ESを鑑別するのではなく、Oct陽性のSTAP細胞がFI細胞に残っているのではないか？
2020/07/19
”一研究者の意見”のコメント欄の一言居士さんの文章です
＞624. 一言居士
2020年07月18日 13:54
[連絡1]
>>学さん
一日の連投量に制約があります。お返事は遅れます。ご了解願う。JAKiに関するネイチャー第二レフェリーの査読文だけ先に貼っておきます。
>>
The authors suggest that STAP cell-derived TS-like cells are distinct from embryo-derived TS cells, but the data for this are not decisive and could be attributed to persistent contamination with STAP cells or ES cells (which could expain the occasional Nanog positive cells). Presence of ES cells could be excluded by culture in the presenve of JAK inhibitor, and monitored by Oct4 and Nanog immunostaining.
(続き)A global transcriptome anallysis could then be performed for comparison with TS cells. Data should also be provided on Fgf4 withdrawal from the TS-like cells - does this induce the expected differentiation into trophoblast giant cells?
一言居士さんが貼ってくれたネーチャーの査読文は、異なる時期に返送された2種類の査読分です。
この文章が放出されたのが、2013年4月4日の以下の時間です。
つまり、この2種は査読が返送された時刻ではなく、放出された時間でしょうね。想像です。
２２：４４：０４
２２：４９：２３
それぞれ3人づつの査読者が論評コメントを書いています。
この2種類（1回目査読と2回目査読と表記します）は、どういう関係なんですかね。
レフェリー＃１は、1回目査読と2回目査読で同じ人のようです。出だしの文章が同じです。青字部分
1回目
In the present manuscript the authors evaluate the role of cellular stress during potential nuclear reprogramming toward pluripotency.
2回目
In the present manuscript the authors leverage on an accompanying manuscript in which they described reprograming induced by stress.
いつの時期に小保方氏の返送された査読文かどうかまでは、わからないのですよね？
査読分に日付が消されて無いのですが、２回目査読は、レフェリー＃１がリジェクトしています。
こちらの方が古いのですかね？
まあ、これ以上の情報はないということかもしれませんが、何かわかりましたら教えてくださいね。
また、一言居士さんが引用してくれたのは、２番目査読のレフェリー＃２ですね。
ご紹介、ありがとうございました。
こうした書類を入手するのも大変なのでしょうから、ごくろうさまでした。
一言居士さんが笹井研究室時代という根拠はどこからなのか？は、学とみ子にはわかりかねます。
「あの日」によると、若山研究室時代から、ネーチャーに論文を送っているようです。
インヒビター実験は、若山先生が小保方が行ったとの事実を知っていることから、若山研究室での実験と考えています。
これは、学とみ子が論文を読んだ上での想像ですが、ある程度の根拠はあります。
Ref 2は以下のように書いています。ここは上記の一言居士さんの文章と同じ部分です。
The authors suggest that STAP cell-derived TS-like cells are distinct from embryo-derived TS cells, but the data for this are not decisive and could be attributed to persistent contamination with STAP cells or ES cells (which could explain the occasional Nanog positive cells). Presence of ES cells could be excluded by culture in the presence of JAK inhibitor, and monitored by OCT4 Nanog immunostaining. A global transcriptome analysis could then be performed for comparison with TS cells. Data should also be provided on Fgf4 withdrawal from the TS-like cells –does this induce the expected differentiation into trophoblast giant cell?
学とみ子は、上記の文章に登場する”ES cell” は、ES-lile cell（FI細胞から誘導される） と読みます。
そうでないと、意味が通じないと思います。
ESを鑑別するのではなく、Oct陽性のSTAP細胞がFI細胞にも混在しているのではないか？と、査読者は聞いてきているからです。
少なくとも、レター論文を読むと、そうした考えになります。
ここで、ES細胞のコンタミを、査読者は考えてないと思います。
TSの時だけ TS-like cell と言っているのに、ES-lile cell と、なぜ、書いてくれないのだろうか？
とても、日本人にとっては混乱する書き方であると思います。こうしたことがあると、論文を理解していく上でつらいですね。
この頃の、STAP実験担当者たちは、ESが混じっているということを区別するための実験はしていません。
この査読コメントは論文に生かされたようで、実際のSTAP論文（紫字）に実験結果が載っています。
＞Previous studies have indicated that inner cell mass (ICM)-type pluripotent cells can be removed from culture by treating the culture with a JAK inhibitor16 (Extended Data Fig. 5a, b). In contrast, the JAK inhibitor treatment had no substantial effect on Oct4-GFP expression in Fgf4-induced stem-cell culture (Extended Data Fig. 5c, d; see Extended Data Fig. 5e, f for control). Expression of neither pluripotency markers (Fig. 2j) nor trophoblast markers (Fig. 2k) was substantially affected, indicating that pluripotency marker expression is unlikely to reflect contaminating STAP stem cells (ICM-type).
