こんがらがった話を、整理するためには、独学しかありません。
2022/08/12
体内時計さんが書いてますね。体内時計さんの意見は紫字とします。
2022年8月12日 10:21
久しぶりに学とみ子氏からコメントをいただいたのでお返事したいと思います。
https://katura1.blog.fc2.com/blog-entry-1887.html
＞学とみ子さんが捏造者だとして、その捏造したツールに自分の筆跡があるものを残しますか？あり得ないでしょう？
見た目での筆跡というのは、こうした事件性のある状況では、参考にならないのでは？確定が難しいです。
筆跡を似せて書くことは可能だし、ラベルの貼り換えることも可能です。
ある人が書いたラベルを、他の人が他の目的に使うとかなど、いろいろありますね。
小保方氏も含め、皆がだまっているのだから、話題にしても意味ないです。
＞「科学が必要」と考えるのであれば、小保方氏がデータを出さないことをスルーするのは何故でしょう？いくら論文を読んでもデータが本物か出鱈目かもわからないのですが。
STAP論文に、デタラメな記載なんてないですよ。
見るからにねつ造論文だという巷の声もありましたが、見るからにねつ造なんて記載は無いですよ。
皆、真面目にとりくんだけど、実験者が気付かないところでミスがあったらしいということでしょうね。
そいうことを、体内時計さんはわかりますか？
”小保方氏はデータを出さない”の疑惑は、ずーと平行線ですよね。
なぜ、小保方氏がデータを出さないのか？謎ですね。
学とみ子の考えは、酸浴実験以後は、小保方氏が責任者として実験を担当してないと思いますよ。
ESが混じる前の作成直後のSTAP細胞を扱った実験は、小保方氏が担当したと思います。
少なくても、酸浴実験と初期化蛋白の合成確認は、ねつ造判定はありません。
彼女の仕事は、きちんとやれています。
その後の実験の実態が不明ですね。
そして、酸浴実験以後の実験を主体的にやったのは誰なのか？を、桂報告書は公開しませんでした。
幹細胞、キメラ実験は、小保方氏が主体ではないですよ。
これらは、ES細胞の性状に熟知し、その扱いに慣れた人たちの実験だと思いますよ。
小保方氏は、メチル化実験も、若山研究室の指導でやってますから。
これは学とみ子の想像ですが、幹細胞、キメラ実験は、小保方氏の主体の実験ではないとの証拠を、小保方氏は、講談社に出していると思います。
若山研究室から訴訟された場合、講談社は、言論の自由を主張するのと並行して、小保方主張の正当性に関連する物的証拠を示すのではないかと思います。
＞また、「学生」さんのような専門家と思われる方の意見を聞こうとしないのは何故でしょう？
学生さんは、専門家ではありませんよ。
学生さんって、本当は誰なんでしょうね？
一言居士も変に逃げているから、学とみ子は学生さんに関わりたくないと考えましたね。
学生さんは、学とみ子の主張を理解していないようですよ。
学生さんと学とみ子の両者のやり取りを、体内時計さんはフォローできないみたいですね。
＞学さんの言う「科学」とは、小保方氏がES細胞で捏造していない可能性を見出せる科学でしょ？小保方氏にとって不利になる科学や専門家の意見には耳を傾けようとはしませんよね。そんなのは科学でも何でもありません。宗教です。
学とみ子は、無神論者だし、わざわざ、宗教などを、ブログに書きませんよ。
学とみ子文章が間違っている時は、学とみ子の科学理解が間違っている時です。
SNP解析などは、桂報告書を学とみ子が何度も読んで理解したにすぎません。
学とみ子が科学的間違いに気付けば、誠意をもって訂正します。
誰かが当ブログへ学とみ子間違いを指摘にきて、学とみ子も、「なるほど、間違っていた！」となれば、すぐ直します。
間違い指摘が、正当なものか？デタラメなものか？学とみ子にはわかります。
当ブログへ注意をしに来た人が、研究者か？そうでないか？は、学とみ子にわかります。
宗教だと思うところが、体内時計さんに科学が無いということなんです。
STAP疑惑を理解するのがそんなに難しいですか？これだけ、説明しているのに・・・。
＞ため息さんの
「細胞株を解凍して利用するときは当然培養増殖して使うでしょう。解凍したものをそのまま使うとは考えにくいです。さらに使う可能性を考えると増殖させてキープするでしょうね。とすると冷凍庫に残したサンプルは、親となる培養株を分けて保存したものと考えるのが当然です。という意味で129/GFP ESそのものを混入させた・混入したというより、混入させた・した細胞株を分けた細胞株が129/GFP ESであったと考えるのが普通だと思います。」
https://nbsigh2.com/?p=23212#comment-19715
このコメントで説明が付くと思います。
これって、説明になってますか？
解凍した細胞を使うとか、ストック分を使うとか、全く関係ないですよ。
この説明では、科学になってないから、学とみ子には通じないのだと思います。
ため息さんが、いろいろ問題点を教えてくれると思いますよ。
突然変異を起こした細胞が1個から増えていくということを考えてはだめと、ため息さんに注意しましたから、ため息さんも理解したでしょう。
1箇所の塩基の突然変異が生じた細胞が、まわりの何万個という細胞と、どうかかかわり（やっぱりさんによる赤玉、白玉の説明ですよ）、細胞継代で、全体細胞の塩基変異がどう蓄積していくのを考えます。
＞ため息さんが仰っているように、私も小保方氏の冷凍庫に在った”129/GFP ES”は直接捏造に使われていないと思います。
ESねつ造派学者は、STAP実験では、FES1が混じったことにしたかったのです。
ため息さんは、かなりわかっていると思いますが、正解を避けて、あえてごまかしているかもしれません。
でも、もしかすると、本当にわからないということかもしれませんけど・・・。
ごまかしている理由として考えられることは、ため息さんは、FES1が混じった事にしたいからです。
ところが、ESねつ造説に反対の立場の理研の学者グループは、FES1でなく、”129/GFP ES”であることを、NGS解析で確かめました。
