Aさん登場の意味するもの
2021/07/06
Aさんの最大の功績は、学とめ子のおごりに満ちた学者の暴走を止めたことにある。
Aさんという初心者キャラが登場し、次第に、Aさんが専門的なことを語り始めてからは、学とめ子はこなくなった。
一方で、学とみ子は、「Aさんはもしかすると専門家かもしれない？」と警告を発した。
Aさんを得体が知れない存在と感じたかもしれない学とめ子は退散したかも・・。
やっぱり、Aさんこと、策士・一言居士さんはすごいと思った。
HN学とめ子の登場が無くなったのだから。
学とみ子は、ため息さんにも、学とめ子にも耄碌婆さんと呼ばれ、いじめらればかりだった。
学とみ子は学者たちの暴走を止めたいと思っていたのだが、うまくやれていなかった。
でも、一言居士さんは、学者を止めた！
一般人をだまそうとする学者層を打破できるということを、一言居士さんは、証明してみせた。
セイヤさんも、ペルドンさんも、書く内容が変幻自在という感じですごい。
彼らは、社会の動きをいつも見廻しつつ、一見、おバカキャラにもなる。
その裏で、「俺たちはだませないゼ！気をつけろよ」とすごみのパフォーマンスを匂わせる。
いくつもの多層性の引き出しのある男性脳にはやはり、かなわない！と、学とみ子は感じる。
一言居士さんの”学とみ子とため息同一人説”は当ブログにとって、いかんともしがたいけど、これも一言居士さんが策士である限り仕方ないのだろう。
とにかく、学者たちの偏向とデタラメ解釈に対し、一般人は抗議できる力を持つことが証明されていると思う。
科学には、普遍性があるから、一般人も理解を深めることができる。
科学は自然科学のみならず、社会科学も含まれる。
情報の世の中では、科学の独学が可能である。
知識を共有する一般人は、学者たちのご都合主義を疑問視できる。
一般人たちがSTAP疑惑に対し抗議することで、学者たちに反省を促すエピソードとなるだろう。
学とみ子が、STAP事件を書くモチベーションは、専門家の暴走に対し抗議することだ。
専門知識があると、他人をだませるのだが、それは人としてやってはいけないことだと思う。
学んだ知識で、他人をだましてはいけないと思う。
学とめ子は、自らの専門知識をふりまいて、STAP擁護派をボロクソにけなした。
そもそも、学とめ子というHNを使うことからして、他人をおちょくり貶める気合いが学とめ子に満ちている。
とにかく、学とめ子は、一般人の学びを、ぐちゃぐちゃにかき回した。
学とめ子は、正しいことを言っているのだが、一般人の理解を進ませる方向ではなく、混乱させるために書いている。
少し、その例をあげてみよう。
2119. 学とめ子 2021年06月02日 10:56
間抜けどもの誤解、勘違い、低能の理解について
ES細胞の突然点変異：放医研の元論文を読んでいないのだろう。
1か月に37個というのを詳しく紐解けば、マウスES細胞では１度の細胞分裂で数個の突然点変異が生じているということが分かるんだけどね。
凍結・解凍なんてプロセスは全く不要だし間抜けの妄想。長い年月なんて全く必要はない。1か月程度増殖培養を行えば十分。
FES1とFES2の違い：そもそも両者のSNPは全ゲノム領域で見れば非常に一致してる。（ざくっと言って99%は一致） FES1とFES2で異なっているSNPsについて調べた近似率表で、FES1とFES2は全然違うとか言ってる間抜けは頭がおかしいとしか言えない。
とりあえず、考えるヒントの一部だよ。感謝しなさいね。 ｗｗｗｗ
2312. 学とめ子 2021年06月07日 16:30
＞考察に必要なヒントは十分に書いてきたつもりだが、、まともに理解できた人は少ないようだ。（plus99%氏はおよそ理解されているみたいだがね）
＞plus99%氏はおよそ理解されているみたいだがね
一般人：ええっ、plus99%氏の主張のどこが正しいの？
＞そもそもDNAのコピーミス、突然点変異については、例の桂不正調査報告書の近縁率表の解釈に関連して、5年以上前に議論済みなのだが、、
当初、教科書的なデータとして哺乳類の細胞のコピーミスは10億分の１程度という数値から、SNPとして数十~数百の相違になるのかとの疑義もあったが、誰かが放医研の論文を見つけてきて、マウスＥＳ細胞においては1回の細胞分裂で３~8個程度の突然点変異が発生するとのデータから、オーダーとして妥当という結論に至ったというものだ。
学とめ子は、1個としての細胞の動態と、細胞集団における動態を意識的に混ぜ合わせて説明し、一般人を混乱させる。
学とめ子は、細胞が1個単位で分裂すると、数個の塩基コピーミスが起きるという事実の説明から始める。
1個の方が考えやすいと、学とめ子は一般人を誘う。
しかし、今、考えなければいけないのは、培養中の細胞集団でどのような現象が起きるか？である。
1細胞で起きた塩基ミスが、そのまま全体に及ぶわけではない。
塩基の測定は、細胞集団としてDNA塩基を抽出して行うのだ。
学とめ子は、細胞が多くなると考えが複雑になるから1個から考えようなどと言う。
しかし、現実の細胞の動態は、決して単細胞で決まるのでなく、どう周りの細胞に影響するかを考えることである。
