一言居士さんが、津田哲也(ジャーナリスト)の記事を書いてくれました。

考察学とみ子

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この理解がどの程度正しいかはよく分からないが、取り敢えず、この程度でまず、受精卵ESとntESとの違いを考えてみる。

①受精卵ESの元は胚盤胞期のインナーセルマスであるから、母親のmtDNAを持つ。例えば129B6F1の受精卵ESのmtDNAは129マウス卵由来のmtDNAである。作成された時点での蓄積変異は少ない。

②ntESの元となるクローン胚の細胞質は、例えば理研若山研の実験動物申請書の記載ではリシピエントマウスであるICRマウスのもので、これを胚盤胞期にまで培養液の中で成長させて、その中から取り出したインナーセルマスのmtDNAはICRマウス卵由来のmtDNAである。作成された時点での蓄積変異は少ない。

次にマウスのmtDNAは16000塩基ととても短いので、近交系マウスの登録SNPs箇所も少ないということを粕川が語っている。
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Takeya Kasukawa @kasukawa
ミトコンドリアも見たけど，そこから何も言えるような結果が出なかったんだよw そもそも strain specific なミトコンドリアSNPとかほとんどないしね
  2015-01-26 23:01:11

Endo, Takaho @caripso
@kasukawa 出なかった理由はSLC 129X1のミトコンドリア・イブがB6だからでしょうね。１塩基ですが129ならはっきりと違いが分かります。 おそらくJAXでのコンタミというのはB6のメスで、雑種強勢のおかげでコンタミを経たマウスがドミナントになったものと解釈しています
  2015-01-27 14:24:20

Takeya Kasukawa @kasukawa
@caripso おそらく GRCm38 でいうところの chrM:15123のSNPのことですね。これ期待していたのですが駄目で、Sanger の resequence データ見てみたら、129系では129S1だけしかSNPになっていなかったんですよね。
  2015-01-27 15:45:27

Endo, Takaho @caripso
@kasukawa そのSNPです。 例のデータでもEpiSCとTSは129系ですが、これらにはRNAseqでもその場所に変異が観測されます。 確か他のデータでもR1を使ったものは観測できた記憶がありますが、これの母親は129X1だったような。
  2015-01-27 16:19:20

Endo, Takaho @caripso
@kasukawa どちらにせよ、核移植ESの特徴であるミトコンドリアの配列と核ゲノムの不一致は元々観察されない系だったわけです。 ntESとは親の系統も違うので結果的には問題にならなかったのですが。
  2015-01-27 16:22:06

Takeya Kasukawa @kasukawa
@caripso たしかに今回は結局のところ元々観察できない系でしたね。
  2015-01-27 16:48:10
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