STAP実験に混じったのは、FES1でなく、 129/GFP ESであることを示したことは、大変な業績です。

FES1から129/GFP ESになるには、どの位の時が必要か?についての続きの議論です。

どうやら、一研究者ブログのコメント2017番の一言居士さんコメントを読むと、一言居士さんコメントに不穏な雰囲気を感じます。
一言居士さん、どうぞ、学とみ子を攻撃のターゲットにしてくださるなよ。

ES混入実験ミス論は、最も可能性の高い推論であると、学とみ子は考えているのです。
この学とみ子推論を一言居士が気に入らないからと言って、一言居士さんが、学とみ子とため息さんを同一人扱いにするのは、とても大人げない行為ですよ。

STAP論者は、世の中に公表されていない疑惑をいろいろに考えている人たちです。
STAP細胞を擁護したい人たちがいて、それぞれに可能性が高いとする説を、世の中に紹介していく行為は、自由社会では普通の事です。

自由社会では、相手を罵倒、否定することも可能なわけで、それをされた側は、”止めてください”お願いしか手段がありません。
現に、学とみ子は、長い間、ため息ブログから誹謗されていますが、学とみ子はそれを受け入れて論破する活動をしています。

学とみ子が一言居士にまずのお願いは、”理不尽な批判を止めてください” です。
私は、一流の学者が、チューブの中身を入れ替えたりしたなどと、考えるのがいやなんですよ。
その行為に、何の証拠もないではないですか?
証拠なく入れ替え呼ばわりするのは、小保方氏をESねつ造者呼ばわりをする行為と同じになってしまいます。

まあ、一言居士さんは、気まぐれなので今後の方向性はわかりません。
しかし、一応、一言居士からの学とみ子疑義に答えて起きましょう。

2017. 一言居士
2021年05月31日 17:11

>馬鹿に餌をやってなんぼかでも賢くしたら、次はあなたの番なので、30億対ではないよね。なん百万個の中の24649個の違いがなぜ生まれたかだ。

一塩基変異の原因は物理化学的な原因で培養中に起きる。紫外線、X線、高温照射、化学物質等で、トランジション変異とトランスバージョン変異とあるが大半は前者でCU(T)→AGのプリン塩基とプリン塩基の交代ですね。
そしてシャーレの中で選択的に植え継がれるから変異の蓄積は遅々としている。

FES1が129/GFP ESに培養変異しないという説明は耳にタコが出来ましたね。でも実際の中身はほぼ一致したのですから、若山さんがFES1の中身を洗い出してFLS3を入れたのだと私は言ってるんですよ。



上記の青字文章の一部です。
>一塩基変異の原因は物理化学的な原因で培養中に起きる。紫外線、X線、高温照射、化学物質等で、トランジション変異とトランスバージョン変異とあるが大半は前者でCU(T)→AGのプリン塩基とプリン塩基の交代ですね。
そしてシャーレの中で選択的に植え継がれるから変異の蓄積は遅々としている。


こういう教科書の知識は、学とみ子批判には必要がないです。
どの位の頻度で塩基変異が起きるかについては、結果として生じた塩基変異数から判断します。
ESの培養では、1か月培養で何個の変異が起きるのか?の判断です。
変異数に幅はあるでしょうが、だいたいの目安はあります。

学とみ子が、30億対と、SNP部位を分けて考えていないといったようなデタラメを、一言居士は書かないでください。
学とみ子はきちんと考えてものを書いていることを、一言居士さんは尊重してください。
相手が言ってもいないことを言ったかのように、自身のコメントに書き込む手法は、ため息さんと一緒ではないですか?
もう止めてください。

結局、今、大事なのは、学とみ子と一言居士の認識に違いがあるということです。

>FES1が129/GFP ESに培養変異しないという説明は耳にタコが出来ましたね。
学とみ子はこのような事は言っていません。
学とみ子が言っているのは、FES1が129/GFP ESになるには、長い培養時間がかかると言っています。
キチンとそれを把握してください。

一言居士さん
>実際の中身はほぼ一致したのですから、

”FES1と129/GFP ESは一致していない” と、学とみ子は問題視しています。
一言居士が一致しているというなら、それで自論を展開されたら良いでしょう。
学とみ子の考え方とは、一言居士は違うのです。

学とみ子は、FES1と129/GFP ESは一致していないと言っていますが、一言居士さんがそこを理解しないなら仕方ないです。

桂報告書は、一致していないとした部分と、一致しているとした部分があって、見解が二分しています。
桂報告書前半部分のSNP解析をした学者グループは、FES1と129/GFP ESは、一致していない事実を示そうとしたのです。
この学とみ子解釈を、今の一言居士さんは受け入れないのであれば、しかたないと思います。

とにかく、一言居士さんが認めない問題であったとしても、もう少し寛容の精神で対処してくださるよう、よろしくお願いいたします。



次にため息さんに移ります。

>当方も体内時計さんも、FES1が何回凍結ー解凍を繰り返したか、あるいは継代培養をどのくらい行ったのかの記録がないので、この変異の差は時間関係を示すものではないと言っています。これらの操作時に変異が多く発生するのはoTakeさんのコメントにある通りです。素人でも凍結ー解凍の繰り返しはDNA変異を誘発するだろうということは想像するに易いことです。約6年前の桂調査委員会報告書が発表されたときも、変異の差と時間関係を議論された方はいなかったのは同じ理由かと思います。

oTakeさんはESの専門家ではありません。誰も専門家はいないのだから、誰かの説が正しいと判断するかは、人それぞれで決めます。

学とみ子も専門家ではありませんので、納得できる意見が出てきたら、自論は変更します。
小保方氏が数回処理しただけで、FES1から129/GFP ESが変わりうるとのしかるべきデータがあるのなら、学とみ子は尊重します。

