小保方氏は、「あの日」に、アクロシン入り細胞はあったと書き、又、ＳＴＡＰ細胞はＥＳ並みの細胞では無く、かつ増殖もできないことは強調しています。

小保方氏によるＥＳねつ造は無理であることがわかっていて、印象操作だけをおこなったのが、桂報告書ですね。
とにかく、小保方氏は幹細胞作成に関係してない、幹細胞作製時にＥＳ混入が起きた可能性が高いとしたのが桂報告書です。

もちろん、反論はいろいろでしょうが、この読み方が一番、矛盾がありません。
実験ミス説は、特別の才能がある人が登場するわけでなく、皆が、知らない間に大変なことが起きてしまったとする説です。
このような読み方、考え方を、当ブログは勧めているのです。

ＳＴＡＰ事件議論で有名ブログに、一研究者ブログがありますが、特に以下のタイトル記事のコメント欄が有用です。
2014年12月28日　タイトル　桂不正調査委員会の調査で判明したこと

一研究者ブログの遠藤氏のコメントですが、いろいろに興味深いです。

今、遠藤氏の論文について、当ブログが書いていますし、せっかく、ご本人自らが書きこみされたコメントを、学とみ子が勉強させてもらわない手はありません。
それで、遠藤氏のコメントを引用させていただき、新記事としました。

遠藤氏はいろいろなES細胞の形態も詳しいので、細胞から遺伝子抽出実験はしていると思います。
（ため息氏のウエット議論に関連する反論）
遠藤氏は青です。

まず、
19. 遠藤高帆 2014年12月29日 13:12です。

＞桂委員長はキメラ作製ができるようになってからもう一度細胞塊をトリプシン処理して実験を行っていればと若山先生に注文をつけられていましたが，胚様体のうちキメラとなれる未分化な細胞は少数と考えられますのでその方法では問題に気が付かなかったと思われます。

桂報告書の30頁にある文章ですね。
30頁著者については、小保方不正のバイアスが強く、書かれた内容の専門性に問題があると、学とみ子は感じます。
桂報告書30頁を、誰が書いたのかはわからないしろ、上記のコメントからは、桂氏であると考える人がいるな？と思いました。
まあ、桂報告書30頁の著者名は、正しくはわかりませんけど・・・。他のページの著者と、書きっぷりが違うのは確かです。

遠藤氏です。
＞その場合ES細胞というより胚様体となり，遺伝子の転写パターンが異なります。
ChIP-seqのSTAPデータはESと極めて類似しており，著者らも取り違えるほどでしたので胚様体ではなかったと思います。
しかしRNA-seq （TruSeq試薬使用）で用いられたSTAP細胞は胚様体の遺伝子発現パターンに類似していました。より具体的に言うと胚様体形成開始後1週間程度の性質を示しています。
イメージ検索で"embyoid body day1"と検索して得られた画像と若山先生がインジェクションを行ったSTAP細胞塊の写真を見比べていただくとよいかもしれません。


そうなんですね。勉強になりました。
ＳＴＡＰ細胞は、できた状態により、初期化遺伝子発現については、様々な様相の細胞だったのですね。

Goodyear氏が追いかけていた歯科系の科学者も、初期化細胞研究をしていましたが、とにかく再現性がないので研究がやりづらく、撤退したとかを報告していました。

再現性がないと、他の研究者から厳しく追及され、ねつ造者のレッテルを貼られる危険があるので、研究者は、この分野研究を警戒しているようなのです。
結局、バカンティ氏も、研究キャリアを全て失ってしまいました。
人類貢献の可能性があるのだから、この分野の研究を特別枠にしたら良いのではないですか？
再現性が無くても、方法論がデタラメでなければ、研究として認められる特別枠領域の設定とか・・・・。

