前回のブログ後半部分を切り取って、新記事としてアップしたところ、記事が消えてしまいました。

もう一度、きちんと書いてアップしてみましたが、うまくいきませんでした。

さらに、簡易的に書いて、3度目にチャレンジした文章はアップされました。
それが当記事です。

記事が消えてしまいましたので、ため息さん記事との整合性がうまくいかなくなっています。
大変、ご迷惑をおかけしてしまいました。

すみません。
管理画面を複数で開いてしまった結果なのかもしれません。
こういうこともあるのかと、驚き、反省しています。

ため息さんです。

＞当方自身が学とみ子に指摘されたわけでもなく見つけた誤りの訂正文をコピペして自分のブログに貼り付ける学とみ子とは何が面白いのだろうか？何か失態続きなので、見返しているとでも思っているのだろうか？


上記のため息コメント文章は、下記のため息文章（青字）を、学とみ子がコピペした行為についての抗議です。

＞学とみ子の混入は129/GFP ESであるという誤りの説に引っ張られて和モガ氏も同様に129/GFP ESが混入したと桂調査委員会報告書を誤読しているとしてしまいました。

学とみ子は、ため息さんが和モガ氏説を取り違えたことを取り立てたりしていません。
それより、学とみ子が強調したかったのは、ため息さんが「混入細胞は、FES1でない」と言ったことです。
この「混入細胞は、FES1でない」に関係するため息コメントを、学とみ子はコピペしたまでの話です。
和モガ説の件とは関係がありません。


今回の事故は、ため息との果てしないバトルを止めよ！の天なる警告かもしれません。
反省しました。



学とみ子は、ため息さんへの反論をあれこれ書いたのですが、残念なことに消えてしまいました。

思い出して、やはり、必要なるものを、少し書いてみます。

ため息さんは、以下を書きました。

＞FES1と染色体の欠損、SNPsが類似する細胞が混入したわけで、また冷凍庫にFES1由来と考えられる129/GFP ESが存在したのは、FES1そのものが混入したのではなくそれが継代培養・増殖した細胞株が混入したと考えるのが当然です。「ES細胞FES1に由来する細胞が…混入した」と書けばより正確なんでしょうね。桂調査委員会がFES1そのものが混入したとは思っていないですね。


この文章の重要点は、ため息さんが、「桂調査委員会がFES1そのものが混入したとは思っていないですね。」
と書いた点です。ここを確認できました。
ため息さんは、これからは、FES１が混じったなんて言えなくなると言うことです。桂報告書は、前半で、ここを強調しながら、後半であやふやになります。書き手が、違っています。

ですから、桂報告書15頁を書いた人はプロなの？となるのです。小保方氏を無能呼ばわりする著者は、バイアスのあるノンプロが書いたのか？との疑問です。プロなら、FES１が混入したと言ってはいけませんね。


SNP解析が重要なので、染色体の欠損とかは当然一致しているのだから、SNP解析と同列のものでなく、こうした書き方は良くないです。

ため息さんの素人騙しです。ため息さんの話は、精度が低いと判断される所以です。大学英語に、中学英語がまじってくる感じです。親からくる塩基変異と、細胞培養中におきてくる塩基変異の質は、違います。大きく短時間の塩基変異なのか？、時間のかかる変異なのか？で、違います。


小保方氏の冷凍庫に、幹細胞に混じってしまったFES1由来129/GFP ESが入っていたことが、とても大事なんですよね。


ため息さんです。

＞小保方氏は否定するし、擁護は誰かが小保方氏をはめたと言うのでしょ。

はめたかどうかは分かりません。小保方氏が盗んだと言うなら、FES１を長く培養していた株があったことがバレますし、誰かが小保方氏をはめたのであれば、その誰かは、129/GFP ESが混入株であると知っていたであろうと想像できます。小保方氏が訴訟を起こしたら、争点になりますよね？それに備えて、理研の調査チームは、解析結果を公表してくれたんですよね？
ため息さんは、どう思いますか？


ため息さんは書いています。

＞FES1由来細胞だというのが桂調査委員会の結論で、当方にはこれしか信頼できる情報がないので、そのように思っています。ですから当方の描いた、学とみ子も理解できた図では、混入したのはFES1ではなく、これから継代培養された細胞Aが混入したとしています。細胞AはFES1由来細胞です。

FES1由来細胞なる言葉は、どの細胞をも特定していませんね。
ため息図の細胞A,でもあり、Bでもあり、Cでもありですね。
混入細胞が何であったかを議論する際には、FES1由来細胞なる言葉は限定が無く有用ではありません。
学とみ子に言わせると、”FES1由来細胞”なる言葉は、129/GFP ESの存在をめだたなくするための言葉であると思います。
理研の調査チームが、学者の矜持をかけて公表した129/GFP ESの価値観をぼかすために、”FES1由来細胞”なる言葉は使われます。

