これでやっと the above three SNP clusters reflecting parental heterogeneityまで理解できたところです。次にAfter the above three SNP clusters reflecting parental heterogeneity are excluded,の理解に進まないといけませんが、、、、釣りです。んじゃ。
今はF1の話に限定していますから、これに関しては並びは以下です。 >> ⑥STAP -stem FLS3 ⑦129/GFP ES ⑧FI-SC CTS1 ⑨FES1 ES ⑩FES2 ES ⑪ntESG1 ⑫ntESG2
ところが、この three SNP clusters reflecting parental heterogeneity の存在している6、11、12番染色体を1Mバイトで拡大表示する時の並びは以下の様に変えられている。 >> ⑥STAP -stem FLS3 ⑧FI-SC CTS1 ⑨FES1 ES ⑩FES2 ES ⑪ntESG1 ⑫ntESG2 ⑦129/GFP ES
これでやっと、the above three SNP clusters reflecting parental heterogeneity の意味までたどり着いたわけです。heterogeneityの意味は近交系マウスでは全ての塩基対がホモに揃っているというのが前提ですから、F1を作ったらその両親の登録SNPsは全部存在していて、グラフでは全領域グリーンにならなければならないが、非常に特徴的で大きなthree SNP clustersが誰の目にも明らかで、ピンクやグリーの塊があるということはどちらの親にも近交系マウスとしてのheterogeneity、つまりマウスコンタミ痕があるのだということを証明しているのです。ここまではいいですよね。
さて、After the above three SNP clusters reflecting parental heterogeneity are excluded,と始まる。 日本人で、英語の得意な人も不得手で翻訳機頼りの人も、或いはちゃんとした翻訳でないと無理な人も、総じて、この細胞生物学を知らない人に、いきなりこの文章をぶつけて意味を説明しろと言っても答えられる人は居ない。1958年のセントラルドグマの発表時にもはや社会人だった人は教職関係に居る人以外は余程の物好きしか知らないでしょう。現在85歳以上の人たちですね。でも実際にはもっと若い人でも知らない筈です。というのもヒトゲノムの全解読のドラフトが出来たのが2000年です。この頃にやっと主だった動物種のDNAの解読が進んだ。2000年に社会人だった人は平均20歳として今43歳です。それ以下の年齢の人でやっと高校の教科書でDNAを教えるようになったからある程度予備知識があるということです。今14歳以下で中学生以下の子供たちも知りません。予備知識があるのは15歳から43歳までの人たちだけで、ここに出て来るSNPの意味が分かるのはその内の理系の大学に進んで教養課程で学んだ人が主でしょう。まして、この文章を読んで意味が直ぐに分かるのはその中でも生物医学系の大学以上で学んでいる人に限られる。 非常に新しい分野なので、現在これらの知識を一般常識として定義するのは難しいでしょうね。
さて、続きです。 >> After the above three SNP clusters reflecting parental heterogeneity are excluded, the remaining 1,290 SNP alleles that distinguish FES1 and FES2 are supposed to have accumulated at or after establishment in 2005. Regarding these SNPs, STAP cell lines FLS3 and CTS1 and 129/GFP ES cells are nearly identical, but differ slightly from FES1 (at 30% of these alleles), suggesting that STAP cell lines FLS and CTS were derived from a sub-stock of FES1 ES cells.
この件は取り敢えず離れて、BCA報告論文の論旨を追いましょうかね。 今F1に関する問題だけを追っていて、この件の本文は上記で終わりですが、この分析に関するサプリ情報があって以下ですね。 >> Whole-genome sequencing and SNP identification We used the TruSeq DNA PCR-Free LT Sample Prep Kit for sequencing library construction using a standard protocol. The insert size of the STAP cell lysate sample is 350 bp and the other 14 samples are 550 bp each. We performed paired-end 150 bp sequencing for each DNA sample using 2 flow cells in the rapid-run mode of a HiSeq 2500 sequencer. We aligned paired-end sequence tags to the GRCm38 (mm10) mouse reference genome using BWA software4 (ver. 0.7.10) with “-n 0.02” option for the bwa aln command and “-a 2000000” option for the bwa sampe command. Raw data are available at DDBJ DRA (accession: DRA002862) (http://trace.ddbj.nig.ac.jp/DRASearch/submission?acc=DRA002862).
