STAP細胞の考え方の基本、FES1と2は、飼育環境が違うはず、FES1の凍結融解繰り返しが129/GFP ES

前回のブログの最後で、議論が長くなりましたので、。
書き直しを試みましたので、一部で文章が異なりますが、学とみ子の主旨は同じです。

ため息ブログのメンバーを見ていると、これだけ議論されていながら、まだ、FES1、 FES2、 129/GFP ESの関係が理解できてないようです。
在米ポスドクさんの、FES1,FES2の違いの説明に欠陥があるのに、ため息氏グループはわかりません。
BCA論文に、親から異なる染色体を受け継いだと説明されていても、染色体の一部塩基が違っているだけと認識しているようです。
一部塩基の入れ替わりではなく染色体がホールで異なるマウスが、同じコロニー内にいるわけありません。
この状態で、実験室で近交系として飼育されても、問題ないと考えるため息さんのようですね。



親から引き継ぐ染色体上の大きな塩基変化と、細胞培養で個別に獲得する塩基変異の違いが、ため息さんは把握できていません。(後の文章でもう少し、説明があります。)

故意と事故を問わず、混ざった細胞はFES1ではありません。そこから派生した株です。
仮に、小保方氏が混ぜたとしても、その時点で、FES1であったのではなく、129/GFP ESだったのです。
小保方氏には、FES1から129/GFP ESをつくれませんが、作れないということが、ため息ブログメンバーに理解できません。
(なぜ、作れないか?は時間の問題なのですが、後の文章でもう少し説明しています。)

もろもろ、ぼろぼろな説明をため息さんがしていても、おかしいと思わないため息ブログメンバーです。
学とみ子の方が間違っていると、信じて疑わないようです。

太田氏作成サンプルが若山研究室の冷凍庫にあったかどうか?はわかりません。
これは、誰も明らかにできません。細胞の作者も忘れてしまったようです。

一方、129/GFP ESは、冷凍庫にありましたが、この細胞はどう作られたかはわかりません。
DNA構造からして、FES1から派生した株ということで、これもESであろうということがわかる程度で、全貌はわかりません。これがどのような経過で、小保方冷凍庫にあるのか、桂調査委員会はわかりません。
実験ミスがあった可能性は指摘出来ても、実験ミスが無いとは誰にもわかりません。
実験ミスは、実験した人が自己申告をして初めてわかるのです。

太田氏置き忘れたFES1を見つけた誰かが、それを凍結融解しても短期間では129/GFP ESにならないと思います。
FES1塩基の突然変異が積み重なるには、凍結融解を何度も繰り返す必要があると思います。


下記のBCA論文にあるように、1,290 SNP の3割が突然変異をするのは、どの位、かかるのでしょうか?
また、FES1 and FES2 では、親のマウスのコロニーが違います。

BCA論文の表現が分かりにくいですが、Acr/cag-GFP STAP cell lines (STAP幹細胞)と FES1 は、親から同じ染色体を受け継ぎ、FES2は受け継が無いのです。

つまり、すっぽり染色体が違うということです。結果、同じコロニー内の違うマウスで、FES1.2を作ってないのでは?との想定になります。系統維持のためのコロニーが違うということです。実験した人が、FES1、2をどのように作ったかを忘れたり、勘違いしたり、はたまた、どこかに置き忘れても、現実にはありうるし、そこは科学界は問わないということでしょうね。だから、理研の調査チームは、そこを調査して明らかにしました。


このように、調査委員会は、実験サンプルの調査をして、わかったことがある一方で、わからない事が多いんです。

BCA論文 E4 | NATURE | VOL 525 | 24 SEPTEMBER 2015
These differential SNP clusters probably arose from chromosomal heterogeneity in the parental mouse colonies when FES1 and FES2 were established. It is highly unlikely that the Acr/cag-GFP STAP cell lines and FES1 all independently acquired these two unique deletions and inherited the same three mosaic chromosomes from parental mice. An ES cell stock, 129/GFP ES, was also found to share all these genomic features (Extended Data Table 1).

After the above three SNP clusters reflecting parental heterogeneity are excluded, the remaining 1,290 SNP alleles that distinguish FES1 and FES2 are supposed to have accumulated at or after establishment in 2005.
Regarding these SNPs, STAP cell lines FLS3 and CTS1 and 129/GFP ES cells are nearly identical, but differ slightly from FES1 (at 30% of these alleles), suggesting that STAP cell lines FLS and CTS were derived from a sub-stock of FES1 ES cells.


ため息さんは言ってます。
>染色体の一部にヘテロな部分があっため、three SNP clustersができたのだと書いてあるのです。

染色体の一部ではありません。ため息さん、やっぱり、BCA論文を読み込めてませんね。わからない事に気づけません。

叉、以下を言ってますね。

>1,290 SNP alleles はこのES細胞が確立したあと培養が継続されたときにできたとしているのです。

塩基の突然変異に、どのくらいの期間を要するか?想定してみて。小保方氏には出来ない長さであると知るべきでしょう。

ため息さんのかっぱえびせんは、ため息さん自身が、学とみ子より英語も知識も優れているとパフォーマンスしたいからなんですね。でも、ため息さんはチャレンジで失敗しても、失敗したとの自覚を持ちません。誰かと一緒ですね。



ため息さんは、しつこく言ってます。
>Ooboe氏の
[冷凍保管されていた(大田氏作ES細胞サンプル)の事故コンタミはあり得ません]
という質問の答えがないのです

学とみ子は、答えてます。
まず、若山研究室にFES1があったかどうかはわかりません。129/GFP ESはありました。
事故コンタミは、気づけば、あったと断定できるけど、気づかなければ、誰も無かったと断定できません。

STAP事件は、当事者が黙っているので詳細は不明です。だから、桂報告書は、可能性しか示せなかったのですが、書き方を工夫することで、印象操作をしました。上から、小保方責任説を明確にするようにとのプレッシャーがあったと思います。しかし、小保方氏がFES1を変えてくのは無理です。


