なぜ、論文で紹介されたSTAP細胞は、ES細胞由来と考えるのか?

大事な議論だと思うので、こちらの新記事としました。
一見居士さんとの議論です。
すみません。わかりにくいので少し変えています。

一研究者の意見ブログです。

1711. 一言居士 2021年05月16日 07:39
>FES1はどうしたんですか。桂報告書はFES1だと言ってるんですよ。

FES1とFES1由来細胞を厳密に分けている人、分けていない人が、桂報告書の書き手にいます。
SNP解析を説明した人は、FES1とFES1由来細胞を厳密に分けています。

ところが、キメラやテラトーマの調査では、NGS解析していないので、そこまでの精度がありません。
ここでは、桂報告書では、FES1と言っています。

FES1とFES1由来細胞を厳密に分けていない人が桂報告書を書いているので、読む人は混乱します。
本来なら、FES1由来細胞というべきところを、FES1と書いています。
まあ、混乱させたい人が、意識的にこうした書き方をしたのかもしれませんが、とてもわかりにくい思います。
桂報告書の書き手は、FES1とFES1由来細胞を区別できない人だったのか?と思いますけど・・・。
いづれにしろ、読む方は、素人なので混乱します。

専門家は、すぐ気づくと思いますけど、専門家は発言しないのですよね。

桂報告書の複数の書き手の中には、印象操作を熱心にした人がいますよ。
酸浴後day7までしか、ESを混ぜられるチャンスがないと印象操作してますよね。
実際には、day7以後も、STAPは培養が継続されています。

しかし、BCA論文には、ESコンタミが説明してあるだけです。
ここに、”day7までが、ESコンタミがおきるリスクがあった”なんて文章を載せようものなら、世界の笑いものになります。

事故コンタミ説は、専門家ならまず考えるESコンタミ理由でしょうから、将来、学とみ子を支持してくれる人が現れることに期待しています。
又、将来、どなたか専門者が、事故コンタミ説を明快に否定できる根拠を示してくれたら、学とみ子は事故コンタミ説を撤回します。



>FLS=CTS=129/GFP ES=FES1だと言ってる。FES1が事故解凍するなんてことはないでしょ。
しかも、これを京都大学から山梨大学に取り寄せて、東北大、東大、理研に持ち込んだのは若山さんなんですよ。



FES1と FES1由来細胞(129/GFP ES) の違いを、一言居士さんにわかってもらいたいと思います。

むしろ、FES1とFES2がなぜ、これだけ遺伝子構造が違うのか?ということも、検討する必要があると思います。早くから、和モガさんが問題点を指摘したところです。
在米ポスドクさんの説明では十分でないと、一言居士さんも思いますよね。

理研調査チームのSNP解析結果は、FES1とFES2の違いへの疑問を提起しています。
若山研究室や、太田氏に疑問をつきつけていると思います。
この状況から、理研調査チームSNP解析班は、小保方氏側が反論するチャンスを提供していると思うのですが・・・。



1714. 一言居士さん 2021年05月16日 08:20
>あなたどうして<ゆるみにくく固くなっている>と決めつけているんですか。キメラ実験は別として、小保方さんの細胞が何であったかは誰もそれ以上調べていませんよ。


酸浴で核構造が変化したことは、専門家も認めると思うのです。
しかし、キメラマウスの一部として細胞として機能するようになると、専門家は思わなかったであろうと、学とみ子は想像します。
だからこそ、科学界からあんなに大きな反論が起きたと思うのです。

それまで(2014年)の常識では、すでに分化した細胞が、遺伝子導入をせずに、生きた動物で機能する細胞に変化するということは考えられないとされていたと思うのですよね。
iPS作出は、大変な努力して、細胞を改変させなければならないと、研究者は思っていましたから。
ですから、注入法でできず、凝集法ならできた!というのは、生物学の新たな発見だったと思います。

新しい現象には、必ず激しい反論がおきます。

胎生期に体内の一部にばらまかれた細胞が、局所で代替わりしながら、一生を生命をサポートすることがわかっていますが、こうした細胞現象は、発見された時は、とても注目されましたよね。

