くやしくもないし、嘘つきでもない。別の道を行くのみです。
2021/06/22
ため息さんが以下のような投げかけをしている。
>学とみ子、くやしかったら、そして嘘つきと言われたくなかったら「桂報告書前半では、混入ＥＳは129/GFP ESであると言ってる。」ということが桂調査委員会報告書のどこに書いてあるか示してみろ。
その答えに一番近いのは、桂報告書6ページです。紫字
残った 1,290SNPsを用いて比較を行うと、STAP 幹細胞 FLS3、FI 幹細胞 CTS1、および、ES 細胞 129/GFP ESは同一細胞株といって良い程の高い類似性を示すことが判明した。
ため息さんが、上記の文章ではだめというなら、それで良いです。
ため息さんが、ESねつ造論を堅持したいのだから、そのため息主張の前には、学とみ子は無力です。
ため息さんが正しいとする一般人がいるなら、そういう人もいるんだな！残念だな！将来は変わってほしいな！勉強してほしいな！と、学とみ子は思うだけです。
いま、もめているSNP論は、結局、桂報告書が一般人向けの解説をしていないからです。
桂報告書の示す1290箇所と、24649箇所の関係は、はっきりとは桂報告書には説明がないです。
1290箇所の3割問題も、桂報告書には記載がなく、英文論文だけです。
マニアックな人しか読みません。
しかし、興味持つ人は、推論することはできます。
coverage > 20.であるとか、ヘテロ変異とかの問題については、リードの信頼性、技術的なことに関することで、プロがしかるべき処理をしているのだから、一般人は考えてなくて良いと思います。
細胞の塩基変異は修復される時もあるし、広がりがばらつくこともあると思うが、塩基変異は結果がすべてである。
一般人は、あまり、深堀しない方が良いと思う。
細胞増殖を1個から考える必要もないし、赤玉白玉も関係ないです。
学とみ子の理解です。
24649箇所は、FES1とFES2の塩基の違う箇所を調べて得た数値であり、この塩基箇所には、細胞独自で塩基変異した箇所が含まれる。
24649箇所の塩基種に注目して、親由来塩基の影響が無く、ES細胞独自の変化とみなせる箇所を探しに行き、FLS,CTS,129/GFP ES、FES1で比較していくと、FLS,CTS,129/GFP ESに共通し、FES1とは共通しない塩基が探せることになるのだと思う。
要は、親マウスにない塩基変異の共通性（4種の塩基のうちの同一種という意味）を追うことで、２細胞の由来、同一性の見当がつくようだ。
細胞は、マウスから作製時、あるいはその後の人工培養の経過で塩基が変異して行ってしまう。
この細胞独自で変異した塩基を手掛かりに、２細胞が同一であるか？、由来が同一なのか？を確認できるということだ。
一旦、マウス（減数分裂）という過程を経ると、そこで染色体の構造異常が生じるので、細胞培養だけの場合は、これを考える必要がない。
STAPの場合は、親マウスにおいてすでにSNVが起きているので、この影響を取り除いていく。
年余で変化した不完全近交系マウスの塩基情報、過去に作られた細胞の塩基情報、たとえば、ntEsG1 FES2の塩基情報がある。
これらを比較して、親マウスの影響を取り除いていく。
この作業をするので、近交系が崩れやマウスのコンタミは排除できる。
そして。親になく、かつ培養変化で生じた塩基変異部位をピックアップをするのだろう。
同一か？由来か？を決めたい2細胞において、ピックアップした塩基（STAPの場合は24649箇所が出発点）で、2細胞が同一の塩基であるかを見ていくのであろう。
結果、FLS,CTS,129/GFP ESでは、1290箇所もの多数塩基の種類が一致しているので、調査チームは、ほぼ同一細胞と決めたのであろう。
一方、FES1については、1290箇所の７割が一致しているので、由来細胞としたのであろう。
同一と決めるには、共通塩基の数が多いほど精度が高くなる。
由来と決めるには、共通塩基は少なくても決めることができる。
他の意見の方、お待ちしています。
ため息さんです。
＞当方のような下々の意見には絶対従わないというのが学とみ子のphilosophyなので、このような、悔しくないとタイトルで謳ってはいますが、悔し紛れの開き直り表現しかできないのです。
素人騙しに必死の学者に対して、正当論を言ってる学とみ子が悔しいと思うわけ無いでしょうが……。
理論論争に負けてるわけでもないし……。ため息さんが正当論を吐いてるわけでもない……。
ため息さんって、他人はこう思ってるはずの思い込みが強い。昔、偉かった人の特長だろう。誰も、ため息さんに対して、悔しいとかは思わない。
ため息さんが自らを、下々と称するのも、そうした驕りでしかない。「私(ため息)は、謙虚です」と言いたいのだろうが、読者は決してそうは取らない。
科学論は、淡々と書くべきだが、この人にはもはや、何を期待しても無駄だろう。
ただ、ため息さんは、素人騙しのテクニックはすごい。
＞結局、日本語では（日本語でなくとも）、「由来」≠「同一」だし「類似」≠「同一」 なのは、理解できたのかしらん？自分の作り上げた妄想なのがわかったのでしょうか？
生物現象は１００%でものを言うことができない。同一性が限りなく高くても、同一であると調査チームは、断定できない。
こうした生物学の限界を理解しない頭の悪い人がいる。
そうした人に向けて、一般論を引き合いにして、学とみ子がいかにも間違っているかのように、ため息さんは誘導する。
こんな反論は、ため息さんの浅はかな戦略にすぎないけど、ため息さんに騙されてしまう人は少数ながらいるようだ……。
体内時計さんです。2021年6月23日 9:51 AM
＞「24,649 sites」と「1,290SNPs」の違いが何なのか、報告書に書かれていないことは、既に6年前には話されているのですね。
体内時計さんの必死な検索活動は、ある意味、敬意に値しますね。参考になります。
ここまで、記憶するなら、なぜ、その先を、体内時計さん自らで推論できないのですかね。
ポスドクさんが、中断させた議論の先を、学とみ子は書いています。
しかし、体内時計さんには、ポスドクさんの話の先が、当ブログに書かれていることは理解できないようです。
ため息さんが、学とみ子デタラメ デタラメを叫んでいるから、一般人の勉学が進まないのでしょうね。
1290箇所と、24649箇所の説明が不十分であると言うことは、誰でも考えることです。
