oTakeさんが登場するということは、ここの議論の重要性が、素人たちにもわかるということです。
2022/08/19
129/GFP ES、STAP幹細胞（FLS1, CTS1）、FES1が、1－2年で、どう変化するかは、やっぱり、大事な議論だと思います。
特定部位の1細胞、１塩基で起きた変異が、いかに全体細胞で変化するかの議論です。
ここは今までで、結論は出ていないと思います。
そもそも、STAP幹細胞への混入株は、FES1ではなくて、129/GFP ESであるという説すら、議論は煮詰まっていなかったと思いますよ。
もちろん、話題にはなったと思いますが、混入株は、FES1ではなくて、129/GFP ESであるはずという議論も十分ではありませんでした。
FES1と、129/GFP ESの違いが判らない人も多かったし、FES1を培養していたら、129/GFP ESにすぐなるという理解もあったと思います。
FES1から、129/GFP ESまでに、時間がかかるかどうかの議論があったのでしょうか？
ポスドクさんたちがコメントしたりしたのでしょうか？
もし、過去の議論について、情報のある方がいたら教えてください。
一言居士さんは、書いています。以下の文章の”この時”というは、学とみ子ブログ、2021/07/06です。
＞この時には私はBCA報告を理解できていませんからね。
一言居士さんも、過去の議論があったのを知らないようですよ。
もし、議論があれば、彼のことだから、根掘り葉掘り調べたんじゃないですか？
桂報告書の著書ですら、しっかり区別して、文章を書いていない人がいたくらいですからね。
桂報告書15ページの、”由来”が抜けた問題などについて、議論になったのでしょうか？
oTakeさんです
oTakeさんは、すでに議論済と言ってますが、どこでどのような議論があるのでしょうか？
＞一般的な研究室での培養の継代数は、変異などを考慮に入れて、継代数の上限 20 程度だと設定していると思います。それを超えた場合、細胞に異常がなくても廃棄し、継代数の少ない Stock を使用、もしくは、新たにマウスから ES 細胞を作成するのが原則で、例外的なのは、STAP 実験でも見られた、長期に渡る増殖度実験など必要がある場合、細胞そのものが特殊なもので培養し続けて、仕方なく継代数を重ねざるを得ない場合だけ。
実際、若山研に於ける ES 細胞の使用が日常どうであったかですが、先程の一般的な研究室と同じで、継代数をおさえた細胞培養を行っています。最初に必要だと考えられる ES 細胞を大量に作って、もし、足りなくなってしまった場合は、新しいラインで新たにマウスから ES 細胞を作成しています、と話を伺ってます。
＞この話は、随分前に終了しています。
何度繰り返すんでしょうか（呆）
これは、若山研究室では、変則的にFES1を長期に培養していたという意味なのでしょうか？
ドリフトを気にせず、練習用に使う場合、継代が長引いた株を使用するということがありえるということでしょうか？
それとも、FES1を通常通りに20代までの培養していても、FES1から短期間で129/GFP ESになった！、なりうる！ということでしょうか？
SNP解析というのは、どの染色体の何番目の塩基が系統ごとに決まっているから、系統を知るのに使っています。
特異的な場所の塩基が、一般の培養手技で変異していたら、SNP解析などはできないと思います。
桂報告書をよむと、とにかくSNP部位における塩基変異を利用して解析しています。ここは特異的な塩基部位ですから、一般的な培養では、確率的に簡単に塩基種が変わっていかないと思います。
結局、NGSで検出できる培養中の塩基変異は、どの位の速度で起きるかについて、マウスES培養細胞の種類でかなりばらつくものであるとは思いますが、専門家たちであれば、ある程度の目安は知っていると思います。
素人たちは、そうした専門家のアドバイスを待つ姿勢ですね。
いづれにしろ、oTakeさんが登場するということは、ここの議論が大事であることでしょう。そこが、素人たちにもわかるということです。
過去の議論について、知っている方がいたら、情報をください。よろしくお願いします。
