The association between in RSV infections early in life and subsequent respiratory abnormalities has been attributed to the impact of the infection itself or to some pre-existing susceptibility. These two possibilities, while contrasting. are not necessarily mutually exclusive.
さて、下線部まで終わらせたところでした。 >> The STAP stem-cell line FLS and the Fgf4-induced stem-cell line CTS were reported to carry a homozygous insertion of a single cag-gfp transgene with the genetic background of 129 female x B6 male (Extended Data Table 1). However, these cell lines had co-insertions of two GFP transgenes<5>, sperm-specific acrosin-promoter-gfp<6> and ubiquitously expressed cag-gfp<7> (hereafter designated Acr/cag-gfp)at chromosome 3, which originated from an Acr/cag-GFP B6 mouse strain<8> not described in the STAP papers<1,2>. These STAP cell lines were then compared with four ES cell lines—FES1, FES2,and two nuclear transfer ES lines (ntESG1 and ntESG2) (ref. 9)—established from crossing the Acr/cag-GFP mouse strain with 129 mice in the Wakayama laboratory in 2005 (Extended Data Fig. 1a and Extended Data Table 1). FES1 and FES2 cells shared homologous SNP patterns with these STAP cell lines over the entire genome, including the 129 X chromosome, while ntESG1 and ntESG2 cells bearing B6 X chromosome were excluded from the comparison. Furthermore, these STAP cell lines shared two genomic characteristics with FES1, but not FES2; first, two chromosomal deletions (Fig. 1a) are present only in FES1 and all Acr/cag-GFP STAP stem-cell sublines, but not in the other cell lines examined, in the paternal Acr/cag-GFP mice (frozen stock in 2010), or in potential maternal 129 substrains available in Japan. Second<→in Japan; second>, FES1 and the STAP cell lines with Acr/cag-GFP share large SNP clusters that differ between FES1 and FES2 in three chromosomes (Fig. 1b and Extended Data Fig. 1 b, c).These differential SNP clusters probably arose from chromosomal heterogeneity in the parental mouse colonies when FES1 and FES2 were established. It is highly unlikely that the Acr/cag-GFP STAP cell lines and FES1 all independently acquired these two unique deletions and inherited the same three mosaic chromosomes from parental mice. An ES cell stock, 129/GFP ES, was also found to share all these genomic features(Extended Data Table 1).
