なぜ、STAP細胞の酸浴後day7以後の培養は、論文にはっきりと記載されなかったのか?

タイトル:なぜ、STAP細胞の酸浴後day7以後の培養の詳細が公開STAP論文にはっきりと記載されなかったのか?
について、考えてみます。


桂報告書14頁には、”小保方氏がディッシュのフタなどに載せてもって来たSTAP細胞塊を若山氏が切り刻んで・・・”とあります。

この14頁を書いた著者は、一行目に、”誰かが故意に混入した疑いを拭うことができない。”と書いています。
つまり、14頁の著者は、小保方氏犯行を強く疑っています。

14頁、30頁に総括的にかかれた文章については、他の個々の調査結果が書かれた文章と比較して、学術的なレベルが違うと、学とみ子は考えています。
14頁、30頁の著者は、他の部分と違って、小保方氏が混ぜたとしたいの意図が強く感じられます。
他の桂報告書のバートは、小保方氏には責任を追及するのは難しいと書かれています。
STAP論文の中で、酸浴後 day7以後のSTAP細胞の培養についても書かれていることに、14頁、30頁の著者は気付けていません。

小保方氏が参加していた実験の現場、及び、一部の理研CDB関係者には、小保方氏が混ぜたと思っている、あるいは混ぜたことにしたいと思っている人たちがいます。
そういう人たちは、小保方氏が若山氏に渡したのは、酸浴後 day7の細胞であったことにしたいのです。
そうすれば、ESを混ぜたのは小保方氏であると限定することができます。

STAP論文を慎重に読む人であれば、Ext-Fig7 にSTAP細胞を7-10日間培養したとの表がでてきますし、STAP細胞をあれこれと培養した様子が、STAP論文に書かれています。


撤回されたネーチャー論文でも、STAP細胞の培養は継続されたと書かれています。
14日目になると、細胞のアポトーシスが進むと記載されています。

Apoptosis analysis was performed with flow cytometry using Annexin-V (Biovision) and propidium iodide. Annexin-V analysis by FACS on day 14 showed that most Oct4-GFP1 cells were positive for this apoptotic marker; indeed, the number of surviving cells declined thereafter.


そして、酸浴後day7のSTAP細胞のOct発現の強い分画、弱い分画部分をピックアップして、Soft aga培地に移し、培養を続けたと書かれています。
この時にコントロールとして、ES細胞の培養も並行して行われています。
こうしたタイプの実験では、ESコンタミは起こるリスクが出てきます。
今まで、STAP論文が7年以上にわたり議論されていたにもかかわらず、この部分は重要視されてきませんでした。

Soft agar assay.
Sorted STAP cells (Oct4-GFP-strong or -dim) and control mouse ES cells (1,000 cells per well of 96-well plate) were plated into soft ager medium(0.4% agarose) in LIF-B27 medium. After 7 days of culture, cells were dissociated and their anchorage-independent growth was quantified by fluorescent measurement with the cytoselect 96-well cell transformation assay kit (Cell Biolabs) according to the manufacturer’s protocol.

噂によると、サイエンスなどのバージョンでは、酸浴後day7以後のSTAP細胞の様子も書かれていたということです。
つまり、当初、書かれていた酸浴後day7以後のSTAP細胞の動向が、公開されたSTAP論文では省略されているらしいです。
(どなたか、ここのデータをお持ちの方がいれば、お知らせいただけるとありがたいです。)


この問題は、どの培養状態のSTAP細胞を胚に注入したのか?に疑問につながります。
ここは、当ブログの前回エントリー記事から話題になっている点です。

STAP論文では、 spherical coloniesを注入したと書いてあるだけです。
When the STAP conversion conditions (low pH) were applied to CD451 lymphocytes, most day-7 clusters that were large and contained more than a few dozen small cells were positive for Oct4 (although the expression level varied).

この文章は一旦終わっています。これを入れたとは書いてありません。

続く文章は以下です。つまり、二文に分けているということです。

Therefore, we used only well-formed characteristic clusters (large ones) for this type of study and cut them by microknife to prepare donor cell clusters in a proper size for glass needle injection.