過去の議論では、雑談コーナーでよく議論されています。ここでは、STAP幹細胞が、本当にESで良いのか？についての議論です。
逆に、FES1から129/GFP ESにはなりにくいとのかどうか？の先には、議論の焦点が至っていません。
1696. 感想 2017年02月09日 18:26
1679. Lさん
> 以上より、FES1とFES2のSNPの差が何から来ているのか確信が持てず、この差によって選ばれた1290箇所の情報から細胞の同一性を判断するのは危険と考えています。
＞私の現時点の考察も書いておきます。１２９とＢ６を区別でき、かつreliableな SNPのうち、ＦＥＳ１とＦＥＳ２で塩基の異なっていた部分を抽出し、さらにそこから129/129ホモクラスター領域を除いたのが、問題の１２９０箇所のSNPですね。私は、自分の手ではこの１２９０個を再現できていません。論文のマテメソには曖昧なところあがあって、duplicateをどう扱うかや、ホモクラスター領域をどのような範囲と実際に定めるのか？などが不明です。ただ、自分なりに考えて、duplicateの情報も利用して、ホモクラスター領域は、第６・１１・１２染色体をがっさり除いて、非常に保守的にやると、計３００箇所ぐらいになりました。
＞この３００箇所は、だいたいゲノムにまんべんなく散らばっていて、ランダムな点変異に起因すると思ってよさそうだと思いました。１２９０箇所もそうではないかと考えます。すると、Ｌさんが危惧された、組み換えなどの詳細が不明でも、細胞間の比較に用いても問題ないと思いました。これらの変異は、ＦＥＳ１とＦＥＳ２が樹立された時点にそれぞれが由来する細胞にあった点変異と、その後に入った点変異の蓄積を合わせたものと考えて構わないと思います。「いや、ＦＥＳ１とＦＥＳ２で違う部分を取り出すというバイアスが入るのでは？」と思われるかもしれませんが、これは関係ないと思います。どういうロジックかというと、ゲノム中に点変異はごく少数しか生じません。だから、ＦＥＳ１とＦＥＳ２の共通の親ゲノムの配列に対し、ＦＥＳ１とＦＥＳ２に最終的に生じていたランダムな点変異が、偶然同じ箇所に入る確率は無視できるぐらい小さいです。
1708. 感想 2017年02月10日 09:49
（つづき）
＞３０％の差は、ＦＥＳ１が培養の途中に２つに分けられて、FES1a, FES1bとなり、その時点で７０％の点変異が入っており、あとの３０％が分けられた以降に入った点変異と考えればよいですね。そして、分けられた時に、細胞数が一旦少なくなる過程が入っていれば（例えばリクローニングなどの作業によって）、そこからまたＮＧＳで検出可能な変異が入りますね。そして、FES1aが調査時にNGS解析された「ＦＥＳ１」であって、FES1bに由来するFLS3と３０％の差が出たと考えることが可能です。これが、ＢＣＡ論文の「サブストックに由来」という意味ですね。また、FLS3とCTS1,129/GFP ESなど間では、途中で細胞数が少なくなる過程がなかったので、検出できるような点変異が出なかったと解釈できますね。後は、３０％に相当する変異の総数が定量的にありえる量かどうかで、（1696. L）さんの議論などを参考に考えて見たいと思います。なんとなく、ＥＳ細胞由来説でデータが完全に説明可能だと納得する日が近づいて来た気がしました。
1711. Zephyrus 2017年02月10日 19:08
＞たしかに、1290ヶ所のSNPが遺伝的背景に基づかないものかどうかの考察は重要で、そこに危険性があることは理解します。
（Ｌさんが言いたかったのは、この点でしょうが、これは不正調査委員会の見解との勝負？で、私には判断できません。）
＞しかしながら、あくまで科学的な論理として 「遺伝的背景に基づかないSNPの一致率が高いということは同一細胞あるいはそれから派生した細胞の可能性が高い」は正しいものであり、 Ｌさんの「SNPについては、系統の違いを見るには有用ですが、培養細胞の同一性を議論するに十分な情報をもたらしません。」というのは、遺伝的背景に言及していない点で、不適切であると考えています。
ｰ ｰ ｰ
