STAP細胞の疑惑は、実験成果を分けて考えていくことが大事かな?

Ooboeさんのコメントが相次ぎました。
ありがとうございます。

Ooboeさんのコメント(青)を踏まえて、学とみ子の推論を書きます。

Ooboeさん
>マスメディアによる7年前の【stapはES細胞に由来する】の2014年桂調査結論の大報道がなんか?腑に落ちなかった一般人が、
殆どだったのでは?


そうですね。日経サイエンス2015年3月「STAPの全貌」は、桂報告書が発表された後、発行されていますが、ここには、事故混入論はかかれてません。マスコミは、最初からねつ造ありき論です。

詫摩記者の記事の冒頭です。(紫字)
あのマウスと胎盤は何だったのだろうか。STAP細胞の疑惑を報じた最初の記事で、私たちこう問うた。」
・・・・
「STAP細胞」は最初から存在しなかった。1年にわたって日本の社会と科学界を揺るがしたSTAP論文の不正疑惑は、科学の面では決着した。



と、詫摩記者は書いている。
しかし、この短文だけでも、詫摩氏がSTAP細胞を語るには、いろいろな知識不足があることがよくわかる。
桂報告書は何を否定し、何を否定しなかったのかを、詫摩氏は分けて考えていないのである。
詫摩氏が書くべきことは、「ES細胞並みであるとのSTAP細胞は最初から存在しなかった。」という文章である。
酸浴だけで、分化細胞がES並の細胞に変化したとの論文結果を、桂報告書は否定した。

ESの細胞状態は特殊なため、分化細胞からは容易には移行しない。分化した細胞における初期化現象については、ES細胞とは分けて、専門家は考える。しかし、一般人、マスコミに向けては、そうした情報はなかった。

詫摩記者は、心底、STAP細胞はねつ造と思っていたのであろう。ES捏造派の学者からの印象操作にはまってしまったのだろう。

もし、学とみ子が、マスコミ人で、詫摩氏記事に対抗する記事を書こうとしたら、以下のようになる。
現在、事件後6年経ってからの学とみ子の理解にすぎないが、記事風に紹介する。


STAP細胞の疑惑を報じた当初の記事において、ESねつ造論が盛んに報じられていた。この疑惑への議論を決着させるための調査が行われ、その結果が、2014年12月、桂報告書として発表された。
NGS解析を駆使した科学的解析により、STAP論文に掲載されたキメラ、幹細胞、テラトーマは、ES細胞由来であると結論された。しかし、なぜ、ES細胞に入れ替わってしまったのかについては、桂報告書は、結論ができないとした。すなわち、実験中の事故によるものか?あるには、故意によるねつ造かについては、桂報告書は、科学的にはものが言えないとした。

桂調査委員会による調査結果が出るまでは、ESを混ぜることのできる立場にいるSTAP論文科学者は、一人に限定されるとのマスコミ報道内容であったが、桂報告書書によると、ESが混入する機会は他にもあった。そのリスクは、小保方氏が単独で作製していたSTAP細胞スフェア(酸浴後7日までの細胞塊)以後の各種の実験にも及んでいた。推論的ではあるが、幹細胞作製の途上での混入の可能性も、報告書では示唆している。さらに、桂報告書発表内容で注目すべきこととして、STAP細胞が多能性を発揮した実験結果については、不正の認定はしていない。すなわち、スフェア作製までの細胞処理の過程でのSTAP細胞の部分的多能性については認められたと考えられる。



STAP論文で最も注目を集めたのは、すでに分化してマウス脾臓細胞となっていた細胞が、ES細胞なみに初期化したとの成果であった。その成果は、キメラ、幹細胞作製で示されていたが、それらのサンプルからES細胞が証明されたことで、STAP細胞はES並みの能力を発揮するとした初期の論文説明は、否定されたということである。

実際のSTAP実験の場では、どのような実験分担が行われ、どこにES混入のリスクがあるかについては、桂調査委員会は結論を避けた。関係者証言の調査においては、強制調査の能力を持たない桂調査委員会の任を超えるということである。



さて、Ooboe氏は、以下のように書いています。

>4月笹井先生の上記記者会見説明と明らかに違う12月桂調査結論でした。

>桂調査は、重要なstapサンプルを遺伝子の並び方解析をしただけでstap細胞はES細胞由来と結論しましたが
笹井先生の根拠だった、大切な遺伝子発現パターンの違い解析を外して 結論としていたのです。なぜ?




