一般人に影響を与えたSTAP関連知恵袋です。だますために周到に準備した作戦展開が見れます。
2022/05/23
以下の知恵袋の記事は、ひとつ前の記事内に追加で書かれたものですが、ここだけとりあげて別立てしました。
一般人に影響を与えたSTAP関連知恵袋です。
一般人をだまそうと、画策学者（一部）が周到に準備した作戦の展開が見れます。
特に、最初から、「STAP細胞をESねつ造は間違い無し」 の論説で書きこむ人は、明確な意図をもっているのでしょう。
恐らく、一部の学者は、当初、本気でねつ造事件であったと思ってしまったのでしょう。
そして、後から、学者たちが反省したとしても、「御免なさい、これこれの矛盾に気づきました！」 との後日談をする学者はいませんでしたね。
無言で、ネット書き込みを引き下げた学者たちはいました。
皆さん、権謀術数の学術界で生きてる方々ですから。
ため息さんは、学術界の悪い見本だと思いますが、以下の虚勢も、居直りもすごいですね。
＞「教科書で満足するレベル」のどこが悪いのでしょうか？
知恵袋には、ESねつ造説学者の活躍が見れて参考になるというストリーの紹介です。
知恵袋は、ハチャメチャ議論で、一般人を誤解させようとするESねつ造画策者の活躍が見えます。
学者だけでなく、少し知識のある人たちも参加していたのでしょう。
こういう書きこみがたくさんあるという事態そのものが異常ですよね。
きっと、当時は、ESねつ造画策者は、ESねつ造説を拡散させようと、必死だったのでしょう。
ESねつ造画策者にとっては、社会を巻き込むことへのチャレンジだったのではないでしょうか？
それに、マスコミがしっかり乗ってくれたんですよね。マスコミにとってドル箱の情報となったからでしょう。
さらに、ESねつ造画策者は、性格的にも、他人をバカにし、他人を混乱させるのが大好きなんでしょうね。
前にも知恵袋文章の一部を紹介したと思いますが、ESねつ造画策者が、知恵袋におもしろ半分に書き込んだ文章で、彼らの手の内が見えるのがあるんですよね。オホホポエムと似たような内容の記載があります。
紺染めスープさん 2014/8/2 15:50
nya********さんという方が、2014/8/2 14:17に、知恵袋に相談しています。
質問は以下です。
＞若山教授が作ったキメラマウスと、ES細胞とSTAP細胞の処理の違い
紺染めスープさんが答えています。
＞STAP細胞だとされている論文に付随してネットに公表された細胞には、8番の染色体にトリソミーがあったということ。
8番トリソミーの異常を持ったマウスは普通、産まれてこない。
小保方が生後1週のマウスの細胞を使ってSTAP細胞を作ったという内容と矛盾する。
酸浴細胞には、遺伝子まわりの構造がどう変化していくのか？は解明されていない。
たまたま、作製時、あるいは培養中にトリソミーになることもある。
しかし、上記の解説では、STAP細胞のトリソミーの事実をもって、生きたマウスから生まれたものでないと決めつけている。
遠藤氏の解析もそうした方向性のものでした。
＞それから、提示された記事は、普通のES細胞であれば、バラして単細胞にしてもキメラマウスを作ることができるが、小保方から渡されたSTAP細胞（長期培養したES細胞）ではその方法で成功せず、塊のまま移植したら成功した。というのは、私の想像ですが、小保方がES細胞を酸性液に浸し、殆ど死にかけのES細胞の塊だったから、バラしたらうまくいかなかったのか、ES細胞とTS細胞の混ぜ物を小保方が作ったから、その時にES細胞がダメージを受けて、バラしたらうまくいかなかったのか、もしくは長期培養のためトリソミーができ、うまく育つ確率が落ち過ぎた（塊の中でトリソミーのないのが残ってたおかげで、キメラができた。異常なES細胞は死んで消化された）とかだとおもいます。
上記文章からもわかりますが、最初から、STAP細胞はESであると決めつけて解説してますね。
この解説では、ESあるいはTSをそのまま酸浴しているんですね。
ESあるいはTSの培養条件と違う培地を使うと、ESあるいはTSは別の細胞になっていったしまうと思いますけど・・・・。
上記記載の文章はうまくないので、新人研究者が気まぐれで書いたのか？という印象ですが、キャリアがある人がわざと幼稚な文章にしている可能性もありますね。
学術層の人って、いくらでも自身を作り込むことができますからね。
尚、この質問の答えの後に書かれた他の研究者層（と思われる方）からの回答の方が興味深いです。
x00********さん
2014/8/4 9:06
ESをどのように細工したのか？というのが謎だと思いますね そのような技術を別の良い研究に活用すれば素晴らしい研究者になれたかもしれないです
科学者の中でもいろいろ推論が出てますが、大隅典子の仙台通信にいろいろ書かれてます。（4月18日）かなり専門的な内容ですが簡略すれば下記の通りだと思います。
マウスESをLIF（スタップの培地だそうです）存在化で浮遊培養して作成した（通称）スタップは
① そのままではキメラ作成の力を保持
② トリプシン処理によりキメラ形性能は消失
③ 栄養外胚葉への分化能をもつ
LIFを培地にしたことによってスタップの特徴である未分化性はそこそこ保持されたと考えられる
という可能性を述べてます LIFという培地を使ったこと、トリプシン処理をしなかったことがカギとなりそうですね 小保方さんはES細胞を培地のLIFにいろいろな薬品がなにか加えて試してみたのではないでしょうか キメラ作成に成功したときにどのような気持ちだったのでしょう
ただこの推論が書かれたころより、今は実験内容の詳細が判明してますのでまた新たな推論が出てほしいと思います。
スタップが増殖しないで培地に入れて7日あとに死滅するという実験も小保方さんの実験だったようです。
スタップで作成された緑に光るキメラマウスの胎児の画像がESで作られたマウス画像の使い回しのようにも言われてます。本当はかなり単純な手法なのかもしれないですね
ESを別の万能細胞に細工しようとした科学者はいないと思いますので 確かなことは小保方さんに聞かないとわからないでしょう
共同研究を始めて1年半？というのはどういうことかちょっとわかりません。
小保方さんが若山研に入所してから最初にキメラ成功まで1年もかかってないと思いますが…。
スタップ細胞は小保方さん作成
スタップ細胞をスタップ幹細胞に樹立しキメラを作成したのが若山教授です
ナイス！
ama********さん
2014/8/3 13:46
酵素処理というのは、トリプシン（剥離剤）でシャーレの底から細胞塊（コロニー）を浮き上がらせるもので、そのあとピペッティング（→遠心→ピペッティング）で慎重に単一細胞を回収して行きますから、この過程で細胞がダメージを受けることはないというか受けないように処理しないといけない。
若山教授と共同研究を始めて１年ぐらいは小保方がスタップ細胞と称する細胞塊を若山教授のところへ持っていき、若山教授がトリプシン処理してキメラマウスを作ろうとしたが失敗続きだった。このときの細胞は実際にスタップ細胞と称するものだったんでしょう。
（失敗続きの頃）
若山教授「それに彼女は、失敗すればするほどさらに膨大な実験を積み重ね失敗の原因を突き詰め、次の作戦を持って来た。」「彼女の失敗とその後の戦略の立て直しぶりを見ていると、例えこの件で芽が出なくても彼女にとってこの体験はムダにならない。後々役に立つ失敗を続けていると感じられたから、わたしも真剣勝負で続けました」
小保方「2011年4月には、論文に中心となる方法として記載した酸を用いてSTAP細胞ができることを確認していました。その後、2011年6月から9月頃には、リンパ球のみならず皮膚や筋肉や肺や脳や脂肪などいろいろな細胞について、酸性溶液を含む様々なストレス条件を用いてSTAP細胞の作成を試みました。この間だけで100回以上は作成していました。」
2011.4のキメラマウス初成功後も分化能（多能性）や再現性の改善のためいろいろな細胞を試している（ポーズ）ので、成功前はなおさらだったでしょう。その都度工夫して違う細胞塊を渡していたはずです。
この時点でインチキ細胞のES/TS細胞複合体（アグリゲート）を渡していると、若山教授がこれをバラして使えばキメラマウスはできますが、いつも同じ細胞で、ES細胞からのキメラマウス作製経験も豊富な若山教授に気づかれてしまいます。
小保方としては、若山教授があえてトリプシン処理せずにコロニーを切り分けて注入することに決めたタイミングでねつ造を始めないといけなかったわけです。一応実際に酸処理サンプルもあって、そこにインチキ細胞のコロニーを入れますが、こちらはダメージを受けないように短時間で若山教授に渡してたんでしょうね。
（キメラマウス成功の瞬間）
若山教授「小保方さんは涙を浮かべて喜んでいました。でもわたしは何かの間違え、何かの手順をミスして光っちゃったのかと不安に思いました。我々はこれまでの失敗について、すべての行程を記録しています。記憶もしています。どこで何をどうやったら反応が出なかった。それをいつでも振り返られるように行うのが実験ですから。」
実験の手順打ち合わせは綿密に行われていたようなので、若山教授が「次は小さいコロニーでやってみる」と伝えていたか、小保方の方で「コロニーを分けて直接注入できないんですか？」とか聞いていたのかも知れない。
ナイス！
パン屋の２代目さん
2014/8/2 19:43
自分もconsomesoup_motsyさんとほぼ同じ見解です。
ES細胞とTS細胞を混ぜて造ったモノをカルス状に培養し、それを実際酸性溶液などに浸して半殺しにしたのでしょうね。だからSTAP細胞は増殖しないと言うことにもなっています。
その前提に立てば当然酵素処理などすれば完璧に死んでしまうのは容易に想像できますねｗ
それに対して若山教授の採った方法なら上手くすればキメラマウスが出来る可能性は充分あるでしょう。
