再度、書きます。お題目を訳してどうするの?もう、みんな、そんなところはわかっています。 TS,ES,EPiS を人工的に誘導できるということは、TFsネットワークが一旦、落ち着く状態になるからではないの? TS,ES,EPiSを現実に、人が誘導できるから、こうしたTFsネットワークの動きがわかってきたのでしょう? つまり、以下の英文部分が大事なのではないですか?コメントください! >The dynamic changes in TF binding between mESCs and EpiSCs may support the existence of such an intermediate state as defined by a stable TF network
REVIEW The principles that govern transcription factor network functions in stem cells Development 2018 145: dev157420 doi: 10.1242/dev.157420 Published 14 March 2018
In animal evolution, the number of TFs encoded in the genome has increased with the number of cell types. How is the acquisition of an evolutionarily novel cell type achieved with respect to the underlying TF network? The placenta is an evolutionary novelty in mammals, and thus the TSC-specific TF network is an evolutionary novelty of placental mammals. However, very few novel genes that are unique to mammals function in placental development. Peg10, which derives from a retrotransposon, is a rare example of this category (Ono et al., 2006). By contrast, the molecular functions tend to be highly conserved during evolution. Sox2 is a member of the group B1 Sox family, which is conserved in invertebrates. In Drosophila, the group B1 Sox family members function in neuronal development, and neuronal function is conserved in mammalian group B1 members Sox1, Sox2 and Sox3 (Kamachi and Kondoh, 2013). The amino acid sequences of the Drosophila and mammalian group B1 members share homology only in the HMG box (Niwa et al., 2016). However, mouse Sox2 can be replaced by Drosophila SoxN in maintaining the pluripotency of mESCs, indicating that the conserved function of the group B1 Sox family is effective even in mESCs (Niwa et al., 2016). Since there is no evidence that a pluripotent cell population exists in developing Drosophila, then it follows that the pluripotent state is an evolutionary novelty in vertebrates, especially mammals. Therefore, the specific function of Sox2 in mESCs must be co-opted from its evolutionarily conserved function.
The use of evolutionarily conserved TFs to define novel cell types suggests that the evolutionary acquisition of novelty could derive from the establishment of new combinations of TFs in a network, rather than the acquisition of new TF functions. In the new network, each TF interconnects with other TFs by acquiring new enhancers with little or no acquisition of new molecular function. The flexibility of the connection between the extracellular signals and the TF networks, and between the TF networks and the target genes, would allow a new combination of regulatory elements to evolve. The evolution of the cis-regulatory elements was emphasized in a genetic theory of morphological evolution (Carroll, 2008), and the gain-of-function of cis-regulatory elements can occur by insertion of new elements without affecting the ancestral regulatory element, allowing co-optional use of the genes for novel functions (Peter and Davidson, 2011). In addition, the combined activity of multiple TFs on a super-enhancer to recruit the Mediator complex could make it relatively straightforward to achieve new synergistic functions among a novel combination of TFs. These events would enable a new combination of TFs in the network to be established, which in turn could lead to the specification of an evolutionarily novel cell type. Among the TFs of the TSC-specific network, the evolutionarily conserved functions of Sox2, Eomes and Cdx2 are found in neuroectoderm, mesoendoderm and definitive endoderm, respectively (Box 1, Glossary) (Sasai, 2001; Beck and Stringer, 2010; Probst and Arnold, 2017), but they cooperate together to define an evolutionarily new cell type, the trophoblast. Such flexibility in the combination of TFs could be a result of the flexible design of a TF network.
以下は学さんのコメントです。 > つまり、以下の英文部分が大事なのではないですか?コメントください! >The dynamic changes in TF binding between mESCs and EpiSCs may support the existence of such an intermediate state as defined by a stable TF network
このように書いている時点で、該当箇所がなぜBox 2として別建てされているのかを理解していないことは明らかです。Box 2は論文の読者に前提知識として持っていてもらいたい”The in vitro differentiation system of mouse embryonic stem cells”を別建てしたもので、論文の要点ではありません。また、Box 2の中で重要な項目を敢えて挙げるとすれば、その趣旨からも”The in vitro differentiation system”全体であり、学さんの指摘する単独の英文ではありません。
コメント
はなさん
2020年8月21日 7:46 AM
その西行の歌は、学とみ子さん宛ではなく、貴女達平家一門への供養ではありませんか・?!
