時々、過去の議論に戻ってみる。ES細胞の専門家の丹羽先生の文章の重みの大きさ。

STAP議論において、専門家の書き込みというのは、いつでも示唆に富むものである。
今も、STAP事件に興味を感じて、細胞を学ぼうとしている人たちはいるだろう。

人々のSTAP理解が進むと、当時、専門家たちが何を言おうとしていたのか?について人々の理解が深まる。
そこで、少し立ち戻って、かつて、専門家たちはどのようなコメントを残したのかを思いだしてみよう。


専門家たちは、STAP細胞について、一般社会へメッセージを発信することを止めてしまった。
STAP事件においては、今や、専門学者たちは、多くの書き込みを中止している。
STAP細胞ねつ造説に疑問を感じる一般人たちは、専門家から意見をもらう手段が無くなったのである。


そうした背景を考察するのは、社会科学的アプローチがある。
社会学的に、STAP事件にアプローチしようとする人もいると思うが、いづれにしろ細胞理解は重要である。

STAP疑惑に興味を持つ社会学者が出てきて、社会的現象としてのSTAP疑惑を考察してくれたらなあと思う。
当ブログでは、初期の頃の、STAP批判論にたちもどってみよう。

当初の専門家たちの書き込みは、STAP細胞の存在に批判的なものが多い。
STAP細胞は本当にできたのか?
分化細胞が、本当にES並みになったのか?

これらは、本来に、純粋な学問的議論であったはずだ。
悲しいことに、それが、ESねつ造説に利用されてしまったのである。

”分化細胞が、本当にES並みになったのか?”に関しては、学問的見地から否定的な学者が多かった。
STAPは本当にあるのか?と疑問を呈した有名学者に、京都大の本庶先生、また、慶応大学の吉村先生がいる。
彼らの考察では、”酸浴程度の一過性の刺激では、一旦分化した細胞は巻き戻らないだろう”との推論になるのだ。

「もし、本当に分化細胞が酸浴刺激で巻き戻ったとするなら、STAP細胞由来のキメラマウスの体細胞からTCRを証明せよ!」
との、本庶先生、吉村先生の主張であった。

小保方氏が発見したのは、酸浴刺激で分化細胞から初期化蛋白の合成が起き、三胚葉に分化する現象であった。
彼女の頭の中は、その現象が真実であると訴えることで一杯であった。
小保方氏の手によって、異なる細胞種を用いた場合でも、その現象を確実に何度も確かめることができたからだ。
”キメラにTCRが無ければいけない!”は、小保方氏のカバーできるテリトリーではなかった。


つまり、世の中の専門家たちは、小保方氏の予測より、遥かに高度の要求をしていたのである。
キメラマウスからTCRが出なければ、STAP細胞は分化細胞から初期化したとは言えないとなってしまった。
さらに、最悪なことに、TCRが証明できないことが、STAP細胞はねつ造であるとの議論にすり替えられていったのである。

そうした方向へ、人心を誘導したのは、ESねつ造説を画策していた学者層であるし、その学者層から情報を入れていたマスコミ人たちであった。

よくわかっていない人たちによって、STAP細胞はボロボロにされてしまったのである。
STAP疑惑の中核であるキメラ、幹細胞への疑惑が、すべて筆頭著者の責任に転嫁されてしまった。


専門家たちがより厳密な要求をしたことは、本来、純粋に学問的な要求であったにもかかわらず、画策者たちとマスコミによって、小保方ESねつ造説へと、利用されていった。

細胞を学ぼうとする人であれば、そのすり替え過程の問題点がわかるようになる。
細胞を学びたいと思わない人であれば、こうした地味な部分には興味がないのである。
細胞を学びたいと思わない人の興味があるのは、新人女性研究者が見かけによらずねつ造していた!である。
興味本位以外の何者でもない単なる邪推である。

本来なら、キメラマウスや幹細胞からTCRが出なければいけないのに、実際には出ていないだから”ごまかし”であると、マスコミはESねつ造説につなげていったのである。



iPS作製法においても、化学物質による初期化細胞誘導法においても、成功させることが難しい事を、専門家たちは知っている。
分化細胞の染色体は DNA、RNAおよびタンパク質により構成され複合体構造である。
高度に凝縮したヘテロクロマチン構造が、染色体維持に深く関わり、ヒストンの翻訳後修飾や、非翻訳 RNA 分子などがからみついている。
一発刺激で解きほぐすことは難しい。
核構造を解きほぐしていくためには、細胞培養が必要だ。細胞分裂が繰り返されることによって蛋白やらのからみついた構造物が減少していく過程が必要である。
専門家は1回の作業で、細胞初期化は可能ではないと考えたようだ。