それとコンソメさんが仰る様にキメラマウスを造ったのは若山教授であるというのが一般的認識です。何処から仕入れた情報かも知れませんが完全な間違いです。多くの研究者が一時期的にもSTAP細胞について信じたのは若山教授がキメラマウスを造ったとなっていたからです。
以前に紹介したのは、この知恵袋です。
om2********さん
2014/4/2 22:04 STAP細胞の記事に出てくるOct4遺伝子とかGFPって、なんですか？？
この答が、以下です（紫字）。
この方は、知恵袋で権威ある人のようですね。気分転換のために、ここの書きこむ方なんですかね？
＞ベストアンサー
カルプ・トリプルセブンさん
カテゴリマスター
2014/4/4 21:59（編集あり）
現在、全ての遺伝子、たんぱく質についてはWikipediaやGeneCardなどのデータベースに集約されました。
ですから、一般の方にもなじみの深い英語版Wikipediaで全ての遺伝子、たんぱく質が名前で検索できます。
こうしたオープンなデータベースは今はYahooやGoogleで検索できますから、Google Scholarなどの検索を使うとタイプミスやOct-4, Oct4, Oct4の別名などに関わらず、情報を得ることができます。
日本語のWikipediaは素人も書いているので問題がある場合も多いですけれど、Oct4についてはちゃんとあります。
http://ja.wikipedia.org/wiki/Oct-4
もちろん、GFPについてもです。
Oct4は幹細胞で作られますから、「幹細胞ができた」という指標に使われます。
ただ、そのままでは顕微鏡でぱっと分からないので、幹細胞っぽい細胞になると緑色に見えるように緑色の蛍光たんぱく質、つまりGFPをOct4の遺伝子のプロモータの下に組み込んで指標にしているのです。
STAP事件ではOct4たんぱく質の代わりにGFPを入れ替えたマウス(ノックインといいます)ではなくて、人工的に作ったOct4-GFP遺伝子をゲノム遺伝子中にテキトーに入れたマウスが使われました。
補足のお答え：今回の事件ではいいかげんな、しかもムーミンちゃんがESを入手しやすいOct4-GFPマウスが使われました。
今回の事件のOct4-GFPのマウスはトランスジェニックといって、Oct4遺伝子の転写調節領域とGFPをコードする遺伝子を薬剤耐性遺伝子とともに遺伝子組み換えで作り、マウスのゲノムに非相同性組み換えでES細胞に導入し、その遺伝子組み換えES細胞から薬剤耐性をマーカーに得られたクローンから意図的にたった一つのクローンを選んで利用されています。
つまり、その人工的な組み換え遺伝子はどこに入るのか、たとえば、細胞を酸でいじめるとストレス応答が起きますが、そういった遺伝子の中に組み込まれたり、というようなことを検証することなく、単離してきた遺伝子組み換えES細胞から作られたマウスの個体です。もちろん、そのESそのものを使うなんていう捏造をしていないとすると、そのマウス個体からとったES細胞か、その類似細胞がSTAP細胞となります。
どうでしょうか、捏造を見分けられないかも、という技術的問題点を把握していただけましたでしょうか。
一方、ノックインマウスのほうは、もともと存在するOct4遺伝子の中に相同性組み換えでGFPと薬剤耐性マーカーを組み込んだものです。だから本来Oct4が発現していないときしか発現せず、幹細胞性を獲得できたという指標細胞に向いています。だいたい海外で作られ、マウスという形でしか市販されていません。
このマウスが利用されなかったのが意外と今回の事件のミソかも。
つまり、ムーミンちゃんがすっぽん亀さんにそのOct4-GFP ESがきちんと生えるか、STAP産生条件でいっしょに入れてみようね、と言われて入れた対照プレートのラベルの取り違えをしちゃって、みんなにびっくり誉められてその後それを言い出せず、混ぜるようになっていたら、全ての事件が説明できますし、もうアウトですよね。
こんなのもあります。
これは答えの方です。紫字
ベストアンサー
tou********さん
2014/4/17 11:52（編集あり）
＞・・・・
関西学院の関准教授がとても分かりやすい解説を公開してくれました。
https://note.mu/yseki/n/n4c8606e04325
上記解説を読めば分かると思うのですが、
tou********さんが引用した関さんのサイトは消されています。なぜ、消したんでしょうか？
ESねつ造説学者が、社会啓発しておきたいなら、そのまま残しておくべき文章ですよね。
詫摩氏もSTAP細胞関連を消していますよ。
素人だましの努力をしていたグループが、今もため息ブログに残っているのでしょう。
ESねつ造学者の活躍ぶりをまとめてみるのも、社会学の面から興味深いかもしれませんね。
知恵袋は宝庫かもしれません。
上記記載の紫字の中で、他の方が、consomesoup_motsyさんというHNを出していますが、この方の回答は見えません。
本人が消したんでしょうか？そういうものも確認できて、興味深いです。
削除率なんてのデータも載っているんですよね。
non********さん
2014/6/18 12:10
8回答
小保方さん、マウスも細胞も若山研究室以外からは入手してないと反論してますが、
結局若山研究室の学生からもらったES 細胞を使ったから、そこの部分については嘘ついてない- -
ベストアンサー
bam********さん
2014/6/19 20:53（編集あり）
＞そうですね。
ネイチャー論文にもES細胞の実験はあったはずなので、ES細胞を若山研究室で入手していても不思議はなく、渡した人に落ち度はないと思います。
若山教授も「ES細胞が自由に使える環境にあった」と言っていましたよね。
＞問題は、STAP細胞を作るために若山教授が提供したマウスとは違うマウスに由来する細胞が、STAP細胞として若山教授に渡されたということ、それがES細胞を作るのに使われることが多いマウス由来だった(つまりSTAP細胞=ES細胞だった可能性が高い)ということ。不作為のミスでは考えられない確率で、入れ替わっていたようですね。
＞どこから入手したマウスや細胞を使ったにせよ、論文の記載と相反する操作が意図的に行われていたということが問題で、それだけでも捏造の決定的な証拠になると思われます。
ため息ブログメンバーに関わってはいけないと、学とみ子は常におもってるんですけど、彼らの言動をみていると、注意力散漫、考察力不足が見てとれます。
それは、ブーメランのように、学とみ子自身に反って来るものでしょうが、それでも、ため息ブログメンバーって、身の丈足らず人たちのイメージがありますよね。中途半端な知識を持つ人の一部にこうしたタイプがいるのでしょう。
どこまでいっても、当ブログとは相まじりません。その大きな理由は、彼らはES捏造説を維持したいと言う共通で強い意志をもつ目的の集団だからだと思います。しかし、どうやら、それだけでは説明できません。
彼らは、周りをしっかり見れない能力の人たちであるのは確かなようです。ため息さんのような言いがかり学者についていけて、その後ろでしかコメントできない人たちなんですね。周りが良く見え、自身でものが考えられる秀才たちではないですね。
例えば、Dさんはこう書いてます。
＞何も理由なしに呼び捨てとはたまげたなあ。現実を見せられたのがよっぽど応えたようで。
学とみ子は、今までも、後ろに続く言葉がある時は、さんを省略します。例えば、ため息さんコメントではなく、ため息コメントと書きます。Dさんは、そうした考慮ができない人ですね。Dさんは、学とみ子の個人情報まがいや、脅迫的コメントをしている自分自身が全く見えません。
ため息さんは、STAP擁護の人は全て呼びつけですね。Dさんは、なぜ、そこを見れないのでしょうか？
Dさんて、ため息ブログメンバーの中でも、最も周りが見えず、いわゆる、気の効かない人です。その名のごとく、自らのDレベルをさらさないよう気をつけようとする配慮も、Dさんには皆無です。Dさんは、悪口や、見当外れの非難しかできてない自分自身の現状に目をやってください。そしてしっかり、焦点のあった科学議論に参加してください。
さて、当ブログは、Dクラスの人とのバトルはこの位にしましょう。
当方は、気持ちを変えて、上記の知恵袋の登場人物で、カルプ・トリプルセブンさんに注目してみました。
その方の自己紹介ですね。
カルプ・トリプルセブンさんは、秀逸なる回答者が獲得できるカテゴリマスターです。
2009年01月31日より、知恵袋に参加され、今もご活躍のようです。
ご専門は、農学、バイオテクノロジー
とのことです。
自己紹介では、「世界一の生命科学の専門家と自称できるように目指します」と書かれています。
さらに以下のような方です。
＞生命科学、教育大好き。
お料理と家計に役立つ経済(的なこと?)が大好き。
＞貧乏ですけど、寄付もしますし、ボランティアもします。
それと同じで自分の知識の未熟さは知っていて、たまにポカな回答もしますけど、それでも自分の持っているものの何かが誰かに少しでも役立てばうれしいです。
・・・
＞世界中のどの教授よりも回答に納得いただけるように優しくご説明するように心がけています。
すでに、教授の肩書をお持ちのようです。
そして、知恵袋でのご業績は以下です。
＞ナイス数 1,602件
＞ベストアンサー率 67.54%
＞回答総数 7,908件
＞削除 3件
一部、カルプ・トリプルセブンさんからの回答を拝見しました。
知識が広く、腸内細菌の専門家なのでしょうか？いづれにしろ、生命科学全般の知識が深いです。
一般人が、勉強する価値があります。
しかし、問題がないわけではありません。
たとえば、ヨーグルト作製の話にもかかわらず、うんこから菌を取ってくる！などと、刺激的表現をします。
そして、初歩的な方と思われる一般人の質問に対し、丁寧に回答する場合もあるものの、突然の高いハードル回答で返しているのがあります。
なるほど、なるほど、そういう人なんだなとわかります。
