小保方氏の手を離れた後のSTAP細胞は、本当にES細胞のコンタミだったのか?

一言居士さん、
>ル氏曰くところの学ドクター=ため息教授へ(4の2)

STAP擁護派は、真面目に、事件の事実関係を議論していくしかないのではないですか?
STAP細胞があったか?なかったか?を議論するより、何が明らかになっていないのか?何が隠されているのか?
を議論するのが重要と思います。

それから、ため息さんと学とみ子が同一人とかのお戯れをしていると、一般人の支持を失いますから、
>ル氏曰くところの学ドクター=ため息教授へ(4の2)
これを、もうやめてくれませんか?

一言居士さんは、一般人で、ここまで科学レベルを積み上げたのだから、その学びの経過を人々に知らしめるのはどうでしょうか?

どうすれば、STAP細胞を理解できるのか?どうすれば、知識を深められるのか、今度、どう進展させていくかについて、STAP細胞の一般人理解に向けて、ブログを書き続けて欲しいと思いますけどね。

一言居士さんです。青字 2020/10/29

>“論文に書かれた通りの意味でのSTAP細胞”は、その細胞(STAP細胞)からキメラが作られ、そのキメラ胎盤が蛍光し、そのキメラのジャームライントランスミッションが確認され、その細胞(STAP細胞)からES-likeの幹細胞(STAP幹細胞)がつくられ、更にその幹細胞(STAP幹細胞)からキメラが作られ、そのキメラのジャームライントランスミッションが確認され、その細胞(STAP細胞)からTS-likeの幹細胞(FI幹細胞)が作られ、更にその細胞(FI幹細胞)から2Nキメラの胎児胎盤が作られ、胎盤が光ることがLetter Fig.(2 ❗ )f,g に示され、-30度フリーザーに木星リスト14,15,16,17番として実物が残されているにも関わらず松崎氏が持ち出し解析していないということがOoboeさんのパートナー氏の取り寄せた内部資料で明らかになっている、そのような細胞のことです。

>このような細胞はあつたのでしょうか、なかったのでしょうか。端的にお答え願えればありがたいです。私の答えは繰り返すまでもなくなかったということです。因みにご承知の通り向こうの方のブログでのお答えも結論的にはなかったというものです。仮にこちらの方のお返事もなかったということになれば、三者一致して、この問題は科学の問題ではないという確認ができるわけです。

>問題はなぜキメラができているのかという事件だという認識で一致できる。きっとOoboe さんのモヤモヤ感もすっきりするのではないでしょうか。以上です。よろしくお願いします。



それぞれの人が、あれこれ、考えられる意見を交換をするのは大事ですが、その結果、どれが正しいのか?を決めるのは意味が無いと思います。
謎解きでありませんから。
専門家の大半の見解は、「STAP細胞は、キメラ形成可能なほどの多能性は獲得できないのはないか?」ではないでしょうか。

学とみ子の答えは、平凡ですが、「わからない」です。
学とみ子は、以前から、マウスの種類にこだわっています。
遺伝子構造が狂っていれば、特殊な反応が起きるかも・・・?です。

もし、使用したマウスの遺伝子構造が特殊であれば、一般のマウスでは可能でない現象が起きても不思議はないと思います。
つまり、mRNAレベルで、STAP細胞がESマーカー、TSマーカーも出していたことは確かだと思うので、キメラができても不思議はないと考えます。
特殊な細胞であれば、転写因子の多様支配があっていいと思います。
もし、そうであれば、小保方氏らの使ったマウスの細胞でなければ、絶対にキメラまでは達成できません。
しかし、一方で、専門家たちは、キメラは無理と思っているのだろうとも、学とみ子は考えます。

論文によると、STAP幹細胞は、増殖は可能であり、スムーズに増殖したかの印象で書かれています。
幹細胞というのは、多能性を維持したままの状態で増殖するのですから、自然な細胞ではありませんね。
培養に阻害剤を入れて、特殊な条件付けをした細胞です。
転写因子も、自然発生とは異なっています。

実際に、どうやって幹細胞を作製したのか?は、論文以外には公開されていません。
小保方氏は、「あの日」で、STAP細胞は増殖しないと強調しています。

論文によると、幹細胞を培養を続ける過程で、単細胞で取り出して増殖させ解析作業をしたと書かれています。
保存されていたのは、単細胞化され増殖したサンプルだと思います。
アーテイクル論文の Methodsです。


STAP stem-cell conversion culture. For establishment of STAP stem-cell lines, STAP cell clusters were transferred to ACTH-containing medium36 on MEF feeder cells (several clusters, up to a dozen clusters, per well of 96-well plates).
Four to seven days later, the cells were subjected to the first passage using a conventional trypsin method, and suspended cells were plated in ES maintain medium containing 20% FBS.
Subsequent passaging was performed at a split ratio of 1:10 every second day before they reached subconfluency.

