学術界の人たちがひたすら沈黙する社会的な現象も、ESねつ造は単なる印象操作にすぎなかったことを示すものです。

ため息ブログと果てしない攻防が続いています。
しかし、皆、自論を正論としてがんばっているんですよね。
ため息さんは、学とみ子をつぶすためには手段を選びません。
言論の自由を大いに利用しています。

”FES1から129/GFP ESになるのに時間がかかる”の説明として、plusさんがネット検索したボトルネック効果を持ち上げました。学とみ子バカのための印象操作として、ボトルネック理論を、ため息さんは、”時間がかかる”に関連する説明できるかのように持ち上げました。
しかし、ボトルネック効果なる語句は、時間がかかるという話には関係が無い!事は、誰にでもわかりますね。

学とみ子つぶしにがんばってきたため息さんですが、さすが、OpenAI には手こずっているようです。
OpenAI の入力された情報には、ESねつ造派の学者による創作である小保方ESねつ造情報はありません。
今までESねつ造派の学者が命としてきた”ESねつ造”なる語はOpenAI に無いのです。

ため息さんがお遊び半分で出してきたOpenAI ですが、”小保方氏”は出てきても、”ESねつ造”すら無いのです。
追い詰められたため息さんは、「ESねつ造ってどういう意味だ!?」だなんて言ってます。



ため息さんです。

>小保方氏がES細胞を意図的に混入したかどうかは9年前はわからなかったのです。いまでも証拠がでたわけではないからわからないです。否定も肯定もされてません。

これはESねつ造は単なる印象操作をしただけとの考え方を示すものですね。
ESねつ造派からこうした見解がでてくるのは興味深いです。

事件当初、ESねつ造は、状況証拠からすごく疑わしいけど、決め手が無かったというように説明がなされました。
マスコミの説明がそうなっていましたね。ESねつ造画策者が小保方単独犯行であるとのストリーをマスコミに叩き込んだからです。
つまり、”状況証拠からすごく疑わしい”なる状況の中身は、当時、盛んに行われた印象操作に過ぎなかったということです。

つまり、印象操作によって、小保方氏のESねつ造を信じてしまった人たちはいろいろいるということです。
僅かに残ったため息ブログメンバーだけが信じてしまったわけではありません。
STAP事件にそれほど興味の無かった人たちの中では、今でもESねつ造を信じる人が少なくないでしょう。

しかし、実際には、ESねつ造について状況証拠もなく、新たな証言もありません。
今に至っては、学術界の人たちはひたすら沈黙しているということです。

こうした社会的な現象も、ESねつ造は単なる印象操作にすぎなかったことを示すものです。

ESねつ造を応援してくれる学術界の人もいなくなった現象で、すっかり手が無くなったため息さんは、一般人の思い付きに頼るしかないようです。

ため息さんは、以下のように自らを卑下して”幼稚なシミュレーション”などと表現し、「役者やのう」を演じています。
誰かに「ため息さんは大変謙虚な方」と言わしめたいのでしょう。

ため息さん

>まだ学とみ子はplus99%さんのボトルネック効果の説明や当方の幼稚なシミュレーションが理解できていないわけですね。学とみ子は自分が理解できない事象をデタラメと言うのがこの発言でよくわかります。


いづれにしろ、ESねつ造派の学者は、「小保方ESねつ造は、当然の前提としてあるのだ」とは言っていけなくなったのは確かであろうと思います。
体内時計さんも、過去のネット情報しか持ってこれなくなっています。






これは番外ですが、plusさんが遺伝子部位とそれ以外のメリハリをつけないでデタラメ説明をしている文章を、以下に引用してあげますね。


「SNP部位の塩基は変化しにくい」との説明として、plusさんは、確率論であるとは気づきませんでした。
ネット情報で仕入れた「生物における不利益な塩基変異は、それを克服する手段を持つ」との関連情報とplusさんは混乱しました。
plusさんは、この考え方を拡大解釈して説明に使ってしまったのでしょう。

事実、「系統ごとに登録されたSNP部位の塩基は変化しにくい」の答えとは関係ないのです。


つまり、plusさんは生物の生存論に寄り道してしまい、そこから戻れなくなりました。
plusさんは、学とみ子への罵倒もしっかり入れ誤解を書き続けてしまいました。


「系統ごとに登録されたSNP部位の塩基は変化しにくい」の学とみ子説明は、SNP部位における塩基変異の確率を問題にしています。
SNP部位に塩基変異が及ぶためには、細胞分裂が何度も繰り返しておきる必要があるということです。
以前から何度も、学とみ子は宝くじの考え方を示していて、理解できるはずと思っていたのです。
つまり宝くじで、当たりが1本の場合、全体くじの数が3本ならあたりが1/3だけど、全体くじが多数になったら、誰も当たらなくなるということですよね。当たりたい人は、何枚も宝くじを買う必要があります。
ため息さんはもう、とっくに理解している現象です。
ため息さんは、スピンしているのです。

こんな説明を聞かされるため息ブログメンバーが、理解を進めることができないのは、まさにため息さんのスピンの結果です。
ため息さんがしかるべき説明をしないので、他のため息メンバーも大事な点を理解することができません。



plusさんが遠回りの誤解ばかりをしていたのですが、以下のコメントが、それをよく表しています。
彼の説明は、検索したネット情報をはぎ合わせるために自論を作りすぎるのです。


plusさん

>「系統ごとに登録されたSNP部位」の多くは機能する遺伝子がない場所にあるせいでその変異は保存されているんですねえ。ですから、そこに新たな変異が起きたとしても、変異のせいで発生が途中で止まったり致死であるという確率が低くなるのですから、変異が保存されない、ということが起こる確率が低いでしょう。
ですから、比較問題としてはむしろ「系統ごとに登録されたSNP部位」、もしくはその近辺には変異が起こりやすいと言えると思いますねえ。

>けけけ。 それは何の呪文?なんの意味もありませんなあ。何の説明にもなっていませんよ。
とみこたんの無知無策を示しているだけですな。
「系統ごとに登録されたSNP部位の塩基は変化しにくい」などということの仕組みを説明しないでいいの?
できっこないですなあ。ただのデタラメだもの。ただの負け惜しみ。けけけけけ。
「1個単位の細胞でランダムに起こる」ということはついさっき自分が述べた
「系統ごとに登録されたSNP部位の塩基は変化しにくい」も
「短期培養では特定部位までの塩基変異は起きない」も
否定しているんですよ。
理解できないの?バカだからねえ。


plusさんは、ランダムという意味を理解せず、ランダムに反する現象を説明してしまうのです。
生物の進化という関係の無い説明をまぜてしまいます。

ここでも、誤解は続いています。ランダム理論なる説明に反しています。

>きちんと機能している遺伝子さえ保護されていないから生物は進化してきたんですよ。そうでしょ。
生きることになんの機能も果たしていない「系統ごとに登録されたSNP部位」なんてものがなんで保護されているんですかぁ?





いづれにしろ、ため息ブログ主及びメンバーが、”FES1から129/GFP ESになるのに時間がかかる”の現象について、理解できた時、彼らは、二度とこの議論に立ち戻ることはないと思います。



ハンニバル・フォーチュンさん
2023年4月2日 15:16
>学さん。あれは学さんあてのコメントですよ。

失礼しました。
宝くじの話理解できましたか?
塩基変異が起きるだけではなく、その変異が広がるとのいくつもの条件が満たされれなければなりません。
ですから、全体の塩基変異となるためには、何度も細胞分裂のための時間が必要です。
ため息さんはわかっているのですから、ハンニバルさんから徹底して聞きこめば良いのです。
これからは、独り言のように書かないで、しっかり質問先を明記しなさいね。




ため息さんがなぜ?周辺をぐるぐる回って結論に行かないのかわかりません。

しかし、新しく立ち上げた記事を読むと、ため息さんは学とみ子の言い分に気付いたみたいです。
以前の学とみ子説明を見て、ため息さんはしっかり理解したようです。
気づいた結果、さっそくスピンを始めました。

ここを読むと、スピンがわかります。

>「変異があった特定部位に変異が発生する確率がほほかと違って低い」ということを桂調査委員会が言っているのではないのです。

「変異があった特定部位に変異が発生する確率がほほかと違って低い」 と学とみ子が言ったかのようにスピンしています。

学とみ子の言わんとするのは、系統別SNPが生じている特定部位であっても、それ以外であっても、偶発的な塩基変異の確率は同一です。
しかし、SNPの生じている部位は全体塩基内の特定部位だから、そこに変異がおきる確率が低い
というのが学とみ子説明です。
ため息さんはスピンさせています。
”ほほかと違って” などという語句を入れ込んで、スピンさせています。
”ほほかと違って” なんて、ため息さんは悪知恵を働かせるから、ビビッて語句を書き間違えるのです。


恐ろしい策略ですが、ため息さんは、この解釈をずーっと間違ってきていたようでした。
ため息さんが桂報告書を引用してますが、ここにしっかりSNP解析の考え方が書いてあるのです。
これを読んだだけでは理解できない人たちが、ため息ブログ主及びメンバであるということです。

>ボトルネック効果を言っているわけですが、これを学とみ子は理解できず頭から否定しているわけです。

学とみ子はすでに、ボトルネックの説明は、学とめ子の赤玉白玉に近いという話をしてます。
ため息さんは読んでいないのです。


以下をコピペしておきます。

EDUCATION, 論文捏造
学とみ子の宝くじ
2023年4月3日 ため息 コメントする
学とみ子の「宝くじ」について

学とみ子ブログで「宝くじ」で検索すると14件の記事があります。

①2015/03/28 最初の記事では「研究をするには宝くじに当たる運が必要」ですから赤玉白玉には関係がないです。

②2021/06/05 赤玉、白玉思考という言葉がでてきます。「特定部位」という単語もここででてきました。
「1回の分裂で、どこかわからない不定箇所に変異がおきることと、決まった場所で変異が起きることは、起きた塩基側の視点に立てば同率です。」 ← 意味不明ですね。「起きた塩基側の視点」とは何でしょ。「ある特定の部位をでもそうでない部位でも変異の起こる率は同じ」と常識的なことを言いたいのかもしれませんが、日本語が不自由な方の表現ですからよくわかりません。もし、そうなら、現在のSNPの発生についての常識に一致しますが、違うようです。さらに

赤玉、白玉思考にケチをつけた学とみ子が言うのもなんですが、以下のことを想像してみたら、どうでしょうか?
たとえば、宝くじを買って、発表があるまでを待っているとします。
自分の持っている数字列が大当たりになるかどうか、発表後にわかりますが、多くは自分の数字列とはならないんです。

と書いてありますが、これも意味不明です。「多くは自分の数字列とはならない」とは宝くじの当たる確率は非常に低いといいたいのでしょうかね。なぜこのような表現になるのかよくわかりませんね。「宝くじに当たる確率は非常に低い」といったらそれでおしまいで、誰が宝くじの券を持っているかは関係ないことです。

この記事ではここで「宝くじ」の話はおしまいです。「赤玉、白玉思考にケチをつけた学とみ子」というのでどの記事なのかを探すと学とめ子さんのコメントが由来らしい。ここで学とめ子さんのコメントを見ると「赤玉5000個、白玉5000個混ざっている所から10個とると5個ずつになるとは限らず、赤7白3となることもある。これを培養すれば赤7000個白3000個になる。」という、ボトルネック効果を言っているわけですが、これを学とみ子は理解できず頭から否定しているわけです。否定する根拠は、 「実際には、変異した細胞が次々に周りを凌駕できるかは未知で未定だ。」 あるいは 「突然変異した細胞の分裂により、周りの細胞も変異を持つ。しかし、そのまま、その細胞の増殖が進行するかはわからない。」 とのことで非論理的で意味不明です。このとき学とめ子さんの例えを使った説明が理解できていれば、あとでわけのわからないことを言うようなことにならなかったと思うところですな。

③2021/06/13 特定部位の塩基変異は起こりにくく、…宝くじで説明したのと同じ理屈ですだそうで意味不明です。この記事で 「偶発的なイベントが重なることが条件になりますので、特定部位の塩基変異は起こりにくく、そのイベントを待っていてもなかなか自分の番が回ってこないというイメージです。」と表現しているのは宝くじを買って、発表があるまでを待っているとします。ということと同じなんですね。発生確率や宝くじに当たる確率は「特定部位」や「クジを持っている」こととは関係がないのに理解できないのでしょうか?