専門家たちは、一般人に向けて、熱心にES説を主張しました。
学とみ子もいろいろ言われましたよ。

しかし、専門家たちは社会においてES説が固まったら、その後は、社会に向けてのES混入の原因説明をする義務を、専門家たちは放棄したんですね。
今を生きるSTAP関連研究者たちにマイナスになってはいけないとの専門家同士の配慮だと思います。
さらに、ひも付き研究費がらみの関係ですよね。

そうした研究界からの配慮からはずれてしまった小保方氏は、孤独な戦いをするしかないのですが、いろいろな手を差し伸べてくれた専門家はいるのです。

たとえば、理研のSNP解析を担当した学者たちは、小保方氏が故意に混ぜたとは思っていないです。
このあたりの考え方については、一言居士さんとまだ合意はできないと思うのですが、大事なのはお互いの考え方を否定しないことではないでしょうか?

学とみ子のいう事を「嘘だ!」とか、一言居士さんは書くことがありますが、ぜひ、止めて欲しいです。
ため息さんの16日朝の延々としたコメントを読んでもわかると思うのですが、彼らは、命がけで救済活動をしているのです。

ブレーキとアクセルを踏み間違えるとか、囲碁でずるをする人の話とか、彼らはいくらでも集団で侮辱やら、印象操作やらをしてきます。
知識人の嫌みな面が全開してますね。

彼らは一言居士さんの言う通りの以下の人たちですよ。

一言居士さん 2021年05月15日 08:04

> 向こうの連中がどういう手合いなのかは事件を解明し終わって後の問題です。
①若山さんの身内
②文科省から依頼されている者
③雑誌社の関係者
④学会の中の不遇者
⑤野次馬



②文科省から依頼されている方もいますが、文科省の中の人もいますよね。職場の皆が、建前論のESねつ造派でいる職場って、文科省位でしょう?
お金をもらってという人は、SNSの経営者で、ESねつ造説を広めた人達とかではないですかね?
④学会の中の不遇者もいるでしょうが、政府と組んでCDB上層部に反旗を翻した科学者たちではないでしょうかね? 


STAP擁護論を潰そうとする科学者たち及びその関連者は百、千を超える数でいると思います。
STAP擁護論をお互いに潰し合うのは、手ごわい専門家たちに塩を送ってしまいますよ。

一言居士さん 2021年05月16日 06:54
>あんな連中の相手をしてないで自分の主張を書けばいいだけではないのですか。


彼らは単にブログに悪口を書いているだけでなく、小保方氏にいやがらせをしたと同じように、STAP擁護者の実生活に及んでいやがらせ行為をしているではありませんか。
チャンスがあれば、学とみ子もそうした脅迫行為の実態をキープしておきたいと思っています。



ため息さんが、 2021年5月16日 10:56 AM に延々と批判文章を書いている。

生命の未知について、それぞれの人が、自身の理解について書き合っている。
書いている人の一人(学とみ子)は、”正しいと考えた” ”こうだと思う” と書いた後で、”どうやら違うようだ”となった。
主張の内容が変化した。

そのやりとりをとらえたため息さんは、学とみ子を攻撃材料にする。
学とみ子は、”理解できなかった” ”間違っている” ”嘘” ”説明になってない” ”意味不明”との批判を、ため息さんは延々と書き続ける。
そして無能学とみ子が、ため息結論だ。

未知のことを議論する時には、推論、修正は当たり前なのに、それを認めない。
こんな人は学者とは思えない。
恐らく、以下の状況に似ているのじゃあないかな?

