素人たちは、プロの仕事を必死に追って、理解に努めるべきです。

plusさんコメント(青字)の意味するところが良くわからないのですが、何を計算しているのでしょうか?

まず、plus99%さんは、20日 9:41 PM コメントで、以下のように書いています。

>最初に細胞が樹立されたときの細胞をx細胞とします。x細胞はFES1より近縁表の24649個よりFES2と若干一致した状態であり、そこからFES1は155個変異したところで凍結されたとすると、FES1,FLS3,CTS,129/GFP ESの近縁率表の意味が綺麗に並ぶことになります。

つまり、彼の頭の中には、x細胞なるものがあります。
どういう細胞なのかは第三者にはわかりませんが、彼の頭の中のイメージでは、すべての細胞がこれから始まるらしい。
つまり、x細胞から、FES1 FES2 STAP幹細胞へと塩基変異していったとのストリーと思われます。
太田氏が最初に作った1種類の細胞というイメージでしょうか?
x細胞からSTAP幹細胞や、FES1、FES2が分かれてきたとしているらしい。
近縁表の24649個の塩基というのは、FES1、FES2で異なる部位なんですけど。この部位がx細胞では、変異していないという意味のようですね。
こういう奇想天外な独自の解釈って、読み手にはわかりにくいですよね。

>スタートのx細胞からFES1と「a sub-stock of FES1 ES cells」は異なる方向に変異を蓄積したためであって、FES1とFES2で同じものを除外し親の不均一性を反映するものを除外した対立遺伝子は数値の見かけの3割だ、であるのかもしれません。

>一番FES1に一致しているFLS3はFES1と99.33%一致。差異168個
一番FES2に一致しているCTS1はFES2と0.63%一致。155個
・・・99.33+0.63=99.96となります。


この数値は、x細胞と一致しているSNPの数(%)なのでしょうか?
とにかく、plusさんのみ知る数値ですね。
x細胞と、FES1及びFES2とが一致するSNP数なんですかね?
だから足し算になるという意味なんですかね?

>”FES1とFES2で同じものを除外する”

>FES1が樹立されたときから変化した量を評価する時の%の母数は24649ではなく、SNP全体数百万個であるべきだと思いますね。ですから155個は決して多くはない。

ES1とFES2で同じ塩基を、除外する??
同一塩基であれば除外し、異なる塩基部分は残すという意味ですか?
除外した結果、残った塩基を比較するという意味ですかね?
かなり、多い数ですよね。
plusさんは、この100万単位の塩基を、細胞間比較のための母数と考えるのですかね?

”親の不均一性を反映するものを除外した対立遺伝子は数値の見かけの3割だ”これも文章として意味が通じません。
まあ、でも、plusさん本人も、30%の違いをみつけたことの意味を説明できないようです。
しかし、何と何を比べているのかが、きちんと書かれていないし、母数が何ががわからない。

次の説明 24日 10:53 AM に進んでいきましょう。

>・・・複数の細胞で起こった複数の点変異が偶然にFES1またはFES2と同じになることはないから、その元細胞は3つの細胞よりもFES1、FES2と一致していた状態で、そこから、3つの細胞は一致していない状態に変異していったと推測されます。

この説明は、それぞれx細胞から塩基の突然変異をくりかえして、FES1またはFES2になった時点で、近似率がはなれっていったという説明のようですね。

>よって3つの細胞のFES1との一致が最も多いものの数値とFES2との一致の多いものの数値を足した数よりFES1と一致FES2と一致していたような細胞であったことでしょう。それは近縁率表に現れるSNPのうち99.6%をカバーするものということになります。

この99.6%は、どこからくるのか?わかりませんが、99.96%のミスですか?
学とみ子が句読点や補遺を入れさせてもらうと、

>3つの細胞のFES1との一致が最も多いものの数値(99.33%)一致と、FES2との一致の多いものの数値(0.63%)を足した数より、FES1と一致、FES2と一致していたような細胞であったことでしょう。それは近縁率表に現れるSNPのうち99.6%をカバーするものということになります。
このカッコつきの文章で合ってますか?