前ブログで、ここは澪標さんとも議論になったのですが、文章の流れからして、これは一文と同等であるというのが、澪標さんの意見です。

学とみ子の想像でしかありませんが、この部分を書いたのは笹井氏であり、あえて、このような書き方をしたのではないか?と想像しました。
その理由は、何度も過去に言うように、笹井氏は、若山氏の独創性に配慮して、ここをはっきり書かなかったのです。
後で、キメラの作製法について、若山氏が独自に論文を書けるように配慮したため、笹井氏は詳細を書かなかったのです。


そうした笹井氏の配慮は、小保方ESねつ造論者に利用される顛末となりました。
桂報告書14頁に書かれているように、小保方氏が持参した酸浴後day7のSTAP細胞を、胚盤胞に入れたと世間の人々が誤解をする元につながったのではないでしょうか?


相澤氏らの再現自験でも、その方法論で実施されました。
酸浴後day7のSTAP細胞で注入されましたが、STAP論文で示された4.5日胚の条件では注入が不可でした。
丹羽氏の実験では、注入された胚の日付を書かずに、8細胞期、胚盤胞の胚と記されているだけです。
丹羽氏もおかしいと思ったでしょうけど、修正して可能な方法で実験しました。
ところどころで、小保方氏のアドバイスをもらったと書かれています。

こうした記述からしても、”小保方氏を世紀のESねつ造者である”とは、小保方氏の共同実験した人たちは思っていないことがわかります。

STAP実験の詳細がわからない人でも、常識的な日本人たちは、小保方氏の周りの一流科学者たちの動向を見ているので、”小保方氏を世紀のESねつ造者である”とは思わないのです。
しかし、情報の届かないハーバード大学のライバル研究者や、小保方氏のねつ造で有利になる人たちは、盛んに”小保方氏は世紀のESねつ造者である”を広めようとします。
ネット関係者、マスコミ関係者が、自らの影響力を誇示しようとして、小保方ねつ造説の確定に大変な努力をしたのではないでしょうか?

丹羽氏は、多くの示唆に富む報告をしました。
丹羽氏の実験報告は、肝細胞とATP刺激のセットで、ES並みの遺伝子発現と初期化蛋白の合成があったと報告されています。

However, when we used ATP instead of HCl, also based on a suggestion by the authors, a few cells in a subset of cell aggregates expressed the pluripotency marker Oct3/4 at levels comparable to those in ES cells that were reproducibly detected by QPCR (Fig. 3c) and immunostaining (Fig. 4b).

赤フィルター、青フィルターでもめた部分においても、GfpのmRNA発現はあったと記載されています。GFPは合成されています。

On observation with fluorescent microscopy, most aggregates showed both green and red fluorescence, a sign of auto-fluorescence (Fig. 5a) although this may also include the fluorescent signal from the GOF transgene, since we detected Gfp mRNA by qPCR in these cells after culture in vitro for seven days (Fig. 3a).

そして、丹羽氏の実験では、ATP浴後day7以後のSTAP細胞を培養していることが示されています。
肝細胞に由来する凝集塊を得て、さらにその後、単一の凝集塊をピックアップしてKSR, ACTH、 LIF入りES用培地で培養を続けています。すると15日間は肝細胞由来STAP細胞は増加したとあります。

FGF4、heparin入り培地を使った場合には、11日間、増殖したとしています。
以下の記載からわかるように、どのような状態の細胞をどう処理するかの日数は、科学露文に記載にはとても大事な要素です。
他の研究所での再現実験に重要な情報であるからです。

Figure 7
Culture of cell aggregates in vitro.
(a) The outgrowth culture of cell aggregate derived from liver cells. Liver cells were prepared from 7-days old of C57BL6 CAG-GFP Tg, treated with ATP and cultured for six days. Single cell aggregates were isolated and cultured on MEF feeder cells with medium containing KSR, ACTH and LIF adapted to the culture of ES cells. The cells continue to grow for 15 days but did not give secondary colony after passage. (b) Outgrowth culture of cell aggregates derived from liver cells. Liver cells were prepared from 4-day-old C57BL6/129 mice, treated with ATP, and cultured for six days. The cell aggregates were isolated and cultured on MEF feeder cells with medium containing FGF4 and heparin adapted to the culture of TS cells. The cells continued to grow for 11 days, but did not give rise to secondary colonies after passage.