ため息さんが知らないことを、学生が試験で回答した、
ため息さんは、その学生が間違っていると判断したが、学生は証拠を示して反論した。
その時、ため息さんは、学生の言い分が理解できずに、この学生を合格させまい!と決めた。

後は、学生が何を言おうと、ため息先生は、理不尽な理由を次々に並べて、学生の言い分を認めず、教官としての権威を示した。そして、学生は間違っていると、ため息先生は言い続けた。
そこで、学生は、もうこの先生はダメだと思い、議論をするのをやめた。
学生は、国家試験に受かるためには、独自で勉強をした方が良いと考えた。





一研究者の意見ブログ1716. 一言居士 さんです。
2021年05月16日 16:14

>学HNさん。
>>FES1とFES1由来細胞を厳密に分けている

>あなたの誤認はここです。FES1は太田さんが京都大学に保持していて、置忘れがあったとしたらFES1そのものなんです。
FES1由来細胞なんて存在していませんからその置忘れも存在していません。これは太田さん自身が証言しているんです。実験とは関係なく目的もなくただ作ってみただけだと。日経サイエンスに書かれていることに関してパートナー氏がいろいろと調査した結果をOoboe さんが公表していますが、今までスルーしてたでしょ。


FES1由来細胞は、FES1細胞を何度も凍結・融解・培養を繰り返した結果、FES1からだんだん変化してきた細胞です。
これが129/GFP ESです。太田氏の置忘れは、FES1であって、129/GFP ESではありません。

FES1から変化してきて129/GFP ESとなったであろうと、桂報告書に書かれていますけど・・・。
ここも、学とみ子はすでに紹介しています。

桂報告書13ページです。このパートを書いた学者は、きちんと区別しています。
桂報告書のキモですね。

培養細胞樹立後もわずかずつ変異が生じるが、たまたま同じ部位に同じ変異が生じる確率は非常に低く、数か所に同じ変異(親マウスにはないもの)がある場合は、同一の培養細胞由来と判断できる。

下線が大事です。この突然変異の塩基が一致するということが、同じ細胞かどうかの決めてなのです。
それがぴったり何十箇所も一致したら、同じ細胞とみなされるのでしょう。

ここでは、「同一の培養細胞由来と判断できる」と表現されていますけど、もっと、わかりやすくいいます。

培養過程で突然変異した塩基の少数でも一致すれば、”同一の培養細胞由来”でしょうけど、何十単位で突然変異が一致したら”同一の培養細胞”となるのでしょう。

SNP解析の結果、FLS,CTS,129/GFP ESは同じ細胞とみなされました。
だから、論文に載ったキメラ、テラトーマ、幹細胞はES細胞由来となりました。


1719. 一言居士 さんです。 2021年05月16日 16:50
>そしてこれはntESのドナー細胞に使われた。

これとは、何を指しますか?

論文にないES細胞だから、論文細胞を調べても意味なくないですか?

>太田さん自身がterだったはずだがと言ってますね。

そうなんですか?学とみ子はしりませんでした。
学とみ子は、周辺の知識は知りません。
だって、学者の勘違いかもしれない情報をもっても悩むのは大変です。
でも、科学者はいくらでも勘違いをしても許される人たちでしょう?

桂報告書が書いた通りを、学とみ子は理解しています。
邪悪なる印象操作部分を排除しているだけです。


>もしFES1がコンタミしたのなら事故なんてあり得ません。

FES1は、京大から取り寄せた細胞ですよ、STAP実験にコンタミしようがないじゃないですか?
コンタミしたのは、129/GFP ESです。
これがなぜできたのかは、FES1を凍結融解培養をつづけていく過程で、塩基の突然変異が蓄積されたのです。
キメラ、テラトーマ、幹細胞作製時に、そうした細胞129/GFP ESがコンタミしたであろうが、桂報告書です。
学とみ子は、そう考えざるを得ないという立場です。
桂報告書がなぜ、そう言っているのか?を考えるだけで、学とみ子には十分です。
桂報告書が間違っているとすると、前に進まないし、社会への説得力もない。

学とみ子は、印象操作を排除し、正しい解釈を整理したいですよ。
学とみ子の想像ですが、ES画策グループを除く専門家たちは、ES事故コンタミで納得していると思います。
但し、専門家はそうはコメントしないと思いますよ。皆、無言です。

plusさんは、SNP論をずいぶんと試行錯誤していたから、今回の説明で、知識が前に進んだのではないですか?
混じったのはFES1ではないという理屈がわかりましたか?

