学術界の人たちがひたすら沈黙する社会的な現象も、ESねつ造は単なる印象操作にすぎなかったことを示すものです。

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Quantitative PCR of teratoma samples 
Genomic DNA was extracted using a QIAGEN QIAamp DNA FFPE Tissue kit (Qiagen) from 10 to 20 sections 5µm thick that had been sliced out of paraffin blocks. Genomic DNA samples were prepared from the STAP cell teratoma block in duplicate (2.2 µg and 6.1 µg). Newly prepared solutions, PCR primers and apparatus were used for the second isolation. All PCR primers for quantitative PCR were designed to be less than 100 bp in length so that fragmented DNAs in the fixed samples were efficiently amplified. Quantitative PCR was performed with FastStart Universal SYBR Green Master Mix (Roche) in a TAKARA TP 860. The degree of PCR amplification was quantified relative to that of the Il2 gene as a standard using the ΔΔCt method. Initially, we detected gfp with two different primer sets to roughly estimate its relative copy number compared with two copies of the Il2 gene/genome, followed by the determination of the gfp transgene type using PCR primers that detect the junction between the Acrosin gene promoter (and the Oct4-promoter) and the gfp gene. The amplification efficiency of primer pairs for Acr-gfp and Oct4-gfp relative to that for Il2 gene was not quantified, but the copy number of Acr-gfp in FLS4 and Oct4-gfp in GLS13 relative to the Il2 gene coincided with the values determined by WGS (20–24 copies vs. approximately 28 copies, respectively), suggesting that the amplification efficiency of individual PCR primers was within a permissible range.

テラトーマサンプルの定量PCR
パラフィンブロックから切り出された厚さ５μｍの１０から２０の切片からＱＩＡＧＥＮ ＱＩＡａｍｐ ＤＮＡ ＦＦＰＥ Ｔｉｓｓｕｅ ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ）を使用して、ゲノムＤＮＡを抽出した。ゲノムDNAサンプルはSTAP細胞テラトーマブロックから二回分(2.2μgと6.1μg)調製した 。新しく調製した溶液、PCRプライマー、および装置を 2 回目の分離に使用した。定量PCR用のすべてのPCRプライマーは、固定サンプル中の断片化されたDNAが効率的に増幅されるように、長さが100bp未満になるように設計されている。定量PCRは、TAKARA TP 860でFastStart Universal SYBR Green Master Mix(Roche)を使用して、実施された。PCR増幅の程度は、ΔΔCt法を使用して、標準としてIl2遺伝子の発現量と比較して定量化された。最初に、2つの異なるプライマーセットを使用してgfpを検出し、Il2遺伝子/ゲノムの2つのコピーと比較して相対的なコピー数を概算し、続いて、アクロシン遺伝子プロモーター( および Oct4 プロモーター)とgfp 遺伝子の間の接合部を検出するPCRプライマーを使用してgfp導入遺伝子の種類を決定した。Il2遺伝子に対するAcr-gfpとOct4-gfpのプライマーペアの増幅効率は定量化されていないが、 Il2遺伝子に対するFLS4のAcr-gfpとGLS13のOct4-gfpのコピー数は、 WGS によって決定された値 (それぞれ 20 ～ 24コピー対約28コピー)と一致し、個々のPCRプライマーの増幅効率が許容範囲内であることを示唆している。
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まずこのテラトーマの解析時に使われたパラフィンプロックに小保方さんが名付けているのは「CD45 カルス テラトーマlike」です。これを桂報告書(スライド)はパラフィンブロック「CD45 カルス テラトーマ」としてlikeの文字を消している。
小保方さんがlikeの文字を入れたのは無論ヴァカンティ足場を使ったからですが、ティシュー論文と博論でもB6を使っていて、この通常のプロトコルでのテラトーマは出来ないことが分かっていたので、ヴァカンティ足場に培養液を含ませた足場毎埋納して、テラトーマを作ったが、それはESのようにそのまま皮下に注射したもので無く、栄養剤を含ませた足場はインヴィトロの三胚葉分化実験に継続して組織内に癒着するという中間的な作り方なので、テラトーマlike と名づけていたので、この12/27Harukoの実験もB6マウスだったから、先生はキメラが出来たとは言っているがGOFマウスの酸浴細胞をそのままヴァカンティ足場の埋納法で作り、通常のプロトコルでの実験は精巣へのインジェクションで確認しようとしていたものです。
ドナー細胞はGOFマウスで小保方さんはそれ以外は使えません。F1なら先生に作ってもらわなければいけないが、小保方さんは休日出勤して、先生の知らない間に作製した後に渡米した。小保方さんが大田ESでこの実験を捏造していたのなら、若山さんはF1マウスを小保方さんに渡していたことになるが、小保方さんがGOFマウスしか使えない状態で大田ESで捏造することはないわけです。
作成当時は何があったのかは知られていませんが、アクロシンが出たと松崎が言った時には、先生は自分もF1を渡したと言わなければならないですし、小保方さんがドナーマウスとしてGOFマウスしか使えなかったと知っていたら、テラトーマの捏造犯は小保方さんではありえないと証言しなければなりませんよね。
でもどちらもしなかった。自分が小保方さんの実験の上から作成したばかりの幹細胞を注射したからです。キメラが出来たと言っている以上テラトーマができなければ小保方さんが怪しむからです。リクルートのために山梨大での助手のポストを用意しているとプロポーズ出来るまで間の時間稼ぎの方便の嘘だったからです。
BCA報告書のテラトーマの解析グラフにはわずかながらOct4-GFPが検出されていたのをアルイミオウジ氏が指摘した。しばらくネットで騒がれた後に松崎はこのグラフをOct4-GFPの全くないものに差し替えたのです。小保方さんがドナー細胞にGOFマウスを使っていたことを隠したかったので、同じ理由で、サンプルラベルに小保方さんが書いていたlikeという言葉を消していたのです。
そして、体細胞を切り出したなどとそれがリシピエントマウスであるヌードマウスのDNAであるかも確認せずに、GFPがないからドナーの体細胞だと言ったのです。仮にこれがICRマウスだとしたら2Nキメラ胚のリシピエントマウスの内部細胞塊由来ES細胞がテラトーマ形成したのだということが判明してしまったことでしょう。だから調べなかったのだ。
悪党です。

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