ため息さんは、本当に大事なことはどこか?がわかりません。

例えば、以下の文章ですね。

>だからAcr/cag-GFP STAP cell lines と FES1は共通の細胞株だと言っています。FES1の確立が古いのでFES1由来と推定できるわけですね。

どちらが古いとか、FES1由来なんて事は、皆が知っていて、ここが大事なのではありません。大事なのは、FES1.2の関係です。同じ実験した人が、同じ日に作成したES細胞の元になったマウスコロニーが異なる事が問題なのです。ここを、BCA論文は、あえて指摘しているのです。

ため息さんです。
>つまり「FES1 and FES2の1,290 SNP allelesの違いは2005年の細胞株の樹立後、蓄積してきたのだろう」とあり、これに異議を唱えた専門家を知りません。

以下の英文部分で示された除外条件を、ため息さんは読み込めていません。FES1.2の親マウスの染色体違いから、既に問題点は離れています。親の染色体の問題点や、親由来の変異を離れて、既に、FES1 と、129/GFP ES (STAP幹細胞)の違いについての話題になっています。

ため息さんの頭は、親からもらう染色体の違いの問題と、ES細胞になってから凍結融解で起こる突然変異の違いが整理できてません。

FES1 と、129/GFP ESの塩基の違いは、個々の塩基の突然変異の積み重なりなので、変異に時間がかかっています。

ため息さんは、この英文の意味を読み込めていません。
After the above three SNP clusters reflecting parental heterogeneity are excluded,




細胞は培養をくりかえすと、1細胞の塩基の突然変異がおきてきて、それがサンプル全域にひろがります。
FES1とFES2が作られた2005年以後、FES1は培養がくりかえされました。(FES2は考慮外)
細胞培養経過中、1細胞単位の塩基変化からサンプル全体の塩基変異に至るには時間がかかります。
それも、ランダムな場所で起きる塩基変異ではなく、マウス系統判定に関連するSNP部位において、塩基変異しないとその変化が評価できません。

FES1も、培養を繰り返すと、FES1状態から塩基が変化してしまいます。
つまり、FES1の塩基状態から変化します。こうしてできたのが、129/GFP ES です。
FES1の1290箇所のSNP塩基のうち、3割の変異が起きた時点の細胞が、129/GFP ES なのです。
この129/GFP ES と、STAP幹細胞(FLS3 and CTS1 が、ほぼ同じ状態の塩基なので、幹細胞は129/GFP ES から作られたといえます。
(129/GFP ESは、本当にESかどうかはわかりませんが、その議論は脇におきます)

以下の英文文章は、FES1とFES2の違いを問題にしているわけではなく、FES1と129/GFP ESの違いを述べています。
英文で問題にしているのは、FES1とFES2のSNP塩基の違いではありません。
ため息さんには、それがわかりません。

Regarding these SNPs, STAP cell lines FLS3 and CTS1 and 129/GFP ES cells are nearly identical, but differ slightly from FES1 (at 30% of these alleles), suggesting that STAP cell lines FLS and CTS were derived from a sub-stock of FES1 ES cells.

理研が調査を公表した当初、FES1とFES2のSNP塩基の違いは、もっともっと多くありました。
最初、理研は、FES1とFES2のSNPの違いである24649箇所を問題にしていました。
どの塩基変異をピックアップしてカウントするのか?で問題箇所数が異なります。この選択が、専門家のスキルです。


BCA論文は、FES1と129/GFP ES の違いを検討するために、FES1.2間の塩基部位の1290箇所にしぼって検討したのです。
その結果、FES1と129/GFP ES の間では、1290箇所の3割で塩基が違っていたのです。
FES1を年余にわたり凍結融解された結果の状態が、129/GFP ESであると、BCA論文は想定しました。


ため息さんは、盛んに、学とみ子が間違っていると言ってますが、これに惑わされる人がいるんですよね。

>ホントにバカなんだな。「FES1とFES2のSNP塩基の違い」を問題にしたのは学とみ子なんだよ。覚えていないの?

学とみ子は、FES1.2の間の違いについて過去に学とみ子が書いた文章に言及しているわけでなく、ここに書いたBCA論文におけるため息読み間違いについて指摘しているのです。

ため息さんは、議論をぐちゃぐちゃに混ぜてしまって焦点をボカす人です。

でも、学者である人すら間違える場所を示してくれるので、当ブログで参考にもさせてもらってます。
桂報告書は、読み方によっては、STAP細胞を擁護してると思いますので、小保方応援隊は、そう読むべきでしょう。桂報告書には、専門家たちの複数の対立する意図が見えかくれしてます。

何も言わぬSTAP派の専門家たちは、一般人がSTAP細胞を理解することを望んでいます。
[専門家はここを示してあげたから、その先は一般人の努力次第だ!]と、BCA論文は言ってる?
会計監査院ににらまれないようにと、科学者たちは皆、紐付きだから、科学者に教わった(論文を理解した)一般人が頑張るのです。



何を説明しても理解できないため息さんです。

>何故欠陥なのかを説明しないと反論もできないだろうが。

もう、説明済みです。
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コメント

Ooboe
以上の考察から

♠重大な事実が浮上してくるのです。

すなわち
理研は、
大田氏作の129Terマウスの【FES1】サンプルを
解析していなかったことになるのです。

129X1マウスと解析されたサンプルは、
皮肉にも、
若山研に保管していたFLSサンプルを
解析した結果が浮上してしまったことになりました。
培養変異が重なった【stapFLS3】を
大田FES1の容器に挿入した痕跡を
露わしてしまいました。

すなわち、若山研stapFLSを
大田FES1として送付していたことに
なるのです。

若山研stapFLSは
若山B6をXx氏により岡部B6acr入りマウスに
入れ換えられた、父マウスと129X1母マウス
との赤ちゃんから小保方さんが作製した
stap細胞由来でありますから。
解析すれば129X1♀acrB6♂となります。

ですので和モガさんは、理研コンプライアンス
本部に、簡単に解析出来るから
京都大学保管のFES1と
理研保管のFES1の遺伝背景解析を
要請しましたが、却下でした。

京都大学大田氏は若山研に129Ter岡部B6acrサンプルを送付していたことは、ヤマト伝票で
事実です。

山梨若山研は、それをそのまま
理研に送付していれば良い訳です。
大田氏FESをそのまま理研に転送していれば
129母マウスはクレア社製129Ter由来となって
いたはず。!

