論文に基づくことの重要性

澪標 さんのコメント、ありがとうございます。 2020年7月11日 11:01 AM

お互い、専門家同士ではないですね。
私は一般人より少し有利かもしれませんが、体内時計さんご指摘通り、所詮、素人です。
その研究分野に属して実験する人以外は、皆、素人と言って良いと思います。
澪標さんは、ため息さんと違って、撤回論文なんで読み直しても意味ないとは言わないですよね。
ため息さんは、再度、読み直せるようなエネルギーは無い人だと思います。


撤回論文と言えども、論文に沿って、笹井氏と小保方氏の作業についての議論することは意味あると思います。
論文と、桂報告書を見ながら議論しましょう。

>あの日:127P
“ただし、次世代シーケンサーの解析に用いられたサンプルはは、若山研にいた時に提出したものと、笹井研から提出されたものが混在してしまっていた。若山研での実験の大半は、若山先生が用意してくれた特殊なかけ合わせのマウスで行っていたが、若山研の引っ越しの後、私にそれらのマウスは残されていなかったので、シーケンス解析に用いるマウスの系統を揃えることなどができなかった。(以下略)”

澪標さんは、紫字
疑問点:{”笹井研から提出された””マウスの系統を揃えることなどができなかった”シーケンス解析サンプル}とは何か

桂報告書’(スライド)20/24<ChIP-seqやRNA-seqなど公開データに関する疑義>をご覧ください。

FI幹細胞です。と答えれば即詰み。


小保方氏がFI細胞を作ったという意味ではないということですね。
STAP細胞はつくったけど、幹細胞は作っていないということだと思います。
FI細胞を凍結融解して培養したら、混合物ならTS,ESダメになってしまうので、実際に2013年に小保方氏がGRASに持ち込んだFIサンプルについては、
若山氏が作製したままでしょう。
澪標 さんも、これで、よいですか?
それとも、小保方氏が直前に混ぜてますか?
澪標 さんがそう思うなら、それでよいですが、その場合、本実験で、FI細胞が培養されているのは、どう説明できますか?
これは、体内時計さんにも聞いた質問です。


>FI幹細胞ではありません。サンプル間の不ぞろいです。
との答えてもサンプル間で系統が異なるのはSTAP幹細胞、FI幹細胞。


小保方氏は、GRASに幹細胞を持ち込む時、幹細胞がどのマウスSTAP細胞由来であるか若山氏に聞けていないようです。

桂報告書は、そこを問題にしています。

なぜ、筆頭著者が、自らの実験サンプルの由来マウスを知らないのか?むしろ、不思議です。
小保方氏は、若山氏に聞けたのでしょうか?

2012年の1回目サンプルは、小保方氏の想定と違っていたと、桂報告書は書かれていますが、何が想定と違っていたのかはかかれていません。
RNA-seqで小保方氏が想定と違うと言った理由については、桂報告書委員会は知ってるはずですよね。
なぜ、桂報告書はその詳細を書かないのでしょうか?

RNA-seq解析では、アクロシン入りはわからないのでしょうから、小保方氏が何をもってGRASスタッフに「想定と違う」 と違うと言ったのでしょうか?
澪標さんの想像は?

学とみ子の想像を先に言いますと、小保方氏がFI作製実験もやったと印象づけるためですよ。
幹細胞実験は小保方氏がやって、皆、エア実験にすぎなかった。
それが、彼女は実験結果を出せない理由であるとのストリーを仕立てることができます。
ES派の一般人はそう理解していると思います。
違いますか?澪標さんも同様でしょう?
一般用語でお返事くださいね。

澪標さんは、小保方氏の幹細胞実験については、どのような見解なんですか?


小保方氏が、持ち込みサンプルの情報をなぜ、知らないのか?について、小保方氏は弁明する機会が与えられていないです。
小保方氏は、愚かだから、サンプルをごちゃまぜにしてGRASに持参したかのように、桂報告書は印象操作しています。

幹細胞実験作製には、小保方氏は関与していないとの事実は、桂報告書が書くまでわかりませんでした。
さらに、「あの日」で具体的に語られるまで、一般人は知りませんでした。

記者会見でも、小保方氏は、STAP細胞を作ったけれど、それ以後は、若山氏が中心の仕事であると言いました。でも、誰も信じてくれませんでした。小保方氏は、責任を若山氏に押し付けていると、激しく非難されました。



小保方氏は、たまたま、混ざっているサンプルを持ち込んでしまったのです。
アクロシンやらTSが入ったサンプルだったのです。
桂報告書が示した通り、ESが混じってしまった幹細胞サンプルがありました。

しかし、いづれにしろ、GRAS持ち込みイベントで、小保方氏が持ち込んでも、本実験を説明できません。
GRAS持ち込みイベントって、結局、何だったのでしょうか?
そちらの人は、小保方氏混入証拠というだけですね。

