
一言居士:桂報告書の17頁には、「意図的な捏造であったとまでは認定できない」「意図的な捏造との確証を持つには至らなかった」「捏造に当たる研究不正とは認められない」と、3回もダメ押しをしています。 (09/21)
一言居士:桂報告書の17頁には、「意図的な捏造であったとまでは認定できない」「意図的な捏造との確証を持つには至らなかった」「捏造に当たる研究不正とは認められない」と、3回もダメ押しをしています。 (09/21)
一言居士:桂報告書の17頁には、「意図的な捏造であったとまでは認定できない」「意図的な捏造との確証を持つには至らなかった」「捏造に当たる研究不正とは認められない」と、3回もダメ押しをしています。 (09/21)
一言居士:桂報告書の17頁には、「意図的な捏造であったとまでは認定できない」「意図的な捏造との確証を持つには至らなかった」「捏造に当たる研究不正とは認められない」と、3回もダメ押しをしています。 (09/20)
一言居士:桂報告書の17頁には、「意図的な捏造であったとまでは認定できない」「意図的な捏造との確証を持つには至らなかった」「捏造に当たる研究不正とは認められない」と、3回もダメ押しをしています。 (09/20)
一言居士:桂報告書の17頁には、「意図的な捏造であったとまでは認定できない」「意図的な捏造との確証を持つには至らなかった」「捏造に当たる研究不正とは認められない」と、3回もダメ押しをしています。 (09/20)
一言居士:桂報告書の17頁には、「意図的な捏造であったとまでは認定できない」「意図的な捏造との確証を持つには至らなかった」「捏造に当たる研究不正とは認められない」と、3回もダメ押しをしています。 (09/20)
一言居士:桂報告書の17頁には、「意図的な捏造であったとまでは認定できない」「意図的な捏造との確証を持つには至らなかった」「捏造に当たる研究不正とは認められない」と、3回もダメ押しをしています。 (09/20)
一言居士:桂報告書の17頁には、「意図的な捏造であったとまでは認定できない」「意図的な捏造との確証を持つには至らなかった」「捏造に当たる研究不正とは認められない」と、3回もダメ押しをしています。 (09/20)
一言居士:桂報告書の17頁には、「意図的な捏造であったとまでは認定できない」「意図的な捏造との確証を持つには至らなかった」「捏造に当たる研究不正とは認められない」と、3回もダメ押しをしています。 (09/20)
一言居士:桂報告書の17頁には、「意図的な捏造であったとまでは認定できない」「意図的な捏造との確証を持つには至らなかった」「捏造に当たる研究不正とは認められない」と、3回もダメ押しをしています。 (09/20)
一言居士:桂報告書の17頁には、「意図的な捏造であったとまでは認定できない」「意図的な捏造との確証を持つには至らなかった」「捏造に当たる研究不正とは認められない」と、3回もダメ押しをしています。 (09/20)
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一言居士:桂報告書の17頁には、「意図的な捏造であったとまでは認定できない」「意図的な捏造との確証を持つには至らなかった」「捏造に当たる研究不正とは認められない」と、3回もダメ押しをしています。 (09/20)
MX88:桂報告書の17頁には、「意図的な捏造であったとまでは認定できない」「意図的な捏造との確証を持つには至らなかった」「捏造に当たる研究不正とは認められない」と、3回もダメ押しをしています。 (09/20)
Zscan4:桂報告書の17頁には、「意図的な捏造であったとまでは認定できない」「意図的な捏造との確証を持つには至らなかった」「捏造に当たる研究不正とは認められない」と、3回もダメ押しをしています。 (09/19)
学とみ子:桂報告書の17頁には、「意図的な捏造であったとまでは認定できない」「意図的な捏造との確証を持つには至らなかった」「捏造に当たる研究不正とは認められない」と、3回もダメ押しをしています。 (09/19)
一言居士:桂報告書の17頁には、「意図的な捏造であったとまでは認定できない」「意図的な捏造との確証を持つには至らなかった」「捏造に当たる研究不正とは認められない」と、3回もダメ押しをしています。 (09/19)
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MX88:桂報告書の17頁には、「意図的な捏造であったとまでは認定できない」「意図的な捏造との確証を持つには至らなかった」「捏造に当たる研究不正とは認められない」と、3回もダメ押しをしています。 (09/18)
学とみ子:Dの以下の書きこみ2023年7月31日 19:13 2023年7月31日 20:44は、ルール違反ですから、即、削除すべきです。 (09/11)
Zscan4:Dの以下の書きこみ2023年7月31日 19:13 2023年7月31日 20:44は、ルール違反ですから、即、削除すべきです。 (09/11)
一言居士:Dの以下の書きこみ2023年7月31日 19:13 2023年7月31日 20:44は、ルール違反ですから、即、削除すべきです。 (08/29)
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