上に書いたように、STAP論文では、酸浴後day7以後の実験の詳細が省略されました。
結果、小保方氏しかESを混ぜられる立場にいなかった・・・のねつ造ストリー仕立てが可能になりました。

STAP細胞をday7細胞と限定することで、小保方氏が酸浴後day7の細胞を若山氏に渡し、すでにそれがES汚染していたストリーが作られました。
世論向けに、STAP細胞は、酸浴後7日後の細胞(論文ではday7と明記)であると思わせるように操作されているということです。
調査委員会に、小保方ねつ造説が持ち込まれてしまったと思います。、

桂報告書14頁の著者も、ESを混ぜられるのは小保方氏しかいないと思ったのでしょう。
そして、それ以外の人たちは、小保方氏によるESねつ造は状況証拠として不可能であったとわかっているのでしょう。




ため息ブログは、研究者であるかのようにコメントする人がいるけど、少し議論が進むと、すぐちぐはぐになってしまいます。学とみ子の言い分の意味を勘違いしたり、焦点がずれてしまいます。ため息ブログメンバーは、それが己側にあるのがわかりません。学とみ子がおかしな事を言ってると勘違いしてしまいます。学とみ子側は、このギャップを埋めるのは大変です。独自の科学を作るタイプには、正論が通じません。

ブログ主のため息さんが、学とみ子はデタラメだと連呼するので、メンバーもそれに引きずられます。

ため息さんは、学とみ子が正当なことをいっているかどうかなんて関係ないのですね。論文の内容に立ち入ると、ため息さんは己の不勉強をさらすことになるから、具体的な議論は避けます。議論が追えない人たちに向けて、ため息優勢を装うのがため息さんは得意です。

何を書いてもデタラメ呼ばわりをして、ため息ブログが正しいといい続けます。そして、言いがかりをつけて、学とみ子が逃げていると騒ぐ。

そのため息パフォーマンスに騙される人は、それだけの資質の人なんですね。でも、大学教授のネームバリューは大きいですね。

こうした学者にあるまじき行為をしても、小保方氏を捏造者にしたい人たちはため息さんについてくる。そして、ため息ブログメンバーは、自分達が標準的な知識人であるとアピールする。

とにかく、論文を考えながら読み進め事ができず、それでも知識人と思われたい人がため息さんの誉めちぎりのターゲットですね。

ため息さんは、小保方捏造を主張する人は全て知識人として持ち上げますからね。持ち上げられた人は、大学教授に認められたと勘違いしてしまい、おかしな自信の塊となるようです。


そんなplusさんです。
>学とみ子は関係のないことずらずらを書いては、理解していないことを理解しているがごとく振る舞うだけの人であるが、誰からも見透かされていると言うのですね。

こういう見当外れを言うことで、plusさんの科学レベルの評価はゼロになるんですけどね。

とにかく、plusさんは憎まれ口一杯の人なんですよね。

>学とみ子さんのように人格を疑われますよ。

今、plusさんとOoboeさんの間でかわされた話に割り込んでしまいますが、plusさんは、理研を管理する人の立場になりきってますね。
そして、素人的な思いつきを書いています。

plusさんは以下のように言ってますが、Ooboeさんはそんなに単純な考えの人ではないです。
>この遠藤氏の通報がなければSTAP論文の調査なんて始まらなかったと述べたんでしょ。

一言居士さんも書いているように、遠藤論文のクオリティをすぐ評価できる人は、理研にはいくらでもいるのです。
以前から、学とみ子は何度も悩まされていますが、plusさんって、知らないことを知っているかのように錯覚してしまう人なんです。

そして、plusさんは、単なる個人的思いつきを、正当論として書き連ねてしまいます。
ついこの間も、学とみ子は、テラトーマについてplusさんに書いてしまいましたが、もうホントにこりましたね。