理研の調査グループは、ES混入ミスを早くから疑っていました。
NGSを使わないと両者の区別ができないということが、体内時計さんに理解できますか？
ため息さんですら、NGS解析と、NGS以前の解析法の、違いについて、しっかり区別できていないんですから・・・。
（もちろん、今のため息さんはすでにマスター済になりましたけど・・・）
ため息さんは、これからも、”129/GFP ES”が混じったとは言わないでしょうね。
もしため息さんが、わかっていてもわかっていないふりの演技をしているのだとすると、いずれ、ぼろがでるでしょうね。
ため息さんの演技力が破綻して、学とみ子から、「ホラ、はっぱりわかってるじゃないの？」とバレるかもしれませんね。
その時、体内時計さんは、ため息さんにだまされているのを知ることになります。
＞例え話ですが、以前、カスピ海ヨーグルトというのが流行っていたと思います。我が家でも母親がご近所から種（Aとします）を分けてもらい家で発酵させて作っていました。大量にできるのでいくつかの容器に分けて保存（Bとします）していたのですが、残り少なくなったころ、母親は自分で発酵させたカスピ海ヨーグルトをさらに増やし（Cとします）、一時期冷蔵庫がヨーグルト一杯になっていた記憶があります。ここで言うAはFES1だとすると、Bは捏造に使われたES細胞、そしてCが129/GFP ESだと私は理解しています。理由は色々ありますが、ここでは書きません。また、この推理だと和モガ氏の近縁率説も説明できるかと思いますが。
乳酸菌というのは、多数の種類があると思います。どの位の精度で純粋菌種を維持しているのか知りません。
メーカーでは、純粋種の維持に努力していると思いますが、そうでない場合は、別の乳酸菌がコンタミするとかのリスクもありますね。
いづれにしろ、学とみ子は詳しくないです。
一方、実験マウスの幹細胞は1種類の遺伝子パターンなので、SNP解析が可能になるのです。
ため息さんのこうした以下の説明を聞くと、やはり、わかっていないのかな？と思いますね。
＞「幹細胞作成過程で、129/GFP ESが混入し」その後「さらに培養された後、凍結した」だったら、現実に冷凍庫に凍結保存されていたのが「129/GFP ES」なわけですから、その前の「幹細胞作成過程で混入したのは129/GFP ESの親の細胞」ということでしょ。繰り返すとこの学とみ子の推測は「129/GFP ESの親株の細胞」が幹細胞に混入し、子株の129/GFP ESが凍結保存されていたということですよね。つまり、「129/GFP ESの親株の細胞」というのは当方の図の細胞Aではないですか。意見が一致しましたな。
何か、見当はずれです。
培養細胞において、親細胞から娘細胞への1代の変化では、塩基変化は記録されないですよ。
だからこそ、FES1から、「129/GFP ES」までには時間がかかるという話なんですよ。
学とみ子が、「幹細胞作成過程で、129/GFP ESが混入し」その後「さらに培養された後、凍結した」と言ったのは、幹細胞と129/GFP ESの間の誤差範囲かもしれないような微細な塩基変異の理由を考えたからです。
細胞を何代も継代をしていると、1箇所、2箇所と塩基変異が蓄積してくるのです。
幹細胞と、129/GFP ESの塩基構造には、差異がほとんどないので、幹細胞には129/GFP ESが混じったと考えられたんです。
129/GFP ESが、幹細胞混入の前に凍結されたか、後で凍結されたかは、わかりません。
もちろん、作った人はわかりますが、その人はだまっているのです・・・。
ため息さんです。
＞混入したのは129/GFP ES細胞ではなく、その前の親株であるA細胞である
こういう考えをしても良いですが、FES1からA細胞になるまでに時間がかかる（恐らく年単位）との事実が重要なんです。
ため息さんです。
＞「培養増殖の過程がわからないからこの変異量と小保方氏滞在期間との関係はわからない、桂調査委員会も問題にできなかった」
培養増殖は関係ありません。培養ごとに、1個単位で塩基の突然変異が起きますが、多くは、細胞全体塩基を変えるまでには至りません。ですから、変異細胞が数を増やして、培地の多くを占めることが必要になります。継代培養で、運よく広がることができれば、やがて培養細胞全体の塩基も変異します。ため息さんは、ここのしくみがわかっていないのだと思いますよ。
25億対（すみません、3億は間違いでした、一言居士さんから指摘され、訂正します）の1の確率で起きた変異箇所ですから、２細胞間でその変異場所での塩基を共有していれば、同じ細胞同士であると言えるようになります。
共有する塩基の数が多ければ多いほど、同じ細胞である精度が高くなります。
元の細胞から時間をかけないと、変異蓄積しないことを、ため息さんは理解できましたか？
小保方氏が在籍して1-2年では、FES1から129/GFP ESへの塩基変異が蓄積しないのもわかったよね？
ため息さんは今まで理解できていなかったのですが、そろそろ、理解するようになってください。
そして、体内時計さんも教えてあげてくださいね。
体内時計さんは、ため息さんの説明が正しいとおもってしまう人だから。
一方で、以下はため息説明は、何を言っているのかわかりませんよ。こういうケムにまくような説明をしてはいけませんよ。
なにより、ため息さん本人が書いていて、よくわからないと思いますよ。
でも、できる学者ぶっているんでしょうね。
意味がわからなくても、賛同していくれる人のいる環境って怖いです、
＞「細胞株を解凍して利用するときは当然培養増殖して使うでしょう。解凍したものをそのまま使うとは考えにくいです。さらに使う可能性を考えると増殖させてキープするでしょうね。とすると冷凍庫に残したサンプルは、親となる培養株を分けて保存したものと考えるのが当然です。という意味で129/GFP ESそのものを混入させた・混入したというより、混入させた・した細胞株を分けた細胞株が129/GFP ESであったと考えるのが普通だと思います。」
ため息さんです。
ため息さんのSNP解析の理解は進んだのかな？
でも、ため息さんは、129/GFP ESが混じった事実は認めないとおもいますね。