桂報告書にある通り、厳選したSNP塩基の1290か所の変異は、FLS CTS 129/GFP ESにおいて共通であったにもかかわらず、元のFES1から見ると、これらの細胞はすでに3割(387か所)が変異してしまっているのです。

FLS と CTS間で考えると、両者作製に4か月のギャップがあるにもかかわらず、変異をおこしていません。
この頻度をふまえると、FES1から129/GFP ESまでの塩基変異が蓄積するのは、長期の培養が必要になると思います。
つまり、FES1は長期にわたり、凍結融解を繰り返し培養が続けれていた可能性があるのだと思います。
FES1を培養し続けてきた人が誰なのかはわかりませんが、小保方氏でないことは確かです。

なぜ、時間がかかると判断できるかには、根拠はあります。

FES1の培養を続けると、偶発的な塩基変異が起きてきます。
この間のため息さんの示してくれたのは、ゲノムの50-60%を調べると、1か月の培養で13~37個とのことでした。

ところが、今問題になっているのは、FES1とFES2の間で生じていた塩基変異の特定部位についての変異イベントです。
FES1は培養を続けると、塩基変異を起こしてきますが、変異が起きた箇所はアットランダムですから、”FES1とFES2の間で生じていた塩基変異の特定部位”(以下特定部位と略)に塩基変異が起きるとは限りません。
細胞培養中のアットランダム変異部位の多くは、特定部位以外のところで起きます。

しかし、培養期間が長くなれば、この特定部位へも変異が及びます。
ため息さんは、ここが理解できていないと思います。
ため息さんは、やたら、”由来”なる言葉を多用してわかったふりをしていますが、特定部位での変異という概念がないと思います。

元の由来細胞を同じとするFES1と129/GFP ESは、この特定部位が同じであった状態から、離れていってしまったのです。
実際には、特定部位に変異が起きていました。
つまり、この事実を説明するには、FES1を長く培養していたということです。
FES1から129/GFP ESになるのに時間がかかっていたと想定できます。

FES1側からみての129/GFP ESにおいて、特定部位での変異がかなりの数であることから、FES1が長い間、培養されていたことがわかるのです。

特定部位で塩基変異が生じていることを、桂報告書は示したのです。
わかる人にはわかるけど、わからない人は、こうしたメッセージが読み取れません。
体内時計さんは、特定部位での塩基変異をイメージできない結果、学とみ子のデタラメとしか思わないです。
つまり、この説明をもってしても、理解できない人はいると思います。

つまり、特定部位での塩基変異を理解できる人であれば、SNP解析はなぜ特異性が高いのか?を理解できます。

本来、持ち主不明の細胞などを解析しても意味がないはずですが、理研調査チームはこれを詳細に解析しました。
そして、STAP実験に混じったのは、FES1でなく、 129/GFP ESであることを示しました。
FES1が混入ESではないことを示したのです。
これは大変な業績であったと思います。




一言居士さんです。
>そんな僅かな変異ではなくて親マウスのケージに別のマウスが飛び込んだことが大半の原因だと書かれているじゃないか。しかもそれで同一性の根拠となっている。小さい話は関係ないね。

理研は、マウス、関連細胞を調べて親の影響、不確定箇所をすべてとりぞいて評価に耐えるとしたSNP部位を選んだのです。最初に共通だった箇所がどうなったか?の議論です。ゲージへの飛び込みは関係ないです。理研の調査チームはプロですよ。素人がおかしいと思っても、理研の理論武装は崩れません。プロの言い分を素人が打破するには大変です。だから、プロが言ったことを正しく解釈することに意味があります。

他人の意見を間違いと決めつけた物言いは、その人に不利です。勝手な事を言ってる奴と見なされます。

素人の良さは、柔軟に考えられるところです。一方のため息ブログは、目的集団にすぎないです。身内を助けたいだけです。だから、理論は優先されませんし、もともとの知識がプロフェッショナルでもないです。


理論が分かれば新たな解釈が出てきます。
学とみ子説明の理解をよろしくお願いいたします。






ため息さんは、もう懲りたのかな?と思ったら、自身の優位を示そうと、まだ、粘っている。

>「特定部位」だって。何を考えているんでしょ。ランダムな変異が最初は「特定部位」以外で生じるだって。「特定部位」が守られているのですかね?ランダムの意味がわかってないようですな。これも確率に関する言葉だから無理はないですか。「特定部位での変異の概念」などわかりませんよ。なんですか、それ?

やっぱりまだわかっていないようです。「特定部位」が守られているのではないです。
学者の発想とは思えませんね。こういうと、ため息さんは冗談だと言って逃げるでしょうけどね。

守られているのではなく、「特定部位」は、全ゲノムのうちにごく少数箇所しかないので、その部分でたまたま変異がおきる確率が低いという意味ですね。桂報告書に説明があります。

桂報告書13ページには、以下が書かれていると、当ブログで示しましましたが、ため息さんの頭に入っていません。
ため息さんは、学とみ子の主張のほとんどを理解できていないと思います。

たまたま同じ部位に同じ変異が生じる確率は非常に低く、


ここまで、説明しなければいけないとは思いませんでした。
確率が低いとの上記の説明が、1290箇所の3割の違いの話とどう結びつくのか?がため息さんにわからないのです。


>「由来」? 意味はわかってますから「”由来細胞”に由来する」などという変竹林な表現はしませんな。

桂報告書には、STAP細胞由来という言葉使いがでてくるので、129/GFP ES (FES1由来細胞)に由来するという表現があるという意味です。
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