勝手なる学とみ子の提案として、体内の幹細胞に関する研究は、特別枠研究で処理するとかどうでしょうかね？
経済特区のように・・・。

さて、遠藤氏によるコメントに戻ります。

次はこちらです。

8. 遠藤高帆 2014年12月29日 02:15

＞ブログ主はChIP-seq実験がどのようなものかご存じないと思います。ChIP-seq実験は大量の細胞を必要とします。そして記者会見のQAで述べたられたように，小保方氏は大量のSTAP細胞が得られた時期に必要な細胞数を「かき集めた」と証言したと調査委員が答えています。
そもそもSTAP細胞は複数の幼齢マウスの脾臓細胞を混合して得られるものなのですが，それを更に「かき集める」と，遺伝的に不均一な細胞集団が得られるはずです。しかし報告書にあるように得られた細胞は一種類のES細胞のものでした。
これから得られる結論は，何らかの誤操作による「混入」ではなく，「すり替え」で説明する方が理解しやすいということです。今回STAP細胞およびその派生細胞はES細胞であったことが明らかになりましたが，使われたES細胞は少なくとも３種類に渡ります。しかし，同じ細胞として行われた実験では常に同じ種類のES細胞が使われていましたし，「かき集めた」場合もES細胞の種類は揃っていました。もし管理がずさんなだけであったら，確率的にはバラバラになったはずです。すなわち，ES細胞のミスによる混入よりも，計画的かつ意図的なすり替え(100%の混入）が日常的に行われていたことを示します。


これは遠藤氏の率直なコメントなんですね。
つまり、小保方氏はすごいスキルのあるねつ造者ではないか？を考えないと、小保方ねつ造説は成立しないということを、遠藤氏が言ってくれたのです。
遠藤氏の総論的な感想でしょうね。

小保方氏は、マウスの遺伝子背景を知りません。
アクロシンＧＦＰ入り細胞が何であるかを知りません。
自らが作製し、若山氏に渡したSTAP細胞がどのように処理され、次の実験に廻されたのかを知りません。
研究室総出のスタッフたちが、ＳＴＡＰ細胞作成後の次に続く実験を行っていたのです。

つまり、小保方氏は数日に1回の割でSTAP細胞を作っていたわけではないのです。
連日、それも1日に複数回、STAP細胞を作ったと、小保方氏本人が言っています。
このような状況で、どうやって、他人の実験に割り込んで、ＥＳをまぜる、すり替えることができるのでしょうか？

ですから、遠藤氏が、”計画的かつ意図的なすり替え(100%の混入）が日常的に行われていた”　との発言は、逆説的にありがたいことでした。
小保方氏が単独でESねつ造することがいかに難しい事なのか（学とみ子的には不可能）を示すものであるからです。
遠藤氏もそこを語ってくれているのだと思いました。

小保方氏がGRASに持参したFI細胞やTSは、小保方氏が実験で使っていたものでなく、若山氏が残してくれた細胞を小保方氏が集めたものです。

つまり、小保方氏がその時、ＦＩ実験したわけではないことを、調査委員会はわかったのでしょう。
だから、小保方氏による意図的なねつ造であったとは認定できないとしたのです。

2012年７月に、若山氏がFI細胞を樹立し、小保方氏は、8月にFI細胞をGRASに持ち込み、その細胞は、アクロシンGFP入りでした。
しかし、2013年になると、すでに若山氏らの実験は終わっており、小保方氏は細胞調整ができないのです。
若山氏から譲り受けた細胞を2012年1月、6月に量が足らない状態でGRAS持ち込みましたが、そこにTSの混入がありました。
小保方氏が混入させたなら、わざわざそのようなサンプルを小保方氏はＧＲＡＳへ持ち込みません。
こうした調査結果や小保方氏への質問を通じて、彼女がFI細胞と関わっていないことを調査委員会はわかったのです。
小保方氏がマウスの系統を知らない、アクロシン入りも知らないことが、調査委員会にわかったのです。

「あの日」が出てからは、小保方氏はFI細胞の作製などにかかわっていない実験状況であったことは、一般人の読者は理解できました。
でも、この時点では、「あの日」はまだ無いので、まだまだ、世間には小保方ねつ造を疑っていた人は少なくなかったかと思います。
そして、小保方氏とは、他人の目をごまかしながら、こんなに難しい作業を、それも何度も成功させたすごい奴なんだ！とおもった専門家たちがいたのでしょう。



9. 遠藤高帆 2014年12月29日 02:16
＞しかもSTAP細胞を作成するのに必要な７日程度の時間の間に混入が起きたとすると，ES細胞が増殖しやすい培地で培養しているため，時期を正確に知らないと細胞が増殖してしまい混入が容易に分かってしまいます。従っていくつのシャーレがあるかも含め実験過程を全て掌握していた人物の関与が疑われて然るべきです。
またどの実験がいつ行われたかは報告書に一部しか示されていませんが，Scienceにリークされた2013年3月のNatureレビューにはChIP-seqのことは触れられていませんでした。従ってChIP-seq実験は2013年以降に行われたと推測します。調査委員会は実験の時期を把握していたはずですから，ChIP-seq inputの残存資料を調査するだけでなくこの実験がいつのものかを明らかにして欲しかったと思います。