④2021/06/13 宝くじの理論を述べています。当方が「「学とみ子の買った宝くじ(特定部位)」と「知らない方の買った宝くじ(特定部位ではない部位)」の当選確率(変異確率)は同じ の意味わかる??」と言ったのに対し

私の買った宝くじは1枚ね。何百万人の人が1枚づつ買いました。
つまり、宝くじは何百万枚も売れました。このうち、だれかが当たります。
この誰かは、特定されてません。
宝くじを買った人のうち、誰かを特定した場合、その人が当たる確率は、私の確率と同じです。
私も、その特定した人も、当たる確率は低いです。何百万人の中の誰かではありませんから。
そういう話だわよね。確率論など知らなくても、だれでもわかります。

だそうです。意味わかる方がいるのでしょうか?この記事でもしつこく「A部位という特定部位での培養変異が起きることが条件となりますので、培養が長引いて、偶発的な変異があちこちの塩基に及んだ果てに、たまたまA部位でも塩基変異が起きるとなるので、そこが変異する確率が低いということになります。」 と特定部位での塩基変異が生じる確率ははそうではない部位より低いと一貫として主張しています。 「特定部位での塩基変異が起きにくいことをイメージするために、宝くじの話や、火事の話を、当ブログは出しているのです。」意味不明ですね。

⑤ 2021/06/20 決められた場所(特定部位)の塩基が変わりにくい事実という学とみ子の妄想脳内の”事実”を論じています。「つまり、宝くじを買って待っていても、自分の番号は当たりません。自分が入手した宝くじ番号は、当選番号ではないことがほとんどです。」 、「このように決められた場所(特定部位)の塩基が変わりにくい事実を前提に、STAP関連4細胞を調べました。」そのような事実はありませんが、学とみ子妄想脳内にはあるのです。

⑥2021/07/25 。宝くじに当たった人だけ見ていて、無数の外れた人を見れません。こんな人でも、医療系の教官が勤まる日本の大学システムです。以前はもっとまともだったでしょうけど……。と自分が確率を全く理解できていないのに当方の誹謗だけはするわけですね。

⑦2021/09/05 宝くじ的幸運というだけで違う話題です。

⑧2022/07/29 特定部位の塩基変異は、宝くじに当たる確率だと議論になりましたつまり特定部位の塩基変異は宝くじに当たる確率並に低いといいたいようです。

⑨2022/08/16 特異部位で偶発的塩基変異が起きる確率が低いからこそ、「FES1から129/GFP ESになるのに、時間がかかるはず」との論理です。誤りであるのは誰にでもわかります。塩基変異の量は継代培養の回数・期間と一定の関係にあるわけではありません。多ければ変位量も大きくなりますが、1回のDNAのコピーの際に生ずる変異の数が一定ではないので、期間を推定することはできないです。専門家の誰もFES1と129/GFP ESの変異の量からどのくらい培養を続けたのかの予想をしていないということは、この変位量から培養期間についての推測ができないということだと思います。学とみ子がもっと時間が必要だというのなら根拠を示すべきです。

当方が「「特異部位における塩基変異が検出可能まで広がる確率は低い」  ← 確率の問題ではないといっているんですよ。培養方法で広がるといっているんですよ。」とコメントしたのですが、学とみ子は確率の問題だと否定しています。ボトルネック効果が理解できないのです。

ひどいのは桂報告書13頁にも、培養細胞における塩基変異はめったに起きないと記載があります。というから当方がそんなことはどこにも書いてないと指摘すると、学とみ子は書いてなくても、わかるでしょうよ。と桂調査委員会報告書の「培養細胞樹立後もわずかずつ変異が生じるが、たまたま同じ部位に同じ変異が生じる確率は非常に低く、数か所に同じ変異(親マウスにはないもの)がある場合は、同一の培養細胞由来と判断できる。」を根拠として否定するわけです。日本語が理解できず異なることが書いてあることを引用するわけですね。「DNAの総量に対して変異する量は少ないが変異は発生する。発生はランダムで少ないから独立した2つの細胞を見たとき同一部位が変異していることはほとんどありえない。親にはない同じ部位に変異があるのなら共通の元の細胞がある」と書いてあるのが理解できないのです。
「変異があった特定部位に変異が発生する確率がほほかと違って低い」ということを桂調査委員会が言っているのではないのです。誰が読んでもわかることを学とみ子は理解できないのですね。「2つの細胞を比較したとき、同じ部位に変異が発生する確率はありえないくらい低い。だから同じ部位に変異があるのは共通の祖先を持っている」ということを桂調査委員会は言っているのであって、変異が生じた部位にさらに変異が生ずる確率が低いとはいっていないのです。その部位も他の部位も変異する確率は同じなのですが、学とみ子には理解できないのでしょうね。

⑩2022/08/20 ため息さんは、宝くじに当たった人だけを見ているんですよ。 「親子や由来が決定できるのと、同じ原理で、SNP部位の塩基変異を利用しています。どの塩基部位も、その場所は、25億分の1です。そこに当たるかでどうかですね。」 ← 意味不明ですね。

⑪2023/02/19 コイントスの話ででてきたので関係ありません。

⑫2023/02/23 ため息さんは、宝くじの確率ストリーを一旦理解したのに、採用するのを止めましたか?と昔、宝くじを持ち出して説明したとのことですが、上にあるように、学とみ子の宝くじは確率が低いということだけで、何かを説明したわけではありません。説明したと思っているだけで、その説明は誤りであると、毎回指摘しているのにまだ理解できていないわけです。

⑬2023/03/29 宝くじの例などを使った時の説明の時、ため息さんも理解しましたよね。 ← 説明したつもりになっていますが、誤りであるという指摘に反論できないのに、当方が学とみ子の説明を理解したと思っているわけです。上にあるように学とみ子の考えは間違いだと何回も言っているんだよ。

⑭2023/04/02 以前から何度も、学とみ子は宝くじの考え方を示していて、理解できるはずと思っていたのです。 ← 同上。学とみ子の説明は誤りだと、その度に指摘しているのに、そして反論できてないのに、学とみ子の説明に当方が納得したと思っているわけですね。唯我独尊妄想脳はなんともし難いですね。

結局、学とみ子の「宝くじを使った説明」というのは、めったに当たらない=起こらない=確率が低いということを示しているだけで、これで「SNPの生じている特定部位の塩基変異は起きにくい現象」などという有りもしない現象を作って、宝くじなみに低い確率だし、変異のあった細胞が数の上で優位になかなかならないから、FES1から129/GFP ESにまで変化するのは時間がかかると説明したつもりになっているのです。

何も理解できていないだけで、医師である学とみ子に逆らうとは何事と上から目線で、デタラメ、妄想という認識もなく、誰も支持していない嘘を書き連ねるわけですね。

>「「SNP部位の塩基は変化しにくい」との説明として、plusさんは、確率論であるとは気づきませんでした。」 ← 確率はどのDNA部分でも同じですから、「SNP部位の塩基は変化しにくい」というのは間違いです。

「SNP部位に塩基変異が及ぶためには、細胞分裂が何度も繰り返しておきる必要があるということです。」 ← はいそうです。ほとんどさらなる変異は発生しないでしょう。確率は非常に低いからね。だからマウス細胞株の系統がわかるわけです。これは「SNP部位に塩基変異」が起こりにくいということではありません。他の部位と同じ確率です。


偶発的な塩基変異なのだから、他の部位と同じ確率であるに決まってるじゃないの。そうじゃないと言ったのは、plusさんです。

まあ、こうしたミスを相手に擦り付ける人が、学術層にもいると言うことでしょう。




ため息さん、

>学とみ子の宝くじとは、ただ当たる確率が低いというだけだろ。ちがうの?

宝くじというのは、購入者があたる確率は誰もが同一であるを考えるためのものです。

各塩基は、それぞれ染色体の何番目なる自身の番号を持っていて、そこに変異が入るかどうかを待ってると言うイメージです。宝くじを買った人のような状態です。ため息さんの嫌いな擬人化です。



今回、ため息さんが過去に戻って、学とみ子の意見をいろいろ紹介してくれました。
ため息ブログの皆さんに理解してもらおうと、学とみ子が一生懸命に書いています。
学とみ子自身、自分の文章を読み返すと、「わかりにくい」と思うこともあるのですが、宝くじになぞらえた説明はきちんと書かれていたことを、今回、確認できました。

自分で読み返すと、「なぜ(他人が)わからない?」と思ってしまうのですが、事実としてため息さんはわかっていなかったようです。
でも、ため息さんは、「FES1から129/GFP ESへは、細胞分裂を繰り返す必要があるので時間がかかる」との事実は理解してくれたようでした。
学とみ子はいつでも、読者がわかるように書いているはずです。



でも、悪意に満ちたため息さんは、相変わらず、以下を言いますね。
学とみ子の説明文が、ため息さんにストンと入らなかったということですね。


ため息さん
2023年4月4日 12:20

「他の部位と同じ確率である」と「特定部位だから、そこに変異がおきる確率が低い」は矛盾だろ?という質問には、いつものように都合が悪いから返事は期待できませんし、事実ありません。


①「他の部位と同じ確率である」
②「特定部位だから、そこに変異がおきる確率が低い」は矛盾してません。

①は、宝くじを買った人は、どの人も当たる確率は一緒で、きわめて低い。自分の持っている番号(特定部位)はひとつという意味です。
②は、購入者自身が持っている番号、たったひとつの番号(特定部位)が当たる可能性は低いという意味です。

ふつう、宝くじのような簡単な話だと、人は自然に脳内で①②の違いを整理しています。何も難しいとは思いません。
①は、購入者の皆、当たる確率は一緒との概念 ①では同率
②は、購入者の番号が当たる確率は低いとの概念 ②では低い

ところが”SNP解析は難しい”との概念が、ため息さんの単純理解を妨げているのです。
ハンニバルさんも、linkage disequilibrium なんて考えるから、何のコメントも書けなくなるのです。

ため息ブログは、分かった人になりたくて、勝手に難しく考えてしまうのです。
お互いにもっと自然体で議論すれば科学知識は独学できるのに・・・。


ため息さん、

>「当方をSNPを知らない」と標榜するような方だから、このような大間違いができるのでしょうね。
学とみ子は桂調査委員会報告書p13に「たまたま同じ部位に同じ変異が生じる確率は非常に低く、数か所に同じ変異(親マウスにはないもの)がある場合は、同一の培養細胞由来と判断できる。」とあるのが理解できないわけですね。


ため息さん、

「SNP部位に塩基変異が及ぶためには、細胞分裂が何度も繰り返しておきる必要があるということです。」 ← はいそうです。ほとんどさらなる変異は発生しないでしょう。確率は非常に低いからね。だからマウス細胞株の系統がわかるわけです。これは「SNP部位に塩基変異」が起こりにくいということではありません。他の部位と同じ確率です。




学とみ子は、上記の桂報告書p13の説明からSNP解析を教わりました。
そして、FES1から129/GFP ESになるには時間がかかるということを知りました(考えました)。
桂報告書はフェアな裁定をめざした秀才が書いた部分と、ESねつ造を画策した学者が書いた文章が混在しています。
それぞれしのぎを削って、自論を通そうとしました。

浅く読むと、小保方ESねつ造は十分に証拠があると書かれているとなりますが、深く読みと、小保方ESねつ造の証拠はありませんになります。
桂報告書にあるのは画像の不正のみです。でもこのミスは小保方単独の責任でもないことが一般人でもわかるように書かれています。


今回のため息さんのレスポンスは、大学教授とは思えないものでした。

ため息さん、
2023年4月4日 17:31
>>学とみ子曰く:ところが”SNP解析は難しい”との概念が、ため息さんの単純理解を妨げているのです。

>そうですな、みんなが持っている宝くじはなかなか当たらないけど、誰かは必ず当たる。しかし、自分のはもっと当たりにくいということを単純理解できないから、ため息は無駄にお金を使っているわけだ。


plusさんも、間違いを認めません。
plusさんは、こんなことまで言うのかの感があります。
>ここ2・3日、録画してあったカーリングを見るのに忙しくてコメント書く気になりませんでしたが、


ため息ブログは、大事な基本となる議論をしません。ハンニバルさんは、自身の考え方の中身を紹介して、さらに議論しようとする姿勢がありません。他のメンバーの方は、議論に参加する気配がありません。

SNP解析を知ると、桂報告書の真意がわかります。でも、ため息ブログメンバーは、桂報告書を読み取れないし、自身で考えたりもしないようです。




当ブログは、捏造説、入れ換え説などの非常識的な説を否定しています。

桂報告書は、ES混入を示しただけです。原因は不明としても、プロたちは理由を想定しており、その想定内容について、当ブログは考えています。

一言居士さんに楽しいでしょう?と言われても、当ブログはそう思いません。おちょくられているの感です。

一言居士さん
>興味深いでしょ。そういう風に考え続けているといろんな発見にぶち当たる。考える楽しさですね


Ooboeさんですか?

>入れ替えトラブルがあったから???など、興味つきませんね。

入れ替え説なら、説は多数になります。各人のブログで紹介すれば良いです。




plusさんは、色々数値を出して話を作るけど、最後の結論だけは採用できる

>それゆえ、FES1はサブストックに由来する、つまり「STAP幹細胞FLS3、FI幹細胞CTS1、 および、ES細胞129/GFP ES」とは早い時に分岐したと考えられるのですね。


FES1は、129/GFP ESや幹細胞より以前からあったという意味です。FES1の培養が繰り返され129/GFP ESとなった時点でミスが起きました。


理研は、計算可能な数値は示していないが、plusさんは勝手に作ってしまう。知ったかぶりをする人の特徴は、理研が示していない数値を勝手に作ってしまい、間違ってもスルーするところでしょう。

塩基変異は、特異的に起こるのではなく、特異的部位に起こるかどうかが問題になる。

塩基変異は、ランダムなので特異的イベントではない。限定された部位で塩基変異が起きるかどうかが特異的なのである。このように説明しても、ため息さんは、また意味不明と言って逃げるだろう。他の人たちが理解できないように誘導しているのである。


理研は、根拠を数値で示していない事をまず理解したい。最後の結果しか書いていない。全体には触れていない。

桂報告書に示された数値、示されていない数値のメリハリをつけることが大事じゃないかな?





