幹細胞作成時の実験ミスの可能性が高い事実が、桂報告書に残された。

前回のブログ記事からの続きです。

Ooboeさんです。

>桂調査報告書というのは、純粋な科学文書とは言えません。

>stap事案を考察する場合、普通の科学事案としてのみに、扱えない社会的、人事的、組織的、な時系列経過の
情報認識が必須な特殊事件でした。

桂調査報告書のような公文書に、複数の学者たちが、科学的間違いを書くことはできません。
ですから、これが正しいとして考えていくのが原則でしょうし、STAP実験関係者、特に若山研究室が、この桂報告書の見解で良いとした事実も、極めて重いです。

STAP擁護派も、ESねつ造派も、全ての議論は、桂報告書から始まります。
そして、桂報告書は、ES混入の原因は、幹細胞作製時の可能性が高いことを指摘しています。

事件を明らかにしたい学者たちの努力の成果と思います。

理研の学者は、STAP残存サンプルから、アクロシンGFP入り細胞がなぜ、出てきたのか?を詳しく調べました。
この洞察力はすごいですし、STAP残存サンプルは、129/GFP ESであると推論しました。

全てのサンプルが調査されたわけではありませんので、ES混入で全てが説明できるわけではありませんが、混入イベントはあったと考えることができるということです。
混入イベントと、STAP細胞のポテンシャルは別者です。


FES1、 FES2、FLS、CTS、129/GFP ESなどを細かくNGS解析で比較したのです。
そして、FES1、 FES2のSNP比較から、FLS,CTSと、129/GFP ESは、極めて近いことがわかりました。

129/GFP ESは、元細胞のFES1から、大きなカタスロフィックが変化がないまま、凍結融解時の、一部塩基の突然変異のみで引き継がれてきたと思われます。
つまり、FES1を年余にわたり、凍結融解をくりかえした果ての129/GFP ESが、STAP幹細胞作製時に混入したとの推論ができます。


plusさんです。紫字

デタラメばかり書いている学とみ子のコメントなんて聞きたくないと言われるかもしれませんので、学とみ子横やりコメントです。

>この時には『「STAP 幹細胞 FLS3、FI 幹細胞 CTS1、および 129/GFP ES 」はB株由来』となり『FES1もB株由来』となります。
細胞AイコールB株という場合だってあろうということで、
この時には『「STAP 幹細胞 FLS3、FI 幹細胞 CTS1、および 129/GFP ES 」は細胞A由来』となり『FES1も細胞A由来』となります。


STAP 幹細胞 FLS3、FI 幹細胞 CTS1、および 129/GFP ES は、皆FES1由来で良いと思います。
学とみ子の考えは、FES1を凍結融解を年余にくりかえした結果、129/GFP ESとなり 、幹細胞 FLS3、FI 幹細胞 CTS1の作製時に混じったという推論です。

ntESG1とntESG2のSNPの一致性は極めて高いです。
本来、同じマウスコロニーから、近い時点で作製されたES同士なら、SNPは一致するこを、ntESG1とntESG2のSNPは示しています。
ところが、FES1, FES2はこうした関係にない!

さらに大事なのは、FES2は、ntESG1とntESG2のSNPに近いことです。
これは、早くから和モガさんが指摘していた点です。

ntESG1は2007年、ntESG2は2005年作製であり、FES2は2005年作製です。
つまり、2005年前後で、若山研究室のマウスのSNPのパターンは、FES2パターンである可能性が高いのです。

24,649箇所のSNPにおいて、ntESG1、ntESG2のSNP類似性が高い(99.95%)のは当然として、さらに、ntESG1、ntESG2と、FES2のSNP類似性が70%と高いです。
そして、FES1とはSNPが乖離しています(約4%)。

これがFES1の FES2マウスコロニーが違うのではないか?の根拠のひとつです。
コロニーが違うかどうか?は、作成者ならわかるはずですが、記憶違い、サンプル違いなどの、人的エラーがあれば、正解はだれも持ちません。

SNPがすごく乖離するマウスが、同じ近交系コロニーにいるのか?の問題ですが、普通はいないでしょう。


何か、反論がある方がいらしゃっれば、ご議論をよろしくお願いします。



ES画策派は、桂報告書の記載がある限り、もう、科学的には、戦えないのではないかな?


