考察学とみ子
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さあ、この時に定義されたSNVsは近交系マウスの登録SNPsサイトの塩基変異ではありませんよね。培養細胞の中の1/4に生じているSNPsサイト以外の他の場所に現れた一塩基変異です。培養変異ですね。これは培養期間の長さに比例して多くなるということが分かる。しかし、それが多いから細胞の時系列的先後は無論決まりませんよね。それにここにはそんな結論めいたことは何も書かれていない。ただ、SNVsをたくさん見付けたと述べているだけです。 本文に書かれていたこととどういう関係かは最後まで読まないと分かりませんね。 ********** Identification of gfp insertion sites We mapped the reads to gfp sequences and extracted mate-pairs for which only one end was mapped to the gfp sequence using BWA. The extracted reads were mapped to the human<→mouse> genome. We manually inspected the mate-pairs bridging between gfp and mouse genome sequences using IGV<5> and determined the exact positions of insertion sites supported by multiple mate-pairs. gfp挿入部位の同定 リードをgfpシーケンスにマッピングし、BWAを使用して片端のみがgfpシーケンスにマッピングされたメイトペアを抽出した。抽出されたリードはヒト(→マウス)ゲノムにマッピングされた。IGV<5>を使用して、gfp とマウスのゲノム配列をつなぐメイトペアを手動で検査し、複数のメイトペアによってサポートされる挿入部位の正確な位置を決定した。 ********** ヒトゲノムとマウスゲノムを間違えている。嫌々仕事だから不注意になるんです。BCA報告論文の文責は松崎ですが筆頭著者は別の研究者です。内心嫌々書いているということが伺えるんですね。 行っていることはGFPの人工遺伝子の位置を探すことで、この挿入遺伝子は標準配列より長くなるわけですから、リードの双方向から探索してこの延長箇所を見つけるということです。
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