STAP細胞の再現実験とは、酸浴細胞の8割が死滅する条件をクリアして、その後も凝集塊を維持して、この凝集塊では、多能性蛋白などできない!を証明をすることです。

前回からの続きです。

Tangの論文の査読者は書いてます。
While these results do suggest that the STAP protocol is not simple and easily replicated, negative findings are always hard to interpret and need to be very carefully controlled.

査読者の記載で、一番注目できるところです。
STAP細胞の再現実験をして結論を出すには、条件が必要です。
つまり、酸浴細胞の8割が死滅する条件をクリアして、その後も凝集塊を維持して、この凝集塊では、(day7をピークとした)多能性蛋白など無いの証明をすることです。

多能性蛋白の合成の結果はネガティブでかまいませんが、細胞の維持はとても大事ですね。
日本で、世界で、これができた人はいないとおもいますけど・・・。

実際に起きた再現実験の出来事を検証し直すと、興味深いことがわかりますね。

世の中の一般人は、細胞を酸浴して、多くが死滅するのに、一部だけ生き残る条件というのを想像することができません。
細胞培養というのは、実験者が細心の注意を払って努力して維持しているという事が、一般人にわかりません。
ES,TSは、厳密な人工的条件付けをして維持していることを、一般人は知りません。
いつでも、自由に出し入れできると思ってしまいます。ES,TSは、少しでも分化が始まってしまえば、もはや、ES,TSの機能ではなくなります。
こうした説明をしても、学術層に属する人(oTakeさん)は理解しませんでした。


STAP細胞が発表された時、ジュースにつけるような簡単な方法で、iPS並みの細胞が作れるとされました。
そして、STAP細胞論文を読んだ、専門家もそのように思いました。(Tangの論文の査読者も言っています)。

しかし、細胞培養を繰り返す手順が必要なiPS細胞に比べ、STAP細胞は、それが不要であるから、”簡単”と表現されたのです。

専門家たちが抱いた”簡単”は、一般人の”簡単”への理解とは、違っていたのでしょう。

だから、STAP細胞が画期的な新発見であると、世界中で評価されたと同時に、一方で、不信感や疑惑を呼んだであろうと思います。

特に、日本では、非専門家の学術層が、STAP論文をいろいろ誤解してしまいました。
捏造情報のインパクトが大きかったのです。
非専門家の学術層が、マスコミを誤解させていきました。

丹羽先生のプロトコールエクスチャンジが、さんざん学術層、マスコミから否定されました。
この事件は、人々の誤解の大きさを象徴します。

学術層の人たちの反発が大きかったです。
マスコミには、デタラメな論評をする人が溢れました。
デタラメな非専門家たちの主張は見当はずれがわかるものの、理研の研究者層から発信されたSTAP論文デタラメ論の影響は大きかったです。
彼らの主張は、今でも、「結論ありき」に残っていますから、いつでも検証が可能です。

理研の遠藤氏も、石川氏も理研研究者は、本気でESねつ造説を信じていたと思うし、彼らにそう思わせた人たちがいたのです。

ESねつ造説を信じてしまった学術層の人は、STAP論文の問題点を次々と指摘しましたが、的を得ていないものもありました。

たとえば、酸性溶液を準備する行程についても、ESねつ造説派は、小保方氏や丹羽氏を批判しました。
小保方氏は、酸性溶液すらきちんと準備できない (根幹からデタラメだ) と、小保方バッシングの対象になりました。

しかし、大事なのは、塩酸をどのように調整するかではないのです。
酸性溶液があれば何でも良いのです。酸性液のPHも厳密でなくても構わないのです。
細胞をつければ、PHは変化してしまいますし、細胞刺激に制限はありません。
遺伝子操作でなければ、細胞刺激は何でも良いのです。

ホントに大事なのは、酸性液につけた後の細胞の8割死に、その後、3週間位は一部は生存可能な状態に持っていけるかどうかだったのです。
STAP実験を否定するには、酸浴後作製された凝集塊では、初期化蛋白出現の証拠はないと示すことですね。
つまり、再現実験のポイントは、生き残った2割の細胞を、その後も生かせておけたかどうかです。
この重要なポイントを、Tangの論文の査読者は、しっかり指摘しています。

小保方氏が参加した検証実験では、これが果たせなかったかまでは公表されていませんが、細胞は生存できなかったと思います。
つまり、再現を実現させるには、実験者の要求を満たす必要があります。
しかし、理研の再現実験チームの相澤氏にプレッシャーをかけた権力がありました。
相澤氏は、改革推進本部からの指示があったと発言しています。
小保方氏は、制約があったの言葉を残しましたが、詳しくは語っていません。


