TCR議論を再度、考えてみましょう。
2021/08/07
今、一言居士さんが、盛んにTCR再挑戦しているので、当ブログでも、TCRに触れています。
過去でも、学とみ子はいくつか、TCRを書いていますが、以下はTCR議論の一つです。
この記事もあります。2018/06/21
この記事では、ES画策派学者が、TCRはD2J2領域のこととしか考えていなかった様相が理解できます。
彼らは、数百ｂｐの変化をイメージしていたようです。
TCR再構成というのは、D2J2の変化ではなく、もっと幅広いTCR遺伝子の変化です。
まず、DJの連結から始まり、次にVDJの再連結が起きます。
D2J2からはずれているV領域が、TCR多様性のメインの領域です。50～70の遺伝子をかかえ、TCRの多様性に貢献しています。
これがあるから、多様な抗原をキャッチできるのです。
どこまで再構成が進んでいるかは、細胞ごとに違います。より再構成の進行した細胞ほど、生存に不利です。
T細胞は終末細胞なので役割が無ければ死にます。脾臓から突然人工培地に移されてしまえば死にます。
T細胞は、特異抗原がない人工培地で、増殖することができません。
T細胞のように他者に障害を与える細胞は、危険ですから、抗原下という限定的な条件が揃った時しか生存できません。
STAP細胞は培養されています。ES用の培地ですと、3回培地交換の20日位で漸減してしまう様が想像できます。
培養をすれば、その間でT細胞は消えてしまうでしょう。
ため息さんの認識では、酸浴したのだからiPS並みになって、生き延びられるはず、生き延びれないSTAPは偽物という考えのようでした。ため息さんは、遺伝子が切り取られ、又、つながるとのイメージすらなかったようでした。
ため息さんがどんなに間違っても、誰も何も言わず、一方、学とみ子の見解には多数の人たちが間違い呼ばわりをしました。
これは、STAP事件で見られた現象と同じです。ですから、後の時代になって、皆の理解が進めば、どちらが正論だったかがわかります。
酸浴day7のSTAP細胞では、TCR再構成は証明されました。
一度も、代替わりをしていなければ、DNAの変化は検出されるでしょう。
でも、その細胞が分裂して、次世代細胞で生き残らない限り、その遺伝子変化はつながりません。
こうしたことを、基礎の理研学者などはしっかり意識したのでしょうか？
STAP細胞は、毎回、作られ、作られるごとに別の動態細胞となることを、基礎学者はどう把握していたのでしょうか？
脾臓には、いろいろなパターンのT細胞がいるので、D2J2で遺伝子断端を示す多様なパターン図を得る事ができます。
しかし、そのラダーパターン図は、毎回の実験ごとに違ってしまいます。
そして、酸浴後の人工培地ではＴ細胞が増殖しないことが想定されるので、D2J2遺伝子断端のあるパターンは得られなくなります。T細胞以外の細胞が残ることになります。
以下の丹羽先生の説明で、十分理解できるはずです。
T細胞が、特異抗原の刺激を欠く環境でも、生存可能となるための例外はあります。それは、がん化したT細胞やiPS細胞です。
これはもう、一般的なT細胞ではありません。酸浴刺激でこうした細胞並みになったという証拠もありません。
STAP細胞を認めたくない学者たちは、STAP細胞の多能性に対し、とても厳しい条件であるキメラ作製能を持ち出したのです。
免疫学者たちは、こうしたT細胞のポテンシャルを知っていながら、STAP関連細胞に再構成が無いことに疑問を呈したのです。
一流免疫学者、本庶教授、吉村教授（西村と書き間違えました。ため息さんの指摘がありました。誠にすみません。訂正します。）の説明は、学術層、一般人に大いに誤解を与える言い方でした。
実際に、TCR誤解の影響で、STAP関連細胞にTCRがないからSTAPは偽物だというストリー作りの根拠になりました。
吉村教授の説明も、もう、科学館ホームページも含め、閲覧できなくなってしまいましたが、ここは生きています。
STAP実験でもちいられたD2J2プライマーというのは、膨大なTCR遺伝子のごく短い一部のD2J2遺伝子の切り取り（再構成）が見れるにすぎません。
ですから、ここで、必ず再構成の証拠が確認できるわけではありません。
ここのＤ２Ｊ２のジャームラインがインタクトでも、他のＶＤＪ領域では再構成がされている細胞もあります。
吉村教授なども、いろいろなパターンがあることを指摘しています。
今、盛んに一言居士さんが、考察しているところです。
学とみ子は、ＴＣＲについても、ES画策学者たちからさんざん、誹謗されました。
まず、その誹謗の親分格は、やっぱりさんでした。
基礎学者たちは、TCR再構成とは、D2J2の短い遺伝子領域でおきた変化であると勘違いをしていたのです。
もちろん、ため息さんも一緒になって学とみ子を誹謗しましたが、ため息さんは、TCRについては全く知識がなく、意味不明なコメントばかりでした。
STAP細胞関連細胞、キメラにおけるTCRの理解は、丹羽先生の説明が最善なものです。
丹羽先生がこうした資料を作ったにもかかわらず、基礎の学者は、当初、丹羽図を理解していないと思います。
丹羽先生の説明は、図がふんだんにありますので、一番、理解がしやすいです。
