ため息さん、道化師のように立ち回るのは止めて!

さて、今回のため息さん、plusさんとの議論は、ひどいものだった!

丹羽総説では、first second thirdと順を追って、転写因子蛋白の解析の難しさを書いている。

The simulations of Dunn et al. and Goode et al. raise several questions about the functioning of TF networks. The first is how to calculate the cooperative effect of multiple TFs during the activation of super-enhancers. This could be additive, synergistic or conditional. In the case of mESC-specific super-enhancers, Oct3/4 and Sox2 could be prerequisite for mediating the functions of other TFs in either an additive or synergistic manner. It is difficult, however, to compose a rule governing such cooperation, especially considering the possible role of repressive TFs such as Tcf7l1, the nucleosome remodelling deacetylase (NuRD) complex, and Gro/TLE transcriptional co-repressors (Hnisz et al., 2013; Wray et al., 2011; Reynolds et al., 2012; Laing et al., 2015). A second question raised is how to evaluate the function of TFs as proteins, which is itself a challenge. Protein levels are regulated at translational and post-translational levels. For example, the stability and translation efficiency of Sox2 mRNA is regulated by multiple microRNAs, while the stability and activity of Sox2 protein is controlled by multiple modifications such as acetylation, phosphorylation, ubiquitylation, sumoylation and methylation (Liu et al., 2013). A third question is how to account for the complex interactions of TFs that can modulate the activity of other TFs either positively or negatively, as has been shown in the case of Sox2 and Tex10 (Ding et al., 2015).


ところが、ため息さんは以下のように言っている。

>①と③はタンパクとしての転写因子の話ではないので②が該当部分です。

>これを学とみ子は理解できないから、どうやら翻訳しろということなんでしょうかね。どこに「蛋白構造を解析することの難しさ」が書いてあるのでしょうか?



ええッ、ため息君、どこ読んでんの?
first second thirdと①②③と全部、基本、蛋白の話です。そこに、転写、翻訳、エピジェネティックも入るけど・・・。
ため息さんの英語読解力はどうなっているのでしょうか?


①もたんぱく質の話です。
複数の転写因子蛋白が結合する時に、相加的、相乗的に予期せぬ付加的効果が生じるので留意せよ!と言っている。
mESC固有のスーパーエンハンサーに、Oct3 / 4とSox2 が結合してなきゃ、他のTFもくっつかないと言っているじゃあないか?
ところが、いくつも結合しているTFの中には、抑制的に働くものもあるから、予想が困難と言っているじゃん

②の記述では、as proteins と書いてあるから、英語が不得意のため息さんも読めたみたい。
でも、②も当然、タンパク質の話で、翻訳レベルと翻訳後レベルで違う蛋白構造になってしまうのが悩ましいと言っているじゃん。

Sox2 mRNAから蛋白への翻訳への効率は、複数のマイクロRNAによって制御され、生成されたSox2タンパク質の安定性と活性は、アセチル化、リン酸化、ユビキチン化、SUMO化(SUMO proteinの結合)、メチル化などの複数の修飾を受けます(Liu et al。、2013)。

その結果、転写因子たんぱく質の構造変化と機能変化が起きてしまうのを予想するのが研究者の悩みのようです。

もしかすると、ため息さんたちは、学とみ子が、蛋白が”修飾”されると書いた意味がわからなかったのじゃない?
蛋白には修飾がつきものよ。

これらのテクニカルタームはしっかり押さえて暗記してね。

③は、そうしてできてきた複数のTFがDNAに結合した後、TF同士が相互に影響を及ぼし合うので、問題が出ると書いてあるじゃん。
他のTFの活動を正または負に変調できるTFの複雑な相互作用をどのように考えるのか?が、研究課題だってば。

それも、Sox2とTex10の場合のように、(Ding et al。、2015)、転写因子の働きを相互に進ませる場合と、逆に抑えてしまう場合とがあるんだと。


つまり、一緒にTFをDNA上に集めてしまうと、相互の影響が複雑化する。
それぞれTF同士が仲良くして反応を進ませる場合と、逆に抑え込みあってしまう場合があるそうです。つまり、状況に応じて、進ませたり、抑えたりもする転写因子もあるんだって。

だから、転写因子は、蛋白構造であるが故に、解析がむずかしいんだよ~~ん。

時と状況に応じて、細胞の転写は変化してしまうって訳です。


ため息さんです
>これは「蛋白(構造)の解析」とは関係ない話です。

>学とみ子は世の中の出来事に複数の要因があると難しいと判断するのでしょうが、決定までの過程に多数の要因があるということを、複雑だというかもしれませんが、難しいとはいいません。


予期できなきゃ、難しいじゃあないか?
蛋白の構造や働きが変化してしまえば、解析はむずかしいじゃあないか?
別の構造体になってしまったら、どう追いかけてよいかわからないじゃあないか?
転写を進ませるはずとおもっていたら、抑制してしまったら、予測不可じゃないか?

