結論ありきブログにおける、Lさんへの見解です。

結論ありきにかかれたLさんのコメントです。

LさんはBCA論文をお持ちで無いそうです。無料論文の紹介をされた方がいますが、読むのも違法なので、Lさんは読まないでしょう。読むと、さらに、ES派の追及にあいますし。

その前に少し書きます。
結論ありきのLさんコメント分近くに、アノ姐さんの自己紹介コメントがあります。
アノ姐さんも、中間管理職だったことがあるようです。

以前、学とみ子がアノ姐さんの文章を読んだ時、役所、保健所のような権威ある職場の人であることはすぐわかりました。

アノ姐さんは、ご自身が経験した周りの人たちと同じような評価を、小保方氏にも適用するのです。

小保方さん、Lさんなどの超エリートたちは、アノ姐さんが、生涯で決して会うことができないであろう人たちでしょう。

この間の、野菜をわける話も、子どもからも注意されるような話です。


アノ姐さんは、知識不足の正義感を振り回すので、関わった医療機関の被害は甚大だったでしょう。上司もアノ姐さんを押さえるのが大変だったと思います。

ただし、時にはアノ姐さんは、なかなか良い文章も書くので、あるところまではキャリアアップはしたようです。

では、本筋のLさんへコメントの紹介です。難しく書かれていますね。

5336. L
2019年08月11日 02:32
AC129については、129ホモのはずが129/B6ヘテロと判明した時点で、細胞混入です。さすがに129とB6を間違えて交配する事は無いでしょう。

小さな欠失など、局所的な染色体構造変化が完全に一致する場合、同一細胞起源の議論においては、強力なエビデンスになります。複数の構造変化が一致してる場合、疑う余地は無いでしょう。

ただし、B6ホモ領域のわずかな違いは留意する必要があるかもしれません。例えば、129B6F1ES1~6の間で、B6ホモ領域に違いがあり、129側の配偶子形成時の減数分裂組み換えに起因するとされています。chip-seqのSTAP細胞サンプルではB6ホモ領域の境界が、129B6F1ES1とは異なるならば(報告書には境界が完全一致かどうか書いてないと思います) 、同様の論理で異なる配偶子由来の可能性も考える必要があるかもしれません。

いずれにせよ、細胞混入の結論に変わりはないでしょう。129B6F1ES2~6の中に、ES1と同じ性別で、同一の構造変化を持ちながら、B6ホモ領域が微妙に異なるラインがあれば、説明つくと思いますが、報告書を見てもはっきりしないですね。


5338. L
2019年08月11日 03:45
近交系の場合、変異が定着する場合はホモに収束します。興味深い事に、若山研の129 CAG-GFP マウスでは、第6染色体に129/B6ヘテロの領域が残っているとされており、近交系でCAG-GFPホモマウスを維持していたのかどうか、不明です。SNPなので、生存・繁殖バイアスによりヘテロが選択されるとは考えにくく、CAG-GFPヘテロを129に戻し交配し続けていた可能性もあるかもしれません(このマウスがCAG-GFPホモかどうか、報告書には記載されていないように思います)。

AC129に関連して、129B6 F1ES1~6のSNPが調べられており、すべてのラインで、「第6染色体中程に B6 ホモ 領域を有していた」と記載されています。もし、これらのES樹立用の交配で用いられた129 CAG-GFPでも第6染色体に129/B6ヘテロの領域が残っているならば、B6 CAG-GFPと掛け合わせた場合、確率論的には、第6染色体中程に B6ホモ領域を持つ胚と、同じ領域が129/B6ヘテロになっている胚に別れても良いように思います。その場合は、それぞれから樹立されたESラインも、第6染色体中程がB6ホモになるラインと129/B6ヘテロになるラインが共存しても良いような気がします。もちろん、減数分裂時の組み替えでこの領域がすっかり混じってしまうのであれば、その限りではありませんが、その場合はB6ホモが続くクラスターになるのではなく、第6染色体中程でB6ホモと129/B6ヘテロのSNPが混ざる形になるような気がします。改めて見るとなんとなく腑に落ちない気もしますが、BCAの方では何か書いてありますか? (すいませんが、今この論文にアクセスできる環境にありません。)
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コメント

