結論ありき 2019年7月ー8月の議論

結論ありきの議論についての興味深い点をコピーしておきます。
http://blog.livedoor.jp/peter_cetera/archives/7445342.html 5279. L 2019年07月27日 18:58 仮説に戻ったSTAPにおいて、想像による新規性の議論をする意義を認めません。「基本的データを積み重ね、新規の現象でもデータの定量化に努め、再現性を高める努力」をするべきなのは当然ですが、それは筆頭著者に限られた話ではありません。論文の共著者は、その努力をシェアするのが当然であり、責任は著者全員で共有されるべきと思います。

「発掘物」の例えに戻りますが、道筋が全てデタラメであれば議論する余地は無いです。しかし、検証実験の結果から、最初の一歩二歩くらいは、おぼろげながら道筋が示されていたと、科学的には解釈できます。この点が無視された事が、個人的には引っかかります。もちろん二歩目以降はデタラメであり、発掘物は仮説に戻ったわけですが、だからといって、最初の一歩を無き物にして良いと私は思いません。何らかの事実(GFP陽性の細胞がFACSで検出され、免疫染色でも多能性マーカーが一部検出されている事)が見られている、という「科学の言葉」が、最終的な結果(キメラ)が定量的に再現されなければ全否定、という「社会の言葉」でかき消されているように思えて、気持ち悪いです。
  • 5280. L
  • 2019年07月27日 19:00
  • 一部「白」が混じっている状況を、科学として定量的に表現するならば、例えば5%「白」95%「黒(もしくはグレー)」とされるべきなのに、100%「黒(僅かにグレー)」との解釈で社会(これは一般社会だけでなく研究社会も含むでしょう)に受け入れられている状況に対する違和感を、ずっと感じてきました。意義や市場価値ではなく、科学的に見たときのフェアネスの話です。5%の「白」を認めた上で、95%の「黒・グレー」を裁くのがフェアと信じます。桂調査委の結論は妥当と思いますが、調査とは独立して行われた検証実験の評価は非科学的です。丹羽先生が最初におっしゃったように、真実の探求のために検証実験を行なったのなら、ありのまま評価すべきでしたが、そうはなりませんでした。もしスケベ心で行われたなら、完全再現が求められたわけで、完全再現しないのであれば、5%「白」の科学的正当性にこだわる意味がない、逆に「社会の言葉」に擦り寄って100%「黒」とするほうが傷が小さくて済む、という事でしょうか? 組織としての傷を最小化するためならば、科学の言葉を自ら封印する事も厭わないというのであれば、とても悲しい事ですね。                           
  •  すこし整理して意見を述べたいと思います。まず経緯等への私の評価です。
    ❶STAP論文の記載内容は、論文撤回時点以降、科学上の仮説ではなく「知見・事象・意見群」となったと考えます。
     イ.検証可能な対象としては論文が存在しなくなった為です。
     ロ.論文撤回前(2014年4月16日)の言明ですが、笹井さんの記者会見資料における以下の表現には
       科学哲学を齧ったものとしては違和感があります。
       http://www3.riken.jp/stap/j/s3document1.pdf スライド冒頭
    ❷石井委員会、桂委員会の調査の結果としてSTAPに関する「知見・事象・意見群」はその基盤となるデータの不在が顕著であり、「知見・事象」の存在自体疑問であることが明らかになりました。
    <続く>
     
