STAP論文では、凝集塊や細胞塊は、どのような表現が用いられているのでしょうか?

前回記事の続きですが、実際の論文にはどう書かれているか?を見てみましょう。

STAP細胞塊と、凝集塊は違うのか?の問題です。
アーテイクル論文には、本文、あるいはMethods等で、いろいろに書かれているので、それぞれの方で確かめてください。

つまり、スフェア、コロニーは分けて書かれていることに気づくと思います。

642ページの本文です。
サブタイトル Low-pH-induced Oct41 cells have pluripotency

On day 7, theOct4-GFP1 spheres expressed pluripotency-relatedmarker
proteins22 (Oct4, SSEA1, Nanog and E-cadherin; Fig. 2a) and marker genes (Oct4, Nanog, Sox2, Ecat1 (also called Khdc3), Esg1 (Dppa5a),
Dax1 (Nrob1) and Rex1 (Zfp42); Fig. 2b and Extended Data Fig. 3a) in a manner comparable to those seen in ES cells24.


図2です。
Figure 2 | Low-pH-induced Oct4-GFP1 cells represent pluripotent cells.
a, Immunostaining for pluripotent cell markers (red) in day 7 Oct4- GFP1 (green) clusters.

図2には、7日目のOct4- GFP1 (green) clustersと表現されています。
同じく、図2には、以下の記載があります。部分的に分散させたSTAP細胞には、コロニー形成能があると説明があります。
.Partially dissociated STAP cells slowly generated small colonies (i)

本文644ページには、以下のように書かれています。
Also, even under high-density culture conditions after partial dissociation (Fig. 2i), STAP cell numbers started to decline substantially after two passages.


本文644ページのキメラの実験では、以下のように書かれています。

We injected STAP cell clusters en bloc that were manually cut into small pieces using a microknife (Fig. 4a). A high-to-moderate contribution of GFP-expressing cells was seen in the chimaeric embryos (Fig. 4b and Extended Data Fig. 7a).


Methods には以下のように書かれています。
”STAP spherical colonies” との表現になっています。

Chimaeric mouse generation and analyses.

・・・Because trypsin treatment of donor samples turned out to cause low chimaerism, STAP spherical colonies were cut into small pieces using a microknife under the microscope, and small clusters of STAP cells were then injected into day-4.5 blastocysts by a large pipette.



STAP細胞の状態が、複数で表現されています。
想像ですが、培養継続などのいろいろな試行錯誤の中で、複数の形態のものを総称的にSTAP細胞とネーミングしていたのではないでしょうか?
専門家の方のご意見を伺いたいですが、もはや、これだけ微妙になると、専門家の方はなかなか口が重くなると思います。



さて、再度、桂報告書(紫字)をみてみましょう。

14ページに以下の表現があります。
ここを読むと、小保方持参細胞塊をそのまま、胚盤胞に入れたと読める記載になっています。
このページの記載は、小保方氏以外の人間も、夜間に実験室が入れたなどの説明がされています。

14ページの記載も、いまひとつ、客観性に欠けた表現がめだちます。
ここでも、印象操作がなされていて、凝集塊と、細胞塊を分けた表現がされていません。

[STAP 幹細胞、FI 幹細胞、キメラの作製] 小保方氏がディッシュの蓋などに載せて持って来た STAP 細胞塊を若山氏が切り刻んでマウス胚に注入し、キメラを作製した。また、キメラ作製に使用した STAP 細胞塊の残りから、若山氏が STAP 幹細胞や FI 幹細胞を作製した。





ため息さんは、まるで、14ページ、17ページ、30ページの作文を担当した理研の学者のような立場(気分)?にたって、頑張ってます。でも、反論になってません。
小保方氏は、上司から譲り受けたサンプルを調整して、持参しただけです。

とにかく、実験の実態は公表されていません。
チップセック実験は誰がいつ、どの状態のSTAP細胞が用いられたのか?桂報告書は明らかにしていません。

小保方氏が最初から最後まで、実験をしていたら、公表できるでしょう。
桂調査委員会は、小保方氏の問題行動をできるだけ多く指摘しておきたい立場でしょう。

>事故で混入していたという根拠のない主張は、肝心の桂調査委員会報告書にある「小保方氏が様々なバックグラウンドの細胞を寄せ集めてRNA-seq解析、ChIP-seq解析を行ったことは自明であり」