なぜか、理研に直送すればよいものなのに
山梨若山研経由とは??!

和モガさん考察の近縁図の解読はその
整合性を改めて示してくれました。

理研が解析したサンプル【FES1,129/GFP ES
stapFLS】の中身はFES1ではありません。すべて、小保方stap由来の【FLS】でありました。





Ooboe
あのね さん

大事な根拠が抜けてました。

日経サイエンスでは、
129マウスについて、

若山氏が好んで使用したマウスは
♥【129X1】→SLC社製マウス(白色)
大田氏が好んで使用したマウスは
♥【129Ter】→CLEA社製マウス(茶色)

この大田氏の好んだ129Ter茶色の母マウスを使用してacr入り岡部B6マウスと掛けて
2005年作製したのが【FES1】
のES細胞であります。

それが理研解析では、129X1白色の母マウスと
解析されました。
さて、
このことを、
日経サイエンスは、大田氏の記憶では、
129母マウスはクレア社の茶色い129Terマウスだったが、実際には129X1の白色マウスだった。記憶違いだった。とする証言をしてます。

しかし実は記憶違いでは、ありませんでした。
その記憶が正しいのです。

その証拠を和モガさんが発掘しました。

2005年論文で使用マウスについて
129Terマウスを使用したことが記述されてます

「129/sv-Ter」メスマウスおよびオスの
ICRヌードマウスを、それぞれ日本クレア社、そして日本チャールズ、リバー社から
購入しました。

この論文では、129Terマウスとacr岡部B6オスマウスを掛け合わせた129B6F1マウスを核移植のドナーとしたことが記述されている

FES1はこの実験の時作製した受精卵ES細胞
であったが実験には使用しないまま
冷凍保存されていたもの、

129X1白マウスは使用していない証拠です、
なのに
理研解析では、
stap幹FLS3、CTS.や大田FES1の母マウスは
129X1と解析されてます。

このことが
小保方STAPを無きモノにすべくした証拠の
痕跡であります。

このことを含め、大田氏は日経サイエンスで
あいまいな、証言ばかりを、しなければ
なりませんでした。
パートナの問い合わせに、
「日経サイエンスは読んでません」と応答されました。ご自分の証言が全国誌にupされているのに、読まないはずはないと、思いましたが

実は本当に読んでなかった。と今は思えます。



Ooboe
あのね、さん
ご確認問い合わせの

>なぜ、若山研に【FES1】が残されてなかったかの、明確な根拠を示して下さい。

あのね さんのようなプロに素人の私など
気が引けてしまいますが、
頑張ります、、、!

箇条書きにします。
★若山研保管のstapFLSのプライマーを解析した横浜理研の遠藤氏が特殊なacrGFPが挿入されていたことを発見しました。2014年6月25日
★直ちに、その日の内に、山梨若山研究と
理研CDB解析担当研に知らせました。

このころ、若山氏や理研CDB解析担当研は
6月記者会見で、stapのES混入を印象誘導で
連携していました。
♣その決定的な試料になりうる
acr入りのESサンプルは、京都大学に大田氏が若山研から全部持ち出していたため、若山研には残されてませんでした。《桂報告》
★acr入りのES混入を同定偽装に導くために、
直ちに大田氏作ESサンプルを
提供依頼しました。

★パートナは、この依頼を受けて
京都大学研究室の経費でクロネコヤマトで
6月30日付
冷凍送付していた伝票を入手しています。

山梨若山研にacr入りESサンプルが有るのであれば、わざわざ京都大学から、取り寄せる
必要はない訳です。

あのね さん。これが私達の
シンプルな根拠です

★この他にも、京都大学の大田氏が提供した
ことをしめす記録文書もございます。


遠藤氏が6月25日にacr入りを発見して、
若山研に知らせてから、

6月30日に大田氏がすぐに冷凍送付しています
しかし、
京都大学で保管していた大田氏【FES1細胞】の
母マウスは♥《129Tel》でありましたが

若山研が理研に送付した
【FES1】は解析したら
母マウスは♥《129X1》でした。

ということは、若山研は
【大田氏のFES1】を理研に送付していないことになります。

どういうことでしょうか?





あのね
Ooboeさん
>(は)acr入りESの大田FES1は、若山研には残されてませんので、京都大学の大田氏にサンプル提供を依頼しました。

なぜ若山研に残されていないのか
「明確な根拠」を示して下さい。

あのね
Ooboeさん

>(は)
acr入りESの大田FES1は、若山研には残されてませんので、京都大学の大田氏にサンプル提供を依頼しました。

なぜ存在しないのか「明確な根拠」を示して下さい。

Ooboe
パートナ氏資料エビデンスを
科学的なエビデンスで相互エビデンス効果になった和モガ詳細考察について、

まとめたいと、思ってみたものの、、、
むつかしい、、、です。

とりあえず、とっかかりを
桂報告の近縁図の鋭い和モガ考察から、
始めてみます。
2016年6月31日、和モガブログより

和モガさんは、桂報告のサンプル近縁表を
独自に解釈して、
時系列関係を構成し直し、解りやすい
イラストにしてくれています。

このイラスト内容を加味して和モガ説を時系列的文章にしてみます。

2011年秋、若山氏によって129B6マウスの赤ちゃんマウスの小保方stapから
stapキメラ作製に成功しました。
その成功により
ある者(Xx)氏のある動機や意図により
雄マウスを若山B6雄マウスから
最少飼育していたacr入り岡部B6雄マウスに
換えられました。
(あ)
換えられた雄マウスは岡部B6雄マウスであり
その赤ちゃんマウスの
小保方stap細胞から若山先生が幹細胞化しstap【FLS3】などサンプルを作製しました、が、
ゲノムは特殊なacr入りとなりました。
そのことは、Xx氏以外預かり知らないままと
なりました。