PDFファイルになっていますの、これをダウンロードしてください。
タイトル STAP現象の検証の実施について
丹羽先生の説明です。
１）再構成されたT細胞受容体遺伝子を持つSTAP幹細胞が得られる確率は低い。
２）キメラ胚でT細胞受容体遺伝子再構成を検出できる確率は低い
しかし、TCRって何のためにあるのかの免疫学を知らないと、この意味の理解が難しいのかもしれません。
今、一言居士さんが、その多様性について説明しています。
丹羽先生は、以下のように説明しています。
１週令マウス脾臓由来CD45陽性血液細胞の１０−２０％がT細胞で、
そのうち１０−２０％がT細胞受容体遺伝子再構成を持つ。
（全CD45陽性細胞の１−４％がT細胞受容体遺伝子再構成を持つ）
これは決して効率のよい指標ではなく 他の指標を用いた検証を併用する事が望ましい
丹羽先生は、上記ですべてを説明しています。
丹羽先生は口には出さなかったものの、STAP細胞の中の他の細胞成分に注目していました。
丹羽先生は、STAP細胞の中の細胞成分を、図に示しています。
ＳＴＡＰ塊状細胞は、T細胞より他の血液細胞が主体です。
B細胞がＴ細胞より多くいて、Ｔ細胞の成熟度、分化度も、細胞ごとに違います。
そして、血液細胞には、なんといっても役割不明のマクロファージがいます。
マクロファージは、食細胞と呼ばれ、なんでも貪食して死にやすいので、前線兵士として、未熟トレーニングの白血球のイメージがありました。
そころが、マクロファージは、実際にはすごく種類が多くて、どの細胞からマクロファージが生じてくるのか？がまだ、完全には解明されていません。
ですから、マクロファージは、その多能性も含め、機能も未知であり、人類が追いつけていません。
いろいろ多彩な機能は、解明途上です。
このマクロファージは、その細胞起源を含めて、忍者のような細胞なんですね。誰がどのような目的で、忍者派遣を決めているのか？わかりません。
以前に当ブログでもマクロファージの起源を取り上げたことがあると思うのですが、本当の実力はまだ、完全には解明されていません。マクロファージは、自らの分化を進めることも、戻すことも可能でしょう。生体内で柔軟に姿、機能（遺伝子発現）を変えています。
ため息さんのように生物領域の教官と言えど、生体内の細胞の柔軟性を知らない学者は多くいて、STAP潰しに奔走しました。
多くの学者はすでにSTAP論議から手を引きました。人類の知識の限界に、一般人も含め多くの人が気づいています。ところが、ため息さんは新たな勉強をすることなく、STAP擁護派に対する誹謗行為を続けています。
マクロファージについて、JBスクエアという医学情報サイトがあって、以下の記述があります。
自己免疫疾患をより良く理解するための免疫学
第7回 マクロファージ
2．マクロファージの由来について
組織に存在するマクロファージは骨髄から流入してきた単球が、各々の組織において特徴的な分化をとげたものと長い間考えられてきた。しかしながら、最近の研究から組織に存在するマクロファージは、常在している組織により3種類（卵黄嚢、胎児肝臓、骨髄）の異なる起源を持っていることが明らかとなった[1]。皮膚、脾臓、膵臓などのマクロファージや、肝臓のクッパー細胞、脳のマイクログリア（F4/80という細胞表面マーカーを高発現している）などは、卵黄嚢由来であり、一方で腎臓や肺に存在するマクロファージ（F4/80発現が低い）は卵黄嚢と骨髄由来である。さらに皮膚のランゲルハンス細胞は卵黄嚢と胎児肝由来であることが明らかとなった。上述したように大部分の組織に存在するマクロファージは卵黄嚢や胎児肝由来であり、骨髄由来の単球に容易に置換されないのに比較して、樹状細胞やF4/80の発現の低いマクロファージは、骨髄由来のマクロファージ前駆細胞（単球）に容易に置換されることが明らかとなっている。
このサイトでは、TCRの説明も載ってます。
そこには、T細胞受容体遺伝子の再編成という言葉が盛んに使われています。
ため息さんの嫌いな再編成です。
ため息さんは、再構成しか、科学者は使わない、学とみ子はデタラメと言いました。
ため息さんは、こうした言葉の使い方にこだわるわりには、TCRが何なのか？どのように機能しているのか？を知らないのです。
専門領域に入って議論する時は、お互いに大事なところのギャップを埋めようとします。
相手が間違いならそれを考え直させ、自分の方が間違っていれば訂正します。
ですから、大事な事以外は問題にしません。
しかし、ため息さんは、大事なところがどこか？には関係なく、相手をけなすこと、否定することに重点をおきます。
どこか重点かがわからない人を相手にするなら、ため息手法は機能するでしょう。
ため息さんはよくわかっていて議論しているとの評価されますね。一言居士に言わせるとため息さんは有段者ということです。
どこが大事か、どこを議論で埋めるべきなのかのお互いの合意は大事です。
ため息さんとの議論は、いつも、大事なところを詰めることができません。
ため息さんは、大事なところがどこか？がわかりませんし、そこへ行く前にため息さんは脱線します。
自身の無作為に気づけません。
ＳＴＡＰ細胞に対する信頼と期待が、学とみ子とため息さんではまったく異なっているからでしょうね。