しかし、外国の専門家たちは、ちゃんとわかっているのです。
Tangの論文の査読者は、STAP細胞の作製は、「簡単のように見えるが、実は難しい」と言ってくれています。

今、議論中の査読者の文章ですから、さすがのため息さんも、「そんなの、でどこにあるんだあ~、デタラメ言うなあ~」とは、わめかないでしょう。



ため息さんは、単純な人ではありません。
一見、単純な事を言っていますが、もっと鋭い人でしょう。少なくとも、かつてはね。

ため息さんは、こうしたことを書いています。

>当方と澪標さんに何の利害関係もありません。当方の考えが誤りであれば指摘してくださる方です。

ため息さんは上記を書いてます。
当然、誰でも予想できることですが、ため息さんは、味方をしてくれる知識人が欲しいから、澪標さんをヨイショしています。

澪標さんは、文系の素養があふれる人のようです。
教養があふれる人の中には、他人の知識をバカにする人がいますが、こうした人は教養人からはずれます。
もちろん、澪標さんは、そうしたはずれの方ではありません。

澪標さんは、澪標さんの価値観で、ため息サポートをしています。
澪標さんにとって、ため息応援はやりがいがあるのでしょう。

学とみ子は、澪標さんの価値観を想像するのは難しいです。
だから、当ブログは、ウオッチングの姿勢です。
しかし、澪標さんは、非日常用語を多用して、読者を煙にまく悪い癖は減らして欲しいです。


とにかく、文系の知識獲得というのは、果てがありません。
今までの人類の歴史上、知的行動として残されたものがすべて、文系の探求対象です。
科学的解明の歴史と比べ物にならない位に、文系の探求は膨大です。

まあ、文系も理系も、未知の世界を探求していく姿勢は共通です。
他人が発見していないこと、他人が考察していないことなど、自身で学んで得た成果を人に伝える作業は楽しいものです。


STAP事件は、科学と社会が共に学べる点で興味深いのです。

世の中には、専門家ぶって、実は知らない、気付けない人たちがいます。ES捏造説で活動してしまった知識人層は、そのまま、世の中を、ES捏造説で納得させようとします。彼らは、自らの勉強不足を認めず、議論を中断してしまいます。学とみ子をバカ呼ばわりして、話題をそらします。誤解を誘うように、ため息さんは、文章作りをします。仮定法過去完了で、全体の査読文章が書かれている事実を無視し、1ヶ所だけの仮定法過去を引用します。

他のメンバーは、しっかり反論しませんね。議論を投げ出して消えてしまいます。捨てぜりふは、「こんなバカ(学とみ子)を相手にしても意味ない!」のメッセージでしょう。

自分自身を実際より大きく見せたい志向の人は、都合悪い議論は避けていくのです。そんなに自信がないなら強がりを止めれば良いのに、彼らはまだ若いから、強がりのネガティブな影響がわからないみたいです。こういうタイプが、STAP事件では活躍しました。

ため息さんは、わざとこんなふうにとんちんかんに言ってます。

>「この凝集塊では、多能性蛋白などできない!」 ??ですね。

学とみ子の文章の意味が今一つ理解しにくい人むけに、議論の焦点を狂わす目的なんでしょう。

学とみ子が言わんとすることは、「Tang論文は、元の論文条件を満たしていないから、Tangらのこの実験では多能性蛋白が出ませんよ。」なんです。

この意味なのに、一般人が理解できないように、ため息さんはわざと、話を複雑にしたいのでしょうね。

多能性蛋白ができると言ってる学とみ子が、「できない!」と言うのは、おかしいね。学とみ子の話は、論旨がめちゃくちゃだと、ため息さんは持ってきたいのかしら。

どうやら、以下を詠むと、ため息さんは誤解してるのかもしれません。ため息さんの頭は、Tang論文とSTAP論文が、ごちゃごちゃかもしれません。ため息さんは、Tang論文では、day7データが無いがわからないのかな?day7データがあるのは、他の方法で作った酸浴細胞であることが、ため息さんは読み取れないようです。

ため息さん
2022年12月30日 16:41

>タイトルが「STAP細胞の再現実験とは、酸浴細胞の8割が死滅する条件をクリアして、その後も凝集塊を維持して、この凝集塊では、多能性蛋白などできない!を証明をすることです。 」です。「この凝集塊では、多能性蛋白などできない!」 ??ですね。

>学とみ子は当方をSTAP論文を読んでないと批判するわけですが、Nature ArticleのFig.2b は「qPCR analysis of pluripotency marker genes.」で day 7 に多能性を示すマーカーである遺伝子の発現がありますよという実験結果ですね。Fig3.d は種々の組織由来のSTAP細胞に多能性を示すマーカーである遺伝子の発現がありますよという図です。

>day 7 の細胞には多能性関連タンパクが発現しているでしょうというデータなんですけどね。学とみ子も撤回した論文のデータなど信用できないということなんでしょうかね?