129/GFP ESの性状を知っている人がいるというのは、ため息さんにとって困るのでしょうね。
結局、理研の調査チームに、129/GFP ESの性状を暴露され、どんでん返しをされたのに、それを理解できるような科学力をため息さんは持ちませんでした。
どんでん返しをされたという意識も希薄なんでしょうね。
理研の調査チームは、秀才だから、わかる人だけわかれば良いとして、丁寧な説明をしていませんからね。
ため息さんには、ハードルが高かったでしょう。
以下のため息文章2022年8月12日 17:10を見ると、すべての疑惑の責任を小保方氏一人に押し付けようとするESねつ造学者の策略がミエミエです。
桂報告書にも、ESねつ造派の魔の手が及んでいたんですからね。
まあ、ため息さんは、こんな風に言ってます。
＞桂調査委員会報告書には「最終的に論文の図表を作成したのは小保方氏」「STAP幹細胞、FI幹細胞、キメラマウス、テラトーマなどについて、作製後の解析を行ったのも大部分が小保方氏」とあり小保方氏はこれを否定していません。どうして学とみ子は根拠のないデタラメを書くの？
＞「酸浴実験以後の実験を主体的にやったのは誰なのか？を、桂報告書は公開しませんでした。」 ← 同上。小保方氏がやったと書いてあります。
後から、いろいろデータを変更した結果、矛盾する箇所が出てきて、やれ図がおかしいとか、実験結果が無いとか、それらはすべて小保方氏のねつ造と無能に帰されたんですね。
これからも、ため息さんは、STAP論文をデタラメと言い続けて、ため息ブログメンバーも、STAP科学が理解できないまま、小保方バッシングを続けていくのでしょう。
ため息さんです。
＞学とみ子文章が間違っている時は、学とみ子の科学理解が間違っている時です。…学とみ子が科学的間違いに気付けば、誠意をもって訂正します。」 ← 嘘つきめ。間違えていると指摘しているのに無視しているのは誰だ。
ため息さんがしかるべき専門家であると、学とみ子は思っていません。
他の外野の方たちもそうだと思いますよ。
ため息さんです。
＞「突然変異を起こした細胞が1個から増えていくということを考えてはだめと、ため息さんに注意しましたから、ため息さんも理解したでしょう。」 ← そんな説明は聞いてない。何処でした？どの記事？例えば、１個の細胞から増殖させることは可能なのだから、そのような培養を行えば１個の細胞でのDNAコピーエラーはその細胞株に共通のSNPになるとはいいましたよ。
細胞をひとつひとつにわけて培養していくと、塩基変異がある細胞は、増えるたびにその変異を持つ細胞となります。つまり、変異が広がっていくと、ため息さんは言いましたよね。だから、学とみ子は注意しました。培養中の細胞集団では、そういう風に1個、1個の細胞を離して別ウエルで培養するわけではないから、細胞集団の相互作用で、細胞の塩基変異が受ける影響を考えなくてはいけないよ！と、学とみ子は注意しました。1個1個培養したら、同じ塩基構造が増えるだけですからね。
ため息さんです。
＞「ため息さんは、FES1が混じった事にしたいからです。」 ← そんなことは言ったたことがありません。細胞Aあるいは細胞Aからできた細胞が混入したのであってFES1が混入したとは思っていません。
FES1由来細胞でも何でもいいですよ。間違いではありません。大事なことはそこではなくて、FES1からできた二代目、三代目の細胞と、何十代も経過したFES1由来細胞では、塩基変異の様相がちがうということを理解すれば良いですよ。
その違いは、細胞のできた順を反映するということです。
＞「ESねつ造説に反対の立場の理研の学者グループは、FES1でなく、”129/GFP ES”であることを、NGS解析で確かめました。」 ← 嘘を書かないでください。どこにそんな記述があるのでしょうか？学とみ子でも129/GFP ESの元になった細胞が混入したといっているではないですか。
129/GFP ESの元でも、129/GFP ESの先でも、どちらでも同じですよ。
同じ細胞から派生した株であれば、それぞれの細胞で生じた塩基変異は、できた細胞順を反映します。
＞「ため息さんは、これからも、”129/GFP ES”が混じったとは言わないでしょうね。」 ← 言わないですよ。学とみ子も「129/GFP ES”が混じった」とは言わないのでしょ？「細胞Aのショック」はもう忘れたの？学とみ子が当方の図が正しいと解説した話だよ。１０日ほどショックで寝てたでしょ。
学とみ子が10日間も、ブログを書かなかったことがあったけ？
学とみ子は、「129/GFP ES”が混じった」とは言ってきます。129/GFP ESの成り立ちを知っている人も、小保方周りにいました。
一方で、細胞Aは、ため息さんの頭にあるだけの細胞で、STAP細胞の説明に必要なものではありません。
細胞Aって、なんのインパクトも無いです。
体内時計さんです。
＞STAP論文にデタラメな記載があるとは書いていません。データが本物か出鱈目かもわからないと書いているのです。
報告書にも
・論文の図表の元になるオリジナルデータ、特に小保方氏担当の分が、顕微鏡に取 り付けたハードディスク内の画像を除きほとんど存在せず、「責任ある研究」の基盤が崩壊 している
・STAP 幹細胞、FI 幹細胞、キメラマウス、テ ラトーマなどについて、作製後の解析を行ったのも大部分が小保方氏だが、その実験記録も ほとんど存在しない。本当に行われたか証拠がない（行われなかったという証拠もない）実 験も、いくつか存在する
・STAP 幹細胞やキメラについて明らかに怪しいデータがある
この様に記載されています。これはどう説明されるのですか？これが学とみ子さんが仰る「真面目にとりくんだけど、実験者が気付かないところでミスがあった」結果ですか？
以前から学とみ子が言ってますが、桂報告書には、小保方ねつ造で決着したい学者たちが影響を与えました。
学者の無知やら思いこみ、印象操作で逃げ切りろうとする学者の姿勢も、桂報告書に見えます。
理研を管理する権威ある組織が、小保方ねつ造を信じてしまったから、分子生物学会が小保方ねつ造を信じてしまったから、そうなってしまったという感じですね。
