過去のブログ記載を振り返る。
2021/08/04
当ブログも、ずいぶん長くSTAP疑惑を書いている。時々、学とみ子が、過去の記載を拾い読みする過程で、再度、注目したい記事、強調しておきたい記事にぶち当たる。
今回は、2018年3月31日の当ブログ記事を再検討したい。
ここには、ネーチャーへのリンクがあって、ここにSTAP細胞の培養の図がある。ここには酸浴後凝集塊を、さらに継続的に培養している図が出てくる。
ACTH入り培地で培養した後は、自己複製、増殖が可能になるSTAP幹細胞になるとの説明である。幹細胞は単一クローン型であるだろうから、メスオス混合STAP細胞が、この培地を通すと幹細胞になる？については、以前から議論がある。
詳細が論文のどこにも書かれていないのである。
ある培地を使った後に細胞の増殖能が突然獲得されたなら、コンタミが無いことをしっかり確かめなければいけないのではないだろうか？
このSTAP実験図は、撤回論文のサイトでも見ることができる。本文は載っていないが図は見れる。
撤回されたSTAP論文のネーチャーサイトには、右のカラムにFigureというのがあって、ここで図が見える。
また、このサイトを下へずーっと移動させると、コメントが出てくる。
下で紹介している英文コメントはここからの引用である。
こうした図解を見ると、ますます、胚盤胞に注入されたSTAP細胞はどのような状況であったのか？が気になる。
今後、こうした問題が、いろいろに議論されてしかるべきであろう。
図では、幹細胞様細胞と表記されている。これは幹細胞とネーミングされていないのは明らかである。
この時点では、まだ、実験者たちの間では、STAP細胞であったかもしれない。
実は、そうした情報が論文には一切無いので、あくまで読者側の想像である。
ACTH入り培地で培養した後、自己複製を獲得していた細胞は、次の実験ではどのように扱われたのであろうか？
学とみ子は、酸浴後day7の後にもＳＴＡＰ細胞として培養が継続されていたのではないか？と、推論している。
7-10日の培養期間というのも、ひとつ前の8月2日の当ブログで書いたキメラ作製の前処理としての期間と一致する。
この7-10日の培養期間でクラスターを形成していたSTAP細胞を、シングルとクラスターとのそれぞれ処理して、胚盤胞に注入した可能性はないのか？
![c353fea6-s[1]](https://blog-imgs-136.fc2.com/k/a/t/katura1/20210803161004a97.png)
大事なことは、酸浴後day7の細胞処理について、一切、論文に書かれていないので、想像でしかものが言えないのである。
幹細胞ではない、増殖可能なＳＴＡＰ細胞があったなら、実験者はそれを胚盤胞に注入したりするのではないかな？
科学者たちも、ここについては一切、議論しない、触れないでいる。
だから、当ブログのような素人たちが、何なんだ！？何なんだ！？と、問題提起するしかない。
図で明らかなように、さらに、培養を続けてクローニングをして幹細胞として保存している。
幹細胞として保存される前の状態のSTAP細胞の実態については、わからないままになっている。
又、別の話題になるが、STAP実験に使われたマウスは構造的に初期化現象（OCT発現）が起きやすい可能性があるとのコメント投稿が紹介されている。
Jeanne Pawitanさんは、言ってます。
Oct3/4-EGFP transgenic mouseというマウスを小保方氏らは使ったのではないか？
一方、Prof. Leeらは、ジャクソン研究所の CBA-Tg(Pou5f1-EGFP)2Mnn/j transgenic mice を使ったのではないか？
マウスを揃えないと、詳細はわからないということを言っています。
Alexandra Ichéさんも、自ら、非専門家と断りながら、GFP付加の人工操作された細胞の特異性を考えなければいけないと言ってます。ストレスによって、メッセージRNAに付加されるポリアデニール化の効率の低下やプロモーターの活性化が起きた結果、Oct蛋白が合成され、リプログラミングを増強させたのでは？の推論を紹介してます。
下のコメントに関連します。
http://www.nature.com/articles/nature12968/figures/13
http://www.nature.com/articles/nature12968#f13
Jeanne Pawitan • 4 years ago
In my opinion, the success of Obokata is not due to the acid bath only, as the source of the cells she reprogrammed might play a role. She used cells from a transgenic mice, which bears a special Oct4/GFP construct that contains promoter and enhancers.1, 2 other researchers have tried to replicate her success using other kinds of cells, and they failed.3 Prof. Lee and his team tried to use transgenic mice bearing Oct4/GFP as Obokata et al used, and carefully followed the protocol, but failed.4
In technical tips for STAP cell conversion, which was published on 5 March 2014, Obokata et al gave some tips to reproduce their work, including a statement that they used an ?Oct3/4-EGFP transgenic mouse line?, 5 while Prof. Lee used CBA-Tg(Pou5f1-EGFP)2Mnn/j transgenic mice from the Jackson Laboratory,4 thus not precisely the same and I supposed the promoter/enhancers in these two kinds of mice are different.