ため息さんは、学とみ子が、言ってもいないことを言ったかのように書く。ある人が買った宝くじ番号は、他の人より当たる確率が低い事があると、学とみ子が説明したと、ため息さんは言いがかりをつける。

こんな言いがかりを言うため息さんに対し、メンバーたちはスルーだ。plusさんは、次なる自身のデタラメを披露するだけで、ため息発言に触れていない。他のメンバーは、無言だ。


>そうですな、みんなが持っている宝くじはなかなか当たらないけど、誰かは必ず当たる。しかし、自分のはもっと当たりにくいということを単純理解できないから、ため息は無駄にお金を使っているわけだ。
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コメント

二言乞食孤児

気まぐれぺルドン
>>ちと釣りです。んじゃ

又他所様の干場に登り、下着泥を再現中・・三つ子の魂・百歳まで忘れられず・・
哀れなるかな・・・

二言乞食よ

気まぐれぺルドン
在米ポスドク氏をこじたんがボコった?
けけけ。そうなの?こじたんの日記にはそう書いてあるのね(笑)。
と、日記にはかいておこう、あさだあめみずあめ。「溜息ブログ8日」

plus99%にまで立ちションベンを掛けられている・・・

一言居士
以下の問題なんですが、どうもヘテロプラスミーよりも、まずはICRのミトコンドリアであるかないかの確認が先でしたね。まだこの頃は何もかもが混然として整理のついていない時期でした。

http://zscan4.livedoor.blog/archives/5171306.html


ちと釣りです。んじゃ。

一言居士
成功しているntESは原理的には自然胚からのESと同じですから、区別は出来ないのですが、唯一の違いは正にクローン胚を作った時の、核と細胞質をそれぞれ提供しているマウス背景が異なるということです。無論、同じ背景でも作れますし、その方が成功率が高いということもあるのかどうかは知りませんが、研究上の識別のためには変えていることが多いでしょうね。若山さんの研究の動物実験承認申請書では除核卵の提供マウスはICRマウスです。

FLSは129とB6のF1です。これがICRのミトコンドリアのDNAを持っていたらntESだということになるわけです。

一言居士
こういう流れでしょうかね。

①除核卵への体細胞核移植(クローン胚)→出生率1%
②自然胚→出生率ほぼ100%

①クローン胚胚盤胞期→インナーセルマス取り出し培養→増殖確認出来た株→キメラ実験→キメラ樹立株のみntES細胞として樹立確認
②自然胚胚盤胞期→インナーセルマス取り出し培養→増殖確認出来た株のみES細胞株として樹立確認

二言孤児骸骨信女

気まぐれぺルドン
形勢不利だと悟ると臆面もなく態度を変え、ヒタスラ胡麻を摺り始める。哀れなるかな。今までの生き方がもろに出る。在米ポスドクに散々細切れにされた事を思い出す。もう誰も真面に相手にせず、
嘲笑されるだけの人生が待っている。賽銭泥棒と下着泥棒の慣れの果てが、背中に彫った登り龍が、ミミズに化けた詐欺師と言う正体を自ら暴露している。雌鶏に食われる運命が待っている。
三条の大橋から身投げし、NYかサンフランシスコに漂流するヒッチハイクが待っている。憧れの同性婚が認められている都市だ。路上生活が待っているにせよ、セイの自由が待っている。縮んだチンチンを露呈させる自由がある、二言乞食よ・・・

一言居士
受精卵ES細胞の樹立率はArticle Extended Data Figure 1-i,jの→受精卵ES細胞のキメラ樹立率はArticle Extended Data Figure 1-i,jの

一言居士
ES細胞とntES細胞の作り方は同じですが、元の細胞が違うんですね。前者は自然胚ですが、後者はクローン胚なのでリシピエントの細胞質の力で体細胞核をリプログラムさせているから、そのリプログラムが不完全であると発生できない。細胞質の中の何がどういう仕組みで系譜決定されている体細胞核のDNA修飾を解くのか。分かってません。
先生は獣医学出身なので、その研究は畜産応用のために実際にクローン動物を作ることに主眼が置かれてきていて、その貢献に対する評価の高さは知られている通りです。クローン胚のもっと深いリプロクラムの仕込みを解明するという方向は今まで行ってこなかった。一人でやれることは限られていますからね。そこに小保方さんという何かやってくれそうな人が偶然飛び込んできたという事ですよね。自分も現役の研究者を降りて大学での後進の指導という教職につくことになっている。相撲でも野球でも現役引退というのは当人には寂しいものがありますよね。なにか、もう一仕事やれるんだけどなあという心残りもある。向こうに行って小保方さんと今度は本格的なクローン胚のリプロクラム原理の研究をしたいと思ったかも知れない。しかも、そう思ったからと言って何も悪いことでもない。






一言居士
さて、前振りのさわりから②の問題に入りましょうかね。

①FLBのソートとは何か。
②ヘテロプラス三―の証明はできているか。

ntESはクローン胚から発生させた胚盤胞のインナーセルマスを取り出して培養したものです。クローン胚をそのまま発生させると1%程度が正常な個体になる。
対して受精卵ES細胞の元は自然に交配させた卵ですから、当たり前ですが、そのまま発生させているとほぼ100%正常な個体になる。

どちらも胚盤胞期のインナ―セルマスを取り出して培養したのがES細胞ですから、ntESと受精卵ESに作り方の違いはありません。受精卵ES細胞の樹立率はArticle Extended Data Figure 1-i,jのコントロールに示されているように、2N実験ですと32/52で62%の発生率で、内ドナー細胞が混じったキメラは21/52ですから40%です。2Nはリシピエントのインナーセルマスからだけでも生まれますからね。4Nの実験ではリシピエント側のインナーセルマスは胎生致死で生まれてきませんから発生したらドナーの胎児です。生まれて後死んだのを除くと11/50ですから22%の樹立率です。結構低い達成率です。

一言居士
ため息与太郎教授はまだ自分のブログを閉じる気配がありませんね。困ったものです。実名を前提で書いてますからね。

>>ES細胞が混入したというのは説ではなく事実である。

スピン言辞ですね。BCA報告書タイトルと同じくES細胞の定義に先生の作成した小保方酸浴細胞核使用ntESも含まれ得るようにもレトリックされてますね。
学生のGOF ESはntESですが、リストの情報は関係者からの情報であって、科学的に細胞がES細胞であるかntESであるかを検査してはいないし、又、それは基本的には識別不可能だからなんですね。
またため息無駄口与太郎教授は、何に関して話していてるのかも意図的に曖昧にしてますよね。more scientific and academicな日本語書けないのかと訝る。学さんの事をとやかく言えるような日本語ではないですね。関係ない話題に小保方さんに関する虚偽の仄めかしを挿入しないように。気をつけんないと、その内吉良上野介になっちゃうよ。

一言居士
>>パンパスを穿いて駄々洩れ状態


また自分のこと言ってるんだな。オタンチンのオタンコナス。わっはっは。

一言ポンチタビナシ乞食坊主

気まぐれぺルドン
何時まで盗んだオバンpantsを穿いているんだ。
下着泥め・・
もうお前が棲む処は何処にもない・・
賽銭泥め・・・

一言居士
>>セイヤの腿の付け根の青い薔薇観たい・・・


はっはっは。馬鹿が。

ショボクレ一言乞食坊主

気まぐれぺルドン
いい気になって素人落語をやっていたら、ド素人めと座布団を巻き上げられた。もうお呼びは掛からないぜ。矢張りドンブラコと太平洋を流れていなきゃなんない。凹珍に帆を張って一寸刻みの漂流。
大体お前の様な四流アマを呼び寄せたのは誰だ・? スピン屋としても四流。パンパスを穿いて駄々洩れ状態。お天道様も笑っている・・・

マンジルチョンへ

一言居士
>>在米ポスドクの様な一流の学者

ははははは。とうとう正体現わしたか。間抜け。

セイヤへ

一言居士
笑わせるな、お前自身が藁人形じゃないか。冗談の分からない振りをするアッポ。

セイヤ観音

気まぐれぺルドン
行方不明か余りにも美貌の所為で、誘拐され遊郭に売られたかと、マジ心配していたら、やっとセイヤ観音が現れてくれた。しかもこちらが人様と揉め事を好むのではなく、単に握った擦ったが好きなのだと、ズバリ言ってくれた。後は太股の薔薇の刺青を、見せて頂ければ満足至極・・更に握って擦ってくれれば、天国に至る道となる。

一言骸骨信士の失言は、本人が余りにも愚かな存在だと気付いていない事に要因がある。在米ポスドクの様な一流の学者の前では、紛い物は紛い物に過ぎない事を、ガラス玉のルビーに過ぎない事を自覚すべきだ。

其の点、セイヤのお色気は本物だ。家宝にして床の間に飾り、夜な夜な可愛がりたいの一言に尽きる。おまけに賢い。48手など生まれ落ちた時から、精通している気配がする。嫁にするならセイヤ観音に尽きる・・・

学さん

セイヤ
一言居士氏は、他のコメント者に「なりすまし」を始めましたね。
ペルドン氏の「お代官さま・・・」コメントは、本人ではなく、一言居士氏が書いています。
今回は、一言居士氏が投稿の際に凡ミスをしているので、接続情報を調べなくても分かりますが、学ブログの信用をなくする行為ですね。

>一言居士さんに楽しいでしょう?と言われても、当ブログはそう思いません。おちょくられているの感です。

おちょくっていると思いますね。次の発言(3月27日)からも分かります。
「違います。私はあなたの考え方や思いに対して違うと言ったことはない。仰ってることが事実と違うと言っている。例えば、小保方さんは男だと書いてあったら違うというのが当たり前で、自分はそう思わないと書くのは馬鹿です。」

ブログ主の主張をまるで理解しようとせず、自己主張ばかりで、学校の先生から「高い」の反対は?と聞かれ、皆が「低い」と正解する中、ひとり「高くない」が正解だと強引に主張しているようなもんだ。道徳感に欠ける。

その一言居士氏をペルドン氏が批判しているが、それに同意する。
一見、不道徳のようなペルドン氏は「擦った揉んだ」の喧嘩が好きなように見えるが、彼は〓〓を「擦った揉んだ」が好きなだけだ。

一言乞食骸骨信士

気まぐれぺルドン
真実の場合、平凡な言葉が一番、寸鉄骸骨を刺す・・
墓穴を掘って泣きながら眠れ・・南無谷八幡大菩薩・・
セイヤの腿の付け根の青い薔薇観たい・・・

一言居士
はっはっは。お前の言葉遣い月並みになりつつあるぜ。ひひひ。その程度かよ。普通の頭の禿げた子供かいな。やれやれ。鼻血拭けや。あつぽ。

一言大法螺吹き骸骨信士

気まぐれぺルドン
今、軽トラにマイクを付けて、Plus99%が触れ回っている。
一言乞食坊主が、在米ポスドクに坊主頭にされ、丸裸にされ、ケツの穴に大根を突っ込まれたまま、大泣きして猫小屋に帰って行ったってさ・・・

一言首無し骸骨・女性下着収集家

気まぐれぺルドン
胸いっぱい女性の下着を抱えて、他所様の干場を徘徊しているのは、お前だよ。
骸骨になっても、それ程女性下着に執着心があるなら、新品の女Tバックを無料で進呈したのに・・
ため息に懇願したら使用中を一枚プレゼントしてくれるだろう。その貴重な一枚は、僕が記念に貰って置こう。これは内証だ。知れたら万札数枚払えと吹っかけるに決まっるから・・・

下着ヘチベルドン

一言居士
お前大丈夫か。徘徊してない?

一言居士
小保方酸浴細胞核使用ntEとの作製過程で→小保方酸浴細胞核使用ntEの作製過程で

一言骸骨信士下着泥

気まぐれぺルドン
言わないこっちゃない、下着泥が現行犯で見つかって、オバン達に殴る蹴るされて、骨盤が折れてしまった。可哀そうだから絆創膏で止めておいたが、走るなよ。大体年を感が得たら、大胆不敵に他所様の干場で、下着泥を企てるのは止めにしな。
今交番の前を通ったら、お前の躰のコピーと盗品のコレクションの女性下着の山が張られていた。心当たりの方はお引き取り下さいとさ。
近く「学」さんのブログも出入り禁止になるな・・・

一言居士
「たとえば細胞の樹立がなかなかできず、STAP細胞を注入したキメラ胚を使って初めて樹立に成功したデータ」というのはF1の4Nキメラが2011/11/28に撮影された時に幹細胞もできたよと先生に言われたと『あの日』に書かれていて、自己点検報告書にもそう書かれている当の幹細胞ですが、GOFマウス由来の2011/11/25培養開始のGLはあるが、このF1の幹細胞が理研に残されていないという不思議があるわけです。
私はこの存在しないF1の幹細胞こそ12/27Harukoテラトーマの上から先生が注射してしまった細胞だと見ている訳です。だから存在しないのだと。
そして、この細胞は私の仮説ではクローン胚からES化された後に樹立確認のためにキメラ胚に入れられて、12/28の4Nキメラ等となったが、この残りのキメラ胚から取り出した細胞がもう一度胚盤胞から取り出されて、このクムリナ文書の説明になっているのではないかという疑義があるわけです。
私は最初からこれは可能性の一つとして考えてはいたんですけどね。証拠がないから言いませんでした。その不満がリョーブさんやDORAさんやセイヤ氏なんかにもあるらしいということはとっくに気づいてましたが、警察をちゃんと入れて捜査しないといけませんよね。いつから山梨の研究所の所長兼務が決まったのかという問題と、任期が建物建設待ちで一年延長されたた事実との関係で、この最初のキメラ成功問題が絡んでいるのは、デイナの取材で、ヴァカンティ氏側のプロモーションの関係を疑う言葉を取材してますよね。
私のntES論では小保方酸浴細胞核使用ntEとの作製過程でそのキメラ樹立によるntESの樹立確認は必要ですが、そのキメラ胚からもう一度細胞塊を取り出す必要はありません。若しそれを以て幹細胞だとしようとしていたのなら、これは先生の捏造手続きということになるんですよね。

一言居士
このFLBなる未調査サンプルと、ネイチャーアクセプト直後に書き込まれた以下のクムリナ文書との関係が疑われているわけです。1か月後に手の平返ししましたよね。
>>
No. 2172 (2014/02/02 02:51) Cumulina
べさま コメントをありがとうございます。核移植を一番の専門にしているのに、核移植のいらない初期化方法を発表して、自分で自分の首を絞めている論文の関係者です。今回の小保方さんの発見はすごすぎたのかレフェリーに相手にしてもらえず、ずいぶん苦労しました。いまマスコミでリケジョとか違う方向で話題になっていますが、本当にすごい研究者で膨大な実験を徹夜続きで行いました。論文ですが、サプリにたくさんのデータが乗っていますが、それもほんの一部です。たとえば細胞の樹立がなかなかできず、STAP細胞を注入したキメラ胚を使って初めて樹立に成功したデータは、当初それだけで論文にするつもりでしっかりした表と解析を行っていたのですが、途中から直接簡単に樹立できるようになり、葬り去られました。実験中にどんどん発展していったのでしょうがないですが、STAP細胞の将来がすごく楽しみです。

一言居士
ばーか。おととい来やがれ。

気まぐれぺルドン
ひぇー、お代官様。もう致しませんから勘弁して頂戴。エーン、エーン。

ヘタレベルドンへ

一言居士
私が釣りに行ってるのは釣りブログで確認できるじゃないか。何をトンチンカンしてるんだ。お前は下着フェチなんだな。気持ち悪いやっちゃなあ。ヨーロッパでも乞食旅行でいつも下着泥棒して北鮮人なのに日本人を称していたんだな。この糞野郎。ぶん殴ってやる。これっ、凹っボコッ。