学とめ子は、1個の塩基変異が全体の細胞に及ぶかのように、話をもっていく。
そして、以下のように、塩基ミスが分裂のたびに細胞集団で占める割合が縮小していくことを説明している。
正しいことを、正しい方向への理解へと導かないようにしているのである。
2313. 学とめ子 2021年06月07日 16:36
＞さて、易しい話にしてみようか。
クローン化というとバカが妄想・誤解しやすいので、１細胞から増殖を始めれば、という話をまず最初にしてやったんだがね。
１細胞に存在しているSNVは基本的にそこから増殖していく細胞全てに引き継がれるので、ほぼ100％の細胞に存在し、SNPとして検出される。これはアホでも判るだろう。 （過去には、SNVとSNPは違うとか間違った方向に向かって理解できないバカもいたが）
そして、１回目の細胞分裂によって1つの細胞には３~8個程度のSNVが発生するが、これも増殖していく細胞には基本的に引き継がれるので、結果として全体の50%の細胞に存在し、SNPとして検出される。
この２個の細胞がそれぞれ分裂する際、新たに３~8個程度のSNVが発生するが、これらは全体の25%の細胞に引き継がれ、もしその全てを抽出した分析サンプルがあれば、SNPとして検出されるが、サンプリングが偏れば、25%未満のSNVはSNPとしては検出されず、25%以上のSNVはSNPとして検出される。
4個に分裂した細胞が8個になる時には、新たにランダムに発生した３~8個程度のSNVは全体の12.5％に引き継がれるわけで、そのままではSNPとしては検出されないが、、 そこで赤玉白玉のたとえ話で示したサンプリングによる偏りという、無限空間ではない現実の話が出てくるわけだ。
ここまでは何とか半分程度の人間はついてこれるだろうかね。
問題は次のステップ。細胞1個から始めたケースなら理解できる話が、多数の細胞から始めたら違うんではないかと思ってしまう。
多数といったところで、元の受精卵は１個だし、受精卵ES細胞の元になる内部細胞塊はせいぜい100個以下の細胞数なのだが、、
上記に書かれた内容が、さらにひどい説明だ。
ここで、学とめ子は受精卵を出してきて、まずます一般人を混乱させる。
学とめ子は、受精卵でおきる塩基コピーミスと、人工条件の培養中におきる塩基コピーミスを平行させている。
全く違う伝達様式を混ぜてしまうのだ。
、
学とめ子は、一般人の誤解を誘うことを意識的にしている。
受精卵の塩基コピーミスは、以後の細胞の全てに引き継がれるが、培養細胞はそうではない。
上で、学とめ子が説明をしているように、塩基コピーミスの割合は細胞分裂のたびに、塩基コピーミスがおきた遺伝子割合が減っていく。
近交系の兄弟掛け合わせで、問題の起きた遺伝子は減少していく。塩基変異が消えていくのである。
2314. 学とめ子 2021年06月07日 17:03
・・・・
＞桂報告書の解析対象の細胞一覧表では、GOF-ESが核移植ES細胞、FES1が受精卵ES細胞などと記載されているのに対して、129/GFP ESは「由来不明」と記載されている。同時期に公表されたスライド説明資料でも、「小保方研ストック 由来不明細胞株」とあり、これらからES細胞と断定はしていないと考えるべきだろう。（本文中でES細胞と書いてる箇所もあるが、あえて言うなら記載不備かな）
まあ、ラベルにESと記載があるからES細胞と考えたのかもしれないし、Nature BCA論文でのCell cultureでは、他のES細胞と同じ培地で培養したとあるので、培養時に取り扱った感覚としてES細胞であると感じたのかもしれないが。。
いずれにせよ、DNAの分析で細胞の由来を調べたというのが本質的なことであり、ましてSTAP論文ではどこにも記載もなく、何に使ったのかも誰が小保方研のストックに置いたのかも不明の細胞について、ES細胞としての性質まで調べることに意味はないことは研究者なら理解できる話だと思うが。
（一部の無知蒙昧が、解析結果を理解できず、FES1と同一とは言えないとかの妄言を叫んでいたのを思い出したよ）
耄碌婆さん「つまり、A部位という特定部位での培養変異が起きることが条件となりますので、」
まるで理解できていないね。 ほぼ気違いに近いのかな？
そいうえば、どこかおｎ間抜けなTSなんちゃらのブログにも、一度生じたSNPと同じ場所に点変異が起きる確率とか何とか、バカ丸出しの誤解が書いてあったが、、、 同じような無知蒙昧がいるとはビックリだ。
学とめ子は、BCA報告の著者らが、STAPはFES1由来129/GFP ESと決めたのに反対していたことがわかる。
129/GFP ESを解析され、その素性が明らかにされたのが学とめ子は不満なのである。
学とめ子は、STAP疑惑をFES1説で逃げたかった学者たちの一人だろう。
学とめ子は、129/GFP ESを不明細胞で片づけたかったのだ。
そうした策略を、学とめ子はわざわざ漏らしている。
こうして、学とめ子が舞台の上で、一般人を心底バカにして楽しんでいる時に、Aさんは登場した。
それも、とても初歩的な質問を引っ提げていたのである。
断片化させた塩基配列を使い、重層的に塩基測定していく方法は、STAPフォロワーは知っている。