いづれにしろ、個人を切り捨て、学術界の価値観が優先されました。
体内時計さんが、「先生は、生徒に対して必ず正しいことだけを言う。」と信じているなら、その信頼している先生が間違ったり、失敗したりしてしまって起きたのがSTAP事件だと思います。科学論争に端を発し、権力抗争になりました。
騒動の火消しに向けて、学者の失敗が目立たないように、学者間の権力抗争が目立たないようにとの配慮がされました。小保方氏は配慮から外されました。
しかし、理研には笹井派、丹羽派もいるんですから、小保方氏を守ろうとする人もいます。
だから、小保方氏に有利となるような証拠も、桂報告書に盛り込んだのですよね。
キメラ・幹細胞は若山氏の実験分担であることを明記し、幹細胞作製時のES混入の可能性を書き、不審な細胞129/GFP ESの性状を知っている人がいたことを桂報告書に示しました。
体内時計さんは、桂報告書のこうした記載には注目せず、学とみ子は注目するという違いがあるのだと思いますよ。
ですから、お互いに相手を説得するのは難しいと思いますね。
体内時計さんが感想さんの説明を紹介してくれました。
これは、幹細胞がESと同じであるとの主張の一部ですね。
なぜ、これらが、学とみ子への反論と思うのでしょうか？
専門家たちからの、学とみ子説への反論と感じてしまうのは、なぜでしょうか？
以下です。
1707. 感想 2017年02月10日 09:48
> 1688. 感想
-----
残った疑問は、点変異の蓄積を、ランダムサンプリングによって評価しているとする私の見方が正しいとすると、「FES1/FLS3間での一致率は70%」というのは何を意味するのか？です。一致率が低すぎます。他の細胞株間のように、ほとんど完全に一致してもおかしくないはずです。除ききれなかった測定エラーによって、異なった塩基がいくつかある程度でもおかしくないと思います。もし、同じ細胞株からの点変異ならです。だから、もしＦＬＳ３がＦＥＳ１に由来するなら、純粋な点変異の蓄積だけを見ているのではなく、培養中に生じる何か別の過程がないと、説明が付かないと思います。
-----
すいません。以上は、間違いでした。ランダム・サンプリングという見方はおかしかったです。撤回します。やはり独りで考えていると、変な考えにトラップされてしまうようです。自分の考えを書き、また皆さんのコメントを見ているうちに、間違いだと気づきました。ゲノム中で極端に稀な点変異の生じた場所だけ見た場合に、そこで同じ点変異が７０％も生じているというのは、偶然ではありえないので、同一細胞株由来としか考えれなさそうです（この考え方はあってますでしょうか？）。
1708. 感想 2017年02月10日 09:49
（つづき）
３０％の差は、ＦＥＳ１が培養の途中に２つに分けられて、FES1a, FES1bとなり、その時点で７０％の点変異が入っており、あとの３０％が分けられた以降に入った点変異と考えればよいですね。そして、分けられた時に、細胞数が一旦少なくなる過程が入っていれば（例えばリクローニングなどの作業によって）、そこからまたＮＧＳで検出可能な変異が入りますね。そして、FES1aが調査時にNGS解析された「ＦＥＳ１」であって、FES1bに由来するFLS3と３０％の差が出たと考えることが可能です。これが、ＢＣＡ論文の「サブストックに由来」という意味ですね。また、FLS3とCTS1,129/GFP ESなど間では、途中で細胞数が少なくなる過程がなかったので、検出できるような点変異が出なかったと解釈できますね。後は、３０％に相当する変異の総数が定量的にありえる量かどうかで、（1696. L）さんの議論などを参考に考えて見たいと思います。なんとなく、ＥＳ細胞由来説でデータが完全に説明可能だと納得する日が近づいて来た気がしました。
・・・・・・
1722. L 2017年02月12日 10:30
感想さん、どうもありがとうございます。
私の認識としては、感想さんの方法と、調査委の方法は全く異なるアプローチに見えるのですが、感想さんの方法の方が、獲得変異に対する特異性が圧倒的に高いと思うので、感想さんの方法の方が信頼性が高いような印象です。結論としては、FLS3はFES1由来として良いと考えます。すっきりしました。
アプローチが異なるので、検出変異数が異なるのは当然と思いますから、ここは気にしなくて良いと思います。調査委は最初にB6/129を識別しうるSNPに限定して抽出し、そこから129ホモクラスターを除外した上で、FES1/2間で異なる塩基を選んで調べたと、私は認識してます。一方で、感想さんの解析では、SNP以外の領域（B6/129間でpolymorphismのない領域）で変異があった塩基を主に抽出しており、これは獲得変異と考えて良いと思います。欠失の解析結果と同じ結論になりますね。本当に有難うございます。
現在の雑談コーナー幹細胞とESの同一性についての議論ですが、今は、時間がないので、後にします。今は、パソコンに触れることができません。学とみ子にとって初めて読む貴重なコメント合戦なので、全てのコメント内容が貴重です。
体内時計さんです。
＞きちんと該当箇所を確認されてからにしていただけないでしょうか？
すみません。時間ができ、パソコンに戻れたら整理します。言い訳になりますが、当ブログ内容が、不正確とか、簡略化してある時は、他の仕事をしていたり、時間がない時です。
体内時計さんも、どこが学とみ子説への否定になるのかを教えてください。
お待たせしました。
学とみ子は、パソコンの前にきました。
雑談コーナーは一部だけ残し、当記事を若干の変更をして、再度、アップします。、
早朝で時間が無い時に、学とみ子はとりあえずズルッと現行版をコピペしてアップしました。
その後で、1時間位、当記事を見れなくしました。
そして、今のバージョンにしました。
ご迷惑をおかけしました。
2022年8月12日 10:21
久しぶりに学とみ子氏からコメントをいただいたのでお返事したいと思います。
https://katura1.blog.fc2.com/blog-entry-1887.html
