論文を読まない集団であることをばらしちゃうの?

ため息さんは、論文を読んでない。だから、自身の不作為をカバーしてくれる第三者(今回はレモンティさん)コメントは大歓迎の様子です。

ため息さんは、問題視されてる論文を読んで見ようとしないのである。

ため息さんは、この論文の背景も考えてない。

1月21日に投稿されて、翌日アクセプト、さらにその翌日に公開されてる。

この時期、未だ、いろいろ陽性サンプルが入手できる状態でないことが論文に書いてある。

この時期に、コロナウイルス遺伝子公開情報を参考に、PCR系を作成した。

このPCR系では、過去の複数のサーズコロナウイルスでは反応しないし、他のウイルス感染症でも反応しない事を報告している。

新型コロナウイルス感染症の臨床サンプルを調べているのでない。

つまり、2019年の患者由来コロナウイルス公開情報を参考に共通特異的遺伝子配列を見つけ、過去のコロナウイルスとは塩基が一部で異なる事を示し、その部分のPCRプライマーの精度を検定したものである。

つまり、このPCR系では、これを使って、臨床サンプルからコロナウイルス陽性は調べてない。

このPCR系で、ポジティブとネガティブの反応を、臨床サンプルにあてたのではない。
陽性コントロールではなく、陰性コントロールの結果のみ書かれている。

つまり、臨床サンプルをポジティブとネガティブに分離できると訳に書いたら間違いである。

一般公開された情報を利用して、PCR測定系を確立したとの論文だからだ。


ため息さんコメントです。青字
こんな事を書いてる場合なの。
もっと、きちんと学術的に反論したら!

>学とみ子の誹謗を受け入れて変更するとでも思っているのでしょうか?レモンティさんに正しく解釈していただいているだけのことで、mutually exclusiveの意味もわからない方に誹謗されたくないですな。


レモンティさんのコメントです。
理屈がおかしいです。
SARS-CoV のウイルスは、その特異的PCR系では反応してる。
これは新型コロナウイルス検査と別。

以下に意味不明な説明あり。
レモンティさんのコメントはピンク

>その論文では、各サンプルにしっかりとした内部(陽性)コントロール(SARS-CoV のウイルス)を入れて、その陽性コントロールが検出された状態で、新型コロナウイルスの検出の有無を判定をしています。その結果、新型コロナウイルスに関して、検査サンプルの陽性、陰性のはっきりとした区別(分離)が出来ているのです。

>と、先にわたしは書いたのですが、これだけでは「Exclusivity」に関して重要な部分が抜けていることに後で気がつきました。


>実際、この検査法によって、他の呼吸器疾患を引き起こすウイルスがあって事前にテストで陽性となった臨床サンプルに対しては、陽性のシグナルは全く検出されなかったので、そこが、この検査法の「Exclusivity」の内容だというわけです。



陽性シグナルが全く検出されないってって、何?
コロナウイルスの陽性シグナルが出ないという意味ですか?

以前、別のコロナウイルス種や、他のウイルスが陽性だったサンプルを集めてきてるのよ。何で、こんな変な説明になるの?

新型コロナウイルス陰性コントロールのこといってるのなら、既に議論済みでしょう?



この議論の続きは、下のコメント欄をご覧ください。


追記
今日も暑いですね
の、文学的表現で終わりました。

真剣な議論をしている時に、短時間内といえ、書き換えはまずいです。
すみませんでした。

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コメント

相手にするな・!!

気まぐれぺルドン
畳にのの字を書いていても収まらない。ズロースを腰巻に換えても変わらない・・・

「false positive」 の 訳語を間違えました

レモンティー
×「擬陽性」→ 〇「偽陽性」です。
すみません。

読むはおろか!

トンデモ科学
書けないでしょう、書いたことないでしょう。学者さん罵倒するならできて当然じゃない?