>記事本文は相変わらずのデタラメ、妄想です。この記事で妄想は打ち止め、来年からはまともになってほしいものです。



どうやら、ため息さんは、仮定法過去、仮定法過去完了のスタイルの文章が苦手なようです。

以前。学とみ子文章で、ため息さんは、何度もケチをつけた文章がありましたが、ため息さんは、又、その文章(赤字)を蒸し返しています。

・・かつて論文実験の多くを小保方氏が単独でやって、かつ、小保方氏が若山研究室スタッフをだましながら、データを捏造しまくらないと、STAP論文は完成しないですよ。と、普段とは全く逆の発言をしたのをお忘れか?また同じことをしているのね。これが日本nativeである医学博士とは惨めですね。おほほ。

この文章も、現実とは違う話をして、問題点を指摘しています。「こうすればこうだったのに・・・」という仮定法過去完了の形です。
「単独でやる」 「だましながら」 「捏造しまくらないと」で、個人によるESねつ造が可能ということです。
実際に、どれも現実ではないから、捏造はありませんという意味です。

ため息さんにとっては、こうした文章の理解が難しいようです。

Tangの論文の査読者の文章も、全部、仮定法過去完了です。ため息さんは、1箇所しか指摘していません。
以下の1,2,3の文章すべてが、仮定法過去完了のスタイルです。

The paper appears to be an authentic attempt to reproduce the original study, although the study might have had additional value with more controls: “failure to reproduce” studies need to be particularly well controlled.
追加的な価値があったのに(実際には追加的価値がない)

Examples that could have been valuable to include are:
価値があったのに(実際には価値がない)

Examples that could have been valuable to include are:
1,For the claim of autofluorescence: the emission spectrum of the samples would likely have shown a broad spectrum not coincident with that of GFP. 示せたのに(実際には示していない)
2,The reprogramming efficiency of postnatal mouse splenocytes using more conventional methods in the hands of the authors would have been useful as a comparison. Idem the lung fibroblasts. 有用だったのに(実際には有用でない)
3,There are no positive control samples (conventional mESC or miPSC) in the qPCR experiments for pluripotency markers. This would have indicated the biological sensitivity of the assay.示せたのに(実際には示していない)
4,Although perhaps a sensitive issue, it might have been helpful if the authors had been able to obtain samples of cells (or their mRNA) from the original authors for simultaneous analysis. 役立ったのに(実際には役立たなかった)

カッコ内の日本語は、かならずしも強調されない場合もありますね。
軽く注意する的なニュアンスで使われることもあるでしょうけど、査読文の場合は、結構、強い意味を持たせていると思います。



こうした、”やるべきなのにやってない” ”やられていないのだから、やれるはずがない” のニュアンスの文章の読解は、ため息さんは苦手のようです。
ひとつ、勉強になりましたけど、ため息さんには反省してほしいです。

ため息さんは、自身の苦手感を反省することなく、学とみ子への侮辱スタイルを、大晦日も続けています。

ため息さんです。
>記事本文は相変わらずのデタラメ、妄想です。この記事で妄想は打ち止め、来年からはまともになってほしいものです。


ため息さんは、日本語読解の回路が不十分なようです。
ため息さんの考えを理解するには、ため息さんの頭になってみないといけないのですね。
ため息さんの頭は、すぐ意味不明という状態にな
ってしまうようです。
メンバーは沈黙するしかありません。

つまり「だったろうに」は「捏造は可能(だったろうに)」ということになります。「捏造しまくらないと」「個人によるESねつ造が可能」とは意味不明ですね。
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コメント

ペルドン

セイヤ
>質屋から引き出した様に萎びていて、色気が無い。

流れん内に出しとかんとね。
小保方さんが「200回は作った」というSTAP細胞も引き出しておかんといけん。

プラス氏が、昔、学さんのブログで、擁護派20人程の相手を一人で打ち負かした、とホラ吹いてるようだが、その時のプラス氏のホントの評価も引き出しておこう。

”プラス氏は、やっこ豆腐にさも似たり、はじめ四角であとはグズグズ”

一言居士
ル、やかましいわ。糞が。ひひひ。お前5回目打ったか?

