考察学とみ子
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素人には難所の場所です。 ********** Whole-genome sequencing and SNP identification We used the TruSeq DNA PCR-Free LT Sample Prep Kit for sequencing library construction using a standard protocol. The insert size of the STAP cell lysate sample is 350 bp and the other 14 samples are 550 bp each. We performed paired-end 150 bp sequencing for each DNA sample using 2 flow cells in the rapid-run mode of a HiSeq 2500 sequencer. We aligned paired-end sequence tags to the GRCm38 (mm10) mouse reference genome using BWA software4 (ver. 0.7.10) with “-n 0.02” option for the bwa aln command and “-a 2000000” option for the bwa sampe command. Raw data are available at DDBJ DRA (accession: DRA002862) (http://trace.ddbj.nig.ac.jp/DRASearch/submission?acc=DRA002862). After filtering properly mapped tags and then removing PCR duplication with SAMtools (ver. 0.1.19), we identified SNPs from the aligned sequence data using SAMtools Mpileup and BCFtools (ver. 0.1.19) with default options. We also identified reliable SNVs including heterozygous alleles from aligned sequence data that satisfied the following criteria using SAMtools Mpileup after filtering the properly mapped tags. (1) Sequence coverage > 20. (2) At least 25% of reads supported alternative alleles that differed from the B6 reference sequence. For comparison to 129/Sv SNPs, we used commonly called SNPs in 129P2/OlaHsd (EMBL ENA: ERP000034), 129S1/SvImJ (EMBL ENA: ERS076385), and 129S5SvEvBrd (EMBL ENA: ERP000036) but not called in C57BL/6NJ (EMBL ENA: ERS076384) provided by the Wellcome Trust Sanger Institute (http://www.sanger.ac.uk/resources/mouse/genomes/). 全ゲノムシーケンシングとSNP同定 TruSeq DNA PCR-Free LT Sample Prep Kit を使用し、標準プロトコルを使用したシーケンスライブラリの構築を行った。STAP細胞溶液サンプルの挿入サイズは350bpで、他の14サンプルはそれぞれ550bpである。HiSeq 2500シーケンサーのラピッドランモードで2つのフローセルを使用し、各DNAサンプルに対してペアエンド150bpシーケンスを実行した。bwa aln コマンドの「-n 0.02」オプションと bwa sampe コマンドの「-a 2000000」オプションで、BWAソフトウェア4 (ver. 0.7.10) を使用して、ペアエンド シーケンス タグを GRCm38 (mm10) マウス参照ゲノムに整列させた。 生データは DDBJ DRA (アクセッション: DRA002862) で入手できる。(http://trace.ddbj.nig.ac.jp/DRASearch/submission?acc=DRA002862) 適切にマッピングされたタグをフィルタリングし、SAMtools (ver. 0.1.19) で PCR 重複を除去した後、SAMtools Mpileup と BCFtools (ver. 0.1.19) をデフォルト オプションで使用して、配列データからSNPを特定した。また、適切にマッピングされたタグをフィルタリングした後、SAMtools Mpileup を使用して、次の基準を満たす整列配列データからヘテロ接合対立遺伝子を含む信頼できるSNVを特定した。(1) 配列カバレッジ が20以上。 (2) B6参照配列とは異なる代替対立遺伝子をサポートしているリードが少なくとも 25% 。129/Sv SNPとの比較のために、129P2/OlaHsd (EMBL ENA: ERP000034)、129S1/SvImJ (EMBL ENA: ERS076385)、および 129S5SvEvBrd (EMBL ENA: ERP000036) で共通に呼ばれるSNPを使用したが、Wellcome Trust Sanger Institute(http://www.sanger.ac.uk/resources/mouse/genomes/) 提供のC57BL/6NJ では呼ばれていない ( EMBL ENA: ERS076384) 。 ********** 難所ですよね。
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一言居士:STAP論文を考えるには、丁寧にSTAP論文と関連論文を読み、専門家の言葉を聞き、専門家の証言を集めて行くことです。 (09/24)
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学とみ子:STAP論文を考えるには、丁寧にSTAP論文と関連論文を読み、専門家の言葉を聞き、専門家の証言を集めて行くことです。 (09/24)
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一言居士:桂報告書の17頁には、「意図的な捏造であったとまでは認定できない」「意図的な捏造との確証を持つには至らなかった」「捏造に当たる研究不正とは認められない」と、3回もダメ押しをしています。 (09/23)
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