ため息さんは、わかっていないようですが、やっぱりさんも、なんだか言っていることがおかしいです。

plus99% さんは、一生懸命、考えています。
恐らく、ため息さんも、yap*ari*w*katt*na*さん(以後、やっぱりさんと略)も言っていることが、おかしいと、plusさんは、思っているのでしょう。
plusさんも、独自に考えているようですが、言ってることの意味が今ひとつわかりません。

ため息さんは、わかっていないようですが、やっぱりさんも、なんだか言っていることがおかしいです。
やっぱりさんは、本当の事を言わずに、素人だましをしているだけなのか?彼自身もわかっていないのかもしれません。
やっぱりさんの言ってることに一貫性がないのです。
この分野の専門家とは思えない発言になっています。なぜ、とうとつに、やっぱりさんは、全ゲノムの話などをもちだしてくるのでしょうか?全然、関係ないのに。
学とみ子は、理論的に示しているのに、さかんに妨害してきます。

とにかく、学とみ子のような素人は、STAP細胞関連細胞解析の結果から、見えてくるものを参考に、考察をしているわけです。
父と母で系統が違う近交系マウスを材料に、子供F1(受精卵)をつくり、その遺伝子はどうなるのか?
同時期にESを2種類を作った場合と、数年離れた期間をおいてESを作った場合には、どの位、ESのSNPが変化しているのか?
つまり、同時期であれば親が違っても、F1のES2種類のSNPはかなり一致するが、時期が数年とはなれてしまうと、閉鎖環境で飼育された親マウスのSNP(SNV)が変化しており、F1由来ESが、その変化を反映すると思われます。

さらに、細胞になってから、凍結融解をくりかえしたり、長く継代培養をすると、SNP(SNV)は又、変わっていくので、SNP解析時に考慮が必要です。

STAP関連細胞の由来を知りたい時、近交系マウス由来のES細胞の遺伝子の類似性の一覧表は参考になります。
ntESG1、ntESG2あるいは、129B6F1ES1~6を例に、ES細胞は、親のSNPを引き継いでいることがわかります。


学とみ子がわざわざ、以下のように説明(青字)しているのに、やっぱりさんは理解していません。

FES2がntESG1、ntESG2に近いという話は、あくまで、FES1と2のSNP(SNV)間において、異なるSNVが生じている部位を比較した成績で、FES2とntESG1及びntESG2は、ほぼ70%で一致です。FES1と2については、核移植ESとは、129系統マウスが違うし、オスメスも違います。それでも、FES2は、FES1より、核移植ESに共通のSNVがあるのです。FES1と2の間で異なるSNV 24649箇所を比較した成績が、当初示されました。
これをさらに絞り混むと、BCA論文のSNV1290箇所になります。
つまり、400箇所のSNVが、STAP幹細胞とFES1との間で差異があります。
これは、何年もかかって生じる塩基の変異であると思います。

2019年12月17日 4:38 PM


たとえば、ntESG1と ntESG2は、2年の間隔で作られ、親が同じコロニーマウスなので、SNPはかなり一致しますと書いたところ、
これをうけて、やっぱりさんは、細胞のSNP全体の議論にすりかえました。
あくまで、 学とみ子は、”FES1と2のSNP(SNV)間において、異なるSNV部位”の話をしています。
何十万もあるSNPのうちから、調査チームが、細胞区別につかえるSNPを選んだのです。
その選ばれたSNP24649箇所において、ntESG1  ntESG2 は、99.95%で一致しています。
(以後、当ブログでは、この箇所を、FES1と2間の差異SNP(SNV)部位を呼びます。)

ntESG1  ntESG2 親は、アクロシン入りB6マウスと、129Terですね。
2年間の経過を経て、同一コロニー親マウス(2年間で若干のSNP(SNV)は変化するが)から、ESを作製した場合は、ntESG1  ntESG2 間で、SNPが一致するということです。

学とみ子が考えているのに、やっぱりさんは、相変わらず、バカ学とみ子とさけびます。やっぱりさんは、薄青字

>「学婆さんは一体全体、何が言いたいのかねえ?」
>このように、2年の違いでは、SNPは変化しない。
やっぱり、まるっきり理解できていないんですね。
200万~300万個あるSNPは基本的にそのままコピーされて引き継がれていく。 それらを含むSNPを見て2年間で変化しないって、当たり前の話。 これを根拠でSNPは変化しないって、バカとしかいいようがない。


皆さん、もうわかりますね。やっぱりさんは、学とみ子が、マウス全体のSNPの話をしているとすりかえているのです。
学とみ子は、作製時が違うが、父、母それぞれに同じコロニーマウス由来である ntESG1  ntESG2 は、FES1,FES2間の差異SVP(SNV)部位において、類似した値をとると説明してます。

同じく、このSNP部位においては、FES2と、ntESG1  ntESG2 の近似は、72.04%、68.32%です。
ところが、FES1と、ntESG1  ntESG2 の近似は、4.29%、4.33%なのです。
つまり、FES1,FES2間の差異SNP(SVP)部位において、FES1とFES2は、もちあわせるSNPがかなり乖離しており、同一コロニーのマウス由来とは思えないということです。