一言居士
まず理研に残されているサンプルは先生の山梨への引っ越し以降そのままですから、2013年4月1日時点でこうなっていたということです。先生の事後MTA日付は1年後の2014年4月1日です。
まず理研に残されたサンプルが樹立サンプルなら樹立数が異なっているし、打たれたナンバリングが正しいなら、実験数も違っている。

MTAでの4N実験は8個分行われて、樹立は4個ですが、理研に残されているサンプルはソート済が7個ある。ソートするのはキメラ胚に入れているので、取り出した時には2Nでも4Nでもリシピエント側のインナーセルマスと同時に取り出されて培養されるからですが、ドナー側にはGFPが入っているからそのGFPを指標に選別してドナー細胞だけを取り出して培養したということです。培養継代できたから樹立としてサンプル凍結されていると考えるのが普通ですが、増殖しなかった分も参考のために凍結したかも知れないのでその辺りは不明ですが、MTA側の8分の実験だとすると欠番のFLB-5がそれにあたりますかね。しかし、その場合2Nの実験数が変なんですね。
FLB-1と2は欠番です。そしてMTA側の実験個数は10個ですからまだ4個の欠番があることになり、FLS16-19であろうということになる。MTA側の樹立数は4個ですから欠番以外が4個残されていることになる。4N側の残され具合と整合してないですね。
この辺り何も調査されていないので分からないところです。このマウス背景を先生は何であると言ったか、或いは研究ノートに書いたかも調べられて無いし、遺伝子解析して「僕のマウス」だったのか、それとも岡部マウスとのF1だったのかも調査されていない。





一言骸骨乞食

気まぐれぺルドン
釣とか称して他人様の干場に登り、何をしているかと言うと、学さんの乾している下着を盗んでいるではないか。頭蓋骨がない為、下着を首に被せ、褌が破れてしまったので、学さんの下着を穿いている。何とも珍奇な下着泥棒稼業だ。近い内にお巡りさんに取っ捉まる。
ため息の御尻を追いかけるのは、辞めた方が良い。直ぐ交番に駆け込むタイプだ・・・

一言居士
ふむ、待っても来ないですねえ。ヘタレが。

①FLBのソートとは何か。
②ヘテロプラス三―の証明はできているか。

まずは①から行きましょう。
FLBの理研に残されていたサンプルは以下です。


41番 FLB-3 sort 1本
42番 FLB-4 sort 1本
43番 FLB-6 sort 4N 2本
44番 FLB-7 sort 4N 2本
45番 FLB-8 sort 4N 2本
46番 FLB-9 sort 1本
47番 FLB-10 sort 1本
48番 FLB-12 sort 4N 2本
49番 FLB-13 sort 4N 2本
50番 FLB-14 sort 4N 2本
51番 FLB-15 sort 4N 2本

対して先生の事後MTA添付細胞リスト記載事項は以下です。

STAP-SC 2012年1月31日 129B6F1-GFP Chimera embryos x 7 樹立2 FLB1 to 8 
*FLB:F1 Limphocyte Blastosyst

STAP-SC 2012年2月3日 129B6F1-GFP Chimera embryos x 3 樹立2

STAP-SC 2012年2月2日 129B6F1-GFP 4N chimera x 8 樹立4





一言居士
証明避けて→証明されて

一言居士
もう一つの難問はTs.Markerさんが言い出して、和モガさんが応じた議論である、ntESのミトコンドリアに生じることのあるヘテロプラスミ―問題です。このTs.Markerさんの調査結果と結論が正しければ私のntES論は既に証明避けてしまったことになるんですが、私自身はこれは言いきれてないと見ている。


この二つの問題をかまってちゃん乞食であるルの相手をしながら考えてみましょう。私はやられたらやり返すだけですからウクライナですね。あいつが先に手を出してくるのですからプーチンです。

一言居士
>>
女房にも追い出され

ええっ、それお前の事じゃないか?

お前ずっと自分自身の事を言ってると思っていたが、アルツハイマーの無意識じゃなくて、ひょっとして自覚的に告白してる訳か?

一言居士
ES細胞に下から→ES細胞にしたから

一言乞食

気まぐれぺルドン
頭骸骨が無くなって骸骨だけの赤褌姿で、立っている様は女房にも追い出され、夜這い専門で残飯を漁っている。釣とか大層に言いながら、爪楊枝でメダカを釣っている。
神職出だって、町内の稲荷に棲みついているだけじゃないか。早起きも賽銭をくすねる為の早起きに過ぎない。ため息がお尻を振りながら歩く様を、遠くから恥骨を握って、見詰めているに過ぎない。
骸骨になってもその欲望は抑えきれないらしい。哀れなるかな哀れなるかな・・ポンチタビナシ乞食一言・・・

一言居士
特に主張はしないままに桂虚偽報告書BCA虚偽報告論文を検討している過程で私のntES論の概要はでてしまいましたね。
私が提出した疑念を否定できない限りは「小保方さんがポトリ」を仄めかしたこの政府の正式報告書は虚偽記載文書だということになりますから、いずれ天網恢恢疎にして漏らさずという時期が来ることになるでしょう。それまでは私のブログの便所の壁に落書きされて居続けることになる。ここは今は誰も見てないが、既に実質5千人以上が覗いて行ってコピペしてる人もあるでしょうから、いずれお天道様は見てるという結果になっていくんですね。
ま、この学さんのコメント欄もため息ブログの自主閉鎖に伴って消去され、普通のブログに戻ることになるでしょうが、無論その時はルのコメントはため息ブログ同様アク禁でしょう。

ル、今の内だぞ、早くかかってこいや。

と、まあ、難問の方の話をすれば私のntES論自体には解明できてない部分があります。以前書きましたが小保方酸浴細胞の核をntESにするときに、まずクローン胚を胚盤胞にまで成長させて、その内部細胞塊を取り出してESを作り、それをキメラ胚に入れて樹立確認をするのですが、この2Nキメラ胚の内部細胞塊を取り出して又ES細胞に下から、先生は小保方さんの12/27テラトーマの上からそれを注射したということで、体細胞を切り出して接着したなどと間抜けたことを言った在米ポスドクならぬ在鮮スパイ野郎の鼻っ柱を叩き割ってやったのですが、しかし、以前にも言ったように、このキメラ胚からの二回目のES作りは通常のntESの作成手順には不要なんですよね。

一言居士
これで嘘でも武士階級だと主張している背乗り北鮮人たるルの奴も名乗りの手前は復讐の刃を研がなければ腰抜け侍の汚名を着せられ、日本国では生きていけなくなり、故国に帰らざるをえなくなるか、そんなバカは機関銃の餌食だと言われるのが怖くて、また世界を乞食旅行する羽目になってしまうのですから、今半島に残されていた錆びついた昭和軍刀を引っ張り出して研ぎだししている最中でしょう。研いでも研いでもまともな刃が出ないから時間がかかってしょうがない。

待っている間に、難問解きにチャレンジしましょう。

一言居士
何処に行っても相手にされないお前を相手にしてやってる俺くらいしかお前には話相手が居ないのだろ。それは仕方ないのだよ。お前ははっきり言ってアッポだな。どうしてその手のカキコ人間になっちまったんだろうな。お前はYeを知らなかった俺に対する優位な関係から、突然、惑星の洋梨型軌道があると言った瞬間に馬ッ鹿がと俺様にマウント取られちまったんだな。そういう油断したジョークを逆手に取られる可能性に対する用心深さが無いんだな。
我が国ではそういうのをとっちゃん坊やというな。ボードレールなんかは頭の禿げた子供達なんて言ってたかな。西鶴は知恵の浅瀬を渡る下々と言ったっけな。お前の祖国では機関銃の餌食なんて言ってたっけ。
まあお前の背乗りした足軽でも武士階級なので、1%の階級出身をその中で卑下しながら得意がってるようでは、本当に足軽の家の生まれで、特に誰に対して表明するわけでもない普通の方々に失礼で、過去を遡れば貴族階級出身の同様に何も世間対して表明するわけでもない普通の方々からは内心の失笑を買ってるということにも気づけまい。
お前が私から血反吐の出るまでぶん殴られ続けているのはお前のそういうチンケな差別意識だな。人は神の元に平等に生まれついているんだよ。神でなければお天様でもいいや。因みにいっとくが私は神職の家系筋だよ。俺様は優しい人間なんだ。
でも、暗頭來や暗頭打だからな。馬鹿にはこちらも馬鹿になって接する。相手が殴ってきたらその鼻っ柱を陥没させてやるのは快感だぜ。見ろ、お前のただ何でも逆を行ってればかしこいと人が思うと勘違いして味方しているプーチンがアングロサクソン人たちにボコボコにされて鼻血をだしている姿を。
世界にもお天道様は有るんだぜ。でも、現世に目に見えて存在しているのは人間だけだからな。神様でもないのに偉そうなことは言えないから、米国大統領もそんなことやめて、やめてと言いながら、プーチンの金玉蹴り上げている様子くらい、片方の目ん玉からポンチタビナシを垂らしているお前でももう一方の目でみえるだろうが。
今日は釣りの所為で腰痛が悪化しそうだから休んでるんで暇なんだぜ。何時でも掛かってこいや。くひひひひ。

一言ホモ孤児

気まぐれぺルドン
何処に行っても相手にされぬから、学さん処に夜這いし、ハイエナの様に女の鳴き声を上げている。
頭蓋骨は無くなり、骸骨にポンチタビナシをぶら下げ、夜這い専門に成らざるを得ない。

在米ポスドクに襤褸にされ、痛み蹴られ、禿尻尾を丸めて夜逃げしたのも、記憶がある。
お前の様な夜這い専門がしたり顔に、剽窃した英文でインキン田虫の金玉を飾っているのは、烏滸がましい限りだ。狸に騙されて肥溜めの風呂に浸かっているのが、分からない哀れさよ。そして何よりも臭い臭い臭い・・・

頭蓋骨を齧り取られた糞金国出生成分背乗りマンジルチョン(ル)ンペンの遺骨

一言居士
何言ってる。お前は俺の玩具じゃないか。愛想なんてつかしてないぜ。とことんぶん殴ってお前の鼻血を楽しみたいに決まってるだろ。オレオレ踊れ。

頭蓋骨がない土座衛門信士

気まぐれぺルドン
人様の真似をする以外能がないポンチタビナシ・・
そろそろ学さんからも愛想疲れ・・屋根裏の干場に戻りたいが、太平洋を土座衛門じゃ、溜息にも骨を拾ってもらえない。ジワジワと死神の手が伸びてくる・・・

ポンチタビナシの北鮮人へ

一言居士
頭蓋骨を齧り取られた糞金国出生成分背乗りマンジルチョン(ル)ンペンの遺骨が、野糞を垂れている。臭い限りだ・・・


一言骸骨乞食

気まぐれぺルドン
頭蓋骨を齧り取られた一言の遺骨が、野糞を垂れている。臭い限りだ・・・

一言居士
名人戦第一局は二日目の現在、コンピューター形成判断でほぼ互角です。凄いレヴェルですね。こういう世界もあるというのに。
んじゃ。

一言居士
最期に桂報告書に書かれている不審な文章にも触れておきましょう。5P。
>>
(2)常染色体の SNPs も同様にして調査した。その結果、STAP 幹細胞 FLS3、FI 幹細 CTS1、および ES 細胞 FES1、FES2、ならびに小保方研ストック ES 細胞 129/GFP ESは、ほぼ 129 x 1/SvJmsSlcxC57BL/6NCrSlc の遺伝的背景を持つことが判明した。ただし、本来は全ての SNPs で 129 と C57BL/6 のヘテロ接合体になるべきと考えられたが、実際は、FES2 を除く 4 株では、調査した 99 か所中 4 か所において 129 由来のホモ接合体になっていた。このことは、これらの幹細胞を作製したマウス系統の遺伝的背景に不均一性があったため生じた可能性と、これら 4 か所において突然変異が生じた場合とがあることを示していた。実際、若山研で飼育されていたAcr-GFP/CAG-GFP マウス(遺伝的背景は C57BL/6)には、その遺伝的背景に不均一性が見られた( 3)NGS による解析結果 を参照)


「調査した 99 か所中 4 か所において 129 由来のホモ接合体になっていた」と書かれている。DNAの全解析をして百万箇所単位の登録SNPsサイトを調べたのではなかったのか。それがBCA報告論文のExtended Data Figure 1-aではないのか。25億サイトを10メガ単位で区切ったのだから、250箇所に切り分けられている筈ですよね。
まず99というと残りの151サイトは登録SNPsの存在しないホワイトエリアなのか。そんなことはあり得ないでしょう。どうして99箇所なのだ。
しかも、その中のこれはブルー部分だけを言っているが、4か所というのは塊のはずですよね。99のスライスの中の4スライスではないですね。

本当に杜撰な報告書です。世界に対して恥をさらしてますね。みっともない。

一言居士
というわけで、本文の
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After the above three SNP clusters reflecting parental heterogeneity are excluded, the remaining 1,290 SNP alleles that distinguish FES1 and FES2 are supposed to have accumulated at or after establishment in 2005. Regarding these SNPs, STAP cell lines FLS3 and CTS1 and 129/GFP ES cells are nearly identical, but differ slightly from FES1 (at 30% of these alleles), suggesting that STAP cell lines FLS and CTS were derived from a sub-stock of FES1 ES cells.

親の不均一性を反映する上記の3つのSNPクラスターを除外した後、FES1とFES2を区別する残りの1,290のSNP対立遺伝子は、2005年の確立時または確立後に蓄積したと考えられる。これらのSNPに関しては、STAP細胞株FLS3とCTS1および129 /GFP ES細胞はほぼ同一であるが、FES1とはわずかに異なり(これらの対立遺伝子の30%)、STAP細胞株FLSおよびCTSがFES1 ES細胞のサブストックに由来することを示唆している。
**********

という結論の説明としてのサプリとしての以下の文章は本文との関連性が何も書かれていないのです。
**********
We also identified reliable SNVs including heterozygous alleles from aligned sequence data that satisfied the following criteria using SAMtools Mpileup after filtering the properly mapped tags. (1) Sequence coverage > 20. (2) At least 25% of reads supported alternative alleles that differed from the B6 reference sequence.

