理研の調査委員会は、STAP細胞はFES1の混入と結論づけたものの、後追いDNA調査では確定できない不明点が残る事を明記したかったのだろうと思う。

理研の調査を実践した人(一部)は、STAP細胞はFES1の混入と結論づけたものの、後追いDNA調査では確定できない不明点を列記したかったのだろうと思う。

疑問が多いSTAP事件では、学者の意見が割れることは当然である。
不明点を明記して残したい学者層と、一方には、STAP細胞はFES1の混入と結論づけたい人がいた。
懐疑する学者は、ES混入を認めるものの、考えなければならない疑問点を後世に残したいと考えたと思う。
つまり、両派閥の学者たちは、それぞれの主張を通そうと、調査結果の書き方をせめきあったと思う。

調査委員会での対立はどのようなものであったのか?を想像するのは大事だ。

「なぜ、11種類もの幹細胞と、マウスのNGS解析が行われたのか?
「なぜ、FES1、 FES2は共に、NGSで解析で比較されたか?」
「なぜ、FES1だけのデータだけで終わらせなかったのか?」

調査にあたった学者たちが、FES1の解析にとどめず、広く、若山研究室の細胞を分析した理由は、科学としての事実を残したかったからだろう。

桂報告書は、STAP幹細胞、キメラ、テラトーマからの細胞と、FES1の遺伝子が類似との結論だけにとどめず、SNP解析法を丁寧に説明した。
3種の幹細胞とその関連するES細胞の違いを例示して、SNP解析による類似性の精度判定が、各幹細胞で異なることを説明した。
その結果、調査でわかったこと、わからなかったことがはっきりしたのである。
これは、早くES説で片づけたい理研内の派閥の人たちにとっては、必ずしも望まない結果公表スタイルであったと思う。

結局、問題点を一般社会に伝えたいと願う人が、NGS解析による関連細胞の調査を広く行い、調査の限界を示したものと考えても良いのではないか?



以前の当ブログで、2019/10/07
タイトル”重要な問題点を、桂報告書とBCA論文において、読み返してみよう。” を書いた。

学とみ子は、この時の記事にこのように書いている。

”もし、理研がES捏造説を進めたいなら、FES1とFES2の比較解析をわざわざ載せたりはしないだろう。
ES説堅持の立場なら、FLS,CTSに極めて近いFES1がすでにSTAP作製前に存在していること、NGS解析においても、FES1からSTAP細胞が作られたことが確認できたと記載することで、STAP調査は終わりとするはずである。”



つまり、なぜ、FES2は細かく遺伝子が解析されたのか?を考えたい。

FES2はSTAP実験に使われていないのだから、関係ないだろうと、ため息さんも言っている。
もし、FES1の解析しか公表されなかったら、どうだったのだろうか?
解析する必要のない持ち主不明な細胞129/GFP ESは、そのままに不明にしておけば、疑惑も少なかったのではないか?
以下のこと①②③は不明のままで終わらせることができたのに・・。

一方、多くの一般人が、STAP事件で起きていたことを科学の視点で①②③を知ることができたのである。

①FES1、 FES2の比較をすることで、FLS、CTSは、129/GFP ESの遺伝子とほぼ同一でり、FES1は129/GFP ESより離れているのがわかった。
結果、混入したのは、FES1ではなく、129/GFP ESということができた。
FES1は、若山研究室になくても良いと考えらえる。

FES1を長く凍結融解をしているうちに遺伝子変化が蓄積した129/GFP ESを若山研究室は保有していたであろう。
しかし、所有者はFES1との認識はないかもしれない。
(塩基の突然変異が複数部位で起きるには、数年にわたる細胞の凍結融解が一般的な現象と思う)

②FES1、 FES2は、遺伝子が似ていないことも明らかになった。
同一日、同一実験室で作られたのではないことが明らかになった。
実験関係者からの情報の提供は、100%の精度はないことがわかった。
実験者は、細胞の情報を取り違えることがある。

③若山研究室作製の幹細胞間でどのくらいの類似性があるのか?が明らかになった。



これも当ブログの過去の記載だが、以下のように書いている。

”若山研究室マウスにおいて、違う129とB6マウスをえらび、細胞を作った場合、AC129-1、AC129-2、FLS-T1、FLS-T2などのSTAP幹細胞と、129B6F1ES1のES細胞の、遺伝子構造は極めて一致していた。
この事実は、BCA論文のExtFig2でしっかり示してある。
異なる機会で作られた細胞であるにかかわらず、遺伝子構造が近似する様相がBCA論文のExtFig2でわかる。
わざわざ、この一覧表ExtFig2を示した理由は、若山研究室マウスの特徴を読者に伝えるためである。

