わかりにくく書かれた桂報告書を、読み直してみよう。

前回からの議論を続けましょう。

ため息さんは、p13には「培養細胞樹立後もわずかずつ変異が生じる」と書いておきながら、すぐその後に、「たまたま同じ部位に同じ変異が生じる確率は非常に低く」 とした記載があるのに気付けないのです。


ため息さんです。2021年5月18日 3:37 PM

>学とみ子曰く:桂報告書には、培養細胞の塩基は変化しないと書かれていところが、一番大事です。??そのような記述は報告書のどこにあるの?
p13には「培養細胞樹立後もわずかずつ変異が生じる」とあるけど「変化しない」という記述は探せないので、教えてちょうだい。


ため息さんからの質問には、学とみ子は応じる気もしないのですが、桂報告書読み方の参考にできるので取り上げてみます。

桂報告書13ページです。桂報告書のキモですね。

培養細胞樹立後もわずかずつ変異が生じるが、たまたま同じ部位に同じ変異が生じる確率は非常に低く、数か所に同じ変異(親マウスにはないもの)がある場合は、同一の培養細胞由来と判断できる。

実は、この文章は以下のように書き換えると、わかりやすです。

培養細胞樹立後もわずかずつ変異が生じるが、たまたま同じ部位に同じ変異が生じる確率は非常に低く、数か所に同じ変異(親マウスにはないもの)がある場合は、同一の培養細胞由来と判断できる。さらに、一致する塩基数か所が数十か所以上に及び、変異か所の一致が多くなるほど、同一細胞とみなす判断に躊躇がなくなる


また、その上の文章の記載も大事なのですが、素人にはわかりにくく書かれています。

>さらに詳細な SNPs および挿入欠失の解析により同一系統由来の細胞間の同一性を判別することができる。

これを以下に書き換えると、わかりやすいです。余計な文章を入れてわかりにくくしているので、整理します。

>さらに詳細な SNPs 解析により同一系統由来の細胞間の同一性を判別することができる。

つまり、特定部位の塩基変異は、細胞の類似性、同一性の判断材料なのです。
どこの部位を特異点として選ぶか?は、研究者の腕なのでしょうけど。
もちろん、親からうけつぐ、構造異常、SNPを考慮し、それを除いていく作業も大事です。
でも、皆、桂報告書には書いてあります。
学とみ子のような素人でも、理解できるように、桂報告書は懇切丁寧に書いてあります。
しかし、小保方氏には作れないということをここから理解できる人は少ないようです。

その理由ですが、細胞の突然変異はどこに起きるかは予想が難しいです。
そして、これは培養細胞において言えることですが、一細胞において起きた塩基の突然変異は、全体の培養細胞へは広がりにくくいです。
塩基の突然変異は、変異した細胞の方が淘汰されたり、別の変異細胞に凌駕されてしまいます。

あまり良い例ではありませんが、人間であれば、遺伝子変異した細胞、たとえばがん細胞のようなイメージしてください。
それが体全体に広がるには時間がかかります。

マウスでは、塩基変異は親マウスの影響を受けますが、人工的培養だけの経過では、細胞塩基の変異が積み重なるまでには時間がかかるのです。
こうした培養継続という時間のかかる経過を経て、培養細胞全体が塩基の異なる細胞集団へと徐々に変わっていくのです。

偶発的におきる突然変異を2細胞で共有していたら、とても近い細胞であることがわかります。
アットランダムに起きるはずの塩基変異が、共通していたら、同じ細胞由来なのです。
さらに、2細胞が複数塩基で共有していれば、どんどん同一細胞に近づきます。
すなわち、一致する塩基数によって、2細胞同士が、・・由来、ほぼ一致、同一細胞と判定できます。


当初、理研調査チームは、生じた塩基変異の比較のための24649箇所を選びましたが、さらに検討を重ね、特異的変異を反映する1290箇所を選びなおし、相互細胞間で比較しました。