(4) ES細胞にはマウスの系統，GFP挿入位置，性別等様々なバリエーションがあります。それぞれどのES細胞かを限定しないと誤っていたかどうかは判断ができないでしょう。


遠藤氏は、実験の実態を明らかにしてほしいとおっしゃってます。
調査委員会は、若山研究室で行われた実験のほとんどすべての状況を明らかにしませんでした。

誰がどの実験を担当したのかがわかりません。
後に、小保方氏は、「あの日」で、STAP細胞作製以後の主たる実験の研究室環境を明らかにしましたが、実験内容や担当者は、小保方氏が知りえないもでした。

酸浴実験以降は、若山氏の指示でやられていたわけですが、小保方氏はその証拠をもっているでしょう。
恐らく、メイルでの指示書のようなものかもしれません。講談社は確認したでしょう。
ですから、大手出版社から出る手記を書けたのだと思います。
ただし、小保方氏は、ES混入ミスの時期に関連するような出来事は一切、「あの日」には書きませんでした。
ＳＴＡＰ細胞が、幹細胞と呼ばれない前に、いろいろな培養チャレンジが行われていたであろうことも、小保方氏は触れません。
ただ、酸浴実験以後の実験については、小保方氏の手の届かないところにあったと、「あの日」に書いているだけです。
しかし、小保方氏は、アクロシン入り細胞はあったと書き、又、ＳＴＡＰ細胞はＥＳ並みの細胞では無く、かつ増殖もできないことは強調しています。
つまり、この小保方認識のＳＴＡＰ細胞が別の細胞に変わってしまったという事実は、「あの日」に匂わせています。


10. 遠藤高帆 2014年12月29日 02:17
＞(6) 報告書にある通りFI幹細胞のRNA-seqは3度にわたってやり直されています。そして未登録の2回ではAcr-GFP/CAG-GFPのESが使用されており，独立したULとなった後の実験で使われたのがOct4-GFP B6 ES細胞とCD1 TS細胞の混合mRNAでした。
ブログ主は「捏造するならこの細胞を利用しない理由がありえないのだ」と述べていますが，それは正しいと思います。なぜなら2回それを使っている（そのうち1回はULとなった後）からです。ご指摘の細胞では期待した結果が得られなかったので使用するES細胞を変えたというのは極めて合理的な推測です。
また，注目すべきはRNA-seq実験ではSTAP幹細胞としてAcr-GFP/CAG-GFPマウス由来のES細胞を使い，CAG-GFPマウス由来のES細胞もコントロール用のES細胞として使用していることです。この時，これらと同じES細胞を用いれば樹形図はこれらの細胞に近い位置にFI幹細胞を位置させることになったでしょう。それでは論文のロジックに合いません。ES細胞ともSTAP細胞ともSTAP幹細胞とも違う位置に確実に位置させ，ES細胞よりもTS細胞に近いという結果を得るための方法として選ばれたのが，第三のES細胞を使い，TS細胞をわずかに混入させるという「レシピ」だったと推測しています。また２度行った実験で２度とも同じ比率でTS細胞が混入するという結果は，偶然の混入では説明するのは難しいと思います。

このストリーは、小保方氏がマウスの遺伝子型を知っている場合に成立する推論ではないですか？
小保方氏は、マウスの色を知っていますが、それが細胞になってしまい、他の人が実験で使っていた場合には、どれを混ぜるかはわかりません。桂報告書にも、小保方氏はマウスの背景を知らないと書いてあります。

上の推論は、小保方氏が、最初の解析のFI細胞について知っていて、それがだめだから、次は違うESにTSをまぜて、1回目とは違うFIをねつ造したということですか？
2012年8月の1回目のGRASの解析結果は、小保方氏にどのように伝えられたのでしょうか？
GRASは、2012年8月の時点で、小保方氏が持参した細胞の問題点を、若山研究室とどうはなしあったのでしょう？

「あの日」に登場する、若山研究室の遺伝子に詳しい先輩やら、STAP関連細胞を担当してくれたGRASの研究員たちは、この解析結果にどのようなかかわりを持っているのでしょうか？
この時期に、この人たちは何をしていたのでしょうか？
若山研究室は、ラベルを変えてサンプルを持ち込んだとする桂報告書の書かれた内容も気になります。