コメント
2023/03/22 URL 編集
釣りです。偵察です。んじゃ。
2023/03/22 URL 編集
2023/03/22 URL 編集
比較されているサンプルは以下でした。
①STAP -stem GLS1
②GOF ES
③STAP -stem AC129-1
④129B6F1 GFP ES-6
⑤STAP chip-seq control
⑥STAP -stem FLS3
⑦129/GFP ES
⑧FI-SC CTS1
⑨FES1 ES
⑩FES2 ES
⑪ntESG1
⑫ntESG2
⑬GOF mouse
⑭129 cag-GFP mouse
⑮B6 cag-GFP mouse
この欠失を共有しているのは「ES1 and all Acr/cag-GFP STAP stem-cell sublines」と書かれていますから以下です。
⑥STAP -stem FLS3 (木星リスト5番)
⑦129/GFP ES (木星リスト95番)
⑧FI-SC CTS1 (木星リスト11番)
⑨FES1 ES (京都大大田氏→山梨大先生→理研松崎)
この中の⑦に関しては周りに沢山の仲間があると指摘している。全部この欠失を共有している筈ですね。松崎は持ち出して調べているが報告が無い。
>>
93番 129
94番 129ES
95番 129GFP ES
103番 ES+/- +/-:FLSがheteroだと判明して
いたので+/-と書いた可能性あり
109番 129 GFP+/- 1 FLSのことだろう(小保方)
自分で作成
111番 129 GFP+/- 2 FLSのことだろう(小保方)
113番 FLS 4番? 4番ばかり使っていた
(4番は感じ悪いので自分で使用)
114番 129 F1 GFP+/- 2 FLSから。他人から受け取った
記憶は今のところない・・・
また、⑨の中身は山梨を経由しているので中身がFLSに入れ替えられている可能性の否定が出来てないと証拠能力が無いと指摘しているところですね。
2023/03/22 URL 編集
>>
The STAP stem-cell line FLS and the Fgf4-induced stem-cell line CTS were reported to carry a homozygous insertion of a single cag-gfp transgene with the genetic background of 129 female x B6 male (Extended Data Table 1). However, these cell lines had co-insertions of two GFP transgenes<5>, sperm-specific acrosin-promoter-gfp<6> and ubiquitously expressed cag-gfp<7> (hereafter designated Acr/cag-gfp)at chromosome 3, which originated from an Acr/cag-GFP B6 mouse strain<8> not described in the STAP papers<1,2>. These STAP cell lines were then compared with four ES cell lines—FES1, FES2,and two nuclear transfer ES lines (ntESG1 and ntESG2) (ref. 9)—established from crossing the Acr/cag-GFP mouse strain with 129 mice in the Wakayama laboratory in 2005 (Extended Data Fig. 1a and Extended Data Table 1). FES1 and FES2 cells shared homologous SNP patterns with these STAP cell lines over the entire genome, including the 129 X chromosome, while ntESG1 and ntESG2 cells bearing B6 X chromosome were excluded from the comparison. Furthermore, these STAP cell lines shared two genomic characteristics with FES1, but not FES2; first, two chromosomal deletions (Fig. 1a) are present only in FES1 and all Acr/cag-GFP STAP stem-cell sublines, but not in the