細胞塩基は、細胞をマスで捉えて測定することを、STAPフォロワーなら知っている。
1細胞単独のDNA決定はできないことを知っているはずだ。
シングルセルでのSTAP細胞解析は、笹井先生が記者会見で今後の課題と言う程に、一般的なことではなかった。
ところが、Aさんは、そこを逆手に取った。
Aさんこと一言居士さんは、それを知らないふりをして、まさにド素人のいでたちで登場したのだ。
だから、Aさんが一言居士さんとは、誰も気づけなかった。
するどいセイヤさんでも無理だった。
2670. A 2021年06月15日 17:38
＞>>マウスＥＳ細胞においては1回の細胞分裂で３~8個程度の突然点変異が発生するとのデータ
＞何個の細胞に対して３～8個なのかな。細胞1個につきということはないね。それだと細胞周期を12時間と長めにとっても、1個の細胞から出発してマウスゲノム25億塩基対に分裂一回に1個の点変異が出来てすら32回の分裂で全ゲノム出鱈目になってマウスでは無い化け物になるのに16日で達成されちゃうからな。
当然シャーレにそこそこの数のES細胞に３～8個の細胞に1個所の点変異が起きるということならそもそもその母数を書かなきゃ何の説明にもなってないね。ど素人だね。
2672. 学とめ子 2021年06月15日 17:47
2670
＞＞何個の細胞に対して３～8個なのかな。細胞1個につきということはないね。
元の論文読めば判るよ。 細胞1個につき、だよ。
＞＞1個の細胞から出発してマウスゲノム25億塩基対に分裂一回に1個の点変異が出来てすら32回の分裂で全ゲノム出鱈目になって
その仮定なら、32回の分裂で生じる点変異はせいぜい32個だよ。
頭おかしいのかな？ ｗｗｗｗ
＞＞マウスでは無い化け物になるのに
25億塩基対の内、200万個のSNPがあってもマウスはマウスだし。ｗｗｗｗ
Aさんの質問内容に、最初、学とめ子はとまどったようだが、すぐ、学とめ子は、Aさんをカモと判断した。
学とめ子は、アホアホと馬鹿にできるのがうれしくて、大はしゃぎの様子です。
2673. A 2021年06月15日 18:08
＞ああ、そういうことか。分裂していく一個の細胞だけを追ってるのか。そしてBCA論文の各サンブルのPCR解析は各解凍サンプルの中の一個の細胞だけを取り出して増幅させて比較しているのだということね。するとそれぞの細胞の近親率の比較は解凍サンプル内にあるすべて細胞は全部違うことになるから手間がかかるんだね。数滴の中には大量の細胞があるんでしょ。電子顕微鏡で一個だけ取り出すんだね。
2678. 学とめ子 2021年06月15日 18:44
アホだなあ。
誰も1個の細胞なんて言ってないよ。
それより、自分で書いたバカげた間違いをまず反省しな。 ｗｗｗｗ
2679. 学とめ子 2021年06月15日 19:08
まあ、Ａのようなバカが間抜けな質問をして、俺が答えてるのを見て、実はSNP解析がまるで理解できていない一言乞食くんにも多少は勉強になってるだろう。
バカに感謝しな！ ｗｗｗｗ
2680. A 2021年06月15日 19:37
私の質問に答えてないよ。さっき1個の細胞だといった意味は?
>>
元の論文読めば判るよ。 細胞1個につき、だよ。
2688. 学とめ子 2021年06月15日 22:22
＞・・・
お前、真正のアホなのか？
そもそも、お前の質問って何？ ｗｗｗｗ
2699. A 2021年06月16日 06:52
Zscan4 さん。
2014年のBCA報告書の解析はsingle sell wgs技術で行われたんですか?
2700. A 2021年06月16日 07:26
その前提ですと、例えばFLS3のサンプルの中の選択された一個の細胞のゲノム上の登録SNPサイトに現れた培養点変異箇所はFLS3のサンプルの中の他のすべての細胞と共通だと仮定されていることになる。細胞培養においてこの前提は正しいですか。
plusさんです。
＞つまり学とみ子氏の新記事は中身がひとつもないことが自明。
plusさんの脳内はまだ、整理がついてません。次元の違う話を並べてしまう。
学とめ子に誉められてから、plusさんは立ち直れていない。
一言居士さんは、一旦整理した話を敢えて崩していく。一言居士さんはオリジナリティーにこだわる。皆が言ってることでは、一言居士さんは満足しない。
あああ、学とめ子さんが又、一研究者ブログに登場した。
3735. 学とめ子 2021年07月06日 16:38
＞そもそも、私は放医研の論文に示されていた「マウスES細胞の場合、増殖時に細胞１個あたり3～8個の突然点変異が生じる」という実験結果を述べているのに、何をどうトチ狂ったのか間抜けのＡが 「2014年のBCA報告書の解析はsingle sell wgs技術で行われたんですか?」などと気違い沙汰のコメントをしてきたんだよ。（ちなみに、sellじゃｙなくてcellと言いたかったんだろうが ｗｗｗ）
まあ、耄碌婆さんには何も理解できないんだろうね。
受精卵が抱えた遺伝子異常は、以後の体細胞に効率よく伝達する。
しかし、培養細胞においては、塩基のコピーミスが確実に次世代細胞に伝わったとしても、その後は流動的だ。