＞それから、これもコメントしようと思っていたのですが、、 ちょうど感想さんご自身が気づかれましたが、
＞遺伝的背景に基づかない、細胞樹立後の増殖過程等で獲得されたSNPであれば、その70％もが一致するなら、「遺伝的背景に基づかないSNPの一致率が高いということは同一細胞あるいはそれから派生した細胞の可能性が高い」に十分に合致すると思いますよ。
ため息さんです。
＞例えばハンニバル・フォーチュンさんご指摘のトリソミーは培養細胞では珍しくないわけで
培養細胞へのマイコプラズマ感染と似たように、トリソミーも、あっという間に広がることをイメージして、特異的な塩基変異を考えるようでは、科学者とは言えないでしょう。
大事な事が、いまだに議論されていないことに、ため息ブログはやっと気付くような人たちです。
それでも、学とみ子は新しい事は何も言ってないとするため息ブログメンバーがいますね。自らの素人度数に目がいかないみたいです。
感想さんです。以下が大事です。ここでの説明が大事であることは、皆さんすでに、知ってます。それでも、ため息さんは引用できないのです。後手後手の人です。
感想さん
＞どういうロジックかというと、ゲノム中に点変異はごく少数しか生じません。だから、ＦＥＳ１とＦＥＳ２の共通の親ゲノムの配列に対し、ＦＥＳ１とＦＥＳ２に最終的に生じていたランダムな点変異が、偶然同じ箇所に入る確率は無視できるぐらい小さいです。
ため息さんです。
＞根拠を添えて、トライしてみてください。できないでしょうから、
細胞に大きな変化、例えばトリソミーのようなアクシデントが起きた時、細胞はもう元に戻れない。しかし、１塩基変異を抱えたままに細胞は増殖していく。こうした生き物の特性に目がいかないため息ブログです。理解できない人への説明は難しいです。
特定部位の1細胞、１塩基で起きた変異が、いかに全体細胞で変化するかの議論です。
ここは今までで、結論は出ていないと思います。
そもそも、STAP幹細胞への混入株は、FES1ではなくて、129/GFP ESであるという説すら、議論は煮詰まっていなかったと思いますよ。
もちろん、話題にはなったと思いますが、混入株は、FES1ではなくて、129/GFP ESであるはずという議論も十分ではありませんでした。
FES1と、129/GFP ESの違いが判らない人も多かったし、FES1を培養していたら、129/GFP ESにすぐなるという理解もあったと思います。
FES1から、129/GFP ESまでに、時間がかかるかどうかの議論があったのでしょうか？
ポスドクさんたちがコメントしたりしたのでしょうか？
もし、過去の議論について、情報のある方がいたら教えてください。
一言居士さんは、書いています。以下の文章の”この時”というは、学とみ子ブログ、2021/07/06です。
＞この時には私はBCA報告を理解できていませんからね。
一言居士さんも、過去の議論があったのを知らないようですよ。
もし、議論があれば、彼のことだから、根掘り葉掘り調べたんじゃないですか？
桂報告書の著書ですら、しっかり区別して、文章を書いていない人がいたくらいですからね。
桂報告書15ページの、”由来”が抜けた問題などについて、議論になったのでしょうか？
oTakeさんです
oTakeさんは、すでに議論済と言ってますが、どこでどのような議論があるのでしょうか？
＞一般的な研究室での培養の継代数は、変異などを考慮に入れて、継代数の上限 20 程度だと設定していると思います。それを超えた場合、細胞に異常がなくても廃棄し、継代数の少ない Stock を使用、もしくは、新たにマウスから ES 細胞を作成するのが原則で、例外的なのは、STAP 実験でも見られた、長期に渡る増殖度実験など必要がある場合、細胞そのものが特殊なもので培養し続けて、仕方なく継代数を重ねざるを得ない場合だけ。
実際、若山研に於ける ES 細胞の使用が日常どうであったかですが、先程の一般的な研究室と同じで、継代数をおさえた細胞培養を行っています。最初に必要だと考えられる ES 細胞を大量に作って、もし、足りなくなってしまった場合は、新しいラインで新たにマウスから ES 細胞を作成しています、と話を伺ってます。