＞学とみ子さんが捏造者だとして、その捏造したツールに自分の筆跡があるものを残しますか？あり得ないでしょう？
見た目での筆跡というのは、こうした事件性のある状況では、参考にならないのでは？確定が難しいです。
筆跡を似せて書くことは可能だし、ラベルの貼り換えることも可能です。
ある人が書いたラベルを、他の人が他の目的に使うとかなど、いろいろありますね。
小保方氏も含め、皆がだまっているのだから、話題にしても意味ないです。
＞「科学が必要」と考えるのであれば、小保方氏がデータを出さないことをスルーするのは何故でしょう？いくら論文を読んでもデータが本物か出鱈目かもわからないのですが。
STAP論文に、デタラメな記載なんてないですよ。
見るからにねつ造論文だという巷の声もありましたが、見るからにねつ造なんて記載は無いですよ。
皆、真面目にとりくんだけど、実験者が気付かないところでミスがあったらしいということでしょうね。
そいうことを、体内時計さんはわかりますか？
”小保方氏はデータを出さない”の疑惑は、ずーと平行線ですよね。
なぜ、小保方氏がデータを出さないのか？謎ですね。
学とみ子の考えは、酸浴実験以後は、小保方氏が責任者として実験を担当してないと思いますよ。
ESが混じる前の作成直後のSTAP細胞を扱った実験は、小保方氏が担当したと思います。
少なくても、酸浴実験と初期化蛋白の合成確認は、ねつ造判定はありません。
彼女の仕事は、きちんとやれています。
その後の実験の実態が不明ですね。
そして、酸浴実験以後の実験を主体的にやったのは誰なのか？を、桂報告書は公開しませんでした。
幹細胞、キメラ実験は、小保方氏が主体ではないですよ。
これらは、ES細胞の性状に熟知し、その扱いに慣れた人たちの実験だと思いますよ。
小保方氏は、メチル化実験も、若山研究室の指導でやってますから。
これは学とみ子の想像ですが、幹細胞、キメラ実験は、小保方氏の主体の実験ではないとの証拠を、小保方氏は、講談社に出していると思います。
若山研究室から訴訟された場合、講談社は、言論の自由を主張するのと並行して、小保方主張の正当性に関連する物的証拠を示すのではないかと思います。
＞また、「学生」さんのような専門家と思われる方の意見を聞こうとしないのは何故でしょう？
学生さんは、専門家ではありませんよ。
学生さんって、本当は誰なんでしょうね？
一言居士も変に逃げているから、学とみ子は学生さんに関わりたくないと考えましたね。
学生さんは、学とみ子の主張を理解していないようですよ。
学生さんと学とみ子の両者のやり取りを、体内時計さんはフォローできないみたいですね。
＞学さんの言う「科学」とは、小保方氏がES細胞で捏造していない可能性を見出せる科学でしょ？小保方氏にとって不利になる科学や専門家の意見には耳を傾けようとはしませんよね。そんなのは科学でも何でもありません。宗教です。
学とみ子は、無神論者だし、わざわざ、宗教などを、ブログに書きませんよ。
学とみ子文章が間違っている時は、学とみ子の科学理解が間違っている時です。
SNP解析などは、桂報告書を学とみ子が何度も読んで理解したにすぎません。
学とみ子が科学的間違いに気付けば、誠意をもって訂正します。
誰かが当ブログへ学とみ子間違いを指摘にきて、学とみ子も、「なるほど、間違っていた！」となれば、すぐ直します。
間違い指摘が、正当なものか？デタラメなものか？学とみ子にはわかります。
当ブログへ注意をしに来た人が、研究者か？そうでないか？は、学とみ子にわかります。
宗教だと思うところが、体内時計さんに科学が無いということなんです。
STAP疑惑を理解するのがそんなに難しいですか？これだけ、説明しているのに・・・。
＞ため息さんの
「細胞株を解凍して利用するときは当然培養増殖して使うでしょう。解凍したものをそのまま使うとは考えにくいです。さらに使う可能性を考えると増殖させてキープするでしょうね。とすると冷凍庫に残したサンプルは、親となる培養株を分けて保存したものと考えるのが当然です。という意味で129/GFP ESそのものを混入させた・混入したというより、混入させた・した細胞株を分けた細胞株が129/GFP ESであったと考えるのが普通だと思います。」
https://nbsigh2.com/?p=23212#comment-19715
このコメントで説明が付くと思います。
これって、説明になってますか？
解凍した細胞を使うとか、ストック分を使うとか、全く関係ないですよ。
この説明では、科学になってないから、学とみ子には通じないのだと思います。
ため息さんが、いろいろ問題点を教えてくれると思いますよ。
突然変異を起こした細胞が1個から増えていくということを考えてはだめと、ため息さんに注意しましたから、ため息さんも理解したでしょう。
1箇所の塩基の突然変異が生じた細胞が、まわりの何万個という細胞と、どうかかかわり（やっぱりさんによる赤玉、白玉の説明ですよ）、細胞継代で、全体細胞の塩基変異がどう蓄積していくのを考えます。
＞ため息さんが仰っているように、私も小保方氏の冷凍庫に在った”129/GFP ES”は直接捏造に使われていないと思います。
ESねつ造派学者は、STAP実験では、FES1が混じったことにしたかったのです。
ため息さんは、かなりわかっていると思いますが、正解を避けて、あえてごまかしているかもしれません。
でも、もしかすると、本当にわからないということかもしれませんけど・・・。
ごまかしている理由として考えられることは、ため息さんは、FES1が混じった事にしたいからです。
ところが、ESねつ造説に反対の立場の理研の学者グループは、FES1でなく、”129/GFP ES”であることを、NGS解析で確かめました。
理研の調査グループは、ES混入ミスを早くから疑っていました。
NGSを使わないと両者の区別ができないということが、体内時計さんに理解できますか？
ため息さんですら、NGS解析と、NGS以前の解析法の、違いについて、しっかり区別できていないんですから・・・。
（もちろん、今のため息さんはすでにマスター済になりましたけど・・・）
ため息さんは、これからも、”129/GFP ES”が混じったとは言わないでしょうね。