ため息さんは、新たに勉強して、その知見をぶつけてくるということをしません。
ただ、相手を誹謗するだけしかできません。
学とみ子の言い分を理解することもできません。すぐ、勘違いをしてしまいます。
条件付けの議論もできない人です。
一言居士さんのたゆまぬ努力とは違って、ため息さんは勉強する気がありません。これでは、ES捏造説を、守ることはできません。
今回のコメントは、するべき議論を放棄しています。
今後も、学とみ子の珍説、藁人形説でため息パフォーマンスを続けていくのでしょう。
以下のため息コメントも、ため息さんが、学とみ子の言わんとしていることを理解してません。そんなため息さんですから、「全く異なる」といくら、ため息さんがわめいても意味がありません。ため息さんは、新たな学びをしないままわめいているだけなんですね。
＞丹羽氏の解説は学とみ子の「T細胞による初期化証明は原理的に不可能説」とは全く異なるものです。
ため息さんは、自分自身の知識の何が足らないのか？すら、気づくことができません。
ため息さんです。
＞答えてみてください
すでに、学とみ子は答えています。STAP細胞には機能不明な細胞集団であると言うことです。さらに、ため息さんが何か言いたいなら、誹謗をやめて、科学的エビデンスを示してください。
ため息戦術は、自らの学びを示すことなく、相手を理不尽に否定するというものです。ため息戦術は、すでに限界が来ています。
ため息さんです。
＞都合が悪いから答えないでしょうね。
ため息さんは、こうした言葉遣いをして、ため息自らの正当性を作り上げる戦術を取ってきました。
ため息さんは、学とみ子が逃げている！逃げている！と連呼します。ため息ブログメンバーも、学とみ子が逃げていると思ってしまいます。ずるいため息戦略です。ため息さんは、ズーと使ってきたんですね。
両者の議論を追えない読者たちには、こうした見せかけの印象操作戦術は有効でしょうけど……。ため息さんが、こうした戦術に頼っている限り、ため息さんの勉学が進むことは無いのでしょう。
ため息さんです。
＞「あの日」のp90に酸浴後７日間の培養のあと使ったと書いてあると指摘したのに反応がないですな。聖書を持ってないの？
学とみ子は、もう、答えているんですよね。でも、ため息さんは、答えていないと連呼します。
こんな知らんぷりをするため息さんは、それでも有効だと、ため息さんは思っています。
議論が追えない人は、ため息正しい、学とみ子ずるいというように思うらしいです。
確信犯なんですよね。
相手の答えを答えとして、ため息さんは評価しないのです。
答えてない！逃げている！のため息連呼です。
学とみ子は、小保方氏の見解を以下の記事で書いてますね。
タイトル 表の培養期間は酸浴後のday7とは、違うものであると考えないといけないとおもいます。
2021/08/02
この記載は、「あの日」でも、特に重要な部分で、小保方氏が自らの無罪を主張するために、ぎりぎりまで踏み込んで書いたのでしょう。
他人に責任を転嫁してはいけないと、科学者魂を、小保方氏が肝に銘じていたからこぞ、こうした文章になったのでしょう。
小保方氏が、もっと踏み込んで実験実態を書くことは、躊躇したとおもいます。
「私は見てません。わかりません」と書いたのです。
再掲します。
第二次調査委員会によって、STAP細胞から作製されたはずの「成功したキメラ」は既存のES細胞から作製されたものであったと報告された。すでにくわしく書いたように、STAP細胞からのキメラ実験は、若山先生が作製方法をSTAP細胞塊をバラバラにして注入する方法から、マイクロナイフで切って入れる方法に切り替えた時に初めて成功している。もし私がES細胞を渡していたのなら、細胞塊をバラバラにして、キメラマウスを作製していた当初からキメラマウスの作製に成功していたはずである。そうではなく、実験方法を切り替えた時にES細胞を渡していたとするなら、連日行われていたキメラマウス作製実験において、そのタイミングに合わせてES細胞を若山研の誰にも知られずに準備し、ES細胞研究の第一人者である若山先生にばれずに渡すことが、果たして可能であっただろうか。
また、若山先生がSTAP細胞から樹立したというSTAP幹細胞も、以前に若山研で作製された既存のES細胞であったと報告された。STAP細胞は増殖性が低く、それがSTAP細胞の特徴の一つであり、若山先生も熟知されていたはずである。もし私がES細胞をSTAP細胞だと偽って渡していたのなら、もともと増殖している細胞が渡されていたことになり、若山先生が観察した、増殖能の低いSTAP細胞からの無限増殖する幹細胞への変化は起こるはずがなく、気がつかなかったはずはないのではないだろうか。さらに若山先生はキメラ実験・STAP幹細胞樹立実験を行っていた当時、129 x B6 F1のES細胞は若山研に存在していなかったと多くのメディアにご発言されている。