ご自身の実験がうまくいっていて気持ちに余裕があると、やさしい気持ちになり、トラブル続きだと、怒りを回答にぶつかるのかもしれません。
とにかく、カルプ・トリプルセブンさんは、以下のようなことを書く方だから、理研内部の方かもしれませんね。
＞つまり、ムーミンちゃんがすっぽん亀さんにそのOct4-GFP ESがきちんと生えるか、STAP産生条件でいっしょに入れてみようね、と言われて入れた対照プレートのラベルの取り違えをしちゃって、みんなにびっくり誉められてその後それを言い出せず、混ぜるようになっていたら、全ての事件が説明できますし、もうアウトですよね。
どうして、カルプ・トリプルセブンさんは、知識ある方なのに、時に初心者をバカにし、おちょくってしまうのでしょうかね。
やはり、ご自身の知識を誇ってしまうのでしょうか？これでは、あのやっぱりさんと同じになってしまいます。
やっぱり、研究者が陥りやすい落とし穴なのでしょうか？
カルプ・トリプルセブンさんは、今後は、まともに、やさしく正しい事実を一般人に教えてあげてほしいですね。
おちょくりや画策はだめですよ。将来、科学だけでなく、社会的に一流の教授にはなれませんから・・・。
カルプ・トリプルセブンさん 2020/10/20 19:12
＞JM109が、これでどれぐらい元々の大腸菌(オオカミ)から品種改良されたミニ・プードルみたいな存在かわかってもらえましたでしょうか。 でもミニ・プードルは生まれながらにあの、毛の形ではなくて、刈込をされてあのかわいい姿になっているのです。JM109のいっしょ、いっしょ。コンピの処理をしなければ使えません。
ここまでくると、ジョークを通り越して、おちょくりですね。
とは、一旦書いたものの、カルプ・トリプルセブンさんの文章はわかりやすいので、勉強させてもらっています。
ベストアンサー
カルプ・トリプルセブンさん
2019/5/31 23:22
＞リボソームにアミノ酸を運んできたのがアミノアシルtRNA。
これをよいこいしょと前のtRNAから作られつつあるアミノ酸の数珠であるペプチド鎖を受け取って、次の運び屋さんがやってくるまでペプチドと結合しているtRNAがペプチジルtRNAです。
これが概念の差です。
だからアミノアシルtRNAよりペプチジルtRNAは分子量が大きくなったり、ペプチドがついてより親水度が下がった状態になるので、ペプチジルtRNAはカラムクロマトグラフィではしご上の検出パターンとなります。これが実際に見れる差です。
もちろん核酸部分を外せばペプチジルtRNAのほうでは数珠繋ぎになったアミノ酸、つまりペプチドが検出されます。
カルプ・トリプルセブンさん2014/7/25 0:10
＞タンパクのメチル化は翻訳後修飾ですが、タンパクのメチル化による発現調節は転写レベルです。
タンパクがメチル化で働きが変わることに注目するのなら、発現調節と呼ばずに機能調節と呼びます。
カルプ・トリプルセブンさん 2020/3/28 13:59
＞A/Tの多い配列はDNAの立体構造上負の超らせん構造をとりやすいからです。
負に超らせんのねじれがかかっていると少しひねっただけで簡単にほどけます。具体的には熱力学的な立体構造の平衡状態で一本鎖になりやすいです。その後にiwa********さんがおっっしゃっているようなA/Tだから水素結合がGCより少ないので外れやすいと現象が大切となります。A/Tに富んだ配列に得的に結合する複製装置のタンパク質があるので本鎖構造が安定となります。
つまり、立体構造、水素結合数、特異的結合タンパク質が存在という３つのしくみがあるためにATに富んだ構造が必要となります。
カルプ・トリプルセブンさん 2022/1/21 2:02
＞発酵で得られるのは・・・
1.大豆主成分
一番多いのはもともと大豆食品成分としてはあるのだけれど、煎り豆、煮豆としては消化吸収効率が悪いものが一番です。
特に大豆が固い状態でしたら、でんぷん、タンパク質、びたみんなどの全ての栄養成分が私たちの体で吸収されにくかったり、吸収スピードが遅くなります。このことでデメリットやメリットが生じます。発酵のメリットは栄養成分が素通りしちゃう率が減ること。デメリットはグリセミックインデックスが煎り豆より早めに上がりメタボの人の血糖値コントロールにはその分損なこと。
2.大豆分解物
次が微生物が分解してできるもので栄養物になるものです。タンパク質やポリグルタミン酸からアミノ酸ができます。これで旨味が増します。
3.微生物生産物
微生物が作るもの。特にビタミンのうちのパントテン酸とビタミンK。ビタミンKは腸内細菌も作るのでほとんどの成人は納豆からの接種は必要ないですけど。
1150852039さんからの質問 2022/5/15 22:31
OT-Iマウス、SIINFEKLとはなんですか、？
分かりやすく説明してくれると嬉しいです、、
へのカルプ・トリプルセブンさんの回答です。
ベストアンサー
カルプ・トリプルセブンさん
2022/5/16 22:31
＞SIINFEKLはオリゴペプチドです。
その各文字は一文字アミノ酸表記法で示したアミノ酸残基です。
この配列、SIINFEKLはオボアルブミン（OVA)の配列のものでオボアルブミンでマウスを免疫する時によく利用される一番中心の配列、つまりエピトープに当たる部分で、この配列をもつオリゴペプチドさえ与えれば免疫細胞が応答します。
OT-Iというマウスは、このOVAの一部SIINFEKLを認識できるようにTCRを遺伝子組み換えで改変したマウスの一種です。
OT-IはそのOVA拘束性免疫応答マウス群のうち、CD8+T細胞(MHC-I拘束性です)だけがOVAのSIINFEKLを認識できるようにしたものです。
このマウスを使えばCD8+T細胞の免疫応答、つまりCD8+T細胞がもっぱら行う細胞傷害性やIFNγを中心とした免疫情報伝達などがどんなかたちでいろいろな免疫応答で働いているかをCD8+T細胞を特異的に、しかも強力に刺激できるのでかんたんに調べることができるんです。
強力に、というところでは、普通のマウスはいろんな抗原を認識できるようにいろんな遺伝子組み換えをリンパ球で自分自身でしているのですけれど、遺伝子組み換えによってOVA拘束性マウスはの特定の細胞種、OT-Iの場合はCD8+T細胞がすべてこの改変TCRの遺伝子を持つのですからCD8+TのほよんどがOVAに反応すると強力な免疫応答引き起こせるのです。
そこが現実の生理現象を反映していない間違った結果を与える部分でもあり、便利な部分でもあったりして、何を調べたりのかに応じた賢い利用方法が求められるものです。
以下のような回答をみても、カルプ・トリプルセブンさんの発想は自由です。
わざわざ、遠いものを探して、”たとえ” としてもってくるんですよね。
非公開さんから、以下に質問に対して 2022/2/23 19:01の、カルプ・トリプルセブンさんの答えです。
プロテアソームとペプチターゼ
の最大の違いってなんですか？
カルプ・トリプルセブンさん 2022/2/24 1:58
＞どちらもタンパク質分解に関わりますけれど、プロテアソームは複数のタンパク質からなるひとつの系(システム)で、ペプチダーゼのほうはひとつのタンパク質の種類を指す言葉です。
ちょうどプロテアソームがごみ焼却場や公共交通機関に当たる言葉なら、プロテアーゼは焼却炉や大型車に当たる言葉です。
プロテアソームでは分解するタンパク質にユビキチン鎖が目印としてつけられて壊されます。その目印をつけるタイミングやどのタンパク質に目印をつけるかのまた別の系がこのプロテオソーム系の前にあります。そしてプロテアソーム内では壊されるたんぱく質はペプチダーゼで分解されます。
ペプチダーゼはペプチド鎖を切断する酵素の総称です。小さなペプチドを分解するものからタンパク質を分解する酵素(プロテアーゼ)までいろいろあって、プロテアソームのほか、さまざまな場面と時で様々な種類が異なる働き、同じ働きを種類によってしています。
ID非公開さんからの2021/12/30 3:37からの以下の質問の答えです。
うんちをするとき、大人になった今でもごくまれに赤ちゃんのうんちのにおいがすることがあるのですが、なぜですか？
ベストアンサー
カルプ・トリプルセブンさん 2021/12/30 4:09
＞乳製品、特に牛乳を過剰に摂取した時ではないでしょうか。
基本的に大人の糞便の臭いを作る主な細菌はバクテロイデス目とクロストリジア目の細菌で、おっぱいで増える乳酸菌である乳酸菌目とビフィドバクテリアは少ないです。でも乳糖などの乳製品に多い多糖を与えてあげると増えます。
このほか、大人の糞便の臭いが作られるしくみは、私たちの吸収できないとか、しきれなかった食物成分をバクテロイデス目とクロストリジア目が食べることで臭いの成分、主に含硫黄、含窒素の揮発物質群が作られますから、腸内での代謝の時間がない、下痢気味の時などでは発酵が間に合わずに、乳酸菌の多く棲む小腸部分の成分がそのまま糞便にきます。ほかにも腸炎、過敏症などの病気と関わる状態でも起こります。
nafijawoifwaさんから 2021/10/3 18:44の以下の質問に対する
ストレスと腸内環境の研究にバイオインフォマティクスはどう利用していくことができますか？志望理由で必要なので、もし可能であれば教えていただきたいです。
2021/10/4 3:13
＞現在、腸内微生物叢とストレスの研究にはバイオインフォマティクスはもっとも欠けない研究手法となっています。
具体的にはバイオインフォマティクスは次世代シーケンシングの膨大なデータを利用した、ゲノム解析、16rRNA遺伝子、メタゲノム・メタトランスクリプーム解析、さらに複合オミクス解析に必須となっています。はっきり言って、できない人は腸内微生物叢のまともな研究者ではないと言っていいぐらい必須のテクとなっています。
なので手法としてはストレスと腸内環境の関係を調べる一般的方法になっているわけですから、むしろその解釈に重要なストレス、腸内環境の解析に必要な基礎知識、つまり医学の基礎知識、さらに言うと微生物学、神経、消化、免疫について基礎知識があることが利用に繋がります。