For clonal analysis of STAP stem cells, single STAP stem cells were manually picked by a thin-glass pipette, and plated into 96-well plates at one cell per well.
The clonal colonies were cultured in ES medium containing 20% FBS, and expanded for subsequent experiments.


レター論文では、幹細胞の作製について、以下のように書いてあります。
こうした部分が、STAP論文のわかりにくい点です。


We next examined whether an alteration in culture conditions could induce in vitro conversion of STAP cells into cells similar to trophoblast stem cells 8,9, which can be derived from blastocysts during prolonged adhesion culture in the presence of Fgf4.

When we cultured STAP cell clusters under similar conditions (Fig. 2a; one cluster per well in a 96-well plate), flat cell colonies grew out by days 7–10 (Fig. 2b, left; typically in ,30% of wells).
The Fgf4-induced cells strongly expressed the trophoblast marker proteins9–12 integrin a7 (Itga7) and eomesodermin (Eomes) (Fig. 2c, d) and marker genes (for example, Cdx2; Fig. 2e).

These Fgf4-induced cells with trophoblast marker expression could be expanded efficiently in the presence of Fgf4 by passaging for more than 30 passages with trypsin digestion every third day.
Hereafter, these proliferative cells induced from STAP cells by Fgf4 treatment are referred to as Fgf4-induced stem cells. This type of derivation into trophoblast-stem-like cells is not common with ES cells (unless genetically manipulated)13 or STAP stem cells.

小保方氏の手を離れた後のSTAP細胞は、本当にES細胞のコンタミだったのか?
ここはデータも無いし、解決していません。

しかし、理研の結論では、ESだった!と言っています。
調査にかかわった専門家たちは、そう言っています。
専門家たちがそう思っているということですが、それが、絶対正しいとの意味ではありませんね。
専門家は、そう結論したということだけです。

BCA論文において、本当にSTAP幹細胞がESだったと証明されたのは、GOF-ESとGLSだけです。
AC129と129B6F1ES1間でも、FLS, CTSとFES1との間でも、BCA論文には”恐らく”の言葉が入った条件での同一細胞性です。
多くある残存サンプルのうち、ESであると結論できるサンプルに絞って、解析されたのでしょうし・・・。

理研は、若山氏の協力を仰いで、ESコンタミと結論できる方向に向けて調査が進んだと思います。
その上で、桂報告書も、わざわざ、若山氏の言葉として29ページの以下の文章を載せました。

「つじつまが合わない現象が起こった場合、真っ先に自分の担当した部分を疑うのは当然」と、若山氏の言葉を載せてます。
この言葉が唐突にここに入ってくるのは、不思議ではありませんか?

「ESを間違って混ぜてしまったのは、研究室の実験者全員の責任である」と、研究室主催者は考えているということでしょうか?
第三者には、そう、読めなくもないでしょうよ?

結論が出ていない部分ですので、すでに出ている情報を、再度、検証していくのも意味あるかと思います。
ちなみに、以下は英語版の小保方氏です。

日本語ウイキペディアでは、小保方氏非難、追及の文章が盛りだくさんに書かれていますが、英文ではトーンダウンしていて、こうした違いを検証していくのも意味があると思います。

いづれにしろ、STAP細胞にESが混入した可能性と、故意の混入ねつ造行為は、関連づけられた事実ではないのです。
しかし、桂報告書30ページのせいで、以下の記載が書けたのです。
the mixup was probably not accidental.
その前の、桂報告書には、何ページにもわたり複数個所で、幹細胞作製時にESが混じった可能性を指摘しているのです。

Haruko Obokata From Wikipedia
Obokata announced her resignation from Riken in December 2014.[38][39] ] In a year-end final report on the scandal, Riken concluded that she had indeed ‘falsified and fabricated data, that her so-called Stap cells were actually embryonic stem cells, and that the mixup was probably not accidental.’ Although Riken cleared her senior co-authors of ethics violations, it did criticize them severely for a failure to oversee her work sufficiently. Riken also ; however, it gave them a brutal drubbing for not properly checking her work. Riken also ‘promptly set about overhauling the CDB from top to bottom, stripping away half of its 500-odd staff, renaming it and installing a new management team.’