そこに気づくことに、新規性があるわけでもありません。
過去にいろいろな人が言ったとしても、新たに、繰り返して良いような一般論です。
オリジナルであるかのように新たに言ってはいけないとの類のものではないです。
＞733. 在米ポスドク 2015年05月31日 16:07
（略）
ブログ主の「24,649 sites」と「1,290SNPs」の違いについて議論するには情報不足、岡部マウスがCAGにコンタミ、というのは奇抜過ぎる、という両意見には賛成です。
http://blog.livedoor.jp/pyridoxal_phosphate/archives/29709918.html#comments
ポスドクさんは、議論を進めないようにしてますね。
SNP論に詳しい人なら、「24,649 sites」と「1,290SNPs」の違いはすぐわかると思います。
この話を進めると、当ブログで指摘しているESねつ造説の矛盾点に到達してしまうのが、プロはわかると思います。
先日のポスドク発言にしろ、体内時計さんの活動は、ESねつ造説の墓穴を掘ることになってますね。
一研究者のブログコメントは膨大すぎて大変ですが、中には素晴らしいコメントもあったと思います。
おいおい、学とみ子も探していくことにします。
サイト提示をありがとうございます。
まずは、以下の紹介です。
1639. 在米ポスドク
2015年11月14日 00:29
>>1638. stwatchさん
「新しい種類の幹細胞が作製できました、ESみたいに多能性があります！」と報告するなら、まず真っ先に疑うのはコンタミ。まして、比較の為にESをコントロールに用いているから、クロスコンタミの可能性は最重要の検討事項。本人は絶対コンタミが起こりえない状態を確保していた、と豪語していたはず。
都合のいい遺伝子型のコンタミが複数回都合良く起きるのは私にはまずもって信じがたいが、対応するES細胞を意識的に継続して混入できる精神性の方がさらに信じがたいので、偶然のコンタミの可能性は完全には否定できません。マウスのコンタミより、細胞のコンタミの方が可能性は高いです。
ちなみに、細胞のコンタミは、不慣れな実験者にはよく起こりうることです。アメリカにはATCCという細胞バンクがあり、さまざまな細胞を研究者達に有償で提供していますが、繰り返しHeLa等の増殖しやすい細胞のコンタミ事件を起こしています。
参考 JCRB細胞バンクのクロスコンタミ警告サイト
http://cellbank.nibiohn.go.jp//legacy/cellbank/qualitycontrol/crosscontami01.html
上記サイトにくわしく書かれていますが、インキュベータに隣り合って入れただけでは絶対にクロスコンタミは起きません。多くの場合、異なる細胞に関してピペットや培地を共用し、一度細胞に使用したピペットで培地に触れる等の誤った操作を行ったことが原因で起きているようです。
一研究者の意見ブログで議論があるようだけど、24649箇所というのは、FES１とFES2を比較して塩基がことなる部位と書かれており、どちらかの細胞は、登録SNP塩基のままであることがある。この24,649部位の情報から細胞種のグループ分けが始まる。
FES１と129/GFP ESとの比較も、あくまで両者間の違いを問題にしているだけで、ブルー、ピンク部位とは関係無い。ブルー、ピンクであると色を目で確認できる部分は、親マウスからきたクラスター変異なので、培養変異から除かれる。
桂報告書に示された塩基変異数は、あくまで、その、2細胞間の違いに限定されるので、一方の細胞のSNP部位はSNP登録塩基のままがあるだろう。
やはり大事なのは、FES１と129/GFP ESにおいて1,290箇所の３割が一致しないとの事実だろう。
一研究者ブログがすごいことになっている。
ルさんの書き込みにもびっくりだ。
Aさんも勉強になる。
参考のために、Aコメントと、それに対する議論をここにコピペしておこう。
3254.A
2021年06月23日 15:17
グリーンはどちらも登録通りの塩基がある。ピンクとブルーはSNPsサイトがホモになっている。ということはあるべき位置の塩基が相手の塩基になっている。例えば129の登録SNPsサイト位置にあるべき塩基が無く、むしろB6の登録SNPが129にあると言うグラフで、逆も含めて、これがトータル24649個所です。これが近縁率表に使われた。ここから親の交叉結果を取り除くと1290個所が残る。親の交叉結果はサイトがとぎれずに連続していることでわかる。これがBCA報告だと理解している。
あなたは培養変異だとは書いてないと反論してませんでしたか。今培養になってますね。論理的に培養変異にしかなりませんよね。
でもそれもたぶん間違っているのだというのがZscan4 さんの意見らしくて、私もそんな気がしているので返事を待っている。
3280.3257.A へ
2021年06月23日 16:30
間にクズコメントが挟まるから、分かり難いね。 ｗｗｗｗｗ
＞わたしの説明は3254にあるがどこが間違ってるかを指摘できるでしょ。してください。
おやおや、手のかかることで。
＞例えば129の登録SNPsサイト位置にあるべき塩基が無く、むしろB6の登録SNPが129にあると言うグラフで、逆も含めて、これがトータル24649個所です。
どこにそんなことが書いてあるのかな？
「FES1とFES2でのみ異なるSNPs」（厳密にいうなら、このWGS解析においてSNPとして検出されたSNPs）が24649個所と桂報告書資料に書いてあるでしょ。
君が上記に示したものは、これらの内、遺伝的背景の相違によると判断されて除外された第6、第11、 第12染色体のSNPsクラスターであり、24649個所ではなく、1290個所を残した 23359個所ということなんだよ。
After the above three SNP clusters reflecting parental heterogeneity
are excluded, the remaining 1,290 SNP alleles that distinguish FES1
and FES2 are supposed to have accumulated at or after establishment in 2005.