No title

Ts.Marker
答えは、狭まってきたね。

No title

学とみ子
本人の細胞を多能化細胞に巻き戻す方法というのは、再生医療の頂点に位置する技術ですね。

細胞や臓器を本人自身に作らせる治療ですから、拒絶反応が避けられますし、もしうまく移植細胞が生着しなければ、その人の中で、移植細胞はアポトーシスしたり、効率よく処理されて消えていくでしょうからね。

No title

学とみ子
> STAPある派さん
>若山さんがChIP-seqのためにたくさんのマウスを使う必要があり

若山氏は、遺伝子構成など興味がなかったのではないか?と思うので、他の目的だったのでは?と、学とみ子は想像します。

もし、人の再生医療にSTAPを生かすことを考えたら、患者さんの細胞をとってきて、酸浴後細胞を(再度、患者さんに戻して)利用するわけだから、クローンマウスで実験してみても良いのかもですね。

科学界は、クローン説はとても避けたい想定論でしょうから、科学者の方から、ChIP-seqの単一細胞パターンとなる理由につき、他にどのような状況を想像するか?について、推論を聞かせて欲しいですよね。

No title

STAPある派
FLSも雄ばかりだったけど、ChIP-seqも雄ばかりだとはね。小保方さんが渡されたマウスはクローンだったかも。ある時期、STAP細胞が沢山出来るようになったというのが引っかかっていたけど、クローンで細胞が均一だったせいじゃないか。古田さんが増殖しないSTAPで(大量の細胞が必要な)ChIP-seqが出来るのかという質問をしていたけど、若山さんがChIP-seqのためにたくさんのマウスを使う必要があり、そのときの細胞の均一性を考えてクローンを渡していた可能性もあるんじゃないか。それなら、小保方さんが細胞をかき集めても問題にならないし、inputの解析でも単一細胞になるから。

No title

Ts.Marker
同Lさん ちなみに

chrX Mean coverage : chrY Mean coverage

WGS
GLS1 (DRR028634) 8.122 : 0.119 cal. by kansoさん

ChIP-seq input
CD45+ (SRR1171555) 1.009 : 0.103 by Aruimiさんbam使用

GLS1はX 染色体上の構造異常

CD45+ ♀だけでやったんですかね。

No title

Ts.Marker
同Lさん確認しました。

chrX Mean coverage : chrY Mean coverage

WGS
STAP ChIP-lysate (DRR028660) 7.217 : 6.518
STAP ChIP-lysate (DRR028661) 7.106 : 6.413
AC129 (DRR028636) 7.283 : 6.466
AC129 (DRR028637) 7.235 : 6.432

ChIP-seq input
ESC (SRR1171564) 0.428 : 0.374
STAP (SRR1171584) 0.376 : 0.333
STAP-SC (SRR1171589) 0.442 : 0.381

by Kanso's depth-hist.py ただし、0リードは除く.

やっぱり♂ばかりだったのか?

No title

Ts.Marker
同Lさん
>> tt @ts_marker
2018年4月17日
誰かさんの.py を少し変更してX、Yのカバレージカウントしてみた。
ざっと見た感じAC129とSTAP cell lysate は特に大きな差はないようだ。

昨年、ちょっと見てみましたが 1:1だった記憶です。が、整理が悪くデータが見当たりません。1年ぶりにLinux稼動させて確認してみます

No title

Ts.Marker
ところで
STAP ChIP-lysate の性別、単一細胞ラインってのは誰がどんな方法で調べたんだろう。
調査報告書にも、BCAにも書いてないけど。