笹井先生の指摘したSTAP細胞の記述は否定されていません。
ライブセルイメージングでの、STAP細胞は多能性に向けた変化を始めています。
但し、この多能性に向けた変化がどこまで進むのか?については、わかっていません。実験が行われていません。
STAP細胞は、一般的な分化細胞を培養する培地ではある期間内で生存し得ます。


赤フィルター、青フィルターは、細胞の生き死には評価できません。
細胞塊には、死滅した細胞も、生き残る細胞も両方います。
共にそれぞれ、人間の目には光として見えますので、赤なら死んでると決めるものではありません。
赤フィルター陽性細胞の一部が生き残って、数日後に青フィルター陽性になることもあります。


>なぜ、笹井先生の説明にあるように解析技術発達により簡単に出来たはずの遺伝子発現のパターンの比較解析
をしなかったのでしょうか?
いえいえ、プロです、解析したはずでしょう。でも、発表出来なかったんでは?の疑惑となります。桂調査結論と
この違いを際立たせてくれた。笹井先生の説明が一番です!!



いろいろな推論はできますが、桂委員会もSTAP実験者も、故意の問題行為は無かったと考えた方がより真実に近くなると学とみ子は考えます。

STAP細胞は、そのまま処理されてmRNA検査に回ったサンプルもあると思います。
ですから、STAP細胞は、特殊な遺伝子発現をしていた可能性があります。
しかし、もはや、遺伝子発現の結果はデータベースだけですし、STAPチップセックサンプルは、ESに置き換わってしました。
桂調査委員会が調べた幹細胞はすべてESコンタミがありました。

桂報告書の視点は、キメラ、幹細胞、テラトーマの残存サンプルです。
STAP細胞は長期の自己複製能がないので、細胞として残ってません。
幹細胞は、ESが混じったおかげで、細胞サンプルとして残存できた!?です。
STAPチップセックサンプルは、STAP細胞をどのように処理したかは不明です。

DNAは検査は塩基種類を決めればよいので、信頼性や再現性が高いです。
2種細胞のDNAが混じったサンプルであれば、もはや、mRNA解析しても意味がないでしょう。




ため息さん、あなたが以下のような事を書けば書くほど、STAP事件を思い出す人が増えてきてしまいますよ。

>桂調査委員会報告書を読んだ上で「論文疑義の全責任を筆頭著者が負う事になったと考える人」は学とみ子だけですね。理解し難い方がいるようですな。
>桂調査委員会報告書p30に「作製後の解析を行ったのも大部分が小保方氏だが、その実験記録もほとんど存在しない」とあることから、”解析”には実験行為をも含んでいるのが明らかです

>他のテクニシャンにしろ実験協力者なり他の方が手足を使って得たデータを筆頭著者が分析し作図した結果で、・・・

”解析”には、実験行為を含むことも、含まないこともあるというように、一般人が言葉のトリックに気づくことがあります。わざわざ、疑問を持つ一般人を増やす方向へ、ため息さんは誘導してますよ。
他の研究者たちの実験のために、小保方氏はSTAP細胞を作っていたという事実を信じている一般人はいます。
「あの日」にも書いてあります。


ため息さんは、学者層の人と話をする機会があるでしょうけど、ため息さんとは本気でSTAP細胞について議論しないでしょうね。
もともと、専門家同士でも、公には、STAP細胞の実態には話をしないと思います。
だから、学者は、無言であり、非専門学者は、発言に慎重になるでしょうし、一部学者でトンチンカンな発言を言う人がいる位でしょう。
皆、学者層は、うっかりしたこと(本音の部分でもある)を言わないようにしてますね。

研究界は、スモールワールドですから、研究者層の人は、どこかでSTAP実験者たちや理研の画策グループの人たちとつながってますので、お互いに批判的な事は言えません。
事態は仲間たちの実験ミスの可能性ですからね。

桂報告書も書きたくなかったのでしょうが、科学の真実を伝えなければいけないと判断した学者たちがいたのです。
マスコミも含め一般人たちは、桂報告書の真意が読めず、学者層からの情報がもらえず、事件実態を修正できないままですね。



相変わらず、ため息さんの子どもっぽい発言ですね。

>桂調査委員会のSTAP細胞を否定した内容を聞いた殆どの科学者は納得できる結論だったとしていると思います。その証拠に以降、科学の場でSTAPについて議論されることはなくなってしまいましたね。誰も再現実験などやらないし。