また、適切にマッピングされたタグをフィルタリングした後、SAMtools Mpileup を使用して、次の基準を満たす整列配列データからヘテロ接合対立遺伝子を含む信頼できるSNVを特定した。(1) 配列カバレッジ が20以上。 (2) B6参照配列とは異なる代替対立遺伝子をサポートしているリードが少なくとも 25% 。
**********

何も書かれていない、何も主張されていない、ただsuggesting that STAP cell lines FLS and CTS were derived from a sub-stock of FES1 ES cellsと何の根拠もなく、無責任に仄めかされているだけなのです。



一言居士
最期です。
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Antibody staining of teratoma samples
Paraffin sections were prepared from the paraffin block of the teratoma samples after slicing approximately 100 x 5 μm sections for DNA extraction and treated according to a standard protocol for immunostaining. Chick anti-GFP antibody (Abes, GFP-1020) was used at a 1/500 dilution.
 
PCR primers
The sequences of the PCR primers used in this investigation are available upon request.
 
We thank N. Kondo and the Genome Network Analysis Support Facility (GeNAS) at the RIKEN Center for Life Science Technologies for WGS. We also thank T. Endo, H. Ohta, S. Hayashi, H. Kiyonari, S. Kuraku, C. Kishida, and Doug Sipp for their assistance. This investigation was financially supported by RIKEN.


テラトーマサンプルの抗体染色
DNA抽出のために約100×5μmの切片をスライスした後、テラトーマサンプルのパラフィンブロックからパラフィン切片を調製し、免疫染色の標準プロトコルに従って処理した。ニワトリ抗GFP抗体 (Abes、GFP-1020) を1/500希釈で使用した。
 
PCRプライマー
この調査で使用されたPCRプライマーの配列は要請があれば提供できる。
 
WGSに関して、N. Kondoと理化学研究所生命科学研究センターのゲノム ネットワーク解析支援施設 (GeNAS) に感謝する。 また、T. Endo、H. Ohta、S. Hayashi、H. Kiyonari、S. Kuraku、C. Kishida、および Doug Sippの支援に感謝する。 この調査は理化学研究所によって財政支援された。
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清成さんは丹羽さんの再現実験でキメラ胚へのナイフ切り分けインジェクションを手伝った人ですね。今は理研のユニットリーダーになっている。何もしてない人の名前を遠藤や大田や林GDやの悪党の中に混ぜ入れるなよな。






一言居士
次です。
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Quantitative PCR of teratoma samples
Genomic DNA was extracted using a QIAGEN QIAamp DNA FFPE Tissue kit (Qiagen) from 10 to 20 sections 5µm thick that had been sliced out of paraffin blocks. Genomic DNA samples were prepared from the STAP cell teratoma block in duplicate (2.2 µg and 6.1 µg). Newly prepared solutions, PCR primers and apparatus were used for the second isolation. All PCR primers for quantitative PCR were designed to be less than 100 bp in length so that fragmented DNAs in the fixed samples were efficiently amplified. Quantitative PCR was performed with FastStart Universal SYBR Green Master Mix (Roche) in a TAKARA TP 860. The degree of PCR amplification was quantified relative to that of the Il2 gene as a standard using the ΔΔCt method. Initially, we detected gfp with two different primer sets to roughly estimate its relative copy number compared with two copies of the Il2 gene/genome, followed by the determination of the gfp transgene type using PCR primers that detect the junction between the Acrosin gene promoter (and the Oct4-promoter) and the gfp gene. The amplification efficiency of primer pairs for Acr-gfp and Oct4-gfp relative to that for Il2 gene was not quantified, but the copy number of Acr-gfp in FLS4 and Oct4-gfp in GLS13 relative to the Il2 gene coincided with the values determined by WGS (20–24 copies vs. approximately 28 copies, respectively), suggesting that the amplification efficiency of individual PCR primers was within a permissible range.

テラトーマサンプルの定量PCR
パラフィンブロックから切り出された厚さ5μmの10から20の切片からQIAGEN QIAamp DNA FFPE Tissue kit(Qiagen)を使用して、ゲノムDNAを抽出した。ゲノムDNAサンプルはSTAP細胞テラトーマブロックから二回分(2.2μgと6.1μg)調製した 。新しく調製した溶液、PCRプライマー、および装置を 2 回目の分離に使用した。定量PCR用のすべてのPCRプライマーは、固定サンプル中の断片化されたDNAが効率的に増幅されるように、長さが100bp未満になるように設計されている。定量PCRは、TAKARA TP 860でFastStart Universal SYBR Green Master Mix(Roche)を使用して、実施された。PCR増幅の程度は、ΔΔCt法を使用して、標準としてIl2遺伝子の発現量と比較して定量化された。最初に、2つの異なるプライマーセットを使用してgfpを検出し、Il2遺伝子/ゲノムの2つのコピーと比較して相対的なコピー数を概算し、続いて、アクロシン遺伝子プロモーター( および Oct4 プロモーター)とgfp 遺伝子の間の接合部を検出するPCRプライマーを使用してgfp導入遺伝子の種類を決定した。Il2遺伝子に対するAcr-gfpとOct4-gfpのプライマーペアの増幅効率は定量化されていないが、 Il2遺伝子に対するFLS4のAcr-gfpとGLS13のOct4-gfpのコピー数は、 WGS によって決定された値 (それぞれ 20 ~ 24コピー対約28コピー)と一致し、個々のPCRプライマーの増幅効率が許容範囲内であることを示唆している。
**********

まずこのテラトーマの解析時に使われたパラフィンプロックに小保方さんが名付けているのは「CD45 カルス テラトーマlike」です。これを桂報告書(スライド)はパラフィンブロック「CD45 カルス テラトーマ」としてlikeの文字を消している。
小保方さんがlikeの文字を入れたのは無論ヴァカンティ足場を使ったからですが、ティシュー論文と博論でもB6を使っていて、この通常のプロトコルでのテラトーマは出来ないことが分かっていたので、ヴァカンティ足場に培養液を含ませた足場毎埋納して、テラトーマを作ったが、それはESのようにそのまま皮下に注射したもので無く、栄養剤を含ませた足場はインヴィトロの三胚葉分化実験に継続して組織内に癒着するという中間的な作り方なので、テラトーマlike と名づけていたので、この12/27Harukoの実験もB6マウスだったから、先生はキメラが出来たとは言っているがGOFマウスの酸浴細胞をそのままヴァカンティ足場の埋納法で作り、通常のプロトコルでの実験は精巣へのインジェクションで確認しようとしていたものです。
ドナー細胞はGOFマウスで小保方さんはそれ以外は使えません。F1なら先生に作ってもらわなければいけないが、小保方さんは休日出勤して、先生の知らない間に作製した後に渡米した。小保方さんが大田ESでこの実験を捏造していたのなら、若山さんはF1マウスを小保方さんに渡していたことになるが、小保方さんがGOFマウスしか使えない状態で大田ESで捏造することはないわけです。
作成当時は何があったのかは知られていませんが、アクロシンが出たと松崎が言った時には、先生は自分もF1を渡したと言わなければならないですし、小保方さんがドナーマウスとしてGOFマウスしか使えなかったと知っていたら、テラトーマの捏造犯は小保方さんではありえないと証言しなければなりませんよね。
でもどちらもしなかった。自分が小保方さんの実験の上から作成したばかりの幹細胞を注射したからです。キメラが出来たと言っている以上テラトーマができなければ小保方さんが怪しむからです。リクルートのために山梨大での助手のポストを用意しているとプロポーズ出来るまで間の時間稼ぎの方便の嘘だったからです。
BCA報告書のテラトーマの解析グラフにはわずかながらOct4-GFPが検出されていたのをアルイミオウジ氏が指摘した。しばらくネットで騒がれた後に松崎はこのグラフをOct4-GFPの全くないものに差し替えたのです。小保方さんがドナー細胞にGOFマウスを使っていたことを隠したかったので、同じ理由で、サンプルラベルに小保方さんが書いていたlikeという言葉を消していたのです。
そして、体細胞を切り出したなどとそれがリシピエントマウスであるヌードマウスのDNAであるかも確認せずに、GFPがないからドナーの体細胞だと言ったのです。仮にこれがICRマウスだとしたら2Nキメラ胚のリシピエントマウスの内部細胞塊由来ES細胞がテラトーマ形成したのだということが判明してしまったことでしょう。だから調べなかったのだ。
悪党です。

一言居士
と、若いころにヨーロッパを乞食旅行してまわったのだけが自慢のヒッピーのなれの果てポンチタビナシマンジルチョン糞爺いを蹴りだしたところで、続きをやりましょう。もうその後は大したことが書かれてませんね。
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Detection of long deletions and duplications
We used SVDetect with a "linking" option to find long deletions and duplications as potential signatures that can identify identical samples<6>. The detected candidates were filtered using "filtering" and "links2compare" options to obtain reliable structural changes and were manually inspected and validated by PCR and Sanger sequencing.

長い欠失と重複の検出
識別すべきサンプルを識別できる潜在的特徴である長い欠失と重複を見つけるために、「linking」オプションを指定したSVDetectを使用した<6>。検出された候補は、信頼性できる構造変化を捉えるために、「filtering」および「links2compare」オプションを使用してフィルー処理され、PCR およびサンガーシーケンスによって手動で検査検証された。
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以下の本文にあるB6の3番、129の8番に存在する欠失の検出です。
>>
these STAP cell lines shared two genomic characteristics with FES1, but not FES2; first, two chromosomal deletions (Fig. 1a) are present only in FES1 and all Acr/cag-GFP STAP stem-cell sublines, but not in the other cell lines examined, in the paternal Acr/cag-GFP mice (frozen stock in 2010), or in potential maternal 129 substrains available in Japan.

シャバダバ桂報告書の同じ叙述箇所で指摘したとおり、これはFES1はFLSに差し替えられているのですから当たり前の事実をいっているだけで、FES2にないのはこれが大田細胞のままだと指摘したところです。シャバダバ桂とアッポ松崎はFES1は2005年のものだという前提で2005年のFES1の遺伝子欠失が後から作られたFLS3,129/GFP ES,CTS1にある筈は無かろうという論理展開をしているつもりなんですが、FES1は先生がFLSにラベルをFES1としただけで、バカみたいな話になるのですから、先に証拠能力の検証が必要なのにそれを行ってない弱みから、これだけでは仄めかしには十分でないと思って、今度はSNPs解析から、培養変異の話にをすり替えた後に、何を証明したのでもないのに、suggesting that STAP cell lines FLS and CTS were derived from a sub-stock of FES1 ES cells.とたわけたことを書いているのです。
GLSの欠失も同じです。これは入れ替えです。



一言居士
何時まで人様のブログにお前の生まれによく似合った下品な書き込みをしているんだ。やかましいわ。お前にとって終わった話ならここに居る必要が無かろうが。馬鹿が。とっとと失せろ。

一言土座衛門

気まぐれぺルドン
鮫に齧られたのか、頭蓋遺骨が消えたらしい。
魚の餌を一緒に昼飯に食べているらしいな。長くはないらしいから遅く短く生きてくれ。

さて、北朝鮮と無理難題を吹き掛けているが、最新のDNA調査でユダヤ系と判明した。ため息も同系らしい。出身地と姓名がユダヤ系。

日本古代史が面白くなってきた。一言乞食とは関係がない話になる。そもそもStapに無理矢理顔を突っ込んで来て、他人様の物乾しで魚を釣るとは、矢張り詐欺師の系統らしい。stapの偽の系図が魅力的なのだろう。
ドンブラコドンブラコと太平洋を頭蓋骨を失った骸骨が流されていく・・・

一言居士
今日は釣りに行けないので書き続けていますが、ちと休憩して餌の配合でもしましょうかね。んじゃ。

一言居士
さあ、この時に定義されたSNVsは近交系マウスの登録SNPsサイトの塩基変異ではありませんよね。培養細胞の中の1/4に生じているSNPsサイト以外の他の場所に現れた一塩基変異です。培養変異ですね。これは培養期間の長さに比例して多くなるということが分かる。しかし、それが多いから細胞の時系列的先後は無論決まりませんよね。それにここにはそんな結論めいたことは何も書かれていない。ただ、SNVsをたくさん見付けたと述べているだけです。
本文に書かれていたこととどういう関係かは最後まで読まないと分かりませんね。
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Identification of gfp insertion sites
We mapped the reads to gfp sequences and extracted mate-pairs for which only one end was mapped to the gfp sequence using BWA. The extracted reads were mapped to the human<→mouse> genome. We manually inspected the mate-pairs bridging between gfp and mouse genome sequences using IGV<5> and determined the exact positions of insertion sites supported by multiple mate-pairs.

gfp挿入部位の同定
リードをgfpシーケンスにマッピングし、BWAを使用して片端のみがgfpシーケンスにマッピングされたメイトペアを抽出した。抽出されたリードはヒト(→マウス)ゲノムにマッピングされた。IGV<5>を使用して、gfp とマウスのゲノム配列をつなぐメイトペアを手動で検査し、複数のメイトペアによってサポートされる挿入部位の正確な位置を決定した。
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ヒトゲノムとマウスゲノムを間違えている。嫌々仕事だから不注意になるんです。BCA報告論文の文責は松崎ですが筆頭著者は別の研究者です。内心嫌々書いているということが伺えるんですね。
行っていることはGFPの人工遺伝子の位置を探すことで、この挿入遺伝子は標準配列より長くなるわけですから、リードの双方向から探索してこの延長箇所を見つけるということです。

一言居士
ここはTs.Markerさんの専門のようですね。バイオインフォマティクスの分野ですからある程度は勉強しないと概要把握もできません。そこは初歩の教科書やユーチューブの入門授業で格闘して戴くとして、難所は以下ですよね。
>>
we identified SNPs from the aligned sequence data using SAMtools Mpileup and BCFtools (ver. 0.1.19) with default options. We also identified reliable SNVs including heterozygous alleles from aligned sequence data that satisfied the following criteria using SAMtools Mpileup after filtering the properly mapped tags.