そして、これらの実験に使われていたES細胞は若山研で飼育されていたアクロシンGFPマウスという特殊なマウスから作製されたものであったことも調査結果として発表された。アクロシンGFPマウスは、通常のGFPマウスでは観察されない「光るスペルム」を持っているという特徴があるそうだ。STAP幹細胞からできたキメラマウスのジャームライントランスミッションの実験の際、「光るスペルム」を自身で採取し実験を行っていたにもかかわらず、若山先生は「STA幹細胞は自分の研究室にはいなかったマウスからできた細胞だった」と6月の記者会見で発表し、まるで私がマウスや細胞をすり替えられたかのような推論を社会に植え付けた。
6月の終わりの検証実験参加の打ち合わせの帰り道に、STAP幹細胞が間違いなく若山研にいたマウスに由来しており、そのマウスがアクロシンGFPキメラであることがわかったと私は連絡を受けた。連絡をくださった方に「アクロシンGFPマウスはどんなマウスなんですか?」と伺うと、「スペルムがGFPで光るという性質を持っている」と教えてくれた。私は若山先生が光るスペメムを顕微授精する実験を行っていたことを思い出し、その時の実験の写真も残っていることも思い出した。「若山先生は光るスペルムで実験をしていました」と告げると、「確信犯」と言葉が返ってきた。
”連日、行われていた”の記載が大事ですね。
つまり、さまざまな培養形態のSTAP細胞がキメラ実験に使われていたことを、小保方文章は示唆します。
しかし、小保方氏から発せられた言葉は、「わからない」という表現なんです。
調査委員会でも、そうしたやりとりはあったと思いますから、その結果、ねつ造とは判定できないと桂報告書裁定につながったと思います。
しかし、桂報告書は、その論拠をはっきり書きませんでした。
書けない状況にあったと思います。
小保方側も、はっきり書けば、一般読者にはわかりやすかったと思いますが、小保方氏は、「わかりません」で留めたかったのでしょう。
小保方氏が事のなりゆきを明らかにしていないことをいいことに、ため息さんは、小保方氏がESを混入させたという推論を、事実のように書いています。
とにかく、ESねつ造説というのは、ESを混ぜることができるのは小保方氏しかいないと、人々に印象づけるのが目的です。
ESの専門家が、顕微鏡を覗きその形態に熟知し、ESの増殖経験も豊富な若山氏が、異質な動態性を持つ細胞の存在に気付かないはずがありません。
ため息さんの文章というのは、なんら学者っぽくないですね。
＞酸浴後７日間の培養のあとも”STAP細胞”のままで培養されていたということはないと当方は、根拠を添えて主張したわけですな。
”STAP細胞”のままで培養されていたというため息文章が誤解の元です。こうした軽率な言い回しも、学者っぽくないのです。
”STAP細胞”とネーミングされたまま、STAP細胞の増殖性の獲得に向けて、いろいろな実験チャレンジを続けていたと、学とみ子は推論しています。
小保方氏は、「あの日」にそれをはっきり書かずに、キメラ実験は連日、行われていたと表現しました。
小保方氏が連日、STAPを持参したのではありません。若山研究室で、いろいろな培養状態のSTAPがあったｊことを小保方氏は示唆してます。
もし、ため息さんがまともな学者であれば、こうした推論に対し、しっかり反論する必要がありますが、ため息さんにはそうした学者センスがありません。
一言居士さんが、何度も思考を繰り返しているのと対照的に、ため息さんは平気で専門家でないからＴＣＲはわからないと言ってしまうのですよね。
ため息さんは、周辺知識の勉強をしていないから、学とみ子の主張がさっぱり理解できないのです。
学者なる人たちとは、専門領域以外でも、すぐ勉強可能である状態にいるはずなのに・・・・。
ため息さんです。教科書を理解していると言ってます。
2019年５月に、再度、ゲル図TCR再構成でさんざん議論し、Ｌさんが教科書的説明、さらに踏み込んだ説明をしてます。ため息さんはその議論の経緯を勉強して欲しいです。
この辺りのＬコメントが大事です。結論ありきブログ雑談コーナーにおける記録です。
5256. L
2019年06月02日 19:36
１）Fig 1iのリンパ球レーンは、ゲル２の#16ですから、CD3で純化したT細胞（リンパ球とラベルするのは不適切）サンプルです。純化したT細胞の場合でも、理論的にはD2J2がGLで残る可能性がありますが、PCRではより小さい再構成バンドの増幅の方が効率よく起きるため、GLのバンドが見えなくなる事があってもおかしくないと思います。
……
（１）０本については両アレルでD1J2再構成を起こせば説明できる。
（２）DJ再構成はほとんどの末梢T細胞で完了しているので全体がGLで残ることはないが、D1J1再構成を起こしたアレルでは、下流のD2J2に限りGLで残る可能性がある（吉村氏によれば、実験的に10%）。
上記のＬコメントは、ため息さんはマスターしてるのでしょうか？
学とみ子をデタラメ呼ばわりをするという稚拙な誹謗を止めて、科学的反論に戻りなさいな。
ため息さんです。
＞細かいところは素人ですから教科書以上のことは知りません。
ため息さんが、ES捏造説を根付かせておきたいなら、ため息さんは教科書以上を目指さないと……。ES捏造説の存続を目指したいなら、勉学済み素人たちを説得できる学力が必要です。
＞大きさだけ、しかも当初は大きさが違うという認識があったかどうかわかりません。
ESとSTAPの違いは、おおきさだけなんてあり得ないででょう。専門家は、少しでも異質な形態、動態があれば気付くでしょうよ。