単純に技術ということでしたら、普通はより包括的な解析をしていくために様々なデータベースなどの既知の知識を、実際のストレスと腸内環境の知識から離れて総合して俯瞰するようなことをします。
こんなかんじでバイオインフォマティクスは利用されています。
2021/10/4 3:20
２点、忘れていました。
腸内のもうひとつの環境、宿主側もRNASeqなどのオミクス解析に必要となっています。
これらの腸内のようすを調べるバイオインフォマティクスの利用は医学部ではなくて、医学部大学院で習うことです。大学院は医学部の人以外も入ります。特にバイオインフォマティクスの分野は。なので、高校進学ということでしたら、理学部、工学部、理工、薬学、農学など広い分野から大学院を受験して活躍されていらっしゃいます。ストレスと腸内環境の研究に必要となる手法そのものは３ヶ月もあれば学生さんでも覚えます。大切なのは上に書いたその他の知識です。
学とみ子（黒字）から：バイオインフォマティクスをやっていた若い研究者たちの中には、先輩たちが唱えた ESねつ造説 をそのまま信じてしまった人がいたのでしょうね。
理研内の一部のバイオインフォマティクスをやっていた遠藤氏のようなシニア研究者は、ESねつ造説を信じていただろうから・・・。
mr.pomupomuprinさん 2022/2/2 20:02からの以下の質問に対するカルプ・トリプルセブンさんの答えです。
＞真核生物と細菌の翻訳機構について、翻訳開始時の相違点を教えてください！！
できれば解説もお願いしますm(_ _)m
ベストアンサー カルプ・トリプルセブンさん
2022/2/2 23:22
＞こんなところがちがいます（＊＊＾▽＾＊＊）
1.翻訳開始のタイミング
細菌では核膜がないので、翻訳開始は転写集結を待たずに翻訳と転写が同時に行われます。だから翻訳の様子を見ながら転写を調節するしくみがある一方、核膜がある真核生物では核膜があるので転写調節因子の核内移行での転写レベルでの調節ができます。
2.翻訳開始コドンの配列
真核生物ではAUGが開始コドンです。わずかにCUG。細菌ではAUGに加えてGUGやUUGが利用され、GUGはとても一般的でAUGよりも翻訳開始効率が悪い翻訳開始コドンとしてタンパク質を作る量を決めるということをします。１つのオペロンのmRNAから違うタンパク質を違う量作るのに使っています。
ちなみに真核生物ではもともと細菌由来だった葉緑体での翻訳開始もこのルールに従います。ミトコンドリアの場合はさらに進化していてゆらぎ度の高い翻訳開始コドン認識を行い、翻訳開始コドンの配列がさらに違います(生物種で異なります)。
3.翻訳開始できるリボソームの結合箇所の数
細菌では１つのオペロンのmRNAから違うタンパク質が複数翻訳することができるのに対して、真核生物mRNAからは原則一種類のタンパク質のみを翻訳されます。これは真核生物のmRNAが翻訳開始するにはまずｍRNAの一番上流のキャップ構造が認識されるのに対して、細菌ではリボソームにある16S rRNAとmRNA上の相補的な配列(シャイン・ダルガーノ配列)で結合してそのそばに翻訳開始コドンがあれば翻訳開始するのが、ひとつの翻訳開始方法です。
だから細菌では2に書いた翻訳開始コドンの配列での調節に加えて16S rRNAとシャイン・ダルガーノ配列とのマッチ度でリボソームがどれだけ結合するかどうかが決まることで１つのオペロンのmRNAから違うタンパク質が違う量できるのに使われています。
4.リボソームのmRNA翻訳逆方向の横滑り
一旦リボソームは結合して翻訳開始したら細菌も真核生物もmRNAの5'→3'の正方向へと翻訳をして、終止コドンきたらそのタンパク質の翻訳を止めます。そこで真核生物は普通はおわり。でも細菌はリボソームが離れる前にその終止コドンの前後に翻訳開始コドンがあると低効率で次の別のタンパク質を翻訳、合成を始めることができます。つまり、この２番目のタンパク質を作る時に16S rRNA/シャイン・ダルガーノ配列の結合を必要とせず翻訳を開始できるんです。
このUGAなどの終止コドンの最後のAが次のタンパク質の翻訳開始コドンAUGのAとオーバラップをしている場合もあります。そろどころかUGAのUGがAUGのUGとオーバーラップしていることが真核生物にはある、つまりmRNAの翻訳方向からみて逆行して次の翻訳開始をすることができるのです。
これも細菌で１つのmRNAから異なる量の複数のタンパク質を作るのに必要な一般的なしくみとして働いています。
5.tRNA
真核生物では翻訳開始に利用されるtRNAはメチオニン(Met)のtRNAです。一方、細菌ではフォルミルメチオニン(fMet)のものです。なので、細菌のタンパク質のN末端側は最初はフォルミル基で修飾されています。あとでとられたりもしますけれど。
ちなみに、私たちの免疫はこのN末端がフォルミル化されたタンパク質を持つのは細菌だけというのを利用して私たちの体に細菌が感染したかどうかを見つけるっていうことをします。
特に酸素ラジカルの発生は私たちの生きていく上で大切で、好中球が私たちの体を消毒するのに重要な役割を果たしていますが、fMetを持つタンパク質を見つけて酸素ラジカルを作ります(呼吸爆発っていいます。自爆テロみたいに細菌を殺すのでかなり自分たちも死んじゃいます)。
まだまだ違いがありますけれど、これらが特に大きな差です。
2022/2/2 23:26
訂正：転写集結→転写終結
誤変換ごめんなさい
ns9yns3w5634ewutさん 2022/3/15 11:13から、以下の質問です。
＞サイトメガロウイルスプロモーターが組み込まれているpcDNAを使うんですけど、
サイトメガロウイルスプロモーターってどういう機能がありますか。
ベストアンサー
カルプ・トリプルセブンさん 2022/3/15 19:34
＞CMVプロモータは哺乳類系で働く、とても強力なプロモータのひとつなので、哺乳類細胞でタンパク質を過剰に発現させたい時に使います。
基本的にはどんな細胞でも、どんな時でも発現させるので恒常的発現プロモータとして利用されることが多いです。でも実際にはAP-1やNF-κB活性化を通して炎症刺激や細胞周期などに応答して最大数倍程度は強く発現したりします。
なのでもう少し恒常的高発現にこだわりたい時にはEF1αプロモータなどを利用します。逆に恒常的にだらだら発現しちゃわないようにするためにはCMVプロモータではなくて誘導性のプロモータや転写抑制のしくみを入れた系での他のプロモータでの発現系を用います。
カルプ・トリプルセブンさん 2022/3/15 19:37の答えです。
＞ちなみにpcDNAのCMVプロモータは意外と大腸菌でもタンパク質を定例ベルで発現させてしまいます。だからキナーゼ, ATPase, 膜タンパク質などの酵素の場合は大腸菌内で毒性を示すこともたまにあるので、ORFに変異が入りやすいベクターのひとつです。コロニーは必ず大小異なるものを拾ってプラスミド調製して最終的なシーケンシングでの確認に送れば、確認したら点変異でダメだったよーん、しくしく、というタイムロスをせずにすみます。
カルプ・トリプルセブンさん
2022/3/15 19:38
訂正：定例ベル→低レベル。ごめんなさい。
esr********さんから 2020/8/26 21:43 以下の質問です。
＞pcDNAとは何ですか。またpcDNA3.1とは何ですか。
ベストアンサー
カルプ・トリプルセブンさん
カテゴリマスター 2020/8/27 2:39
＞pcDNAとは、Invitrogenという会社(現在Thermo-Fisherの傘下)が作った一連の哺乳類細胞発現様プラスミドシリーズの総称です。
pcDNA1→3とバージョンがアップしました。プロモータは強力なCMVを持っていて、マルチクローニングサイトを様々な遺伝子をCMVプロモータ下において大量にタンパク質を作らせることができます。さらにSV40 oriを持っているのでSV40 T抗原存在下ではプラスミドは複製されてまるで大腸菌の中の大腸菌発現ベクターのようにもうmRNAを作る鋳型の数のレベルからしてさらに多く発現できる強力なプラスミドです。pcDNA3.1はpcDNA3のマイナーバリエイションの１つです。たしか制限酵素部位がちょっと違っていたはず。
さらにT7, SP6プロモータという強力なプロモータを5'、3;側にそれぞれ持つので、T7, SP6 RNA合成酵素を用いて、in vitroで大量に正方向、逆方向のRNAを大量に作ることができ
正方向の場合はin vitro翻訳系と組み合わせることで大量にin vitroでもタンパク質を作れるというスグレモノのベクターでした。
その後、このpcDNA, pSMV-SPORTシリーズはどんな発現ベクタでもどんどん組み込んでいけるユニバーサルシステムのプラスミドシリーズへと発展していくのですけれど、その１つ前の世代のプラスミドです。
ちなみに最初のpはプラスミドのpで、プラスミドの名前には最初につけることになっていて小文字で書くことになっています。あとの後ろの部分は適当に名前をつけていいことになっています。
最近の文系傾倒的作品です。
son********さんが、2022/5/12 18:52に以下を質問していますが、それに対する答えです。
野性動物は人間に生まれ変われますか？
ベストアンサー
カルプ・トリプルセブンさん 2022/5/12 23:17
＞はい、基本的に難しいですけれど生まれ変わると東洋ではされています。
転生をご宗旨の中心に取り入れているのがヒンズー教や仏教です。
野生動物も仏教では六道に体系化された輪廻転生と功徳の関係で説明されています。
畜生道を含めた人間道以外の存在も、業が尽きる、転生前を思い出して功徳を積むなどをすれば別の道に転生できると考えられています。
つまり野生動物でもいいことをしたり、転生前に人であることを思い出して罪を償う行為をすればまた人間として転生できる、というシオリーです。