other cell lines examined, in the paternal Acr/cag-GFP mice (frozen stock in 2010), or in potential maternal 129 substrains available in Japan. Second<→in Japan; second>, FES1 and the STAP cell lines with Acr/cag-GFP share large SNP clusters that differ between FES1 and FES2 in three chromosomes (Fig. 1b and Extended Data Fig. 1 b, c).These differential SNP clusters probably arose from chromosomal heterogeneity in the parental mouse colonies when FES1 and FES2 were established. It is highly unlikely that the Acr/cag-GFP STAP cell lines and FES1 all independently acquired these two unique deletions and inherited the same three mosaic chromosomes from parental mice. An ES cell stock, 129/GFP ES, was also found to share all these genomic features(Extended Data Table 1).
それぞれの細胞サンプルの由来は何か調査されてないか、調査されていても触れられていないままに、細胞間の特徴を比較したと言っているわけです。
2023/03/22 URL 編集
2023/03/22 URL 編集
>>
図表の捏造は確定してますが、ESを使った捏造かが問われてます。ES捏造は、判定されてません。ES捏造派は、図表捏造判定を拡大解釈してます。また、実験の責任分担も示していません。他の研究者も、図表作成に関連する実験をしていたことが、桂報告書に明記されてます。STAP細胞作成実験day7までは、捏造判定が無いです。ここも大事です。
仰る通りです。筆頭著者としての小保方さんの論文不正は事実なんです。無論、先生や笹井さん以下の責任著者にも応分の罪があるのですが、キメラが出来ていると思い込まされているとは言え、個別の自然現象記述に不正記述があるのは事実で、これは科学者として、レーゾンデートルに関わる不正なのです。キメラが出来ているのに脱メチル化してなかったらおかしいので、データをいじくり回したというのは、スピン屋稼業に転向した4馬鹿大将たちならやりそうなことですが、小保方さんは本物の科学者になりたかったのなら、決してやってはいけなかったことです。
地球が太陽の周りを回っているのであって、夜空の天空が回転しているのは地球の自転だという観察結果を知ったら、取り消さないと火あぶりだと教会に脅されても、主張し続けるのだ。脱メチル化してなかったら、先生、キメラは本当に出来たのですかと問い詰めなければならない。たとえ、それがラボのボスであってもです。たかがボスに嫌われるのが何だ。ジョルダーノ・ブルーノは自分の命を張って科学の客観性を守ったぞ。ましてや、脱メチル化実験をやらせたのは先生でしょうが。お前さんになぜキメラが出来たのかを気づかせようとしてテストしているんでしょうが、と批判するのは成長過程にある若い人に面と向かって発すると一人の才能を潰してしまうことにもなりかねないから、長い目で見守っていたということですよね。そしたらプイと出て行って、それを何も知らない理研がまた拾うことになってしまったということですよね。教育というのはこれはこれで子弟大変なんですね。
笹井さんや丹羽さんこそいい迷惑だったでしょうが、彼らとて先生を信じているから気づけないことがあったわけですね。小保方さんも同じく先生を信じているから気づけなかったのですが、脱メチル化実験の真実は笹井さんも丹羽さんも知りませんからね。二人は脱メチル化していたと、小保方さんを信じている。小保方さんはキメラが出来たと言われたことを信じているが、脱メチル化してなかったのを先生に持っていったら、これでは論文には使えないねと言われたからデータを改竄したということを二人に言ってないですね。これを当時正直に言っていたら、笹井さんと丹羽さんはすぐに変だと気づいたでしょうね。これは先生と小保方さんの間で何かあるとまではすぐに気づけますから、先生に問い合わせすることになるでしょう。こういう流れだったら、事件は違った結果になっていたかもしれませんね。先生もこの段階だったら説明できたでしょうね。才能は有るが未熟な若者なので教育中の経緯でこうなっていたんですと言えたでしょう。そしてヴァカンティ氏が手放してくれないからと説明して行くことになる。この段階だと大した問題にはならないんですね。そのまま進んだので、先生は論文がリジェクトされる方に望みをかけたんですね。そして万が一のためにサンプルの入れ替えもしておいたということです。