その結果、FLS CTS 129/GFP ESは、ほぼ同じ塩基、そこからFES1は外れるという結果です。
もともと、24649箇所の特定部位の一致率を調べ、FLS3と CTS1は、99.92%であり、FLS3と129/GFP ESは、99.95%、CTS1と129/GFP ESは99.93%でした。つまり、99,9%台で一致しています。
ところが、一方FES1は、FLS3と99.33%、CTS1と99.16%となってしまいます。

さらに、理研のSNP解析チームは、塩基変異の特異点をさらなる厳選部位に絞り込んで比較しました。
そして、FLS CTS 129/GFP ESは塩基がほぼ一致しており、FES1は外れるという結果をえました。


plusさんは、塩基変異なんていくらでもあるという発言ですが、plus説に根拠はないですね。
いつもの当てずっぽーです。当たればいいな、外れたら無視のplus流です。

plusさん、FLS CTS 129/GFP ESはほぼ同じ、FES1は離れているんです。
以下は、訂正を要するようなコメントでしょうね。お気をつけください。

>量的には「FES1から129/GFP ES」程度の変化はするということだと思いますが。

変異するけど、数十箇所の塩基変異は年単位の時間を要するのではないかな?

plusさんです。
>「小保方氏の操作では、FES1から129/GFP ESには変わらないと言っている人がいる」
「言っている人がいる」というのは学とみ子氏の他には誰が「言って」いるの?


SNP論を理解する人でしょうね。


引き続き、ため息さんのトンチンカンへの糾弾です。

>「凝集法はSTAP議論に関係ないです。このレベルの学者がES捏造論者であったとの証拠です。」と侮辱したことは謝罪に値するとは思いませんか?

STAP論文では、凝集法は書いてありません。ですから、セイヤさんの評価は正しいです。
ため息さんは、STAP論文にどの実験法が採用され、どれが採用されていないかの整理ができていません。

ため息さんです。
>学とみ子にどこが誤りか根拠を示してもらって説明を受けて、訂正しなさいね。

ESねつ造論を 証拠なく堂々と世間にさらしている大学教官は、誰が誤っているとか言える資格はありません。

そもそも、論文には、キメラの作製のために、どのように処理した細胞を使ったかが書いてありません。
ACTH処理した細胞をその後にそのまま幹細胞となったとされていますが、methodで書かれた幹細胞作製法によるクローナル解析法との関連が書かれていません。

つまり論文に詳細が無いので、このあたりは、それぞれの人が、それぞれの説を考えざるをえない部分です。
ため息さんは、STAP論文のこの辺りを読んでいないでしょう。
ため息さんが間違いとか、間違いでないとかを決める立場にないことは。誰にでもわかりますね。



plus99%さんがなんだか、又、意味の良くわからないことを書いていますね。
2021年5月18日 6:09 PM

犯しやすい「間違った読解」は、plusさんでしょうよ。最初から間違っているので読む気がしない。

>(A)若山研の元研究員が2005年に樹立したそのES細胞

(B)2014年に取り寄せられ、解析に使用されたES細胞
 これは(A)を作成者が培養して小分けして凍結したものを、若山氏の依頼で送付し山梨大で解凍培養小分け後凍結され、理研で再度解凍培養したものである。
・・・・
>その間にそれなりに変異を蓄積してきたわけですな。


ここで問題になっている特異か所における塩基の変異は、(A)(B)の培養の差程度では生じません。
でたらめが平気な人なんだから、困りますね。
やっぱり、何も進歩できないんだわ。
1細胞レベルの変異も、培養細胞全体の変異も、ごちゃごちゃになってしまうのは、plus理解の特徴だな。
SNPという言葉の解釈や、1000に1個とかの変異にこだわっているから、理解が進まないのだろうな。



元々、ため息さんは桂報告書の伝えたかったことを理解してませんからね。親から来る構造異常はもう皆分かっている。しかし、SNP解析が皆さん分からないのです。ため息さんは今だ分からないようです。初歩しか分からない。初歩を除いての考え方まで進まず、初歩の解説をしている。幹細胞の作り方も知りません。