残念ながら、桂報告書のこの部分を書いた理研の学者は、小保方氏が”解析”したとだけしか書けないのです。
そんなに、小保方氏が実験をしたと言いたいなら、小保方氏が実験者であり、かつ実験で得た結果から論文構成を考えた人(全てを解析した人)であると言うでしょう。
しかし、あいまいな”解析”という用語しか使えないのです。
多分、小保方氏が実験から解析までを通して、実験したとの証拠が無いのでしょうね。時間と小保方さんの経験からして、全ての実験なんて無理です。

小保方氏から、「そこの実験はやってない!」と言われたら、調査委員会は、証拠を示せないのだと思います。

一方、小保方氏は、いろいろな証拠を持っているでしょう。
分担実験の証拠、上司の指示に関して、ある程度に、証拠を持っていると思います。

小保方氏は、幹細胞をわたされて増殖曲線を作ったのかもしれませんが、その実験ですら、実験材料は上司のつくった細胞です。

小保方氏の業績は、酸浴実験であり、その酸浴実験は、実験ノートによって追跡が可能であり、桂調査委員会は、ねつ造判定をしていません。

とにかく、不正をした本人なら、その不正サンプルをGRASに持ち込むバカな作業はしません。
小保方氏は、上司から渡されたサンプルの中身を知らないから、GRASに持ち込んでしまいました。
調査する学者には、それがわかるわけですから、小保方氏は意図的なねつ造はしていない!と、桂報告書は書いています。

それでも、14ページ、17ページ、30ページの作文を担当した理研の学者は、あきらめないで用語を駆使して印象操作にがんばっています。

以下のため息反論も、何が言いたのかわかりません。

>学とみ子曰くのSTAP細胞の形態を重要視したはずの小保方氏にはES細胞が事故で混入しても区別できないわけですね。

STAP細胞が酸浴後7日間で、次第に細胞変化をしていく様を、小保方氏は顕微鏡で見ているのです。
その他の実験は、細胞変化を顕微鏡で追跡する実験ではありません。

STAP細胞を若山氏に渡した後の細胞のその後を、小保方氏は確認できていませんよ。
ため息さんは、いくらでも、おとぼけを連発しますね。
素人向け反論なのだから、それを支持してくれる人に向けた方が有用ですよ。


以下も、ため息さんの低レベルな素人だましの印象操作です。

>何も知らないで言われたまま Uber Eatsの学生バイトのように細胞を運んだというのでしょうか。いや、Uber Eatsの学生バイトだって何をやっているかわかっていますな。学とみ子に言わせると小保方氏は自分が何をやっているのかわからない”科学者”なんですね。

上司から、幹細胞をわたされて増殖曲線図を作る作業は、Uber Eatsの学生バイトにはできません。
若山研究室お得意のメチル化実験は、若山研究室員の指導を元に小保方氏が作図しましたが、Uber Eatsの学生バイトにはできません。小保方氏は、ベテラン若山研究室員の指導に従ったままです。

小保方氏の手を離れたSTAP細胞由来細胞は、すべて若山研究室員の実験の手が加わってします。
つまり、他の人との共同作業です。
誰が何をやったのか?明らかにされていません。


>擁護の方々ですらバカにしている学とみ子妄想ブログを読むのは誰でしょね。当方だけですな。感想さんは学とみ子を称して”想いの人”といいました。意味がわかるかな?科学的な論理的思考のできない方を柔らかくおっしゃったのですよ。当方を「ため息さんの自論のどこに、理論の破綻があるのか?がわかります。」と根拠なく誹謗するのは、論理がないと批判されるから、批判した方を単に「論理がない」と言い返しているだけですな。

誰が何を目的として、当ブログをバカにするのですか?
バカにする人は、わざわざ、読みにきませんよ。
当ブログを読みにくる人は、それぞれの目的で読みにくるのです。
ため息さんと同レベルのSTAP細胞を理解できない人たちばかりではありません。

興味無い人は最初から興味ないでしょうし、途中からついてこれなくなる人は、もう、ついてきません。
「もう、興味を失いました」と、あきらめの言葉を吐く人は、そちらにいるでしょう。


>桂調査委員会報告書のどこに「ES細胞の混入は事故であった」「小保方氏が混入させたのではない」と書いてあるのか言ってみろ。

何度も、学とみ子は言ってます。理研調査を担当した学者の中に、どうしても、小保方犯行にしたい人がいるのです。
この人たちが、”解析” という素人だましの用語を駆使して、全ての実験責任を小保方氏一人に押し付けました。