もしため息さんが、わかっていてもわかっていないふりの演技をしているのだとすると、いずれ、ぼろがでるでしょうね。
ため息さんの演技力が破綻して、学とみ子から、「ホラ、はっぱりわかってるじゃないの？」とバレるかもしれませんね。
その時、体内時計さんは、ため息さんにだまされているのを知ることになります。
＞例え話ですが、以前、カスピ海ヨーグルトというのが流行っていたと思います。我が家でも母親がご近所から種（Aとします）を分けてもらい家で発酵させて作っていました。大量にできるのでいくつかの容器に分けて保存（Bとします）していたのですが、残り少なくなったころ、母親は自分で発酵させたカスピ海ヨーグルトをさらに増やし（Cとします）、一時期冷蔵庫がヨーグルト一杯になっていた記憶があります。ここで言うAはFES1だとすると、Bは捏造に使われたES細胞、そしてCが129/GFP ESだと私は理解しています。理由は色々ありますが、ここでは書きません。また、この推理だと和モガ氏の近縁率説も説明できるかと思いますが。
乳酸菌というのは、多数の種類があると思います。どの位の精度で純粋菌種を維持しているのか知りません。
メーカーでは、純粋種の維持に努力していると思いますが、そうでない場合は、別の乳酸菌がコンタミするとかのリスクもありますね。
いづれにしろ、学とみ子は詳しくないです。
一方、実験マウスの幹細胞は1種類の遺伝子パターンなので、SNP解析が可能になるのです。
ため息さんのこうした以下の説明を聞くと、やはり、わかっていないのかな？と思いますね。
＞「幹細胞作成過程で、129/GFP ESが混入し」その後「さらに培養された後、凍結した」だったら、現実に冷凍庫に凍結保存されていたのが「129/GFP ES」なわけですから、その前の「幹細胞作成過程で混入したのは129/GFP ESの親の細胞」ということでしょ。繰り返すとこの学とみ子の推測は「129/GFP ESの親株の細胞」が幹細胞に混入し、子株の129/GFP ESが凍結保存されていたということですよね。つまり、「129/GFP ESの親株の細胞」というのは当方の図の細胞Aではないですか。意見が一致しましたな。
何か、見当はずれです。
培養細胞において、親細胞から娘細胞への1代の変化では、塩基変化は記録されないですよ。
だからこそ、FES1から、「129/GFP ES」までには時間がかかるという話なんですよ。
学とみ子が、「幹細胞作成過程で、129/GFP ESが混入し」その後「さらに培養された後、凍結した」と言ったのは、幹細胞と129/GFP ESの間の誤差範囲かもしれないような微細な塩基変異の理由を考えたからです。
細胞を何代も継代をしていると、1箇所、2箇所と塩基変異が蓄積してくるのです。
幹細胞と、129/GFP ESの塩基構造には、差異がほとんどないので、幹細胞には129/GFP ESが混じったと考えられたんです。
129/GFP ESが、幹細胞混入の前に凍結されたか、後で凍結されたかは、わかりません。
もちろん、作った人はわかりますが、その人はだまっているのです・・・。
ため息さんです。
＞混入したのは129/GFP ES細胞ではなく、その前の親株であるA細胞である
こういう考えをしても良いですが、FES1からA細胞になるまでに時間がかかる（恐らく年単位）との事実が重要なんです。
ため息さんです。
＞「培養増殖の過程がわからないからこの変異量と小保方氏滞在期間との関係はわからない、桂調査委員会も問題にできなかった」
培養増殖は関係ありません。培養ごとに、1個単位で塩基の突然変異が起きますが、多くは、細胞全体塩基を変えるまでには至りません。ですから、変異細胞が数を増やして、培地の多くを占めることが必要になります。継代培養で、運よく広がることができれば、やがて培養細胞全体の塩基も変異します。ため息さんは、ここのしくみがわかっていないのだと思いますよ。
25億対（すみません、3億は間違いでした、一言居士さんから指摘され、訂正します）の1の確率で起きた変異箇所ですから、２細胞間でその変異場所での塩基を共有していれば、同じ細胞同士であると言えるようになります。
共有する塩基の数が多ければ多いほど、同じ細胞である精度が高くなります。
元の細胞から時間をかけないと、変異蓄積しないことを、ため息さんは理解できましたか？
小保方氏が在籍して1-2年では、FES1から129/GFP ESへの塩基変異が蓄積しないのもわかったよね？
ため息さんは今まで理解できていなかったのですが、そろそろ、理解するようになってください。
そして、体内時計さんも教えてあげてくださいね。
体内時計さんは、ため息さんの説明が正しいとおもってしまう人だから。
一方で、以下はため息説明は、何を言っているのかわかりませんよ。こういうケムにまくような説明をしてはいけませんよ。
なにより、ため息さん本人が書いていて、よくわからないと思いますよ。
でも、できる学者ぶっているんでしょうね。
意味がわからなくても、賛同していくれる人のいる環境って怖いです、
＞「細胞株を解凍して利用するときは当然培養増殖して使うでしょう。解凍したものをそのまま使うとは考えにくいです。さらに使う可能性を考えると増殖させてキープするでしょうね。とすると冷凍庫に残したサンプルは、親となる培養株を分けて保存したものと考えるのが当然です。という意味で129/GFP ESそのものを混入させた・混入したというより、混入させた・した細胞株を分けた細胞株が129/GFP ESであったと考えるのが普通だと思います。」
ため息さんです。
ため息さんのSNP解析の理解は進んだのかな？
でも、ため息さんは、129/GFP ESが混じった事実は認めないとおもいますね。
129/GFP ESの性状を知っている人がいるというのは、ため息さんにとって困るのでしょうね。
結局、理研の調査チームに、129/GFP ESの性状を暴露され、どんでん返しをされたのに、それを理解できるような科学力をため息さんは持ちませんでした。
どんでん返しをされたという意識も希薄なんでしょうね。
理研の調査チームは、秀才だから、わかる人だけわかれば良いとして、丁寧な説明をしていませんからね。