コピーミスを抱えた細胞がいなくなる、修復されるなど、他の塩基変異が起きた細胞に凌駕されるなどの予想できないイベントが起きる。
つまり、細胞の命運はわからない。
細胞には、塩基のコピーミスだらけにならない仕組みがある。
だから、こうした話を同列で論じてはいけない。
人工的条件の培養細胞と、自然発生の条件を並べてはいけない。
STAP細胞の議論では、FES1でなかった変異が、129/GFP ESでは生じているという事実だけが大事である。
専門家なら、そうした大事な問題を解説すべきである。
経緯が良くわからない塩基変異については、桂報告書は評価していないと思う。
桂報告書の書き方は、評価できる塩基を選択したのであって、その評価部分が全体のどの位の割合であったかについては書いていない。
学とめ子さんは、学とみ子を、とにかく否定することしか考えていない。
3733. 学とめ子 2021年07月06日 16:22
＞「問題は次のステップ。細胞1個から始めたケースなら理解できる話が、多数の細胞から始めたら違うんではないかと思ってしまう。
多数といったところで、元の受精卵は１個だし、受精卵ES細胞の元になる内部細胞塊はせいぜい100個以下の細胞数なのだが、、」
これに対する耄碌婆さんの反論は
＞上記に書かれた内容が、さらにひどい説明だ。
＞ここで、学とめ子は受精卵を出してきて、まずます一般人を混乱させる。
一般人でもある程度 生物学、科学の知識があれば十分に理解できる内容であり、混乱しているのは知能の足りない耄碌婆さん自分自身のことだろうに。
いまはFES1細胞の話をしているのだが、FES1はマウス受精卵ES細胞だということすら頭から抜けているのだろう。
ES細胞（胚性幹細胞）は、受精卵から発生が少し進んだ胚盤胞の中の内部細胞塊の細胞を取り出して培養することにより作製される多能性幹細胞だよ。 内部細胞塊から取り出す細胞は20～30個程度だ。
1個から考えたことを20個から考える力があるかどうか、ここでも頭の出来が問われてるんだが、、耄碌婆さんには、１個の細胞から考えられることを20個になったら理解できないと言ってるに等しい。まあ、耄碌してるから無理だとは思うがな。
FES1は、すでに培養細胞であり、元、20～30個の細胞から生じたES細胞であっても、それは何の関係もない。
ただ、素人を混乱させるためだけの記述である。
学とめ子さん
＞アホだなあ。 まず１個の細胞に注目すれば、受精卵だろうがＥＳ細胞だろうが、塩基コピーミスはその細胞から分裂していく細胞全てに引き継がれるんだよ。当たり前のことだろうが。
そんなことは誰でも知っている。
一旦、異なる塩基になってしまえば、その塩基種が、次世代に伝わる。
なぜ、わざわざ、学とめ子は、相手が知らない人であるかのように決めつけるのだろうか？
このいやがらせは、ため息さんと同じ手法である。
＞５％だったものが０％になることもあれば、３０％になることもある。
この話も関係ない。
塩基変異が関係ない部位で起きていたとしても、塩基変異のばらつきなどは、考慮外だ。
要は、FES1、FES2の差異のあるSNP部位から選んだ1290箇所において、STAP幹細胞（FLS,CTS）、129/GFP ES、FES1の塩基の共通性を見ていけば良いのである。
判定しにくい塩基部位、ヘテロ変異の部位は、選択していないはずである。
つまり、４細胞の判定に不必要な、他の塩基部位で起きたランダムな塩基変異などを考慮する必要などはない。
ただ、桂報告書は、どのように1290箇所を選んだのかが書いていないだけである。
実は、訴訟とかになれば、理研は、もっと方法論を明らかにするだろうと思う。
＞私と間抜けのＡのやり取りをコピペしているようだが、
Aさんはわざとわからないふりをしていた。
学とめ子さんを混乱させるのが目的でしょうよ。
学とめ子さんの嫌みな部分を皆に知ってもらうための戦略です。
だから、学とみ子は、学とめ子さんに警告してあげました。
もしかすると、Aさんは専門家かもしれないし、それも、学会のお偉いさんかもしれないよと・・・。
葵の印籠を出す前の水戸黄門だったかもしれなかったんだからね。
おわびです。
4日の記事を書き直しをしていたところ、コメント2軒ごと、ミスで記事を消してしまいました。
ペルドンさんともうおひとりの方のコメントが消えてしまいました。
大変、失礼しました。申し訳ありません。
学とめ子です。
＞しかし、増殖培養は無限空間で行われるのではない。そのことが耄碌ババアには理解できない。
何を言いたいやら？
無限の培養なんて誰も考えない！
こういうところ、学とめ子の見当違いがひどい。
そうして末梢的で常識外れにこだわるのか？
学とめ子です。
＞とっくに説明したはずだが、増殖培養はコンフルエントになった培養皿の中の一部の細胞だけ採取して次の増殖を行うのだよ。
最終的なSNP解析の判定と、どう関係するんだか？
塩基変異が短時間に起きると言いたいのか？そういう可能性に注意しろということか？
そんなことを言って、FES1から129/GFP ESのDNA構造にすぐ変化してしまうとの理由にしようとしているのか？
一研究者ブログに又、変なHNが登場した。
＞3801. .