追記
学とみ子は、二種類の査読文の関係がわからなかったのですが、一言居士産の説明通り、アーチィクルとレター論文のそれぞれの査読文の関係ですね。一言居士さんの説明を学とみ子は見逃していました。すみません。失礼しました。
レター論文のタイトルが発表論文と違うので気づきませんでした。査読者三人は、両論文で同一人ですね。
これが、２０１３年4月４日返送の査読文であるとので論拠があれば教えてください。吉村先生はどのような説明だったのでしょうか？
学さん記録の１６番を読みましたが、17番を学とみ子は見逃していました。行き違いがあってすみません。
Nature Review１ー９とかかれていますが、もっと多くあるのでしょうか？全部で、ここは９ページと言うことですかね。
追記 7月21日
一言居士さん、お知らせです。
”一研究者の意見ブログ”に以下が書き込まれました。
636. くり
2020年07月21日 18:54
＞あんたらの先生は細胞とマウスを区別できない（笑
情けないねぇ（笑
くりさんは、嫌みな言い方をしてますね。
くりさんは、学とみ子の以下の文章に言及してます。
＞＞（ある程度の長さに及ぶ）欠失や重複、逆位 X染色体異常など、STAP実験に使われたマウスは遺伝子構造異常があったと、桂報告書にあります。
>学とみ子はこれを言っているんですけど・・・、ご納得いただけないのでしょうか？
桂報告書8ページを読むと、X染色体異常は、GOFマウスからES細胞を作る時に生じたとあります。
ですから、以下＞＞の文章から、X染色体を除いた方が良いですね。
本文記事からX染色体の文字を消す前に、周知のために、ここにお断りとお詫びを入れます。
STAP実験に使われたのは、何のマウスかわかりませんし、残存サンプルから無くなったマウス種もあります。
標準的な近交系の１２９、B6が使われたわけでもありませんでした。
結局、マウスの記録も無いし、わたされたマウス種が不明なものもありましたね。
とにかく、実験結果から想定できるマウスには、いろいろな遺伝子異常を抱えていたのは確かです。
それから、一言居士さんが貼ってくれたネイチャーの査読文章に関することです。
「あの日」を読むと、リバイスは4月4日に戻ってきたとあります。
STAP事件のイベント経時的変化については、一言居士さんは調べつくしているだろうから、学とみ子は、一言居士さんの考察に従います。
つまり、このネイチャー査読文章は2013年の4月4日小保方着のネイチャー判断であろうとと学とみ子は考え直しました。
2通目のレフェリー＃１が論文リジェクトしているので、学とみ子の誤解を誘いました。
すみませんが、変更させてください。ご迷惑をおかけしました。
小保方氏は、すぐこの査読結果を共同研究者に送ったのでしょう。
学とみ子は、この変更に伴い、インヒビター実験時期の考え方も変更します。
学とみ子は、体内時計さんとインヒビター実施時期について対立してしまったのですが、ネーチャー論文査読が、4月4日小保方着のものなら、インヒビター実施時期は笹井研究室と想像できます。
体内時計さん、失礼しました。学とみ子の想像内容を変更させてください。
体内時計のご指摘通り、インヒビター実験は笹井研究室での可能性が高いと考えます
但し、このインヒビター実験の目的に関しては変更がありません。
インヒビター実験は、ES細胞が混じっているかを確かめるための実験ではなく、FI細胞は、TS細胞様の細胞動態（増殖シグナル伝達経路）であることを示すための実験です。つまり、学とみ子が以前に説明した通りです。
こうした実験ノートを小保方氏は所有していると思うので、本当に必要と感じたら小保方氏は提出すると思います。
「あの日」出版に向けて、出版社も小保方氏も”イザ”という法的準備はしたと思います。
＞624. 一言居士
2020年07月18日 13:54
[連絡1]
>>学さん
一日の連投量に制約があります。お返事は遅れます。ご了解願う。JAKiに関するネイチャー第二レフェリーの査読文だけ先に貼っておきます。
>>
The authors suggest that STAP cell-derived TS-like cells are distinct from embryo-derived TS cells, but the data for this are not decisive and could be attributed to persistent contamination with STAP cells or ES cells (which could expain the occasional Nanog positive cells). Presence of ES cells could be excluded by culture in the presenve of JAK inhibitor, and monitored by Oct4 and Nanog immunostaining.