>近縁率表に現れる%の母数は24649ですが、FES2との差であるという定義から、FES1が樹立されたときから変化した量を評価する時の%の母数は24649ではなく、SNP全体数百万個であるべきだと思いますね。ですから155個は決して多くはない。よってその3つの細胞の元細胞とFES1がどれぐらい変化しているのかという評価は「とてもわずか」と言って良いと思いますね。
ちなみにFES2が樹立してから凍結されるまでに起こった変異は近縁率表ではほぼ他の細胞のFES1との一致の中に現れ、現在ある材料では可視化できないということです。


>近い方は、 近交系のSNPsというのは遡るとどこかのワンペアの4本の染色体にあった4種のSNpsにいきつき、その最大4種がどのような割合どのような組み合わせで受け継がれるかということです。

4本の染色体という意味がわかりませんけど・・。


plusさん、2細胞間に存在する数百万箇所もある塩基の違いを、比較しても何もわかりません。
x細胞などという仮定細胞をもってきたりしてはいけません。


細胞の由来(近縁)につながる塩基を選び取って検討するのが、SNP解析であり、数百万箇所の塩基を対象にしているわけではありません。
特に、標準系統でなく交雑してしまった親から作られた細胞について、その近似を検討するのは難しいと思います。
親になく、細胞固有の塩基変異を選び出してくることが、今回の解析法と思います。

親が系統特異的にもつSNPは除外する(系統として標準となる公表されたSNP一覧を参照する作業)、
親が交雑してしまった場合は、その交雑の影響と思われる親由来の構造変異やSNP変異を除外する、
解析誤差を除外する、
塩基決定が困難な部位を除外する

STAP細胞の場合は、同じ系統の同じ研究室でのコロニーマウス由来細胞EFE1 FES2を比較して、24649箇所を解析対象にしたということだと思います。
さらに、そこから1290塩基が有意な部位だったのではないでしょうか?(桂報告書には書かず、BCA論文のみ)

調査チームが苦労して、細胞鑑別に選び取ってきたSNPを、plusさんは、又、元にもどしてしまうのですか?
いくら、素人とはいえ、この解釈はないですよ。

素人たちは、プロの仕事を必死に追って、理解に努めるべきです。
plusさんは、そうした理解の道筋からはずれています。
そういう考えは、誰も支持しません。
どの細胞が、どの細胞に由来するのかがわかない状態から、プロは、どう思考したのかが、ここで議論されています。
プロが選んだ鑑別作業用のSNPの分母を、勝手に拡大してはいけません。
素人は、公表されたデータ24649塩基からの変異を必死で考えるべきですよ。


plusさんは、和モガ氏が説明した内容も、学とみ子の説明も何もわかっていませんよ。
plusさんは、”同じところを除く”などという非科学的なことを平気で書く。
”同じところを除いても、”膨大に残る塩基があることすら想像しない。
x細胞なんという、誰も納得させられない細胞を勝手につくる。

以下のコメントもひどいですね。
それでも、よく、こんな大それたことを書く人ですね。
バカ学とみ子で虚勢をはってますね。

ため息ブログに、以下のような事を書かれてしまったら、体内時計さんはまずます混乱するでしょうね。
SNPの話が分からない人は、ため息グループにいたら、このままずっと無理解のままでしょうね。


>「和モガさんの細胞の近似率についても、体内時計さんは間違いといいました。細胞の突然変異変異部位を見つけて、細胞同士の近似を調べる方法は否定されていません。」などと言いながら
おばあちゃんは和モガ氏が近縁率表
http://wamoga.blog.fc2.com/blog-entry-83.html
で述べたことの論理なんてわかっていないのですな。
自分に都合のいいところを上っ面だけ拾っているだけなんですな。
思った通りだ、というところです。




追記
このコメント
にきづかず、学とみ子が上記記事を書いています。
正)それは近縁率表に現れるSNPのうち99.96%をカバーするものということになります。


結果、学とみ子の読み方でよかったことがわかりました。
こういう数値は、彼独自のものですから、間違えられると、意味を追う第三者は、混乱します。

ため息ブログメンバーは、わからない状態から、いろいろ証拠をあつめて理解していくという作業はしたことがないのでしょうね。
公開されていた情報は、マスコミがらみのバイアスのかかったものだけだったようです。マスコミは、素人ですから、問題点をみつけられません。ですから、マスコミ情報だけで、STAP情報を理解していた人は、問題点に気づくことができません。
最後に残ったSNP情報は、まだ、専門家の間ですら、議論が残る領域のようです。

plusさんは、未知なる関係性のものから、関係性を既知にする作業にはかかわったことが無いようですね。
つまり、誰も知らない状態から、ひとつひとつ証拠を積み上げて、人々を納得させていく仕事には携わったことがないのでしょう。

もちろん、ため息さんは、彼の専門分野においては、そうした新規性を積み上げてエビデンスを作ってきた方ではあるでしょう。
でも、STAP細胞に関しては、そうした努力を積み重ねる努力はせずに、マスコミ解釈そのままのお粗末な状態に終始しています。

ため息ブログメンバーは、バイアスのかかった情報から、逆行性にものを考えて、「私は知ってる」、「私は知っている」 としかしませんね。
勝手に新規独自なものをつくりあげるのも、抵抗ないようです。