一般人に影響を与えたSTAP関連知恵袋です。
一般人をだまそうと、画策学者（一部）が周到に準備した作戦の展開が見れます。
特に、最初から、「STAP細胞をESねつ造は間違い無し」 の論説で書きこむ人は、明確な意図をもっているのでしょう。
恐らく、一部の学者は、当初、本気でねつ造事件であったと思ってしまったのでしょう。
そして、後から、学者たちが反省したとしても、「御免なさい、これこれの矛盾に気づきました！」 との後日談をする学者はいませんでしたね。
無言で、ネット書き込みを引き下げた学者たちはいました。
皆さん、権謀術数の学術界で生きてる方々ですから。
ため息さんは、学術界の悪い見本だと思いますが、以下の虚勢も、居直りもすごいですね。
＞「教科書で満足するレベル」のどこが悪いのでしょうか？
知恵袋には、ESねつ造説学者の活躍が見れて参考になるというストリーの紹介です。
知恵袋は、ハチャメチャ議論で、一般人を誤解させようとするESねつ造画策者の活躍が見えます。
学者だけでなく、少し知識のある人たちも参加していたのでしょう。
こういう書きこみがたくさんあるという事態そのものが異常ですよね。
きっと、当時は、ESねつ造画策者は、ESねつ造説を拡散させようと、必死だったのでしょう。
ESねつ造画策者にとっては、社会を巻き込むことへのチャレンジだったのではないでしょうか？
それに、マスコミがしっかり乗ってくれたんですよね。マスコミにとってドル箱の情報となったからでしょう。
さらに、ESねつ造画策者は、性格的にも、他人をバカにし、他人を混乱させるのが大好きなんでしょうね。
前にも知恵袋文章の一部を紹介したと思いますが、ESねつ造画策者が、知恵袋におもしろ半分に書き込んだ文章で、彼らの手の内が見えるのがあるんですよね。オホホポエムと似たような内容の記載があります。
紺染めスープさん 2014/8/2 15:50
nya********さんという方が、2014/8/2 14:17に、知恵袋に相談しています。
質問は以下です。
＞若山教授が作ったキメラマウスと、ES細胞とSTAP細胞の処理の違い
紺染めスープさんが答えています。
＞STAP細胞だとされている論文に付随してネットに公表された細胞には、8番の染色体にトリソミーがあったということ。
8番トリソミーの異常を持ったマウスは普通、産まれてこない。
小保方が生後1週のマウスの細胞を使ってSTAP細胞を作ったという内容と矛盾する。
酸浴細胞には、遺伝子まわりの構造がどう変化していくのか？は解明されていない。
たまたま、作製時、あるいは培養中にトリソミーになることもある。
しかし、上記の解説では、STAP細胞のトリソミーの事実をもって、生きたマウスから生まれたものでないと決めつけている。
遠藤氏の解析もそうした方向性のものでした。
＞それから、提示された記事は、普通のES細胞であれば、バラして単細胞にしてもキメラマウスを作ることができるが、小保方から渡されたSTAP細胞（長期培養したES細胞）ではその方法で成功せず、塊のまま移植したら成功した。というのは、私の想像ですが、小保方がES細胞を酸性液に浸し、殆ど死にかけのES細胞の塊だったから、バラしたらうまくいかなかったのか、ES細胞とTS細胞の混ぜ物を小保方が作ったから、その時にES細胞がダメージを受けて、バラしたらうまくいかなかったのか、もしくは長期培養のためトリソミーができ、うまく育つ確率が落ち過ぎた（塊の中でトリソミーのないのが残ってたおかげで、キメラができた。異常なES細胞は死んで消化された）とかだとおもいます。
上記文章からもわかりますが、最初から、STAP細胞はESであると決めつけて解説してますね。
この解説では、ESあるいはTSをそのまま酸浴しているんですね。
ESあるいはTSの培養条件と違う培地を使うと、ESあるいはTSは別の細胞になっていったしまうと思いますけど・・・・。
上記記載の文章はうまくないので、新人研究者が気まぐれで書いたのか？という印象ですが、キャリアがある人がわざと幼稚な文章にしている可能性もありますね。
学術層の人って、いくらでも自身を作り込むことができますからね。
尚、この質問の答えの後に書かれた他の研究者層（と思われる方）からの回答の方が興味深いです。
x00********さん
2014/8/4 9:06
ESをどのように細工したのか？というのが謎だと思いますね そのような技術を別の良い研究に活用すれば素晴らしい研究者になれたかもしれないです
科学者の中でもいろいろ推論が出てますが、大隅典子の仙台通信にいろいろ書かれてます。（4月18日）かなり専門的な内容ですが簡略すれば下記の通りだと思います。
マウスESをLIF（スタップの培地だそうです）存在化で浮遊培養して作成した（通称）スタップは
① そのままではキメラ作成の力を保持
② トリプシン処理によりキメラ形性能は消失
③ 栄養外胚葉への分化能をもつ
LIFを培地にしたことによってスタップの特徴である未分化性はそこそこ保持されたと考えられる
という可能性を述べてます LIFという培地を使ったこと、トリプシン処理をしなかったことがカギとなりそうですね 小保方さんはES細胞を培地のLIFにいろいろな薬品がなにか加えて試してみたのではないでしょうか キメラ作成に成功したときにどのような気持ちだったのでしょう
ただこの推論が書かれたころより、今は実験内容の詳細が判明してますのでまた新たな推論が出てほしいと思います。
スタップが増殖しないで培地に入れて7日あとに死滅するという実験も小保方さんの実験だったようです。
スタップで作成された緑に光るキメラマウスの胎児の画像がESで作られたマウス画像の使い回しのようにも言われてます。本当はかなり単純な手法なのかもしれないですね
ESを別の万能細胞に細工しようとした科学者はいないと思いますので 確かなことは小保方さんに聞かないとわからないでしょう
共同研究を始めて1年半？というのはどういうことかちょっとわかりません。
小保方さんが若山研に入所してから最初にキメラ成功まで1年もかかってないと思いますが…。
スタップ細胞は小保方さん作成
スタップ細胞をスタップ幹細胞に樹立しキメラを作成したのが若山教授です
ナイス！
ama********さん
2014/8/3 13:46
酵素処理というのは、トリプシン（剥離剤）でシャーレの底から細胞塊（コロニー）を浮き上がらせるもので、そのあとピペッティング（→遠心→ピペッティング）で慎重に単一細胞を回収して行きますから、この過程で細胞がダメージを受けることはないというか受けないように処理しないといけない。
若山教授と共同研究を始めて１年ぐらいは小保方がスタップ細胞と称する細胞塊を若山教授のところへ持っていき、若山教授がトリプシン処理してキメラマウスを作ろうとしたが失敗続きだった。このときの細胞は実際にスタップ細胞と称するものだったんでしょう。
（失敗続きの頃）
若山教授「それに彼女は、失敗すればするほどさらに膨大な実験を積み重ね失敗の原因を突き詰め、次の作戦を持って来た。」「彼女の失敗とその後の戦略の立て直しぶりを見ていると、例えこの件で芽が出なくても彼女にとってこの体験はムダにならない。後々役に立つ失敗を続けていると感じられたから、わたしも真剣勝負で続けました」
小保方「2011年4月には、論文に中心となる方法として記載した酸を用いてSTAP細胞ができることを確認していました。その後、2011年6月から9月頃には、リンパ球のみならず皮膚や筋肉や肺や脳や脂肪などいろいろな細胞について、酸性溶液を含む様々なストレス条件を用いてSTAP細胞の作成を試みました。この間だけで100回以上は作成していました。」
2011.4のキメラマウス初成功後も分化能（多能性）や再現性の改善のためいろいろな細胞を試している（ポーズ）ので、成功前はなおさらだったでしょう。その都度工夫して違う細胞塊を渡していたはずです。
この時点でインチキ細胞のES/TS細胞複合体（アグリゲート）を渡していると、若山教授がこれをバラして使えばキメラマウスはできますが、いつも同じ細胞で、ES細胞からのキメラマウス作製経験も豊富な若山教授に気づかれてしまいます。
小保方としては、若山教授があえてトリプシン処理せずにコロニーを切り分けて注入することに決めたタイミングでねつ造を始めないといけなかったわけです。一応実際に酸処理サンプルもあって、そこにインチキ細胞のコロニーを入れますが、こちらはダメージを受けないように短時間で若山教授に渡してたんでしょうね。
（キメラマウス成功の瞬間）
若山教授「小保方さんは涙を浮かべて喜んでいました。でもわたしは何かの間違え、何かの手順をミスして光っちゃったのかと不安に思いました。我々はこれまでの失敗について、すべての行程を記録しています。記憶もしています。どこで何をどうやったら反応が出なかった。それをいつでも振り返られるように行うのが実験ですから。」
実験の手順打ち合わせは綿密に行われていたようなので、若山教授が「次は小さいコロニーでやってみる」と伝えていたか、小保方の方で「コロニーを分けて直接注入できないんですか？」とか聞いていたのかも知れない。
ナイス！
パン屋の２代目さん
2014/8/2 19:43
自分もconsomesoup_motsyさんとほぼ同じ見解です。
ES細胞とTS細胞を混ぜて造ったモノをカルス状に培養し、それを実際酸性溶液などに浸して半殺しにしたのでしょうね。だからSTAP細胞は増殖しないと言うことにもなっています。
その前提に立てば当然酵素処理などすれば完璧に死んでしまうのは容易に想像できますねｗ
それに対して若山教授の採った方法なら上手くすればキメラマウスが出来る可能性は充分あるでしょう。
それとコンソメさんが仰る様にキメラマウスを造ったのは若山教授であるというのが一般的認識です。何処から仕入れた情報かも知れませんが完全な間違いです。多くの研究者が一時期的にもSTAP細胞について信じたのは若山教授がキメラマウスを造ったとなっていたからです。