誰も再現実験などやる訳ないでしょうが!
細胞を改変させることは大変なんですよ。

とにかく、ため息さんと、STAPの謎について、本気でしゃべる学者はいませんね。
ため息さんがESねつ造派の人であることはバレバレですから、相手の学者は話を合わせるだけでしょうね。
そんなうわべの扱いしか受けていないのに、ため息さんはそこを一度も気づくことがないのでしょう。
森さんが権力の地位について、周りが見えなかったのと、ため息さんは同じ状態です。





plusさん、久しぶりに登場したけど、SNP論が理解できないまま、STAP細胞の何が大事かすらわからないままね。

>藁をも掴んで自分を慰める壊れた楽器の人は相変わらずおめでたいおめでたい。

Ooboeさんの進化は目まぐるしいけど、plusさんの理解は進まないようですね。
独学でも、才能ある人は正道を極められるけど、plusさんのように、思いつきを科学と信じる図々しい人は正道を勉強しないのでしょうね。
つまみ食いで満足してしまうのでしょう。
いつも、自身は間違っているかも・・・と、小心に思わないとね。
小心者で頭の良い人は、今の時代、かなりの知識を獲得できると思います。
なにしろ、科学分野は、無料の勉強材料に溢れていますし、文学や社会問題のように、解釈が別れないしね。
科学分野は、わかったことか?わかってないことか?で、議論をする人たち同士の共通認識がありますから。

科学でも意見が分かれる事はあるというかもしれないけど、それは、まだ、人類の未知だからです。
わかったことについての科学は、誰とでも知識を共有できます。
老若男女問わず、語り合えます。
でも、わかってない人は相手にされません。

plusさん、早くSNP論をマスターして、そちらのグループから離れたらいかがですか?


ため息さんは、学とみ子の揚げ足を取ることしか考えないから、主語、述語の場所が明らかな文章すら読めないと騒ぎます。


>何をいっているのかわからない記事(魚拓)です。

学とみ子の言いたい事は以下です。

>>いろいろな推論はできますが、桂委員会もSTAP実験者も、故意の問題行為は無かったと考えた方がより真実に近くなる。

ここに、主語の[学とみ子は]、最後、述語の [考えます]がはいってるだけの文章です。良い文章では無いですが、意味は通じます。そもそも、学とみ子自身で気づいて、本文のように書き直してます。

意地悪な教官は、相手を理解してあげたい!と思わないで、けなしたい!いかにけなすか と思ってしまうのです。科学で対抗できないから、こんなに姑息的に、学とみ子否定をするようです。

ため息さんは、以下の文章をコピーしてますが、この文章を学とみ子は読み返して、すでに自身で書き直してます。主語[学とみ子]を後に持っていって、述語の前に置いてます。ため息さんは、学とみ子が書くと、すぐコピーするんでしょうね。そして、けなす。この方、学とみ子をけなすために全神経を集中させてます。以下は、学とみ子自身で書き直す前のバージョンです。

>>いろいろな推論はできますが、学とみ子は、桂委員会もSTAP実験者も、故意の問題行為は無かったと考えた方がより真実に近くなると考えます。



以下のplusさんのコメントも、plusさんの無知を余すところなく伝えてます。この方、全く進歩してないです。自身がわかってる人だと思い込んでしまうのでしょう。


>まあ壊れた楽器さんにものの道理を語っても意味がないようですな。

Ooboeさんの科学力は、すでにダメplusさんを越えてます。plusさんは、笹井先生がSTAPの何を自らで観察したのか知らないのです。MEK JAK実験の材料となったSTAP細胞の状態も、知らないのです。初歩的でも科学知識を必要とする問題点には、plusさんは科学的コメントできません。
plusさんは知らないのだから、コメントできるわけありません。

plusさんです。
>笹井氏の発言に意味があるのは、笹井氏が聞いていた通りの実験が行われていた場合だけなんですな。
一言居士氏の言う通り、サイエンスの査読者が指摘したように、ESまたはESとTSの混ざり物ではないと証明するためにJAK、MEK阻害剤を添加して見せてるわけですが、この実験は同じ細胞にそれぞれを添加した場合だけ意味があるのですな。

それぞれの実験では、誰がどの状況で実験したのか?plusさんは全く把握できません。基礎知識が無いですから、虚勢で勝負の方です。SNP理論も自身であみだします。ここを反省してほしいです。