In my opinion, the promoter/enhancer in Obokata et al’s transgenic mouse derived cells can be induced by low pH to cause gene expression, thus the expression of Oct4/GFP, while those of others can not. Therefore, in the conclusion of Obokata?s et al?s work should be emphasized that stimulus-triggered acquired pluripotency was only tested in Oct3/4-EGFP transgenic mouse line derived cells,and whether the technique works on other types of cells need further confirmation.
別の方のコメントです。
Alexandra Iché • 4 years ago
I have not followed closely the whole STAP ?story?, but I totally agree with the comment from Jeanne Pawitan. As a non-specialist, I was stricken by the fact that transgenic mice used in this work carry a construct containing the whole OCT4 gene. Indeed, the GOF18 construct encompass the OCT4 coding sequence, which is located downstream of GFP and SV40 polyA signal sequences. In my opinion, one hypothesis may be that acidic conditions allow a low activation of the promoter, as well as a reduction of polyA signal efficacy, leading to OCT4 protein expression, which in turn could trigger cell reprogramming. Polyadenylation modulation in stress conditions was recently described (Graber JH et al., Genome Res., 2013), as well as modulation of translation initiation (Komar and Hatzoglou, Cell cycle, 2013) in such conditions.
Obviously, this explanation is not valid for experiments performed using CAG-GFP mice ?
こうした意見から4年が経過しましたから、今は、もっと知識は進んでいるでしょうが、新たな書き込みは無いようです。
日本では、ＳＴＡＰ細胞で起きたことについての専門的議論が盛り上がりませんでした。STAP細胞は、ESであると行くまでにいろいろな専門家がアドバイスしてくれましたが、当ブログが実験ミスについての可能性を語り始めてからは、専門家たちは、当ブログを無視しています。
ネットに載った多くのコメントは、ＳＴＡＰ否定を意図した投稿がメインで、勉強をして意見を言おうとする一般人たちに対しては、ESねつ造派の学者たちから激しい攻撃が加えられました。
それは今も続きます。
しかし、STAP事件でおきた真実を知りたいと思う人は、やはりいますね。そして実力をつけてきているでしょう。
プロフェッショナルな人からのアドバイスは欲しいですけど、でも、忙しい研究者たちは、ご自身の仕事に邁進なんでしょうね。
一言居士さんの整理された情報提供は、とても貴重です。
＞記者会見が1/28です。日本分子生物学会からの連盟のメールが竹市さんに送られたのが2/4前後です。若山さんはその二日前の2/2にクムリナ書き込みしている。2/13に遠藤の仲間が本部から神戸コンプライアンス室に内部通報した。遠藤の記者会見時にこの仲間と打ち合わせたと話していますね。その打ち合わせた内容は公開データの解析結果です。でも理研がデータをNCBIに公開したのは2014/2/13ですよ。遠藤はそれ以前からこのデータを入手していたことになる。小保方さんはデータを2013/11/5にCDBに提出しています。この間はCDB内にしかデータはありません。
研究室のデータは内密でしょうが、出た結果は、論文公開前でも、研究者同士で議論するだろうから、微妙なんでしょうね。外に発表しなければ、内部での情報交換した場合、機密性の境界が曖昧のように思います。いろいろなジャーナルに投稿してるので、査読した人たちもSTAP細胞の情報を持ってます。論文発表されれば、その疑惑が一気に吹き出すと言うことではないか？と思います。