STAPは、ESとは全く別の方向性をもった細胞であろうと思います。
ESは何十年もの間、世界の多数の研究所で研究され解明された事実がありますが、STAP細胞の能力というのは未知ですね。
ESの概念をもってSTAPを考えてはいけなかったです。


つまり、ESは正統派であるのに対し、STAPは無頼派とでも言いましょうか?気まぐれですよね。
ESは、最新機器を用いて自然に近い正当なる注入技術を用いればキメラになれるのに対し、STAPは凝集法の方が、体の一部になれる能力を持つという事実がありました。それがたとえ1回でもすごいことです。

従来、細胞発生における科学的知識は、ESを材料に得た知見であったと思うのですが、そうした従来のアプローチとは異なる細胞動態を、STAPは秘めていたのかもしれません。
従来の細胞研究では見つけられない細胞現象を、STAP細胞は示したのかもしれませんね。





ため息さんから、学とみ子宛に謝罪を求めるコメントをもらっています。

今朝のため息さんのブログです。
ため息さんのやるべきことは、上記に書いたSNP論への反論です。
今頃、plusさんは一生懸命に考えていると思いますよ。

そして、plusさんの理解は進んでいると思います。オッとそこまできたか!になっているでしょう。

ため息さんは、そうした学術的な知識には関心が向かないようです。
残念ですが、SNP論に食いつかないのですね。

以下でわかるように、学とみ子誹謗が盛り沢山です。
こうして罵倒相手(学とみ子)にむけて、なんと、ため息さんは謝罪を要求してますね。
”自分が一番”気質が学術層の人にあります。

学術層の人は、知識は持っているけど、そのレベルはまちまちです。
周りの人から知識が足りないと言われても、学術層の一部は、ため息さんのように決して認めないのです。
本人はわかっていてもけっして認めないのです。

こうしたタイプの人は、相手を誹謗する能力にも長けています。
性格的にはいろいろな質の人が学術層にいるのでしょう。

かつて、オホホポエムを読んで、普通の人は恐ろしいと思いました。
そうした延長上の人たちが、ため息ブログに集まっています。
どんな悪口も書けますね。

ため息さん 2021年5月17日 5:37 AM
>「ぷぷぷっ。
>論文や報告書をまともに読めず、自分の妄想に従って書いてないことを書いてあるとして、・・・呆れ返るのですよね。バカにされる理由が、STAP擁護だからではなく、そのブログにデタラメを書いていることなのが理解できないのでしょうね。
>大嘘ですね・・・・、印象操作どころか嘘を書いているではないですか。



再掲します。

桂報告書13ページです。このパートを書いた学者は、きちんと区別しています。
桂報告書のキモですね。

培養細胞樹立後もわずかずつ変異が生じるが、たまたま同じ部位に同じ変異が生じる確率は非常に低く、数か所に同じ変異(親マウスにはないもの)がある場合は、同一の培養細胞由来と判断できる。

ここの意味がわからなくても、わからない自分自身を自覚できない人がいます。
培養細胞で、1細胞レベルで起きる塩基の突然変異が全体の培養細胞に与える影響をイメージできない人がため息ブログにいるのです。
イメージできないのはしかたないにしても、イメージする人(学とみ子)を否定できる人が、ESねつ造論を論じられるようです。

とにかく、ため息ブログは培養細胞の初歩的原則を理解していません。
DNA構造を調べる手法も、塩基変異の時間軸についても知識がないのです。桂報告書に書かれた”非常に低い”がわからないようです。由来細胞と、ほぼ同一に違いがあることを、上記報告書文章から読み取る力が必要です。そうでないと、体内時計さんのように、「6年前と一緒じゃないの!」となってしまいます。

たまたまFES1を小保方氏が手にいれて数回、培養してもも129/GFP ESにはなりません。時計時計さんにはここを理解して欲しいです。


ため息さんはこうした人たちを指導する立場でありながら、この人たちと同じレベルなので、結果、不幸の渦は広がるばかりです。もう、無知を自覚できない人による学とみ子誹謗を相手にしてはいけませんね。