この辺りの事について情報がある方がいらしたら、お知らせください。



このコメント欄を見ていると、おなじみのもくれんさんが以下を書いているので、記念にコピペしました。

376. もくれん 2015年01月14日 12:11
ブログ管理人さんへ
＞いつも興味深く読んでいます。一般人として少し違和感を持つので投稿します。
＞小保方氏が「200回以上できた」と主張していたSTAP現象の再現ができなかったという結果（つまり、小保方氏には「捏造の動機」があるということ）も含めれば、彼女がES細胞を混入させたという結論は妥当であり、もし彼女が裁判に訴えても十分争えると私は思っている。

「200回以上できた」と言った時の小保方さんのSTAP細胞の定義は、脾臓由来のGFP 陽性細胞を含む細胞塊（STAP細胞塊）のことです。このことは前後の発言で、自分ではSTAP幹細胞は作れないと言っているので明らかです。
理研の検証結果を見ると、小保方さんの実験ではこの細胞魂は数にしては少ないにしても出現しており、自家蛍光でないのもあるようです。小保方さんの担当はテラトーマの作成までですが、この実験を小保方さんにさせずに、キメラ作成に飛びます。テラトーマまで作られては困るのでしょう。
万能性を持つSTAP現象の再現は若山さんがやるべきです。
（彼がクローンの時のように、何年もかけて実験指導しないのは、結果が自分側に起因することを知っているからと思う）

小保方さんは自分のしたことは証明しました。
小保方ｖｓ理研の構図の中でも、Oct4-GFP陽性細胞の出現まで理研は認めざるを得なかったのではないでしょうか。その悔しさが「STAP細胞魂」をS「PAP様細胞魂」と書いた報告書に表れています。

不正調査委員会の報告書は「彼女がES細胞を混入させた」という結論は書いていません。
委員会が「捏造」とするのは細胞増殖率測定において「細胞数の計測」にズルがあったことで、いわゆる「大山鳴動し鼠一匹」です。このことを、世界三大不正事件とまで言われて貶められたことへの対価とすれば裁判では勝てないでしょう。





ハンニバル・フォーチュンさんの悪い癖がでました。
2021年10月10日 10:57 PM
＞学とみ子氏の悪い癖がまた出ましたね。・・・学とみ子氏は小保方氏の無能を訴えているわけです。

ネット情報のつまみ食い知識で、知識人を演じるのは限界がありますよ。
普通の人は、能力に限界があるのです。ネット知識でわかった気分になってはいけません。
短い人生の時間で学べるものは限られます。それを素直に出すことで、学びの幅が広がります。
無知を素直に出さず、学びの幅が広がっていかない人たちが、そちらには多いですよ。
わからないことをわからないと言わないから、学びが進みません。

小保方氏は、研究者としてのキャリが浅く、興味がある領域が限定されていると思います。
ですから、マウスの系統には興味が無いのですよ。それは無能というのは違います。
新しいことをやるためには、無駄になる時間が多いです。そこはネットには情報が無い世界です。

一方、ネットのつまみ食いは、一過性にわかった気分にさせてくれるものです。
でも、本物ではありません。
まず、自分自身の能力を知り、他人をほめる習慣をつけましょう。
まずは、嘘でも、小保方氏の良いところをほめる練習をしてみてください。
「こんなこともできない！」とか考える前に、ハンニバルさん自身ではできない作業を意識しましょう。
相手に対し過剰な期待をする人は、人生不満だらけになりますよ。

とにかく、以下のような言い方ね。ハンニバルさんも、plus流表現法が板に付きましたね。困りますね。そんなに他人をけなすことが嬉しいの？

＞マウスの遺伝子背景を知りません。」がどういうことを意味するか考えたことがあるんでしょうかねえ。
新しい記事が立ちましたが、中身はあるんでしょうかねえ。

小保方氏は、マウスの細胞は、由来臓器を問わず、酸浴により共通の細胞変化が起きる現象を発見しました。そこを確信するために、小保方氏は、大変な努力をしました。世の中に出ていない現象を追及しました。ネットつまみ食いでは、できないことです。他人が知らない現象に興味を持つだけでも、小保方氏は上の人です。

ハンニバルさんは、自分のつまみ食い的レベルでしか他人を評価できません。幼い時の攻撃的思考法が成長してないのじゃないかな？

とにかく、ハンニバルさんの周りには、「科学にすごい人」がいないことが敗因と思います。

想像能力の足りない人は、実生活ですごい人に出会わないと、他人の能力がわからないのだと思います。まず、他人をけなす前に、ハンニバル知識ではどうにもならないことを自覚してほしい。