＞この話は、随分前に終了しています。
何度繰り返すんでしょうか（呆）
これは、若山研究室では、変則的にFES1を長期に培養していたという意味なのでしょうか？
ドリフトを気にせず、練習用に使う場合、継代が長引いた株を使用するということがありえるということでしょうか？
それとも、FES1を通常通りに20代までの培養していても、FES1から短期間で129/GFP ESになった！、なりうる！ということでしょうか？
SNP解析というのは、どの染色体の何番目の塩基が系統ごとに決まっているから、系統を知るのに使っています。
特異的な場所の塩基が、一般の培養手技で変異していたら、SNP解析などはできないと思います。
桂報告書をよむと、とにかくSNP部位における塩基変異を利用して解析しています。ここは特異的な塩基部位ですから、一般的な培養では、確率的に簡単に塩基種が変わっていかないと思います。
結局、NGSで検出できる培養中の塩基変異は、どの位の速度で起きるかについて、マウスES培養細胞の種類でかなりばらつくものであるとは思いますが、専門家たちであれば、ある程度の目安は知っていると思います。
素人たちは、そうした専門家のアドバイスを待つ姿勢ですね。
いづれにしろ、oTakeさんが登場するということは、ここの議論が大事であることでしょう。そこが、素人たちにもわかるということです。
過去の議論について、知っている方がいたら、情報をください。よろしくお願いします。
過去の議論では、雑談コーナーでよく議論されています。ここでは、STAP幹細胞が、本当にESで良いのか？についての議論です。
逆に、FES1から129/GFP ESにはなりにくいとのかどうか？の先には、議論の焦点が至っていません。
1696. 感想 2017年02月09日 18:26
1679. Lさん
> 以上より、FES1とFES2のSNPの差が何から来ているのか確信が持てず、この差によって選ばれた1290箇所の情報から細胞の同一性を判断するのは危険と考えています。
＞私の現時点の考察も書いておきます。１２９とＢ６を区別でき、かつreliableな SNPのうち、ＦＥＳ１とＦＥＳ２で塩基の異なっていた部分を抽出し、さらにそこから129/129ホモクラスター領域を除いたのが、問題の１２９０箇所のSNPですね。私は、自分の手ではこの１２９０個を再現できていません。論文のマテメソには曖昧なところあがあって、duplicateをどう扱うかや、ホモクラスター領域をどのような範囲と実際に定めるのか？などが不明です。ただ、自分なりに考えて、duplicateの情報も利用して、ホモクラスター領域は、第６・１１・１２染色体をがっさり除いて、非常に保守的にやると、計３００箇所ぐらいになりました。
＞この３００箇所は、だいたいゲノムにまんべんなく散らばっていて、ランダムな点変異に起因すると思ってよさそうだと思いました。１２９０箇所もそうではないかと考えます。すると、Ｌさんが危惧された、組み換えなどの詳細が不明でも、細胞間の比較に用いても問題ないと思いました。これらの変異は、ＦＥＳ１とＦＥＳ２が樹立された時点にそれぞれが由来する細胞にあった点変異と、その後に入った点変異の蓄積を合わせたものと考えて構わないと思います。「いや、ＦＥＳ１とＦＥＳ２で違う部分を取り出すというバイアスが入るのでは？」と思われるかもしれませんが、これは関係ないと思います。どういうロジックかというと、ゲノム中に点変異はごく少数しか生じません。だから、ＦＥＳ１とＦＥＳ２の共通の親ゲノムの配列に対し、ＦＥＳ１とＦＥＳ２に最終的に生じていたランダムな点変異が、偶然同じ箇所に入る確率は無視できるぐらい小さいです。
1708. 感想 2017年02月10日 09:49
（つづき）