>そのまま幹細胞となったとされていますが」その通りなので、書いてないわけですね。


それにしても、これだけ説明してもため息ブログメンバーがSNP解析を理解できないのは悲しいことです。やはり、基礎の細胞知識が無いのが致命的のようです。専門領域における基礎知識の有無というのは、本人が一番自覚しているはずです。そうした意識を全く持てず、学とみ子が間違っていると思う人たちってホントに特殊だ。改めて良く分かった気がする。

STAP擁護派は、非専門者との意識を持てているけど、ため息ブログメンバーはそれがない。


恐らく、普段から分かった人を装わなければならない職種の人が多いんじゃないかな。みかけが優先で、真実を探求するより、分かったふりの方が優先するのだろう。結局、分かったふりをすることで、分かってない人をさらしているのだが、そこは自覚できないから、言動を続けてしまうのだろうな。同じように分からない同士で誉め合っていれば、ハッピーだし。

でも、1細胞に生じた塩基変異が培養細胞全体に広がるには時間がかかるとの単純説明が、なぜ、ため息ブログメンバーに理解されないのだろう。小保方氏が作業する程度で塩基変異が変わってしまったら、同一性の細胞判定にSNP解析などは使えないだろうに。

考察を巡らすことができないから、取って付けたES捏造が本当であると信じちゃうのでしょうね。

相手にしてはいけませんね。




それでも、plusさんはしつこいです。
前のplus論と同じように間違えてます。

以下は間違いです。

>FES1とFLS3が99.33%でFES1とCTS1だと99.16%なのでその差は0.17%ですね。0.67%は0.17%の4倍弱ですね。こちらでカウントすると16ヶ月の培養で起こってしまいますね。


何が間違ってるのを、plusさんは理解するかは分かりませんが、一応言うと、変異ヵ所は細胞間ごとに違うので単純引き算はできませんし、分母が大きすぎて、細胞特異的変異を反映しません。

そもそも2万台でピックアップされた塩基部位は、まだ特定部位の選択が十分でなく、かつ差異は、所詮百分率表記にすぎず、それぞれの相互細胞作成後に生じた塩基変異を示しません。細胞特異的変化に有意でない塩基部位も分母に含まれてしまいます。

特定塩基を更に厳選すると、FLS.CTSに塩基の差異は消失してます。

単純引き算で満足するplusさんは以前と変わらず、理解できてません。

実際には培養をし続けるというのはなく、凍結してしまえば変異は止まります。FES1は作成後の変化はないはず。
それぞれの細胞で、変異しやすい塩基箇所はあったとしても所詮、アットランダムな変異にすぎず、変異は各細胞ごとに違うから、別の細胞間の数値を比較して、単純引き算をしてはいけません。

これで十分説明したからこれ以上は説明しません。学とみ子に説明して欲しければ、それなりの礼儀を示すべき。




plusさんです。
>ご自分で説明しなければ笑われ続けるだけですから、ご自由にすればいいんじゃないの。皆さんもう笑う準備をしていると思いますよ。

plusさん、やっぱりSNP論を理解できない様子で、気の毒だったわね。
学とみ子はplusさんを傷つけちゃってごめんね。
おまけに礼儀を示せとかまで書いちゃって、ますますplusさんはを傷つけちゃったと思う。反省してます。

でも、plusさんは今回の捨てぜりふコメントもそうだけど、たくさんたくさん、学とみ子を誹謗したからおあいこだと思う。
作用されば反作用ありね。
他の皆さんも、plusさんと一緒に笑ってくれるといいね。