After filtering properly mapped tags and then removing PCR duplication with SAMtools (ver. 0.1.19), we identified SNPs from the aligned sequence data using SAMtools Mpileup and BCFtools (ver. 0.1.19) with default options. We also identified reliable SNVs including heterozygous alleles from aligned sequence data that satisfied the following criteria using SAMtools Mpileup after filtering the properly mapped tags. (1) Sequence coverage > 20. (2) At least 25% of reads supported alternative alleles that differed from the B6 reference sequence. For comparison to 129/Sv SNPs, we used commonly called SNPs in 129P2/OlaHsd (EMBL ENA: ERP000034), 129S1/SvImJ (EMBL ENA: ERS076385), and 129S5SvEvBrd (EMBL ENA: ERP000036) but not called in C57BL/6NJ (EMBL ENA: ERS076384) provided by the Wellcome Trust Sanger Institute (http://www.sanger.ac.uk/resources/mouse/genomes/).
コメント
2023/03/27 URL 編集
遠藤氏などは、このスタイルの桂報告書を読んで、不満をぶちまけていましたよね。
彼は東北大の出身者で犯人の仲間でなければただの踊らされたピエロだということになりますが、最初から関与してますからねえ。
2023/03/27 URL 編集
一言狂痔
同情の声がまったく聞こえなかったのは、本人の不徳の致す処だろう。
南阿弥陀・南阿弥陀南無阿弥陀仏・・野良猫と成仏成仏・・
故物干しの釣人一言ミイラ男進士
2023/03/26 URL 編集
一言孤児
分からないが・・・
2023/03/26 URL 編集
2023/03/26 URL 編集
2023/03/26 URL 編集
DORAさんやOoboeさんとパートナー氏は小保方さんもこの細胞に関して「知らない」と答えた中の一人として桂報告書に書き込まれていることに惑わされていませんかね。この「細胞は大田ESと同じだと証明されているが、あなたは知ってますか」と問われたら、犯人でなければ誰でも「知らない」と答えますね。誘導尋問といいます。誘導尋問されていないサンプルの調査問い合わせに関しては知らない細胞については知らないと答えているのに、この細胞に関しては知らないとは言ってないですよね。
桂報告書は細胞増殖率実験に関してトリックを弄した虚偽を書いていますから、そういう点に関しては信用は出来ませんね。
2023/03/26 URL 編集
そして更に、この並びの入れ替えに松崎の意識的な犯意の片鱗が見えているわけです。最初の並びのままに4つの細胞を並べると以下になる。
>>
⑥STAP -stem FLS3
⑦129/GFP ES
⑧FI-SC CTS1
⑨FES1 ES
これだと⑦129/GFP ESは単にFLSのサブストックに過ぎないのではとまず思われてしまう。そうするとそこから寧ろ⑨FES1 ESこそなんだという当然の問いが浮かんでしまう。だから、以下の並びに変えた。
>>
⑥STAP -stem FLS3
⑧FI-SC CTS1
⑨FES1 ES
⑩FES2 ES
⑪ntESG1
⑫ntESG2
⑦129/GFP ES
⑦は特別で⑨FES1 ESの置き忘れ細胞なのだと思わせたがっているわけです。しかし、今や木星さんやパートナー氏らの努力の結果、⑦は少しも特別な置かれ方と説明がされているわけでなく、自然に解すればFLSだと分かることでしたよね。
>>
93番 129
94番 129ES
95番 129GFP ES
103番 ES+/- +/-:FLSがheteroだと判明して
いたので+/-と書いた可能性あり
109番 129 GFP+/- 1 FLSのことだろう(小保方)
自分で作成