学とみ子説は、関係者証言は正しいと前提して、次を考えるようにしてます。その方が、将来、内部告発者が出やすいと思います。遠藤解析がいつ行われたか？遠藤さんがデータ公開後だと言うなら、ああそうですかと、当ブログは、考えます。今まで、遠藤さんの遺伝子解析のためのコストなどが一度も取り上げられたことがないですね。素人的発想では、むしろこちらも気になります。理研内の力が、遠藤解析をサポートしていたとは思います。
一言居士さんが書き出してくれた記者会見の質疑応答の情報によると、須田記者の質問にあるように、STAP細胞がおかしいと研究者たち（須田記者）が感じた証拠として、TCRが無いことを上げているけど、彼らの認識間違いです。TCRの有無は、ES鑑別には役に立ちません。ESにはもちろんTCRはないし、STAPにもありません。鑑別には使えません。
須田さんは、専門的知識を持たずに、ES画策学者から吹き込まれたままの質問をしています。記者会見では、ここを質問するようにとのアドバイスを受けています。画策学者が間違っているから、須田さんも間違えます。
須田さんは、STAP細胞にはTCRがあるべきと考えています。須田さんのTCR認識は、当初の理研内のES画策学者たちの誤解そのままなんです。ES画策学者、TCRなる仕組みを知らずに、STAP細胞や由来細胞には全て、TCR再構成があるべきと誤解してました。恐らく、ES画策学者たちは、決まった形の遺伝子構造変化として、TCRをとらえていました。
当ブログでも、こうしたES画策学者たちからの攻撃がありました。この時、ES画策学者はTCRを知らないこと、短い遺伝子領域における一定の遺伝子変化と捉えていたことを、学とみ子は知りましたね。
結局、そうした学者たちの誤解が、マスコミの誤解に広がり、STAP細胞がニセモノとの誤解に繋がったのですよね。
酸浴後培養day7のSTAPでは、TCRが出ていても、培養継続したら消えてしまう状況は、いくらでもあります。むしろ、残る可能性が低いでしょう。ES画策学者たちは、こうした細胞機能を知らないと思います。
丹羽氏は、いち早く学者の動向を、察知して、プロトコルエクスチェンジを、出しましたが、医学者なら当然と思うことでも、基礎学者を納得させるのに時間がかかったのです。この時にTCR誤解していた人たちは、アップしていた情報を取り下げてます。
一研究者ブログでも、丹羽論文に対して、撤回すべきとかの議論でした。
一研究者ブログブログです。
「暗黙の前提」と「法の精神」
2014/05/12 18:49
＞また、丹羽先生のプロトコールの論文も極めて問題であり、すぐに撤回すべきだ。「親論文の撤回」という理由以外にも、小保方さんの結果と異なる結果であることを承知しながら、「小保方さんの方法の詳細な解説」として発表している（小保方さんは「STAP細胞ではTCR再構成が起こっている」という結果だったのに対して、丹羽先生の論文は「起こっていない」という結論である）。「最も重要な結果が異なっていることを「認識」していながら、あたかも「同一の結果が得られているかのように記載」しているとすれば、これは倫理面において問題となりうる行為だ。
７年経過した今、そうした人々の誤解の検証は、大事だろうと思います。
ため息さんです。
学とみ子は、当ブログの2018年３月31日をコプぺしたので、英文コメントが４年前の記載になってるんです。今は７年前になってるので、学とみ子は４年経ったと言ってるんです、相変わらず、わざとブログ読者を誤解させ、学とみ子侮辱に精を出すため息さんです。一方、学術的反論は、相変わらず、ため息さんは一切出来ないようです。
以下も、ため息さんは当ブログの文章を追えずにコメントしてます。ひどい理解です。
学とみ子は、以下を書きました。＞＞の部分です。
すると、ため息さんのすっとぼけ発言です。＞の部分です。
学とみ子は、幹細胞作成時の問題点を指摘していますが、ため息さんは別の話にすり替えてます。ため息さんは、わかっていて、やってるんです。
＞＞ある培地を使った後に細胞の増殖能が突然獲得されたなら、コンタミが無いことをしっかり確かめなければいけないのではないだろうか？
＞だから筆頭著者は混入事故を意識して記者会見でES細胞の混入を否定した発言があったのでしょ。事実とは異なったわけですね。
今回は、2018年3月31日の当ブログ記事を再検討したい。
ここには、ネーチャーへのリンクがあって、ここにSTAP細胞の培養の図がある。ここには酸浴後凝集塊を、さらに継続的に培養している図が出てくる。
ACTH入り培地で培養した後は、自己複製、増殖が可能になるSTAP幹細胞になるとの説明である。幹細胞は単一クローン型であるだろうから、メスオス混合STAP細胞が、この培地を通すと幹細胞になる？については、以前から議論がある。
詳細が論文のどこにも書かれていないのである。
ある培地を使った後に細胞の増殖能が突然獲得されたなら、コンタミが無いことをしっかり確かめなければいけないのではないだろうか？
このSTAP実験図は、撤回論文のサイトでも見ることができる。本文は載っていないが図は見れる。
撤回されたSTAP論文のネーチャーサイトには、右のカラムにFigureというのがあって、ここで図が見える。
また、このサイトを下へずーっと移動させると、コメントが出てくる。
