SNP解析とはどう言うものなのか？は、桂報告書に書いてあります。この領域の専門家でなくても、丁寧に読めば分かるように桂報告書に書かれてkます。

しかし、ため息さんは、理解できませんでした。真面目に取り組んだ軒下管理人さんは、自身が理解できない点を書き、学とみ子に聞いてきました。軒下管理人さんからブログメンバーに説明して欲しいと考えた学とみ子は、不明点を明確にして、説明しました。

それからが大変でした。ため息さんは、学とみ子から教わったスタイルにならぬよう、ため息自身は最初から知ってるぞ！の工作を始めました。

ため息さんは、わざと一部に疑問点が残るような書き方をしつつ、大筋はこうですよという文章を作りました。
疑問型を文頭におくことで、次からの文章は、ため息独自の考察であるとの印象付けをします。
これこれ、こうした解釈ができると、ため息自身の考察であるかのように書き、かつ、学とみ子は、間違っているとしました。

一旦、大筋を理解してしまえば、ため息さんには怖いものはありません。それまでのため息コメントでは、歯にものが挟まったような物言いしかできなかったのに、軒下管理人さんへのコメントの後では。ため息コメントの論調が大きく変化しました。私（ため息）は、ここを知ってるぞ！となり、文章が自信に溢れました。

いづれにしろ、ため息さんが理解できたことは良いことですが、理解と同時に、学とみ子潰しを強化させたことは注目に値しますね。

そして、その後も、学とみ子誹謗コメントを、自由奔放に書き綴りました、学とみ子が間違っていると、おちょくりも満載です。

学とみ子は、こんなに間違っていると、ため息さんは書き続けましたね。

これが、ため息さんと言う人であることを、十分に堪能しました。本来の姿なのでしょう。独力で、桂報告書を理解するのは難しかったようです。

おそらく、ため息さんは、同僚から、由来細胞の説明はされていたと思うのですが、SNP解析の実際は、教わらなかったのでしょう。


ため息さんの新たな図です。

デタラメ図を書いちゃ、学とみ子の反応を楽しむ、根性の悪さ丸出しですね。

変異が起きる確率が低いと言う説明と関係ない図をかいて、相手をおちょくるため息さんです。
こういう人を尊敬する物好きもいるから、ため息さんも頑張らなくちゃね。
学とみ子は、こんな人にもう説明しない。
一人で楽しみなさい。





学とみ子は、一研究者ブログコメントの学とめ子の話題に移ります。


この学とめ子コメントの何が興味深いのか？というと、理研内には二派の対立があったのではないか？を、彷彿とさせるからです。

皆さま、理研内における、FES1派（学とめ子グループ？）と、129/GFP ES派（BCA論文グループ）の対立の構図が、学とめ子コメントに垣間見えないでしょうか？

学とめ子は、他人に対する横暴さ傲慢さから、当初、やっぱりさんではないか？と想像したのですが、やっぱりさんが単なるＨＮであるからして、ここで同一人かどうかは、あまり意味がないかな？というところです。

理研調査チームには、学とめ子タイプの人がいたであろうと、想像します。
学とめ子タイプの人が、桂報告書に小保方犯行を書き込むようにプレッシャーをかけたのではないでしょうか？

学とめ子は他人をバカにすることを、人生の喜びとしているようだが、忌むべき学とめ子性格がコメント最初から目一杯に出ている。


2312. 学とめ子
2021年06月07日 16:30
＞ 考察に必要なヒントは十分に書いてきたつもりだが、、まともに理解できた人は少ないようだ。
・・・誰かが放医研の論文を見つけてきて、マウスＥＳ細胞においては1回の細胞分裂で３~8個程度の突然点変異が発生するとのデータから、オーダーとして妥当という結論に至ったというものだ。　


培養細胞で、塩基変異が100%の細胞に及んでいない時には、そこは評価できないであろうから、それは配慮する必要はない。

ランダムに塩基変異が発生しても、他の細胞に凌駕されたり、不利な変異が起きた細胞がいなくなる。
細胞が塩基変異だらけになるなんて、考え無くて良い。
そもそも、実際の塩基図を見ればわかるが、多くの部位において、1種の塩基からできている。
DNA配列決定やSNP解析をする時に、判定不能な塩基部位は除いていくのだろう。
つまり、こうした議論をする時に、塩基の不安定を強調することは意味がない。
こうした内容は、専門家ぶりたい人が、素人をかく乱して、バカにしたいがために書くのだろう。