先にも書いたようにHiSeq 2500を使ってマニュアル通りにシーケンスを行い、結果をSAMtools Mpileup とBCFtools で表示させたというわけです。その表示見本はTs.Markerさんのブログにあります。レター論文に記載されているNCBIに登録されているRNAデータを遠藤が解析したものと同じものを、誰にでも見れるようにTs.Makerさんが公開されている。これはRNAデータですが、松崎はDNA解析を行っているんです。もっとも桂報告書には妙な記載があるのですが、その問題は後回しです。

ここではwe identified SNPs from the aligned sequence data と書かれているとともに、We also identified reliable SNVs と書かれていて、SNPs以外のSNVsを見つけたと述べているわけです。
SNPsもSNVsも一塩基変異ですが、SNPsの方がより多くの人に共有されている変異で全体の1%以上に存在していればSNPsと定義されている。その根拠は病例での研究が中心ですから、ある程度の人が持っていないと研究の効率が悪いというような理由ですね。それ以外の一塩基変異はSNVsだということになる。

解凍した試料の細胞は沢山あって、その中の一部分の細胞を取り出してDNAを抽出し、それを裁断してもう一度標準配列に添わせて再配列させる。細胞の数だけ同じサイトのリード が積上がって来るわけです。一か所のサイトにいくつのリードが重なるかによって精度が変わる。それが the following criteria として羅列されている。
>>
(1) Sequence coverage > 20.
(2) At least 25% of reads supported alternative alleles that differed from the B6 reference sequence.

(1)はリードの重なりがカバレッジです。20本以上という意味です。20個分の細胞以上ということです。これは次世代シーケンサーの仕組みが関係していて、細胞の数はとてもたくさんの分なんですが、細胞の数だけリードがあるとは限らないんです。フローセルに大量のリードを流すんですがその時に大半は外に流されてしまうんです。捕まったリードだけがシーケンスされるんです。だから偶然に一つのサイト上に20本以下の場合もあるのですが、その場合は信頼性が低いので分析結果に採用されないということです。
(2)は(1)の条件を満たしているサイトで重なったリードの1/4がB6の標準塩基と異なっていたらSNVsとすると定義づけているわけです。







一言居士
素人には難所の場所です。
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Whole-genome sequencing and SNP identification
We used the TruSeq DNA PCR-Free LT Sample Prep Kit for sequencing library construction using a standard protocol. The insert size of the STAP cell lysate sample is 350 bp and the other 14 samples are 550 bp each. We performed paired-end 150 bp sequencing for each DNA sample using 2 flow cells in the rapid-run mode of a HiSeq 2500 sequencer. We aligned paired-end sequence tags to the GRCm38 (mm10) mouse reference genome using BWA software4 (ver. 0.7.10) with “-n 0.02” option for the bwa aln command and “-a 2000000” option for the bwa sampe command. Raw data are available at DDBJ DRA (accession: DRA002862) (http://trace.ddbj.nig.ac.jp/DRASearch/submission?acc=DRA002862).
After filtering properly mapped tags and then removing PCR duplication with SAMtools (ver. 0.1.19), we identified SNPs from the aligned sequence data using SAMtools Mpileup and BCFtools (ver. 0.1.19) with default options. We also identified reliable SNVs including heterozygous alleles from aligned sequence data that satisfied the following criteria using SAMtools Mpileup after filtering the properly mapped tags. (1) Sequence coverage > 20. (2) At least 25% of reads supported alternative alleles that differed from the B6 reference sequence. For comparison to 129/Sv SNPs, we used commonly called SNPs in 129P2/OlaHsd (EMBL ENA: ERP000034), 129S1/SvImJ (EMBL ENA: ERS076385), and 129S5SvEvBrd (EMBL ENA: ERP000036) but not called in C57BL/6NJ (EMBL ENA: ERS076384) provided by the Wellcome Trust Sanger Institute (http://www.sanger.ac.uk/resources/mouse/genomes/).

全ゲノムシーケンシングとSNP同定
TruSeq DNA PCR-Free LT Sample Prep Kit を使用し、標準プロトコルを使用したシーケンスライブラリの構築を行った。STAP細胞溶液サンプルの挿入サイズは350bpで、他の14サンプルはそれぞれ550bpである。HiSeq 2500シーケンサーのラピッドランモードで2つのフローセルを使用し、各DNAサンプルに対してペアエンド150bpシーケンスを実行した。bwa aln コマンドの「-n 0.02」オプションと bwa sampe コマンドの「-a 2000000」オプションで、BWAソフトウェア4 (ver. 0.7.10) を使用して、ペアエンド シーケンス タグを GRCm38 (mm10) マウス参照ゲノムに整列させた。 生データは DDBJ DRA (アクセッション: DRA002862) で入手できる。(http://trace.ddbj.nig.ac.jp/DRASearch/submission?acc=DRA002862)
適切にマッピングされたタグをフィルタリングし、SAMtools (ver. 0.1.19) で PCR 重複を除去した後、SAMtools Mpileup と BCFtools (ver. 0.1.19) をデフォルト オプションで使用して、配列データからSNPを特定した。また、適切にマッピングされたタグをフィルタリングした後、SAMtools Mpileup を使用して、次の基準を満たす整列配列データからヘテロ接合対立遺伝子を含む信頼できるSNVを特定した。(1) 配列カバレッジ が20以上。 (2) B6参照配列とは異なる代替対立遺伝子をサポートしているリードが少なくとも 25% 。129/Sv SNPとの比較のために、129P2/OlaHsd (EMBL ENA: ERP000034)、129S1/SvImJ (EMBL ENA: ERS076385)、および 129S5SvEvBrd (EMBL ENA: ERP000036) で共通に呼ばれるSNPを使用したが、Wellcome Trust Sanger Institute(http://www.sanger.ac.uk/resources/mouse/genomes/) 提供のC57BL/6NJ では呼ばれていない ( EMBL ENA: ERS076384) 。
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難所ですよね。

一言居士
順番に検討していきましょう。
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Cell culture
STAP stem cell lines (FLS3, 4, GLS1, 11, and AC129-1,2) and FI stem cells (CTS1, 11) were cultured with mouse embryonic fibroblast feeder cells treated with Mitomycin C in GMEM supplemented with 10% FCS, 1x sodium pyruvate, 1x non-essential amino acids, 10^-4 M 2-mercaptoethanol and 1000 U/ml LIF.FI stem cells were cultured with mouse embryonic fibroblast feeder cells treated with Mitomycin C in GMEM supplemented with 20% FCS, 1x sodium pyruvate, 1x non-essential amino acids, 10^-4 M 2-mercaptoethanol, 2 µg/ml heparin and 50 ng/ml human FGF4. The remaining cell lines were cultured using the 2I-LIF method3 with 10% FBS.

細胞培養
STAP幹細胞株 (FLS3,4,GLS1,11,とAC129-1,2)および FI 幹細胞 (CTS1,11)を、10% FCS、1x ピルビン酸ナトリウム、1x 非必須アミノ酸、10^-4 M 2-メルカプトエタノール、および 1000 U/mlのLIFを添加したGMEM中のマイトマイシンCで処理したマウス胚線維芽細胞フィーダー細胞と共に培養した。FI 幹細胞を、20% FCS、1x ピルビン酸ナトリウム、1x 非必須アミノ酸、10^-4 M 2-メルカプトエタノール、2 µg/ml ヘパリン、および 50 ng/ml ヒト FGF4を添加したGMEM中のマイトマイシンCで処理したマウス胚線維芽細胞フィーダー細胞と共に培養した。残りの細胞株は、10% FBS を含む 2I-LIF メソッド 3 を使用して培養した。
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培養液の詳細はど素人なので分からないが、STAP幹細胞もFI幹細胞も論文のプロトコルに書かれているようにフィーダー細胞との共培養です。小保方さんの酸浴蛍光細胞は培養液の中で泳がせているガラス底に接着させない非接着培養です。ここに先生から貰った培養液を入れてもほとんど増殖しなかったと『あの日』に書いています。
丹羽さんはこのフィーダー培地はESやTS用の倍他であると書いている。STAP細胞は小保方さんの手を離れて若山さんの手によってES (ntES)培地に入れられたのです。すると増殖し、更にそれをTS倍他に入れたらTS-Llikeな細胞になったと論文に書かれているのですが、丹羽さんは小保方さんの酸浴細胞と自分たちが小保方さんのアドバイスで作成できた蛍光細胞を論文通りの培地に入れたが増殖せず死滅して行ったと報告しているのです。

ここではっきりと、「小保方さんがポトリ」か「先生の別実験」なのかが分かれるところですから、キメラや幹細胞が出来た原因を作った犯人は、事故がありえず、成功させようと捏造する第三者もない以上、二人の内のどちらかなんです。

先生はどうしてフィーダー培地にしたのかというところに私の小保方酸浴細胞核使用ntES実験仮説があるんですね。分かってフィーダー培地にしているんですね。別の実験なんです。

これだけの検証をしている松崎がそれに気づかない筈はありません。単なるアッポと言われている内はいいが、意図的に違法に他人を陥れた犯人とされると困ることになるでしょう。しかし、そこはバックが付いているということです。こんな破廉恥なことを一介の学者にできる筈がありませんよね。違法天下りをしていた文科驢馬省ですよね。

因みに (FLS3, 4, GLS1, 11, and AC129-1,2) にFLS T1,T2が抜けている。杜撰な仕事ですね。しかし、私もため息ブログ自主閉鎖に向けて意図的に嫌味だらけに書いていますが、こんな仕事したい学者なんていませんよね。シャバダバ桂もアッポ松崎も多分そんなに悪い人ではないんですよね。心に一片の同情心はありますね。しかし、このままこういう官僚腐敗の一端を見せられて、しかもまだ言い続けているのかという怒りは、本当は古びて既得権益でボロボロになり、日本を斜陽国家にさせつつある官僚体質に向けられているんですがね。

一言居士
Acr/cag-GFP mice (from the frozen embryonic stocks at the CDB)だけはSNPs解析では使われていませんが、理研にあった岡部マウスをコントロールとして使ったとしているわけで、無論、理研若山研にあった岡部マウスのコロニーのマウスではありません。

一般企業でこんな杜撰で不正確な報告書を書いていたら上司に突き返されるでしょう。もっとまじめ仕事しろと怒鳴られるのが関の山です。民間企業は競争原理で、社会に有害であったり無能であったりする企業は長期的にはライバル企業に売り上げを取られて倒産させられるのですから、組織内の各自は与えられた仕事を的確にこなすのが義務で、そうしないと他の社員たちと家族の生存をも危うくするわけです。
親方日の丸のぬるま湯体質の伺われるところです。これは民間での淘汰と違って、国家間の競争で敗れる原因になるんですね。プーチン政権を見てたら誰にでも分かる。

一言居士
早速不正確な事を書いてますね。
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SUPPLEMENTARY INFORMATION doi:10.1038/nature15366
 
Supplementary Methods
 
Materials
All samples examined in this investigation had been stored at the laboratories of the original papers’ authors1,2 , except for FES1, FES2, ntES1 and e<n>tES2 cells (given by H. Ohta) and Acr/cag-GFP mice (from the frozen embryonic stocks at the CDB).

補足情報doi:10.1038 / nature15366
 
補足手技
 
試料
この調査で調べたすべてのサンプルは、(H. 太田氏によって提供された) FES1,FES2,ntES1,およびntES2 細胞と(CDBの凍結胚由来在庫である)Acr/cag-GFPマウスを除いて、原論文<1,2>の著者の研究室に保管されていたものである。
**********

文字の誤植はいいとして、解析されたサンプルは以下です。

①STAP -stem GLS1
②GOF ES
③STAP -stem AC129-1
④129B6F1 GFP ES-6
⑤STAP chip-seq control
⑥STAP -stem FLS3
⑦129/GFP ES
⑧FI-SC CTS1
⑨FES1 ES
⑩FES2 ES
⑪ntESG1
⑫ntESG2
⑬GOF mouse
⑭129 cag-GFP mouse
⑮B6 cag-GFP mouse

小保方研にストックされていた細胞は①②③④⑥⑦⑧で、⑤はGRASにあったとされているだけで、証拠提示はない。⑨⑩⑪⑫は大田ESとされるものだが論文の細胞2株は提出されていず、運搬経由の詳細も明らかにされていないが、Ooboeさんが書かれているようにパートナー氏はある程度の調査をされている。
>>
★FES1、ntESG1は山梨若山研から取り寄せ
★FES2,ntESG2は若山研、以外の別の所から取り寄せました。

というのが理研広報の回答。

>>
しかし、東北大、東大はパトナーにこれら4サンプルは、まとめて、山梨若山研から取り寄せたと文書で回答されているのですから、ならば理研も、山梨若山研からこの4サンプルまとめて取り寄せました、と、パトナーに回答するのが普通となるところ

という疑義が残されている。

⑬はCDBのもの。⑭⑮は「僕のマウス」であるなら理研には無く先生の提供です。

一言居士
という予定で、釣友に電話したら、風が冷たいから無理だという。明日になった。

サプリに進んでみましょう。まず全文です。
>>
SUPPLEMENTARY INFORMATION doi:10.1038/nature15366
 
Supplementary Methods
 
Materials
All samples examined in this investigation had been stored at the laboratories of the original papers’ authors1,2 , except for FES1, FES2, ntES1 and e<n>tES2 cells (given by H. Ohta) and Acr/cag-GFP mice (from the frozen embryonic stocks at the CDB).
 
Cell culture
STAP stem cell lines (FLS3, 4, GLS1, 11, and AC129-1,2) and FI stem cells (CTS1, 11) were cultured with mouse embryonic fibroblast feeder cells treated with Mitomycin C in GMEM supplemented with 10% FCS, 1x sodium pyruvate, 1x non-essential amino acids, 10^-4 M 2-mercaptoethanol and 1000 U/ml LIF.FI stem cells were cultured with mouse embryonic fibroblast feeder cells treated with Mitomycin C in GMEM supplemented with 20% FCS, 1x sodium pyruvate, 1x non-essential amino acids, 10^-4 M 2-mercaptoethanol, 2 µg/ml heparin and 50 ng/ml human FGF4. The remaining cell lines were cultured using the 2I-LIF method3 with 10% FBS.
 