下で紹介している英文コメントはここからの引用である。
こうした図解を見ると、ますます、胚盤胞に注入されたSTAP細胞はどのような状況であったのか？が気になる。
今後、こうした問題が、いろいろに議論されてしかるべきであろう。
図では、幹細胞様細胞と表記されている。これは幹細胞とネーミングされていないのは明らかである。
この時点では、まだ、実験者たちの間では、STAP細胞であったかもしれない。
実は、そうした情報が論文には一切無いので、あくまで読者側の想像である。
ACTH入り培地で培養した後、自己複製を獲得していた細胞は、次の実験ではどのように扱われたのであろうか？
学とみ子は、酸浴後day7の後にもＳＴＡＰ細胞として培養が継続されていたのではないか？と、推論している。
7-10日の培養期間というのも、ひとつ前の8月2日の当ブログで書いたキメラ作製の前処理としての期間と一致する。
この7-10日の培養期間でクラスターを形成していたSTAP細胞を、シングルとクラスターとのそれぞれ処理して、胚盤胞に注入した可能性はないのか？
![c353fea6-s[1]](https://katura1.blog.fc2.com/img/20210803161004a97.png/)
大事なことは、酸浴後day7の細胞処理について、一切、論文に書かれていないので、想像でしかものが言えないのである。
幹細胞ではない、増殖可能なＳＴＡＰ細胞があったなら、実験者はそれを胚盤胞に注入したりするのではないかな？
科学者たちも、ここについては一切、議論しない、触れないでいる。
だから、当ブログのような素人たちが、何なんだ！？何なんだ！？と、問題提起するしかない。
図で明らかなように、さらに、培養を続けてクローニングをして幹細胞として保存している。
幹細胞として保存される前の状態のSTAP細胞の実態については、わからないままになっている。
又、別の話題になるが、STAP実験に使われたマウスは構造的に初期化現象（OCT発現）が起きやすい可能性があるとのコメント投稿が紹介されている。
Jeanne Pawitanさんは、言ってます。
Oct3/4-EGFP transgenic mouseというマウスを小保方氏らは使ったのではないか？
一方、Prof. Leeらは、ジャクソン研究所の CBA-Tg(Pou5f1-EGFP)2Mnn/j transgenic mice を使ったのではないか？
マウスを揃えないと、詳細はわからないということを言っています。
Alexandra Ichéさんも、自ら、非専門家と断りながら、GFP付加の人工操作された細胞の特異性を考えなければいけないと言ってます。ストレスによって、メッセージRNAに付加されるポリアデニール化の効率の低下やプロモーターの活性化が起きた結果、Oct蛋白が合成され、リプログラミングを増強させたのでは？の推論を紹介してます。
下のコメントに関連します。
http://www.nature.com/articles/nature12968/figures/13
http://www.nature.com/articles/nature12968#f13
Jeanne Pawitan • 4 years ago
In my opinion, the success of Obokata is not due to the acid bath only, as the source of the cells she reprogrammed might play a role. She used cells from a transgenic mice, which bears a special Oct4/GFP construct that contains promoter and enhancers.1, 2 other researchers have tried to replicate her success using other kinds of cells, and they failed.3 Prof. Lee and his team tried to use transgenic mice bearing Oct4/GFP as Obokata et al used, and carefully followed the protocol, but failed.4
In technical tips for STAP cell conversion, which was published on 5 March 2014, Obokata et al gave some tips to reproduce their work, including a statement that they used an ?Oct3/4-EGFP transgenic mouse line?, 5 while Prof. Lee used CBA-Tg(Pou5f1-EGFP)2Mnn/j transgenic mice from the Jackson Laboratory,4 thus not precisely the same and I supposed the promoter/enhancers in these two kinds of mice are different.