こうしたもっともな学とみ子の説明を、やっぱりさんは、妨害しているのです。
もう、やぶれかぶれなんですね。

以下の文章で、ヤッパリさんは説明しています。
しかし、BCA論文では、STAP幹細胞とSNPがほとんど一致したのは、129/GFP ESであって、FES1は、1290箇所の30%が合いません。
それを、FES1とSTAP幹細胞がSNP一致しているかのような印象操作を、やっぱりさんはしています。

>前の細胞から引き継いだSNP以外に、1回の分裂で数個生じている突然点変異が継代培養によって偏って一定割合を占めてSNPとして検出される、そのようなSNPを含む1290個のSNPを調べて、ほとんど一致していたからこそ
「STAP幹細胞FLSおよびFI幹細胞CTSは、ES細胞FES1由来である」という科学的な結論が導かれたわけだが、、、、



plusさんは、以下のようにコメントしてます。

>FES1とFES2が離れた系統なら、FLS3とCTSを作った親はそういう近交系だったと考えやすくなるわけですが、学とみ子さんは桂報告書は正しくSTAP幹細胞はES細胞の混入だと言い切ってしまったことと矛盾すると思うのですね。何度も言いますが。

FES1とFES2は、アクロシン入りB6と、若山研究室129x1です。系統は一緒ですが、親がもちあわせているSNP(SNV)の乖離が大きいのです。

plusさんのコメントです。
>これはどちらもなにに対する比較かという問題ですな。


24649箇所から選んで(あるいは一部は、新たに全体から選んで?)、1290箇所に絞り込んだと思います。
より、細胞独自の変化と思われる部位を選んだと思います。
だから、30%の分母は、1290だと思います。
BCA論文の表現は、やや、ぼかした言い方であり、この記載は、桂報告書にはないですね。

BCA論文著者の中には、かくれSTAP派がいたと思います(想像ですが)。

After the above three SNP clusters reflecting parental heterogeneity are excluded, the remaining 1,290 SNP alleles that distinguish FES1 and FES2 are supposed to have accumulated at or after establishment in 2005. Regarding these SNPs, STAP cell lines FLS3 and CTS1 and 129/GFPES cells are nearly identical ,but differ slightly from FES1 (at 30% of these alleles), suggesting that STAP cell lines FLS and CTS were derived from a sub-stock of FES1 ES cells.

plusさんのコメントです。
ゲノム全体のSNPは、考えないでいいです。やっぱりさんは、混乱させるために言っているのですから。

>SNP全体何百万に対して24000しか違わないのなら、



追記
ため息さんのコメントです。
>FES1とFES2の樹立日が嘘だとか。それぞれの両親のコロニーが違うとか、ntESG1、ntESG2はFES1あるいはFES2と親が同じだ、違う… とか、桂委員会報告書のxxに矛盾があるとか、

学とみ子の考察を、ため息さんは、こんな風に、いい加減な表現で、書き換えないで欲しい。



plus99%さんのコメント
2019年12月18日 10:43 AM
への返信です。

上記で示しましたが、FES1と2について異なるSNP部位(ピンク部位)に限定して、塩基の近似数値が高い( 塩基変異をした部位が共通)という話であって、全体ゲノムではないです。常染色体の限られた部位のSNP塩基に共通性があるかどうかを見ているだけで、全体のゲノムではありません。親マウスのSNPは影響するので、結果、FES2と核移植ESが、ピンク部位において、SNPの約7割が一致にしたとの意味です。


plusさんのコメントです。
>FES2と何が近いとかの議論はナンセンスということです。

核移植ESとFES2は、母マウスが違っても、性が違っても、親マウスのSNPを引き継ぐ事がわかりますね。上記記事内で示したピンク部位塩基に限定した数値ですけど。

>学とみ子さんは何が問題なのか自分は何を探すべきなのか、なにを主張すべきなのかわかっていないとしか思えないですね。頭の中に漠然とした疑問があるだけですな。

そちらの人たち、特有の背伸びコメントですよ。情報は、極めて限られたものしか出てません。ですから、データには謙虚であるべきで、データを逸脱してはいけません。

BCA論文は、SNPが一致した、一致しなかったとしかいってません、それ以上の情報はないのです。それでも、129マウスの系統が違っても、FES2と核移植ESのSNP、SNVに共通性があるという事が言えて、FES1と核移植ESでは、そうした関係がないということは言えるんですよ。塩基変異の内容は公開されてません。

plusさんは、学とみ子を否定することに焦ってますね。何で、そうして対抗心を燃やすんですかね?不思議です。

でも、最近のplusさんは、おばあちゃんとは書かなくなったので、光栄です。
やっぱりさんは、又、かき混ぜにくるかもしれません。

STAP関連細胞の評価を、調査チームがどのような手法で行ったのか?を、plusさん自身で把握してください。
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