従来からの科学的知識を持つ人であれば、”酸浴刺激のみで細胞初期化は無理だろう”との推論になる。
そうした推論が、京都大の本庶先生、また、慶応大学の吉村先生から発っせられたのである。

この問題を考える時に大事なのは、本庶先生、吉村先生の説明の主旨は、ESねつ造説とは別の視点にあることである。
別の視点であることがわかるためには、細胞学、ES細胞について十分の勉強を積む必要があるということだ。

STAP細胞について、勉強中の人は、ぜひ、以下の2氏の主張の真意を理解することに努めて欲しい。
2氏は、キメラが出来たという事をふまえて、筆頭著者に厳しい高いハードルを要求をしているのである。

しかし、高いハードルであることがわからない素人たちによって、”ESねつ造説には証拠があるんだ”!に使われたのである。

以下の英文は、丹羽先生による有名なフレーズだが、特に下線の部分が大事である。
つまり、TCR再構成が完成している成熟T細胞のように最終分化した細胞において、conversion processは難しいと考えるとの推論である。
高度に分化したT細胞は、細胞転換をしないであろうとの意味である。
最終分化したT細胞は、特異的な抗原が存在しない環境では生存しないのである。
T細胞は特異的な抗原刺激がないところでは増殖しない。
1個1個ごとの役割分担が決まっているのである。
脾臓には、もっともっと柔軟に変化しうる細胞が多種存在しているはずである。

つまり、この部分は、学者同士の推論と推論のぶつかり合いである。
答えのまだない科学の謎を議論する専門家たちの間では、ES細胞の専門家である丹羽先生のコメントの重みが大きいのである。新生児マウスにおいては、体全ての体細胞の初期化ポテンシャルの柔軟性が高いと丹羽先生は言っている。細胞自体が違うのである。新生児マウスは、これから体を作っていく命運下にある。




以下の2014年の記事は、慶応大学吉村氏のコメントである。
タイトルは、万能細胞STAP幹細胞について吉村昭彦慶大教授が疑問投げかける


<吉村昭彦慶大教授の疑問>
吉村昭彦氏:1958年生、1986年京都大学理学博士、2008年4月より慶應義塾大学医学部教授(専門:免疫制御)
3/5ついに理研よりプロトコールが開示された。私には何処が『コツ』なのかわからなかったが、重大な記述があった。TCRについての記述である。
(3月5日の理研の発表では、ネイチャー向けも兼ねており英語バァージョンでしか発表されていない)

We have established multiple STAP stem cell lines from STAP cells derived from CD45+ haematopoietic cells. Of eight clones examined, none contained the rearranged TCR allele, suggesting the possibility of negative cell-type-dependent bias (including maturation of the cell of origin for STAP cells to give rise to STAP stem cells in the conversion process. This may be relevant to the fact that STAP cell conversion was less efficient when non-neonatal cells were used as somatic cells of origin in the current protocol.

STAP幹細胞にはTCR再構成のあとはありません。予想はしていたけれどこれは(少なくとも私にとっては)衝撃的だ。これは論文のabstractの”induction”説を否定して結局cell-type-dependent=selection説を肯定するものではないか?少なくとも終末分化した細胞のリプログラミングに成功したとは結論できないのではないか。selectionであっても何らかの細胞からマウスにまでなる幹細胞を生み出したことは画期的なのかもしれない。だから西川先生はTCRデータを『重要とは思っていないのでしょう』と回答されたのだろう。ともかくも私の疑問は解消された。T細胞(somatic cell)は酸処理くらいでは(増殖可能な)万能細胞にはなれません。それってやっぱりselectionを示唆しているのでは?

・・・
追記)STAP細胞とSTAP幹細胞は違ってもよいのでは?とご指摘を受けた。確かにSTAP細胞のほうはまだわからない。しかし私の関心は増殖できないSTAP細胞ではなく応用可能なSTAP幹細胞。免疫分野の者なので『分化したT細胞が酸処理で増殖可能で多能性を有するiPSやESのような幹細胞になるのか』により関心があった。増えてくれないことには医療応用できないと思う。答えはNoと明確に示された。一方STAP細胞は試験管内では増殖しにくいが胚盤胞へinjectionするとマウスや胎盤になる。STAP細胞の一部はT細胞由来でそのなかに様々な組織になりうる細胞はあるかもしれない。つまり『分化したT細胞が酸処理で(胚盤胞にinjectionすると)胎盤にまでなれる万能性を有するSTAP細胞になった』可能性はもちろん残る。これを結論づけるにはキメラのTCR解析の結果を知りたいものだが、しかしD2J2のプライマーでPCRを行う程度の検出の信頼性では、受精卵由来の細胞の影響(ノイズ)があって筆者らの方法の精度では結論を出す事は難しい。明確な結論を出すには4Nやキメラの子孫で確認するべきと思う。キメラの子孫のT細胞はすべて単一TCRβを発現するはずなので(少なくともβ鎖は。αはちょっと違う。)検出はFACSで容易にできる。あ、FACSは苦手だったか(座布団一枚ください)。