ここのブログでも、ネーチャー査読でのMEK JAK実験について、一言居士さんと議論になってたのですが、plusさんはフォローしてないです。


大事な論文部分のコピペです。
JAKi
However, as Fgf4-induced stem cells lay between STAP stem cells and trophoblast stem cells in the dendrogram, the possibility of contamination of STAP stem cells in the Fgf4-induced stem-cell population cannot be ruled out. Previous studies have indicated that inner cell mass (ICM)-type pluripotent cells can be removed from culture by treating the culture with a JAK inhibitor <16>(Extended Data Fig. 5a, b). In contrast, the JAK inhibitor treatment had no substantial effect on Oct4-GFP expression in Fgf4-induced stem-cell culture (Extended Data Fig. 5c, d; see Extended Data Fig. 5e, f for control). Expression of neither pluripotency markers (Fig. 2j) nor trophoblast markers (Fig. 2k) was substantially affected, indicating that pluripotency marker expression is unlikely to reflect contaminating STAP stem cells (ICM-type). Consistent with this idea, Fgf4-induced stem cells that were strongly positive for the trophoblast marker Itga7 (a surface marker for trophoblasts but not ES cells) also expressed high levels of Oct4-GFP (Extended Data Fig. 5g).


MEKです。
To confirm further that Fgf4-induced stem cells with a trophoblast-like nature were converted into ES-like cells, rather than just selecting ES-like cells pre-existing in the Fgf4-induced stem cell culture, we examined the effect of the MEK inhibitor PD0325901 on the ES-like cell generation from Fgf4-induced stem cells. Like trophoblast stem cells, Fgf4-induced stem-cell survival is dependent on FGF–MEK signals, and the inhibition of MEK activity caused massive cell death (Extended Data Fig. 6c). However, PD0325901 is also known to be a main effector in 2i medium[17] and to promote ES cell maintenance. Addition of PD0325901 to LIF+FBS-containing medium strongly inhibited the formation of ES-like colonies from Fgf4-induced stem cells (Fig. 3e, left, and Fig. 3f). This inhibition was unlikely to be due to secondary toxic effects from massive cell death of Fgf4-induced stem cells, as colonies formed in the presence of PD0325901 when ES cells were co-plated in the same culture with Fgf4-induced stem cells (Fig. 3e, right, and Fig. 3f).

このMEKiの実験 JAKiの実験で使われたFIは、OctーGFPのFI細胞です。


このMEKiの実験 JAKiの実験で使われたFIは、OctーGFPのFI細胞です。
JAKiの実験結果はESでないということでよいのですが、このFI細胞のMEKiの実験は、TS様の反応をしています。
FI細胞は、LIFでもFgf4でも生存し、かつ、細胞の遺伝子発現が変わります。
FI細胞は、MEKシグナルに依存しているのですが、こういうところでどのような推論が可能か?は、素人には難しい。
いろいろこの分野の論文を読んでいくとわかるとは思いますが・・、少し古い論文の方が書かれているかも・・。
MEKiに対する一般的なTSの反応に比較し、FI細胞はどのような状態か?に、プロのアドバイスが欲しいところです。

多能性を秘めて無限増殖(自己複製能でFIは30代まで確認)する細胞の作出は難しいと思うのですが、遺伝子制御の変化したES細胞があったとの推論はあり得ると思います。
しかし、細胞としての再現性がどうなのでしょうか?
結局、OctーGFPのFI細胞は、TS様の遺伝子発現もする特殊なES細胞(129/GFP ES?)だったのでしょうか?

遺伝子制御、シグナル伝達系が特殊に機能するESであれば、こうしたことがありますかね?
しかし、細胞なので、その状態で留まらず、さらに変化してしたかもしれません。

TS細胞というのは、分化したことがない受精卵由来細胞を、人工培地にて調整したものですから、それ以外の細胞からTS様になった細胞があったとしても、細胞はそのままTS様を維持できるのでしょうか?
調べるたびに、細胞の遺伝子制御が変化してしまうのかもしれません。
129/GFP ESは無限に増えるESですから、これで調べるとどうなるか?でしょう。
129/GFP ESが、捨てられてなくても、もう、違う細胞になってしまっているかもしれませんし・・・。
FES1は、今も使われているでしょうから、凍結融解の影響を受けているでしょう。

これがESではないとの他者の主張もありますが、FES1がESなら、そこはないかな?
もし、誰かが血のついた包丁を置いたと言うなら、その誰かが置いたのはESでなければならないでしょう。
まあ、謎として残しておきましょう。