上記のように、英語版の方が、印象操作の手口がミエミエで、興味深いです。日本語版だと、小保方悪口満載で、印象操作が露骨すぎて目立ちません。

しかし、英語版は分かりやすいです。なぜ、調査員はしつこく図表のミスを追及したのか?がわかります。ES混入のことであるかのように図表不正認定を利用しているのが、英語版は分かりやすいです。
ウイキもすべて、ES派学者が仕切ってます。

小保方氏は、
falsified and fabricated

を認定されました。しかし、ESがまじった可能性についての、‘falsifiedとfabricated ではありません。
結局、小保方氏が混ぜたという証拠を、理研は示せませんでした。

理研CDBは解体され、調査委員会は無くなり、誰も責任は無いようになりました。

だから、何年も一般人の疑問が消えません。そこを問題視する一般人が今もいるのは当然と思います。
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コメント

Ooboe別嬪上鳥君さん

気まぐれぺルドン
御主張はよく理解出来ます。
しかし自覚がある様に、科学者達の動機にはなっても、その情念は系統立てられない世界の話になる。
茶室の躙り口で、頭を下げ、二畳茶室を覗き込む事になる。
二畳茶室に入ってからの話になる・・・

Ooboe
気まぐれペルドンさん

感性的エビデンスなんて、
私の造語なんですかね?

ヒトの事象の認識思考過程には、演繹や帰納と言う論理的作業があるとのことですが、
そのような合理性だけでは、測り知れない
因果の中間を飛び越えるようなものも、ヒトには存在するんじゃないかしら?

論理的言語では、説明しきれない、もの
愛や、恋、嫉妬や欲、などなど様々な情念

ただ、客観性をもって万人に共有されにくい
ものでは、あります。だからといって
切り捨てられるものでないでしょう。

優れた文学作品や、芸術作品にも、感動と言う
ものが、人々に共有されますが、それを万人に
論理的言語をもって感動内容の確定化をして
共有させることは出来ない世界

しかしそこには。強弱があっても、
情動と言うものが客観的に確かに、、もの、として存在していますよね、、、
物、の存在としてでなく、、、

この意味での、もの、、情報から、感性が
捉えたエビデンスとして、、、
感性的エビデンスと言う表現をしました。

stap細胞のキメラ作製への様々な
情況の中で、著書あの日の小保方さんや、
若山先生のインタビューの情景描写から
伝わってくるのは、
人間性が変容していくほどの、若山先生の
舞い上がり方です、この舞い上がり方は
逆にキメラ作製などの歴史的成功の感動が
若山先生に有ったからこそ!を
小保方stap核を使用してntESキメラの作製成功位では、これ程までの反応とはならないとの、
パトナの感性判断であり、また
私に感性的エビデンスとして
示唆してくれたものです。
この事象の他にも、いろいろな事象の中からも
感性的エビデンスがあります。が
しかし、万人に共有してもらえる
エビデンスには不十分です。
それを補強して下さったのが和モガ説なんです










Ooboe別嬪上鳥君さん

気まぐれぺルドン
「感性的エビデンスー」
なんて言葉を生み出せるようでは・・プロの世界に浸かったも同然。
後は二畳茶室の感性的エビデンスを極めるのみ。
忙しい忙しいと言ってるけれど、その忙しい間に「マロン」さんは赤ちゃんを創作していた。
Ooboe別嬪上鳥君さんも創作準備に忙しいのかな・?・・・

Ooboe
学さん、一言居士さん

コメントありがとうございます
今夜時間取れそうなので
少しコメントしたいと思います。ですが、
いまだに、スマホの書き込みが
ノロノロで、上達しませんの、
飛び飛びになりますが、宜しくお願いします。

居士さん。
私達の考察に於いては、
他者様には、説得力があるとは言えませんが
やはり、感性的エビデンスがベースなんです。
その上に、プラスしての和モガさん説を参考に
しています。その和モガ説に対する、居士さんの時系列批評には、整合性をもって応答出来る
エビデンスが私達には不十分です。