ため息さんです。

＞明らかに在米ポスドクさんは専門家です。物理的に混入できるとおっしゃっています。

ため息さんは、物理的という意味をご自身で理解してるじゃないですか？
ESにすり変わっていたら、培養継続時、顕微鏡作業ですぐばれます。
さんざん議論済みです。ES専門家は、ESに熟知してます。逆に、ポスドクさんの画策がばれてます。FES１と2のコロニーの説明で、ポスドクさんがES画策派に属する事は明らかです。





体内時計さんです。

＞TS細胞は若山氏が残したものではないようですね。

桂報告書は、FIに入ってたものも丹羽研からなんて言ってません。

そもそも、この細胞について、実験ノートを確かめて、小保方氏の手にわたるまでの経緯、わたってから小保方氏がしたことを確認するべきだ。サンプルの取り違えではなく、混じった細胞を見つけたのだから、そこを手がかりに他のFIも調べるべきです。小保方氏が保有している細胞を調べれば、細胞コンタミがわかる可能性がある。

桂報告書は、大事な調査結果を書かずに、小保方氏が混ぜたと印象操作した。

＞一体これで何度目でしょうか？

どういう意味なの？わざと意味深にして、都合良く逃げ道を用意している体内時計流スタイル。

体内時計さんと正面きっての議論すると、体内時計さんに科学無知を理解してもらうために、当ブログは大変な努力を要する羽目になる。当ブログが努力しても体内時計さんは理解せず、挙げ句の果て、体内時計さんから軽蔑すると言われる。議論がバカバカしい。

こうした狂信タイプの人は、批判されれば、されるほどに、自説への自信を高める。何らの学びも修正もない。体内時計さんは、自身に不得意感がある時は沈黙し、頃合いをみて再度、自説主張を始める。

体内時計さんは、「どこからでも質問お受けします」の態度はいつもないです。
ため息質問がいいがかりだから、学とみ子が答えないのとは質が違います。
体内時計流のスタイルは、言うだけ言ってひっこむのスタイルです。

以下もそうです。

2021年10月11日 10:10 AM

＞取り合えず、少しだけ。
小保方氏が若山研時代の2012年8月にGRASに解析に出したTS細胞は129B6F1 CAG-GFP、若山氏が山梨大に移転後の2013年6月に解析に出したTS細胞はCD1ですね。

解析されている細胞は一部です。
若山研究室に不利にならないように、小保方氏が混ぜた人との印象操作に支障がない情報しか出てませんね。
もし、小保方氏が混入したとの事実がはっきりする証拠があれば、とっくに公開されています。
小保方氏から訴訟を起こされても負けない情報です。

ESねつ造はとても悪質なので、科学界だってだまっていません。
小保方氏が混ぜた！、あるいは混ぜているようだ！の証言は出てきますよ。

ところが桂報告書ですら、確認することができなかったのです。
おまけに、実験が終了してから小保方氏がGRASに持ち込んだ細胞の遺伝子情報を公開して、小保方氏犯人の印象操作をしています。
恐らく、理研はこうした作業をせざるを得ない状況に追い込まれているのです。
政治的圧力以外には考えにくいと思います。

とにかく、小保方氏がESねつ造犯人なら周りからまず出てきます。
ハーバード大に情報を漏らした人は、理研周りの人だと思うので、Daley氏らも信じたのでしょう。
ところがこの人たちは、日本では具体的に小保方氏が怪しいの情報を出していません。



気分を変えましょう。2015年9月24日に投稿されたDaley氏の動画です。
ネット動画で、George Daley -- The Final Word on STAPがあります。
とてもきれいな英語で、スクリプトも書かれています。
しかし、途中で、話が途切れてしまいます。
続く話は、2016年に、Galeyさんが、ハーバード大学MHSのdeanになった時のあいさつのようで、そちらに動画が移行してしまいます。
お決まりのあいさつになってしまいます。
当初、Galeyさんの話では、STAP細胞について、何が話されていたのか気になるところです。

STAPの疑惑を追っている人には、参考になる話で無く、残念です。
むしろ、なぜ、このスタイルなのか、興味ありますよね。何が削除されたのでしょうか？
いづれにしろ、ハーバード大学の医学部に対する憧れ感が高まります。