2021年07月07日 17:33
細胞の培養・凍結保存順番は
(1) FLS, (2) 129/GFP ES, (3) CTSで、
(2)の129/GFP ESは2012年4, 5月頃に培養・凍結されたものだね。
この３細胞の違いや、できた順はわからない。
129/GFP ESが、いつの状態で冷凍保存されたかわからない。大事なのは、この３細胞の共通性を示す塩基の状態である。
小保方が解凍培養しても達成され無い塩基状態である。塩基変異しないから、由来株の判定が可能であると桂報告書にもある。
ため息さんです。
＞記事もコメントも年月日に加えて時刻も表示すべきなのだが、それもできない。
＞以前にも、管理者だけ宛のコメントを意識して勝手に公開するという管理者にあるまじき行為があったし、
ため息さんという人は、大学教授しかできないことはできず、誰でもできることしかできない。パソコン知識を自慢してもSTAP科学は議論できない。他人を蔑む、おちょくることが最大の喜びで、そこは学とめ子と共通。
脅迫コメントをよせる人にも配慮しろとのため息さんの教えです。
警察にいうな！と言われて脅迫コメントをもらった人は、警察に届けるでしょうけど……。
Aさんという初心者キャラが登場し、次第に、Aさんが専門的なことを語り始めてからは、学とめ子はこなくなった。
一方で、学とみ子は、「Aさんはもしかすると専門家かもしれない？」と警告を発した。
Aさんを得体が知れない存在と感じたかもしれない学とめ子は退散したかも・・。
やっぱり、Aさんこと、策士・一言居士さんはすごいと思った。
HN学とめ子の登場が無くなったのだから。
学とみ子は、ため息さんにも、学とめ子にも耄碌婆さんと呼ばれ、いじめらればかりだった。
学とみ子は学者たちの暴走を止めたいと思っていたのだが、うまくやれていなかった。
でも、一言居士さんは、学者を止めた！
一般人をだまそうとする学者層を打破できるということを、一言居士さんは、証明してみせた。
セイヤさんも、ペルドンさんも、書く内容が変幻自在という感じですごい。
彼らは、社会の動きをいつも見廻しつつ、一見、おバカキャラにもなる。
その裏で、「俺たちはだませないゼ！気をつけろよ」とすごみのパフォーマンスを匂わせる。
いくつもの多層性の引き出しのある男性脳にはやはり、かなわない！と、学とみ子は感じる。
一言居士さんの”学とみ子とため息同一人説”は当ブログにとって、いかんともしがたいけど、これも一言居士さんが策士である限り仕方ないのだろう。
とにかく、学者たちの偏向とデタラメ解釈に対し、一般人は抗議できる力を持つことが証明されていると思う。
科学には、普遍性があるから、一般人も理解を深めることができる。
科学は自然科学のみならず、社会科学も含まれる。
情報の世の中では、科学の独学が可能である。
知識を共有する一般人は、学者たちのご都合主義を疑問視できる。
一般人たちがSTAP疑惑に対し抗議することで、学者たちに反省を促すエピソードとなるだろう。
学とみ子が、STAP事件を書くモチベーションは、専門家の暴走に対し抗議することだ。
専門知識があると、他人をだませるのだが、それは人としてやってはいけないことだと思う。
学んだ知識で、他人をだましてはいけないと思う。
学とめ子は、自らの専門知識をふりまいて、STAP擁護派をボロクソにけなした。
そもそも、学とめ子というHNを使うことからして、他人をおちょくり貶める気合いが学とめ子に満ちている。
とにかく、学とめ子は、一般人の学びを、ぐちゃぐちゃにかき回した。
学とめ子は、正しいことを言っているのだが、一般人の理解を進ませる方向ではなく、混乱させるために書いている。
少し、その例をあげてみよう。
2119. 学とめ子 2021年06月02日 10:56
間抜けどもの誤解、勘違い、低能の理解について
ES細胞の突然点変異：放医研の元論文を読んでいないのだろう。
1か月に37個というのを詳しく紐解けば、マウスES細胞では１度の細胞分裂で数個の突然点変異が生じているということが分かるんだけどね。
凍結・解凍なんてプロセスは全く不要だし間抜けの妄想。長い年月なんて全く必要はない。1か月程度増殖培養を行えば十分。
FES1とFES2の違い：そもそも両者のSNPは全ゲノム領域で見れば非常に一致してる。（ざくっと言って99%は一致） FES1とFES2で異なっているSNPsについて調べた近似率表で、FES1とFES2は全然違うとか言ってる間抜けは頭がおかしいとしか言えない。
とりあえず、考えるヒントの一部だよ。感謝しなさいね。 ｗｗｗｗ
2312. 学とめ子 2021年06月07日 16:30
＞考察に必要なヒントは十分に書いてきたつもりだが、、まともに理解できた人は少ないようだ。（plus99%氏はおよそ理解されているみたいだがね）
＞plus99%氏はおよそ理解されているみたいだがね
一般人：ええっ、plus99%氏の主張のどこが正しいの？
＞そもそもDNAのコピーミス、突然点変異については、例の桂不正調査報告書の近縁率表の解釈に関連して、5年以上前に議論済みなのだが、、
当初、教科書的なデータとして哺乳類の細胞のコピーミスは10億分の１程度という数値から、SNPとして数十~数百の相違になるのかとの疑義もあったが、誰かが放医研の論文を見つけてきて、マウスＥＳ細胞においては1回の細胞分裂で３~8個程度の突然点変異が発生するとのデータから、オーダーとして妥当という結論に至ったというものだ。
学とめ子は、1個としての細胞の動態と、細胞集団における動態を意識的に混ぜ合わせて説明し、一般人を混乱させる。
学とめ子は、細胞が1個単位で分裂すると、数個の塩基コピーミスが起きるという事実の説明から始める。
1個の方が考えやすいと、学とめ子は一般人を誘う。