ため息さんは、随分以前から、”FES1由来細胞”　なる言葉を使っていました。
ため息さんがSNP論を理解する前から、”FES1由来細胞”を都合よく使って、混入細胞の特定を逃げていました。
これが、ESねつ造派の正体です。

素人向けにごまかすためには便利な言葉です。
129/GFP ESと、FES1を分けて使うことがなぜ、必要なのか？素人にはわかりませんから。

ため息さんです。

＞STAP研究で小保方氏あるいは誰かがFES1を取り扱っていた

小保方氏には、FES１から129/GFP ESまでの塩基変異を起こさせるに必要となる十分な研究期間がありませんね。細胞１個当たりでアットランダムにおきる塩基突然変異が、培養細胞全体に波及するためのは、培養継代を要します。

小保方氏の冷凍庫に残っていた細胞が、STAP幹細胞に混入した細胞であると、100%の確率ではないが、桂調査委員会は言ってます。そのための1400万円です。


ため息さんです。

＞FES1と129/GFP ESには24,649サイトで比べると99.28%が一致しています。つまり24,649*(1-0.9928)=178サイトが異なるわけです。178箇所のDNAが変異するのにどのくらいの時間、継代培養回数が必要なのか、学とみ子はわかっているのでしょうか？少なくとも桂調査委員会は小保方氏の研究期間にこの程度の変異が生じても矛盾はないと思っているから何も言及していないし、・・・

SNP解析について、プロの指南がないですから、私たちは、それぞれ勉強して理解しています。
学とみ子の理解は、ため息さんとは違います。
学とみ子は既に、自分自身の考えを書いていますが、再度、書きます。

24,649箇所は、考慮外です。
プロが、24,649箇所よりさらに細胞鑑別に必要となる特異点を、1290箇所選びました。
全体で、FES1と129/GFP ESの間で、どの位の塩基変異があるのかは、わかっていません。
BCA論文にも、全体の塩基変異の数はかかれていません。

プロが有意であると選んだこの1290箇所について、FES1、129/GFP ES、幹細胞の塩基の共通性を比較しています。
すると、FES1だけ、他の三細胞からはなれているという事実がわかりました。
年余にわたるFES1培養継続中に塩基の突然変異が蓄積し、ある時期、ほぼ同時に残りの三細胞になったという話です。
特定の塩基点において、培養細胞全体に塩基変異が及ぶには時間がかかります。

以前も、特定部位の塩基変異は、宝くじに当たる確率だと議論になりましたよね。
これ以上については、ため息さん自身で勉強してほしいです。

いろいろな考え方が、すでに出ていますね。
学とみ子は、桂報告書の説明を何度も読んで、学とみ子なりに理解しています。
学とみ子の理解は、桂報告書に書かれた説明のどの部分にも反しません。
桂報告書の説明は、だれでも理解できるように説明してあるのだと思います。


たけど、ため息さんの以下の説明を読むと、理解できていないと思いますよ、

＞「特定の塩基点において、培養細胞全体に塩基変異が及ぶには時間がかかります。」　←　例えばES細胞を培養しているシャーレから細胞を引き剥がし、酵素で単一細胞に分離して、それぞれを１つのウエルで増殖させたら、一つの細胞で生じた塩基変化は簡単に全体に広まることになります。どのようにして継代培養したのかで変わります。

なんで、ひとつひとつに細胞を分ける話を持ち出すのですかね？違う条件で塩基変異を考えてどうするんですか？

ため息さんです。

＞FES1は解析されるまで冷凍保存されていた、つまり確立したときから変わっていない細胞株です。「（解析された）FES1は年余にわたる培養継続中に塩基変異を蓄積」していません。「ある時期、ほぼ同時に残り三細胞になった」という３つの細胞とはFLS3、CTS1、129/GFP ESのことだと思いますが、これら３つの細胞の元にった細胞（当方の図の細胞A）がFES1から継代培養を繰り返して「塩基変異を蓄積して」できた細胞です。この細胞AをFES1と呼ぶのは混乱を招くことになりますから避けるべきですし・・・

学とみ子がデタラメを書いているとため息さんが書くのは止めてくれませんか？
お互いの理解が違うのだから、しかたないでしょうよ。
学とみ子は、細胞Aを設定していませんし、設定しても意味がないです。

学とみ子の意味するところは、FES1であった細胞が、培養変異して、FES1とは異なる細胞になっていると説明しています。
これは、FES1由来株ですが、もはやFES1ではなくなっています。
このFES1由来株が幹細胞作成中に混じってしまい、幹細胞構成細胞として凍結されたのです。
STAP細胞をES用培地で培養するので、生存力の高いESが混入すると、ESに置き換わってしまうのです。

ほぼ同時期に、FLS3、CTS1、129/GFP ESが作られたのはわかりますが、それ以上はわかりません。
それぞれの細胞を、独自に培養をすれば、又、細胞独自の塩基変異がおきます。
三細胞の塩基のわずかな違いは、凍結時の細胞塩基が反映されるからでしょう。