終わりにしますね。

レモンティー
「だから違いますね」ってわたしが書いた時には、その前に必ず理由が書いています。

その理由から「違う」と言っているだけですよ。
気になるのであれば、学さんはその理由をその時追及されればいいのです。

今夜も暑いですね。終わりにしますね。

学びました。

学とみ子
>だから違いますね。

こういう言い方も、相手を貶めるのに有効ですね。
議論している相手が勘違いするように、わざともっていった後、この言葉でくくります。

レモンティーさんは、かつて、こうしたことを、誰かからやられたのではないですか?
それとも、オリジナルに思いつくのですか?

このやりとりを興味本位で覗きに来る人、そして英文論文に読みなれない人、ため息さんを守りたい人は、このやり取りの雰囲気だけで判断します。

学とみ子が「わからない」と言っている。
レモンティーさんが「違います」と言っている。
に、ため息ブログメンバーは喜ぶでしょう。

そうして、ため息ブログメンバーは、学とみ子は論文が読めない、科学を理解できないと騒ぐでしょう。中身の議論には興味を示さないでしょう。

レモンティーさんは、その材料を提供してあげているのですね。
そして、学とみ子に、ため息批判をやめさせようと画策したのですね。

学とみ子は、そこが学べました。



Re: 英文はいろいろありますね。

レモンティー
その短い英文は、その学さんが挙げられた「Exclusivity of 2019 novel coronavirus based on clinical samples pre-tested positive for other respiratory viruses」の文章の重要な結論です。
論文は持っておられるわけですから、情報は与えられていますよ。

英文はいろいろありますね。

学とみ子
そのご指摘の部分はこれだけありますね。
そのうちのどの文章をさしているのか、レモンティーさんが全く相手に情報を与えないで、説明だけしたので、学とみ子はわからないと答えました。
わからないと言わせるためでしょうから、しかたないですね。

Exclusivity of 2019 novel coronavirus based on clinical samples pre-tested positive for other respiratory viruses
Using the E and RdRp gene assays, we tested a total of 297 clinical samples from patients with respiratory disease from the biobanks of five laboratories that provide diagnostic services (one in Germany, two in the Netherlands, one in Hong Kong, one in the UK). We selected 198 samples from three university medical centres where patients from general and intensive care wards as well as mainly paediatric outpatient departments are seen (Germany, the Netherlands, Hong Kong). The remaining samples were contributed by national public health services performing surveillance studies (RIVM, PHE), with samples mainly submitted by practitioners. The samples contained the broadest range of respiratory agents possible and reflected the general spectrum of virus concentrations encountered in diagnostic laboratories in these countries (Table 2). In total, this testing yielded no false positive outcomes. In four individual test reactions, weak initial reactivity was seen but they were negative upon retesting with the same assay. These signals were not associated with any particular virus, and for each virus with which initial positive reactivity occurred, there were other samples that contained the same virus at a higher concentration but did not test positive. Given the results from the extensive technical qualification described above, it was concluded that this initial reactivity was not due to chemical instability of real-time PCR probes but most probably to handling issues caused by the rapid introduction of new diagnostic tests and controls during this evaluation study.

この程度の英語

トンデモ科学
パッと読めないレベルなら博士返上したら。文部省がなくよ。

Re: わからないと言わせる方向にひっぱってるんですね。

レモンティー
>>論文にある「In total, this testing yielded no false positive outcomes.」っていう部分を指しています。
>ここでは「擬陽性」と書かれていますが、わたしはこの方が分かりやすいと思って陽性シグナルと書きました。

>そうなんですね。議論している論文の全く別の部分を説明してたんですね。
>議論している相手がそれを知るのは無理ですね。

何を言っているのですか!
そのわたしが引用した文章は、正に今問題にしている「Exclusivity of 2019 novel coronavirus based on clinical samples pre-tested positive for other respiratory viruses」というサブタイトルの中に書いてあるものですよ。

一度目を通したらどうですか?