Whole-genome sequencing and SNP identification
We used the TruSeq DNA PCR-Free LT Sample Prep Kit for sequencing library construction using a standard protocol. The insert size of the STAP cell lysate sample is 350 bp and the other 14 samples are 550 bp each. We performed paired-end 150 bp sequencing for each DNA sample using 2 flow cells in the rapid-run mode of a HiSeq 2500 sequencer. We aligned paired-end sequence tags to the GRCm38 (mm10) mouse reference genome using BWA software4 (ver. 0.7.10) with “-n 0.02” option for the bwa aln command and “-a 2000000” option for the bwa sampe command. Raw data are available at DDBJ DRA (accession: DRA002862) (http://trace.ddbj.nig.ac.jp/DRASearch/submission?acc=DRA002862).
 
After filtering properly mapped tags and then removing PCR duplication with SAMtools (ver. 0.1.19), we identified SNPs from the aligned sequence data using SAMtools Mpileup and BCFtools (ver. 0.1.19) with default options. We also identified reliable SNVs including heterozygous alleles from aligned sequence data that satisfied the following criteria using SAMtools Mpileup after filtering the properly mapped tags. (1) Sequence coverage > 20. (2) At least 25% of reads supported alternative alleles that differed from the B6 reference sequence. For comparison to 129/Sv SNPs, we used commonly called SNPs in 129P2/OlaHsd (EMBL ENA: ERP000034), 129S1/SvImJ (EMBL ENA: ERS076385), and 129S5SvEvBrd (EMBL ENA: ERP000036) but not called in C57BL/6NJ (EMBL ENA: ERS076384) provided by the Wellcome Trust Sanger Institute (http://www.sanger.ac.uk/resources/mouse/genomes/).
 
Identification of gfp insertion sites
We mapped the reads to gfp sequences and extracted mate-pairs for which only one end was mapped to the gfp sequence using BWA. The extracted reads were mapped to the human<→mouse> genome. We manually inspected the mate-pairs bridging between gfp and mouse genome sequences using IGV<5> and determined the exact positions of insertion sites supported by multiple mate-pairs.
 
Detection of long deletions and duplications
We used SVDetect with a "linking" option to find long deletions and duplications as potential signatures that can identify identical samples<6>. The detected candidates were filtered using "filtering" and "links2compare" options to obtain reliable structural changes and were manually inspected and validated by PCR and Sanger sequencing.
 
Quantitative PCR of teratoma samples
Genomic DNA was extracted using a QIAGEN QIAamp DNA FFPE Tissue kit (Qiagen) from 10 to 20 sections 5µm thick that had been sliced out of paraffin blocks. Genomic DNA samples were prepared from the STAP cell teratoma block in duplicate (2.2 µg and 6.1 µg). Newly prepared solutions, PCR primers and apparatus were used for the second isolation. All PCR primers for quantitative PCR were designed to be less than 100 bp in length so that fragmented DNAs in the fixed samples were efficiently amplified. Quantitative PCR was performed with FastStart Universal SYBR Green Master Mix (Roche) in a TAKARA TP 860. The degree of PCR amplification was quantified relative to that of the Il2 gene as a standard using the ΔΔCt method. Initially, we detected gfp with two different primer sets to roughly estimate its relative copy number compared with two copies of the Il2 gene/genome, followed by the determination of the gfp transgene type using PCR primers that detect the junction between the Acrosin gene promoter (and the Oct4-promoter) and the gfp gene. The amplification efficiency of primer pairs for Acr-gfp and Oct4-gfp relative to that for Il2 gene was not quantified, but the copy number of Acr-gfp in FLS4 and Oct4-gfp in GLS13 relative to the Il2 gene coincided with the values determined by WGS (20–24 copies vs. approximately 28 copies, respectively), suggesting that the amplification efficiency of individual PCR primers was within a permissible range.
 
Antibody staining of teratoma samples
Paraffin sections were prepared from the paraffin block of the teratoma samples after slicing approximately 100 x 5 μm sections for DNA extraction and treated according to a standard protocol for immunostaining. Chick anti-GFP antibody (Abes, GFP-1020) was used at a 1/500 dilution.
 
PCR primers
The sequences of the PCR primers used in this investigation are available upon request.
 
We thank N. Kondo and the Genome Network Analysis Support Facility (GeNAS) at the RIKEN Center for Life Science Technologies for WGS. We also thank T. Endo, H. Ohta, S. Hayashi, H. Kiyonari, S. Kuraku, C. Kishida, and Doug Sipp for their assistance. This investigation was financially supported by RIKEN.
 
References
 
1. Obokata, H. et al. Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency. Nature 505, 641–647 (2014); retraction 511, 112 (2014).
2. Obokata, H. et al. Bidirectional developmental potential in reprogrammed cells with acquired pluripotency. Nature 505, 676–680 (2014); retraction 511, 112 (2014).
3. Ying, Q. L. et al. The ground state of embryonic stem cell self-renewal. Nature 453, 519–523 (2008).
4. Li, H. & Durbin, R. Fast and accurate short read alignment with Burrows– Wheeler transform. Bioinformatics 25, 1754–1760 (2009).
5. Robinson, J. T. et al. Integrative genomics viewer. Nature Biotechnol. 29, 24–26 (2011).
6. Zeitouni, B. et al. SVDetect: a tool to identify genomic structural variations from paired-end and mate-pair sequencing data. Bioinformatics 26, 1895–1896 (2010).

一言居士
次回まだため息与太郎ブログの閉鎖が無ければ続きはサプリの文章へと進む予定です。

釣りです。んじゃ。

一言居士
既述しましたが、細胞の培養変異によってどちらが培養期間が長いのかを調べる時はマウスなら25億塩基対のすべてを調べますね。どうせコンピューター比較です。結果が出るのを人は待っていればいいだけです。全解析していると言ってますから、次世代シーケンサーを使っています。先回りして書いておけばサプリにHiSeq 2500 sequencerが使われていることが記載されている。
どうして登録SNPsサイトだけを比較しているのかということです。全サイト数はSNPsサイト数の百倍のオーダーで存在している。この場合、全データの1%のサンプル調査は全体を代表しません。なぜならSNPsサイトは無作為ランダムに選ばれた場所ではないからです。機械ならこんなに簡単なことをどうしてやらないかというと、SNPsの話から繋げて培養変異に持ち込んでいて、その演繹論理の飛躍を誤魔化そうとしているからです。
古くに作られた細胞があって20回の継代が行われた後に凍結されていたとする。今作って5回の継代後に凍結された細胞があるとする。培養変異は継代の多さに比例している。多い方が後から作られたという理屈は小学生でも言わないでしょう。
しかし、彼らはなんと言っているか。
③ Regarding these SNPs, STAP cell lines FLS3 and CTS1 and 129/GFP ES cells are nearly identical,
は事実ですね。しかし、
④but differ slightly from FES1 (at 30% of these alleles), suggesting that STAP cell lines FLS and CTS were derived from a sub-stock of FES1 ES cells.
と言えますか。
その根拠はサプリにも書かれていませんよね。科学ではありません。129/GFP ESがFES1の置き忘れ細胞で無かったら彼らの推論は成立しませんから、そうであることを証明したがっていますが、事実でないことは証明できないから、それらしくレトリックしているのです。④の論理に根拠が書かれていない。シャバダバ桂とアッポ松崎は何も言ってないのです。しかし、何かが言われているかのようにレトリックしているだけです。それがsuggestingという言葉に現れている。
彼ら何も断定していない。仄めかしていることが嘘で、自分たちが嘘つきであることを指弾されるのを恐れているから、断定せずsuggestするだけなのだ。

一言居士
つまり、
②the remaining 1,290 SNP alleles that distinguish FES1 and FES2 are supposed to have accumulated at or after establishment in 2005.
という主張自体が全く厳密でないということです。そもそもこの文章は前の文章と何の関係もない主張を含んでいる。
比較していたのはFLS3,129/GFP ES,CTS1,FES1の4細胞なのに突然どうしてFES1とFES2の比較が出て来るのかという問題ですね。
これは大田氏が2005年の同時期に作製したという前提を置いているんですね。どうしてそのことを論理説明の中に入れないかと言うと、そう書くと<細胞の由来に関して何も調査していない>ということが話題に上って、この細胞に<証拠能力がない>ということの詮索に繋がるし、自分たちの悪事を指摘されるからです。作製年代は細胞リストに2005/12/7と書いているだけで、それがどうしてわかったかというと、ラベルに書かれていただけで、誰が書いたのかの証拠もない。誰がそう言っているかの説明情報は日経サイエンスにリークしているもので、自分たちは直接そんなことは言ってないよと言う、世間でもよく馬鹿な詐欺師たちが使う陳腐な手法ですね。こんな程度のアッポに騙されていたら厳しい資本主義競争社会で生き抜けるものじゃない。学者が如何に間抜けな世界でぬるま湯に浸っているかということですね。

そういう証拠能力のない二つの細胞のthe above three SNP clustersを取り除いた中には断片化したマウスコンタミ痕も残っているのですから共通部分を取り除いた1290SNPsはそれを含んでいることになって、全部がto have accumulated at or after establishment in 2005.ではないということになるのですし、だからこそここでも断定せずにare supposedと胡麻化しているのは一目ですよね。
こういうレトリックが使われていること自体に世間は犯意を直覚しますから専門知識とは無関係に怪しいという疑義が醸成されて、所詮は長い目で見れば天網恢恢疎にして漏らさずというところに帰結するのですが、ここには更なる欺瞞がありますよね。

一言居士
まず最初に
①After the above three SNP clusters reflecting parental heterogeneity are excluded,
と述べている。
どうしてそんなことをするのかの説明がないが、このthe above three SNP clustersは染色体の乗り換え交叉のあったところだということがあまりにはっきりしているから取り除いたわけですが、マウスコンタミ痕があからさまにこういう塊の所だけだとは限らないのですし、これはブルー領域、つまり岡部B6に129の飛び込んだコンタミ痕ですからこれがどこに飛び回っているのかはntESG1、G2の岡部B6では、同じ領域になく、全く違う領域にあることからも知られるように、染色体の乗り換え交叉によって岡部B6に129の飛び込んだコンタミ痕がどういう断片化を受けているのかは分かって無いのです。つまりthe above three SNP clusters以外の場所に細分化された断片が入っている可能性が高いということは、これら4細胞の大きなコンタミ部分を取り除いただけで、まだ数百万単位で存在している残りのSMPsサイトに岡部B6に129の飛び込んだコンタミ痕があり得るということになる。
コンタミ痕のあるサイトと無いサイトでは塩基は違っていて当たり前ですから、これを培養変異だと決めつけることはできないということになる。
根本的にこんな杜撰なやり方で何かを言えることはありません。

一言居士
さて、どこのブログでも蹴りだされているルに正当なる挨拶をしたところで、BCA報告書の虚偽の解明に戻りましょう。

①After the above three SNP clusters reflecting parental heterogeneity are excluded,
②the remaining 1,290 SNP alleles that distinguish FES1 and FES2 are supposed to have accumulated at or after establishment in 2005.
③ Regarding these SNPs, STAP cell lines FLS3 and CTS1 and 129/GFP ES cells are nearly identical,
④but differ slightly from FES1 (at 30% of these alleles), suggesting that STAP cell lines FLS and CTS were derived from a sub-stock of FES1 ES cells.

こんな論理運びをする人間が自然科学者だなんて誰が認めるでしょうかね。細胞の証拠能力を検証しない致命的な非常識をさらけ出している段階で既に無能がバレているところで、ただ、FLS3,129/GFP ES,CTS1,FES1の培養変異の数で培養された期間が分かるというトンデモ間抜けな論理です。

細胞の継代記録はどこにも公表されておらず、どのサンプルも凍解凍記録が知らされない中で、作製された年代だけが大まかに分かっているわけです。
FES1、2は2005年に作られ、その年に凍結された後に使われること無く2010年に京都大に持ち出され、2014年に解凍凍結をして山梨に送られたことが分かっているだけでその間の培養記録は何もない。
FLS3と129/GFP ESとCTS1は2012年に作られて1年後に小保方さんが米国に帰った時には全て凍結されていて、その間の培養記録は何もない。
129/GFP ESは我々は命名される前のFLSの小保方さん流の名づけだと見ているが、報告書は何の証拠も無くFES1の置き忘れ細胞だとしていて、仮にそうであるなら、このFES1のサブストックは2010年から2011年までは凍結されていたままで、小保方さんがそれを見つけてポトリしたのがFLS3とCTS1だとということになる。

こういう詳細な培養記録の無いサンプル同士を比較してその作製された時系列順を決めようとしているわけです。その手法は培養変異の数を比較するということです。

一言居士
知ったかぶりの馬鹿が。お前の階級というのは糞金の作った出生成分だろうが。このポンチタビナシの北鮮人が。お前の本名はルではなく、マンジルチョンだよな。背乗り野郎。いつまで終わった話を聞いているのだ。とっとと国に帰れ。

一言土座衛門

気まぐれぺルドン
普段ならとっくにロンドンかサンフランシスコに漂着している筈が、まだ罵詈罵倒をしている。
ハワイにもシンガポールにも行った事が無いので、遠泳観光をしているのだろう。半分骨になったから口が軽くなっていいるのか。

出が悪いというのは、お主の様な階級を言うのであって、加茂神社禰宜出身を語る言葉ではない・・・

一言居士
梅毒に罹患しているのはお前自身の事だよな。糞みたいに下品な文章しか書かない奴だな。出が分かる。

Ooboeさん

気まぐれぺルドン
貴方の科学空想小説入門は股が・・失礼門が大きく開かれていて、ツイツイのぞき見したくなる魅力があります。
ありますが此の頃新種の梅病が、日本にも大流行しているので、覗くだけで罹患する気分になってしまいます。罹患しても既に脳にたっしている一言孤児とは、良き相方と思われますので二人で続けられれば如何でしようか・?
善良なるパートナーには感染させない様に、御配慮を。普通二重に使用します・・・