以前に紹介したのは、この知恵袋です。
om2********さん
2014/4/2 22:04 STAP細胞の記事に出てくるOct4遺伝子とかGFPって、なんですか？？
この答が、以下です（紫字）。
この方は、知恵袋で権威ある人のようですね。気分転換のために、ここの書きこむ方なんですかね？
＞ベストアンサー
カルプ・トリプルセブンさん
カテゴリマスター
2014/4/4 21:59（編集あり）
現在、全ての遺伝子、たんぱく質についてはWikipediaやGeneCardなどのデータベースに集約されました。
ですから、一般の方にもなじみの深い英語版Wikipediaで全ての遺伝子、たんぱく質が名前で検索できます。
こうしたオープンなデータベースは今はYahooやGoogleで検索できますから、Google Scholarなどの検索を使うとタイプミスやOct-4, Oct4, Oct4の別名などに関わらず、情報を得ることができます。
日本語のWikipediaは素人も書いているので問題がある場合も多いですけれど、Oct4についてはちゃんとあります。
http://ja.wikipedia.org/wiki/Oct-4
もちろん、GFPについてもです。
Oct4は幹細胞で作られますから、「幹細胞ができた」という指標に使われます。
ただ、そのままでは顕微鏡でぱっと分からないので、幹細胞っぽい細胞になると緑色に見えるように緑色の蛍光たんぱく質、つまりGFPをOct4の遺伝子のプロモータの下に組み込んで指標にしているのです。
STAP事件ではOct4たんぱく質の代わりにGFPを入れ替えたマウス(ノックインといいます)ではなくて、人工的に作ったOct4-GFP遺伝子をゲノム遺伝子中にテキトーに入れたマウスが使われました。
補足のお答え：今回の事件ではいいかげんな、しかもムーミンちゃんがESを入手しやすいOct4-GFPマウスが使われました。
今回の事件のOct4-GFPのマウスはトランスジェニックといって、Oct4遺伝子の転写調節領域とGFPをコードする遺伝子を薬剤耐性遺伝子とともに遺伝子組み換えで作り、マウスのゲノムに非相同性組み換えでES細胞に導入し、その遺伝子組み換えES細胞から薬剤耐性をマーカーに得られたクローンから意図的にたった一つのクローンを選んで利用されています。
つまり、その人工的な組み換え遺伝子はどこに入るのか、たとえば、細胞を酸でいじめるとストレス応答が起きますが、そういった遺伝子の中に組み込まれたり、というようなことを検証することなく、単離してきた遺伝子組み換えES細胞から作られたマウスの個体です。もちろん、そのESそのものを使うなんていう捏造をしていないとすると、そのマウス個体からとったES細胞か、その類似細胞がSTAP細胞となります。
どうでしょうか、捏造を見分けられないかも、という技術的問題点を把握していただけましたでしょうか。
一方、ノックインマウスのほうは、もともと存在するOct4遺伝子の中に相同性組み換えでGFPと薬剤耐性マーカーを組み込んだものです。だから本来Oct4が発現していないときしか発現せず、幹細胞性を獲得できたという指標細胞に向いています。だいたい海外で作られ、マウスという形でしか市販されていません。
このマウスが利用されなかったのが意外と今回の事件のミソかも。
つまり、ムーミンちゃんがすっぽん亀さんにそのOct4-GFP ESがきちんと生えるか、STAP産生条件でいっしょに入れてみようね、と言われて入れた対照プレートのラベルの取り違えをしちゃって、みんなにびっくり誉められてその後それを言い出せず、混ぜるようになっていたら、全ての事件が説明できますし、もうアウトですよね。
こんなのもあります。
これは答えの方です。紫字
ベストアンサー
tou********さん
2014/4/17 11:52（編集あり）
＞・・・・
関西学院の関准教授がとても分かりやすい解説を公開してくれました。
https://note.mu/yseki/n/n4c8606e04325
上記解説を読めば分かると思うのですが、
tou********さんが引用した関さんのサイトは消されています。なぜ、消したんでしょうか？
ESねつ造説学者が、社会啓発しておきたいなら、そのまま残しておくべき文章ですよね。
詫摩氏もSTAP細胞関連を消していますよ。
素人だましの努力をしていたグループが、今もため息ブログに残っているのでしょう。
ESねつ造学者の活躍ぶりをまとめてみるのも、社会学の面から興味深いかもしれませんね。
知恵袋は宝庫かもしれません。
上記記載の紫字の中で、他の方が、consomesoup_motsyさんというHNを出していますが、この方の回答は見えません。
本人が消したんでしょうか？そういうものも確認できて、興味深いです。
削除率なんてのデータも載っているんですよね。
non********さん
2014/6/18 12:10
8回答
小保方さん、マウスも細胞も若山研究室以外からは入手してないと反論してますが、
結局若山研究室の学生からもらったES 細胞を使ったから、そこの部分については嘘ついてない- -
ベストアンサー
bam********さん
2014/6/19 20:53（編集あり）
＞そうですね。
ネイチャー論文にもES細胞の実験はあったはずなので、ES細胞を若山研究室で入手していても不思議はなく、渡した人に落ち度はないと思います。
若山教授も「ES細胞が自由に使える環境にあった」と言っていましたよね。
＞問題は、STAP細胞を作るために若山教授が提供したマウスとは違うマウスに由来する細胞が、STAP細胞として若山教授に渡されたということ、それがES細胞を作るのに使われることが多いマウス由来だった(つまりSTAP細胞=ES細胞だった可能性が高い)ということ。不作為のミスでは考えられない確率で、入れ替わっていたようですね。
＞どこから入手したマウスや細胞を使ったにせよ、論文の記載と相反する操作が意図的に行われていたということが問題で、それだけでも捏造の決定的な証拠になると思われます。
ため息ブログメンバーに関わってはいけないと、学とみ子は常におもってるんですけど、彼らの言動をみていると、注意力散漫、考察力不足が見てとれます。
それは、ブーメランのように、学とみ子自身に反って来るものでしょうが、それでも、ため息ブログメンバーって、身の丈足らず人たちのイメージがありますよね。中途半端な知識を持つ人の一部にこうしたタイプがいるのでしょう。
どこまでいっても、当ブログとは相まじりません。その大きな理由は、彼らはES捏造説を維持したいと言う共通で強い意志をもつ目的の集団だからだと思います。しかし、どうやら、それだけでは説明できません。
彼らは、周りをしっかり見れない能力の人たちであるのは確かなようです。ため息さんのような言いがかり学者についていけて、その後ろでしかコメントできない人たちなんですね。周りが良く見え、自身でものが考えられる秀才たちではないですね。
例えば、Dさんはこう書いてます。
＞何も理由なしに呼び捨てとはたまげたなあ。現実を見せられたのがよっぽど応えたようで。
学とみ子は、今までも、後ろに続く言葉がある時は、さんを省略します。例えば、ため息さんコメントではなく、ため息コメントと書きます。Dさんは、そうした考慮ができない人ですね。Dさんは、学とみ子の個人情報まがいや、脅迫的コメントをしている自分自身が全く見えません。
ため息さんは、STAP擁護の人は全て呼びつけですね。Dさんは、なぜ、そこを見れないのでしょうか？
Dさんて、ため息ブログメンバーの中でも、最も周りが見えず、いわゆる、気の効かない人です。その名のごとく、自らのDレベルをさらさないよう気をつけようとする配慮も、Dさんには皆無です。Dさんは、悪口や、見当外れの非難しかできてない自分自身の現状に目をやってください。そしてしっかり、焦点のあった科学議論に参加してください。
さて、当ブログは、Dクラスの人とのバトルはこの位にしましょう。
当方は、気持ちを変えて、上記の知恵袋の登場人物で、カルプ・トリプルセブンさんに注目してみました。
その方の自己紹介ですね。
カルプ・トリプルセブンさんは、秀逸なる回答者が獲得できるカテゴリマスターです。
2009年01月31日より、知恵袋に参加され、今もご活躍のようです。
ご専門は、農学、バイオテクノロジー
とのことです。
自己紹介では、「世界一の生命科学の専門家と自称できるように目指します」と書かれています。
さらに以下のような方です。
＞生命科学、教育大好き。
お料理と家計に役立つ経済(的なこと?)が大好き。
＞貧乏ですけど、寄付もしますし、ボランティアもします。
それと同じで自分の知識の未熟さは知っていて、たまにポカな回答もしますけど、それでも自分の持っているものの何かが誰かに少しでも役立てばうれしいです。
・・・
＞世界中のどの教授よりも回答に納得いただけるように優しくご説明するように心がけています。
すでに、教授の肩書をお持ちのようです。
そして、知恵袋でのご業績は以下です。
＞ナイス数 1,602件
＞ベストアンサー率 67.54%
＞回答総数 7,908件
＞削除 3件
一部、カルプ・トリプルセブンさんからの回答を拝見しました。
知識が広く、腸内細菌の専門家なのでしょうか？いづれにしろ、生命科学全般の知識が深いです。
一般人が、勉強する価値があります。
しかし、問題がないわけではありません。
たとえば、ヨーグルト作製の話にもかかわらず、うんこから菌を取ってくる！などと、刺激的表現をします。
そして、初歩的な方と思われる一般人の質問に対し、丁寧に回答する場合もあるものの、突然の高いハードル回答で返しているのがあります。
なるほど、なるほど、そういう人なんだなとわかります。
ご自身の実験がうまくいっていて気持ちに余裕があると、やさしい気持ちになり、トラブル続きだと、怒りを回答にぶつかるのかもしれません。
とにかく、カルプ・トリプルセブンさんは、以下のようなことを書く方だから、理研内部の方かもしれませんね。