しかし、今、考えなければいけないのは、培養中の細胞集団でどのような現象が起きるか？である。
1細胞で起きた塩基ミスが、そのまま全体に及ぶわけではない。
塩基の測定は、細胞集団としてDNA塩基を抽出して行うのだ。
学とめ子は、細胞が多くなると考えが複雑になるから1個から考えようなどと言う。
しかし、現実の細胞の動態は、決して単細胞で決まるのでなく、どう周りの細胞に影響するかを考えることである。
学とめ子は、1個の塩基変異が全体の細胞に及ぶかのように、話をもっていく。
そして、以下のように、塩基ミスが分裂のたびに細胞集団で占める割合が縮小していくことを説明している。
正しいことを、正しい方向への理解へと導かないようにしているのである。
2313. 学とめ子 2021年06月07日 16:36
＞さて、易しい話にしてみようか。
クローン化というとバカが妄想・誤解しやすいので、１細胞から増殖を始めれば、という話をまず最初にしてやったんだがね。
１細胞に存在しているSNVは基本的にそこから増殖していく細胞全てに引き継がれるので、ほぼ100％の細胞に存在し、SNPとして検出される。これはアホでも判るだろう。 （過去には、SNVとSNPは違うとか間違った方向に向かって理解できないバカもいたが）
そして、１回目の細胞分裂によって1つの細胞には３~8個程度のSNVが発生するが、これも増殖していく細胞には基本的に引き継がれるので、結果として全体の50%の細胞に存在し、SNPとして検出される。
この２個の細胞がそれぞれ分裂する際、新たに３~8個程度のSNVが発生するが、これらは全体の25%の細胞に引き継がれ、もしその全てを抽出した分析サンプルがあれば、SNPとして検出されるが、サンプリングが偏れば、25%未満のSNVはSNPとしては検出されず、25%以上のSNVはSNPとして検出される。
4個に分裂した細胞が8個になる時には、新たにランダムに発生した３~8個程度のSNVは全体の12.5％に引き継がれるわけで、そのままではSNPとしては検出されないが、、 そこで赤玉白玉のたとえ話で示したサンプリングによる偏りという、無限空間ではない現実の話が出てくるわけだ。
ここまでは何とか半分程度の人間はついてこれるだろうかね。
問題は次のステップ。細胞1個から始めたケースなら理解できる話が、多数の細胞から始めたら違うんではないかと思ってしまう。
多数といったところで、元の受精卵は１個だし、受精卵ES細胞の元になる内部細胞塊はせいぜい100個以下の細胞数なのだが、、
上記に書かれた内容が、さらにひどい説明だ。
ここで、学とめ子は受精卵を出してきて、まずます一般人を混乱させる。
学とめ子は、受精卵でおきる塩基コピーミスと、人工条件の培養中におきる塩基コピーミスを平行させている。
全く違う伝達様式を混ぜてしまうのだ。
、
学とめ子は、一般人の誤解を誘うことを意識的にしている。
受精卵の塩基コピーミスは、以後の細胞の全てに引き継がれるが、培養細胞はそうではない。
上で、学とめ子が説明をしているように、塩基コピーミスの割合は細胞分裂のたびに、塩基コピーミスがおきた遺伝子割合が減っていく。
近交系の兄弟掛け合わせで、問題の起きた遺伝子は減少していく。塩基変異が消えていくのである。
2314. 学とめ子 2021年06月07日 17:03
・・・・
＞桂報告書の解析対象の細胞一覧表では、GOF-ESが核移植ES細胞、FES1が受精卵ES細胞などと記載されているのに対して、129/GFP ESは「由来不明」と記載されている。同時期に公表されたスライド説明資料でも、「小保方研ストック 由来不明細胞株」とあり、これらからES細胞と断定はしていないと考えるべきだろう。（本文中でES細胞と書いてる箇所もあるが、あえて言うなら記載不備かな）
まあ、ラベルにESと記載があるからES細胞と考えたのかもしれないし、Nature BCA論文でのCell cultureでは、他のES細胞と同じ培地で培養したとあるので、培養時に取り扱った感覚としてES細胞であると感じたのかもしれないが。。
いずれにせよ、DNAの分析で細胞の由来を調べたというのが本質的なことであり、ましてSTAP論文ではどこにも記載もなく、何に使ったのかも誰が小保方研のストックに置いたのかも不明の細胞について、ES細胞としての性質まで調べることに意味はないことは研究者なら理解できる話だと思うが。
（一部の無知蒙昧が、解析結果を理解できず、FES1と同一とは言えないとかの妄言を叫んでいたのを思い出したよ）
耄碌婆さん「つまり、A部位という特定部位での培養変異が起きることが条件となりますので、」
まるで理解できていないね。 ほぼ気違いに近いのかな？
そいうえば、どこかおｎ間抜けなTSなんちゃらのブログにも、一度生じたSNPと同じ場所に点変異が起きる確率とか何とか、バカ丸出しの誤解が書いてあったが、、、 同じような無知蒙昧がいるとはビックリだ。
学とめ子は、BCA報告の著者らが、STAPはFES1由来129/GFP ESと決めたのに反対していたことがわかる。
129/GFP ESを解析され、その素性が明らかにされたのが学とめ子は不満なのである。
学とめ子は、STAP疑惑をFES1説で逃げたかった学者たちの一人だろう。
学とめ子は、129/GFP ESを不明細胞で片づけたかったのだ。
そうした策略を、学とめ子はわざわざ漏らしている。
こうして、学とめ子が舞台の上で、一般人を心底バカにして楽しんでいる時に、Aさんは登場した。
それも、とても初歩的な質問を引っ提げていたのである。
断片化させた塩基配列を使い、重層的に塩基測定していく方法は、STAPフォロワーは知っている。
細胞塩基は、細胞をマスで捉えて測定することを、STAPフォロワーなら知っている。
1細胞単独のDNA決定はできないことを知っているはずだ。