近衛前久の芸当によって、平氏から源氏に鞍替えになっても、赤い旗がたなびいているとすれば・・
ここは耳なし芳一の琵琶が要るのでは・・はかなしや・あな・はかなしや・・・
2020/08/21 URL 編集
あいにく、一畳では、足のなが~い
脚線美のわたくしには、はみ出してしまいますの、残念!
子難しいコメントして、ごめん、
私達の総ゲノムの約30%は、進化の過程でのウイルスの残骸で占められているん
だってよ、皮肉にも意外な生命の歴史ですね、
人並みからハズレている、
ペルドンさんのゲノムの場合なら、
おそらくウイルスの残骸は77%かな、?
いやいや、99%でしょうか?
ところが、理研資料によると、
ジャンク残骸どころか、ウイルス由来の
レトロトランスポゾンが
私達の生命活動に今も、様々な制御機能で働いてくれている!なんてビックリです。
東京で巨大ウイルスを発見した竹村先生は「ウイルスが生物を進化させた」と真剣に
仮説を提示されてます。
2020/08/21 URL 編集
Ooboe別嬪上鳥君さん
前回はミトコンドリアをぶったのは良かったが、学塾長にお尻をブタレテ行方不明。お尻の掌の跡が
消えたから、現われたのですか・?
又又小難しい事を言い出して・・
「私の意志に関わらず勝手に働いてくれているなんて凄いですね!」
それを知りたくて試したくて・・一畳茶室尻合わせを・・・
2020/08/20 URL 編集
お久しぶりです。
現在、所用多忙で、ネットの閲覧が出来ていない状態で残念です。
居士さん、のしっかり読みたい興味深い
詳細な「stap概論シリーズ」も横目にして流しているところです。
丹羽先生の2018年論文「幹細胞における転写ネットワーク機能を支配する原理」の案内ありがとうございます。
この案内に関連して、ある資料のことを
パートナー氏から閲覧したら、と勧められていたことを思い出しました。
その資料は2014年4月29日発表の理研資料
【幹細胞の多能性に関わるレトロトランクスポゾン由来のRNA】
(ジャンクDNAから転写されるRNAの新しい機能を発見)です。
>これまで知られていなかった数千種類の
RNAがips細胞やES細胞の核内で発現していることを見出だし、その一部が
幹細胞に特徴的な多能性の維持に関与している可能性があることを明らかにしました。
>細胞に存在するRNAには、タンパク質を
コードしないncRNAが大量に含まれる
ことが明らかになりました。RNAには
ゲノム上のレトロウイルスに由来する
配列(レトロトランスポゾン)からの
転写産物が多数含まれています。
それらの一部は発生や細胞分化に関与していることが示唆されていますが。
大半のレトロトランスポゾン由来RNAの生物学的な機能は不明です。
>ES細胞やips細胞研究では、(略)
幹細胞特有の転写制御ネットワークについての膨大な知見が積み重ねられてきましたが、しかし、その殆どがタンパク質をコードする遺伝子についての理解であり、ncRNAの役割りは殆ど明らかになっていません。
★その役割りを解明すべく理研独自技術
CAGE法などで遺伝子解析をした結果
幹細胞特異的な転写産物(NASTs)が
核内で多量に発現していることを見出だしまた。とのことです。
また、NASTsの一部はips細胞の多能性マーカの発現を直接制御する機能を持つことも示唆しているそうです。
★幹細胞の核内で多量に発現している
この幹細胞特異的な転写産物(NASTs)
というものと、丹羽先生の
幹細胞での、転写ネットワーク機能と
いうものと、なんらかの関連関係に
あるのでは?と、興味深いです。
細胞内の今だ知られぬ機能達って、
私の意志に関わらず勝手に働いてくれているなんて凄いですね!🙏
2020/08/20 URL 編集
Plus99%さん
小保方氏や三木弁護士が最終的にねつ造強要に出たのも、私がそこまで知らないだろうと高を括って、私にアッサリ反論されてしまい、小保方氏の虚偽がバレてしまい、科学的事実をバラしたら小保方氏のデタラメがバレてしまうじゃないか、事実でも名誉毀損で訴えることが出来るんだぞ、訴えるぞゴラァ!となって、私は別に構わないですよ、三木弁護士が今のやってることはただの強要・脅迫になりますから、事実関係を裁判所で争える状態で資料を揃えますからその時にこちらがどうするか通知します。
これなんだろう・?!