111番 129 GFP+/- 2 FLSのことだろう(小保方)
113番 FLS 4番? 4番ばかり使っていた
(4番は感じ悪いので自分で使用)
114番 129 F1 GFP+/- 2 FLSから。他人から受け取った
記憶は今のところない・・・
2023/03/26 URL 編集
>>
⑥STAP -stem FLS3
⑦129/GFP ES
⑧FI-SC CTS1
⑨FES1 ES
⑩FES2 ES
⑪ntESG1
⑫ntESG2
ところが、この three SNP clusters reflecting parental heterogeneity の存在している6、11、12番染色体を1Mバイトで拡大表示する時の並びは以下の様に変えられている。
>>
⑥STAP -stem FLS3
⑧FI-SC CTS1
⑨FES1 ES
⑩FES2 ES
⑪ntESG1
⑫ntESG2
⑦129/GFP ES
2023/03/26 URL 編集
2023/03/26 URL 編集
>>
①STAP -stem GLS1
②GOF ES
③STAP -stem AC129-1
④129B6F1 GFP ES-6
⑤STAP chip-seq control
⑥STAP -stem FLS3
⑦129/GFP ES
⑧FI-SC CTS1
⑨FES1 ES
⑩FES2 ES
⑪ntESG1
⑫ntESG2
⑬GOF mouse
⑭129 cag-GFP mouse
⑮B6 cag-GFP mouse
2023/03/26 URL 編集
2023/03/26 URL 編集
それは後に論じることになりますが、今はこの短冊の中の話で、1メガバイトの中でそれぞれの近交系マウスの登録SNPs全部存在していたらグリーンに塗られる。1メガバイトの中のそれぞれの登録SNPs数は同じではありませんかが、それぞれ全部あればグリーンの意味は誰にでも分かる。
そして短冊の中に129の登録SNPsしか無かったら全部ブルーに塗られ、B6の登録SNPsしか無かったら全部ピンクに塗られるということも分かる。
129、B6のどちらにもマウスコンタミがあると、交叉、乗り換えによって塊として移動しますから、1Mバイトの全てが入れ替わっているということは考えられるわけです。しかし、その塊の端っこが含まれている短冊もあり得るわけですから、どちらもある場合はグリーンなんですから、B6が勝っていいたらその割合だけ上から少しピンクが下がる。129が勝っていたらその割合だけ下から少しブルーが伸びることになる。交配が重なるに従って端っこの位置は変わってきますので、更に細分されていくわけです。
これがグラフの見方ですね。
2023/03/26 URL 編集
25億に対して400万として、0.16%程度のサイトをコンピューターで調べているわけです。すべての箇所を羅列しても人間には全体がどうなっているのかが分かりにくいので25億サイトを細かくエリア分けして、その中に点在しているSNSs位置の塩基をグラフ表示している。グラフは大まかな方が10Mバイト、緻密な6、11、12番染色体のグラフは1Mバイトだと注に書かれている。
例えば、Figure 1-bのグラフの最下段に120という数値が12番染色体の塩基数が120Mバイト(1億2千万対)だと示されていて、その中を1Mバイトで区分けしているから120短冊が並べられていることになる。1つの短冊は1Mバイトですが、その中にあるべき129とB6の登録SNPsがちゃんと全部あったらその短冊はグリーンに着色されている。本来完全な近交系マウス同士のF1なら全領域がグリーンになるというのが基本知識です。
2023/03/26 URL 編集
2023/03/26 URL 編集
この本文で論じられているSNPsは129Sv-X1、129Sv-Ter及びとC57BL/6Nの「近交系マウスの登録SNPs」です。これでthe above three SNP clustersの中のSNPの定義に到達したところです。
2023/03/26 URL 編集
2023/03/26 URL 編集
次に、この話は単なるマウスの標準塩基に対するSNPに関する話ではないということです。近交系マウスとは何かと言うことを知らないといけないので、我々ど素人は大変です。
これは実験目的で出来るだけ変異の少ないマウスの要請から生まれた人口飼育マウスです。例えば薬の効果を調べるのにマウス実験する時にマウス種によって効果が違ってしまうと薬の効能に関する細かい知識獲得ができないので、DNAの固定されたマウスを作りたいという要請です。
近郊系マウスというのは最初のペアから生まれた複数の子供たちとその親の二匹を含むコロニーの中だけで近親交配させるんです。