ですから、事件はある意味事故なんですよね。
論文不正に関しては、小保方さんの未熟さと先生のリクルートしたいという思いが重なってこうなって行ったんですが、こんな不正は他にも山ほどありますが、ひどい一罰百戒もあったものです。結果はトカゲの尻尾きりになってしまったということですね。
でもまあ、BCA報告書はこれはこれで面白いということです。
2023/03/22 URL 編集
2023/03/22 URL 編集
御白州の一言エロ坊主
後家さんのお尻を触ったり、大年増にポンチタビナシを見せるんじゃねぇぞ。
今日は天気が良いから、大負けにしてやる。
同心に、後50青竹でケツをシバかれて御放免にしてやらあ。
往来でおいらの顔見たら、お奉行様と土下座しな・・・
2023/03/22 URL 編集
2023/03/21 URL 編集
一言孤児
悔しければ事件名を挙げてみろ・・・
2023/03/21 URL 編集
2023/03/21 URL 編集
一言孤児
>何をどういう根拠で選んだのかというのが、裁判時などで重要視されるの評価です。これが無いぞと私は批判している。
一言居士 2023/03/21
https://katura1.blog.fc2.com/blog-entry-2077.html#comment9241
最高裁まで裁判をやった経験がないポンチタビナシが、何を粋がってるんだろ。チャンチャラおかしい。要するに乞食坊主が称えるあほだら教の様に、御託を並べて自慢しているポンチタビナシも、科学者からすれば一読にも値しないとなる。いい加減にそのポンチタビナシを終えば、学さんも最近サングラスをかけているのは、その所為だと気付かないとは哀れを呼ぶ・・
いちげんが じまんのポンチ ひきだして さいせんねだり
2023/03/21 URL 編集
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>>
一言居士さん
>何が何して何とやらをその中で過不足なく説明しないといけないのに、報告書の中には、なぜこの4細胞との比較が行われているのかが書き込まれていないのです。
理研は何らかの情報を得て解析する細胞を選んでいるので、公開されない情報を憶測するより、解析結果を尊重すべきです。
>その中のFES1とFES2は全ゲノムに対して、残存試料とSNPパターンが一致したと言っているわけですが、一致する背景マウスの細胞はいくらでもあり得るわけですから、
FES1とFES2は、違うコロニーのマウスじゃないか?が疑いが持たれる位に、ゲノムは異なってませんか?和モガさんが、早くから注目してましたけど。
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最初の「公開されない情報を憶測するより、解析結果を尊重すべきです。」という批判に対して反論すると、まず、「理研は何らかの情報を得て解析する細胞を選んでいる」ということは彼らが調査しているのですから当然ですが、何をどういう根拠で選んだのかというのが、裁判時などで重要視される<証拠能力>の評価です。これが無いぞと私は批判している。
次に「解析結果を尊重すべき」なのは、専門家であるという彼らのレーゾンデートルに関する動機があって安易には嘘をつけないという根拠から私は大まかには信頼するという立場です。だからこそ、<学生のntES=GLS>だという解析結果を受け入れているのですし、同時に引っ越し時に先生が学生のntES容器の中身を洗い出してGLSに入れ替えてないという証明がなく、客観的な<証拠能力>がないと判断するから、この解析結果からはどんな結論も出すことはできないのだと批判しているのです。又、<「僕のマウス」ES-1=AC1291,2=FLS-T1,T2>であるという解析結果も受け入れているどころか、これほど精査できたという専門的調査結果の精度の高さを賞賛すらしているが、「僕のマウス」ES-1は山梨にのみ存在していて、AC1291,2=FLS-T1,T2 は先生が言い逃れるために「小保方さんがポトリ」であるかのようにマッチポンプしたものでは無いのかという疑義に何の調査もなく、従って反証もないから、やはり、客観的な<証拠能力>がないと判断して、この解析結果からはどんな結論も出すことはできないのだと批判しているのです。
「公開されない情報を憶測する」のは桂報告書の虚偽を問題視しているからです。逆に「公開されない情報を憶測する」「べきでない」とする場合は、それはポジショントークであって、桂報告書の意図したところに従っている方が自分の生活に有利であるという立場からの主張に過ぎませんから、逆の立場からの主張との間にはただ生存競争があるだけで、こういう争いは別に学者の世界のみではありません。それが一般的な問題に過ぎないのは誰でも社会経験から分かっていることです。こういう現実の生活の場では"政治"或いは"経営"が法に則って調整して行っているだけの話です。