2313. 学とめ子
2021年06月07日 16:36
＞ 理研の解析方法のキーポイントは、先に英文で示した、Nature BCA論文Supplementary Information の記載なので、よく理解してほしいものだ。

・・・・そして、１回目の細胞分裂によって1つの細胞には３~8個程度のSNVが発生するが、これも増殖していく細胞には基本的に引き継がれるので、結果として全体の50%の細胞に存在し、SNPとして検出される。
この２個の細胞がそれぞれ分裂する際、新たに３~8個程度のSNVが発生するが、これらは全体の25%の細胞に引き継がれ、もしその全てを抽出した分析サンプルがあれば、SNPとして検出されるが、サンプリングが偏れば、25%未満のSNVはSNPとしては検出されず、25%以上のSNVはSNPとして検出される。


ＳＮＰとして、塩基の種類が混じる場合は、解析がばらつくだろうから不安定な結果となる。解析の対象としないだろう。
細胞の由来を検索するためには、適切なSNP部位を、解析者が選ぶ。
あいまいな判定となる塩基部位は解析のための選択部位としてピックアップしないと思う。
桂報告書でも、解析者が1290箇所を選んでいる。

つまり、こうしたヘテロな状態のSNVやSNPの話は、解析時には問題としないのであって、素人をまどわせるために持ち出しているのだろう。
ESねつ造派は、素人だましをするのが楽しいのである。



＞問題は次のステップ。細胞1個から始めたケースなら理解できる話が、多数の細胞から始めたら違うんではないかと思ってしまう。
多数といったところで、元の受精卵は１個だし、受精卵ES細胞の元になる内部細胞塊はせいぜい100個以下の細胞数なのだが、、


ここも関係ない。培養細胞の塩基変異の話とは関係ない。こうした関係のない話を持ち出して、素人を煙に巻こうとする、
このタイプの学者は根性が悪い。



2314. 学とめ子
2021年06月07日 17:03

＞ 桂報告書の解析対象の細胞一覧表では、GOF-ESが核移植ES細胞、FES1が受精卵ES細胞などと記載されているのに対して、129/GFP ESは「由来不明」と記載されている。同時期に公表されたスライド説明資料でも、「小保方研ストック　由来不明細胞株」とあり、これらからES細胞と断定はしていないと考えるべきだろう。（本文中でES細胞と書いてる箇所もあるが、あえて言うなら記載不備かな）　まあ、ラベルにESと記載があるからES細胞と考えたのかもしれないし、Nature BCA論文でのCell cultureでは、他のES細胞と同じ培地で培養したとあるので、培養時に取り扱った感覚としてES細胞であると感じたのかもしれないが。。
いずれにせよ、DNAの分析で細胞の由来を調べたというのが本質的なことであり、ましてSTAP論文ではどこにも記載もなく、何に使ったのかも誰が小保方研のストックに置いたのかも不明の細胞について、ES細胞としての性質まで調べることに意味はないことは研究者なら理解できる話だと思うが。
（一部の無知蒙昧が、解析結果を理解できず、FES1と同一とは言えないとかの妄言を叫んでいたのを思い出したよ）


ラベルにＥＳとあるから、プロもＥＳとしたなんていう説明は信じられない。
129/GFP ESを、実際にESとしたのは、根拠があるはずだ。

そこを、当ブログの想像では、以下だ。
当ブログは、ＥＳ細胞であるＦＥＳ１と、塩基変異の一致がある129/GFP ESも、ＥＳであると判断したと思う。

小保方ねつ造としたいFES1派は、STAP幹細胞はFES1であることを断定したかったのだ。
つまり、混入細胞は、FES1であると、日本中の人々に思わせたかった。

つまり、ESねつ造派（FES1派）は、持ち主不明の129/GFP ESを解析することに反対したのだろう。
上記の文章でもわかるが、学とめ子は、盛んに、129/GFP ESをけなしている。
分析しても意味がないと言っている。
つまり、このせめぎ合いは、実際に桂報告書作成中に起きていた出来事だったのでないだろうか？