ため息さんには、ハードルが高かったでしょう。
以下のため息文章2022年8月12日 17:10を見ると、すべての疑惑の責任を小保方氏一人に押し付けようとするESねつ造学者の策略がミエミエです。
桂報告書にも、ESねつ造派の魔の手が及んでいたんですからね。
まあ、ため息さんは、こんな風に言ってます。
＞桂調査委員会報告書には「最終的に論文の図表を作成したのは小保方氏」「STAP幹細胞、FI幹細胞、キメラマウス、テラトーマなどについて、作製後の解析を行ったのも大部分が小保方氏」とあり小保方氏はこれを否定していません。どうして学とみ子は根拠のないデタラメを書くの？
＞「酸浴実験以後の実験を主体的にやったのは誰なのか？を、桂報告書は公開しませんでした。」 ← 同上。小保方氏がやったと書いてあります。
後から、いろいろデータを変更した結果、矛盾する箇所が出てきて、やれ図がおかしいとか、実験結果が無いとか、それらはすべて小保方氏のねつ造と無能に帰されたんですね。
これからも、ため息さんは、STAP論文をデタラメと言い続けて、ため息ブログメンバーも、STAP科学が理解できないまま、小保方バッシングを続けていくのでしょう。
ため息さんです。
＞学とみ子文章が間違っている時は、学とみ子の科学理解が間違っている時です。…学とみ子が科学的間違いに気付けば、誠意をもって訂正します。」 ← 嘘つきめ。間違えていると指摘しているのに無視しているのは誰だ。
ため息さんがしかるべき専門家であると、学とみ子は思っていません。
他の外野の方たちもそうだと思いますよ。
ため息さんです。
＞「突然変異を起こした細胞が1個から増えていくということを考えてはだめと、ため息さんに注意しましたから、ため息さんも理解したでしょう。」 ← そんな説明は聞いてない。何処でした？どの記事？例えば、１個の細胞から増殖させることは可能なのだから、そのような培養を行えば１個の細胞でのDNAコピーエラーはその細胞株に共通のSNPになるとはいいましたよ。
細胞をひとつひとつにわけて培養していくと、塩基変異がある細胞は、増えるたびにその変異を持つ細胞となります。つまり、変異が広がっていくと、ため息さんは言いましたよね。だから、学とみ子は注意しました。培養中の細胞集団では、そういう風に1個、1個の細胞を離して別ウエルで培養するわけではないから、細胞集団の相互作用で、細胞の塩基変異が受ける影響を考えなくてはいけないよ！と、学とみ子は注意しました。1個1個培養したら、同じ塩基構造が増えるだけですからね。
ため息さんです。
＞「ため息さんは、FES1が混じった事にしたいからです。」 ← そんなことは言ったたことがありません。細胞Aあるいは細胞Aからできた細胞が混入したのであってFES1が混入したとは思っていません。
FES1由来細胞でも何でもいいですよ。間違いではありません。大事なことはそこではなくて、FES1からできた二代目、三代目の細胞と、何十代も経過したFES1由来細胞では、塩基変異の様相がちがうということを理解すれば良いですよ。
その違いは、細胞のできた順を反映するということです。
＞「ESねつ造説に反対の立場の理研の学者グループは、FES1でなく、”129/GFP ES”であることを、NGS解析で確かめました。」 ← 嘘を書かないでください。どこにそんな記述があるのでしょうか？学とみ子でも129/GFP ESの元になった細胞が混入したといっているではないですか。
129/GFP ESの元でも、129/GFP ESの先でも、どちらでも同じですよ。
同じ細胞から派生した株であれば、それぞれの細胞で生じた塩基変異は、できた細胞順を反映します。
＞「ため息さんは、これからも、”129/GFP ES”が混じったとは言わないでしょうね。」 ← 言わないですよ。学とみ子も「129/GFP ES”が混じった」とは言わないのでしょ？「細胞Aのショック」はもう忘れたの？学とみ子が当方の図が正しいと解説した話だよ。１０日ほどショックで寝てたでしょ。
学とみ子が10日間も、ブログを書かなかったことがあったけ？
学とみ子は、「129/GFP ES”が混じった」とは言ってきます。129/GFP ESの成り立ちを知っている人も、小保方周りにいました。
一方で、細胞Aは、ため息さんの頭にあるだけの細胞で、STAP細胞の説明に必要なものではありません。
細胞Aって、なんのインパクトも無いです。
体内時計さんです。
＞STAP論文にデタラメな記載があるとは書いていません。データが本物か出鱈目かもわからないと書いているのです。
報告書にも
・論文の図表の元になるオリジナルデータ、特に小保方氏担当の分が、顕微鏡に取 り付けたハードディスク内の画像を除きほとんど存在せず、「責任ある研究」の基盤が崩壊 している
・STAP 幹細胞、FI 幹細胞、キメラマウス、テ ラトーマなどについて、作製後の解析を行ったのも大部分が小保方氏だが、その実験記録も ほとんど存在しない。本当に行われたか証拠がない（行われなかったという証拠もない）実 験も、いくつか存在する
・STAP 幹細胞やキメラについて明らかに怪しいデータがある
この様に記載されています。これはどう説明されるのですか？これが学とみ子さんが仰る「真面目にとりくんだけど、実験者が気付かないところでミスがあった」結果ですか？
以前から学とみ子が言ってますが、桂報告書には、小保方ねつ造で決着したい学者たちが影響を与えました。
学者の無知やら思いこみ、印象操作で逃げ切りろうとする学者の姿勢も、桂報告書に見えます。
理研を管理する権威ある組織が、小保方ねつ造を信じてしまったから、分子生物学会が小保方ねつ造を信じてしまったから、そうなってしまったという感じですね。
いづれにしろ、個人を切り捨て、学術界の価値観が優先されました。
体内時計さんが、「先生は、生徒に対して必ず正しいことだけを言う。」と信じているなら、その信頼している先生が間違ったり、失敗したりしてしまって起きたのがSTAP事件だと思います。科学論争に端を発し、権力抗争になりました。
騒動の火消しに向けて、学者の失敗が目立たないように、学者間の権力抗争が目立たないようにとの配慮がされました。小保方氏は配慮から外されました。