ため息さんです。
＞何に対して有意なんでしょ？

親の影響を取り除き、FES1の前の細胞にすでにある塩基変異を取り除き、結局、FES1から129/GFP ES、 FLS3、CTS1になるまでの間に塩基変異が起きた有意な特定部位を見つけるのが、SNP解析だと思います。

ため息さんも、桂報告書からもっと読み取ってくださいよ。


澪標さんです。
2022年7月30日 23:47

＞ウーン、混入を前提とした議論をしながら”STAP擁護”とおっしゃってるのですから、多分Ringwanderung。


Ringwanderungとはなんじゃいな？と検索したら以下だった。

Ringwanderung(リングワンデルング)とは吹雪や濃霧などによる見通しの悪い場所で、人は方向感覚を失い同じところをぐるぐると回ってしまう。

女性グループでもあるらしい。

STAP擁護と、ES混入が、矛盾しないことがわからないらしい。桂報告書を読んだだけでSNP解析を理解できる一般人もいるだろうけど、あちらにはそうした知識人はいないらしい。ブログ主が、メンバーに教えて上げることができないようです。

同じところをぐるぐる廻っているわけじゃない。ため息さんが学とみ子の説明を理解できないから、学とみ子は、あれこれ言い方を変えてSNP解析を説明しているだけ。ため息ブログメンバーは、誰も評価しないで、デタラメ呼ばわりだ。SNP解析の説明を理解できない人は、自分自身を嘆くべき。


これでは、SNP解析を議論しても意味無いです。

STAP事件って、ある意味、学者や、知識人の無知をさらした事件だったのじゃないかな？

特に、ため息さんには、STAP理解に必要な基礎知識が無いのが致命的と思う。わかったふりではどうにもなら無いのが、基礎知識だ。

学とみ子が、胚の感知力と言ったら、ため息さんは、オカルトを連想するのが、学とみ子には驚きでしかない。

西川先生が、以下を書いている。こうした生育環境を感知する胚の能力について、ため息さんの理解が進んでほしいと思う。

＞2022年7月29日
トランスジェニックマウス作成の経験がある人から見ると、一回の採卵あたりの体外受精成功率が３５歳以下でも４０％というのは低く感じられると思う。この原因については、初期分裂の過程で染色体異常が起こりやすく、その結果着床しないと考えられている。しかし、何故マウスとヒトで大きな差があるのか、また染色体異常が起こる詳しいメカニズムはわかっていない。


ため息さんに、胚の感知能力理解や病気の理解が進めば、良い授業ができると思う。医療関係者が求める生理学は、病気と正常を共に語れる教師のスキルだと思う。



ため息さんのこれを読むと、大分、理解を進めたように思う。
でも、素直にはそう言わないみたい。
「よくわからない方ですな。」なんて、相変わらず、ため息さんは自身が上の人だ。

＞違うでしょ「塩基変異が起きた有意な特定部位を見つけるのが、SNP解析」ではなくSNP解析の結果を1,290SNPsで比較したのでしょう。その結果、桂調査委員会報告書p6の「STAP幹細胞FLS3、FI幹細胞CTS1、および129/GFP ESは同一の細胞由来」つまり当方の図の「細胞A」由来と結論できたわけですね。

＞何故、学とみ子は当方の図を、一度は理解し解説したのに、同意しないかのような発言を続けるのでしょうか？よくわからない方ですな。


ため息さんは、24,649箇所より、1290箇所が重要であることを理解しました。
1290箇所では、変異の結果に起きた塩基の共通性が大事になります。
ここをやっと、ため息さんは理解したようです。
どう説明すれば、ため息さんにわかるのか、学とみ子は苦労したわね。

つまり、STAP幹細胞FLS3、FI幹細胞CTS1、129/GFP ESは塩基の共通性が高く、一方、FES1は低いのね。
この先は、ため息さんは、素直に理解できたと書いてね。

ため息さんです。
＞あらま、「FES1であった細胞が、培養変異して、FES1とは異なる細胞、もはやFES1ではなくなっている細胞」が当方の言う「細胞A」ですね。珍しいことですが、考えが一致しているではないですか。違うとでも言うの？？

「細胞A」を、FES1から話して、右に寄せれば、学とみ子の考えに近づきます。
つまり、FES1から時間がかかって「細胞A」になることが示せるのね。
しかし、やっぱり、細胞B,Cはいらないはず。
ため息さんの図には、129/GFP ES細胞が先に出てくるけど、これも証拠が無いのね。
FES1から培養を繰り返したFES1由来株が、幹細胞に混じり、その後に、まだ、129/GFP ESは凍結までに培養したかもしれません。
BCA論文には、129/GFP ESと幹細胞間の塩基変異が書かれていません。だから、図につかえません。

ため息さんは、論文にないことを図示してしまうから、ダメなのです。