＞つまり、ムーミンちゃんがすっぽん亀さんにそのOct4-GFP ESがきちんと生えるか、STAP産生条件でいっしょに入れてみようね、と言われて入れた対照プレートのラベルの取り違えをしちゃって、みんなにびっくり誉められてその後それを言い出せず、混ぜるようになっていたら、全ての事件が説明できますし、もうアウトですよね。
どうして、カルプ・トリプルセブンさんは、知識ある方なのに、時に初心者をバカにし、おちょくってしまうのでしょうかね。
やはり、ご自身の知識を誇ってしまうのでしょうか？これでは、あのやっぱりさんと同じになってしまいます。
やっぱり、研究者が陥りやすい落とし穴なのでしょうか？
カルプ・トリプルセブンさんは、今後は、まともに、やさしく正しい事実を一般人に教えてあげてほしいですね。
おちょくりや画策はだめですよ。将来、科学だけでなく、社会的に一流の教授にはなれませんから・・・。
カルプ・トリプルセブンさん 2020/10/20 19:12
＞JM109が、これでどれぐらい元々の大腸菌(オオカミ)から品種改良されたミニ・プードルみたいな存在かわかってもらえましたでしょうか。 でもミニ・プードルは生まれながらにあの、毛の形ではなくて、刈込をされてあのかわいい姿になっているのです。JM109のいっしょ、いっしょ。コンピの処理をしなければ使えません。
ここまでくると、ジョークを通り越して、おちょくりですね。
とは、一旦書いたものの、カルプ・トリプルセブンさんの文章はわかりやすいので、勉強させてもらっています。
ベストアンサー
カルプ・トリプルセブンさん
2019/5/31 23:22
＞リボソームにアミノ酸を運んできたのがアミノアシルtRNA。
これをよいこいしょと前のtRNAから作られつつあるアミノ酸の数珠であるペプチド鎖を受け取って、次の運び屋さんがやってくるまでペプチドと結合しているtRNAがペプチジルtRNAです。
これが概念の差です。
だからアミノアシルtRNAよりペプチジルtRNAは分子量が大きくなったり、ペプチドがついてより親水度が下がった状態になるので、ペプチジルtRNAはカラムクロマトグラフィではしご上の検出パターンとなります。これが実際に見れる差です。
もちろん核酸部分を外せばペプチジルtRNAのほうでは数珠繋ぎになったアミノ酸、つまりペプチドが検出されます。
カルプ・トリプルセブンさん2014/7/25 0:10
＞タンパクのメチル化は翻訳後修飾ですが、タンパクのメチル化による発現調節は転写レベルです。
タンパクがメチル化で働きが変わることに注目するのなら、発現調節と呼ばずに機能調節と呼びます。
カルプ・トリプルセブンさん 2020/3/28 13:59
＞A/Tの多い配列はDNAの立体構造上負の超らせん構造をとりやすいからです。
負に超らせんのねじれがかかっていると少しひねっただけで簡単にほどけます。具体的には熱力学的な立体構造の平衡状態で一本鎖になりやすいです。その後にiwa********さんがおっっしゃっているようなA/Tだから水素結合がGCより少ないので外れやすいと現象が大切となります。A/Tに富んだ配列に得的に結合する複製装置のタンパク質があるので本鎖構造が安定となります。
つまり、立体構造、水素結合数、特異的結合タンパク質が存在という３つのしくみがあるためにATに富んだ構造が必要となります。
カルプ・トリプルセブンさん 2022/1/21 2:02
＞発酵で得られるのは・・・
1.大豆主成分
一番多いのはもともと大豆食品成分としてはあるのだけれど、煎り豆、煮豆としては消化吸収効率が悪いものが一番です。
特に大豆が固い状態でしたら、でんぷん、タンパク質、びたみんなどの全ての栄養成分が私たちの体で吸収されにくかったり、吸収スピードが遅くなります。このことでデメリットやメリットが生じます。発酵のメリットは栄養成分が素通りしちゃう率が減ること。デメリットはグリセミックインデックスが煎り豆より早めに上がりメタボの人の血糖値コントロールにはその分損なこと。
2.大豆分解物
次が微生物が分解してできるもので栄養物になるものです。タンパク質やポリグルタミン酸からアミノ酸ができます。これで旨味が増します。
3.微生物生産物
微生物が作るもの。特にビタミンのうちのパントテン酸とビタミンK。ビタミンKは腸内細菌も作るのでほとんどの成人は納豆からの接種は必要ないですけど。
1150852039さんからの質問 2022/5/15 22:31
OT-Iマウス、SIINFEKLとはなんですか、？
分かりやすく説明してくれると嬉しいです、、
へのカルプ・トリプルセブンさんの回答です。
ベストアンサー
カルプ・トリプルセブンさん
2022/5/16 22:31
＞SIINFEKLはオリゴペプチドです。
その各文字は一文字アミノ酸表記法で示したアミノ酸残基です。
この配列、SIINFEKLはオボアルブミン（OVA)の配列のものでオボアルブミンでマウスを免疫する時によく利用される一番中心の配列、つまりエピトープに当たる部分で、この配列をもつオリゴペプチドさえ与えれば免疫細胞が応答します。
OT-Iというマウスは、このOVAの一部SIINFEKLを認識できるようにTCRを遺伝子組み換えで改変したマウスの一種です。
OT-IはそのOVA拘束性免疫応答マウス群のうち、CD8+T細胞(MHC-I拘束性です)だけがOVAのSIINFEKLを認識できるようにしたものです。
このマウスを使えばCD8+T細胞の免疫応答、つまりCD8+T細胞がもっぱら行う細胞傷害性やIFNγを中心とした免疫情報伝達などがどんなかたちでいろいろな免疫応答で働いているかをCD8+T細胞を特異的に、しかも強力に刺激できるのでかんたんに調べることができるんです。
強力に、というところでは、普通のマウスはいろんな抗原を認識できるようにいろんな遺伝子組み換えをリンパ球で自分自身でしているのですけれど、遺伝子組み換えによってOVA拘束性マウスはの特定の細胞種、OT-Iの場合はCD8+T細胞がすべてこの改変TCRの遺伝子を持つのですからCD8+TのほよんどがOVAに反応すると強力な免疫応答引き起こせるのです。
そこが現実の生理現象を反映していない間違った結果を与える部分でもあり、便利な部分でもあったりして、何を調べたりのかに応じた賢い利用方法が求められるものです。
以下のような回答をみても、カルプ・トリプルセブンさんの発想は自由です。
わざわざ、遠いものを探して、”たとえ” としてもってくるんですよね。
非公開さんから、以下に質問に対して 2022/2/23 19:01の、カルプ・トリプルセブンさんの答えです。
プロテアソームとペプチターゼ
の最大の違いってなんですか？
カルプ・トリプルセブンさん 2022/2/24 1:58
＞どちらもタンパク質分解に関わりますけれど、プロテアソームは複数のタンパク質からなるひとつの系(システム)で、ペプチダーゼのほうはひとつのタンパク質の種類を指す言葉です。
ちょうどプロテアソームがごみ焼却場や公共交通機関に当たる言葉なら、プロテアーゼは焼却炉や大型車に当たる言葉です。
プロテアソームでは分解するタンパク質にユビキチン鎖が目印としてつけられて壊されます。その目印をつけるタイミングやどのタンパク質に目印をつけるかのまた別の系がこのプロテオソーム系の前にあります。そしてプロテアソーム内では壊されるたんぱく質はペプチダーゼで分解されます。
ペプチダーゼはペプチド鎖を切断する酵素の総称です。小さなペプチドを分解するものからタンパク質を分解する酵素(プロテアーゼ)までいろいろあって、プロテアソームのほか、さまざまな場面と時で様々な種類が異なる働き、同じ働きを種類によってしています。
ID非公開さんからの2021/12/30 3:37からの以下の質問の答えです。
うんちをするとき、大人になった今でもごくまれに赤ちゃんのうんちのにおいがすることがあるのですが、なぜですか？
ベストアンサー
カルプ・トリプルセブンさん 2021/12/30 4:09
＞乳製品、特に牛乳を過剰に摂取した時ではないでしょうか。
基本的に大人の糞便の臭いを作る主な細菌はバクテロイデス目とクロストリジア目の細菌で、おっぱいで増える乳酸菌である乳酸菌目とビフィドバクテリアは少ないです。でも乳糖などの乳製品に多い多糖を与えてあげると増えます。
このほか、大人の糞便の臭いが作られるしくみは、私たちの吸収できないとか、しきれなかった食物成分をバクテロイデス目とクロストリジア目が食べることで臭いの成分、主に含硫黄、含窒素の揮発物質群が作られますから、腸内での代謝の時間がない、下痢気味の時などでは発酵が間に合わずに、乳酸菌の多く棲む小腸部分の成分がそのまま糞便にきます。ほかにも腸炎、過敏症などの病気と関わる状態でも起こります。
nafijawoifwaさんから 2021/10/3 18:44の以下の質問に対する
ストレスと腸内環境の研究にバイオインフォマティクスはどう利用していくことができますか？志望理由で必要なので、もし可能であれば教えていただきたいです。
2021/10/4 3:13
＞現在、腸内微生物叢とストレスの研究にはバイオインフォマティクスはもっとも欠けない研究手法となっています。
具体的にはバイオインフォマティクスは次世代シーケンシングの膨大なデータを利用した、ゲノム解析、16rRNA遺伝子、メタゲノム・メタトランスクリプーム解析、さらに複合オミクス解析に必須となっています。はっきり言って、できない人は腸内微生物叢のまともな研究者ではないと言っていいぐらい必須のテクとなっています。
なので手法としてはストレスと腸内環境の関係を調べる一般的方法になっているわけですから、むしろその解釈に重要なストレス、腸内環境の解析に必要な基礎知識、つまり医学の基礎知識、さらに言うと微生物学、神経、消化、免疫について基礎知識があることが利用に繋がります。