英文の意味、理解してる？？？
＞あなたは培養変異だとは書いてないと反論してませんでしたか。今培養になってますね。論理的に培養変異にしかなりませんよね。
あーあ。やはり知の壁が超えられないんだね。
1290か所のSNPとして検出されたものは、細胞樹立時または樹立後（の培養変異）に蓄積されたものだと書いてあるが、FES1と30％異なるということについては、30%違うと書いてあるだけで、培養変異によるとは書いていない、と言ってるんだよ。
「論理的に培養変異にしかなりませんよね。」というのは、バカの論理では真実が理解できないということだ。
3323.A
2021年06月23日 18:38
細胞は全解析されている。25億サイトの塩基が染色体別に番号を打たれてずらっと並んでるのは知っているんでしょ。129の登録SNPsは何番染色体の何番と何番にあってそれがATGCのどれかだと書かれている。その場所がちゃんと書かれたとおりの塩基になってるかということを調べている。B6も同じだ。そしてF1なんだから確率的には全部半々にあるのが基本です。BCAの細かいのは1Mbpですから百万サイトごとに区間を区切っている。その中に129とB6SNPsが登録されたとおりにあるのが半々のグリーン表示、どちらもない区間は白。言うまでもないが色つきの部分にも当然SNPsサイトでない場所の方がたくさんあるが、その割合はその区間ではグラフ表示されない。もしされるのだったら全染色体グラフはほぼ白になる。全サイト数に対してSNPsサイト数はオーダーが違うからだ。25億に対して数百万というのは0.2%もない。だから白い部分は何もンいところ以外は省いて割合を出している。
3324.A
2021年06月23日 18:54
FES1とFES2とで違っているところというのは図で見ても分かるでしょ。細かいところは別にしてもはっきり違っているのは赤線の枠の中です。そしてここでどちらもグリーンなら無論違ってないのですし、ピンクもどちらもピンクならそこは取り除かれるし、どちらもブルーであっても取り除かれるが、そんな場所は大ざっぱっばに見てほとんどない。6番は少ないから分かりやすいでしょ。狭い赤枠の中を見たらどちらも緑の場所が少しあるだけで他はブルー対グリーンかピンク対グリーンになっている。この違っているサイトの合計数が24649サイトだと桂報告書のスライドに書かれていて、これが近縁率表に使われた。だからこの近縁率表は親の交叉原因を含んで居るんです。
3325.A
2021年06月23日 19:01
だから
24649- the above three SNP clusters reflecting parental heterogeneity=1290
だよと言ってる。登録SNPsサイトを比較している。そこが登録されたものと違っていたらSNV という認識になりますよね。登録塩基がAなのに今Gに変異してたらSNPs塩基ではなくなっている。でも調べている場所は登録SNPs サイトです。
3326.A
2021年06月23日 19:13
そしてこの1290サイトの30％に変異が入ったことを培養変異だとしたのがBCA 報告で、学HN氏はSNPs 理解が曖昧であったがために、それを変異してSNPsになっている場所に新たに又変異が入ったのは特別の現象だと主張したことに対してため息先生は極普通に確率論で特殊でも何でもないと批判したつもりが、私はそれなら30%の変異確率は25億に及ぶ理屈になってしまうから、間違ってますねと言ったのさ。でもため息先生の言ってること自体は別に間違ってないから、そもそもBCAの主張が間違っているか、意図的な虚偽を述べてないかとZscan4さんに問い合わせているんです。彼がどこまで知っているのかは分かりません。何しろ私は知らないからね。教えて貰いたいんです。
やっぱり、培養変化と言うのは、ＥＳ捏造説にとっては致命的なんです。だから、ＥＳ捏造派は、そっちに持ってかないにしている。学術者間でも議論があるようだ。
STAP擁護派にとっては、培養変異の数が多い方が意味がある。1,290の３割であるか？どうかの議論は続く。
相変わらずの素人だましのため息さんです。
＞染色体の欠損等に加えて塩基変異（培養中に塩基変化がどの程度発生したか、しなかったか）から調べて判定したこととに何の関係もありません。
何の関係もないと言って騙せるのは、そちらの人だけです。
科学的議論についてため息さんは、学とみ子は意味不明であると言って逃げるんですよね。それがおかしいと思わない人しか、ため息ブログメンバーにはいない。
ため息さんは、培養による塩基変化に触れない。FES１が、長期間培養で129/GFP ESとなった可能性を、ＥＳ捏造派は、認めたくないのです。