5285. 澪標

2019年07月30日 08:08

 すこし整理して意見を述べたいと思います。まず経緯等への私の評価です。
❶STAP論文の記載内容は、論文撤回時点以降、科学上の仮説ではなく「知見・事象・意見群」となったと考えます。
 イ.検証可能な対象としては論文が存在しなくなった為です。
 ロ.論文撤回前(2014年4月16日)の言明ですが、笹井さんの記者会見資料における以下の表現には
   科学哲学を齧ったものとしては違和感があります。
   http://www3.riken.jp/stap/j/s3document1.pdf スライド冒頭
❷石井委員会、桂委員会の調査の結果としてSTAPに関する「知見・事象・意見群」はその基盤となるデータの不在が顕著であり、「知見・事象」の存在自体疑問であることが明らかになりました。
<続く>                      
5286. 澪標   2019年07月30日 08 ❸検証実験はその設立時のアナウンス文書で明らかなように、分析的と言うよりは優れてホーリステッィクなアプローチによるものでした。
 イ.アナウンス文書(文書、スライド)は文書とスライド間の用語・定義が不統一であり、総体として
   曖昧模糊としたものとなっています。
   http://www3.riken.jp/stap/j/e24document7.pdf
   http://www3.riken.jp/stap/j/b9document1.pdf
 ロ.加えて検証結果報告会見における相澤氏の「STAP現象」定義の大幅インフレーションとも言える発言も
   検証実験そのものの価値を毀損することとなりました。
   https://www.youtube.com/watch?v=euqDzMi7lNo
   検証実験の記者会見での相澤さんのTBS矢野記者からの質問への解答
   矢野記者:4月の会見で小保方さんはSTAP細胞の作成に200回成功したと言っているが・・・
   相澤さん:小保方さんがSTAP現象に200回成功したというのは、・・・STAP現象の定義は
        不明だが、仮に緑色蛍光細胞塊の出現とするならば、・・・200回は不思議では
        ないが・・・
❹ある意味皮肉なことに検証実験の結果、「知見・事象・意見群」中、「GFP陽性の細胞がFACSで検出され、免疫染色でも多能性マーカーが一部検出されている事 」等ごく一部の知見の再現が確認されました。しかしながら、ホーリステッィクなアプローチを自己規定していた為か個々の現象・知見に対する分析は行われませんでした。 
 
  •                           
  • 5292. 傍観者
  • 2019年07月31日 13:33
  • Lさん、
    「個人的な見解としては、基本姿勢を教育するのは比較的容易ですが、自己流の部分を信じて展開する強さを教育するのは困難と思っています。筆頭著者がナチュラルに持っているように見えた自己流の部分に、理研の一流の研究者が惹かれたことについて、私個人としては理解できる部分があります。」

    STAP細胞の発見の発表がなされ、小保方さんの人となりが報道されたばかりの頃は私も、これは特別な資質を持った科学者が現れたのではないかと感銘しました。だから、理研の一流の研究者にしても、Lさんにしても、小保方さんに惹かれた事は理解できます。利根川進さんが、一流の研究者には「失敗にめげない楽天性と精神的強靭さが必要なんですね」と言っています。小保方さんはそういう資質の持ち主なのではないかという印象を受けました。小保方さんが捏造の常習者である事を知らなければ、そういう見方をするのは仕方がないでしょう。でも、その後に明らかになった事実を前にすると考えを修正する必要に迫られます。

    平凡な研究者が失敗にめげるのは、労力をかけたのに思ったような結果が出なければがっかりするのが人情だからです。でも労力をかけずに結果を作ってしまう事が出来てしまえば、事情は変わってきますね。

    新しい発見をするには人と違う事をする事も必要です。でも、それだけでは十分ではありません。少し地面を穿っただけで、この先に金脈があると宣言をする事は出来ません。労力を欠けて掘り進まなければいけないのです。そして多くの場合、それだけの努力をしても、よほどの運かセンスがなければ失敗に終わる事も多いのです。
  • 5293. 傍観者
  • 2019年07月31日 13:35
  • ノーベル賞受賞者の言葉を権威づけに使いたくはないですし、利根川さんに問題がある部分も承知していますが、流石に科学についての見方には鋭い部分があると思うので、利根川さんの言葉を少し引用して見たいと思います。出典は立花隆さんがインタビューを本にまとめた「精神と物質」です。