シングルセルでのSTAP細胞解析は、笹井先生が記者会見で今後の課題と言う程に、一般的なことではなかった。
ところが、Aさんは、そこを逆手に取った。
Aさんこと一言居士さんは、それを知らないふりをして、まさにド素人のいでたちで登場したのだ。
だから、Aさんが一言居士さんとは、誰も気づけなかった。
するどいセイヤさんでも無理だった。
2670. A 2021年06月15日 17:38
＞>>マウスＥＳ細胞においては1回の細胞分裂で３~8個程度の突然点変異が発生するとのデータ
＞何個の細胞に対して３～8個なのかな。細胞1個につきということはないね。それだと細胞周期を12時間と長めにとっても、1個の細胞から出発してマウスゲノム25億塩基対に分裂一回に1個の点変異が出来てすら32回の分裂で全ゲノム出鱈目になってマウスでは無い化け物になるのに16日で達成されちゃうからな。
当然シャーレにそこそこの数のES細胞に３～8個の細胞に1個所の点変異が起きるということならそもそもその母数を書かなきゃ何の説明にもなってないね。ど素人だね。
2672. 学とめ子 2021年06月15日 17:47
2670
＞＞何個の細胞に対して３～8個なのかな。細胞1個につきということはないね。
元の論文読めば判るよ。 細胞1個につき、だよ。
＞＞1個の細胞から出発してマウスゲノム25億塩基対に分裂一回に1個の点変異が出来てすら32回の分裂で全ゲノム出鱈目になって
その仮定なら、32回の分裂で生じる点変異はせいぜい32個だよ。
頭おかしいのかな？ ｗｗｗｗ
＞＞マウスでは無い化け物になるのに
25億塩基対の内、200万個のSNPがあってもマウスはマウスだし。ｗｗｗｗ
Aさんの質問内容に、最初、学とめ子はとまどったようだが、すぐ、学とめ子は、Aさんをカモと判断した。
学とめ子は、アホアホと馬鹿にできるのがうれしくて、大はしゃぎの様子です。
2673. A 2021年06月15日 18:08
＞ああ、そういうことか。分裂していく一個の細胞だけを追ってるのか。そしてBCA論文の各サンブルのPCR解析は各解凍サンプルの中の一個の細胞だけを取り出して増幅させて比較しているのだということね。するとそれぞの細胞の近親率の比較は解凍サンプル内にあるすべて細胞は全部違うことになるから手間がかかるんだね。数滴の中には大量の細胞があるんでしょ。電子顕微鏡で一個だけ取り出すんだね。
2678. 学とめ子 2021年06月15日 18:44
アホだなあ。
誰も1個の細胞なんて言ってないよ。
それより、自分で書いたバカげた間違いをまず反省しな。 ｗｗｗｗ
2679. 学とめ子 2021年06月15日 19:08
まあ、Ａのようなバカが間抜けな質問をして、俺が答えてるのを見て、実はSNP解析がまるで理解できていない一言乞食くんにも多少は勉強になってるだろう。
バカに感謝しな！ ｗｗｗｗ
2680. A 2021年06月15日 19:37
私の質問に答えてないよ。さっき1個の細胞だといった意味は?
>>
元の論文読めば判るよ。 細胞1個につき、だよ。
2688. 学とめ子 2021年06月15日 22:22
＞・・・
お前、真正のアホなのか？
そもそも、お前の質問って何？ ｗｗｗｗ
2699. A 2021年06月16日 06:52
Zscan4 さん。
2014年のBCA報告書の解析はsingle sell wgs技術で行われたんですか?
2700. A 2021年06月16日 07:26
その前提ですと、例えばFLS3のサンプルの中の選択された一個の細胞のゲノム上の登録SNPサイトに現れた培養点変異箇所はFLS3のサンプルの中の他のすべての細胞と共通だと仮定されていることになる。細胞培養においてこの前提は正しいですか。
plusさんです。
＞つまり学とみ子氏の新記事は中身がひとつもないことが自明。
plusさんの脳内はまだ、整理がついてません。次元の違う話を並べてしまう。
学とめ子に誉められてから、plusさんは立ち直れていない。
一言居士さんは、一旦整理した話を敢えて崩していく。一言居士さんはオリジナリティーにこだわる。皆が言ってることでは、一言居士さんは満足しない。
あああ、学とめ子さんが又、一研究者ブログに登場した。
3735. 学とめ子 2021年07月06日 16:38
＞そもそも、私は放医研の論文に示されていた「マウスES細胞の場合、増殖時に細胞１個あたり3～8個の突然点変異が生じる」という実験結果を述べているのに、何をどうトチ狂ったのか間抜けのＡが 「2014年のBCA報告書の解析はsingle sell wgs技術で行われたんですか?」などと気違い沙汰のコメントをしてきたんだよ。（ちなみに、sellじゃｙなくてcellと言いたかったんだろうが ｗｗｗ）
まあ、耄碌婆さんには何も理解できないんだろうね。
受精卵が抱えた遺伝子異常は、以後の体細胞に効率よく伝達する。
しかし、培養細胞においては、塩基のコピーミスが確実に次世代細胞に伝わったとしても、その後は流動的だ。
コピーミスを抱えた細胞がいなくなる、修復されるなど、他の塩基変異が起きた細胞に凌駕されるなどの予想できないイベントが起きる。
つまり、細胞の命運はわからない。
細胞には、塩基のコピーミスだらけにならない仕組みがある。
だから、こうした話を同列で論じてはいけない。
人工的条件の培養細胞と、自然発生の条件を並べてはいけない。
STAP細胞の議論では、FES1でなかった変異が、129/GFP ESでは生じているという事実だけが大事である。
専門家なら、そうした大事な問題を解説すべきである。
経緯が良くわからない塩基変異については、桂報告書は評価していないと思う。
桂報告書の書き方は、評価できる塩基を選択したのであって、その評価部分が全体のどの位の割合であったかについては書いていない。