ため息さんです。
＞これまで何人の方が学とみ子の発言を意味不明と言ったか、学とみ子は覚えてないでしょうな。
学とみ子批判の人は、ＥＳ捏造派学者です。そうした人しか、ネット書き込みしません。ため息さんは、そこをサポートする人です。
学とみ子は特別に変な奴として集団でバカ呼ばわりをします。それが、ため息ブログです。この集団作業にだまされる一般人がいます。一般人というよりは、狂信的に自論に執着する人です。一般社会では、その数は多くはないけど、ため息ブログには集まるようです。
いづれにしろ、広く世間には、専門知識を持った人はいますから、学とみ子の主張を理解して修正する人もいるのです。
ため息さんです。
＞はて？学とみ子の主張を理解して修正する人が、専門知識を持った/持たないに関係なく、これまでいたのでしょうか？どなたでしょた？
どこまでも焦点をぼかすため息さんです。
今回、擁護派の人たちの考えを修正し、レベルアップに貢献したのはAさんです。学とみ子、一言居士一蓙など、STAP擁護派全員のSNP理解が進みました。一研究者ブログの混沌からハスの花が咲いたようです。やっぱりただ者ではなかったAさんでした。
その後も、A先生の授業が続きます。
3379.A
2021年06月25日 00:35
レヴュワーって論文の査読者がってことですか。
査読者がFES1と3種は少し違うと書けと言うんですか?
事実で無かったら査読者が捏造させたことになりますよ。ネイチャー誌ですよね。捏造があるなら書き手だと思いますが。
論文趣旨はFES1とFES2の129とB6の登録SNPサイトを比較して違っている場所を比較している。これは桂報告書とBCA と共通ですが、1290サイトがどこかはBCAにしかない。これはBCAの文章では24649サイトから親の交叉原因を取り除いた部分と書かれている。残っているのは無論SNPsサイトです。
そうでない読み方はどういう読み方ですか。これは専門知識の問題ではありませんから仮に私が間違っているのなら、文章が嘘になっていることになる。
3380.A
2021年06月25日 00:46
>>推測ではまずFES1とFES2のみで比較をしてSNVを抽出、しかし他の3種の細胞でそこはカバレージなどが足りてなかった。きっとレビュアーに言われいやいや30%と追記したんじゃなかろうかと。
論文にはそう書かれていませんよね。登録SNPsを比較したとと書かれている。それとは別に1290個所を比較したのならその場所はどうして特定したかということになるが、それは24649サイトから親の交叉原因を取り除いたと書いてあって、新たにSNVの有無も調べているなんて書かれてない。つまり、あなたの言う、
>>そのpositionが明記されていたら、はっきりしたことは言えるのだけど。
ということでしょ。そんなことをしたなんて書かれてないということですよね。
3382.A
2021年06月25日 00:58
SNVはSNPサイトでない場所ということですか。それともSNPsサイトが登録塩基でなくなっているものをSNVと言ってるんですか。後者ならそれは論文に書かれている通りです。でも前者だったら、SNP箇所以外は129とB6の普通の全サイトですよ。SNPs箇所以外ではどちらがどっちか決められない。せいぜ例えば黒毛の遺伝子座はB6で白毛の遺伝子座は129だということになるが、そうでない場所でその塩基がSNVとどうやって判断しますか。F1ですよ。親を調べているのではない。
3383.A
2021年06月25日 01:12
ここで言われているSNVsってSNP座で登録塩基から変異した塩基の事ではないのですか。
>>
After filtering properly mapped tags and then removing PCR duplication with
SAMtools (ver. 0.1.19), we identified SNPs from the aligned sequence data using SAMtools Mpileup and BCFtools (ver. 0.1.19) with default options. We also identified reliable SNVs including heterozygous alleles from aligned sequence data that satisfied the following criteria using SAMtools Mpileup after filtering the properly mapped tags.