＞３０％の差は、ＦＥＳ１が培養の途中に２つに分けられて、FES1a, FES1bとなり、その時点で７０％の点変異が入っており、あとの３０％が分けられた以降に入った点変異と考えればよいですね。そして、分けられた時に、細胞数が一旦少なくなる過程が入っていれば（例えばリクローニングなどの作業によって）、そこからまたＮＧＳで検出可能な変異が入りますね。そして、FES1aが調査時にNGS解析された「ＦＥＳ１」であって、FES1bに由来するFLS3と３０％の差が出たと考えることが可能です。これが、ＢＣＡ論文の「サブストックに由来」という意味ですね。また、FLS3とCTS1,129/GFP ESなど間では、途中で細胞数が少なくなる過程がなかったので、検出できるような点変異が出なかったと解釈できますね。後は、３０％に相当する変異の総数が定量的にありえる量かどうかで、（1696. L）さんの議論などを参考に考えて見たいと思います。なんとなく、ＥＳ細胞由来説でデータが完全に説明可能だと納得する日が近づいて来た気がしました。
1711. Zephyrus 2017年02月10日 19:08
＞たしかに、1290ヶ所のSNPが遺伝的背景に基づかないものかどうかの考察は重要で、そこに危険性があることは理解します。
（Ｌさんが言いたかったのは、この点でしょうが、これは不正調査委員会の見解との勝負？で、私には判断できません。）
＞しかしながら、あくまで科学的な論理として 「遺伝的背景に基づかないSNPの一致率が高いということは同一細胞あるいはそれから派生した細胞の可能性が高い」は正しいものであり、 Ｌさんの「SNPについては、系統の違いを見るには有用ですが、培養細胞の同一性を議論するに十分な情報をもたらしません。」というのは、遺伝的背景に言及していない点で、不適切であると考えています。
ｰ ｰ ｰ
＞それから、これもコメントしようと思っていたのですが、、 ちょうど感想さんご自身が気づかれましたが、
＞遺伝的背景に基づかない、細胞樹立後の増殖過程等で獲得されたSNPであれば、その70％もが一致するなら、「遺伝的背景に基づかないSNPの一致率が高いということは同一細胞あるいはそれから派生した細胞の可能性が高い」に十分に合致すると思いますよ。
ため息さんです。
＞例えばハンニバル・フォーチュンさんご指摘のトリソミーは培養細胞では珍しくないわけで
培養細胞へのマイコプラズマ感染と似たように、トリソミーも、あっという間に広がることをイメージして、特異的な塩基変異を考えるようでは、科学者とは言えないでしょう。
大事な事が、いまだに議論されていないことに、ため息ブログはやっと気付くような人たちです。
それでも、学とみ子は新しい事は何も言ってないとするため息ブログメンバーがいますね。自らの素人度数に目がいかないみたいです。
感想さんです。以下が大事です。ここでの説明が大事であることは、皆さんすでに、知ってます。それでも、ため息さんは引用できないのです。後手後手の人です。
感想さん
＞どういうロジックかというと、ゲノム中に点変異はごく少数しか生じません。だから、ＦＥＳ１とＦＥＳ２の共通の親ゲノムの配列に対し、ＦＥＳ１とＦＥＳ２に最終的に生じていたランダムな点変異が、偶然同じ箇所に入る確率は無視できるぐらい小さいです。
ため息さんです。
＞根拠を添えて、トライしてみてください。できないでしょうから、
細胞に大きな変化、例えばトリソミーのようなアクシデントが起きた時、細胞はもう元に戻れない。しかし、１塩基変異を抱えたままに細胞は増殖していく。こうした生き物の特性に目がいかないため息ブログです。理解できない人への説明は難しいです。
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コメント
学さんへ
検体の中に僅かに含まれていてもvaliantが検出される。一つの検体内の全細胞に同じSNVがあるのではありませんよ。4細胞サンプルの中に互いに同じvaliantを持つ細胞が少しづつ含まれているが、その含まれている種類の割合によって4細胞サンプル間での分裂回数の違いが解ると言う論理なのです。
一言さんのおっしゃっているのは、登録SNPs上に培養過程で発生した新たな1290箇所のSNV共有比較で分裂回数の違いが判ると言う報告書の論理は正しくないということです。なぜならあらたなSNVsの比較なら24億箇所にその何百倍もあるので、それも含めて比較しないと分裂回数の比較にはならないでしょう、と言うことです。
2022/08/20 URL 編集