ESを混ぜられるのは小保方氏しかいないとの印象操作にがんばっている学者がいるのです。

しかし、一方で、桂報告書は小保方氏にねつ造の意図はないとか、ES混入は、幹細胞作製実験と関連していると書いています。

ですから、小保方ねつ造説は、桂調査委員会の総意ではないのです。
もし、桂調査委員会の総意がひとつなら、桂報告書はひとつにまとめられた結論が書かれます。

STAP細胞が複数の呼び方で呼ばれ、その実態が明らかにされないまま、議論は終わりになったのです。
複数の人たちが、STAP実験にかかわりましたが、桂報告書は、そこを明らかにしたくないのです。
中途半端に幕が引かれてしまいました。
ですから、以前として、STAP事件に興味を持ち続ける人はいるのです。

そして、興味を持続している人なら、ため息さんではSTAP考察は荷が重い!ため息さんでは理解が難しい! と思うでしょう。
でも、誰も、そんな失礼なことをコメントしたりはしませんよ。


この事件を考える上で、桂調査委員会が、STAP実験の実態を明らかにできなかったことはとても大事な点です。
桂調査委員会は、業績ある多くの研究者を助けなければいけないと感じたでしょう。
それは正しい判断であると思います。実験者が気づかないミスがあったとの評価です。
未知なるものに立ち向かう研究者は、大事にされるべき人だと思います。


いづれにしろ、立場の違うため息さんと、当ブログでやりあっても仕方ありません。
学とみ子に反論するなら、料理の話や、Uber Eatsの学生バイトのようなナンセンスなたとえを止めて、もっと科学的にお願いします。



このままのため息さんでは、小保方ねつ造説をフォロウしてくれる一般人の確保を頑張るしかありませんね。

とにかくよくわかってない素人向けの反論しか、ため息さんはできません。何が議論されているのか?ため息さん本人がわからないのです。

とにかく、多くの実験には、他の研究者の手が入っていて、調査委員会は、小保方氏単独の捏造判定が出来ないのでしょう。

チップセックなども、捏造なら最もその証拠となる実験でしょう。ところが、そこを調査委員会は捏造判定できないのです。


STAP論文は共同研究であり、ES研究者に囲まれて、小保方氏は自身のパートを果たしました。

ため息さんのような学者がいたら、いくらでも迷走しますね。相変わらずの勘違いがひどい!

>根拠を示して主張しろとの批判されたので、「小保方氏は、上司から説明されたままのサンプルをGRASに持参したのです。」という主張の根拠なんでしょうかね。なんの根拠にもなってません。意味不明です。

そりゃ、ため息さんは理解できてないのだから、意味不明なのは当たり前でしょう。そもそも、何について議論しているのか?すら、ため息さんはわかってない。二つの別の出来事が、ため息さんの脳内で混ざっています。GRASに持ち込んだのは、STAPを切り刻む話のずっと後です。

ここで議論されているのは、切り刻まれて胚盤胞に注入されたSTAP細胞は、スフェアなのか?或いは、ある程度に培養されて形成されたSTAPコロニーなのか?についてです。ため息さんは、それすらフォローできないんです。



STAP実験終了後に、小保方氏がGRASに残存サンプルを持ち込んだ話と、チップセック実験と、キメラ作成時、STAP凝集塊を切り刻む話の区別が付かないため息さんです。

論文のあそこにはこんな説明があるとかの見当が、ため息さんにはつかないのです。論文をよみこんでません。だから、STAP細胞の呼び方が論文箇所で違っていることがどのような意味を持つのか?ため息さんはわかりません。そんなレベルなんです。ため息さんとは、まともな議論になりません。
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コメント

Ooboe
若山先生は、様々なインタビューに応答されてます。この貴重な資料を根本的疑問ブログに
纏めてくれてます。

これらに於いても、生ものである細部の
微妙な変化について、いろんな現象の経験を
語っていました。典型的な例ですが
簡単組成の水1つについてさえもメーカが違えれば同じ結果が得られない。などなど

ハワイ大学での世界で一番と自負したいた
クロンマウス作製も、ロックフェラー大学の
研究室では、半年もなかなか再現出来なかった
エピソード。研究室を移転したら様々な微妙な
条件が変わってしまう、ということですね。
再現というと、理工系実験との、決定的な違いがあるのにマスメディアはその違いを伝えませんでした。私の周囲の皆さん、小保方さんを
応援していた方でも、単純に失敗と思わされてしまいました。若山先生の証言にあるよう
研究条件に制限規制のないロックフェラーへの
移転においても、タダでさえ成果を上げれなかった再現を、しかし岸改革提言の
【はい、失敗しなさい】が如くの、規制条件の
もと、微妙な調整もさせてもらえず
魂の限界まで振り絞っての再現実験でした。