(か)
この【FLS】から、Xx氏であろうか?解凍培養して【129/GFP ES】というサンプル名にした
ラベリング容器に入れ換えました。
この【FLS3】サンプルが出来た頃に解凍培養
したので培養変異が小さく
《中身はFLSのstapではあるが》
【129/GFP ES】ラベルサンプルは
小保方研冷凍庫保管の継代2回の【FLS3 P3】サンプルとの近縁率が
「99.95%」と極めて、近縁である。

(さ)
このstap幹細胞FLSサンプルを使って
若山研では様々な実験をしましたので
解凍、培養を繰り返しましたから培養変異が
重なりました。

小保方氏もこのFLSサンプルを使用しましたが
小保方さんの思いやりでしょう、
忌み嫌う4という数字のFLS4サンプルを
もっぱら使ったそうです。

(た)
FLSサンプルを使用しての若山研メンバーによる実験の度重なる培養変異となったFLSサンプルなどを2013年から山梨大学若山研で
保管してました。

(な)
2014年6月25日
理研横浜の遠藤氏が山梨【stapFLS】サンプルにacr入りであることを解析発見したことを
理研CDB解析担当研と、山梨大若山研に伝えました。

(は)
acr入りESの大田FES1は、若山研には残されて
ませんので、京都大学の大田氏にサンプル提供を依頼しました。

(ま)
しかしacr入りであっても、
(中身がstapFLS)の【129/GFP ES】や
【stapFLS P3】と【大田FES1】とではゲノムが合わない訳で大田氏作製
【129B6F1FES1】と手書きラベルの容器に
若山研に保管していた【若山研FLS】を注入
入れ換え、【FES】として理研に送付しました。
中身が培養変異の大きい【若山研FLS】であるが、ラベルは【FES1】表示サンプルと
近縁率は、オリジナル【FLS】に近い
【129/GFPES】とは
99.28%とかなり遠くになりました。
小保方冷凍庫【FLS3 p3】とは
99.33%と近縁図は遠い。

以上は、近縁率に整合性ある和モガ解読だと
おもいます。
和モガ説のイラストの内容とパトナ
資料を重ね合わせてのstap事件経緯の 
大筋ですが
次回は、別の視点から和モガ説を考察したいと
おもいます。







Ooboe
お伝え

和モガさん考察7件エントリを一言居士さんが
見やすく、連続にupしてくださってます。

検索
【一言居士stap事件簿】より

エントリ表題
(Ooboeさんの主張NO10)にあります。

公開できないならエヴィデンスとは言えません

あのね
>まず、重複しますが、若山研に残っていたのなら通常手続きをしていたことになりますから、若山氏も承諾し、サンプル保全を記録認識していたことになります。
しかし調査委員会の聞き取りでは若山メンバーも若山研主宰者も、FESサンプルが若山研に存在していたかについては確認はできてません。
>文科省ガイドラインが示すサンプル移動手続きは規程は、「L」さん説明とほぼ同じの手続きですが、大田氏は研究者として、通常の手続きをせず細胞サンプルを京都大学へ持ち込んでいたのが事実であります。

 それが事実であっても、手続きを得ないことが必ずしも規定違反には当たりません。若山氏が理研の研究室を引き払い山梨大学に移動する時、MTA=物質移動合意書の取り交わしが立会人の下で行われず、事件になって後に理研から“訴える”と警告されて持ち出し細胞の後出し報告をしたことを考えると、大甘ユルユルですよね。あなたの論拠で言うなら、大田氏は理研からお叱りを受けてもしょうがないことになりますが、理工学の成果物を記録媒体で持ち去ることとは違い、生物学の研究現場では頻繁にあり現実的ではありません。素性はどうであれ、たかが受精卵ES細胞でしょ。研究環境下にはザラにあります。もちろんこのES細胞の父親が阪大の岡部B6のArc/CAGを挿入されたトランスジェニックマウスだと理解して発言しています。

>なにより、2014年6月遠藤氏がacr遺伝子挿入を発見した時大田氏が通常手続きしていたなら、若山研に大田氏作FES等サンプルは、若山研に増殖保全していた訳ですから、なにも、京都大学の大田氏から、わざわざサンプルを取り寄せなくても良いのです。しかし、若山研に残されてなかったからこそ京都大学に転出した大田氏にacr入りのES細胞提供を依頼したのです。

 論理考察が乱雑で何を言いたいのか伝わりませんよ。大田氏が理研を去る時からarc入りの便利なFES1が若山研に残されていた、そして多分山梨でもあったという柔軟な発想は浮かびませんかね?
似たような環境にいる私にはある程度の推察はできます。このES細胞は大田氏が2005年12/7に樹立or凍結日になっていますが、大田氏への聴き取り調査ではこの細胞では何の実験もされてないこと、しかしそれに酷似した129 GFP ES の特定の範囲での遺伝子解析では変異が確認されることから、この細胞は起こされて、培養、凍結が頻繁に繰り返す実験が行われている想像ができます。小保方さんのフリーザーに129 GFP ESがあり、そしてそれがFES1と遺伝子背景がほぼ一致するES細胞なら、当時の若山研には恒常的に存在していたと判定すべきですね。若山研になかったこそ大田氏にarc入りのES細胞提供を依頼したのではなく、調べてねと置かれた129 GFP ESを意図的に誘導するために、或いは山梨の若山研に存在するFES1 or “誰も知らない” 129 GFP ES が表に出せないから大田氏に提供を依頼した構図にしたのですよ。可能性としてその論理の構築はあなたには無理ですかね。
あなたは小保方さんの[あの日208P]を精読していませんね。
若山氏の失敗は光る精子の顕微受精を小保方さんに見せたことです。