> ”小保方パート”はどこまででしたっけ?
 CATCH22です。

すみません。学とみ子には意味がわからず、 CATCH22を辞書検索してしまいました。

Catch-22 とは【意味】(どうもがいても)動きがとれない矛盾(した状況),ジレンマ的な状態

 まあ、TS細胞(CD45)のことです。と言えば回避可能ですが、こんど無知または意図的操作の二択になります。
こちらもCATCH22‼


CD45細胞と、FI細胞は別ものです・・・
CATCH22‼は、使えません。



> ” 1 回目の GRAS による RNA-seq データ解析結果が想定していたものと異なっているとの理由により、小保方氏らは、再度サンプルを 2013 年 1 月および 6 月に GRAS に提供し (TS細胞 1 種類(TS2)および FI 幹細胞 2 種類(FI-SC2、FI-SC3))、データの再シークエンスを実施した。再シークエンスを実施した FI 幹細胞 RNA-seq は、1 種類が Acr-GFP/CAG-GFP16挿入を持つ 129xB6 へテロ系統由来であり(FI-SC2)、もう 1 種類が論文に採用されたOct4-GFP 挿入を持つ B6 ホモ系統由来データに 10%程度の別細胞(CD1 の可能性が高い)由来データが混じったもの(FI-SC3)となっている。これら2種類のTS細胞RNA-seqデータ、3 種類の FI 幹細胞 RNA-seq データは、どのデータを採用するかにより、Letter Fig.2iに示された樹形(発現プロファイルの類似度に基づいた系統樹)が変わることが確認された。これらの複数のデータから論文に採用されたデータを取捨したのは小保方氏と笹井氏であるが、その理由は、小保方氏によれば、サンプルの中で中間的なものを示そうと考えたとのことであった。”<桂報告書16p~17p>


これは、桂報告書であると、澪標さんはお書きになっています。
STAP論文には、小保方氏と笹井氏の共同作業と思われる幹細胞無しの図表もあります。
小保方氏は、STAP細胞は新たにつくっても、STAP幹細胞は作っていません。

ですから、そうした視点で見ていくと、論文の図のこれかな?あれかな?となりますが、最終的には明らかになっていませんね。

小保方氏は、リバイス論文用にSTAP細胞の検査を追加したことを「あの日」に、記述しています。
そのシーケンス解析の図が、恐らく、レター論文後半のRNAの発現に関する図です。
その結果、系統図が追加されましたね。

レター論文には、小保方氏と笹井氏が議論した様子と思われる記述が書かれていますよ。
ここを再度、良く読んで、上の桂報告書では、笹井氏と小保方氏がリバイス実験用にどの実験を追加した可能性があるのか?それについて桂報告書がどう表現しているのか?について、澪標さんのがご考察ください。

この部分ですね。

Another recent study has indicated that conventional ES cell culture also contains a very minor population of Oct4‐ cells with
features resembling those of very early-stage embryos22, including bidirectional potential. However, these cells are dissimilar to STAP cells as they are Oct4‐, unlike STAP cells and Fgf4-induced stem cells. Our preliminary genome-wide RNA-sequencing analysis indicated that both morulae and blastocysts are outliers to the cluster of STAP and ES cells
(Extended Data Fig. 6d–f and Supplementary Tables 4 and 5).
A key conclusion drawn from this study is that the reprogramming in STAP conversion goes beyond the pluripotent state of ES cells and involves the acquisition of a wider developmental potential related to both ICM- and trophoectoderm-like states.
Because of the inability to clone STAP cells from single cells,we must await future technical advancement to examine whether their dual-directional differentiation potential at the population level may reflect one totipotent state at the single-cell
level or two different states of STAP cells coexisting (or fluctuating between them) in culture.


小保方氏、笹井氏、丹羽氏はこのあたりの考察を詰めていたと思います。
そして、実験を追加しました。
これは、GRASへのサンプル持ち込みとは関係がないのですが、桂報告書では、一般人の誤解を誘っていますね。



追記
澪標さんから、追加がありました。
上記に書いた、学とみ子からの問いかけが効果を発揮していないようです。

>次世代シーケンサーの解析に用いられたサンプルは、若山研にいた時に提出したものと、笹井研から提出されたものが混在してしまっていた(あの日)
これについて、議論してますね。

澪標さんは、GRAS持ち込みエピソードをもって、小保方犯行とみなすとの考え方から一歩もでていません。
ES派学者が、一般人がそう思うように、桂報告書を書いたのです。

上記の学とみ子からの「あの日」(赤字)の説明で、GRAS持ち込みの話ではないと、学とみ子は書いています。

>❷STAP細胞だとすると、系統は論文と合致しています(129B6F1 CAG-GFP)ので「あの日」(127P)の記述と矛盾します。

「あの日」127ページ赤字の記載は、小保方氏が笹井氏と組んで、リバイス実験で別の実験をしている時の話であると、論文引用して、説明しているではないですか?
なぜ、そうした上記説明を読んで、議論してくださらないのでしょうか?