誰もが考える道筋を離れて独自学を書かれると、解釈に時間がかかります。
奇想天外な独自SNP解析方法だったようです。
それでも、正しいと頑張るというplus流生き方はあるということのようです。
そちらでは、小保方ESねつ造説であれば、どんなでたらめでも構わないのだと思います。

こちらは、今後は、できるだけかかわらない方が良いですね。

追記
plus さんの主張です。
>「(FES1が)最初に細胞が樹立されたときの細胞をx細胞とします。」

>一番FES2に一致しているCTS1はFES2と0.63%一致。155個
・・・・近縁率表はFES1とFES2の差異を計算していますが、最初に細胞が樹立されたときの細胞をx細胞とします。x細胞はFES1より近縁表の24649個よりFES2と若干一致した状態であり、そこからFES1は155個変異したところで凍結されたとすると、


FES1が、最初に作られたなんてわかってないですよ。
それをx細胞となずけるなんて、plusさんしかわかりません。
なんでそこから、155個(FES2に一致しているCTS1はFES2と0.63%一致、計算式24649x0.63%=155.28)が変異した後、EES1は凍結したってどうしてわかるんですか?
これらの数値に何の根拠もないです。

plusさんが、SNPが離れて行くことに気づいているなら、FES1とFES2の間に、2万5千の塩基変異があることが気になりませんか?
plus説では、全体数百万レベルのSNPの中での話だから、155個は小さい数値となるのですか?
155個が変異して凍結って何?plusさん自身も説明できないのじゃあないの?
FES1と2は別の細胞だし、関係性は不明だし、FES2とCTSの間にそんなに差異があることをなぜ不思議に思わないの?
plus説によると、STAP幹細胞と関連ES細胞との間には、百万単位の塩基の違いがあって、その違いに比べたら、2万5千の違いも、1290の違いも意味は無いと言いたいのかしら?

それでは、逆に、塩基が一致している場合の解釈はどうなりますか?
plus説を用いると、核移植G1,G2とFES2が24649箇所で約70%の近似になることが、どう説明できるのですか?

>そういう人とは日本語の「そり」が合わないので多分残りを説明しても無駄でしようから別に理解できなくて結構ですよ。

独自の解釈なんて、誰も理解できません。日本語のそりが合わないとかの問題ではありません。
plusさんの独自解釈を批判しています。

plusさん、以下のように、学とみ子がこう考えているみたいなことをかきこまないでほしいです。plusさんは、学とみ子の頭を正しく解説できるわけでない。人は、自らのミスを認めなければならない。


>BCA論文はFES1のサブストックというものを想像しているようですね。樹立時に複数のストックが作られたという意味でしょうな。


FES1は論文には使われていないので、どういうES細胞かははっきりしません。
FES2とは違う条件で作られたと思います。
129x1と、B6岡部マウスから作製したFES1細胞を、若山研究室で数年にわたり、何度も解凍融解培養をくりかえして、1290箇所の30%にSNPの違いが生じる細胞、すなわち、129/GFP ES になったのでは?と、学とみ子は考えたのですが、他の方の考えはいかがでしょうか?


ため息さん、
Dさんは、ため息さんがエチケットに反して書いたブログ記事からの情報に基づき、いつまでも、個人情報まがいの内容を垂れ流しています。注意してください。アップしないでください。

結局、ため息ブログって、研究に近い層の人たちが、個人情報暴露脅しを熱心に行う場だ。一方、一般人は、デタラメSTAP学、マスコミ的間違いSTAP学を書き込んでしまう。

科学や研究室に近い層の人たちは、もはや、尻尾が出るのを恐れて、科学関連記事は書かない。個人情報暴露のいやがらせと、個人否定、罵倒を繰り返す。ため息さんも、そうした人になってしまった。

一方、一般人たちは、不十分な理解のままだ。間違いでも、正しいと信じてコメントしてしまう。バイアスのかかった情報を見破る力が無い!一般人は、勝手な独自理解を書いてしまう。間違いを正せない人が集まる。

どちらの人たちも、STAP事件の起きた社会を反映する病巣を物語る。



追記
oTakeさんのコメントです。
2019年12月25日 5:23 PM

>報告書にある、和歌山からのプレッシャーは、和歌山には聞き取り調査はされておらず…

若山氏は、上記のメチル化解析を小保方氏が行った研究室の主宰者であり、シニア研究者としての小保方氏を指導監督するとともに、共同研究者として、データの正当性、正確性について十分な注意を払うことが求められていた。