セイヤ

気まぐれぺルドン
お久の文だが、質屋から引き出した様に萎びていて、色気が無い。
矢張りそれを「年だ」と言う自覚がないのだろうか・・? つぎはぎの股引を穿いている。

オオボエの文も紐を養っている様に皺がよつている。
矢張り紐を咥え込むのも、若さが居るということなのか。合わない入歯でピーナツを喰っている。

一ケ言孤児の文は、家出した徘徊老人の趣がある。年金振込日には記憶が戻り、褌を引きずりながら、帰って来る雰囲気に溢れている・・・

Re: 学さん

学とみ子
セイヤさん、示唆に富むコメントをありがとうございます。

>不安になることはありません。

励ましてくれてありがとう。

>>みどりさんと体内時計さんの同一人説はどう思いますか?

> みどり氏は、いちげん堂のパペットだと思いますよ。

そうですよね。いちげん堂さんの方ですね。


学さん

セイヤ
>学とみ子が見た時は、違う論調だったんですけど、セイヤさんは見ましたか?

その時刻のものを見たのは学さんだけではありません。接続情報でわかります。不安になることはありません。

>みどりさんと体内時計さんの同一人説はどう思いますか?

みどり氏は、いちげん堂のパペットだと思いますよ。
体内時計氏は最近「ヘタレっぷり」が酷く、見境が付かない。
「どうでしょう。若山氏に電話でもメールでもして尋ねられたらいかがですか?」
と軽率なことを書く。
どれほどの国民が若山氏に尋ねたいと思っているかわからないのだろうか。
発言を読んだ国民は、そんな事ができるなら・・・となる。
早くこの発言を削除するようアドバイスしたい。

Re: 昨年の暮れに思ったこと

学とみ子
セイヤさん、コメントありがとうございます。

2022/12/2付けの当ブログ記事 タイトル ”ため息さんがFig. 1dを最初から思い出していれば、「何故言えない」なんて、すごんだりしないでしょう。”

見ていただけたでしょうか?
ため息さんは、以前から、ひそかな書き換え癖があることを、セイヤさんが指摘してくれました。
今回はひそかな書き足しをため息さんはしています。
問題になっているのは、2022年12月21日 18:28のため息コメントです。

学とみ子が見た時は、違う論調だったんですけど、セイヤさんは見ましたか?

”良く見せたい!”と願うため息さんのかわいい願望と思えば、良いのかもしれませんね。



相澤さん番外発言は、CDB上層部が小保方氏を信用していたという証拠ですね。
この出来事は、今後にとても大きな意味を持つと思います。

オホホポエム文章にも、相澤氏の行動に対し、「又、手品か?」がありますよね。
これも、相澤氏と小保方氏が、STAP細胞作製作業を共有していたという事実だと思います。

とにかく、小保方氏のそばにいる科学者たちが、ESねつ造を疑っていないのですから、どんな小保方氏への悪口があっても、そちらが異常なのです。


みどりさんと体内時計さんの同一人説はどう思いますか?



昨年の暮れに思ったこと

セイヤ
検証実験報告の相澤さん番外発言、「これは科学のやり方ではない」について、「小保方氏は犯罪者ではない」という気持は当然だが、笹井博士を犠牲者にしてしまった研究社会の懺悔で、止むに止まれずの気持ちだったのだろう。
STAP論文のSTAPとは、キメラが出来た理由でSTAPと命名されたものでは無い。それ以前の現象に拠る処の仮説だ。後に「このSTAP細胞からキメラが作製された」と続く。
このキメラが失敗なら、キメラでの確認過程が白紙になっただけで、自家蛍光で無い限りこの仮説は残る。
しかし、科学的興味とは裏腹に、予算の確保しか頭にない研究者達が定義をねじ曲げ、「捏造」の疑惑によりSTAP細胞そのものを潰しにかかった。検証実験が印象操作の役割を果たし、笹井博士は自己中心の研究者たちの犠牲となる。

「ES汚染は、どこでもいつでも起こりうる事」という学さんに対し、その道の研究者と称する「みどり」氏が「デタラメを言うな!」と反発している。
その理由は、研究者個人々が決められた事をきちんと守っているのでES汚染などは起きない、という事らしい。
学さんの話は個人レベルではなく、研究所での事故によるES汚染の話だ。個人がいくら決まりを守っても、本人が知らずに起きるのが事故だから、デタラメではなく当然の話だ。
特に若山研では、事故も捏造も起こり得るだろう事は、調査した桂氏が示唆している。「若山研のインキュベータに研究員は自由に出入りできるので混入させた犯人は特定できない」と言う。他人の研究を邪魔する連中だというから、管理面も推して知るべし。