>小保方研究室の冷凍BOXから見つかった【129/GFP ES】と容器に書かれたサンプルは、解析したら大田ESと一致したのはどういうこと?なの?大田氏作ES細胞である、acr遺伝子入りという特殊な細胞【FES1】とほぼ同じゲノム特徴のacr遺伝子入りの【129/GFP ES】サンプルがなぜ見つかったのか、これが、最大の謎、しかも最大のstap事件の真相究明に迫れる鍵サンプルでもあります。

 私が書いたことが想定できないからあなたにとって最大の謎になっているだけです。いいですか?共同研究者から秘かに譲渡された、あるいはこっそり拝借した、どっちでもいい便利なArc入りのES細胞がいつかの時点で129 GFP ES にラベリングされて小保方さんのフリーザーに用意周到に置かれて、事件化して、小保方さんの人生を狂わせ、結果的に大田氏が迷惑を被ったということです。

Ooboe
小保方stap擁護の皆様へ
パートナの客観的エビデンスを収集しつつの
stap問題究明の作業によって判ったことに
ついて、

小保方stap研究を決定的な否定に
導けた中核物証が【大田氏作ES細胞】でしたが

この小保方研究否定の桂報告書の中核的結論
♠小保方研残存サンプル【stap幹細胞FLS】などは、【大田氏作ES細胞のFES1に由来する】
とされた、この【FES1】は
小保方さんが若山研に来る1年前に
大田氏は京都大学に《すべて持ち出していた》
ことが、パートナの究明によって判明しました
そのシンプルなエビデンスをもう一度、
重複しますが

acr入り【大田FES1などES細胞は】
若山研から《すべて持ち出していた》ので、
2014年6月遠藤氏acr入り発見により
山梨大若山研が調査のため、京都大学の大田氏から【FES1】などES細胞サンプルの提供を
依頼していた事実、複数の公文書やその他の
エビデンスにより判明しています。

♥ですから、小保方氏はこの桂報告結論の【大田FES1】を使ってstap細胞関連サンプルを
作製することなど、若山研にはすでに保管されてなかったのですから不可能だったことが
判ります。小保方さんが使用できない
この【acr入りFES1サンプル】
混入疑惑大報道によって
小保方研究の決定的否定の濡れ衣を被されて
しまいました。

♣この時系列不整合を補うべく

小保方さんは、大田FES1を混入に使用できない。!という不整合の反証になりそうな
記述がなされています、、、
小保方冷凍庫から、大田FES1と同じ
ゲノム特徴の【129/GFP ES】と書かれた
謎の容器が見つかった。と桂報告書

この大田FES1を根拠とした
桂報告書結論のES混入の時系列不整合弱点は、
【129/GFP ES】サンプルにより
小保方ES混入疑惑への印象誘導にとって
補強効果となりました。

ですので、【129/GFP ESと書かれた容器が
小保方冷凍庫から見つかった問題が】
stap事件の最大かつ中核的究明事案であると
パートナ氏、
この事案について、これまでも究明報告させていただいて来ましたが、ある未報告の
重要エピソードを今年になって、
私に伝えてくれてましたが。

おしゃべりの私はチャックを掛けられてきました。でも、そろそろ報告してもいいかな?
とのこと、、

その前に、パトナ報告を補強してくれる
和モガさんエビデンスの復習が
大切になりますが、なんとか和モガエビデンスを簡潔にまとめてみたいと思っています。

和モガさんによりますと
【stap事件は、ES混入事件ではなく】

【ESが混入したと】♥【見せかせた】
♠ES混入を偽装画策された事件♠として

すなわち、サンプルの中身はstap細胞だが
ラベル表示は、ESサンプルとして
偽装されていた。ですが

その詳細考察の7件エントリを皆様に紹介しましたが、簡潔に解り易くまとめる作業を
して行きたいと思います。







Ooboe別嬪上鳥君さん

気まぐれぺルドン
(これが、最大の謎、しかも
最大のstap事件の真相究明に迫れる鍵サンプル
でもあります)
明智小五郎と呼ぶべきかルパンはたまたホームズと呼ぶべきか、この解答が待ち遠しい・・・

Ooboe
気まぐれペルドンさん

>若山研に残ってたと仮定すれば7113
どんな仮定が成り立ちますか?

「L」さんの説明の通常手続きを大田氏が
していれば、いろんな仮定を想定できますが、

パトナによれば、大田氏は若山研に増殖保全した上での、若山研には残さず、
冷凍保管していた自分のサンプルを
京都大学へすべて持ち込んだ。のが
真相との所見です、それはエビデンスをもって、説明できますので
ペルドンさんのような仮定を、
する必要はないことになります。

エビデンス資料は数々あり、すべて提示説明はできませんが、少し報告いたします。

まず、重複しますが、若山研に残っていたのなら通常手続きをしていたことになりますから、
若山氏も承諾し、サンプル保全を記録認識していたことになります。

しかし調査委員会の聞き取りでは
若山メンバーも若山研主宰者も、
FESサンプルが若山研に存在していたかについては確認はできてません。

なにより、2014年6月
遠藤氏がacr遺伝子挿入を発見した時

大田氏が通常手続きしていたなら、
若山研に大田氏作FES等サンプルは、
若山研に増殖保全していた訳ですから、
なにも、京都大学の大田氏から、
わざわざサンプルを取り寄せなくても
良いのです。
しかし、若山研に残されてなかったからこそ
京都大学に転出した大田氏にacr入りの
ES細胞提供を依頼したのです。

《すべて持ち出した》のエビデンスはまだありますが、以上だけでも十分でしょう。

じゃあ
小保方研究室の冷凍BOXから見つかった
【129/GFP ES】と容器に書かれた
サンプルは、解析したら大田ESと一致したのは
どういうこと?なの?

