結論ありきブログのLさん解説です。


5407. L
2019年08月26日 20:39
構造変異 = 欠失、重複、転座、など
一塩基変異 = SNV(培養獲得変異を含む)、SNP、など

ですので、誤解ないようお願いします。

培養で獲得された「構造変異」が一致する場合は、同一細胞起源と断定して良いと思います。FES1系の「構造変異」は、培養で獲得されたものと考えられるので、これだけで細胞起源を決定できます。FES1系のSNP情報は、細胞及びその元となったマウスの系統を知るのに有用ですが、細胞の同一性の議論にはあまり役立たないと思います。ため息さんのご意見も、こんな感じではないかと思います。

一方で、親に受け継がれている「構造変異」の場合は、兄弟間や世代間でそのレプリカが保存される可能性があり、単純ではないです。AC129はこちらのケースに当てはまるので、B6ホモ領域のSNP情報を組み合わせたのではないかと思いますが、それが細胞起源の議論に役立っているのかどうか、私には疑問です。

5408. L
2019年08月26日 21:13
やっぱりさん

>桂報告書でいうSNPsとは、NGS解析によってマウス標準塩基配列(mm10)と比較して一塩基が異なる部分として検出された

これは、報告書のどこに記載されているか、教えてもらえませんでしょうか? 報告書の6ページなどを見ると、129ホモとか、129/B6ヘテロとか記載されており、狭義のSNPの話のように思います。全SNVを調べたとしても、解析は既知の129/B6 SNPに絞ったのではないかと考えます。

BCAでもSNPは狭義の意味で(129とB6の系統識別目的で)用いたと書かれています。実際の解析では、そこからさらにparental heterogeneity由来と思われる領域を除外し、FES1/2間で異なる塩基に絞り込んで得られた1,290 SNPを用いているようです。ここまで絞る事により、FLS、CTS、129/GFP ESはFES1と比べて30%の塩基で異なっていることが判明したとのことです。

初期の解析ではSNPの絞り込みが不十分で、99%台での比較になっており、科学的に意味のある議論が可能な気がしません。この辺りは、以前このブログで感想さんと議論した記憶があります。過去ログを探してみます。


5412. L
2019年08月27日 09:33
やっぱりさん

混乱を避けるため、私が使うSNPという用語は、全て狭義のSNPである事を、最初にお断りしておきます。

全ゲノムで見れば、129に特徴的なSNPや、B6に特徴的なSNPは大量にあると思われ、その中から「FES1-FES2で異なるSNPsのみ」を選択すると24,649箇所となり、さらにparental heterogeneity由来と思われる領域を除外すると、1,290箇所になるという事かと思います。あくまで狭義のSNPを見ていると思います。「理解困難」と思われる理由は何でしょう?

基本的な事として、DNAはATGCの4塩基からできてますよね。例えば、ある129/B6ヘテロのSNPでは、129でA、B6でTだったとします。ここに培養による獲得変異が129側で起き、AからG、あるいはAからCに置換されたとします。この場合、129のSNPがnon-129/non-B6に置換される事になります。BCAを見ても、このような変異パターンの分類がないので、獲得変異はあったとしても極めて少ないのだろうと予想します。以前、感想さんとの議論で、non-129/non-B6型の変異があるかどうか聞いてみましたが、ほとんどないと伺ったように記憶してます。

12箇所の相違については、狭義のSNPだったところが、獲得変異で変化した箇所かもしれませんね。12箇所くらいならあり得るでしょうが、これくらいだと"nearly identical"とBCAで記載されているレベルになるのでしょう。

5413. L
2019年08月27日 10:05
当然、培養中に獲得された点変異もSNVとして検出可能ですが、そのような解析をしたかどうか分かりません。BCAのsupplementを持ってないので、レファレンスの件は確認できませんが、網羅的にSNVを解析したい場合は、レファレンスと参照比較するはずです。ただし、単純にレファレンスと異なる箇所をSNPと定義したかは、要確認です。少なくとも論文本文内では "We determined genome-wide patterns of single-nucleotide polymorphisms (SNPs) that distinguish mouse strains 129/Sv (129) and C57BL/6 (B6)" と記載されており、狭義のSNPである事を明確に定義してあると思いますよ。

1,290 SNPの解析結果から、FES1とFLS/CTS/129GFPの間には、かなり違いがあるようです。よって、FLS/CTS/129GFPが単純にFES1の小分けサンプルとは言いきれないと思います。FES1から129/GFP ESの間で、かなり選択圧がかかるようなイベントがあり、その後、129/GFP ESが混入した結果としてFLSやCTSが存在すると考える方が、理にかなっているように思います。
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学とみ子
当ブログを、一人で何ヵ所も開いているひとがいます。それも複数の人のようです。このブログの問題点を探しているのでしょう。

こうしたエビデンスから、特殊な問題意識を持ち、ES説で世間を説得し続けたい人が、STAP派チェックの手を休めない様が伺えます。もう、ホントに一部に減ったと思いますすが。

当時は、ES説を信じる研究者親派がいたと思うけど、途中で離れたと思います。
しかし、科研費をもらう本物学者はES説の問題点には触れません。

だから、今も残っているのは、事件関係者及びそのサポーターたち(科学無知)に限られてきており、ES派構成員とは、世間を騙そうとする人、騙されてる人たちになってます。

そうした人が学とみ子のブログのあちこちを覗いて個人情報を狙ってます。そして、面白がってため息ブログに書いてますね。そこが巣窟です。

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只今、学とみ子は、携帯で操作中です。パソコンに向かえるようになったら調整します。
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