相澤先生は、この岸提言条件に怒り、
こんな再現実験条件なら辞退するよう小保方さんに進言した。と、パトナに語ったそうです。しかし小保方さんの再現への思いの方が、
強かったのでしょう、チャレンジされました。
それでも、7月8月には、死細胞が蛍光する
赤色蛍光のない、緑色蛍光の細胞塊を作製
出来ていましたが、公式実験でなかったので
評価されませんでした。

以上、上記の事を踏まえ
同じACTH添加の培地で、若山氏が簡単に樹立
成功し、小保方氏が樹立出来なかった、
この違いなどを始め、stapキメラ作製など
stap実験の様々な実相を更に追いかけて
行きたいと思っています。



Ooboe
もう一度
小保方さんは、若山先生が樹立できた
ACTHが添加された、ES細胞用の培地で
stap細胞の幹細胞化にチャレンジしましたが
樹立できなかったのです。この
同じ培地を使用して、若山氏には簡単に出来、小保方氏に出来なかった事の違いは何故かに、疑問を
向けて考察していくにあたって、柔軟な発想が
大切ですね、ため息氏のように、
既成知識思考をボンドで固定していては
ものが見えなくなります。まあ見ようとの興味もないようですから、仕方ないか、、、

この違いは、手技によるか?マル秘の培地か?
または、両方によるものか?
と疑問に思うのが普通人の思考でしょう。

そういう事に、思考が引っかからないのが
固定概念に固まった、ため息氏型思考ですね。
もっとも、
2014年以降、小保方さんを策略者と判定されておられ、stapは終わったものと、否定が前提ですから、疑問不用の探求心及ばぬ思考からしかものが見えてません。

学さん論考全体像主旨を理解しようとの
興味などさらさらなく、ただただ細部文法だけ
に興味が向けられてます。揚げ足取りを楽しんで、やめられないようなスタンスからは、
生物世界や事実関係への興味はこれからも生まれないでしょうね。もう既成知識のみで満足してしまい、もっともっとの欲はないのかしら?
精力的な学さん否定以外の何か別の
突っ込んでいる分野があれば、その話しを
ちょっとだけ、知りたい興味があります。








Ooboe
学さん、
ライブセルイメージ動画から
凝集塊、細胞塊、コロニー、クラスターなど
の言葉の中では、
散らばっていたものが集まって塊りになって行くのが、よく分かりますので
凝集塊というが私的にはピッタリときます。

小保方さんは、stap細胞塊をFACSで選別して
強GFPシグナル細胞(主要集団)と
弱GFPシグナル細胞(少数集団)という表現で
分けて、それぞれの特徴を解析してました。

このような細胞塊の選別実験がなされた事は
ES細胞捏造ではなかったことを示唆してます。
ES細胞であるならそんな選別はそもそも不用でしょうからネ。

それから、刺激処理の
5日後までには、凝集し始め
OCT4GFP+細胞は互いに付着し
癒着による集団を形成した。
これらのGFP+集団は、動きが活発で動いている時には細胞突起を出すことが多い

と観察してますが、ミトコンドリア研究の中田先生は、互いに相互作用して様々に補いながら融合するミトコンドリア連携集団も、
ゲノム異常が重なり過ぎた場合、
ミトコンドリアにとっての生死の分岐点があるとのことです。
stapに於いても、生き残りの分岐点から
赤色蛍光を発しながら細胞死に向かわず
集団の力で乗り越えた細胞塊の緑蛍光画像を
パートナは保有しています。














Ooboe
久しぶりに、アチラのブログを閲覧しました
学さんに叱られるかも?ですが

やめられない、やめられない、
カッパ海老せん大好きの
ため息先生は、可愛い方ですね
立場違っても、、何なん?なのでしょう?
彼によると
私Ooboeは、小保方さんの私小説印象操作、
策略にまんまと、引っかったんですって、、、

はい!たしかに!「あの日」に私Ooboeは
おもい切り、引っかっております。
私もカッパ海老せん大好き
これからも!やめられません!です

それにしてもため息さんは
あいかわらず、2014年12月の小保方ES説で
脳細胞シナプス可塑性をボンドで接着させた
ままです、もっと脳細胞にMCTとTSAを取り入れて柔軟性と活性化を!
MCTHのことではありませんので、、



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