一般に子供は両親からそれぞれ一本ずつのDNA鎖を受け取っていて、一番分かりやすいのは相同染色体の形成時期で、減数分裂する時にそれぞれの相同染色体に交叉や乗り換えが起こってそれぞれの親から受け取っていたものとは違う新たな配列ができて、次の子供に受け渡されるから個性の違う個体が出来て来る。これは一塩基に関するSNPsだけではなくて他のもっと大きな変異も含んだ新しい塩基配列の誕生です。
ここで、ペア形成が最初の雌雄の近親内に限定されているとどうなるかというと、原理的に20世代以上経過したときには、相同染色体の双方の対応する塩基位置の塩基種が同じに揃ってくるんです。ホモ接合といいます。こうなってしまうと、これ以降いくら交叉や乗り換えが起こっても新たな塩基配列は生じません。
こういうマウスを作ると最初の目的であった創薬研究時の実験で薬の効能が使ったマウスによって左右されるということが無くなるので好都合だということです。
2023/03/26 URL 編集
そもそも標準塩基配列とは何かということを知らないとSNPが何かは分からない。沢山のヒトのDNAの塩基配列を調べて、それを比較すると一か所において大半である塩基が標準塩基とされる。これは亜種においても同様に調べられているんですね。
裏返すと標準塩基の個人は存在しないかもしれないんですね。凡てを調べることはできませんから絶対とは言えませんが、確率的には存在しないと言っていいくらいでしょう。
2023/03/26 URL 編集
お前に合わせてやってるんだよ。この足軽の三下奴が。変態武家が聞いて笑わせるわ。その刃引きした小刀で腹を斬れ、みっともねえ馬鹿が。そもそもお前日本人じゃねえだろ。プーチンびいきの北鮮人かい。
2023/03/26 URL 編集
日本人で、英語の得意な人も不得手で翻訳機頼りの人も、或いはちゃんとした翻訳でないと無理な人も、総じて、この細胞生物学を知らない人に、いきなりこの文章をぶつけて意味を説明しろと言っても答えられる人は居ない。1958年のセントラルドグマの発表時にもはや社会人だった人は教職関係に居る人以外は余程の物好きしか知らないでしょう。現在85歳以上の人たちですね。でも実際にはもっと若い人でも知らない筈です。というのもヒトゲノムの全解読のドラフトが出来たのが2000年です。この頃にやっと主だった動物種のDNAの解読が進んだ。2000年に社会人だった人は平均20歳として今43歳です。それ以下の年齢の人でやっと高校の教科書でDNAを教えるようになったからある程度予備知識があるということです。今14歳以下で中学生以下の子供たちも知りません。予備知識があるのは15歳から43歳までの人たちだけで、ここに出て来るSNPの意味が分かるのはその内の理系の大学に進んで教養課程で学んだ人が主でしょう。まして、この文章を読んで意味が直ぐに分かるのはその中でも生物医学系の大学以上で学んでいる人に限られる。
非常に新しい分野なので、現在これらの知識を一般常識として定義するのは難しいでしょうね。
2023/03/26 URL 編集
一言
溝板長屋か・・・
2023/03/26 URL 編集
2023/03/25 URL 編集
尋ね人セイヤ
処でセイヤという大年増見かけませんか? 背中にオンブしている女の子の母親なんですが、ちょっと小用があるから、背中を貸してと言ったきりで、行方不明に。ここまで来るとこの店の看板の影で、一言と言う爺様が大泣きしておりまして、溜息とセイヤの二人組に麻雀で年金総て巻き上げられ、怖いおっかぁが居る家に帰れねぇと、そりゃ大泣きに泣いて鬘も斜めになる程。
2023/03/25 URL 編集
釣りです。んじゃ。
2023/03/25 URL 編集
>>
After the above three SNP clusters reflecting parental heterogeneity are excluded, the remaining 1,290 SNP alleles that distinguish FES1 and FES2 are supposed to have accumulated at or after establishment in 2005. Regarding these SNPs, STAP cell lines FLS3 and CTS1 and 129/GFP ES cells are nearly identical, but differ slightly from FES1 (at 30% of these alleles), suggesting that STAP cell lines FLS and CTS were derived from a sub-stock of FES1 ES cells.