近時点でのマウスコロニーは、均一性が高い。
つまり、同時期のマウスの遺伝子は均一化されているのである。

BCA論文のExtFig2には、STAP ChiP-seqの遺伝子パターンが示されているが、これも同じコロニーマウスをピックアップした場合は、同一細胞パターンとなることを示している。
均一コロニーマウスをピックアップして、細胞を作製すると、こうした結果になるのである。

注目すべきは、同時期に作られたはずの、FES1とFES2では、こうした関係に無いことである。
これは、単に親が違うということでは説明がつかない。”

”マウスから次世代のマウスができる時に、染色体の構造変化が起きたり、突然変異の一塩基変異が起きる。
しかし、ntESG1、ntESG2で見られるように2年の差異では、若山研究室のマウスは、遺伝子構造は大きくは変化しない。
この事実を、NGS解析が示している。
2005年のマウスコロニーは、FES2パターンなのである。”



上記の記載からわかるように、若山研究室の近交系マウスは、精度良く管理されているのである。
マウス間の汚染があっても、それを消すべく努力がされていたはずである。

11月8日の当ブログ記事でも述べている。

何度も登場する桂報告書25ページである。

桂報告書25頁には、以下のようにある。
Oct入りのFI細胞がないのではないか?と、桂報告書には書かれている。

これは、実験ミスの様相を書いたものであることがわかった。
つまり、とても大事な報告内容だ。
実験の当初に使用されたマウス細胞は、幹細胞として残された細胞とは実験の過程で違ってしまう経過を説明したものである。

>Letterに使用されたFI幹細胞CTS1にOct4-GFPの挿入がないことが実証された。またこの細胞株以外にOct4-GFPが挿入されたFI幹細胞が作製された事実も明らかにできなかった。 一方、2回目のFI幹細胞作製の際の若山氏の実験ノートにマウスの遺伝的背景の記載は なかったことから、2回目に作製されたFI幹細胞株は、GOFマウス由来のSTAP細胞から樹l立されたFI幹細胞にES細胞FES1が混入し、これが残存した可能性は否定できなかった。 以上より、本調査委員会では論文に記載されたOct4-GFPが挿入されたFI幹細胞株が作 製された証拠を得ることはできなかった。したがって、LetterFig.2b-e、Fig.3, Extended Data Fig.5、Extended Data Fig.6はOct4-GFPが挿入されたFI幹細胞株ではなく、 Arc-GFP/CAG-GFPが挿入されたFI幹細胞株またはOct4-GFPが挿入されたFI幹細胞株と Arc-GFP/CAG-GFPが挿入されたES細胞FES1の混在サンプルによって作製された可能性が あると判断した。

桂報告書 13頁
STAP 幹細胞や FI 幹細胞の作製時に ES 細胞が混入したと認 められる。 また、STAP 細胞や STAP 幹細胞から作製されたとされるキメラやテラトーマについ ても、残存試料を用いて上記の ES 細胞に固有の DNA 塩基配列を検出した結果、すべて 上記 ES 細胞のいずれかに由来することで説明できた。


桂報告書には、幹細胞作製時のES汚染、幹細胞作製時にES細胞と入れ替わる可能性が示唆されている。
しかし、解析されたのは、STAP実験サンプルの一部でしかない。

小保方氏に渡されたマウスも不明だ。


Zscan4 さんは、当ブログへのコメントで、以下の可能性を指摘している。2020/11/23
最初から、アクロシン入りマウスを渡された可能性もある。

>129/GFP ESとのDNAの一致について
該当ESの混入とされていますが、当初から言われていた4Nキメラの使用も可能性は消えていないと思います。

129/GFP ESを使って4Nキメラが作出されその仔マウスが小保方さんに渡されたとすると、1月のFLS、5月のCTSのDNAの一致もありうると...。
ただゲノムデータでは4Nキメラ由来かES混入かは分からない。(区別する方法があれば教えてください)



体内時計さんの主張(マスコミの主張)は、既に皆さんわかっています。当ブログは、そこをわかった上で、その先の議論をしています。

体内時計さんは、当ブログの人たちは理解していないと考えています。体内時計さんのその認識は、ずーっとですね。

マスコミ解説では疑問を感じる人は、桂報告書を穴の空くほど読んでるんですよ。

一般人は、FES1.2のストーリーから、全ての推論を進めます。この時点で、印象操作のためのストーリーは既に出来上がっています。

一般人向けには、このFES1.2両者のNGS解析比較は不要です。FES1と幹細胞の比較解析だけで、ES捏造ストーリーはもっともらしく描けます。

体内時計さんの理解は、6年前と変わりません。他人の言ってることを軸にものを考えるのを止めないとだめです。例えば、在米ポスドクさんは絶対正しいのでしょう?科学の勉強したいなら、いろいろな主張で食い違う問題点は、自身で調べる習慣をつけないとね。どの人は正しく、どの人は間違っているとの鑑別を、体内時計さんは正しく区別できません。根拠ない信念を止めましょうね。


世の中に出ている情報は、小保方ES捏造の印象操作だけです。一般人向けにはこれだけで十分と、事件関係者は思ったでしょうから、ES捏造派にとってNGSは不要でした。

体内時計さんは、最終候補FES1.2が選ばれる前に、どのような作業があったのか?知ってるのでしょうか?