    「サイエンスでは、自分自身がコンヴィンス(確信)するということが一番大切なんです。自分がコンヴィンスしていることなら、いつかみんなをコンヴィンスさせられます。まず自分をコンヴィンスさせるというのが一番大変なんであって、人をコンヴィンスさせるなんて、そう大したことじゃない。ただ、人によってはね、簡単に何でもコンヴィンスしちゃう人がいるけど、あれはダメよ。そういう人は、間違ったことをすぐ正しいと思いこんでしまうからね。

    自分自身に何度も何度も、本当にそうなんだろうか、絶対間違いないんだろうか、と問い直して、いやこれで絶対に間違いないと、時間をかけて、徹底的に問い詰めた上でのコンヴィンスね、これができればいいわけです」

    小保方さんに欠けていたのはまさに、自分自身に絶対間違いないんだろうかと徹底的に問い詰めることですね。緑色の蛍光を見ただけで、他の可能性を考えずに、リプログラミングが起きたと簡単にコンヴィンスしてしまったのでしょう。
  • 5294. 傍観者
  • 2019年07月31日 13:37
  • 「間違った仮説のもとに実験をやっていれば、当然、はじめの予測と実験結果がずれてくるわけです。そういう場面にぶつかったときにどうするかで、正しい方向に戻れるか、どんどん間違った方向に深入りしてしまうかがわかれる」

    予想と違う結果が出た時に小保方さんがしたのは、正しい方向に戻ることではなく、捏造をして自分の欲しい結果を作る事でした。必要なのは、事実を元に考えを修正する事でした。

    Lさんにしても、事実を元に小保方さんに対する見方を修正する事が必要なのではないでしょうか。
  • 5295. L
  • 2019年08月01日 06:08
  • 「5%白」というのは、検証実験でのFACSのデータです。検証実験のqPCRについても、GAPDHのCt値を含めraw dataを全部出せば、白いところが見えてくる可能性があります。筆頭著者の振る舞いなど、データの科学的な解釈と関係ない部分に左右される事なく、信頼性が確保されている検証実験のデータ解釈だけで議論すると良いと思いますよ。このFACSは、私から見ると決定的で、このデータで自分の考えを変えました(それまではあの実験ノートを見て真実はどこにもないだろうと思ってました)。

    筆頭著者の検証実験FACSで検出されたGFP陽性細胞は、丹羽先生の検証実験やDaleyの検証実験では検出されていません。相澤先生の論文では、このFACSのデータを示すべきでしたが、全く触れられていません。「再現しない」という結論を支持するデータだけをcherry pickしたように、私には思えます。科学の言葉は封印されたという事です。

    元論文のデータの方は検証不能で信頼性が無いので、黒白の根拠にしていません。以前も述べましたが、仮説は証明するものではなく、検証するものです。間違った仮説を元に実験すれば、仮説を棄却する結果が得られ、その結果に基づいて新たな仮説を立てるのですよ。実験結果がずれれば、それは仮説が間違っているという事です。STAPチームに欠けていたのは、蛍光顕微鏡で光って見えた細胞が、自家蛍光かどうかを判別する実験系をきちんと組まなかった事で、これはチームとしての責任ですよ。

    はなさんには感謝します。私が言っても通じませんが、はなさんが翻訳してくれれば、体内時計さんにも私の意図がある程度通じる事が分かりました。ありがとうございます。
  • 5296. L
  • 2019年08月01日 06:31
  • 傍観者さんのコメントをよく読まないでコメントしてしまったので、少し追加します。