STAPは、従来のES研究を主体とした発生学の知識を越えた現象を起こした細胞なんですね。
興味持つ人たちを増やしたいですね。

ため息ブログは相変わらず、学とみ子の説明を理解できないまま、ため息さんの未熟な解釈をそのまま書いてくるのです。もうきりないです。ため息さんは、学者であるに関わらず、何でこんなにデタラメ解釈を書けるんですかね。


>「mutually exclusive」について、学とみ子はどちらの考え方も今はあるのだな!と訳すのがいいと言ったので、

未知の現象を考える時のちょっとした考え方工夫を書いただけなのに、それを勝手に「訳すのがいい」などと書くな!そんなことは当ブログは言ってない。
以前から、学とみ子はまじったのはFES1でないと以前から言っているじゃないか!

ため息さんは、これからも敢えて焦点を外してデタラメ解釈を書くだろう。小保方氏が受けた攻撃方法と共通だ。


一言居士さんです。

>①桂報告書はというあなた主張と正反対のことを言ってると言う事実をまず知ってください。ここに関する事実誤認を正してください。

小保方氏は、FES1を触ってもいないでしょうよ。短期間では培養細胞の塩基は変わりません。たとえ、小保方氏がFES1を入手し、凍結融解培養を繰り返したとしても、129/GFP ESになりません。短期間の培養では変化しません

何か学とみ子の言葉足らないのでしょうかね?もしそうならすみません。良くご検討下さい。

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コメント

ため息さん

セイヤ
>(学さん)貴殿は凝集法がSTAPでも使われたことを知る前に、当方が凝集法が「STAP細胞が初期化されたことの証明に使った」と発言したら、「受精卵由来細胞を混ぜる話(凝集法)は、STAP議論に関係ないです。このレベルの学者がES捏造論者であったとの証拠です。」と当方を侮辱しました。現在ではSTAPでも凝集法が使われたことを知ったわけです。侮辱したのは貴殿が無知であったからですが、その謝罪がないです。謝罪しないのですか?

バカなこと言うんじゃない!
ため息氏の言う、凝集法が「STAP細胞が初期化されたことの証明に使った」という発言自体が間違っている。
凝集法は、博論のスフェア細胞に使った話であって、STAP細胞に使ったのではない。STAP細胞は注入法で行われている。

キメラができたかどうかという議論で、マイクロナイフで小片に切り分け、塊を注入したらキメラができたという前提で話しているのに、plus99%氏が、唐突に凝集法を持ち出して、キメラの作成方法に話を逸らしたので、「えっ、何それ?」ってなったのだ。

学さんが「STAP議論に関係ないです」っていうのはその通りだよ。それで、学さんは何を謝罪するの? 
ため息氏はレベルが低い、って言ってもその通りだよ。常識がない。

学さんの発言を、ことさら妄想だ、デタラメだというが、STAP議論は推測して発言するしかないよ。これを嘘だ、デタラメだと否定できる人は真実を知っている人しかいない。

塊を注入してできたら、それはCD45+細胞由来で、STAP細胞によるものとは言えない。何に起因するのか、当然、研究はそちらに向かうはずだが、追及した形跡はなくSTAP幹細胞の話になっていく。

STAP論文:STAP細胞からの拡張可能な多能性細胞株
・ACTH培地で7日間培養した後、成長した細胞の集団は親STAP細胞とは似ておらず、単独の細胞として培養できた。Fig. 5a, Fig. 5b

これは、LIF添加培地で7日間培養した後、ACTH培地に移して7日間培養したら、単独の細胞として植え継いでいくことができたというから、この7日目の細胞を注入したらキメラができたんだろう。
大きさも特徴もES細胞と似ているというから、この時すでにES細胞化していた。と考えられる。
つまり、キメラが先にできて、その残りでSTAP幹細胞ができたのではなく、先にSTAP幹細胞を作って、その細胞でキメラができたということ。マイクロナイフで切り分けてなんて話はダミーだな。
ドヤ? 当たってるやろ。
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