体内時計さんです。
>ntESG1は2007/8/3凍結、ntESG2は2005/1/20凍結ですね。

同年樹立株かと思っていたので間違えました。すみませんでした。

ntESG1 2007年より、ntESG2 2005年が古い時点でつくられていたんですね。
2007年作ntESG1より、2005年作ntESG2のSNP解析からわかることは、若山研究室の近交系マウスは、2年経過で、両者のSNPにどの位の相違が出るかのめやすになりますね。

SNP解析の意味がわかると、体内時計さんも理解が進みますよ。

まあ、Lさんがミスが多いと評した学とみ子ブログは、体内時計さんにとって、当分、軽蔑の対象でしょう。
今後も、あれこれ、批判したり、侮辱をしたりするのでしょうね。
体内時計さんが、小保方氏にやったようにね。
”この人はバカにしてよい人”と、自身の中で決めるのでしょう。

結局、体内時計さんは、他人の評価を判断材料にして、物事の是非を判断する人です。
他人の評価の裏には、いろいろ事情があります。
ため息ブログは、STAP擁護論を潰すのが、目的集団なんです。

今回、体内時計さんは、学とみ子のミスを指摘してくれてありがたいけど、その指摘の仕方がとても意地悪です。
ここをまちがっているのだから、他も全部間違いに違いないというように、体内時計さんは思ってしまいます。
体内時計さんは、Lさんから(学とみ子否定の)お墨付きをもらったと感じています。
ため息さんも、体内時計さんが熱心に学とみ子侮辱をするのをけしかけるでしょう。

しかし、今回のこの単純ミスは、STAP擁護論考察には影響を与えません。むしろ、有利です。
なぜ、有利なのか?は、体内時計さんにはわかりません。
体内時計さん自身は、SNP解析を知らないです。
いろいろ、踏み込んで他人を批判する資格はありませんよ。


plusさん、SNP説明の最初から間違っています。学とみ子はこれ以上は言いませんので、桂報告書を良く読んで考察ください。

>300万あるSNPのうち99%以上のところでFES1とFES2のSNPsは一致していて、24,649だけが違っていますよということ。


体内時計さん、
plusさんにはまだ勘違いがあるけど、そのうち正解を出すと思うよ。あるいはため息さんが自己解決するか、他の学者から教わるかも。SNP解析は、桂報告書に説明あります。すねてる学とみ子は、もうそちらの人には説明しません。





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コメント

Ooboe
Zscan4さん

コメント見過ごしていました
ごめんなさい。

小保方残存サンプルで
調査委員会の調査中、解析され
結局、不明とされたまま。のサンプルに
該当するのは、【129/GFP ES】以外には
ありませんから、
Zscan4さんのご理解の通うりですね。

それと、刑事さんが「ヒッポさんのもの」という写真をみせられたと、あります、
ヒッポさんの証言ですから

すなわち、言い換えれば、ヒッポさんは
「私のものが盗まれたのです。」と
証言していたわけです。ですから
私が作製したサンプルですと、警察に証言していたことは、自明でしょう
ですから
「若山研のものを私が管理してましたが
盗まれたのです」では、ないでしょう。
もし、この場合であるならば
若山研主宰者の若山先生が
「若山研のものが盗まれた。」と
証言すべき筋になりますね



Zscan4
>ntESの方は129系の親の系統が違うというのにFES2との相同が50%を大きく超えて70%台などという%になるのはこの欠失がそれなりの量のSNPsの存在する領域にあるためと考えればいいと思いますけどね。

 ブブー

一個でも意味あります。

学とみ子
Zscan4さん、
そうですね。ヒッポさんに関連したサンプルがあるというだけで、意味あるかもです。

Zscan4
>Ooboeさん

117番 129B6 ICSI P4 ES1 3/17/05 
132番 ntES-BDF1GFP 12cm2 06/22/08

これだけ情報が書かれているサンプルならば、
調査委員会で不明とはならないですね。
(リストの注釈は小保方さんの注釈では)

よっぽど杜撰な管理をしていたらわからないですけど。

>>>編集 補足<<<
 小保方さんはわからずとも、詳細表示がされているサンプルは調査委員会が若山研に問い合わせれば判明するだろう。したがって、不明とされたサンプルは129/GFP ESとなる。
 
 これでいいのかなOoboeさん。
<<<<<<>>>>>


しかし、ヒッポさん作成か、ただ管理していただけかは不明ではないですか。
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