わざわざ、小保方氏にGRASにサンプルに持ち込ませて、彼女が本実験でもES,TSを混ぜた人であるかのように、一般人の誤解を誘っているのではないか?が、学とみ子説です。
澪標さんは、このGRAS持ち込みで小保方氏が混ぜたであろうから、幹細胞作製時にも混ぜたという考えから一歩も出ない方ですか?

小保方氏がすでに混ざったサンプルを知らずに持ち込んでしまったかも?とは、澪標さんはなぜ考えないのですか?
ESと比較する実験をあちこちで実施していたSTAP論文実験で、ESが混じるリスクはあると澪標さんが思うなら、混ぜてしまう人はいつでも小保方氏であるとの考えがおかしいとは、なぜ、澪標さんは思わないのでしょうか?

リバイス実験で小保方氏が何をしていたのだろうか?と、澪標さんは、論文に立ち戻って考えないのでしょうか?

一部の幹細胞サンプルにESが入っていた結果ですが、これは、小保方氏のミスと決まったわけではありません。
誰がどこで入ってしまったのでしょうが、誰であるかはわかりません。
GRAS持ち込みは、小保方氏が、そうしたサンプルを持参してしまったにすぎません。


>次世代シーケンサーの解析に用いられたサンプルは、若山研にいた時に提出したものと、笹井研から提出されたものが混在してしまっていた(あの日)

再度言いますが、これは、小保方氏が笹井研究室で、リバイス用の実験をやっていた時の話です。
笹井研究室には、アクロシン入り細胞は無いですよ。

恐らく、一般人は、このGRAS持ち込みエビソードをもって、小保方氏が幹細胞実験をやっているとでも、勘違いしているのではないでしょうか?

澪標さんは、小保方氏が細胞培養の途中でどうやって混ぜるのか?実際にできるのか?
TS, ESのそれぞれ能力を保持したまま細胞培養できるのか?について、考えたことはあるのでしょうか?
こうした質問についても、可能性だけでも良いから、考察できなければ、ES説は成立しないのですよ。
ES説というのは、こうしたことを考えられないような一般人を納得させようと、画策学者グループが素人だましで考えついた話ですよ。

澪標さんです。
>Retractされた論文の取り扱いについては、多分Sighさんより極端な意見を持っています。
 存在しなくなったものと考えています。


澪標さんは、笹井氏と小保方氏が何の実験をやったかの想像ができていませんけど・・・。
澪標さんは、、非専門分野に属する方でしょうが、STAPに興味がある方なら、学とみ子の言わんとすることに対応できますよ。

小保方GRAS持ち込みの話ではないですよ。
学とみ子が英文で出した部分に、小保方氏と笹井氏が何を実験して結果を出していたのかのヒントがあると思うのですが、こうしたところをしっかり読んでくださいね。

笹井氏と小保方氏が新たにSTAP細胞をつくって、胚盤胞や桑実胚との比較実験をやっていたと思います。
小保方氏のマウスの系統が違うと「あの日」に書いたのは、この実験系のことでしょう。
RNAシークエンスの検査を追加して、樹上図も追加した可能性が高いのです。
勝手な想像ですが、新たなコンセプトを追加したの樹状図Ext Fig6Dが気に入らない人もいたと思います。


論文のための実験作業を、小保方氏のGRAS持ち込みエピソードと一緒にぐちゃぐちゃにかんがえてはいけません。
桂報告書は、この混ぜ混ぜ作戦を展開していますよ。それに、澪標さんは、はまっています。
早く、抜け出してください。
誰がどの実験をやったのか、論文を見ながらよく考えてください。

>系統が混ざっていても良いと考えたならアカデミックな訓練不足、承知の上で行ったとするならば研究不正。いづれにせよ研究者としての資質にかける事になります。

澪標さん、STAP実験で使われたマウスの状態をみて、そんなことを言っているのですか?
過去に129、B6が混じっていて、それをバックスロスとか、純系と交配させたりでマウスを純系に戻す過程のマウスが使われました。つまり、SNPがモザイクであるようなマウスですよ。

それでも、若山研究室は、SNP厳密性を極める実験をしているわけではないので、その事実を論文に書けば良いらしいです。
系統が混じったマウスを、同じ実験で使用しているわけではありません。
笹井研究室では、純系マウスだったかもしれませんよ。ここで、読者が考えることは、若山研究室がリバイス実験に関わってくれていないとする深刻な問題があったかも知れない問題点です。小保方氏がいつでも悪いと考えるのを止めませんか?

皆、苦しい状況にあった事を考えるべきです。


それも明らかでないのに、マウスをだたらめに使って実験していたかのようにイメージしてませんか?
小保方氏は好き勝手に混ぜてマウスを使えるうような立場でもないです。

結局、澪標さんにとって、学とみ子との議論は”蛇足”とのことです。


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