数個あるはずのLi氏ボックスから1箱残した人はいるのか？あるいは、数個あるはずのLi氏ボックスから1箱だけ、小保方氏がピックアップしたのか？という問題ですよね。

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最初はSNPs比較だった。次にはブルーの塊を除いた。それでも数百万残っているSNPs箇所をFES1とFES2とで異なっているSNPs箇所が1290だと言って、比較箇所を根拠もなく絞り込んだ。そして、

①FES1とFLS3の共通箇所は99.33%だと言った。つまり0.77%である10塩基が異なっていたと言った。
②FES1とCTS1の共通箇所は99.16%だと言った。つまり0.84%である11塩基が異なっていると言った。
③FES1と129/GFP ESの共通箇所は99.28%だと言った。つまり0.72%である9塩基が異なっていると言った。
④FLS3とCTS1の共通箇所は99.92%だと言った。つまり0.08%である1塩基が異なっていると言った。
⑤FLS3と129/GFP ESの共通箇所は99.95%だと言った。つまり0.05%である1塩基が異なっていると言った。
⑥CTS1と129/GFP ESの共通箇所は99.93%だと言った。つまり0.07%である1塩基が異なっていると言った。

これであるとFES1と他の3株とはほぼ10塩基違っていたが、他の3株同士では１塩基しか違ってなかったから、他の3株はほぼ同一の通算継代期間を経ていて、FES1はそれよりも少し短い継代期間だったと言うことになるのであって、FES1から他の3株が派生したなんてロジックは成立しない。

また、スライドでは本文と違って比較箇所を24649サイトとしているが、この数字と1290サイトの違いの説明がない。しかし、これをそのまま適用すると、

①FES1とFLS3の共通箇所は99.33%だと言った。つまり0.77%である190塩基が異なっていたと言った。
②FES1とCTS1の共通箇所は99.16%だと言った。つまり0.84%である207塩基が異なっていると言った。
③FES1と129/GFP ESの共通箇所は99.28%だと言った。つまり0.72%である177塩基が異なっていると言った。
④FLS3とCTS1の共通箇所は99.92%だと言った。つまり0.08%である20塩基が異なっていると言った。
⑤FLS3と129/GFP ESの共通箇所は99.95%だと言った。つまり0.05%である12塩基が異なっていると言った。
⑥CTS1と129/GFP ESの共通箇所は99.93%だと言った。つまり0.07%である17塩基が異なっていると言った。

ということになる。比率は同じで結論は、他の3株はほぼ同一の通算継代期間を経ていて、FES1はそれよりも少し短い継代期間だったと言うことになるだけである。

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