3384.A
2021年06月25日 01:17
We also identified reliable SNVs including heterozygous alleles from aligned sequence data というのは本文に書かれていないですよね。これって何なんですか。これが1290個所だなんて説明は本文にありませんよね。
3385.A
2021年06月25日 01:29
話しが全く整合していないですよね。これって捏造論文なんじゃないですか。この部分、FLS3とCTSは129/GFP ESで捏造されたと示唆するための虚偽記載ではないですか。
ヘテロプラズミーに関しては必ず生じるとは限らないという金華豚論文でしたから、僕は証明には使えないかもと考えています。この入れ替えは無いということになったら小保方さんがES細胞を渡したということになります。でも渡すことはできないとの別の証明をたくさんもってます。だから必ず入れ替えられています。学生のntESもそうです。中身はGLSに入れ替えられてます。
>学とみ子、くやしかったら、そして嘘つきと言われたくなかったら「桂報告書前半では、混入ＥＳは129/GFP ESであると言ってる。」ということが桂調査委員会報告書のどこに書いてあるか示してみろ。
その答えに一番近いのは、桂報告書6ページです。紫字
残った 1,290SNPsを用いて比較を行うと、STAP 幹細胞 FLS3、FI 幹細胞 CTS1、および、ES 細胞 129/GFP ESは同一細胞株といって良い程の高い類似性を示すことが判明した。
ため息さんが、上記の文章ではだめというなら、それで良いです。
ため息さんが、ESねつ造論を堅持したいのだから、そのため息主張の前には、学とみ子は無力です。
ため息さんが正しいとする一般人がいるなら、そういう人もいるんだな！残念だな！将来は変わってほしいな！勉強してほしいな！と、学とみ子は思うだけです。
いま、もめているSNP論は、結局、桂報告書が一般人向けの解説をしていないからです。
桂報告書の示す1290箇所と、24649箇所の関係は、はっきりとは桂報告書には説明がないです。
1290箇所の3割問題も、桂報告書には記載がなく、英文論文だけです。
マニアックな人しか読みません。
しかし、興味持つ人は、推論することはできます。
coverage > 20.であるとか、ヘテロ変異とかの問題については、リードの信頼性、技術的なことに関することで、プロがしかるべき処理をしているのだから、一般人は考えてなくて良いと思います。
細胞の塩基変異は修復される時もあるし、広がりがばらつくこともあると思うが、塩基変異は結果がすべてである。
一般人は、あまり、深堀しない方が良いと思う。
細胞増殖を1個から考える必要もないし、赤玉白玉も関係ないです。
学とみ子の理解です。
24649箇所は、FES1とFES2の塩基の違う箇所を調べて得た数値であり、この塩基箇所には、細胞独自で塩基変異した箇所が含まれる。
24649箇所の塩基種に注目して、親由来塩基の影響が無く、ES細胞独自の変化とみなせる箇所を探しに行き、FLS,CTS,129/GFP ES、FES1で比較していくと、FLS,CTS,129/GFP ESに共通し、FES1とは共通しない塩基が探せることになるのだと思う。
要は、親マウスにない塩基変異の共通性（4種の塩基のうちの同一種という意味）を追うことで、２細胞の由来、同一性の見当がつくようだ。
細胞は、マウスから作製時、あるいはその後の人工培養の経過で塩基が変異して行ってしまう。
この細胞独自で変異した塩基を手掛かりに、２細胞が同一であるか？、由来が同一なのか？を確認できるということだ。
一旦、マウス（減数分裂）という過程を経ると、そこで染色体の構造異常が生じるので、細胞培養だけの場合は、これを考える必要がない。
STAPの場合は、親マウスにおいてすでにSNVが起きているので、この影響を取り除いていく。
年余で変化した不完全近交系マウスの塩基情報、過去に作られた細胞の塩基情報、たとえば、ntEsG1 FES2の塩基情報がある。
これらを比較して、親マウスの影響を取り除いていく。
この作業をするので、近交系が崩れやマウスのコンタミは排除できる。
そして。親になく、かつ培養変化で生じた塩基変異部位をピックアップをするのだろう。
同一か？由来か？を決めたい2細胞において、ピックアップした塩基（STAPの場合は24649箇所が出発点）で、2細胞が同一の塩基であるかを見ていくのであろう。
結果、FLS,CTS,129/GFP ESでは、1290箇所もの多数塩基の種類が一致しているので、調査チームは、ほぼ同一細胞と決めたのであろう。
一方、FES1については、1290箇所の７割が一致しているので、由来細胞としたのであろう。
同一と決めるには、共通塩基の数が多いほど精度が高くなる。
由来と決めるには、共通塩基は少なくても決めることができる。
他の意見の方、お待ちしています。
ため息さんです。
＞当方のような下々の意見には絶対従わないというのが学とみ子のphilosophyなので、このような、悔しくないとタイトルで謳ってはいますが、悔し紛れの開き直り表現しかできないのです。
素人騙しに必死の学者に対して、正当論を言ってる学とみ子が悔しいと思うわけ無いでしょうが……。
理論論争に負けてるわけでもないし……。ため息さんが正当論を吐いてるわけでもない……。
ため息さんって、他人はこう思ってるはずの思い込みが強い。昔、偉かった人の特長だろう。誰も、ため息さんに対して、悔しいとかは思わない。
ため息さんが自らを、下々と称するのも、そうした驕りでしかない。「私(ため息)は、謙虚です」と言いたいのだろうが、読者は決してそうは取らない。
科学論は、淡々と書くべきだが、この人にはもはや、何を期待しても無駄だろう。
ただ、ため息さんは、素人騙しのテクニックはすごい。
＞結局、日本語では（日本語でなくとも）、「由来」≠「同一」だし「類似」≠「同一」 なのは、理解できたのかしらん？自分の作り上げた妄想なのがわかったのでしょうか？
生物現象は１００%でものを言うことができない。同一性が限りなく高くても、同一であると調査チームは、断定できない。
こうした生物学の限界を理解しない頭の悪い人がいる。
そうした人に向けて、一般論を引き合いにして、学とみ子がいかにも間違っているかのように、ため息さんは誘導する。
こんな反論は、ため息さんの浅はかな戦略にすぎないけど、ため息さんに騙されてしまう人は少数ながらいるようだ……。
体内時計さんです。2021年6月23日 9:51 AM
＞「24,649 sites」と「1,290SNPs」の違いが何なのか、報告書に書かれていないことは、既に6年前には話されているのですね。
体内時計さんの必死な検索活動は、ある意味、敬意に値しますね。参考になります。