過去でも、学とみ子はいくつか、TCRを書いていますが、以下はTCR議論の一つです。
この記事もあります。2018/06/21
この記事では、ES画策派学者が、TCRはD2J2領域のこととしか考えていなかった様相が理解できます。
彼らは、数百ｂｐの変化をイメージしていたようです。
TCR再構成というのは、D2J2の変化ではなく、もっと幅広いTCR遺伝子の変化です。
まず、DJの連結から始まり、次にVDJの再連結が起きます。
D2J2からはずれているV領域が、TCR多様性のメインの領域です。50～70の遺伝子をかかえ、TCRの多様性に貢献しています。
これがあるから、多様な抗原をキャッチできるのです。
どこまで再構成が進んでいるかは、細胞ごとに違います。より再構成の進行した細胞ほど、生存に不利です。
T細胞は終末細胞なので役割が無ければ死にます。脾臓から突然人工培地に移されてしまえば死にます。
T細胞は、特異抗原がない人工培地で、増殖することができません。
T細胞のように他者に障害を与える細胞は、危険ですから、抗原下という限定的な条件が揃った時しか生存できません。
STAP細胞は培養されています。ES用の培地ですと、3回培地交換の20日位で漸減してしまう様が想像できます。
培養をすれば、その間でT細胞は消えてしまうでしょう。
ため息さんの認識では、酸浴したのだからiPS並みになって、生き延びられるはず、生き延びれないSTAPは偽物という考えのようでした。ため息さんは、遺伝子が切り取られ、又、つながるとのイメージすらなかったようでした。
ため息さんがどんなに間違っても、誰も何も言わず、一方、学とみ子の見解には多数の人たちが間違い呼ばわりをしました。
これは、STAP事件で見られた現象と同じです。ですから、後の時代になって、皆の理解が進めば、どちらが正論だったかがわかります。
酸浴day7のSTAP細胞では、TCR再構成は証明されました。
一度も、代替わりをしていなければ、DNAの変化は検出されるでしょう。
でも、その細胞が分裂して、次世代細胞で生き残らない限り、その遺伝子変化はつながりません。
こうしたことを、基礎の理研学者などはしっかり意識したのでしょうか？
STAP細胞は、毎回、作られ、作られるごとに別の動態細胞となることを、基礎学者はどう把握していたのでしょうか？
脾臓には、いろいろなパターンのT細胞がいるので、D2J2で遺伝子断端を示す多様なパターン図を得る事ができます。
しかし、そのラダーパターン図は、毎回の実験ごとに違ってしまいます。
そして、酸浴後の人工培地ではＴ細胞が増殖しないことが想定されるので、D2J2遺伝子断端のあるパターンは得られなくなります。T細胞以外の細胞が残ることになります。
以下の丹羽先生の説明で、十分理解できるはずです。
T細胞が、特異抗原の刺激を欠く環境でも、生存可能となるための例外はあります。それは、がん化したT細胞やiPS細胞です。
これはもう、一般的なT細胞ではありません。酸浴刺激でこうした細胞並みになったという証拠もありません。
STAP細胞を認めたくない学者たちは、STAP細胞の多能性に対し、とても厳しい条件であるキメラ作製能を持ち出したのです。
免疫学者たちは、こうしたT細胞のポテンシャルを知っていながら、STAP関連細胞に再構成が無いことに疑問を呈したのです。
一流免疫学者、本庶教授、吉村教授（西村と書き間違えました。ため息さんの指摘がありました。誠にすみません。訂正します。）の説明は、学術層、一般人に大いに誤解を与える言い方でした。
実際に、TCR誤解の影響で、STAP関連細胞にTCRがないからSTAPは偽物だというストリー作りの根拠になりました。
吉村教授の説明も、もう、科学館ホームページも含め、閲覧できなくなってしまいましたが、ここは生きています。
STAP実験でもちいられたD2J2プライマーというのは、膨大なTCR遺伝子のごく短い一部のD2J2遺伝子の切り取り（再構成）が見れるにすぎません。
ですから、ここで、必ず再構成の証拠が確認できるわけではありません。
ここのＤ２Ｊ２のジャームラインがインタクトでも、他のＶＤＪ領域では再構成がされている細胞もあります。
吉村教授なども、いろいろなパターンがあることを指摘しています。
今、盛んに一言居士さんが、考察しているところです。
学とみ子は、ＴＣＲについても、ES画策学者たちからさんざん、誹謗されました。
まず、その誹謗の親分格は、やっぱりさんでした。
基礎学者たちは、TCR再構成とは、D2J2の短い遺伝子領域でおきた変化であると勘違いをしていたのです。
もちろん、ため息さんも一緒になって学とみ子を誹謗しましたが、ため息さんは、TCRについては全く知識がなく、意味不明なコメントばかりでした。
STAP細胞関連細胞、キメラにおけるTCRの理解は、丹羽先生の説明が最善なものです。
丹羽先生がこうした資料を作ったにもかかわらず、基礎の学者は、当初、丹羽図を理解していないと思います。
丹羽先生の説明は、図がふんだんにありますので、一番、理解がしやすいです。
PDFファイルになっていますの、これをダウンロードしてください。
タイトル STAP現象の検証の実施について
丹羽先生の説明です。