しかし、129/GFP ES派学者は頑張り、SNP解析を駆使して、129/GFP ESが、FES1より、STAP幹細胞に近いことを確かめた。
1290箇所のSNPが、幹細胞と一致し、FES1は幹細胞から3割も離れていた。
このSNP解析結果を得た129/GFP ES派は、これを混入ESとしたかったが、FES1派の反対にあった。
そこで、129/GFP ES派は、混入ESは129/GFP ESであると、目立たぬように桂報告書に記載したのである。


上記文章の下線部分は、学とめ子が、素人に対して、129/GFP ESは意味のない細胞であると印象付けるために書いたのであろう。
実際の、理研内調査チームでは、激しいせめぎ合いがあったと思う。

つまり、学とめ子の文章は、理研内の学者の深刻な対立があったことを想像させるのである。

この学とめ子なる人は、何者かはわからないが、理研内で、積極的に小保方犯行説を推進したグループに属する人であるかもしれない。

一言居士さん、学とみ子つぶしをしていないで、学とめ子つぶしてしてくださいよ。


ため息さんです。
ため息さんは、桂報告書読解が不十分であることが露呈しましたが、以下もひどいですね。今、問題になってるのはDNA配列だけで、桂報告書は、それしか言ってない。DNA配列だけで十分にＥＳ捏造説を打破できます。後から残ったサンプル調査が可能なのはDNA配列だけです。

ため息さんはそんなこともわからないようだけど、それより、注目してくれる人がいる限り、ため息さんは、適宜、敢えてデタラメをまぜこんでまでして書き続ける気だ。狂ってしまったのか？
誰かが相手にする限り、ため息狂乱を続けそうだ。

＞DNA解析だけでは未分化かどうがわからないことを取り上げたわけです。



追記
学とめ子は、相変わらず、意地の悪いコメントを続けている。塩基構成が不安定な部位は評価しない。何しろ、一個単位でなく、細胞集団で塩基判定してるにすぎない。SNP解析は、目的によって処理方法は変わる。系統の異なる親マウスのかけあわせマウスのSNP解析には、そのための評価方法がある。そのような方法論を議論しても意味がない。プロの学者が、ＥＳ混入株として評価した1,290箇所が大事です。

ＥＳ捏造派は、ＥＳ混入株として、FES１を押し通せなかった訳だ。

ため息さんは、相変わらずだ。
学とみ子には、ため息さんの理解レベルが分かる。ため息さんは、特定部位の変異確率が低い事をやっと理解した。しかし、相変わらずのFES１細胞説だが、若干変わって。今度は、FES１由来細胞説となった。「由来」なる語のついたＥＳ捏造説だ。

このエピソードで分かった事は、ＥＳ捏造派は、科学に反しても自らの主張を変えないと言うことだ。
このタイプの専門者は、科学的知識や説明を一般人に提供して、一般人を教育したいという気持ちはない。
一般人は、知識がないから騙せる！とため息さんは考える。
一般人を迷わせたり、誤解させたりするのを見て笑うタイプの知識人だ。
一般人が、不可能と考えることでも、専門者が、可能だ！　可能だ！と叫んで、一般人を変えさせることができる。

いづれにしろ。ため息さんは特定部位の塩基変異を当初、イメージできず、学とみ子の度重なる説明でやっと理解した。
ため息さんは、知識が無かったことをごまかそうと必死だ。
ため息レベルの人が、そんなことをしても、周りを騙せるわけ無いじゃない。
しかし。ため息さんは、周りをごまかせていると感じている。
ため息さんの周りは、イエスマンだけだ。
見て見ぬふりをする。だから、ため息さんは、愚かさ丸出しになっても気付けない。

学とみ子が、正当な事を言っても、ため息さんは、デタラメ扱いだ。

あちらの一般人は、特定部位の塩基変化のイメージはできない。だから、デタラメが通用する。
知識人が社会を偏向させる。ため息さんは、その典型例だ。

ため息さんです。
＞それでも学とみ子は説明したつもり（妄想）になっているわけで、しつこく聞くと、いつものように、前に説明した、説明を理解できない方が悪いというのです。