あるいは、桂調査委員会の調べた以外に、OctーGFPのFI細胞もあったという可能性もありますね。
これだと、酸浴刺激をうけた分化細胞が、分化したことがない受精卵由来細胞状態へと変化したとのストリーになりますが、FI細胞作成までの細胞が特殊な状態にあったとの条件に限定されるかもしれません。



FI-SC3は、Oct-GFPB6ホモに1割に別細胞が混じっていた。そして、桂報告書は、論文の記載や公共データベースに登録時の記載とは異なると言っている。むしろここから、小保方氏の意図的な捏造では無いと桂報告書は書いたのだろう。

なぜ、理研がそう判断したかが重要である。実験時の状況から、個人の捏造ではなく、実験者が気づかないミスがあったと理研は判断しただろう。そして、小保方氏はFI実験には関わっていないとも、桂報告書の判断があったのだろう。これは、実際に調査に当たった理研内の学者たちの判断である。

しかし、理研には、この裁定に満足できない学者たち(偉い人もいたかも)もいたので、そこに配慮して、桂報告書には印象操作用の文章が入ったのだろう。





臨床的には、MEK阻害剤は、抗ガン作用を発揮するようである。

以下は、その効能のコピペである。青字

2016年5月31日、抗悪性腫瘍薬トラメチニブ(商品名メキニスト錠0.5mg、同錠2mg)が発売された。・・トラメチニブはBRAF阻害薬であるダブラフェニブ(タフィンラー)との併用療法を行うことになっている。

 ・・・
 近年になり、新しい作用機序を有したヒト型モノクローナル抗体である抗PD-1抗体ニボルマブ(オプジーボ)と抗CTLA-4抗体イピリムマブ(ヤーボイ)、BRAF阻害薬ベムラフェニブ(ゼルボラフ)などの分子標的治療薬が臨床使用されるようになった。なお、同じくBRAF阻害薬であるダブラフェニブもトラメチニブと同時に発売となった。

 種々の癌細胞の分化・増殖において重要なシグナル伝達経路であるマイトジェン活性化プロテインキナーゼ(MAPK)経路中の因子の1つにBRAFがある。BRAFは癌原遺伝子で、600番目のコドンに変異を有するBRAF(BRAF V600E)遺伝子変異は、悪性黒色腫の約50%に認められている。また、腫瘍の進行時にはBRAF V600E遺伝子変異によりMAPK経路が恒常的に活性化され、下流の細胞外シグナル調節キナーゼ(ERK)およびマイトジェン活性化細胞外シグナル関連キナーゼ(MEK)を活性化することで、細胞に異常増殖などを引き起こすと考えられている。

 トラメチニブは、MAPK経路のMEK1とMEK2の活性化およびキナーゼ活性を阻害するMEK阻害薬である。BRAF阻害薬と併用投与すると、単剤投与と比較して強力な腫瘍縮小効果が得られる。さらにBRAF阻害薬の耐性獲得にMAPK経路の再活性化の関与が示唆されていることからも、併用によってBRAF阻害薬に対する耐性獲得を抑制することで抗腫瘍効果が持続すると期待されている。・・ダブラフェニブ・トラメチニブ併用療法とBRAF阻害薬ベムラフェニブ単独投与とを比較した海外の試験(第3相臨床試験)にて、同併用療法の有効性と安全性が確認された。ダブラフェニブ・トラメチニブ併用療法は2014年1月に米国で承認されて以降、2015年9月までにオーストリア、カナダなど計34カ国で承認されている。日本では2015年4月に、ダブラフェニブおよびトラメチニブがともに希少疾病用医薬品に指定されている。



JAK阻害剤は、リウマチの抗炎症薬として臨床薬がある。




臨床薬とは離れて、丹羽先生の書かれた、ESにおいてのシグナル伝達についての日本語の文章があった。

遺伝子を欠損させたりすると、分化能、自己複製能が変化してくることから、遺伝子構造の条件で細胞反応が変わることがわかる。細胞は個々に顔つきが違うことが理解できる。

>マウスEpiSCの増殖はLIFには依存せず,マウスES細胞においてLIFシグナルの入力にかかわる転写因子であるKlf4やTbx3も発現していない.一方,Nanogは発現しているが,その発現はEpiSCの自己複製に必要な液性タンパク質であるアクチビンのシグナルにより制御されていることが示されている.しかし最近,Nanogを欠損したEpiSCが樹立されたので,マウスES細胞と同様に,Nanogの機能はEpiSCにおける多能性の維持にも必須ではないといえる.







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