１）再構成されたT細胞受容体遺伝子を持つSTAP幹細胞が得られる確率は低い。
２）キメラ胚でT細胞受容体遺伝子再構成を検出できる確率は低い
しかし、TCRって何のためにあるのかの免疫学を知らないと、この意味の理解が難しいのかもしれません。
今、一言居士さんが、その多様性について説明しています。
丹羽先生は、以下のように説明しています。
１週令マウス脾臓由来CD45陽性血液細胞の１０−２０％がT細胞で、
そのうち１０−２０％がT細胞受容体遺伝子再構成を持つ。
（全CD45陽性細胞の１−４％がT細胞受容体遺伝子再構成を持つ）
これは決して効率のよい指標ではなく 他の指標を用いた検証を併用する事が望ましい
丹羽先生は、上記ですべてを説明しています。
丹羽先生は口には出さなかったものの、STAP細胞の中の他の細胞成分に注目していました。
丹羽先生は、STAP細胞の中の細胞成分を、図に示しています。
ＳＴＡＰ塊状細胞は、T細胞より他の血液細胞が主体です。
B細胞がＴ細胞より多くいて、Ｔ細胞の成熟度、分化度も、細胞ごとに違います。
そして、血液細胞には、なんといっても役割不明のマクロファージがいます。
マクロファージは、食細胞と呼ばれ、なんでも貪食して死にやすいので、前線兵士として、未熟トレーニングの白血球のイメージがありました。
そころが、マクロファージは、実際にはすごく種類が多くて、どの細胞からマクロファージが生じてくるのか？がまだ、完全には解明されていません。
ですから、マクロファージは、その多能性も含め、機能も未知であり、人類が追いつけていません。
いろいろ多彩な機能は、解明途上です。
このマクロファージは、その細胞起源を含めて、忍者のような細胞なんですね。誰がどのような目的で、忍者派遣を決めているのか？わかりません。
以前に当ブログでもマクロファージの起源を取り上げたことがあると思うのですが、本当の実力はまだ、完全には解明されていません。マクロファージは、自らの分化を進めることも、戻すことも可能でしょう。生体内で柔軟に姿、機能（遺伝子発現）を変えています。
ため息さんのように生物領域の教官と言えど、生体内の細胞の柔軟性を知らない学者は多くいて、STAP潰しに奔走しました。
多くの学者はすでにSTAP論議から手を引きました。人類の知識の限界に、一般人も含め多くの人が気づいています。ところが、ため息さんは新たな勉強をすることなく、STAP擁護派に対する誹謗行為を続けています。
マクロファージについて、JBスクエアという医学情報サイトがあって、以下の記述があります。
自己免疫疾患をより良く理解するための免疫学
第7回 マクロファージ
2．マクロファージの由来について
組織に存在するマクロファージは骨髄から流入してきた単球が、各々の組織において特徴的な分化をとげたものと長い間考えられてきた。しかしながら、最近の研究から組織に存在するマクロファージは、常在している組織により3種類（卵黄嚢、胎児肝臓、骨髄）の異なる起源を持っていることが明らかとなった[1]。皮膚、脾臓、膵臓などのマクロファージや、肝臓のクッパー細胞、脳のマイクログリア（F4/80という細胞表面マーカーを高発現している）などは、卵黄嚢由来であり、一方で腎臓や肺に存在するマクロファージ（F4/80発現が低い）は卵黄嚢と骨髄由来である。さらに皮膚のランゲルハンス細胞は卵黄嚢と胎児肝由来であることが明らかとなった。上述したように大部分の組織に存在するマクロファージは卵黄嚢や胎児肝由来であり、骨髄由来の単球に容易に置換されないのに比較して、樹状細胞やF4/80の発現の低いマクロファージは、骨髄由来のマクロファージ前駆細胞（単球）に容易に置換されることが明らかとなっている。
このサイトでは、TCRの説明も載ってます。
そこには、T細胞受容体遺伝子の再編成という言葉が盛んに使われています。
ため息さんの嫌いな再編成です。
ため息さんは、再構成しか、科学者は使わない、学とみ子はデタラメと言いました。
ため息さんは、こうした言葉の使い方にこだわるわりには、TCRが何なのか？どのように機能しているのか？を知らないのです。
専門領域に入って議論する時は、お互いに大事なところのギャップを埋めようとします。
相手が間違いならそれを考え直させ、自分の方が間違っていれば訂正します。
ですから、大事な事以外は問題にしません。
しかし、ため息さんは、大事なところがどこか？には関係なく、相手をけなすこと、否定することに重点をおきます。
どこか重点かがわからない人を相手にするなら、ため息手法は機能するでしょう。
ため息さんはよくわかっていて議論しているとの評価されますね。一言居士に言わせるとため息さんは有段者ということです。
どこが大事か、どこを議論で埋めるべきなのかのお互いの合意は大事です。
ため息さんとの議論は、いつも、大事なところを詰めることができません。
ため息さんは、大事なところがどこか？がわかりませんし、そこへ行く前にため息さんは脱線します。
自身の無作為に気づけません。
ＳＴＡＰ細胞に対する信頼と期待が、学とみ子とため息さんではまったく異なっているからでしょうね。
ため息さんは、新たに勉強して、その知見をぶつけてくるということをしません。
ただ、相手を誹謗するだけしかできません。