(続き)A global transcriptome anallysis could then be performed for comparison with TS cells. Data should also be provided on Fgf4 withdrawal from the TS-like cells - does this induce the expected differentiation into trophoblast giant cells?
一言居士さんが貼ってくれたネーチャーの査読文は、異なる時期に返送された2種類の査読分です。
この文章が放出されたのが、2013年4月4日の以下の時間です。
つまり、この2種は査読が返送された時刻ではなく、放出された時間でしょうね。想像です。
２２：４４：０４
２２：４９：２３
それぞれ3人づつの査読者が論評コメントを書いています。
この2種類（1回目査読と2回目査読と表記します）は、どういう関係なんですかね。
レフェリー＃１は、1回目査読と2回目査読で同じ人のようです。出だしの文章が同じです。青字部分
1回目
In the present manuscript the authors evaluate the role of cellular stress during potential nuclear reprogramming toward pluripotency.
2回目
In the present manuscript the authors leverage on an accompanying manuscript in which they described reprograming induced by stress.
いつの時期に小保方氏の返送された査読文かどうかまでは、わからないのですよね？
査読分に日付が消されて無いのですが、２回目査読は、レフェリー＃１がリジェクトしています。
こちらの方が古いのですかね？
まあ、これ以上の情報はないということかもしれませんが、何かわかりましたら教えてくださいね。
また、一言居士さんが引用してくれたのは、２番目査読のレフェリー＃２ですね。
ご紹介、ありがとうございました。
こうした書類を入手するのも大変なのでしょうから、ごくろうさまでした。
一言居士さんが笹井研究室時代という根拠はどこからなのか？は、学とみ子にはわかりかねます。
「あの日」によると、若山研究室時代から、ネーチャーに論文を送っているようです。
インヒビター実験は、若山先生が小保方が行ったとの事実を知っていることから、若山研究室での実験と考えています。
これは、学とみ子が論文を読んだ上での想像ですが、ある程度の根拠はあります。
Ref 2は以下のように書いています。ここは上記の一言居士さんの文章と同じ部分です。
The authors suggest that STAP cell-derived TS-like cells are distinct from embryo-derived TS cells, but the data for this are not decisive and could be attributed to persistent contamination with STAP cells or ES cells (which could explain the occasional Nanog positive cells). Presence of ES cells could be excluded by culture in the presence of JAK inhibitor, and monitored by OCT4 Nanog immunostaining. A global transcriptome analysis could then be performed for comparison with TS cells. Data should also be provided on Fgf4 withdrawal from the TS-like cells –does this induce the expected differentiation into trophoblast giant cell?
学とみ子は、上記の文章に登場する”ES cell” は、ES-lile cell（FI細胞から誘導される） と読みます。
そうでないと、意味が通じないと思います。
ESを鑑別するのではなく、Oct陽性のSTAP細胞がFI細胞にも混在しているのではないか？と、査読者は聞いてきているからです。
少なくとも、レター論文を読むと、そうした考えになります。
ここで、ES細胞のコンタミを、査読者は考えてないと思います。
TSの時だけ TS-like cell と言っているのに、ES-lile cell と、なぜ、書いてくれないのだろうか？
とても、日本人にとっては混乱する書き方であると思います。こうしたことがあると、論文を理解していく上でつらいですね。
この頃の、STAP実験担当者たちは、ESが混じっているということを区別するための実験はしていません。
この査読コメントは論文に生かされたようで、実際のSTAP論文（紫字）に実験結果が載っています。
＞Previous studies have indicated that inner cell mass (ICM)-type pluripotent cells can be removed from culture by treating the culture with a JAK inhibitor16 (Extended Data Fig. 5a, b). In contrast, the JAK inhibitor treatment had no substantial effect on Oct4-GFP expression in Fgf4-induced stem-cell culture (Extended Data Fig. 5c, d; see Extended Data Fig. 5e, f for control). Expression of neither pluripotency markers (Fig. 2j) nor trophoblast markers (Fig. 2k) was substantially affected, indicating that pluripotency marker expression is unlikely to reflect contaminating STAP stem cells (ICM-type).