今、plusさんは自身のふがいなさを嘆いていると思うけど、きちんと基礎から学び直せば、きっとSNP論はご自身のものになります。
だから、がんばってくださいね。


ため息さんです。

>学とみ子にとっては撤回された論文を有効な証拠と思っているようですから、どっちでもオワコンとするのには反対するでしょうね。

「反対」という表現は場違いですね。あくまでも、お互いに対等に議論しているとの前提で、賛成、反対が出てくるのであって、お互いに匿名のネットでは、それぞれの主張を交換するだけのものでしかない。激しく学とみ子の存在そのものを否定して、日本語できないとの誹謗を投げつけてくるため息ブログは、学とみ子が反対するに値しない。結局、ため息ブログは理論武装できないから、言葉尻をとらえて反論するふりをするしかない。

ネットでの議論は特有の問題点がある。
議論の焦点をそらしたり、全く関係が無いことを突然言い出したりと、ネット議論は、学会の質疑応答とは全くの別物です。だから、学とみ子は、あきれたり、がっかりすることがあります。

ため息さんは、学とみ子が誠意をもって対応しているにも関わらず、学とみ子が逃げ回っていると表現します。議論を追えないため息ブログメンバーはそれを本気でため息さんが正しいと思う。

ため息さんは元々、結論ありきで議論に耐えられるレベルでない。ため息ブログメンバーでは、一番真面目に議論に取り組んでいるのはplusさんだ。だから、plusさんにはもっとレベルアップして欲しい。学とみ子のSNP論に、あくまでも食らいついたplusさんの本気は評価できる。そして、何が間違ったか?を自問自答して欲しい。ヒントは、plusさんもすでに気づいてはいるが、それぞれの培養細胞は独自に変化し続けている事を考慮することだろう。

一般人が、ため息さんのような学術層のご都合主義、欺瞞を暴くには、plusさんのような強いキャラが必要だと思う。

ただ、今のままのplusさんでは、学とみ子を論破するには力不足だ。
もっと、研鑽して欲しいが、ため息ブログでは間違っていても指摘されず、ES捏造学者に利用されるだけだから、このままでは、plusさんの研鑽は進まない。

専門家も一般人レベルを知ってしかるべき解説をする時代になった。STAP事件では、一般人、マスコミを狂わせたのは学者たちであるという点が特異的であったろう。そこがもっと一般人に分かるようになって欲しい。

学術層でしかるべき人は誰か?を、一般人は間違ってはいけない。そういう意味で、ため息さんは悪い学術層の見本だと思う。



学者層のエゴと自己愛の典型のため息さんと、強いキャラのplusさんコンビからの攻撃は続きます。


>中学生でもわかる日本語が読めない幼稚園児セイヤの妄想ということでしょうな。

ため息さんは、学とみ子を日本語も日本語も分からない人と言い、plusさんは、セイヤさんを幼稚園児と言う。

但し、この表現法は、マイナスと思うけどな。ため息さんが素晴らしい学者で、plusさんは、専門知識に詳しい一般人であるとの土台を、彼らは築き上げていない。

plusさんは、塩基の突然変異を間違って理解している様をあれだけはっきりと暴露してしまっても、何食わぬ顔だ。plusさんはなにも言わず、論戦から離れてしまう。これからも強気で、学とみ子は間違っていると言い続けるのだろう。

でも、plus本人がどんなに憎まれ口を並べても、今度の学とみ子説明でplusさんは相当に学べたと思う。もし、plusさんがパーフェクトに理解できたら、plusさんは何食わぬ顔して、以前から十分なSNP論知識を持った人として、さっそうと細胞塩基論を披露し始めるだろう。こう、ご期待だ。


基礎知識がなくても、頭が良ければ、小保方氏が混入ESを作れないのは容易に分かる。ため息ブログメンバーは、自らの無知をさらすことを嫌うから学べないと思う。ため息ブログメンバーは、できる人であると装いたいのだ。マスコミ同様、そうした志向の一般人がES捏造説を今だ支持できるだと思う。背伸び、背伸びの人生行路をこれからも進むのだろう。

そもそも、まともな人なら、学者たちが率先して小保方捏造を口々に叫ぶ様はおかしい!、怪しい!、裏がある!と、思ってしかるべきだ。そして、まともな人なら、自らの生物知識の限界を悟るし、当事者たち、調査にあたる人たちの苦しい状態を想像できるはずだ。

そうした常識的思考をはるかに外れるのが、ため息ブログメンバーだ。

STAP細胞を理解できず誤解しているplusさん、体内時計さんコメントについては、学とみ子は仕方ないと感じる。分かった人であるとのあくまで装いたいのだから、今はまだそれだけのレベルだ。その虚勢が向上心に繋がって、将来、ES捏造説の限界に気づけば、それで良い!