大田氏作ES細胞である、acr遺伝子入りという特殊な細胞【FES1】とほぼ同じゲノム特徴の
acr遺伝子入りの【129/GFP ES】サンプルが
なぜ見つかったのか、

これが、最大の謎、しかも
最大のstap事件の真相究明に迫れる鍵サンプル
でもあります。













Ooboe
パートナは、
「L」さんによる、通常手続きとは
矛盾してしまう所見を採っています。

調査委員会に証言した
《すべて持ち出した》というのが真相。という
のがパートナ所見です。

文科省ガイドラインが示すサンプル移動手続きは規程は、「L」さん説明とほぼ同じの
手続きですが、

大田氏は研究者として、通常の手続きをせず
細胞サンプルを京都大学へ持ち込んでいたのが
事実でありあります。
そのことは
パートナ入手公文書と、stap事案のその後の
経緯によって、証明できます。
(当事者でないと、わからない。)で流せれないのです。速やかな究明をめざしていますが、
将来stap事件は、歴史として語られます。その歴史家のためにも、事実エビデンスは残しておかねばなりません。

さて、「L」さん説明の通常手続きを
もし、大田氏がされていたのなら、
大田氏作FES1等は、若山研に残していて
存在していることになります。が

しかし、パトナ所見によりますと、
残していない。です、
これは、いったいどう言うことでしょうか?

Ooboe別嬪上鳥君さん

気まぐれぺルドン
では、若山研に残っていたと仮定すれば、どんな仮説が成り立ちますか・?!
二畳茶室の割れ茶碗・・それなりに風情が・・
上四方固めも鮮やか柿の色・・・

Ooboe
せっかくの書き込みが流れてしまいましたが
残念なので
割愛して、コメントしてみます。

日経サイエンス2015年3月号39ページより

♠そのES細胞はどこから(事項タイトル)
略しながら引用
2010年3月に自分が樹立した細胞株を
すべて運び出したはずなのに、
いったいなぜ、若山研で研究が始まった
2011年4月から、大田ES細胞がstap細胞の
研究に入り込んだのか?

♥大田氏によると、在籍中に若山研メンバーにES細胞をわたした記憶はないという

この部分を「L」さんの研究経験の通常手続きに鑑みてみます。

自分が樹立した細胞であっても、細胞の帰属は
研究室にあり、他に転出の際に持ち出すなら
研究室主宰者の了承を得、持ち出す細胞を
解凍、増殖して、研究室冷凍庫に残し、一部を
転出先に持ち出す。

この通常手続きを日経サイエンス記事大田氏は
踏まえていなかったことになります。

《若山研メンバーに渡した記憶はない》
ではなく、
通常手続きなら
《若山先生にES細胞の持ち出しの
了承を取った記憶はありません》と証言しなければならないところ、なんです。

通常手続きなら、
《置き忘れて来たかも知れない》などと、
あやふやな記憶とはなりません。
《増殖させて若山研の冷凍庫に置いて来ました》と証言しなければなりません。

なぜ通常手続きに矛盾した証言を
日経サイエンス記者にしたのでしょう?
そこに、この事案の深い事情があったのです。

分からないという記憶の問題に矮小化できない
stap問題の核心的事案であり、真相に迫る考察を無意味として流せません。
未解決事件捜査の鈴木京香刑事さんなら?
日経サイエンス文書をどう、解読するでしょう








Ooboe
続きを書き込んで投稿しましたが

不正とされました。おそらく、文字数を
越えたのかも?残念
再書き込みは、今日は断念します。
おそらく、「L」さんはお持ちではないと
思い、
日経サイエンスの大田氏証言記事の重要箇所を
引用して、「L」さんのご指摘の通常手続き
との、矛盾を提示するコメントでしたが
長過ぎたみたいでupされませんでした。
引用しながらの書き込みは、ノロノロの私、
眼がメロメロになりました。

Ooboe
ブログ❴結論ありき雑談コーナ❵(コメント5798)で久々に専門家の「L」さんが、研究室現場の
経験から、大田氏作【ES細胞FES1】を
若山研から《全部持ち出した》証言を
不可解と思われ、コメントされてます。

全文は閲覧してください。
要旨
★「L」さんが研究室のポスドクだったころ
何回か、移動した時の経験
★一般論として、作成した細胞サンプルを
移動で持ち出しす時、研究室の主宰者の許可を
得、主宰者研究室に残す細胞を用意、準備した上、一部を転出先に持ち出すのが通常

ですから、「L」さんの経験上、
桂報告書への《全部持ち出した》の証言は
不可解ということで、蒸し返すのは
無意味とされました。

まぁ、分からないとして、流がしてしまうのが
「L」さんのように、普通の感覚でしょうね

しかし、この
《全部持ち出した》と《置き忘れていたかも》の証言の違いが
ただ単に記憶の違い?と、捉えて簡単に
流せられないのが、大田氏作【FESサンプル】問題なんです。
「L」さんは、おそらくは、日経サイエンス2015年3月号をお持ちでないと思いますが
この日経サイエンス記事と 
「L」さんの一般的現場経験上、を鑑みますと、

大田氏は
理研若山研究室で2005作成した、
ES関連サンプルは
2010年京都大学への転出において
本来若山研に帰属しているので
研究室主宰者の若山先生に京都大学へ
ESサンプルを持ち出す許可承諾を得ること、
その上で、サンプルは若山研に帰属している細胞なので、解凍、培養増殖させて、若山研の冷凍庫に残さなければならない。

通常なら、若山研に【FES1サンプル等】が
若山研冷凍庫に存在していたことになる。!