だから、転写因子の研究は、まだ、未知なんです。
これが、細胞が予期せぬ動きをしてしまう元です。
遺伝子変化が大きな若山研究室のマウスは、こうした転写、翻訳機能が特殊だったんでしょう?
STAP細胞擁護を、科学的にサポートしています。


ネットにはいくらでも解説があるので、ため息さんも、plusさんもしっかり勉強してください。
アセチル化、メチル化、脱アセチル化、脱メチル化なども勉強して。

以下、ネット情報です。

ヒストンの修飾
ヒストンのコア領域に含まれないN末端・C末端側の領域をヒストンテールと呼び、アセチル化、メチル化、リン酸化、モノユビキチン化など様々な翻訳後修飾を受けていることが報告されています。これらの修飾はクロマチン構造を変化させ、エピジェネティックな遺伝子発現制御に関わっていると考えられています。


ヒストンアセチル化
一般に、ヒストンのアセチル化は、遺伝子の発現を促進する方向に働きます。ヒストンアセチル基転移酵素によって、アセチル基がヒストンテールに付加されると、ヒストンの正電荷が減少し、ヒストンとDNAの間の電気的な相互作用が減少するために凝集したヌクレオソーム構造が緩み、RNAポリメラーゼがプロモーター領域に結合しやすくなるためです。 逆に発現を抑制する場合は、ヒストン脱アセチル化酵素によってアセチル基が除去され、その結果、ヒストンとDNAの結合が強固になり、遺伝子の発現は抑制されます。 がんでは、ヒストンの脱アセチル化によってがん抑制遺伝子の発現が負に制御されている例が報告されており、ヒストン脱アセチル化酵素は抗がん剤の標的として注目されています。ヒストンアセチル基転移酵素、ヒストン脱アセチル化酵素ともに多くの種類が知られています。

ヒストンメチル化
ヒストンのメチル化は、ヒストン分子のアルギニンやリジン残基に生じ、遺伝子発現の促進、抑制、どちらにも働きます。例えば、Set1というヒストンメチル化酵素がヒストンH3の4番目のリジンをメチル化すると、遺伝子の発現が促進されます。一方、Suv39h1などのヒストンメチル化酵素によって9番目のリジンがメチル化されると、HP1と呼ばれるタンパク質が結合し、ヌクレオソームが凝縮し、ヘテロクロマチンの形成が促進されるため、転写が抑制されます。ヒストンメチル化酵素も多くの種類があります。



致命的さん、コメントです。
2020年9月19日 11:19 PM
>最近の学さんは、追い込まれ続けると少しだけ具体的内容を書くようになってきたのでしょうか。

面白いコメントですね。そちらが読めてないから、解説しているだけです。最初から当方が説明したら、相手に悪いでしょうから。相手がわからない、誤読してるから教えてるんです。致命的さんも理解が進んだと思います。
読める人ぶるのは、恥ずかしい事だと思うけど、もっと大きな目的があれば、個人的な恥は捨てられます。そんな心境なのでしょうね。

致命的さんて、小保方混入犯説は、絶対に守りたい人のようです。そこは、本気で信じてる人だろうと思うけど、致命的本人は論文が読めて、学とみ子は読めないと決めつけているけど、そこは嘘ついてない?そこも、本気ですか?

とにかく、もっと論文をきちんと読んで、小保方混入犯説を守るスキルアップができないと、ES捏造説を守れませんよ。

致命的さんです。
>最初のquestionは、”how to calculate the cooperative effect”であり、蛋白解析の話ではありません。

じゃあ、何についてかかれているの?説明してくれたら、致命的さんを見直します。


致命的さんの追加コメントです。
なるほど、そこは、致命的さんにとって、絶対に言いたくない事、追及されたくない事なんですね。
わかりました。今後は、配慮しましょう。学とみ子が忘れてしまったら、又、注意をお願いします。

>小保方混入犯説?私がそんな説を唱えたことはないと思いますが。小保方さんに触れたことすら殆どありません。



追記
今朝のため息さんコメント出ました。

ため息さんは、あくまでも、間違いを認めない方針を打ち出しました。正に、STAP事件と同じ様相です。こうした学者たちのメンツが、STAP誤解の元です。

ため息さんです。

>順を追ってシミュレーションの問題点を列挙しているのであって「転写因子蛋白の解析の難しさ」など書いているわけではないのです。このセクションのどこに「転写因子蛋白の解析の難しさ」がかいてあるのでしょうか。丹羽氏はシミュレーションするにあたり出力に影響を与える要因にそれぞれどのような評価をつけて計算するか、その変化する要因について列挙したわけですね。

上記文章は、前半記述でやめときゃいいものを、後半まで書いてしまったがために、論文が読めてない事がばれちゃいました。

まだまだ、コンピューターシュミレーションがトライアル時期に過ぎない状況で、丹羽総説が書かれているのですから、そこが書かれているわけが無いですね。

全部、蛋白質の特徴が列記された記述です。蛋白解析の難しさの記述です。

あそこにはもう、科学者は来ないから、どんなデタラメも言い放題で、仲間同士で誉め合うのでしょう。

こうした様相を見ると、しみじみ、一般人が科学的知識の獲得に努めるべきと思うのです。

これから科学探索を仕事にしようとする人にとっては特に重要な視点でしょうね。
STAP事件が社会に及ぼした影響は大きいです。







お願い
一言居士さんは、学とみ子とため息さんが同一人と、とんでもない勘違いを言い続けている。
この言動は、STAPを擁護したい人たちに益になるとは思えない。

ため息さんの学とみ子に対するからみ方とおちょくりは常識はずれであり、こうした様相が、同一人誤認を呼ぶのだろう。

決して、同一人ではないので、学とみ子は、何とか同一人説をやめてほしいと願うのみである。

一言居士さんの言い分は、落書きで自らブログだけで書いてるのみかもしれません。
だから、そこから噂を広げる方々もやめてほしいと願う。

STAP擁護派はおかしな連中だ!と非難する人に有利になるだけだと思うけどー ー 。

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