学とめ子さんは、学とみ子を、とにかく否定することしか考えていない。
3733. 学とめ子 2021年07月06日 16:22
＞「問題は次のステップ。細胞1個から始めたケースなら理解できる話が、多数の細胞から始めたら違うんではないかと思ってしまう。
多数といったところで、元の受精卵は１個だし、受精卵ES細胞の元になる内部細胞塊はせいぜい100個以下の細胞数なのだが、、」
これに対する耄碌婆さんの反論は
＞上記に書かれた内容が、さらにひどい説明だ。
＞ここで、学とめ子は受精卵を出してきて、まずます一般人を混乱させる。
一般人でもある程度 生物学、科学の知識があれば十分に理解できる内容であり、混乱しているのは知能の足りない耄碌婆さん自分自身のことだろうに。
いまはFES1細胞の話をしているのだが、FES1はマウス受精卵ES細胞だということすら頭から抜けているのだろう。
ES細胞（胚性幹細胞）は、受精卵から発生が少し進んだ胚盤胞の中の内部細胞塊の細胞を取り出して培養することにより作製される多能性幹細胞だよ。 内部細胞塊から取り出す細胞は20～30個程度だ。
1個から考えたことを20個から考える力があるかどうか、ここでも頭の出来が問われてるんだが、、耄碌婆さんには、１個の細胞から考えられることを20個になったら理解できないと言ってるに等しい。まあ、耄碌してるから無理だとは思うがな。
FES1は、すでに培養細胞であり、元、20～30個の細胞から生じたES細胞であっても、それは何の関係もない。
ただ、素人を混乱させるためだけの記述である。
学とめ子さん
＞アホだなあ。 まず１個の細胞に注目すれば、受精卵だろうがＥＳ細胞だろうが、塩基コピーミスはその細胞から分裂していく細胞全てに引き継がれるんだよ。当たり前のことだろうが。
そんなことは誰でも知っている。
一旦、異なる塩基になってしまえば、その塩基種が、次世代に伝わる。
なぜ、わざわざ、学とめ子は、相手が知らない人であるかのように決めつけるのだろうか？
このいやがらせは、ため息さんと同じ手法である。
＞５％だったものが０％になることもあれば、３０％になることもある。
この話も関係ない。
塩基変異が関係ない部位で起きていたとしても、塩基変異のばらつきなどは、考慮外だ。
要は、FES1、FES2の差異のあるSNP部位から選んだ1290箇所において、STAP幹細胞（FLS,CTS）、129/GFP ES、FES1の塩基の共通性を見ていけば良いのである。
判定しにくい塩基部位、ヘテロ変異の部位は、選択していないはずである。
つまり、４細胞の判定に不必要な、他の塩基部位で起きたランダムな塩基変異などを考慮する必要などはない。
ただ、桂報告書は、どのように1290箇所を選んだのかが書いていないだけである。
実は、訴訟とかになれば、理研は、もっと方法論を明らかにするだろうと思う。
＞私と間抜けのＡのやり取りをコピペしているようだが、
Aさんはわざとわからないふりをしていた。
学とめ子さんを混乱させるのが目的でしょうよ。
学とめ子さんの嫌みな部分を皆に知ってもらうための戦略です。
だから、学とみ子は、学とめ子さんに警告してあげました。
もしかすると、Aさんは専門家かもしれないし、それも、学会のお偉いさんかもしれないよと・・・。
葵の印籠を出す前の水戸黄門だったかもしれなかったんだからね。
おわびです。
4日の記事を書き直しをしていたところ、コメント2軒ごと、ミスで記事を消してしまいました。
ペルドンさんともうおひとりの方のコメントが消えてしまいました。
大変、失礼しました。申し訳ありません。
学とめ子です。
＞しかし、増殖培養は無限空間で行われるのではない。そのことが耄碌ババアには理解できない。
何を言いたいやら？
無限の培養なんて誰も考えない！
こういうところ、学とめ子の見当違いがひどい。
そうして末梢的で常識外れにこだわるのか？
学とめ子です。
＞とっくに説明したはずだが、増殖培養はコンフルエントになった培養皿の中の一部の細胞だけ採取して次の増殖を行うのだよ。
最終的なSNP解析の判定と、どう関係するんだか？
塩基変異が短時間に起きると言いたいのか？そういう可能性に注意しろということか？
そんなことを言って、FES1から129/GFP ESのDNA構造にすぐ変化してしまうとの理由にしようとしているのか？
一研究者ブログに又、変なHNが登場した。
＞3801. .
2021年07月07日 17:33
細胞の培養・凍結保存順番は
(1) FLS, (2) 129/GFP ES, (3) CTSで、
(2)の129/GFP ESは2012年4, 5月頃に培養・凍結されたものだね。
この３細胞の違いや、できた順はわからない。
129/GFP ESが、いつの状態で冷凍保存されたかわからない。大事なのは、この３細胞の共通性を示す塩基の状態である。
小保方が解凍培養しても達成され無い塩基状態である。塩基変異しないから、由来株の判定が可能であると桂報告書にもある。
ため息さんです。
＞記事もコメントも年月日に加えて時刻も表示すべきなのだが、それもできない。
＞以前にも、管理者だけ宛のコメントを意識して勝手に公開するという管理者にあるまじき行為があったし、
ため息さんという人は、大学教授しかできないことはできず、誰でもできることしかできない。パソコン知識を自慢してもSTAP科学は議論できない。他人を蔑む、おちょくることが最大の喜びで、そこは学とめ子と共通。
脅迫コメントをよせる人にも配慮しろとのため息さんの教えです。
警察にいうな！と言われて脅迫コメントをもらった人は、警察に届けるでしょうけど……。
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