ここまで、記憶するなら、なぜ、その先を、体内時計さん自らで推論できないのですかね。
ポスドクさんが、中断させた議論の先を、学とみ子は書いています。
しかし、体内時計さんには、ポスドクさんの話の先が、当ブログに書かれていることは理解できないようです。
ため息さんが、学とみ子デタラメ デタラメを叫んでいるから、一般人の勉学が進まないのでしょうね。
1290箇所と、24649箇所の説明が不十分であると言うことは、誰でも考えることです。
そこに気づくことに、新規性があるわけでもありません。
過去にいろいろな人が言ったとしても、新たに、繰り返して良いような一般論です。
オリジナルであるかのように新たに言ってはいけないとの類のものではないです。
＞733. 在米ポスドク 2015年05月31日 16:07
（略）
ブログ主の「24,649 sites」と「1,290SNPs」の違いについて議論するには情報不足、岡部マウスがCAGにコンタミ、というのは奇抜過ぎる、という両意見には賛成です。
http://blog.livedoor.jp/pyridoxal_phosphate/archives/29709918.html#comments
ポスドクさんは、議論を進めないようにしてますね。
SNP論に詳しい人なら、「24,649 sites」と「1,290SNPs」の違いはすぐわかると思います。
この話を進めると、当ブログで指摘しているESねつ造説の矛盾点に到達してしまうのが、プロはわかると思います。
先日のポスドク発言にしろ、体内時計さんの活動は、ESねつ造説の墓穴を掘ることになってますね。
一研究者のブログコメントは膨大すぎて大変ですが、中には素晴らしいコメントもあったと思います。
おいおい、学とみ子も探していくことにします。
サイト提示をありがとうございます。
まずは、以下の紹介です。
1639. 在米ポスドク
2015年11月14日 00:29
>>1638. stwatchさん
「新しい種類の幹細胞が作製できました、ESみたいに多能性があります！」と報告するなら、まず真っ先に疑うのはコンタミ。まして、比較の為にESをコントロールに用いているから、クロスコンタミの可能性は最重要の検討事項。本人は絶対コンタミが起こりえない状態を確保していた、と豪語していたはず。
都合のいい遺伝子型のコンタミが複数回都合良く起きるのは私にはまずもって信じがたいが、対応するES細胞を意識的に継続して混入できる精神性の方がさらに信じがたいので、偶然のコンタミの可能性は完全には否定できません。マウスのコンタミより、細胞のコンタミの方が可能性は高いです。
ちなみに、細胞のコンタミは、不慣れな実験者にはよく起こりうることです。アメリカにはATCCという細胞バンクがあり、さまざまな細胞を研究者達に有償で提供していますが、繰り返しHeLa等の増殖しやすい細胞のコンタミ事件を起こしています。
参考 JCRB細胞バンクのクロスコンタミ警告サイト
http://cellbank.nibiohn.go.jp//legacy/cellbank/qualitycontrol/crosscontami01.html
上記サイトにくわしく書かれていますが、インキュベータに隣り合って入れただけでは絶対にクロスコンタミは起きません。多くの場合、異なる細胞に関してピペットや培地を共用し、一度細胞に使用したピペットで培地に触れる等の誤った操作を行ったことが原因で起きているようです。
一研究者の意見ブログで議論があるようだけど、24649箇所というのは、FES１とFES2を比較して塩基がことなる部位と書かれており、どちらかの細胞は、登録SNP塩基のままであることがある。この24,649部位の情報から細胞種のグループ分けが始まる。
FES１と129/GFP ESとの比較も、あくまで両者間の違いを問題にしているだけで、ブルー、ピンク部位とは関係無い。ブルー、ピンクであると色を目で確認できる部分は、親マウスからきたクラスター変異なので、培養変異から除かれる。
桂報告書に示された塩基変異数は、あくまで、その、2細胞間の違いに限定されるので、一方の細胞のSNP部位はSNP登録塩基のままがあるだろう。
やはり大事なのは、FES１と129/GFP ESにおいて1,290箇所の３割が一致しないとの事実だろう。
一研究者ブログがすごいことになっている。
ルさんの書き込みにもびっくりだ。
Aさんも勉強になる。
参考のために、Aコメントと、それに対する議論をここにコピペしておこう。
3254.A
2021年06月23日 15:17
グリーンはどちらも登録通りの塩基がある。ピンクとブルーはSNPsサイトがホモになっている。ということはあるべき位置の塩基が相手の塩基になっている。例えば129の登録SNPsサイト位置にあるべき塩基が無く、むしろB6の登録SNPが129にあると言うグラフで、逆も含めて、これがトータル24649個所です。これが近縁率表に使われた。ここから親の交叉結果を取り除くと1290個所が残る。親の交叉結果はサイトがとぎれずに連続していることでわかる。これがBCA報告だと理解している。
あなたは培養変異だとは書いてないと反論してませんでしたか。今培養になってますね。論理的に培養変異にしかなりませんよね。
でもそれもたぶん間違っているのだというのがZscan4 さんの意見らしくて、私もそんな気がしているので返事を待っている。
3280.3257.A へ
2021年06月23日 16:30
間にクズコメントが挟まるから、分かり難いね。 ｗｗｗｗｗ
＞わたしの説明は3254にあるがどこが間違ってるかを指摘できるでしょ。してください。
おやおや、手のかかることで。
＞例えば129の登録SNPsサイト位置にあるべき塩基が無く、むしろB6の登録SNPが129にあると言うグラフで、逆も含めて、これがトータル24649個所です。
どこにそんなことが書いてあるのかな？
「FES1とFES2でのみ異なるSNPs」（厳密にいうなら、このWGS解析においてSNPとして検出されたSNPs）が24649個所と桂報告書資料に書いてあるでしょ。
君が上記に示したものは、これらの内、遺伝的背景の相違によると判断されて除外された第6、第11、 第12染色体のSNPsクラスターであり、24649個所ではなく、1290個所を残した 23359個所ということなんだよ。
After the above three SNP clusters reflecting parental heterogeneity
are excluded, the remaining 1,290 SNP alleles that distinguish FES1
and FES2 are supposed to have accumulated at or after establishment in 2005.