通常こんな手続き処置が研究現場経験の専門家「L」さんの説明から、理解出来るのでしが

しかし、、、、です。
なぜ通常の 手続き通うり、この件では、
なされなかった?の?という疑念となるのが
日経サイエンス証言なのです。

「L」さん、この事案は
stap事件経緯の核心的事案であるのです。
この【FESサンプル】経緯の
真相に迫る考察を、当事者でさえ分からない、と記憶問題に矮小化できないのです。



















覚えていないと考えるしかないです。

学とみ子
Ooboeさん、
>
> 日経サイエンス記事全体は、
> 小保方氏へのダメ押しの
> 誘導記事としたかった強い意図があり、
> その意図方向に
> 心ならず、乗せられていたのではと、
> 感じています。

マスコミは、小保方氏がES捏造したと信じてるんです。信じた事を広めたいと思ってるんですね。

ため息ブログの女性たちと一緒で、マスコミは全体を見れないんです。勉強も出来ないんです。悪口が大好きなんです。
努力して、自らで確かめる能力もない彼女たちとは、一線を画したい人たちです。他人に頼り、勉強しないため息ブログメンバーは、ここの議論は追えないのです。マスコミも同じです。

科学界は、故意の捏造以外なら、忘却、勘違い、見込み違いなど、全部OKだし、業績ある人に味方するようですよ。

Ooboe
では、なぜ
2014年12月の桂報告書で
《FES1》を《全て持ち出した》と
委員会に証言していたのに

翌年1月になって日経サイエンスに於いて
《置き忘れていたかも》の証言と
なったのでしょうか?
この、公的文書の桂報告書への訂正となる
日経サイエンス記事の意味するところ

この不自然な訂正が向かう方向は、

【FES1】とstapFLS3が一致したとされたので
《置き忘れていたかも》としなければ、
解析結果と整合しないことになり、
若山研に自分が《置き忘れて来た》【FES1】で小保方氏がstapを捏造したことになる結論に
無理に添わせたものと、解釈できます。

日経サイエンス記事全体は、
小保方氏へのダメ押しの
誘導記事としたかった強い意図があり、
その意図方向に
心ならず、乗せられていたのではと、
感じています。







Ooboe
さて
小保方さんが若山研に来る、1年前
2010年に小保方stap研究を否定に
導いた【大田氏作ES細胞FES1】サンプルは
《全て持ち出した》の桂報告が真相である
とのパートナ資料と和モガ科学考察ですが

ならば
《全て持ち出した》ので若山研に小保方さんが
来た時には、【大田氏作のES細胞FES1】は
若山研、冷凍庫には存在していないことになります。

桂報告書は、若山研にはすでに
存在してないのに、
この
【FES1】で混入者は特定できないとしつつ
【小保方stap幹細胞FLS3】など
が捏造されていたと、結論付け
ほぼ小保方氏への疑念に繋がりました。

この解析結論であるなら、小保方氏は
京都大学まで出向き、大田氏が所属する
研究室に忍び込んで【FES1】を入手したことになるのです。

しかし、そこで
いや!【FES1】とゲノムの特徴が一致した
【129/GFP ES】が小保方残存冷凍BOXで
見つかっているではないか!の声、、
  
アンチ小保方ES説論者からこのような
反証が聞こえてくるポイントが生まれます。

そうです。stap事件における、
もう1つの最大疑念案件が
【大田氏作ES細胞】【stapFLS3】と
ゲノム特徴が一致したとされた
小保方残存冷凍BOXで発見された
♥【129/GFP ES】という不思議な
調査サンプルです。

このサンプルについても、パートナ所見と
「和モガ考察」は整合しました。

これについても、和モガブログの7件エントリで考察されてますので、閲覧くださいませ。

私も、再閲覧して、新たに盲点や
気が付いたところがありました。

Ooboe
♣小保方stap研究を否定に導いた
調査用サンプル【大田氏作ES細胞】の疑念
     再考察その(2)

★考察その(1)で
2010年
大田氏は【FES1】を若山研冷凍庫から京大へ
《全て持ち出した》桂報告書、のか?
《置き忘れていたかも》日経サイエンスなのか

この、どちらか、がstap事件の解明の分岐点
て強調しました。

そして、パートナは
《全て持ち出した》という所見を資料エビデンスから導いている。とお伝えしました。

★このパートナの所見は、
様々な法的手続き文書資料や、記録文書収集の
エビデンスから導いたものですが
「和モガブログ」の時系列確認を踏まえた上の
科学的考察エビデンスとで
ピッタリ整合裏付けられていた事から
♥《全て持ち出した》が真相であると確信しています。

であるなら、《置き忘れていたかも》の
日経サイエンス記事は後付け
ごまかし意図文書ということになるでしょう。

そこで、小保方stap擁護の皆様方へ

今一度、パートナ所見と整合した
♠【和モガブログ】を是非再読して
いただきたく存じます。
科学的資料に基づく、整合性ある
判り易い考察展開になっています。
この件を含め、stap事件検証の深い認識が
得られることと、お薦めいたします。

検索  「和モガブログ」で

❴2016年8月31日から9月17日❵に渡っての
エントリ7件が特に
パートナ所見の《全て持ち出した》がベースで
なければ整合しない科学的時系列考察に
なっています。

他のエントリも素晴らしい考察ですが
とりあえず、この7件の閲覧をお薦めいたします。


Zscan4
で、FES1と129/GFP ESのそこの比率がは、前掲ブログに書いたとおり20%。
一方、FES3は50%でCTS1は0%になっていた。
在米ポスドクさんのハンギングドロップすり替え説もドボン。
もちろん一言挙士さんのntES説も沈んだ。

>129/GFP ESは、従来のES細胞とは異なり、ESとTSの移行が緩んでいて、TSからもESに移れる能力があったのでしょうか?