対して、学問というのは裸の真実を追求するものですから、客観性が重んじられる。自分が不利になっても正しいものは正しいという立場です。地球が太陽の周りを回っているのであって、地球を中心にして空が回転しているのではないという主張は当時の教皇支配の教会の利権を揺るがすものだったから地動説のジョルダーノ・ブルーノは火炙りの極刑に処せられたのです。ブレヒトは読まれたでしょ。マックス・ヴェーバーが頭を抱えて"マギーからの解放"と訴えた理由はお判りでしょ。人は赤ん坊としてこの世に生を受けた時、無知です。過去の知識を全て弁えて生まれたのは天上天下唯我独尊と言葉を発して生まれたとされている仏さんくらいのものです。魔女狩りの原始信仰は教育の不備と各自の持って生まれた資質である運命の所為で今でも残っているのです。
学問は客観的である「べき」なので、そこにしか価値はありません。
学問の目指しているものは"第一句にして得る"ということで、全ての過去の知識を備えて生まれてきたとされる仏さんにたいして先生となれる発見をする、つまり"祖仏のために師となる"ということです。
生存競争言辞は法の支配下でルールに従って調整されているから少なくとも日本国は"治まっている"のです。シナやロシアと違うところですね。
法の支配下での"政治"あるいは"経営"による調整は、"裸の真実"が分かった上での判断になりますね。STAP事件の"裸の真実"が分かりたければ自分で調査検討するよりありません。木星さん、DORAさん、佐藤貴彦さん、和モガさん、Ts.Markerさん、Ooboeさんとパートナー氏、Hidetarou氏、アルイミオウジ氏、ガンバレブログの西岡医師達がその労を取りました。私がここに書き込んでいるデータは全部彼らが集めたもの、そして指摘した事柄です。私も調べて貢献している部分も幾分かは有りますが、総じて私はそれを集約しようと努めてきたのです。
二番目の問いかけに対しては今から始まる課題ですね。ため息ブログの自発的閉鎖が無い限り、また、学さんの許可の有る限りは書き続けられることになるでしょう。
2023/03/21 URL 編集
学さんへ
①勿論、F1の残存サンプルが全て雄であることとGLSが全て雌であることの問題性はSTAP細胞が原則雌雄混合細胞で作成されていると論文に書かれていることと単純には矛盾していることにある。
②まず先に、GLSはGOF ESであることが証明されています。学生が小保方さんに渡したntESの一皿がGOF ESだとされているので、学生が作成時に核移植した細胞核がたまたま雌であったからシャーレ内のすべてのntES株は全て雌であったということになる。先生がGOF ESサンプルの中身を引っ越し時にGLS に入れ替えていなかったとしたら、小保方さんが犯人であると言うことになるのですが、入れ替えられていないという証明がないから、桂報告書は虚偽報告だと言っているわけです。GLSも全て雌です。これも酸浴時には雌雄混合であった筈のものです。どういう培養バイアスなのかと考えるより、GLS が先生の作ったntESだからたまたま雌の核を挿入したものに当たったのだと考えた方がシンプルに説明できるということです。
③次に、129B6F1の各種残存細胞に関しては全て雄だということですが、これも私の説明ではたまたま雄の核を挿入したクローン胚がntES化されたから全部雄になったということですが、桂報告書は「小保方さんが太田ESの残存サンプルをポトリした」からキメラが出来たという論証を行おうとしているのですから、FES1が雄であったから関連細胞が全て雄になったのだと主張しているのです。その際、犯人は分からないとしている論証は間違った論証で、誰も知らないと答えている大田ESのFES1置き忘れ細胞が解凍されたのなら意図的コンタミに決まっていて、意図的にそんなことをすると考え得るのは動機面から小保方さんしかいないので、小保方さんがが犯人だと言っていることになるから、後付けで理由になってない「犯人は分からない」という間違った論証説明は無効な叙述になっていると指摘したところですね。
④そして、今回検討課題にしている問題として、桂報告書とBCA報告論文は、残存F1細胞サンプルについて<「富山大学の西園啓介助教が太田論文の細胞ではないかと仄めかした」というストーリーを前提して>いるにも関わらず、報告書には直接的にはなぜそんな細胞と比較しているのかという説明はないと指摘した上で、なおかつ、西園氏の示唆した太田論文の細胞は129/B6であって、B6/129ではないという問題をなぜスルーしているのかと指弾しているわけです。
大田氏の論文はntESの論文です。FES1,2は受精卵ESで、太田論文には何の関係もない。これについてはまだ大田氏の日経サイエンスへの説明があるが、雌がB6であるntESG1,G2に関しては無論論文細胞でないことは明確なのに、大田氏の説明すらない。そんな細胞をなぜ桂報告書とBCA報告論文は比較から外したと言いながら、実際には分析して比較対象としているのかと指摘しているのです。又、本来の論文の129/B6のntESに関しては全部で6株京都大に持ち出したと言っているので残りの2株である筈だが、当然MTAの締結がなされていなければならないもので、理研は知っている筈であるにも関わらず、どうしてそれを取り寄せないのだと、実証の不備を指摘したということです。
学さんの訂正された通りです。有難うございました。
2023/03/20 URL 編集