学とみ子の言い分を理解することもできません。すぐ、勘違いをしてしまいます。
条件付けの議論もできない人です。
一言居士さんのたゆまぬ努力とは違って、ため息さんは勉強する気がありません。これでは、ES捏造説を、守ることはできません。
今回のコメントは、するべき議論を放棄しています。
今後も、学とみ子の珍説、藁人形説でため息パフォーマンスを続けていくのでしょう。
以下のため息コメントも、ため息さんが、学とみ子の言わんとしていることを理解してません。そんなため息さんですから、「全く異なる」といくら、ため息さんがわめいても意味がありません。ため息さんは、新たな学びをしないままわめいているだけなんですね。
＞丹羽氏の解説は学とみ子の「T細胞による初期化証明は原理的に不可能説」とは全く異なるものです。
ため息さんは、自分自身の知識の何が足らないのか？すら、気づくことができません。
ため息さんです。
＞答えてみてください
すでに、学とみ子は答えています。STAP細胞には機能不明な細胞集団であると言うことです。さらに、ため息さんが何か言いたいなら、誹謗をやめて、科学的エビデンスを示してください。
ため息戦術は、自らの学びを示すことなく、相手を理不尽に否定するというものです。ため息戦術は、すでに限界が来ています。
ため息さんです。
＞都合が悪いから答えないでしょうね。
ため息さんは、こうした言葉遣いをして、ため息自らの正当性を作り上げる戦術を取ってきました。
ため息さんは、学とみ子が逃げている！逃げている！と連呼します。ため息ブログメンバーも、学とみ子が逃げていると思ってしまいます。ずるいため息戦略です。ため息さんは、ズーと使ってきたんですね。
両者の議論を追えない読者たちには、こうした見せかけの印象操作戦術は有効でしょうけど……。ため息さんが、こうした戦術に頼っている限り、ため息さんの勉学が進むことは無いのでしょう。
ため息さんです。
＞「あの日」のp90に酸浴後７日間の培養のあと使ったと書いてあると指摘したのに反応がないですな。聖書を持ってないの？
学とみ子は、もう、答えているんですよね。でも、ため息さんは、答えていないと連呼します。
こんな知らんぷりをするため息さんは、それでも有効だと、ため息さんは思っています。
議論が追えない人は、ため息正しい、学とみ子ずるいというように思うらしいです。
確信犯なんですよね。
相手の答えを答えとして、ため息さんは評価しないのです。
答えてない！逃げている！のため息連呼です。
学とみ子は、小保方氏の見解を以下の記事で書いてますね。
タイトル 表の培養期間は酸浴後のday7とは、違うものであると考えないといけないとおもいます。
2021/08/02
この記載は、「あの日」でも、特に重要な部分で、小保方氏が自らの無罪を主張するために、ぎりぎりまで踏み込んで書いたのでしょう。
他人に責任を転嫁してはいけないと、科学者魂を、小保方氏が肝に銘じていたからこぞ、こうした文章になったのでしょう。
小保方氏が、もっと踏み込んで実験実態を書くことは、躊躇したとおもいます。
「私は見てません。わかりません」と書いたのです。
再掲します。
第二次調査委員会によって、STAP細胞から作製されたはずの「成功したキメラ」は既存のES細胞から作製されたものであったと報告された。すでにくわしく書いたように、STAP細胞からのキメラ実験は、若山先生が作製方法をSTAP細胞塊をバラバラにして注入する方法から、マイクロナイフで切って入れる方法に切り替えた時に初めて成功している。もし私がES細胞を渡していたのなら、細胞塊をバラバラにして、キメラマウスを作製していた当初からキメラマウスの作製に成功していたはずである。そうではなく、実験方法を切り替えた時にES細胞を渡していたとするなら、連日行われていたキメラマウス作製実験において、そのタイミングに合わせてES細胞を若山研の誰にも知られずに準備し、ES細胞研究の第一人者である若山先生にばれずに渡すことが、果たして可能であっただろうか。
また、若山先生がSTAP細胞から樹立したというSTAP幹細胞も、以前に若山研で作製された既存のES細胞であったと報告された。STAP細胞は増殖性が低く、それがSTAP細胞の特徴の一つであり、若山先生も熟知されていたはずである。もし私がES細胞をSTAP細胞だと偽って渡していたのなら、もともと増殖している細胞が渡されていたことになり、若山先生が観察した、増殖能の低いSTAP細胞からの無限増殖する幹細胞への変化は起こるはずがなく、気がつかなかったはずはないのではないだろうか。さらに若山先生はキメラ実験・STAP幹細胞樹立実験を行っていた当時、129 x B6 F1のES細胞は若山研に存在していなかったと多くのメディアにご発言されている。
そして、これらの実験に使われていたES細胞は若山研で飼育されていたアクロシンGFPマウスという特殊なマウスから作製されたものであったことも調査結果として発表された。アクロシンGFPマウスは、通常のGFPマウスでは観察されない「光るスペルム」を持っているという特徴があるそうだ。STAP幹細胞からできたキメラマウスのジャームライントランスミッションの実験の際、「光るスペルム」を自身で採取し実験を行っていたにもかかわらず、若山先生は「STA幹細胞は自分の研究室にはいなかったマウスからできた細胞だった」と6月の記者会見で発表し、まるで私がマウスや細胞をすり替えられたかのような推論を社会に植え付けた。