単純に技術ということでしたら、普通はより包括的な解析をしていくために様々なデータベースなどの既知の知識を、実際のストレスと腸内環境の知識から離れて総合して俯瞰するようなことをします。
こんなかんじでバイオインフォマティクスは利用されています。
2021/10/4 3:20
２点、忘れていました。
腸内のもうひとつの環境、宿主側もRNASeqなどのオミクス解析に必要となっています。
これらの腸内のようすを調べるバイオインフォマティクスの利用は医学部ではなくて、医学部大学院で習うことです。大学院は医学部の人以外も入ります。特にバイオインフォマティクスの分野は。なので、高校進学ということでしたら、理学部、工学部、理工、薬学、農学など広い分野から大学院を受験して活躍されていらっしゃいます。ストレスと腸内環境の研究に必要となる手法そのものは３ヶ月もあれば学生さんでも覚えます。大切なのは上に書いたその他の知識です。
学とみ子（黒字）から：バイオインフォマティクスをやっていた若い研究者たちの中には、先輩たちが唱えた ESねつ造説 をそのまま信じてしまった人がいたのでしょうね。
理研内の一部のバイオインフォマティクスをやっていた遠藤氏のようなシニア研究者は、ESねつ造説を信じていただろうから・・・。
mr.pomupomuprinさん 2022/2/2 20:02からの以下の質問に対するカルプ・トリプルセブンさんの答えです。
＞真核生物と細菌の翻訳機構について、翻訳開始時の相違点を教えてください！！
できれば解説もお願いしますm(_ _)m
ベストアンサー カルプ・トリプルセブンさん
2022/2/2 23:22
＞こんなところがちがいます（＊＊＾▽＾＊＊）
1.翻訳開始のタイミング
細菌では核膜がないので、翻訳開始は転写集結を待たずに翻訳と転写が同時に行われます。だから翻訳の様子を見ながら転写を調節するしくみがある一方、核膜がある真核生物では核膜があるので転写調節因子の核内移行での転写レベルでの調節ができます。
2.翻訳開始コドンの配列
真核生物ではAUGが開始コドンです。わずかにCUG。細菌ではAUGに加えてGUGやUUGが利用され、GUGはとても一般的でAUGよりも翻訳開始効率が悪い翻訳開始コドンとしてタンパク質を作る量を決めるということをします。１つのオペロンのmRNAから違うタンパク質を違う量作るのに使っています。
ちなみに真核生物ではもともと細菌由来だった葉緑体での翻訳開始もこのルールに従います。ミトコンドリアの場合はさらに進化していてゆらぎ度の高い翻訳開始コドン認識を行い、翻訳開始コドンの配列がさらに違います(生物種で異なります)。
3.翻訳開始できるリボソームの結合箇所の数
細菌では１つのオペロンのmRNAから違うタンパク質が複数翻訳することができるのに対して、真核生物mRNAからは原則一種類のタンパク質のみを翻訳されます。これは真核生物のmRNAが翻訳開始するにはまずｍRNAの一番上流のキャップ構造が認識されるのに対して、細菌ではリボソームにある16S rRNAとmRNA上の相補的な配列(シャイン・ダルガーノ配列)で結合してそのそばに翻訳開始コドンがあれば翻訳開始するのが、ひとつの翻訳開始方法です。
だから細菌では2に書いた翻訳開始コドンの配列での調節に加えて16S rRNAとシャイン・ダルガーノ配列とのマッチ度でリボソームがどれだけ結合するかどうかが決まることで１つのオペロンのmRNAから違うタンパク質が違う量できるのに使われています。
4.リボソームのmRNA翻訳逆方向の横滑り
一旦リボソームは結合して翻訳開始したら細菌も真核生物もmRNAの5'→3'の正方向へと翻訳をして、終止コドンきたらそのタンパク質の翻訳を止めます。そこで真核生物は普通はおわり。でも細菌はリボソームが離れる前にその終止コドンの前後に翻訳開始コドンがあると低効率で次の別のタンパク質を翻訳、合成を始めることができます。つまり、この２番目のタンパク質を作る時に16S rRNA/シャイン・ダルガーノ配列の結合を必要とせず翻訳を開始できるんです。
このUGAなどの終止コドンの最後のAが次のタンパク質の翻訳開始コドンAUGのAとオーバラップをしている場合もあります。そろどころかUGAのUGがAUGのUGとオーバーラップしていることが真核生物にはある、つまりmRNAの翻訳方向からみて逆行して次の翻訳開始をすることができるのです。
これも細菌で１つのmRNAから異なる量の複数のタンパク質を作るのに必要な一般的なしくみとして働いています。
5.tRNA
真核生物では翻訳開始に利用されるtRNAはメチオニン(Met)のtRNAです。一方、細菌ではフォルミルメチオニン(fMet)のものです。なので、細菌のタンパク質のN末端側は最初はフォルミル基で修飾されています。あとでとられたりもしますけれど。
ちなみに、私たちの免疫はこのN末端がフォルミル化されたタンパク質を持つのは細菌だけというのを利用して私たちの体に細菌が感染したかどうかを見つけるっていうことをします。
特に酸素ラジカルの発生は私たちの生きていく上で大切で、好中球が私たちの体を消毒するのに重要な役割を果たしていますが、fMetを持つタンパク質を見つけて酸素ラジカルを作ります(呼吸爆発っていいます。自爆テロみたいに細菌を殺すのでかなり自分たちも死んじゃいます)。
まだまだ違いがありますけれど、これらが特に大きな差です。
2022/2/2 23:26
訂正：転写集結→転写終結
誤変換ごめんなさい
ns9yns3w5634ewutさん 2022/3/15 11:13から、以下の質問です。
＞サイトメガロウイルスプロモーターが組み込まれているpcDNAを使うんですけど、
サイトメガロウイルスプロモーターってどういう機能がありますか。
ベストアンサー
カルプ・トリプルセブンさん 2022/3/15 19:34
＞CMVプロモータは哺乳類系で働く、とても強力なプロモータのひとつなので、哺乳類細胞でタンパク質を過剰に発現させたい時に使います。
基本的にはどんな細胞でも、どんな時でも発現させるので恒常的発現プロモータとして利用されることが多いです。でも実際にはAP-1やNF-κB活性化を通して炎症刺激や細胞周期などに応答して最大数倍程度は強く発現したりします。
なのでもう少し恒常的高発現にこだわりたい時にはEF1αプロモータなどを利用します。逆に恒常的にだらだら発現しちゃわないようにするためにはCMVプロモータではなくて誘導性のプロモータや転写抑制のしくみを入れた系での他のプロモータでの発現系を用います。
カルプ・トリプルセブンさん 2022/3/15 19:37の答えです。
＞ちなみにpcDNAのCMVプロモータは意外と大腸菌でもタンパク質を定例ベルで発現させてしまいます。だからキナーゼ, ATPase, 膜タンパク質などの酵素の場合は大腸菌内で毒性を示すこともたまにあるので、ORFに変異が入りやすいベクターのひとつです。コロニーは必ず大小異なるものを拾ってプラスミド調製して最終的なシーケンシングでの確認に送れば、確認したら点変異でダメだったよーん、しくしく、というタイムロスをせずにすみます。
カルプ・トリプルセブンさん
2022/3/15 19:38
訂正：定例ベル→低レベル。ごめんなさい。
esr********さんから 2020/8/26 21:43 以下の質問です。
＞pcDNAとは何ですか。またpcDNA3.1とは何ですか。
ベストアンサー
カルプ・トリプルセブンさん
カテゴリマスター 2020/8/27 2:39
＞pcDNAとは、Invitrogenという会社(現在Thermo-Fisherの傘下)が作った一連の哺乳類細胞発現様プラスミドシリーズの総称です。
pcDNA1→3とバージョンがアップしました。プロモータは強力なCMVを持っていて、マルチクローニングサイトを様々な遺伝子をCMVプロモータ下において大量にタンパク質を作らせることができます。さらにSV40 oriを持っているのでSV40 T抗原存在下ではプラスミドは複製されてまるで大腸菌の中の大腸菌発現ベクターのようにもうmRNAを作る鋳型の数のレベルからしてさらに多く発現できる強力なプラスミドです。pcDNA3.1はpcDNA3のマイナーバリエイションの１つです。たしか制限酵素部位がちょっと違っていたはず。
さらにT7, SP6プロモータという強力なプロモータを5'、3;側にそれぞれ持つので、T7, SP6 RNA合成酵素を用いて、in vitroで大量に正方向、逆方向のRNAを大量に作ることができ
正方向の場合はin vitro翻訳系と組み合わせることで大量にin vitroでもタンパク質を作れるというスグレモノのベクターでした。
その後、このpcDNA, pSMV-SPORTシリーズはどんな発現ベクタでもどんどん組み込んでいけるユニバーサルシステムのプラスミドシリーズへと発展していくのですけれど、その１つ前の世代のプラスミドです。
ちなみに最初のpはプラスミドのpで、プラスミドの名前には最初につけることになっていて小文字で書くことになっています。あとの後ろの部分は適当に名前をつけていいことになっています。
最近の文系傾倒的作品です。
son********さんが、2022/5/12 18:52に以下を質問していますが、それに対する答えです。
野性動物は人間に生まれ変われますか？
ベストアンサー
カルプ・トリプルセブンさん 2022/5/12 23:17
＞はい、基本的に難しいですけれど生まれ変わると東洋ではされています。
転生をご宗旨の中心に取り入れているのがヒンズー教や仏教です。
野生動物も仏教では六道に体系化された輪廻転生と功徳の関係で説明されています。
畜生道を含めた人間道以外の存在も、業が尽きる、転生前を思い出して功徳を積むなどをすれば別の道に転生できると考えられています。
つまり野生動物でもいいことをしたり、転生前に人であることを思い出して罪を償う行為をすればまた人間として転生できる、というシオリーです。
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