ところが、Dさんというのは印象操作だけの人だ。業界のエゴを示す人である。

印象操作を、止めよ❗
一般人でも、業界エゴは分かるし、小保方氏は混入ESを作れない!と、学とみ子は言ってます。ここに反論が必要でしょうよ。

Dさん、以下のような印象操作をやめて、反論してみて!

>著者たちに再現する機会云々だろうと再現性が無ければその時点アウトというのがわからないのでしょうかねえ。

>それとも、レシピ通りの料理ができなくても著者たちに再現する機会云々と言って許すことができる寛大な持ち主なのですかねえ。

料理人に腕があっても、元の料理の時の食材がそろわなければ、再現はできない。レンジなど火力が足らない、使用する水の生成器がなければ、ピュアな料理は作れない。一流シェフが元の料理を再現するには、普段から使いなれた道具は必須だ。
そんなことは誰でもわかる。

Dさんは、細胞実験は、再現性が難しい事を知っている人だ。それなのに、こんな愚かしい印象操作をして、素人をだまそうとする。
この人のタチはとても悪いと思う。
無知を基盤に考え方を間違ってしまうのは許容範囲だが、Dさんの印象操作はわかっていての行為だ。
専門家だから正しいと信じてしまうことの恐ろしさを、Dさんはまざまざと見せつける。

本来、ため息さんも、そうしたわかっている側の人のはずが、お笑いかと思う位に、ため息さんは細胞知識が無い!
ため息さんは、学とみ子の説明が理解できずに、説明しろ!説明しろ!と何度もせがむ。

ため息さん、もっと勉強しないと、学とみ子の主張は理解できないって!plusさんだって、もう、そう思っているよ。
英語が読めないと学とみ子を誹謗してくるため息さんが、例示する英語は初心者レベルだ。



Dさんが反応した。 2021年5月22日 12:43 PM
Dさんというのは科学界に関連する職種の人だとは思うが、科学に関する記述がないので、どのレベルの人かはわからない。
しかし、学とみ子のプライベートを探ろうとしたりの行為は、まともな科学者とは思えない。

又、再現性がなければ論文は認めらないと主張するなら、ますます、生物界の研究者ではないだろう。
実験補助者か、そのレベルの人と思う。こうした人なら、科学について書こうとしないだろう。
素人と違って、正確には書けない自分自身レベルを知っているから。

>自分の研究のために参考にした論文の再現性が無ければ当然価値が無いものとみなされて当然ですよ。



言葉だけにこだわる澪標さんらしいコメントです。 2021年5月22日 1:49 PM

❶❷は違うのに、区別ができないというコメントのようです。

 ”再現”と”再現性”の違い、より詳細に書けば、
❶再現出来なかった
❷再現性がまったく担保されない
 の区別がつかないのだと存じます。
 言い換えれば、学的ディシプリンに無頓着なのだと存じます。
 *もし、意図的に無頓着なふりをしているならばorz

命題 ”小保方氏は、混入ESを作れるか?” の議論の最中に、こうした日本語言い回りにこだわる人がいますね。
澪標さんも、命題を考えてくれませんか?

命題より大事である問題にこだわる人は、こだわる人同士でサークル会話を楽しめばよいでしょう。
”学的ディシプリンに無頓着”について、そちらで盛り上がれば、学とみ子は参考にいたしましょう。



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コメント

Zscan4
「専門家は必ず間違える」
https://twitter.com/hanakihideaki/status/1388729912429735936

だそうです。
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