クローン8個程度の解析では数が少ないかもしれないという議論はなりたつが、ともかくずっと気になっていたこと『STAP幹細胞はT細胞由来か?』が著者側から明確に回答されたので私自身は納得です。

追記2)上記英文ではCD45+細胞から造ったSTAP幹細胞を8クローン調べたとなっているがT細胞分画由来のSTAP幹細胞の間違いではないかと思う。T細胞は血球細胞の多くて10%くらい(新生児は知らない)なものなのでわざわざ8個のクローン程度でTCRを調べ、それについてコメントしたからにはT細胞分画由来STAP幹細胞を調べたものと解釈したい。論文ではCD45+なのかT細胞(リンパ球?)なのかよくわからない箇所があるので筆者も混乱しているのではないかと思う。もし全血球由来STAP幹細胞8クローンではTCR再構成がなかった、ということなら、今回の検証では『T細胞がSTAP幹細胞になったという証拠は得られなかったが、数を増やせば出てくる可能性はあるかもしれない』程度しか結論できない。積極的にpossibility of negative cell-type-dependent bias と言うからには出発はT細胞であると推測する。丹羽先生が不確かなことを言うはずがない。

上記はよく考えたらSTAP-clusterが細胞数100くらいと考えるとつじつまがあうのか。スタートはCD45+でもよいのかもしれない。10%T細胞が含まれるとして、そのクラスターから得たSTAP幹細胞にはT細胞由来がない。これなら8個のクローンであっても母数が大きいのでだいぶ信頼できるだろう。結論は同じで『T細胞はSTAP幹細胞になれない』。それでも確実なことを言うためにはT 分画由来のSTAP細胞からSTAP幹細胞を誘導したほうがよいにこしたことはない。

・・・
追記4)同様のことを何人かがおっしゃっている。『STAP細胞TCR再構成は無かったという話の衝撃』『STAP細胞の非現実性について』勝手ながら引用させていただく。特に後者のかたはデータベースに登録されたSTAP細胞のDNA配列情報からSTAP細胞もTCR再構成の痕跡が無いと言われている。もしそれが本当なら明らかに論文のPCRの図と矛盾する。はやり組織幹細胞か何かをみていたのか?そうするとinduction説はますます弱くなる。

追記5)今朝のニュースでは『小保方氏再現実験に成功』と出ていた。STAP細胞はできるのだろう。そのオリジンは(すくなともSTAP幹細胞は)T細胞ではない。では何なのだろうか?もしそれがわかればさらに大発見だろう。

追記6)また頻繁にサーバーがダウンする。私の言っている程度のことは論文と今回のプロトコールに書かれたことから当然推論される程度のことで大それた憶測や秘蔵ネタを披露している訳ではない。よくよく論文を見直すとT細胞分画由来のSTAP細胞からはマウスは作製されていないように思える。CD45+分画から造られたSTAP細胞由来のキメラであれば、調べてもT細胞の存在確率から言ってその子孫でTCR再構成が見られる可能性は低いのではないか。これでは議論しようがない。免疫関係の疑問には一応の結論が得られたのでSTAPネタはこれで終わりにしたい。


上記の吉村先生の問題点は、論文に書かれていない事を勝手に想像している点だ。T細胞を酸浴したなんて、どこにも書いてない。T細胞が変換しにくい事を吉村先生は知ってる。それをきちんと素人向け解説をせず、疑惑のみ投げつけた事だ。

ES捏造画策学者たちは、TCRを知らない人が多くいた。
吉村先生自身は、TCRが無いことを自身で納得したが、それを誰にもわかるように説明しないまま、議論から徹底した。
こうした出来事が重なったのは、STAP論文著者にとって、とても不幸なことであった。







本庶先生も、TCRが証明されなければ、STAP細胞は本物ではないというニュアンスで解説をされています。紫字
www.mbsj.jp/admins/committee/ethics/20140704/20140709