学さん
学さんの様々な、提起のお蔭で、生命現象の
世界の不思議絶妙な魅力に刺激を受けてしまい生物学の、にわか素人ファンになりました。
ネットのお蔭で、研究者の最新情報文書を閲覧出来るようになって、目的以外の情報にも
偶然ヒットすることから、関連、関連と繋がって来るのが、ワクワクして楽しいです。
好奇心に振り回されて、私事が捗りません。

相沢先生にお会いしたいですね、
会えれば、質問攻めになってしまいそうですが
素人のパトナにも、親切にして下さりました。
先生は、東京、神戸、熊本などいろいろお忙しいみたいです。



Ooboeさん

学とみ子
Ooboeさんは、時々、プロっぽい文章を書かれるのですが、感心してます。以下の文章は、どなたか学者の方のアドバイスか?Ooboeさんのオリジナルなのか?しりたいです。

> 丹羽先生は、以前から、
> 幹細胞の転写因子ネットワークの解明が研究テーマだったんですね、
> というか、転写因子ネットワークという用語を提起されほぼ定着させたのが
> 丹羽先生のようですね。

同じ遺伝子DNAを持ちながら、体の臓器内で、異なる細胞になれるのは転写因子のなせる技です。その解析は難しいけど、ES TS等の多能性細胞にそのヒントがあると言いたいようです。

こういう全体的な捉え方のできるOoboeさんは素晴らしいですね。

出席確認

一言居士
Ooboeさん、出席確認したよん。
ここで書かれたことはいつもの通り僕のSTAP事件簿ブログの『Ooboeさんの主張9』にそのまま転載保存してます。僕は邪魔しませんからゆっくり聞かせてください。
因みに" 私たち"がOoboeさんとパートナー氏を意味していることは承知していますが、その中に和モガさんの意見も含まれていますか?
もしそうなら和モガさんの意見はそれと分かるように書いていただくとありがたいです。
"学ドクター"説の②まではこの問題に絞る限り有りうるんです。少なくとも否定はできない。そのとき私の説は、若山さんが②であることに自信が無くなってうろたえて小保方さんがESをコンタミしたという話にして逃げたということに変更を余儀なくされ、かつ、ntESによってキメラが作られたという説は取り下げなければならなくなるでしょう。
私は“論文に書かれた通りの意味でのSTAP細胞”はあったのに、若山さんが誤解して、小保方さんが既存ESを使ってキメラを作らせたのだと信じ込んだということはありえないと思ってますが、だれしも考え落ちはあり得ます。謹聴させていただきます。

Ooboe
一言居士さん

6年に及ぶ長い長い、針の穴を通うすがごとき考察が一段落つき、居士さんの中では、
ほぼ解明出来たと、納得されたようですね、
その納得までの、こだわりには
ただただ、凄いと感嘆しています。
エビデンス資料を縦横に使っての独自の
考察展開については行けませんでしたが、
考察主旨は理解しているつもりです。

重要な居士さん所見の主要項目には、
やはりいまも私達は異なる思いが、あります。
しかし居士さんを、頷けさせれる整合性ある
エビデンスは、残念ながら不十分です。
不十分であってもエビデンスは
それなりに有ります、その、
それなりのエビデンス、プラス、私達の感性的エビデンスと申しますか?、、、が、

小保方さんへの
リクルート動機の経緯的考察には頷けれますが
やはり
居士さんの若山氏の小保方stap核のntES説には
感性的エビデンスから、
頷けれないものががあるのです。

私達の感性的エビデンスなんぞに
緻密な居士さんから
納得など戴けるものではありませんが、
所用の間、飛び飛びになりますが、
少しづつコメントしていきますね。

学さん、が丹羽先生の転写因子ネットワークの
研究を案内して下さったお蔭でいろいろな
最新科学研究成果の情報を閲覧する機会と
なりました。
丹羽総説も、たまたま日本語の訳を閲覧出来ましたが。しかし他の研究文書より、表現が
読み難くて、なんとか大まかに主旨だけは
把握できたかな?です。

丹羽先生は、以前から、
幹細胞の転写因子ネットワークの解明が
研究テーマだったんですね、
というか、転写因子ネットワークという用語を
提起されほぼ定着させたのが
丹羽先生のようですね。