しかし、理研には笹井派、丹羽派もいるんですから、小保方氏を守ろうとする人もいます。
だから、小保方氏に有利となるような証拠も、桂報告書に盛り込んだのですよね。
キメラ・幹細胞は若山氏の実験分担であることを明記し、幹細胞作製時のES混入の可能性を書き、不審な細胞129/GFP ESの性状を知っている人がいたことを桂報告書に示しました。
体内時計さんは、桂報告書のこうした記載には注目せず、学とみ子は注目するという違いがあるのだと思いますよ。
ですから、お互いに相手を説得するのは難しいと思いますね。
体内時計さんが感想さんの説明を紹介してくれました。
これは、幹細胞がESと同じであるとの主張の一部ですね。
なぜ、これらが、学とみ子への反論と思うのでしょうか？
専門家たちからの、学とみ子説への反論と感じてしまうのは、なぜでしょうか？
以下です。
1707. 感想 2017年02月10日 09:48
> 1688. 感想
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残った疑問は、点変異の蓄積を、ランダムサンプリングによって評価しているとする私の見方が正しいとすると、「FES1/FLS3間での一致率は70%」というのは何を意味するのか？です。一致率が低すぎます。他の細胞株間のように、ほとんど完全に一致してもおかしくないはずです。除ききれなかった測定エラーによって、異なった塩基がいくつかある程度でもおかしくないと思います。もし、同じ細胞株からの点変異ならです。だから、もしＦＬＳ３がＦＥＳ１に由来するなら、純粋な点変異の蓄積だけを見ているのではなく、培養中に生じる何か別の過程がないと、説明が付かないと思います。
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すいません。以上は、間違いでした。ランダム・サンプリングという見方はおかしかったです。撤回します。やはり独りで考えていると、変な考えにトラップされてしまうようです。自分の考えを書き、また皆さんのコメントを見ているうちに、間違いだと気づきました。ゲノム中で極端に稀な点変異の生じた場所だけ見た場合に、そこで同じ点変異が７０％も生じているというのは、偶然ではありえないので、同一細胞株由来としか考えれなさそうです（この考え方はあってますでしょうか？）。
1708. 感想 2017年02月10日 09:49
（つづき）
３０％の差は、ＦＥＳ１が培養の途中に２つに分けられて、FES1a, FES1bとなり、その時点で７０％の点変異が入っており、あとの３０％が分けられた以降に入った点変異と考えればよいですね。そして、分けられた時に、細胞数が一旦少なくなる過程が入っていれば（例えばリクローニングなどの作業によって）、そこからまたＮＧＳで検出可能な変異が入りますね。そして、FES1aが調査時にNGS解析された「ＦＥＳ１」であって、FES1bに由来するFLS3と３０％の差が出たと考えることが可能です。これが、ＢＣＡ論文の「サブストックに由来」という意味ですね。また、FLS3とCTS1,129/GFP ESなど間では、途中で細胞数が少なくなる過程がなかったので、検出できるような点変異が出なかったと解釈できますね。後は、３０％に相当する変異の総数が定量的にありえる量かどうかで、（1696. L）さんの議論などを参考に考えて見たいと思います。なんとなく、ＥＳ細胞由来説でデータが完全に説明可能だと納得する日が近づいて来た気がしました。
・・・・・・
1722. L 2017年02月12日 10:30
感想さん、どうもありがとうございます。
私の認識としては、感想さんの方法と、調査委の方法は全く異なるアプローチに見えるのですが、感想さんの方法の方が、獲得変異に対する特異性が圧倒的に高いと思うので、感想さんの方法の方が信頼性が高いような印象です。結論としては、FLS3はFES1由来として良いと考えます。すっきりしました。
アプローチが異なるので、検出変異数が異なるのは当然と思いますから、ここは気にしなくて良いと思います。調査委は最初にB6/129を識別しうるSNPに限定して抽出し、そこから129ホモクラスターを除外した上で、FES1/2間で異なる塩基を選んで調べたと、私は認識してます。一方で、感想さんの解析では、SNP以外の領域（B6/129間でpolymorphismのない領域）で変異があった塩基を主に抽出しており、これは獲得変異と考えて良いと思います。欠失の解析結果と同じ結論になりますね。本当に有難うございます。
現在の雑談コーナー幹細胞とESの同一性についての議論ですが、今は、時間がないので、後にします。今は、パソコンに触れることができません。学とみ子にとって初めて読む貴重なコメント合戦なので、全てのコメント内容が貴重です。
体内時計さんです。
＞きちんと該当箇所を確認されてからにしていただけないでしょうか？
すみません。時間ができ、パソコンに戻れたら整理します。言い訳になりますが、当ブログ内容が、不正確とか、簡略化してある時は、他の仕事をしていたり、時間がない時です。
体内時計さんも、どこが学とみ子説への否定になるのかを教えてください。
お待たせしました。
学とみ子は、パソコンの前にきました。
雑談コーナーは一部だけ残し、当記事を若干の変更をして、再度、アップします。、
早朝で時間が無い時に、学とみ子はとりあえずズルッと現行版をコピペしてアップしました。
その後で、1時間位、当記事を見れなくしました。
そして、今のバージョンにしました。
ご迷惑をおかけしました。
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コメント
学さんへ
次にBCAの書き手のアカウンタビリティの欠如があって何が行われたのかの説明がない。
次ぎに、途中から登録SNPsの話が登録SNPsを含む全塩基の培養変異による更なるSNVsの話にすり替えられて、
最後にFES1とFES2との違いの話であるかのように説明される、と言うことです。虚偽?
2022/08/13 URL 編集