追記
学とみ子は、二種類の査読文の関係がわからなかったのですが、一言居士産の説明通り、アーチィクルとレター論文のそれぞれの査読文の関係ですね。一言居士さんの説明を学とみ子は見逃していました。すみません。失礼しました。
レター論文のタイトルが発表論文と違うので気づきませんでした。査読者三人は、両論文で同一人ですね。
これが、２０１３年4月４日返送の査読文であるとので論拠があれば教えてください。吉村先生はどのような説明だったのでしょうか？
学さん記録の１６番を読みましたが、17番を学とみ子は見逃していました。行き違いがあってすみません。
Nature Review１ー９とかかれていますが、もっと多くあるのでしょうか？全部で、ここは９ページと言うことですかね。
追記 7月21日
一言居士さん、お知らせです。
”一研究者の意見ブログ”に以下が書き込まれました。
636. くり
2020年07月21日 18:54
＞あんたらの先生は細胞とマウスを区別できない（笑
情けないねぇ（笑
くりさんは、嫌みな言い方をしてますね。
くりさんは、学とみ子の以下の文章に言及してます。
＞＞（ある程度の長さに及ぶ）欠失や重複、逆位 X染色体異常など、STAP実験に使われたマウスは遺伝子構造異常があったと、桂報告書にあります。
>学とみ子はこれを言っているんですけど・・・、ご納得いただけないのでしょうか？
桂報告書8ページを読むと、X染色体異常は、GOFマウスからES細胞を作る時に生じたとあります。
ですから、以下＞＞の文章から、X染色体を除いた方が良いですね。
本文記事からX染色体の文字を消す前に、周知のために、ここにお断りとお詫びを入れます。
STAP実験に使われたのは、何のマウスかわかりませんし、残存サンプルから無くなったマウス種もあります。
標準的な近交系の１２９、B6が使われたわけでもありませんでした。
結局、マウスの記録も無いし、わたされたマウス種が不明なものもありましたね。
とにかく、実験結果から想定できるマウスには、いろいろな遺伝子異常を抱えていたのは確かです。
それから、一言居士さんが貼ってくれたネイチャーの査読文章に関することです。
「あの日」を読むと、リバイスは4月4日に戻ってきたとあります。
STAP事件のイベント経時的変化については、一言居士さんは調べつくしているだろうから、学とみ子は、一言居士さんの考察に従います。
つまり、このネイチャー査読文章は2013年の4月4日小保方着のネイチャー判断であろうとと学とみ子は考え直しました。
2通目のレフェリー＃１が論文リジェクトしているので、学とみ子の誤解を誘いました。
すみませんが、変更させてください。ご迷惑をおかけしました。
小保方氏は、すぐこの査読結果を共同研究者に送ったのでしょう。
学とみ子は、この変更に伴い、インヒビター実験時期の考え方も変更します。
学とみ子は、体内時計さんとインヒビター実施時期について対立してしまったのですが、ネーチャー論文査読が、4月4日小保方着のものなら、インヒビター実施時期は笹井研究室と想像できます。
体内時計さん、失礼しました。学とみ子の想像内容を変更させてください。
体内時計のご指摘通り、インヒビター実験は笹井研究室での可能性が高いと考えます
但し、このインヒビター実験の目的に関しては変更がありません。
インヒビター実験は、ES細胞が混じっているかを確かめるための実験ではなく、FI細胞は、TS細胞様の細胞動態（増殖シグナル伝達経路）であることを示すための実験です。つまり、学とみ子が以前に説明した通りです。
こうした実験ノートを小保方氏は所有していると思うので、本当に必要と感じたら小保方氏は提出すると思います。
「あの日」出版に向けて、出版社も小保方氏も”イザ”という法的準備はしたと思います。
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