データにならないと言われたのは、増殖曲線でしょう。メチル化実験は、STAP細胞の非メチル化をいじったとしても、ES細胞との類似は明らかです。そもそも、この実験は若山研究室お得意の実験ですからね。若山研究室スタッフの指導で、小保方氏は図表化したのですから、その指導者が判定を評価したはずでしょう。あとになって、その指導者は、知らん顔したのでしょうけど、小保方氏は恨み言を言わず、全責任を負って捏造者になったのでしょう。

実験ミスだって、小保方氏は一言も触れなかったのですよ。何て、立派な方なんでしょう。国の役人たちにわかってほしいですよね。女性が輝く社会に向けて、STAPの悲劇を多くの人に知ってほしいですね。

今回の週刊新潮の情報処理を見ていても、ため息ブログコメントってひどい。



追記
例の週刊新潮を立ち読みした。

文章は、小保方氏を挑発して、何かを語らせようとマスコミ戦略だ。

以下のように書かれていた。原文のままでは無いが、以下のようだ。

小保方氏が握るのは、パイではなく、フラスコや試験管のはずだ。

STAP細胞が無いのなら無いと、一度はっきりとさせないと、元博士として、いつまでも公人であり得る





追記


Ooboeさん、本気で以下のように思うんですか?

> かなり回復なされていることが判り、ホッとしました。

捏造の疑いをかけられたままで、小保方氏の回復があるのでしょうか?今は支えてくれる人と共に、忘れることを願っているのかもしれませんが、傷は決して癒えません。STAP派の男性たちは、小保方氏に諦めないでほしいと思っているでしょうし、学とみ子もそう希望します。

人は、若いときに我慢できたことが、加齢すると我慢ができなくなったりします。人生で名誉を傷つけられたら、一生の後悔でしょう。

小保方氏には、再度、[STAPありまーす]と言ってほしいです。それ以外、小保方氏は言う必要がありません。

ため息ブログのES派の連中の科学レベルを見たでしょう?外野のES派に何を言われようが、彼らは科学がわからないんです。だから、怖いものはありません。こうした科学を勉強しない人たちに負けたらダメです。








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コメント

Re: ため息さん

学とみ子
セイヤさん、
コメントありがとう。

>これだけ叩かれれば、小保方さんは内心燃え続けていると思う。それが研究心につながるか復讐心につながるかは分からない。しかし、週刊新潮はひどい。これでは小保方さんの家族も恨むだろう。

週刊新潮を契機に、又、小保方氏は登場してくれないですかね。
セイヤさんは、どのような小保方氏を期待しますか?
週刊新潮の挑発で小保方氏がどのように反応しても、マスコミのSTAP潰しの壁は厚いでしょうかね?

ため息さん

セイヤ

(sigh :2019年12月26日 8:56 AM)
>論理学の基礎の基礎ができてないから「小保方氏が混入させたという証拠がない」が「小保方氏が混入するのは不可能である」ということになる

ため息さんは、2日間も「反省部屋」に引きこもっていたようだが、出てきても相変わらずの悪口三昧で、ヤッパリ自己陶酔型だな。

(sigh :2019年12月22日 7:33 AM)
>セイちゃん、Ooboeさん、「故意の混入は不可能」に賛同するの?

賛同しますよ。ただし、小保方さんの場合だけですけどね。
「小保方氏が混入するのは不可能である」というのは、状況証拠(事実を間接的に推測させる証拠)に基づき判断しているということです。
1.小保方さんは、渡されたマウスの遺伝的背景を把握していなかった(桂報告書)
2.混入は幹細胞作製時に起こったと考えられる。(桂報告書)
3.キメラ実験・幹細胞作製は、若山さんが行った(桂報告書)
これだけでも不可能と判断できますが、検証実験においてES細胞の混入なしで、若山さんに渡す前の段階の細胞塊(スフェア)を作った事実がありますから、ES細胞を混入させる動機がないのです。この状況証拠は、若山さんにとっては相反するものになります。

(sigh:2019年12月26日 9:12 AM9)
>楽とみ子のような擁護がいるから小保方氏が静かに生活できないという現実がわからないのでしょうね。当ブログのコメンテータはもはや小保方氏を問題にしているのではなく、学とみ子を問題としているのですよ。

ため息さんは、小保方さんを問題視しきれないので、昔から学とみ子さんに絡みつづけている。
小保方さんの胸の内を知ったかぶりで、お気軽に書いているが、これだけ叩かれれば、小保方さんは内心燃え続けていると思う。それが研究心につながるか復讐心につながるかは分からない。しかし、週刊新潮はひどい。これでは小保方さんの家族も恨むだろう。

非公開コメント