とりあえず、WGSではX,Y共にリードはある。

No title

Ts.Marker
上の論理で行くと
AC129Type と ES6Typeは129の親が別の可能性もありますね。

No title

学とみ子
plusさんのため息ブログコメントです。

>派生したものが同じひとつの細胞由来であるという保証はどこにもないです。

一個の受精卵から分裂してきた細胞の遺伝子DNA配列は同一です。一個の受精卵から複数細胞が生じて、そこからES細胞を作ったら、遺伝子DNA塩基配列、SNPパターンは同一です。但し、細胞一個の状態では遺伝子DNA測れませんので、同一DNA配列細胞を増やします。

細胞塩基を決定する時、細胞一個レベルの塩基の変化は反映しません。つまり、単細胞の塩基決定は、技術が進んだようですが、ここでの話ではありません。

No title

Ts.Marker
同Lさん

B6ホモの領域のSNPはざっと2万は下らない。
(再掲https://twitter.com/ts_marker/status/997728324829958144)

+なんとかさん

「祖となったマウス」は、比較に使えないな。

No title

Ts.Marker
同Lさん
「その場合はB6ホモが続くクラスターになるのではなく、第6染色体中程でB6ホモと129/B6ヘテロのSNPが混ざる形になるような気がします。」

あんまり気にしてなかったけど、
「現在、山梨大学若山研で維持されている 129 CAG-GFP マウス」(MTAに載ってなかったけど)は、一回例の箇所も129ホモのマウスと交配した可能性が高いね。

No title

和尚
もしそんなコメントしか返せないのなら結局、自分たちが(も?)クズデス、とを自白しているようなものなんだけど

No title

学とみ子
plus99%さん 2019年8月12日 8:18 PM のコメントです。

>ES1というのはどれのことであるかわざわざ不明瞭にしたりね。

ここのES1はもう決まっているの。FES1の話ではないのよ。なぜなら、そこが皆共通の話題だからです。ごましあっているではないのです。

No title

学とみ子
2019年8月11日 6:31 PMのため息さんのコメントです。上記のLさんのコピペです。

ため息さん、SNPの意味が全然わかってないで、このLさんの一般的説明を、こちらへの反論として使えると思ったんですかね。

AC129がESから作られたとするなら、領域的なDel、Dupの一致に加え、細胞遺伝子塩基の個別変化も共有する必要があるといってます。

ため息さんは、学とみ子を論破しているふりをいい加減にやめたらどうですか?

>「小さな欠失など、局所的な染色体構造変化が完全に一致する場合、同一細胞起源の議論においては、強力なエビデンスになります。複数の構造変化が一致してる場合、疑う余地は無い

No title

学とみ子
STOP細胞さんのコメントです。
2019年8月12日 1:13 PM
>こういうこと(その前後の文面も)をいけシャーシャーと書ける人格って、どのようにして製造されるのだろうか?

普通の関係では書けませんね。
そちらに書き込まれる悪質な学とみ子攻撃があってこその、学とみ子側からの反撃です。そちらは全員で、悪口を書き続けています。謝罪しきれません。

そちらの悪口の方が、ずっとひどいです❗️

小保方氏を、証拠なく捏造犯とするそちらの人たちは、このくらい言われても仕方ないです。ESだと言ってるLさんをいくら追及しても、仕方ないじゃあないですか?

支払基金、保健所等からの理不尽な要求で、医療機関が訴訟騒ぎを起こすことがあります。

病気も、科学も知らない人たちが、ミスするのです。

多くの役所、保健所関係者は、常識のある人たちですけど、彼女は異質です。子どもにグサッと言われるでしょう。

No title

学とみ子
大きな変化は、配偶子、(すなわち卵子と精子)形成時に起きる。一方、1塩基変化は細胞増殖に伴い偶発的に起きることが多い。

1塩基変化を持つ細胞から、次の細胞になる時、その1塩基変化を引き継ぎます。
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