>その候補となるES細胞は複数あったわけで、その最終候補になったのがFES1とFES2だったのです。
FES1とFES2のどちらがSTAP細胞の捏造に使われたのか、調査委員会はSNP、遠藤氏はSTRの解析によって、FES1が捏造に使われたES細胞だと特定した、ということですね。



サラリーマン生活さん、

>ES細胞はFES1かFES2のいずれかです」という結論で納得するのですか?

NGS以前の従来の解析で、FES1.2の区別は可能です。不明な細胞129/GFP ESは、本来なら不明のままでいいのです。わかったところで、起源不明なら解析しても意味がありません。しかし、理研は解析して結果を公表しました。結果を公表しないこともできたのに、それをしたのです。



Zscan4 さんのコメントを、学とみ子は削除してません。

体内時計さんです。

>フォロー確かに突っ込みどころ満載の頓珍漢なコメントでしたものね。

ミトコンドリアDNA塩基の違いから、可能性のひとつを示したものです。体内時計さんは、その考え方をため息さんに聞いたら?

あちらのコメントです。

>その根拠は論理はどこから来るのか?

SNP解析を勉強してね。体内時計さんは、6年前と変わらぬまま、今もわかってないこと一杯ありますよ。桂報告書を理解できてませんよ。

体内時計さんです。

>桂調査報告書で完結したと思っているので、6年前とあまり変わっていないと思います。

体内時計さんは変わらないのを誇ってるようです。
様々な考えと科学的進歩を活用する姿勢が無いのは残念です。6年前より、皆さん、桂報告書の理解を目指して、科学的マインドを磨こうとしてますけど、体内時計さんはこのままで満足なんですね。誰をも説得できないコメントを続けるということでしょうか?そちらの皆さんは、小保方捏造を言ってくれれば、それでOK.大歓迎です。

もっとも、わからない自分自身を反省できず、科学と無関係の信念を貫く事に自己を見いだす生き方もあるでしょう。学とみ子は元に戻って、これで止めときます。


ため息さんです。
>「FES1.2のストーリー」というなんだかわからない学とみ子妄想脳内の道を学とみ子が一人走っているかよくわかりません。

SNPの理解ができないんだから学者として致命的です。

plusさんがしばらく書き込まない理由は、plusさんが知識の限界を悟って撤退したのかな?と思ったら、ひどく劣化して、ため息ブログに戻ってきましたね。若山研究室には、近交系マウスとそうでないデタラメ系統マウスがいたとか、

ミトコンドリアDNAを踏まえた議論の何も追えずに、ただ思い付き非科学論をplusさんは書きなぐる。ため息さんは注意することもできない。
たぶん、議論の焦点がわからない自分自身(plus)への苛立ちが、他人への攻撃性に繋がるんだろな。

でも、plusさんはエライです。このSTAP問題の科学についていくのは辛いと感じたのだと思うよ。わからない自身を自覚したのだと思う。だから、攻撃的になるんでしょう?

桂氏が何も参考になることを言ってなくても、大事な事を言ってると、体内時計さんは思ってしまう。当ブログは、桂氏の説明は初歩過ぎて意味が無い!
この説明が参考になるなんて、当ブログに来る人たちは思いません。そういうことを、体内時計さんは予想できないとね。桂氏の説明は、曖昧で、決め手になることは何も言わない。条件が違う話をただ繋げているだけです。
これでは説明になってないと体内時計さんは知るべきだし、体内時計さんは、桂報告書も、STAPも、現状では大事な事がわからない事を知るべきだと思うよ。

組織のトップに立つ桂氏は、自身で理解している事と、不明なまま解明できなかった事のメリハリつけて一般人向けに説明すべきだったと思います。桂氏は国に頼まれて登場したのだろうけど、桂氏が把握してない事は多かったと思います。

桂氏の説明は、真実を知りたい一般人の希望を満たさず、一般人を軽視してると思います。
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コメント