こんな状態だから、ため息さんを相手にしてももはや、意味がない。




ため息さん　のこの説明も、意識的です。

ため息さんは、特定部位での確率の低さについて、当初わかからなかったのです。
それが、学とみ子の説明で理解できるようになりました。

どこで、ため息さんが”特定部位での確率の低さ”に気づいたのか？が、端から分かるのは、このコメントからです。

ここから、ため息さんの説明が完璧になりました。ため息さんは嬉しくなって書いてしまったのでしょう。

＞あ〜あ。だめだなこりゃ。
「共通塩基」の意味が不明なのですが、前の文から推測すると、同一サイトが同じ塩基であることのようです。親マウス（親の細胞株）と異なる変異がある部位（A)がさらに変異することがあるが、この確率が低いのが「SNP解析で由来を特定できる」理屈？？？意味不明ですね。
とあるα細胞（FES1） で a という部分（特定部位と呼ぶ意味はありません。目をつけた部位位の意味です）の塩基が、オリジナルの細胞（親マウス）から変異していたとします。このα細胞（FES1） からβ細胞、γ細胞等が株分け等してできたとします。このときβ細胞、γ細胞の同じ目をつけた部分aの塩基はα（FES1） 細胞と同じです。
このあとβ細胞が何回も凍結・解凍、株分け等を繰り返して培養してφ細胞(B細胞＝FLS3) 、χ細胞(C細胞＝CTS1）が樹立されました。このとき、φ細胞(B細胞＝FLS3) 、χ細胞(C細胞＝CTS1）の a という部分が再度変異している確率は低いのです。もともと変異する確率は低く、変異する部位はランダムだからです。したがって、ほとんどの場合φ細胞(B細胞＝FLS3) 、χ細胞(C細胞＝CTS1）の a という部分の塩基はα細胞（FES1） と同じままなのです。

＞さらに、部分 a だけでなく b,c…と複数のオリジナルの細胞（親マウス）から変異した部位も一致していれば、それらの一致が偶然起こる確率は非常に低く、その細胞（FLS3、CTS1） の由来が、もしα細胞が凍結保存（FES1） されていればなおさらよく、わかるわけです。これが「SNP解析で由来を特定できる」理由です。

＞桂調査委員会報告書ｐ13：「培養細胞樹立後もわずかずつ変異が生じるが、たまたま同じ部位に同じ変異が生じる確率は非常に低く、数か所に同じ変異（親マウスにはないもの）がある場合は、同一の培養細胞由来と判断できる。」を学とみ子でもわかるように書いてみました。
（　）内の FES1、B細胞＝FLS3、C細胞＝CTS1 は当方の提唱した図の細胞と一致します。

＞学とみ子は軒下管理人さんへしっかり、問題点をクリアにしようとしているのは、軒下管理人さんだけです。との呼びかけです。軒下管理人さん、呼びかけられるのが非常に不快なのはよくわかりますが、そして、お忙しいでしょうけれど、もしよろしければ学とみ子の説明と当方の説明どちらが正しい、あるいはどちらも正しくない等のご意見をお寄せくださると幸いです。



しかし、その後も、ため息さんは、以下の青字のような無関係な説明を相変わらずしています。
ため息さんは、理解の経緯をごまかそうと、無関係な確率論を並べているのです。
相手学とみ子から教わった経緯を、どうしても隠したいのです。

やはり、知識人にはこういうタイプの人がいるから警戒が必要と思います。
ため息さんの手法なのでしょうが、ため息側はいつでも正しいと、周りに思わせ、間違っているのは、学とみ子側です。
この人は、ベン図などでも、こうした作業をしてきました。

ため息さんは、一方的に、関係の無い課題を持ち出してきて、いかにも議論のリーダーシップを取っているかのように装います。
学とみ子には通用しませんが、通用する人がいるから、こうした悪癖をやめないのです。

知識人の繰り出す知識や立場の悪用に、一般人はだまされてはいけないのです。

相変わらず、ため息さんが、以下のように書くのはなぜか？を考えてみましょう。

下に書いてあるため息さんの説明は正しいのです。しかし、単なる一般論です。
特定部位での確率の低さとは関係がない記述です。

こうして、誰ででも分かる一般論を持ち出してきて、学とみ子は、こうしたことすら理解できないバカであるとします。

＞先に、さいころの丁半で説明したように、７回連続して丁がでたからといって８回目が半になる確率が上がるわけではないのです。相変わらず五分五分なのです。特定の変異のある部位に注目して、その後の変異をみていると、その特定部位とそれ以外の部位で変異が発生する確率は同じで、低いのです。