In my opinion, the promoter/enhancer in Obokata et al’s transgenic mouse derived cells can be induced by low pH to cause gene expression, thus the expression of Oct4/GFP, while those of others can not. Therefore, in the conclusion of Obokata?s et al?s work should be emphasized that stimulus-triggered acquired pluripotency was only tested in Oct3/4-EGFP transgenic mouse line derived cells,and whether the technique works on other types of cells need further confirmation.
別の方のコメントです。
Alexandra Iché • 4 years ago
I have not followed closely the whole STAP ?story?, but I totally agree with the comment from Jeanne Pawitan. As a non-specialist, I was stricken by the fact that transgenic mice used in this work carry a construct containing the whole OCT4 gene. Indeed, the GOF18 construct encompass the OCT4 coding sequence, which is located downstream of GFP and SV40 polyA signal sequences. In my opinion, one hypothesis may be that acidic conditions allow a low activation of the promoter, as well as a reduction of polyA signal efficacy, leading to OCT4 protein expression, which in turn could trigger cell reprogramming. Polyadenylation modulation in stress conditions was recently described (Graber JH et al., Genome Res., 2013), as well as modulation of translation initiation (Komar and Hatzoglou, Cell cycle, 2013) in such conditions.
Obviously, this explanation is not valid for experiments performed using CAG-GFP mice ?
こうした意見から4年が経過しましたから、今は、もっと知識は進んでいるでしょうが、新たな書き込みは無いようです。
日本では、ＳＴＡＰ細胞で起きたことについての専門的議論が盛り上がりませんでした。STAP細胞は、ESであると行くまでにいろいろな専門家がアドバイスしてくれましたが、当ブログが実験ミスについての可能性を語り始めてからは、専門家たちは、当ブログを無視しています。
ネットに載った多くのコメントは、ＳＴＡＰ否定を意図した投稿がメインで、勉強をして意見を言おうとする一般人たちに対しては、ESねつ造派の学者たちから激しい攻撃が加えられました。
それは今も続きます。
しかし、STAP事件でおきた真実を知りたいと思う人は、やはりいますね。そして実力をつけてきているでしょう。
プロフェッショナルな人からのアドバイスは欲しいですけど、でも、忙しい研究者たちは、ご自身の仕事に邁進なんでしょうね。
一言居士さんの整理された情報提供は、とても貴重です。
＞記者会見が1/28です。日本分子生物学会からの連盟のメールが竹市さんに送られたのが2/4前後です。若山さんはその二日前の2/2にクムリナ書き込みしている。2/13に遠藤の仲間が本部から神戸コンプライアンス室に内部通報した。遠藤の記者会見時にこの仲間と打ち合わせたと話していますね。その打ち合わせた内容は公開データの解析結果です。でも理研がデータをNCBIに公開したのは2014/2/13ですよ。遠藤はそれ以前からこのデータを入手していたことになる。小保方さんはデータを2013/11/5にCDBに提出しています。この間はCDB内にしかデータはありません。