質問2
簡単な刺激で STAP 細胞を作ることができたというネイチャーに発表された論文を
読んでその科学的根拠に納得しましたか。
答え2
論文に記されたことが全て事実として読み、STAP 細胞が「選択」ではな
くて「変換」で生じたということが科学的に証明されているかに注目しました。
STAP(未分化)細胞に分化細胞に存在する特別な目印がそのまま見つかれば「変
換」を証明することができます。通常細胞が分化状態を変えるときには、性質が変
わりますから、その過程でも変化しない目印は非常に限られています。著者たちは
T 細胞(免疫細胞)では細胞ごとに T 細胞受容体遺伝子の異なる組換えが起こるこ
とを利用し、この遺伝子組換えが STAP 細胞にそのまま保持されるかどうかを見る2
実験を行いました。この目印が STAP 細胞に残っていることを示せば、STAP 細胞が
分化細胞由来であることが証明されます。更に、その STAP 細胞の万能性の最も確
実な証拠は、STAP 細胞とそれから生まれたネズミの体の細胞が同じパターンの組
換え遺伝子を持つという証明です。
ところが、この論文の中のデータでは、刺激で生じた STAP 細胞を含む細胞集団の
中に T 細胞受容体遺伝子が組換えを起こした(つまり
分化した)T 細胞が混在していることしか示されていません。STAP 細胞から再分化
させた奇形腫やネズミの細胞中の T 細胞受容体遺伝子の解析データが示されており
ません。不思議なことに方法を記載した部分にはこの実験を行ったと書いてありますがそのデータがありません。このような不完全なデータと論理構成の不備は論文を読めば、すぐに判断できます。簡単に言いますと、私は物理的刺激や酸にさらすことによって分化した細胞が STAP 細胞に変換し、それからネズミが生じたという科学的根拠がこの論文中には提示されていないと考えました。








追記
当ブログでは、過去に何度もこのTCR問題で議論しています。
このTCRについて、マスコミ(古田彩氏)はどのように評価したのか?については、以下を読むと参考になります。
過去において、当ブログは、ため息ブログメンバーの書き込みを参考に、以下の記事をかいています。2018/12/01

古田彩氏が、『STAP戦争:謎の”万能細胞”の正体究明に挑んだ研究者たちの300日』というタイトルで講演

ため息ブログからの情報提供です。

古田彩氏が、慶應大学で塾生向けに『STAP戦争:謎の”万能細胞”の正体究明に挑んだ研究者たちの300日』というタイトルで講演(http://www2.st.keio.ac.jp/koza/img/poster57b.pdf)されました。

古田彩氏の文章を読んで、学とみ子が当ブログで、以下の反論を書いています。
当時、撤回はレターが先に考慮されていたことを古田氏は取り上げて、それが策略であるのでは?と書いています。
この憶測は、ひどい見当外れです。
レター論文は、アーティクル論文がねつ造なら、必然的に存在できませんから、レター論文が先に撤回されておかしなことはありません。
古田氏はそのように考えてません。
遠藤氏の論文を無力化するための対策だったというのです。
古田氏に、遠藤氏のNGS解析を無力化させるためにレター論文を先にしたなどとの憶測がなぜ生まれるのか不思議です。
アーテイクル論文に書かれた事を受けて、レター論文に続く論文体裁を、古田氏は理解できていないのです。
それを本気にするため息氏にもびっくりです。

小保方氏がこの古田文章を読めば、多くの反論をすぐに書き綴れてしまうような内容でしょう。
小保方氏は、この文章を元に、「あの日」第二バージョンを書いても良いのではないでしょうか?
その位、この講演内容は、マスコミの誤解が良く書かれています。



今、STAP細胞を学びつつある人にために、当ブログにおけるTCR議論部分を紹介します。

狸氏のブログからです。
本庶佑先生による『STAP 論文問題私はこう考える』。
2018/11/20

リンクした当ブログ記事を読み直してほしいのだが、狸氏の問題点は、以下の文章である。
なぜ、(狸さんは)そんなデタラメを書くの?と、当ブログは言いたい。

狸氏の記事最後の文章です。茶字
>Nature論文には「STAP細胞についてTCR再構成について調べた結果、再構成は見られた」と書かれている。 Nature の査読者は同じ論文にそのSTAP細胞から作られた「キメラマウスの細胞についてもTCR再構成について調べた」と書いてあるので、てっきり「キメラマウスでも再構成が見られた」と勘違いしたのではないか。Nature の査読者にそう勘違いさせるには「キメラマウスの細胞についてTCR再構成について調べた」と書くことが必要だ、笹井さんはそう思ったのである。


学とみ子の主張は以下である。
プロの査読者は、論文の本文のみならず図表をしっかり見る。
プロの査読者は、キメラはT細胞からできたことは証明されていないことはすぐわかる。
言葉ひとつでプロはだまされたりしない。
査読者をだましたり、編集部をだましたりはできない。