小保方譲や三木弁護士が、そんな愚かなことを強制する筈がないが・・・
2020/08/19 URL 編集
・学さんは極度に論理性を欠き、科学的議論の土俵に立てない人である。
・にもかかわらず、独自ルールにより他人を無根拠に貶め、科学を冒涜している。
その学さんに科学的見解を示して議論を目指すなど、空くじだけの福引を買い占めるようなものです。
生命科学の専門家でも異分野の秀才でもない学さんに科学的見解を披露したら起こることは、容易に想像がつきます。
・説明を曲解・つまみ食いし正しく理解しない。
・そのつまみ食いと曲解の結果を論点ずらしに用いる。
生命科学の専門家でも異分野の秀才でもない学さんは、自らの現在地を謙虚に省みることを一切しません(できません)。それでいて追い込まれると必ず相手を感情的に侮辱します。そして、自身を科学的知識に優れた人、相手を科学的知識が不足した人と(無根拠に)みなします。そのような人に自分の科学的見解を披露することなどあり得ません。
以下は学さんのコメントです。
> つまり、以下の英文部分が大事なのではないですか?コメントください!
>The dynamic changes in TF binding between mESCs and EpiSCs may support the existence of such an intermediate state as defined by a stable TF network
このように書いている時点で、該当箇所がなぜBox 2として別建てされているのかを理解していないことは明らかです。Box 2は論文の読者に前提知識として持っていてもらいたい”The in vitro differentiation system of mouse embryonic stem cells”を別建てしたもので、論文の要点ではありません。また、Box 2の中で重要な項目を敢えて挙げるとすれば、その趣旨からも”The in vitro differentiation system”全体であり、学さんの指摘する単独の英文ではありません。
Box 2に関してヒントを差し上げても、自らのコメントを省みることは一切せずに「今度はbox2とか言ってきました。何とでもいって、己の誤読をごまかそうとする人です。」と無根拠に相手を批判する。
また、該当箇所は「自然の細胞発生とそうでない人工培養環境の対比」ではないと指摘されても、自らの不正確さを省みることができずに「致命的さんはイントロダクション文章を、致命的に意味を取り違えていたみたいー ー ー」と感情的に相手を批判する。
「確かに論文には直接対比は書かれていませんね。でも○○という観点で対比しながら読めば△△という見解も得られて面白いのではないでしょうか」などと返答できれば良いものを、「対比」とは一切無関係の翻訳で論点をずらしながら自己を正当化し相手を批判することしかできない。
これらに加え、論文のGlossaryを無意味に引用し、理由を問いただされても説明できない。Box 2の内容を不正確に訳し、あたかも自分で加えた解説かのように記述する。科学の冒涜以外のなにものでもありません。
生命科学の専門家でも異分野の秀才でもない学さんが、私のことを感情的に侮辱するのは一向に構いません。むしろ、科学的見解をつまみ食い・曲解され、ありえない主張の根拠にされることの方が侮辱的です。
学さんがクレドに従った布教活動をしているというのなら、私の批判は的外れです。しかし生命科学の専門家でも異分野の秀才でもない学さんが、「科学的議論」を標榜するのなら、デタラメをデタラメと指摘する「根拠ある批判」は是々非々で行います。
2020/08/18 URL 編集