英文の意味、理解してる？？？
＞あなたは培養変異だとは書いてないと反論してませんでしたか。今培養になってますね。論理的に培養変異にしかなりませんよね。
あーあ。やはり知の壁が超えられないんだね。
1290か所のSNPとして検出されたものは、細胞樹立時または樹立後（の培養変異）に蓄積されたものだと書いてあるが、FES1と30％異なるということについては、30%違うと書いてあるだけで、培養変異によるとは書いていない、と言ってるんだよ。
「論理的に培養変異にしかなりませんよね。」というのは、バカの論理では真実が理解できないということだ。
3323.A
2021年06月23日 18:38
細胞は全解析されている。25億サイトの塩基が染色体別に番号を打たれてずらっと並んでるのは知っているんでしょ。129の登録SNPsは何番染色体の何番と何番にあってそれがATGCのどれかだと書かれている。その場所がちゃんと書かれたとおりの塩基になってるかということを調べている。B6も同じだ。そしてF1なんだから確率的には全部半々にあるのが基本です。BCAの細かいのは1Mbpですから百万サイトごとに区間を区切っている。その中に129とB6SNPsが登録されたとおりにあるのが半々のグリーン表示、どちらもない区間は白。言うまでもないが色つきの部分にも当然SNPsサイトでない場所の方がたくさんあるが、その割合はその区間ではグラフ表示されない。もしされるのだったら全染色体グラフはほぼ白になる。全サイト数に対してSNPsサイト数はオーダーが違うからだ。25億に対して数百万というのは0.2%もない。だから白い部分は何もンいところ以外は省いて割合を出している。
3324.A
2021年06月23日 18:54
FES1とFES2とで違っているところというのは図で見ても分かるでしょ。細かいところは別にしてもはっきり違っているのは赤線の枠の中です。そしてここでどちらもグリーンなら無論違ってないのですし、ピンクもどちらもピンクならそこは取り除かれるし、どちらもブルーであっても取り除かれるが、そんな場所は大ざっぱっばに見てほとんどない。6番は少ないから分かりやすいでしょ。狭い赤枠の中を見たらどちらも緑の場所が少しあるだけで他はブルー対グリーンかピンク対グリーンになっている。この違っているサイトの合計数が24649サイトだと桂報告書のスライドに書かれていて、これが近縁率表に使われた。だからこの近縁率表は親の交叉原因を含んで居るんです。
3325.A
2021年06月23日 19:01
だから
24649- the above three SNP clusters reflecting parental heterogeneity=1290
だよと言ってる。登録SNPsサイトを比較している。そこが登録されたものと違っていたらSNV という認識になりますよね。登録塩基がAなのに今Gに変異してたらSNPs塩基ではなくなっている。でも調べている場所は登録SNPs サイトです。
3326.A
2021年06月23日 19:13
そしてこの1290サイトの30％に変異が入ったことを培養変異だとしたのがBCA 報告で、学HN氏はSNPs 理解が曖昧であったがために、それを変異してSNPsになっている場所に新たに又変異が入ったのは特別の現象だと主張したことに対してため息先生は極普通に確率論で特殊でも何でもないと批判したつもりが、私はそれなら30%の変異確率は25億に及ぶ理屈になってしまうから、間違ってますねと言ったのさ。でもため息先生の言ってること自体は別に間違ってないから、そもそもBCAの主張が間違っているか、意図的な虚偽を述べてないかとZscan4さんに問い合わせているんです。彼がどこまで知っているのかは分かりません。何しろ私は知らないからね。教えて貰いたいんです。
やっぱり、培養変化と言うのは、ＥＳ捏造説にとっては致命的なんです。だから、ＥＳ捏造派は、そっちに持ってかないにしている。学術者間でも議論があるようだ。
STAP擁護派にとっては、培養変異の数が多い方が意味がある。1,290の３割であるか？どうかの議論は続く。
相変わらずの素人だましのため息さんです。
＞染色体の欠損等に加えて塩基変異（培養中に塩基変化がどの程度発生したか、しなかったか）から調べて判定したこととに何の関係もありません。
何の関係もないと言って騙せるのは、そちらの人だけです。
科学的議論についてため息さんは、学とみ子は意味不明であると言って逃げるんですよね。それがおかしいと思わない人しか、ため息ブログメンバーにはいない。
ため息さんは、培養による塩基変化に触れない。FES１が、長期間培養で129/GFP ESとなった可能性を、ＥＳ捏造派は、認めたくないのです。
ため息さんです。
＞これまで何人の方が学とみ子の発言を意味不明と言ったか、学とみ子は覚えてないでしょうな。
学とみ子批判の人は、ＥＳ捏造派学者です。そうした人しか、ネット書き込みしません。ため息さんは、そこをサポートする人です。
学とみ子は特別に変な奴として集団でバカ呼ばわりをします。それが、ため息ブログです。この集団作業にだまされる一般人がいます。一般人というよりは、狂信的に自論に執着する人です。一般社会では、その数は多くはないけど、ため息ブログには集まるようです。
