学術界の人たちがひたすら沈黙する社会的な現象も、ESねつ造は単なる印象操作にすぎなかったことを示すものです。

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お早うございます。
今釣りに忙しいのであちらの往診には行けませんが、学さんの書かれていることから伺えるのはSNPsという概念は自然交配によって生じる現象ですから、前提として自然淘汰があって、生存に不適当な変異を受けてしまった個体は死んでしまったり、子孫に遺伝子を受け渡せなかったりして、この世には存在し得なくなる変異があるということの分からないお爺さんが居そうだなということですね。
DNAの並びにはエキソンと呼ばれる蛋白質製造に関与している部分と、まだその働きがよくわかっていないが進化の過去に出来てきたらしいが現在は蛋白質製造には関与していないとされているイントロン部分とがあることが分かっていて、蛋白質製造に関与しているエキソン部位はコーディング・リジョンと呼ばれ、そうでないイントロン部位はノン・コーディング・リジョンと呼ばれている。その切れ目はどこで分かるのかというと、基本に戻って、コドンと呼ばれる三個一組の塩基の並びで開始コドンはAUG、終始コドンはUAG、UGA、UAAですから、これらの開始コドンと終始コドンに挟まれている部位がエクソンで、そうでないコドンは途中にどれだけあってもアミノ酸指定コドンとは認識されないのでRNAには転写されずに切り捨てられるイントロン部位だということになる。
で、このエクソン部位が所謂遺伝子と定義づけられていて、ここに突然変異が生じると或るアミノ酸を指定しているコドンが別のアミノ酸指定コドンに変化してしまうので致死原因になったり、奇形原因になったりするので、これを正しく修復する機能も別途あるのですが、一塩基変異が特に害のないものである場合はそのまま残って所謂個性を形成するわけです。
対して、DNAの大半であるイントロン部位はアミノ酸指定されていないので変異が残ったままでも生存には関係しないので、修復もされずにそのまま世代を受け継がれて、染色体の乗り換え交叉の生じる配偶子形成を介してあちこちの個体に分割継承されていくわけです。
近交系マウスはその中のたまたま最初の作製研究所によって選ばれたたった１つがいの雌雄マウスが持っていたSNPsが近親交配によってどちらかのホモに固定されているもので、そのSNPsが登録されているということがBCA報告論文のSNPs解析結果を理解するための最低条件であるわけです。

BCA報告書の本文とその解析グラフ表はマウスの自然交配を前提にマウスコンタミ痕を追跡している結果報告になっている。
①129X1のジャクソン研究所での既に全世界中の研究者に公的に知らせられているB6のマウスコンタミ痕
②それ以外の場所に散見される129X1の理研若山研でのB6のマウスコンタミ痕
③129+Terの理研若山研でのB6のマウスコンタミ痕
④岡部Acr-CAG共挿入B6マウスへの大阪大岡部研、もしくはその後の理研若山研での129X1のマウスコンタミ痕

最期の④が、<After the above three SNP clusters reflecting parental heterogeneity are excluded>と書かれている文章の中の< three SNP clusters reflecting parental　heterogeneity>という言葉の意味で、レジェンドに示されている<red rectangles>の中のブルー領域の話なのです。

現在学さんとの間で私に言わせると"焦って"議論されているらしいお話はこのSNPs解析の基本を離れた後の細胞の培養変異の話ですから、また自然界のSNPsの話と、その近交化による登録SNPsの話とも違う話ですよね。

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