この「みどり」氏の自己中心的発言に体内時計氏が飛びついた。
折角、ES細胞を扱っている研究者がコメントしてくれた意見だから納得しろ、と学さんに噛みつく。
ついてはこんな話を思い出した。
アホな兄弟が話をしている。「兄ちゃん、今度の節句はいつなんだい?」と聞くと、兄ちゃんは「バカだなー、そんなもん来年になってみんとわからん!」と答えた。話を聞いていた兄弟の父親は、「さすがに兄貴だけあってしっかりした事を言う」と感心した。ここでアホが3人出来たというお話。

一言居士
理研での実験ですが、レター論文にSTAP細胞のヒートマップがありますし、公開データをTs.Markerさんが再確認されていますからね。それなりの発現はあるんですね。

キメラが出来ているという前提での考察と、出来るかどうか分からない状態から出発する考察は違うということですね。所詮人間の考えることです。人間はそれほどの者ではないでしょうね。プーチンを見ていたら分かる。もうにっちもさっちも行かないところに追い込まれていますよねえ。

早くプーチンとその取り巻き連中がロシアから排除されますように!

一言居士
一番可能性が高いのは体性幹細胞をたまたま拾い出しているということでしょうかね。これは無論キメラにはなりませんが、分化はしますし、バカンティ足場は移植初期にはインビトロ状態ですが、稀に分化した後は周りの細胞と接着して代謝を行ってテラトーマまで成長する。
今、学さんが扱っている論文は出来なかった実験です。丹羽さんの実験ではできてますからね。自家蛍光の見間違いなんて、若山先生をなんだと思ってるんでしょうかね。操作顕微鏡の大家なのですから、そんな分け無いだろうと思わないのは、論文でしか見てないから、小保方さんが全部やったと思ってるんでしょうね。そういう研究環境に関する思い違いというのは考えられますが、ともあれ、この論文は唯、自分たちは再現できなかったという事実報告をしているだけです。
特にPCRの結果はES並みを前提しているんですね。なにしろキメラが出来たと思われてますからね。丹羽さんの感度ではちゃんと出てますね。ただとても微量です。これは免染だと定量計測ではないので、アーティクルでも丹羽さんの論論文でもちゃんとすべて出ていますから、捏造ではありません。
GFPの漏れだしは丹羽さんが発見したものですから、この人たちは分かっていません。これは死細胞の発現するOct4蛋白とは別です。漏れ出しはGFP蛋白です。その両方があるようですね。
小保方さんは博論まではGOFマウスは使っていません。免染とPCRだけです。

一言居士
明けましておめでとうございます。
皆様方にとって良いお年であることを祈願いたします。

Ooboeさん、お久しぶりです。お元気にされておられましたか?

私はキメラ事件はもう自分で納得してますので、今は学さんのテーマには余り関心がなくなっていますが、小保方さんが見つけた現象が何であったのかに関しては今でも考えますね。

PCRで多能性マーカーを発現し、沢山のシャーレを使って大量の培養をするとそのいくつかが三胚様分化する。また、バカンティ足場を使ってマウス皮下に移植すると最終的にはごく稀に免疫不全マウスの皮膚細胞と細胞膜結合して栄養を受け取ってテラトーマライクにまで成長する。その細胞が何であったのかという関心ですね。
理研は自分たちの関心事であるキメラに関して、再現検証実験では出来ないということだけ証明して、特許申請を取り下げただけで終わりましたから、小保方さんが追い求めてきた細胞が何であるかに関しては関心がありませんし、そもそもその確認は理研の予算で行うべきものだとは考えなかったから、とことん調べるのをやめたんですね。本来なら事件解明目的ならそこまで行わなければなりませんが、自分たちもこうなってしまったことに関して責任の一端を担ってしまったという自覚があるから、追及を中断したというのが真相でしょうね。

Ooboe
学とみ子さん
一言居士さん
金髪美女さん
学生さん

明けましておめでとうございます。
小保方Stap細胞を連綿と、取り上げて
おられてますこと、敬意を抱いております。
ここ一年は、参加出来なかったので
内容には、付いて行けないのが寂しいですが
ところどころ、ツマミ閲覧はしています。
皆様
引き続き頑張ってくださいませ!

Re: 学さんへ

学とみ子
金髪美女さんもね。
んじゃね。

学さんへ

金髪美女
良いお年をお迎え下さい。また来年ね。んじゃね。
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