    緑色蛍光を実験系の不備で誤認した後、ES混入キメラでチームは完全に前のめりになり、以後はつじつま合わせの捏造になってしまった訳ですが、その段階では仮説に合わないデータも出たりしてたように記憶しています。そのデータを見た、指導的な立場にある方々が、「このデータはこれまでの仮説に合わないから、仮説自体をもう一回評価し直そう」という意見を出して、方向を切り替えようとしたという話を聞いた記憶がありません。逆に、「そのデータでは論文に使えない」という意見が出たと記憶しており、このような状況では、筆頭著者一人ではなく、チーム全体で前のめりに間違った方向に走ったと解釈すべきではないですか? 事実を元に考えを修正して行く必要があったのは、筆頭著者だけでなく、指導的立場にあった方々を含めたチーム全体であったと、考えるべきではないですか? 筆頭著者の捏造を肯定しているのではないです(桂調査書の結論は支持してます)ので、誤解ないようお願いします。                          
5299. L                            

2019年08月01日 08:14
  • ハンドルさんへのお答えです。

    検証実験の話をしてます。データは全て理研で管理されているはずです。STAPに新たな知見があってほしいなんて、思ってません(そんなに暇でないです)。GFP陽性細胞が検証実験のFACSで検出されている事に言及しており、すでに示されているデータをフェアに評価したらどうですか、事実認定のプロセスが間違ってませんか、と問いかけてます。

    研究倫理は、杓子定規なレクチャーではなく、現場で身に付けるものではないかと思います。研究倫理が崩れている現場で過ごせば、身につかないですよ。たらればですが、「研究者として優れ学生の適性まで見てくれる力量のある指導者についていたら」どうなっていたか、興味深い問いですね。最初から笹井先生や丹羽先生についていたら、どうだっただろう、と思いますよ。早稲田・女子医やVacantiラボの環境とは違うものが得られたのではないでしょうか?                                                       
  • 5301. 傍観者
  • 2019年08月01日 11:25
  • Lさん、
    「「5%白」というのは、検証実験でのFACSのデータです。検証実験のqPCRについても、GAPDHのCt値を含めraw dataを全部出せば、白いところが見えてくる可能性があります。筆頭著者の振る舞いなど、データの科学的な解釈と関係ない部分に左右される事なく、信頼性が確保されている検証実験のデータ解釈だけで議論すると良いと思いますよ。このFACSは、私から見ると決定的で、このデータで自分の考えを変えました(それまではあの実験ノートを見て真実はどこにもないだろうと思ってました)。」

    このFACSのデータというのは、http://www3.riken.jp/stap/j/e3document9.pdfの7ページの左の図の事ですか。これについてはhttp://www3.riken.jp/stap/j/r2document1.pdfの2ページ目に以下のように記述されています。
    「これとは別に、それぞれの酸処理ごとで STAP 様細胞塊がどの程度出現するかの割合を、フローサイトメーター(FACS)を用いて解析した。19 回の酸処理それぞれについて解析を行った結果、リンパ球をはじめとする血球系細胞の分化マーカーである CD45 が陰性で GFP 陽性である STAP 様細胞の集団が、全体の 9%であったケースと 6%であったケースがそれぞれ 1 回認められたが、その他のケースでは有意な出現は認められなかった。」

    19回試した内、2回だけこのような結果が出たのなら、決して代表的(representitive)な結果とは言えませんよね。もしかしたら生物学的に意味ある現象かもしれませんけれど、何らかのartifactかもしれません。Lさんがアンフェアだと批判する検証実験報告ですけれど、むしろ私は、小保方さんにフェアであろうと慎重になっていると感じました。
  • 5302. 傍観者
  • 2019年08月01日 11:29
  • (上から続く)

    Lさんは他グループによる検証実験について、「「再現しない」という結論を支持するデータだけをcherry pickしたように、私には思えます」と書かれていますが、これは根拠なき陰謀論的な非難ではないですか。Lさんが、小保方さんの19回中の2回の結果を「決定的」だと主張している事の方がcherry pickしているようで、ダブルスタンダードだと感じます。

    qPCRについては、私は丹羽さんの25ページの多能性マーカー遺伝子の発現解析について、生のデータを見ないと本当にこれらの遺伝子が発現されているかどうか確信できないと感じていたので、Lさんが同じタイプのデータについて正反対な反応を示している事に皮肉を感じました。何れにせよ、Lさんや私がどう思うと、これらのデータは決定的ではありません。