しかし、TCRが何なのか?わからない人には、学とみ子の反論はちんぷんかんぷんであろう。
多くの一般人がSTAP論文中の馴染みのない言葉にとまどった。多少の勉強をしても、一般人が理解するのは難しい。しかし、まともな一般人は、一般人なりの正しい評価をする。

TCR有無論は、ESねつ造とは違う次元の科学的議論であることすら、一般人にはわからないのである。しかし、わからない事を自覚でき、学び始める人がいる。

驚くべき事だが、世の中には自信過剰な人がいて、わからないことでもわかったふりをする人がいる。
そうした人たちは必ずいるし、そのタイプの人たちとの議論は無駄である。

まともな人同士なら、おたがいに議論が衝突した時、お互いに主張したいことは、STAP論文に戻っての議論になる。
しかし、そうした努力をため息ブログメンバーはしようとしない。
ため息さんが、STAP論文の英語をコピペして、それを引用しながら自論を説明したことはほとんどない。
ため息さん自身の思いこみを、ただ声高に叫ぶのみである。

一方、一言居士さんは、ひとつひとつ丁寧に論文文章、図表を引用して、自問自答をくりかえしている。
本来、一般人がSTAP論文を学ぼうとする時に、まず、自身がどの位理解したかを自問自答する必要がある。
自身が正しく理解できているかを、議論する相手に知らしめる必要がある。
ネット議論においては、相手の理解の程度がわかりにくいからである。

丁寧に論文に戻って持論の説明をする人は、ため息ブログメンバーにはいない。
ため息ブログ主からして、議論相手に対し、そうしたエチケットをする気がないのだ。
自らの学びをオープンにする気がないのだ。わからない疑問を披露せず、分かっている振りをする。

ため息さんも、自身が細胞を語れるしかるべき学者であるかのように振る舞う。それを真似て、メンバーたちも、学者面をする。しかし、誰も真の議論が出来ない。論文引用が出来ない。

ため息ブログメンバーは、科学を学ぶ上での疑問も葛藤も感じず、わかったふりのできる人たちである。自らの抱える疑問をさらしたりもしない。自身の言葉で、議論相手に質問をしたりが出来ない。ため息ブログメンバーが発する言葉は一方通行だ。私(ため息ブログ主及びメンバー)は正しい。お前は間違っている!答えろ!のパターンのみだ。こんなことで、ため息ブログメンバーが専門家集団であると、誰も思わないが、彼らは自覚出来ない。専門家として何もやれてないとの自覚がため息ブログに無い。

STAP論文は、全て否定された!そこに書かれた全てが虚構と扱うというのが、ため息さんの主張だ。こうすることで、ため息さんは、自らの無知と無策を避ける。
この奇妙な行動パターンから、いつになったら彼らは脱するのだろう。

このタイプの人は、自省ができないので、新しい事を自力で学ぶことは難しいと思う。これから細胞を学ぼうとする人にとっても、ため息ブログメンバーの言動は、デタラメの見本として参考になるだろう。わからない事を自覚できなければ、自習を進める事が出来ない。

ため息ブログメンバーは、自身が専門家であるとの陳腐なパフォーマンスを相も変わらず続けている。ブログ主のため息さんが学者であると主張したいなら、以下のような下品でおちょくりコメントは排除しなければならないはずだ。

>学とみ子さん、吉村氏の述べていることの意味がわかりましたか?

STAP細胞を学びつつある人たちは、こうしたわかった振りをする素人たちによって、STAP細胞が潰された経緯を知る事ができるだろう。

実際に実験に携わった人たちは黙っている!
実験に携わった本人たちでなく、周りの関係者たちは、小保方氏以外の人を疑惑から解放するために活動する。

研究周りの人たちの一部は、小保方氏が捏造したのは間違えないとして活動する。

理研関係者、国の調査機関に属する人で、捏造間違い無いと最初に言ってしまった人は、責任上、あくまでメンツにこだわる。

STAP論文を読んだ気分、桂報告書を理解できたと感じる素人自信家が、わかった振りの活動をする。

STAP細胞には不明な事が多くあり、誰も答が出せない謎を、自信家素人は理解しない。わかった振りをする事が習慣になってる自信家素人がいる。無知を自覚できずデタラメをエラソに書く自信家がいる。やはり、特殊キャラだ。普通の人はしない。

桂報告書は、見解が異なる専門家同士のバトルの結果である事実を、自信家素人には読み取れない。

こうした立場の異なる専門家たちと自信家特殊キャラ素人たちが今も、ES捏造論の維持に努める。



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