6月の終わりの検証実験参加の打ち合わせの帰り道に、STAP幹細胞が間違いなく若山研にいたマウスに由来しており、そのマウスがアクロシンGFPキメラであることがわかったと私は連絡を受けた。連絡をくださった方に「アクロシンGFPマウスはどんなマウスなんですか?」と伺うと、「スペルムがGFPで光るという性質を持っている」と教えてくれた。私は若山先生が光るスペメムを顕微授精する実験を行っていたことを思い出し、その時の実験の写真も残っていることも思い出した。「若山先生は光るスペルムで実験をしていました」と告げると、「確信犯」と言葉が返ってきた。
”連日、行われていた”の記載が大事ですね。
つまり、さまざまな培養形態のSTAP細胞がキメラ実験に使われていたことを、小保方文章は示唆します。
しかし、小保方氏から発せられた言葉は、「わからない」という表現なんです。
調査委員会でも、そうしたやりとりはあったと思いますから、その結果、ねつ造とは判定できないと桂報告書裁定につながったと思います。
しかし、桂報告書は、その論拠をはっきり書きませんでした。
書けない状況にあったと思います。
小保方側も、はっきり書けば、一般読者にはわかりやすかったと思いますが、小保方氏は、「わかりません」で留めたかったのでしょう。
小保方氏が事のなりゆきを明らかにしていないことをいいことに、ため息さんは、小保方氏がESを混入させたという推論を、事実のように書いています。
とにかく、ESねつ造説というのは、ESを混ぜることができるのは小保方氏しかいないと、人々に印象づけるのが目的です。
ESの専門家が、顕微鏡を覗きその形態に熟知し、ESの増殖経験も豊富な若山氏が、異質な動態性を持つ細胞の存在に気付かないはずがありません。
ため息さんの文章というのは、なんら学者っぽくないですね。
＞酸浴後７日間の培養のあとも”STAP細胞”のままで培養されていたということはないと当方は、根拠を添えて主張したわけですな。
”STAP細胞”のままで培養されていたというため息文章が誤解の元です。こうした軽率な言い回しも、学者っぽくないのです。
”STAP細胞”とネーミングされたまま、STAP細胞の増殖性の獲得に向けて、いろいろな実験チャレンジを続けていたと、学とみ子は推論しています。
小保方氏は、「あの日」にそれをはっきり書かずに、キメラ実験は連日、行われていたと表現しました。
小保方氏が連日、STAPを持参したのではありません。若山研究室で、いろいろな培養状態のSTAPがあったｊことを小保方氏は示唆してます。
もし、ため息さんがまともな学者であれば、こうした推論に対し、しっかり反論する必要がありますが、ため息さんにはそうした学者センスがありません。
一言居士さんが、何度も思考を繰り返しているのと対照的に、ため息さんは平気で専門家でないからＴＣＲはわからないと言ってしまうのですよね。
ため息さんは、周辺知識の勉強をしていないから、学とみ子の主張がさっぱり理解できないのです。
学者なる人たちとは、専門領域以外でも、すぐ勉強可能である状態にいるはずなのに・・・・。
ため息さんです。教科書を理解していると言ってます。
2019年５月に、再度、ゲル図TCR再構成でさんざん議論し、Ｌさんが教科書的説明、さらに踏み込んだ説明をしてます。ため息さんはその議論の経緯を勉強して欲しいです。
この辺りのＬコメントが大事です。結論ありきブログ雑談コーナーにおける記録です。
5256. L
2019年06月02日 19:36
１）Fig 1iのリンパ球レーンは、ゲル２の#16ですから、CD3で純化したT細胞（リンパ球とラベルするのは不適切）サンプルです。純化したT細胞の場合でも、理論的にはD2J2がGLで残る可能性がありますが、PCRではより小さい再構成バンドの増幅の方が効率よく起きるため、GLのバンドが見えなくなる事があってもおかしくないと思います。
……
（１）０本については両アレルでD1J2再構成を起こせば説明できる。
（２）DJ再構成はほとんどの末梢T細胞で完了しているので全体がGLで残ることはないが、D1J1再構成を起こしたアレルでは、下流のD2J2に限りGLで残る可能性がある（吉村氏によれば、実験的に10%）。
上記のＬコメントは、ため息さんはマスターしてるのでしょうか？
学とみ子をデタラメ呼ばわりをするという稚拙な誹謗を止めて、科学的反論に戻りなさいな。
ため息さんです。
＞細かいところは素人ですから教科書以上のことは知りません。
ため息さんが、ES捏造説を根付かせておきたいなら、ため息さんは教科書以上を目指さないと……。ES捏造説の存続を目指したいなら、勉学済み素人たちを説得できる学力が必要です。
＞大きさだけ、しかも当初は大きさが違うという認識があったかどうかわかりません。
ESとSTAPの違いは、おおきさだけなんてあり得ないででょう。専門家は、少しでも異質な形態、動態があれば気付くでしょうよ。
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