    Lさん、
    「そのデータを見た、指導的な立場にある方々が、「このデータはこれまでの仮説に合わないから、仮説自体をもう一回評価し直そう」という意見を出して、方向を切り替えようとしたという話を聞いた記憶がありません。逆に、「そのデータでは論文に使えない」という意見が出たと記憶しており、このような状況では、筆頭著者一人ではなく、チーム全体で前のめりに間違った方向に走ったと解釈すべきではないですか?」

    私も、例えばメチル化のデータについての若山さんの応対は、データの捏造を見逃したばかりでなく、cherry pickを黙認するような物で、非常に問題があったと思います。でも、だからこそ若山さんは責任を感じて、率先して論文の撤回を呼びかけたのだと思います。その点について、他の共著者達よりも誠実な対応だったと思います。だから若山さんに批判が集中するのはおかしな事だと思います。
  • 5303. 傍観者
  • 2019年08月01日 11:37
  • (上から続く)

    Lさん、
    「科学的に信頼できるデータ(=検証実験と桂調査報告)に基づき、事実認定をきちんとした上で、不正認定するのであれば、問題ないのです。桂調査委はこの点に関して真っ当であり、異論ありません。検証実験報告が問題だと考えていますが、理由は上に述べたとおりです。」

    私はそもそも検証実験を不正認定に使うのはおかしいと思っています。ある研究者がこういう結果が出るはずだと予想して、実験しないで捏造して論文を発表したとします。もし検証実験をして、その研究者の予想通りの結果が出たら、その研究者は潔白だという事になるのですか?それはおかしいでしょう。

    理研が検証実験をした理由は以下のような点にあると思います。本来なら小保方さんがデータやノートの提出を拒否した事が不正認定に十分な条件であるべきです。そうでなければ、ごねて調査を拒否した方が得という事になって、真相の解明につながりません。所が、理研の規定の不備で、それだけでは不正認定をする事は出来ませんでした。もう一つの理由は、理研は本当にSTAP細胞があるのかを確かめたかったのだと思います。STAP細胞が実在すれば、理研にとってプラスになりますから。さらに言えば、世間が「本当にSTAP細胞があるのかないのか」を知りたがっていたという面もあったかもしれません。でも、それは不正があったかどうかとは独立した問題です。
 
 
5307. L
  • 2019年08月01日 15:55
  • 以前の繰り返しになっているようで、意味が無いようです。一応返答しておきます。


    5301. 傍観者さんは研究者ですよね。断定を避けて、可能性の余地を残したコメントをしてますからね。私の認識としては、19回やって2回みられた現象がアーチファクトかどうかは、同様の実験をした他の方が同程度の頻度でこの現象を見ているかどうかで判断できると思います。特に丹羽先生の実験では同じ研究チームでFACSをやって0回、複数の国際チームでやっても0回である事から、コモンに見られるアーチファクトを見たのではないと思いますよ。19回やって2回、他の蛍光の上昇を伴わない、緑色蛍光陽性の細胞を5-10%認め、同様の実験をした他の研究者はその現象を全く認めないと言う事実をどう評価するか、raw dataをそのまま論文にしてreaderやreviewerに判断を委ねたらどうでしょう?「自家蛍光ではない緑色蛍光を出す細胞が、筆頭著者の実験でのみ見られた」と言う事については決定だと思います。その解釈は人によって分かれるとは思いますけどね。

    検証実験の結果を持って、不正認定せよとは言ってないですよね? 検証実験の結果をありのままに世に出して欲しい(論文にして欲しい)、それがフェアだと考えていると言う事です。繰り返しますが、不正認定を変えよなどとは言っておらず、桂調査委の判断に同意すると述べています。
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