専門者集団というものは、どういうものか、plusさんはイメージできないのです。
だから以下のようなことを、あいかわらず書いてしまうのです。

plusさんです。
>これはマウスを扱っている人の意見だと思うのですよ。
そうであれば、遠藤氏の解析が実際にはなにを解析しているのかをはっきりさせるには解析をしている人の手を借りることになるのではないですかね。すると協力を打診して、返事を待ち、何を調べたいのか説明して、その人の作業を待ち、また、結論をまとめたら送って再度見てもらいといったやり取りもあるのではないですかね。
査読者がどちらの人であれ、マウスを扱う人とデータを扱う人の両方の知識が必要であった場合には、結論が出てくるには、一人でできる場合より長くかかると思うのですよ。


理研内には論文を読んですぐ、これはダメ!、あるいは使える!と解析の精度を判断できる人は複数でいます。
そして、理研内で相談を受けた学者たちは、同じ領域の人たち同士と議論するでしょうよ。

遠藤さん自身も手の内にある生のデータを前に、その意味付けを何度か再考し、時には他に相談もしたのでしょう。
結果、遠藤さん自身で考え直しているのです。

そもそも、査読する人は、論文精度をすぐ判断できる人に限られます。

ですから、時間がかかっているのは、遠藤解析結果の科学的精度ではないです。
CDBとして、遠藤解析を管理上、どのように位置づけるか?の運営問題でしょう。そのためにCDB内で意見調整をする時間が必要であったと思います。

とにかく、plusさんは、自身を正当であると信じたまま、他人の書いていることは、間違いである、あるいは不足しているとの論調で文章作りをします。
plusさんは、間違いを指摘されても訂正はしない。次々に、別のチャレンジに向かう。これがマスコミ関係者の特徴なんですかね?
間違ったら捨てていく。反論する人に対しては、人格否定する。

こうしたマスコミ手法を、ため息さんは利用しているんですよね。学者のスタンスではないですね。
精度にこだわらずどんどん捨てていくマスコミ手法を相手にしてしまう側の方が間違っているのでしょう。

これに関してplusさんから反論がありました。
とにかく、plusさんとはすぐ行き違いにぶつかります。

>それに対して、理研内部に遠藤氏の解析方法を論じられる人が多数いると述べてなんか意味がある反論になると思っているんでしょうかね。

学とみ子の話は、理研が形式的に外部に査読を委託したかどうかは無関係です。
遠藤論文をすぐ理解する人は、CDBにいますよと、学とみ子は言っているのです。
「plusさんは、学者たちの能力を知らない!」 と、学とみ子は言いました。
一言居士さんは、遠藤論文を事細かに説明しながら、わからない箇所について、「学者なら簡単だろうな~」と、一言居士さんはため息をついています。

一方、遠藤論文を読んだ学者が、その人自身ではわからない部分があったら、他の学者に廻す!なんて、plusさんは描いているんですよね。一部だけは理解できる人では、査読者にはなりえません。
あるいは、一部で疑問になる部分があれば、自ら調べ直せば、すぐ理解の精度が高まります。
plusさんは、良く知っている人になったことがないので、学者の脳内が想像できないのです。
そういうplusさんの知ったかぶりを問題視されているのが、plusさんにはわからないのです。

こうした「研究現場の学者たちの知識を、plusさんはわかっていないですよ!」と、学とみ子は書いたんですが、plusさんはそのようには読みません。
相変わらず、plusさんは、自分にとって都合の良い解釈しかせず、自身は正当であると言い張っていますね。

以下のような見当はずれを書けるのは、やはりplusさんがマスコミ手法の人だからですね。

>査読者が、遠藤氏のブログの内容を検証するのにかかる時間は、査読者が誰で、なんの研究をしていて、過去に類似の解析をしたことがあるかないかで全然話が変わってくるのではないですか?

マスコミ手法というのは、人々が興味あることに焦点を移していき、過去の論議の精度は問いません。
書いたことの責任はとりませんね。
物事を表面だけ理解すれば、マスコミ人は商売になるのです。
だから、そういう手法の人だと思って、plusさんとつきあえば、腹も立たないで済むのです。
正しいことをわかってもらいたいなんて、当方が願う必要もないのです。

須田氏、詫摩氏も、STAP疑惑から離れています。
多くの疑義に対しても、正当性をあくまで主張するという立場に立ちませんね。
本が売れて賞をもらえば、それで終わりです。
これと同じ手法を、学者であるため息さんもやっているのです。学者には許されない手法ですよ。




ため息さんは墓穴を掘るような文章を書いていますね。

>例えば「財務省が報告書を出した。・・・
学者の反論に、科学と関係ない例題を持ち出すため息学者のナンセンスさ!