Ooboe
すみません、
コメントの時間がとれなくなりました。
いろいろコメントしたいのですが、
今日は、控えます。

ペルドンさん、
世界の先行きに、いろいろ
深い思いが強くあるのが伝わってきます、
科学も、経済も、暮しも、
平和の安全保障が保たれてこそ成り立つもの!
その為の政治のあり方の最善の道については
所論があり難しいものと思いますが、
共感できる、出来ないは、別にして
あなた独自の所見は参考にしますね。

平和があってこそですが
私は、可能性があった小保方さんのstap研究の未来に思いを馳せ続けていきます。
それは、周辺科学の進展から、回り廻わって
いずれ解明されて行くのではと、
最新科学研究成果の情報から
感じているからです。




"学ドクター"へ(5の3/3)

一言居士
①桂報告書は既存ESコンタミだったから“論文に書かれた通りの意味でのSTAP細胞”は無かったと判断している。ため息教授の説も基本同じです。
②学さんは既存ESコンタミではありえないから、まだ再現はされていないが、再現の可能性が残されている以上“論文に書かれた通りの意味でのSTAP細胞”はなかったということはできないと判断している。
③私は既存ESコンタミではありえない上に、再現されていないという事実と、非存在証明という論理学上の問題なんかとは全く無関係に、若山さんの嘘の証明が可能で、若山さんの嘘の証明から“論文に書かれた通りの意味でのSTAP細胞”は無かったと判断している。

つまり、“論文に書かれた通りの意味でのSTAP細胞”の有無を問うているのは<ル氏曰くところの学ドクター=ため息教授>説が正しいか否かを検証するために確認している質問なんです。
②と③は矛盾はしていません。③は②を否定しないままに、そこに加えて、若山さんの嘘を立証することで“論文に書かれた通りの意味でのSTAP細胞”は無かったと証明できることを付け加えているだけです。
②③に共通しているのは<既存ESコンタミではありえない>という判断で①と鋭く対立しているものです。
因みに、論文の幹細胞の作成プロトコルに関する英文引用は前者がES-likeのSTAP幹細胞、後者がTS-likeのFI幹細胞だと思いますが、<わかりにくい>とは?

"学ドクター"へ(5の2/3)

一言居士
対して、こちらでは<学とみ子の答えは、平凡ですが、「わからない」です。>という端的なご回答でした。
“論文に書かれた通りの意味でのSTAP細胞”の定義は大まかに既述した通りです。学さんの判断は無いと断定できないということですね。
御承知の通り、理研での再現検証実験も含めて世界中でまだ“論文に書かれた通りの意味でのSTAP細胞”は再現確認されていません。それどころか桂報告書では既存ESのコンタミであったと結論したのですから、こちらは“論文に書かれた通りの意味でのSTAP細胞”は無かったということを世界中に広報したことになったわけです。加えて、著者たちを説き伏せて論文を取り下げさせましたから、世界中で再現実験の熱意も同時にさめてしまっています。ESコンタミとまで主張されているものを可能性が否定されていないからと言って、ほかにやることもたくさんある中で、再現してみようとか、逆にないことの物的証明をしようなどという科学者にとってほとんど価値のない仕事が物好きでもない限り行われるわけもありません。

"学ドクター"へ(5の1/3)

一言居士
詳細なご回答ありがとうございます。回答はアンチ側の主張にまで及んでおりますが、"ため息教授"のあちらでのご回答は以下ですので、先に確認しておきましょう。
>>
“論文に書かれた通りの意味でのSTAP細胞”がある・ないについて
①著者等の言うSTAP細胞自体が残っていない
②その実験事実・実態が隠されている(記録がないのだと思いますが)
③捏造実験結果のある論文は撤回されたので、その他の記述のどこまでがホントか判明できない
④調査委員会報告書ではSTAP幹細胞はES細胞で説明できちゃった
⑤ご本人ですらSTAP細胞の再現はできなかった
⑥科学的な検証の対象ではないと思います
⑦”論文に書かれた通りの意味でのSTAP細胞”は当時はあったか、なかったかはわからない
⑧いずれにしろ科学的な議論対象にならない
⑨議論するのは自由ですが、当方には価値がない
⑩「Letter Fig.2-f,g に使われている」も上記のように信頼性できない引っ込められた写真なので議論対象でない

予期せず思いがけない真摯なご回答をいただきましたが、若干の事実誤認と定義の曖昧さからくる非論理は今は置いておいて、基本的には桂報告書の主張です。
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