Re: 新型コロナウイルスだけが出るPCRは、「Exclusivity」

レモンティー
>新型コロナウイルスだけが出るように設計されたPCRは、
「Exclusivity」であると、学とみ子は最初から言っています。

これは、実験科学ではない表現ですよ。

その「新型コロナウイルスだけが出るように設計されたPCR」(この検査法のことです)が、実際、種々の病原体に対して、「Exclusivity」を持っているかどうかを、「他の呼吸器疾患を引き起こすウイルスがあって事前にテストで陽性となった臨床サンプル」に対して、今回、調べたのです。

そして、陽性シグナル(擬陽性と論文では書いているものです)が、実際に出なかったので、「ああ、この検査法は新型コロナウイルスについて「Exclusivity」を持っている」という結論を、筆者たちは出したわけです。

設計の最初から分かっていたわけではないのです。

つまり、新型コロナウイルスだけが出るように設計されたPCRであっても、それらのサンプルで陽性反応が一つでも出れば、新型コロナウイルスについて「Exclusivity」を持っていることにはなりませんから。

わからないと言わせる方向にひっぱってるんですね。

学とみ子
>論文にある「In total, this testing yielded no false positive outcomes.」っていう部分を指しています。
ここでは「擬陽性」と書かれていますが、わたしはこの方が分かりやすいと思って陽性シグナルと書きました。

そうなんですね。議論している論文の全く別の部分を説明してたんですね。
議論している相手がそれを知るのは無理ですね。

相手にわからないと言わせる方向にひっぱってるんですね

ため息さんは、ここで何の話をしているのかわからないかもしれないから、
ため息さんから何かを聞かれたら、あちらで説明をしてあげたらよいでしょう

新型コロナウイルスだけが出るPCRは、「Exclusivity」

学とみ子
>新型コロナウイルス陰性コントロールのこといってるんでしょう?
>だから違いますね。

学とみ子が聞いたのは、以下の文章にでてくる陽性シグナルです。

>実際、この検査法によって、他の呼吸器疾患を引き起こすウイルスがあって事前にテストで陽性となった臨床サンプルに対しては、陽性のシグナルは全く検出されなかったので、そこが、この検査法の「Exclusivity」の内容だというわけです。

他のウイルスの陽性臨床サンプルは、陰性コントロールです。
新型コロナウイルスだけが出るように設計されたPCRは、
「Exclusivity」であると、学とみ子は最初から言っています。

投稿中に本文が変更されたようです。

レモンティー
>陽性シグナルが全く検出されないってって、何?

論文にある「In total, this testing yielded no false positive outcomes.」っていう部分を指しています。
ここでは「擬陽性」と書かれていますが、わたしはこの方が分かりやすいと思って陽性シグナルと書きました。

>コロナウイルスの陽性シグナルが出ないという意味ですか?

そうです。
陽性シグナルについては先に書いた通りです。
この検査法は、高感度で新型コロナウイルスのRNAを検出しています。
そのシグナルが出ていないということです。

>以前、別のコロナウイルス種や、他のウイルスが陽性だったサンプルを集めてきてるのよ。何で、こんな変な説明になるの?

話していて、相手が変だと思う時、自分が変かもしれないと思う必要はありますよね。

>新型コロナウイルス陰性コントロールのこといってるのなら、既に議論済みでしょう?

ここは全然違うことが判明しましたね。

陽性シグナルについて

レモンティー
>陽性シグナルって何?

この検査法では、あらかじめ試験管内で新型コロナウイルスのRNAを合成をして、それに対してこのPCR検査をし、高感度でその新型コロナウイルスのRNAを検出しています。
そのシグナルのことを陽性シグナルとしています。

>新型コロナウイルス陰性コントロールのこといってるんでしょう?

だから違いますね。

>そんなの、既に議論済みでしょう?

意味が分かりません。
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