ES細胞の数パーセントに存在する2細胞様細胞だったらあるかもしれませんが、ないでしょうね。

Re: FES1と129/GFP ES

学とみ子
Zscan4 さん、貴重な情報をありがとうございます。
129/GFP ESは、どのようにできたか?は大事な問題でした。

129/GFP ESは、一度もマウスを経由しておらず、細胞のままのEES1からの培養を継続し129/GFP ESに至ったという根拠でもありますね。

129/GFP ESは、従来のES細胞とは異なり、ESとTSの移行が緩んでいて、TSからもESに移れる能力があったのでしょうか?
転写因子の発現状況が狂っていれば、異常な細胞ですから可能性がありますよね。


FES1と129/GFP ES

Zscan4
>FES1も、培養を繰り返すと、FES1状態から塩基が変化してしまいます。
つまり、FES1の塩基状態から変化します。こうしてできたのが、129/GFP ES です。

私もそう思います。しかも結構月日が経ってるみたいですが。

FES1と129/GFP ESは ミトコンドリアのposition12,188にヘテロプラスミーと思われる変異があります。その場所がTからAに変異したミトコンドリアが混在した状態です。母系遺伝のヘテロプラスミーは、卵子形成・発生時にその割合が変化し兄弟姉妹間でも異なる。
FES1と129/GFP ESはこれがまさに一致している。
その他理研の発表も合わせると同一細胞由来でしょうね。

http://zscan4.livedoor.blog/archives/5171306.html

学とみ子さん

気まぐれぺルドン
(体内時計
2020年11月12日 7:00 AM
sighさん

桂氏は「独立に同じマウスから作った」という発言をしていましたね。これがちょっとわかりにくいのですよね。
ただ、いずれにしてもFES1,2について、ここまでこだわる気持ちが全く理解できませんよね。

在米ポスドクさんのコメントばかり引用して恐縮ですが

当初、STAP現象の条件検討にはGOFマウスが用いられたが、多能性を検討するにはSTAP由来の細胞が須く光った方が都合がいいため、CAGマウスが用いられるようになった。(この頃のGOFマウスの実験には、既に樹立されていたGOF-ESが用いられている。)CAGマウスの検討が始まった時に、CAGGFPを持つES細胞は混入者にはオフィシャルに入手可能ではなかった。どういう経緯かは不明だがFES1を入手して使用していた。その後、コントロール用に129/B6 F1が2012年5月に樹立された。この細胞が混入者の手に渡り、その後の実験(AC129の樹立、ChIP-seq等)には129/B6 ESが用いられている。このことから、「犯人は別のESだと思っていた」のではなく、当初は他にないので仕方なく最も似ているFES1を用いていたが、偽装に最も適した129/B6ESを入手できた時点でスイッチした、と考えると筋が通って思えます。
(546. 在米ポスドク 2015年05月28日 01:15)

http://blog.livedoor.jp/pyridoxal_phosphate/archives/29709918.html#comments


これでSTAP事件はほぼ説明できると思います。
誰が混入したかは不明ですが、若山研が山梨大に引っ越した後にもES細胞は混ぜられていたようですから、そのあたりを根拠にそれぞれが推測するのでしょうね。

「思いこむ」のではなく)

懐かしの在米ポスドクさんの分析を呼んだ。あの頃、在米ポスドクさんと肩を並べて、彼は科学者として追求し、僕は小保方晴子嬢のスカート捲りを専門にしていた。ただ先祖の足軽が仕えていた事が分って、仕方ない御味方するかとなって、在米ポスドクさんには裏切り者としてされた。でも仲の良いコンビだったと思う。彼なりに様々な事情があったと思うが、尊敬する科学者だった。今でもその位置は変わりない。約束したラーメン一郎まだ一緒に食べていない・・・

Ooboe
関連してますので、前のエントリでの
大田氏作ES問題の検証考察の続きをします。

♣小保方stap研究を決定的な否定に導いた
調査用サンプル【大田氏作FES1】
疑念についての再考察

★桂報告書は、
小保方残存サンプル【stap幹細胞等】は
《大田氏作の受精卵ES細胞》の【FES1】に
由来する。でした。
 このstap問題の中核的結論を
導いたのが、京都大の大田氏から調査サンプル
として、取り寄せた【FES1】サンプルです。

★解析したら、stap細胞関連サンプルと、この
【大田氏作FES1】のゲノム特徴が一致したから、stap細胞関連はES細胞に由来すると
されてしまいました。

★一致したのであれば、小保方氏がこの
大田氏作のES細胞を使用して、stap細胞です。
と捏造した、本人として疑惑を向けられて
しまいました。

★小保方氏が若山研に来る、1年前
大田氏は京都大へ転出しました。
その
転出の際このES細胞サンプルを
《全て持ち出した》と桂報告書の証言
その1ヶ月後
《置き忘れて来たかも》と日経サイエンス記事

♥この
《全て持ち出した》と
《置き忘れて来たかも》と、では!

この事のどちらが事実で有るか、否なかが
stap事件における最大の核心的、中核的
テーマであるのです。この事を今一度強調しておきたいと思います。

この実相にいかに迫るかが大切です。

物事の起承転結の実相に迫って行く作業の中で
不明点は、必ず存在します。

例えますと、
起承転結の各局面細部を
{イ}{ロ}{ハ}{二}{ホ}{へ}{ト}としまして
{ハ}と{二}を残して、あとの局面のエビデンスが明らかに成りだした場合
この不明点細部{ハ}{二}が不明のままで
あっても
実相の全体像考察を確かなものに導いていけるものですし、また、{イ}{ト}のみ分かっていて、あと全部不明であっても{ホ}の一点が判明したことにより、全容が導ける場合も有る

まさに、桂報告書は{ト}に当たる
❴stap幹細部等サンプルは、
大田氏作ES細胞に由来する❵
の一点の解析大報道が
stap事件全容を捏造印象として、
一色で塗ることに成功することができました、
stap事件に於いては、
他の様々な不明点がありましたが
不明のままでも、この一点の大報道で
納得させました。

同じく、2010年
大田氏が京都大へ転出する際の
作製サンプルを
若山研から《全て持ち出した》と
いや、《置き忘れて来た》のどちらかの事実
一点が、全容解明の鍵となります。

そして、パートナはこの一点
《全て持ち出した》のエビデンスを沢山保有
しています。
分からない。と、流してしまう軽い事案では
ないので、この考察を深めるのは
小保方stap擁護のスタンスにとって
大切な一点事案であります。
















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