Plus99%さん

気まぐれぺルドン
「plus99%
2020年11月29日 1:00 AM」
笹井博士の死と彼女を結びつける論調は避けるべきだな。
腰紐心中を約束しながら、約束の時間に現れなかった、逃亡したと書く方がまだ信憑性がある様に
思えるな。笹井博士の死は、もっと違う処に有る様に思える。だが、約束を違えたと仮定したら、死ぬまで博士に追いかけられると自縛する地獄に堕ちるのかな・?!のそれは分らない。

いちいち、論文に不手際があったとしても、仮説に戻ると表明しているのだから、それを命で支払っていたら、科学者は少なくとも猫の様に、七つの命を持たなければならない。そこを忘れている・・・

sighさん

気まぐれぺルドン
sigh
2020年11月28日 8:47 AM

論理が滅茶苦茶でバカにされているのは、STAP細胞が私生児だからだ。そして今や推理小説になっている。Lまでが科学推理小説に、ロンドンから参加しているのには、驚き以外の何物でもない。
学さんはロマンで擁護しているが、アンチSTAP派はオカルト集団に落ちている。
しかしSTAPに関わり合うのは、L以外3流の連中だが、Lは顔を出したから、望郷と過去への哀愁の念は理解出来るが、顔を出す事で2流になる恐れがある。
STAP細胞は忘却するのが一番適している。中心人物は自分が詐欺師だと認める勇気がなく、亡霊の様にSNSを彷徨っている、哀れな存在だ。家紋の染みだ・・・

Plus99%さん

気まぐれぺルドン
plus99%
2020年11月27日 6:10 PM
この寒空に水洟垂らし、ミニで手相占いかい。
霜焼けで猿顔負けの赤尻、擦る以外治せない、こちらに出しなよ・・・

気まぐれぺルドン
27日(自分に嘘をつき続けるためにせっせと脳みその機能をすりつぶしてうんちに変換しているんですな。病状は急激に進んでいますな。なんまんだぶ。
ル氏が同じ病気にかかっていると思いますな)

オッド・アイのpluss99%さん
君の文章が最近、オッド・アイになって、視点も定まらない。面白い顔になっているが、
随分長い間、自分と鼠の脳を磨り潰した職業病の結果と思われる。
一度、学先生に診察してもらったら如何かな。但し保険は利かない自由診療だから、暴利と騒ぎ出さない様に・・・

Ooboe
気まぐれペルドンさん

そう来ると予想してましたよ、、、
あいにく、プロにしてもらいましたの、

もう少し、【大田FES1】問題を展開して、
その流れから、stap問題最大の謎
小保方氏に疑惑を向けられることになった
小保方冷凍庫BOXで見つかり、stapFLSと一致したとされた【129/GFP ES】
サンプル物証に迫りたいと思ってます。
その鍵は、小保方さんを告発した
石川氏にありました。
まだ
無理出来ないので、このへんで失礼します。



気まぐれペルドンさん

学とみ子
しばらくごぶさたでしたね。

気まぐれペルドンさんは、国際政治は語らないの?
学とみ子は、なぜ、日本の論客はトランブ寄りなのか不思議です。
だって、どう見たって、トランプ氏は独裁者です。

トランプ氏の行動は、日本人にも参考になることがあります。
つまり、将来、日本が老人大国で疲弊して、トランプ氏みたいな人が現れる可能性ですね。
日本に人種差別はないものの、今の社会のバランスが崩れるような専制政治家が現れる懸念があります。

自己顕示欲が強くて、己の正当性を主張するため息ブログメンバにもそうした独裁者的要素を感じます。
自身が何を知っているのか?他人は何を知っているのか?の自己評価ができない人たちです。

今回、米国民は本当に良くがんばったと思います。
独裁者が出てくると、その人をはずすことがとても大変になりますね。

政治家としてのトレーニングをつまずに、権力の座についてしまい、場当たり的な政策で国民の反発をくらっても、なお、正当性を主張する人の心理は?
なぜ、7千万票を集める力があるのか?
偉大なアメリカになるんだ、すばらしい仕事を得て誰でも豊かになれるんだ と叫ぶだけでなぜ人心をつかめるのか?

Ooboe別嬪上鳥君さん

気まぐれぺルドン
実は僕はマッサージ巧いんだ。あちこち回りながら、マッサージ受けて来たからね。
二畳茶室なら十分な空間、マッサージしたげるから来なよ・・・

Ooboe
続きを展開したかったのですが
連日のスマホの打ち込みが原因なのか
首が回らなくなりました。
しばらくしたら、再開したいと思ってます。

Zscan4
Article Extended Data Figure 8.j

Control ES#1 8個中5匹
Control ES#2 21個中5匹
Control ES#3 21個中3匹 

数匹ってちょうどいい数でしょう。
クローンと違って成功率は高い。
何百、何千はいらないな、数字君。
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