いつものように、ため息さんは、学とみ子文章を基盤に作文します。
論文を読んで、オリジナルな解説をするということをため息さんはしません。
学とみ子が解説の文章を書くと、それにケチをつけるというスタイルで、ため息さんは文章作りをします。
学とみ子文章を、ため息さんは 「なるほどね」 と思いながら読んでいると、学とみ子は想像します。

このコメント文章には、おかしなことがいろいろ書いてありますね。

>ES細胞やSTAP幹細胞との比較のためsoft agar環境でさらに培養を続けています。丹羽氏は肝細胞を使ってもっと長期に培養したようですがACTHの培養液、つまり幹細胞化した細胞の可能性があります。つまりキメラ作成以外では、STAP細胞の特性を調べるためday-7以降も培養していますが、キメラ作成時にday-7以降培養を続けた細胞を使ったという記述は一切ありません。

ため息さんは、以下のように書いていますが、丹羽先生は、幹細胞化できないと書いています。
>つまり幹細胞化した細胞の可能性があります。

丹羽先生が幹細胞化できたら、それでSTAP論文の正当性になるじゃないですか?
素人ではあるまいし、冗談はやめないよ。
ACTH培地を通しても、肝細胞由来STAP細胞は生存できないのです。
丹羽先生の論文をきちんと読んでコメントしてくださいね。

こうも書いています。

>キメラ作成時にday-7以降培養を続けた細胞を使ったという記述は一切ありません。

では、ため息さんにお聞きします。丹羽論文では、day-7時点の細胞を入れたと書かれているのですか?

オリジナル論文では、キメラ作製時には、day-7以降培養を続けた細胞なのか、day-7の細胞なのかは明記されていないとの事実を、ため息さんは認めますか?認めませんか?

この質問に、ため息さんはなにの工夫もない返事をしてきました。

>学とみ子の読み方が正しいという方を紹介してください。

ため息ブログのような小保方捏造のための目的集団が何を言おうと意味がない。

STAP擁護の人は自由人です。忖度無し、おべんちゃら無し、ご都合主義無し、やらせ無し、興味ある時のみコメントする。

ため息ブログの考え方が日本の標準であるとの証拠を示せるの?専門家であるとパフォーマンスできる人がいるの?そちらは、一人の素人が何役の研究者もどきにもなる集団でしょうよ。メンバー各人が、己の知識の限界に気付いて精進するように、ブログ主からメンバーに発破をかけるのが必要でしょう。地道に知識を積み上げて、STAP擁護論の人たちを論破しよう!と、ため息さんは見本を示すべき。でも、怠け者のため息さんはそうはメンバーに勧めないわね。ため息ブログ主自ら、終わったこととして蓋閉めたい人だからね。これでは、本気で科学を学びたい人は集まらないわね。


ため息ブログが正当であるかの虚勢と居直りはみっともないだけ!


とにかく、ため息さんは、最初に書いた文章と、〆の文章が違っています。

最初に、以下を書いて、ため息さんは謙虚さを装ってます。謙虚な人は人格者が多いので、他人の悪口やおちょくりは言いません。


>専門家ではないので、専門家としてのパフォーマンスを実行しているわけではありませんし、専門家を騙っていないので、専門家のようなパフォーマンスをすることもありません。

こう書いておいて、最後は印象操作をして、自らの正当性を誇示します。

>客観的にみてどちらのサイドに手が挙がるかは明らかかと思います。

ため息ブログには、自らに専門知識があるとパフォーマンスする人が多いです。学とみ子の説明を否定して自論が正しいとします。ため息さんはそれを利用してます。

マスコミ人にとっては普通のことらしいです。今は、検索ですぐ専門家を装えますし、グーグル訳もあります。一般人が、見かけ上とは言えど、専門家に噛みつくことができる時代です
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