どんな由来の細胞なのかという証拠能力に関する検討は一切ないわけでした。証拠能力に関するお話は以下が分かりやすいですかね。
https://www.youtube.com/watch?v=7ZHjfAaRLAk
この件は取り敢えず離れて、BCA報告論文の論旨を追いましょうかね。
今F1に関する問題だけを追っていて、この件の本文は上記で終わりですが、この分析に関するサプリ情報があって以下ですね。
>>
Whole-genome sequencing and SNP identification
We used the TruSeq DNA PCR-Free LT Sample Prep Kit for sequencing library construction using a standard protocol. The insert size of the STAP cell lysate sample is 350 bp and the other 14 samples are 550 bp each. We performed paired-end 150 bp sequencing for each DNA sample using 2 flow cells in the rapid-run mode of a HiSeq 2500 sequencer. We aligned paired-end sequence tags to the GRCm38 (mm10) mouse reference genome using BWA software4 (ver. 0.7.10) with “-n 0.02” option for the bwa aln command and “-a 2000000” option for the bwa sampe command. Raw data are available at DDBJ DRA (accession: DRA002862) (http://trace.ddbj.nig.ac.jp/DRASearch/submission?acc=DRA002862).
After filtering properly mapped tags and then removing PCR duplication with SAMtools (ver. 0.1.19), we identified SNPs from the aligned sequence data using SAMtools Mpileup and BCFtools (ver. 0.1.19) with default options. We also identified reliable SNVs including heterozygous alleles from aligned sequence data that satisfied the following criteria using SAMtools Mpileup after filtering the properly mapped tags. (1) Sequence coverage > 20. (2) At least 25% of reads supported alternative alleles that differed from the B6 reference sequence. For comparison to 129/Sv SNPs, we used commonly called SNPs in 129P2/OlaHsd (EMBL ENA: ERP000034), 129S1/SvImJ (EMBL ENA: ERS076385), and 129S5SvEvBrd (EMBL ENA: ERP000036) but not called in C57BL/6NJ (EMBL ENA: ERS076384) provided by the Wellcome Trust Sanger Institute (http://www.sanger.ac.uk/resources/mouse/genomes/).
2023/03/25 URL 編集
向こうのブログも徐々にコメント数も減って来てため息教授もなかなかやるじゃんと関心しきりですが、まだ閉鎖にまでは至っていないようです。
花咲か爺さんは流石に馬鹿言ってるのに疲れてきたのか最近は勢いが衰えてきていて喜ばしい限りですが、漫才は漫才、病気は病気なので、時々の巡回診察は大切です。
**********
>>
>ポトリしてキメラを作ってやりたい動機を持つ第三者なんていませんから
けけけけ。
滑稽なくらい意味のない推論ですよ。
研究に参加した方々は皆、笹井氏をして「ノーベル賞級」と言わしめる論文の共著者になるという利益が目の前にぶら下がっていたわけですよ。
すなわち栄誉と研究費ですなあ。
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ポトリして成功させたとされているのは2011年11月ですね。かなりの重症ですが、これは認知症の始まりですから気をつけないといけませんね。昔から間抜けな奴だったが、これは生まれつきの間抜けさではなくて老齢に向う過程での病気です。プーチンは昔から暗殺者の単なる人殺し野郎に過ぎませんが、ウクライナ侵攻を始めたのは認知症が原因ですから病気が原因なんですね。悪党も所詮人間で裸の猿に過ぎませんからボケるんですね。
若くてまだ意識がクリアな内は馬鹿真似していても自分の中で区別出来ているが、認知症のリスクのある年齢になったら本来の自分に正直に生きてないと馬鹿真似はいずれ正銘の馬鹿になってしまう。
本来の自分の関心事について考えたり書いたりしていると自己の自己たるアイデンティティを維持できるよ。
2023/03/25 URL 編集