いづれにしろ、広く世間には、専門知識を持った人はいますから、学とみ子の主張を理解して修正する人もいるのです。
ため息さんです。
＞はて？学とみ子の主張を理解して修正する人が、専門知識を持った/持たないに関係なく、これまでいたのでしょうか？どなたでしょた？
どこまでも焦点をぼかすため息さんです。
今回、擁護派の人たちの考えを修正し、レベルアップに貢献したのはAさんです。学とみ子、一言居士一蓙など、STAP擁護派全員のSNP理解が進みました。一研究者ブログの混沌からハスの花が咲いたようです。やっぱりただ者ではなかったAさんでした。
その後も、A先生の授業が続きます。
3379.A
2021年06月25日 00:35
レヴュワーって論文の査読者がってことですか。
査読者がFES1と3種は少し違うと書けと言うんですか?
事実で無かったら査読者が捏造させたことになりますよ。ネイチャー誌ですよね。捏造があるなら書き手だと思いますが。
論文趣旨はFES1とFES2の129とB6の登録SNPサイトを比較して違っている場所を比較している。これは桂報告書とBCA と共通ですが、1290サイトがどこかはBCAにしかない。これはBCAの文章では24649サイトから親の交叉原因を取り除いた部分と書かれている。残っているのは無論SNPsサイトです。
そうでない読み方はどういう読み方ですか。これは専門知識の問題ではありませんから仮に私が間違っているのなら、文章が嘘になっていることになる。
3380.A
2021年06月25日 00:46
>>推測ではまずFES1とFES2のみで比較をしてSNVを抽出、しかし他の3種の細胞でそこはカバレージなどが足りてなかった。きっとレビュアーに言われいやいや30%と追記したんじゃなかろうかと。
論文にはそう書かれていませんよね。登録SNPsを比較したとと書かれている。それとは別に1290個所を比較したのならその場所はどうして特定したかということになるが、それは24649サイトから親の交叉原因を取り除いたと書いてあって、新たにSNVの有無も調べているなんて書かれてない。つまり、あなたの言う、
>>そのpositionが明記されていたら、はっきりしたことは言えるのだけど。
ということでしょ。そんなことをしたなんて書かれてないということですよね。
3382.A
2021年06月25日 00:58
SNVはSNPサイトでない場所ということですか。それともSNPsサイトが登録塩基でなくなっているものをSNVと言ってるんですか。後者ならそれは論文に書かれている通りです。でも前者だったら、SNP箇所以外は129とB6の普通の全サイトですよ。SNPs箇所以外ではどちらがどっちか決められない。せいぜ例えば黒毛の遺伝子座はB6で白毛の遺伝子座は129だということになるが、そうでない場所でその塩基がSNVとどうやって判断しますか。F1ですよ。親を調べているのではない。
3383.A
2021年06月25日 01:12
ここで言われているSNVsってSNP座で登録塩基から変異した塩基の事ではないのですか。
>>
After filtering properly mapped tags and then removing PCR duplication with
SAMtools (ver. 0.1.19), we identified SNPs from the aligned sequence data using SAMtools Mpileup and BCFtools (ver. 0.1.19) with default options. We also identified reliable SNVs including heterozygous alleles from aligned sequence data that satisfied the following criteria using SAMtools Mpileup after filtering the properly mapped tags.
3384.A
2021年06月25日 01:17
We also identified reliable SNVs including heterozygous alleles from aligned sequence data というのは本文に書かれていないですよね。これって何なんですか。これが1290個所だなんて説明は本文にありませんよね。
3385.A
2021年06月25日 01:29
話しが全く整合していないですよね。これって捏造論文なんじゃないですか。この部分、FLS3とCTSは129/GFP ESで捏造されたと示唆するための虚偽記載ではないですか。
ヘテロプラズミーに関しては必ず生じるとは限らないという金華豚論文でしたから、僕は証明には使えないかもと考えています。この入れ替えは無いということになったら小保方さんがES細胞を渡したということになります。でも渡すことはできないとの別の証明をたくさんもってます。だから必ず入れ替えられています。学生のntESもそうです。中身はGLSに入れ替えられてます。
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