そちらの皆さんも、ため息手法に何もコメントせず、経緯を分かる人も、分からない人もいっしょくたに、ため息イエスマンに徹するようです。




129/GFP ESのラベルの筆跡は、当時、小保方氏のものに似ているとの噂はあったのか？との学とみ子からの単純質問に関わらず、なかなか答えがありません。

似ている場合の方が、本人のものでない可能性があると思います。


元々、この話は、体内時計さんのコメントで、学とみ子が気になったものですから。

plusさんの以下のコメントです。

＞筆跡がどうであるなどということが何かを証明すると考えること自体が愚か。
こんなコメントのplusさんは、フリーの論客であることを示します。


ため息さんは分かりきった無関係な話題をわざわざ持ち出してきて、学とみ子を誹謗します。
こうした行為を学とみ子がため息さんにすれば、plusさんは、すぐ
「それは関係ないでしょうよ。バカ丸出しだ！」

と言うだろうに、plusさんは、ため息さんには言わない。

plusさんはため息さんのあからさまな愚行を何も批判しない。
こうしたため息さんは、アンフェアそのものだが、見逃すplusさんだ。

匿名のブログコメント合戦では、理不尽なおべんちゃらは無いはずの場所だと思うけど、やはり違うみたい。

フェアであるはずはないのが、人間社会だ。


plus流SNP論を披露しなくなったplusさんは、どうやら、ため息さんに配慮してるらしい。
plusさんの独立的批判力は失われたようだ。

ため息さんです。
＞plus99%さんへの八つ当たりになったわけですな。

八つ当たりではないですね。ため息さんは、もはや、メインの議論相手ではない。
このずるさは許容できない。
軒下管理人さんへの説明で、ため息さんはSNP論を理解した。
そしてため息さんはそれをごまかす。科学者とは言えない。
もう、こういう人を相手にしても意味がないないと感じた。

plusさんも、ため息さん言動に批判的になっているかな？と、学とみ子は、少しは期待していた。
でも、plusさんも、仁義なきため息さんでもサポートするんだな。

plusさんは、ため息さんの虚勢は、許容範囲のようです。それより、学とみ子を潰す方が大事なようです。

plusさんを専門家扱いしてくれるため息ブログは、plusさんにとって何より大事なようだから、ため息批判はしないようだ。


plusのこのコメントを読むと、やはり、plusさんはまだわかっていないな。
でも、はったりだけは健在ですね。

＞あんなに大好きだったL様が最近結論ありきからFES1から129/GFP ESには変化しません説を思いっきり否定したこともスルーですからね。

Lさんからは、いろいろ教わったけれど、Lさんは、学とみ子はデタラメを書くといった人ですよ。
Lさんは、学とみ子からは一線を置きたいのです。
研究者にとっては、学とみ子応援はリスクがありますから、誰も、研究者は応援はしないでしょう。
それだけ、この問題が深刻なんですよ。

学とみ子は、Lさんコメント6226,　6227も読んでますよ。
これを読んでも、なるほどと思ったことはあっても、えっとなることはないです。

学とみ子が説明をしている特定部位の点変異は起きにくいというのは当たり前のことです。
FES1を小保方氏が培養するだけでは、特定部位の塩基が数十か所も変異しません。

すでに培養を繰り返した安定したES細胞集団ですから、これから特異細胞を作ろうとする話でもありません。
専門家がこだわるSNPであろうが、SNVであろうが、どのような条件の部位でも、塩基の変異の原理理解は同じです。

下手な人が培養すると、少ししかコロニーがでてこないから、塩基条件の揃った細胞群になる（単一細胞に近くなる）という話です。
特殊な塩基構造の細胞に偏ってコロニー形成がおきるかもしれないという説明です。
そもそも、そんな未熟者がFES1を解凍培養する状況なんて無いでしょう。
未熟者が培養したといても、すでに変異は起きていることが条件になりますし、離れた塩基部位数十箇所の突然変異は起きないです。

plusさんは、条件によっては、FES1から簡単に129/GFP ESになることがあると、Lさんが言っていると思ったのですかね？
どうして、そういう独りよがりな発想をするのでしょうか？