研究室のデータは内密でしょうが、出た結果は、論文公開前でも、研究者同士で議論するだろうから、微妙なんでしょうね。外に発表しなければ、内部での情報交換した場合、機密性の境界が曖昧のように思います。いろいろなジャーナルに投稿してるので、査読した人たちもSTAP細胞の情報を持ってます。論文発表されれば、その疑惑が一気に吹き出すと言うことではないか？と思います。
学とみ子説は、関係者証言は正しいと前提して、次を考えるようにしてます。その方が、将来、内部告発者が出やすいと思います。遠藤解析がいつ行われたか？遠藤さんがデータ公開後だと言うなら、ああそうですかと、当ブログは、考えます。今まで、遠藤さんの遺伝子解析のためのコストなどが一度も取り上げられたことがないですね。素人的発想では、むしろこちらも気になります。理研内の力が、遠藤解析をサポートしていたとは思います。
一言居士さんが書き出してくれた記者会見の質疑応答の情報によると、須田記者の質問にあるように、STAP細胞がおかしいと研究者たち（須田記者）が感じた証拠として、TCRが無いことを上げているけど、彼らの認識間違いです。TCRの有無は、ES鑑別には役に立ちません。ESにはもちろんTCRはないし、STAPにもありません。鑑別には使えません。
須田さんは、専門的知識を持たずに、ES画策学者から吹き込まれたままの質問をしています。記者会見では、ここを質問するようにとのアドバイスを受けています。画策学者が間違っているから、須田さんも間違えます。
須田さんは、STAP細胞にはTCRがあるべきと考えています。須田さんのTCR認識は、当初の理研内のES画策学者たちの誤解そのままなんです。ES画策学者、TCRなる仕組みを知らずに、STAP細胞や由来細胞には全て、TCR再構成があるべきと誤解してました。恐らく、ES画策学者たちは、決まった形の遺伝子構造変化として、TCRをとらえていました。
当ブログでも、こうしたES画策学者たちからの攻撃がありました。この時、ES画策学者はTCRを知らないこと、短い遺伝子領域における一定の遺伝子変化と捉えていたことを、学とみ子は知りましたね。
結局、そうした学者たちの誤解が、マスコミの誤解に広がり、STAP細胞がニセモノとの誤解に繋がったのですよね。
酸浴後培養day7のSTAPでは、TCRが出ていても、培養継続したら消えてしまう状況は、いくらでもあります。むしろ、残る可能性が低いでしょう。ES画策学者たちは、こうした細胞機能を知らないと思います。
丹羽氏は、いち早く学者の動向を、察知して、プロトコルエクスチェンジを、出しましたが、医学者なら当然と思うことでも、基礎学者を納得させるのに時間がかかったのです。この時にTCR誤解していた人たちは、アップしていた情報を取り下げてます。
一研究者ブログでも、丹羽論文に対して、撤回すべきとかの議論でした。
一研究者ブログブログです。
「暗黙の前提」と「法の精神」
2014/05/12 18:49
＞また、丹羽先生のプロトコールの論文も極めて問題であり、すぐに撤回すべきだ。「親論文の撤回」という理由以外にも、小保方さんの結果と異なる結果であることを承知しながら、「小保方さんの方法の詳細な解説」として発表している（小保方さんは「STAP細胞ではTCR再構成が起こっている」という結果だったのに対して、丹羽先生の論文は「起こっていない」という結論である）。「最も重要な結果が異なっていることを「認識」していながら、あたかも「同一の結果が得られているかのように記載」しているとすれば、これは倫理面において問題となりうる行為だ。
７年経過した今、そうした人々の誤解の検証は、大事だろうと思います。
ため息さんです。
学とみ子は、当ブログの2018年３月31日をコプぺしたので、英文コメントが４年前の記載になってるんです。今は７年前になってるので、学とみ子は４年経ったと言ってるんです、相変わらず、わざとブログ読者を誤解させ、学とみ子侮辱に精を出すため息さんです。一方、学術的反論は、相変わらず、ため息さんは一切出来ないようです。
以下も、ため息さんは当ブログの文章を追えずにコメントしてます。ひどい理解です。
学とみ子は、以下を書きました。＞＞の部分です。
すると、ため息さんのすっとぼけ発言です。＞の部分です。
学とみ子は、幹細胞作成時の問題点を指摘していますが、ため息さんは別の話にすり替えてます。ため息さんは、わかっていて、やってるんです。
＞＞ある培地を使った後に細胞の増殖能が突然獲得されたなら、コンタミが無いことをしっかり確かめなければいけないのではないだろうか？
＞だから筆頭著者は混入事故を意識して記者会見でES細胞の混入を否定した発言があったのでしょ。事実とは異なったわけですね。
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