一言居士
Ooboeさんと同時投稿になってしまいました。私はもう明日にします。Ooboeさん続きをどうぞ。

一言居士
>>入れ替え説なら、説は多数になります。


擁護派は全員入れ替え説で説は一つです。代表的なのが和モガさん、DORAさん、パートナー氏ですね。私もそうです。パートナー氏は大田ESが理研松崎の手に入るまでのルートを追及された。入れ替え疑義を抱いていなかったらそんな調査はしません。
松崎が<GLS1~13=学生のntESであるGOF ES>と証明したから、学生のntESであるGOF ESの中身が入れ替えられているという演繹推論になるんです。事故コンタミがあり得ないという演繹推論と合わせると「小保方さんがポトリ」でなければ、先生の入れ替えなのです。
松崎はその学生が理研から持って出たであろう他のGOF ES株を調べようともしていませんよね。

学さんは「小保方さんがポトリ」なんてあり得ないと仰ってる。その直感は正しいと思いますね。他の要素からそんなことはあり得ないことが演繹できる。しかし、だからと言って、若山さんが入れ替えなんてしないだろうと、当時私も含めた一般人も考えました。誰か第三者の捏造だと思いたいんですね。私も最初に疑ったのは李ですね。でもパートナー氏は先生の記者会見を見て嘘をついていると直感された。そしてそのことをOoboeさんから聞かされたので、事実が判明するまでは証拠も無くそんなことはおっしゃらない方がよいとアドヴァイズしました。そしてそのことを了解された。私はまだその時は妙だなという直感はあったが、先生がそんなことをしているとは考えていなかったですから、結果だけ見るとパートナー氏の直感は正しかったのです。或いは変だなと感じてはいた私の直感のささやきも正しかったのだ。

『あの日』が出版されて初めてリクルートの件を知り、そして何故こんなことになったのかに突然気づきました。『あの日』の中の先生は親切心の塊の様に描かれていて、又、客観的な行為も第三者が見て親切以外の何物でもないですよね。それがどうしてああなっていくのか。

①博論のキメラ実験を手伝ってやった。
②震災で困っていた小保方さんを受け入れてやった。
③小保方さんを自分に渡して欲しいという要請がヴァカンティ氏に断られたにも関わらず、小保方さんの願いのGOFマウスを使った実験をさせるために隘路を使った客員受け入れまで西川氏の了承を取り付けて認めてやった。

ここまで先生に何の悪意があるでしょうかね。

④転機は酸浴細胞が光った時ですね。先生得意の顕微鏡知識からの判断でも自家蛍光でなく、ライブセル実験でESコンタミでもない細胞が、徐々に日を追って蛍光し始めた。因みにこの時に米国との間での共同研究協約書の締結が必要だと気づかなかったのは先生の管理上の落ち度です。西川さんもこの頃に知らされていなかったとしても、TCR再構成アドバイス前に論文を見せられているのですから気づかなかったのは西川さんの重大な落ち度でもあった。だから顧問をしていたが早くに辞任したのです。多分岸なんかが意見してるんじゃないですかね。最初は当然ですがずいぶん怒ってましたからね。ただ、後には文科驢馬省の尻尾きり方針に従ったということです。違法天下りしていたから早く収拾したかったのです。シャバダバ桂や、アッポ松崎にしたところで、文科驢馬省の指示に逆らうなんてこともできませんからね。松崎は最初に東北大の関係で仕掛けた側にいたのですが、これ幸いに文科省の指示に従ったわけです。自分で分析しているのですから事実を一番知っている人間です。

⑤その直後にキメラはできなかったのです。GOFでもF1でもできなかった。

ここまでなら誰でも分かることでしょう。
その後どうなったか。




Ooboe
すみません
前コメントは
私、Ooboeでございます。
ネームが抜けてました。御免くださいませ。

-
学とみ子さん

❝当ブログは、捏造説、入れ換え説などの非常識的な説を否定しています。❞               

学さんの、優しい性善説の感性は、
尊いと思います
この感性は、日本の人々には無意識に自然ですね
そのように日々、普通に人様に接している事を
外国の方々は、感銘しておられるようです。

しかし、こと小保方StapのES事案は、
その学さん感性から、出発考察するには、
居士さん、和モガさん、パトナーの資料指摘
により、学さん考察は門が狭すぎてしまいます。

この学さん感性による考察も、一つの方向性であり
ます。しかし、今では、様々な故意なる所業の
結果可能性の情報資料も沢山存在しているのです、なので考察から、故意所業をはじめから排除するのは居士さん指摘にありますよう、
不意なる事故説の整合性は成り立たなくなるのではないでしょうか。

学さんの独特な感性による様々な考察には敬意を
抱かせて頂いて来ましたが、今後は、更に
資料情報のリアリズム考察の門戸も広げて
考察を深めて頂きたいと、願っております。
考察には、追いつけないかも知れませんが、、、



ポンチタビナシ(ル)ンペン野郎へ

一言居士
お前もケケケど座衛門だよな。馬鹿が。

一言土座衛門信士

気まぐれぺルドン
土座衛門が悪態をつくなんて聞いた事がない。
さしずめその川が「三途の川」なのだろう・・ため息嬢が「ケケケケケ」と笑っておられます・・
赤長褌を鯉登にして土座衛門は頑張っている分けだ。ケケケケケケ・・・

一言居士
マウスコンタミだらけで由来不明のFES1とFES2を比較してどうなるものかという疑義は置いておいても、FES1とFES2の百万単位のSNPs箇所の培養変異による違いが1290箇所だったということは25億を比較すると、100倍のオーダーですから10万単位の標準塩基との違いがあるということになる。
そんなに変わる培養変異なんてありませんね。1か所の変異がシャーレ一杯になるまでにどれだけの継代が必要か、又、10万か所の変異がシャーレ一杯になることは不可能でしょ。

細胞から取り出されたDNAは次世代シーケンサーに掛けられるとき細かいリードに裁断されて参照配列に添って沢山重ねられて並べられて行きますが、一サイトに一つだけ違う塩基があったらその細胞の中に1個の変異細胞があったということになります。この場合は全ての変異ではないのです。それに対してSNPSは全ての細胞で同じ塩基なんです。意図的なレトリックを使った誤魔化しですよね。

ちとランチ休憩です。

一言居士
さて、そこで、やっと、

After the above three SNP clusters reflecting parental heterogeneity are excluded, the remaining 1,290 SNP alleles that distinguish FES1 and FES2 are supposed to have accumulated at or after establishment in 2005.

の意味を問うことになる。

登録SNPsの塩基サイトは100万単位ですね。three SNP clusters reflecting parental heterogeneityを取り除いてもまだ100万単位のサイトが残されている。そこでFES1とFES2とを比較したら異なるサイトは1290サイトだったと言ってるわけです。<残りの百万単位のSNPsサイト-1290サイト=やっぱり百万単位のSNPsサイト>の塩基は登録塩基で一致していたということです。仮にその場所に培養変異が入っていたとしても、どちらも同じように変異していたということになるので、それは確率的に少ないわけです。

で、the remaining 1,290 SNP alleles that distinguish FES1 and FES2 are supposed to have accumulated at or after establishment in 2005.ですから、この登録SNPsサイトの1290箇所の塩基変異は培養変異だと想定していることになる。

まず培養変異なら、今DNA全解析している筈なのですから、登録SNPsサイトだけでなく、25億サイトの他の場所での培養変異も含めて比較すべきですよね。標準塩基配列はあって、近交系マウスの登録箇所が別途登録されている。全ての塩基配列は分かっていますから、培養変異の数をもって4細胞を比較するのなら<標準塩基配列+近交系マウス登録SNPs>で全部比較しなければならない。


間抜け蝙蝠野郎へ

一言居士
>>
何時まで経っても成仏出来ず、かと言って下に流される事もなく、彷徨っている。


お前がな。馬鹿が。

学さんへ

一言居士
>>
当ブログは、捏造説、入れ換え説などの非常識的な説を否定しています。


そうだとすると、報告書の<GLS1~13=学生のntESであるGOF ES>ということから、「小保方さんがポトリ」とため息与太郎教授と同じ主張をされていることになりますが、学さんはアンチでしたっけ?

それとも、小保方さんが間違って<学生のntESであるGOF ES>をコンタミさせてしまったとお考えですか? すると、2011/11/25先生が培養開始したGLも「小保方さんが間違ってポトリ」なんですね。この細胞は当の学生と小保方さんしか持ってませんよね。小保方さんは2度、GOFマウスの実験で事故コンタミさせたとお考えだということになりますね。

更に、2011/11/27の4Nキメラ時に小保方さんが間違ってコンタミさせたのはシャバダバ桂報告書によればFES1の置き忘れ細胞だと言っていることになるのですが、小保方さんがそんな他人の置き忘れ細胞を解凍したらそれだけで故意のコンタミ意図があると判断されるのですから、学さんは最初のキメラが出来た時に小保方さんが事故でコンタミさせた細胞は何だったのだとお考えですか?

その疑念は12/27Harukoテラトーマlikeにも及びますね。この時に小保方さんが事故でコンタミさせた細胞は置き忘れ細胞でなければ何だったとお考えなのですか?

そもそも小保方さんの細胞からキメラが出来たという、成功させるように捏造コンタミさせる赤の他人が何処にいるでしょうかね。成功を意図する捏造コンタミなら小保方さんか先生かに決まっているではありませんか。捏造意図でなく事故コンタミだとしたければすべての事例での説明が必要です。BDF1のキメラを作った時には、小保方さんはどの既存細胞を事故コンタミできるでしょうか。BDF1のntESサンプルは当時のラボに沢山ありましたが、小保方さんはそれを使う以外には先生にキメラを作らせることはできませんよね。これが小保方さんのコンタミなら、意図的な捏造コンタミに決まっているのです。事故で他人の細胞を解凍はできません。

擁護派なら入れ換え説を非常識などと根拠もなく独断することはできないはずです。



-と一言乞食・腰巻と褌心中

気まぐれぺルドン
川の流れはとっくに海にまで到達していると言うのに、杭にひっかかった土座衛門が二体、魚に突かれている。その内に骸骨になるだろう。何時まで経っても成仏出来ず、かと言って下に流される事もなく、彷徨っている。西洋で言う煉獄の住人なのだろう・・・

一言居士
無論、"3番染色体のこの欠失が<2010 年に若山研で受精卵凍結された Acr-GFP/CAG-GFP マウスにも存在しなかった>"からと言って、2010年以降にも生じえず、或いは2010年以前にも生じ得ないなどという推論は間違っていますが、実は報告書自体もそうは断言していなくて、ただ仄めかせているだけなんですね。これが遅れた村社会の魔女狩りのレトリックなんです。

我々は分からないことは分からないと書けと主張しているので、仄めかすような虚偽報告はするなと、和モガさんや、パトナー氏は報告書の取り下げを申し入れたわけです。無論、拒絶されましたが。

一言居士
嫌味はともかくとして、FES1は先生の持っていたFLSのサブストックにFES1とラベリングしただけのものだという可能性指摘はいいとしても、ではなぜ先生はFES2にもFLSを入れなかったのかという疑義に対する答えを考えることになる。
すると、大田氏から送られてきた細胞の背景は129B6F1Acr-CAG-GFP(ヘテロ)だ分かっているので、自分が小保方さんに渡した129B6F1Acr-CAG-GFP(ヘテロ)と同じであるから、一方だけを差し替えたのだという理由に到達できる。むしろ後の調査によってどちらも全く同じであった方がおかしいと考えたのではないか。

しかし、このことによって、

FES1にはあるがFES2には岡部B6の3番染色体の遺伝子欠失がない

ということの説明に齟齬が生じているのである。

桂報告書はこの欠失は<2010 年に若山研で受精卵凍結された Acr-GFP/CAG-GFP マウスにも存在しなかった>としているので2005年にもなかったということになり、4細胞に対して適用した同じ理屈で、FES1とFES2ともにマウス原因のこの欠失があってはおかしいという理屈になる。
FES1,2はntESではなく受精卵ESなのであるから、この欠失は、ES作成後の培養変異だということになるが、培養皿全体にこの欠失が広がるためには多くの継代が必要である。しかし、この細胞は作成後間もなく凍結されているのである。

一言居士
つまり、①大田氏の説明通りの129+Terだったと思っていたがそれは勘違いで2005年当時の129X1のコロニーから取り出した雌と2005年当時の岡部マウスのコロニーから取り出した雄の交配の結果の二つの受精卵は、まずFES1は岡部B6に129のコンタミ痕を持つが129X1にB6のコンタミ痕を持たない配偶子同士の受精卵であったが、FES2は岡部マウスに129マウスコンタミ痕を持たず、129X1にB6のコンタミ痕を持つ配偶子同士の受精卵であったという可能性が一つあり、
②先生が受け取ったFES1とFES2の内の前者をFLSに差し替えたという二つの可能性があるということになる。

然しながら、この後者は桂報告書の次の論理に従って否定されている。彼らによれば、なぜなら、別途FES1には

>>第 3 染色体の 5kb の欠失と第 8染色体の 17kb の欠失(第8染色体は129系統由来;第3染色体はB6系統由来)<6P>

があり、

>> 3 染色体の 5kb の欠失も、市販の B6 の亜系であるC57BL/6JJmsSlc (SLC)、C57BL/6NCrSlc (SLC)、C57BL/6J (Charles River)、C57BL/6NCrl (Charles River)、C57BL/6JJcl (CLEA)、C57BL/6NJcl (CLEA)のいずれにも存在しない。さらに、2010 年に若山研で受精卵凍結された Acr-GFP/CAG-GFP マウスにも存在しなかった。<7P>

とされているからである。特に2010年の岡部マウスになかったとされているのは一見その後の3細胞にもない筈だと聞こえるが、欠失が元のマウス原因だとは限らないどころか、ntESを作成するときにはまずはクローン胚に核を入れてリプログラムを促進させながら、卵割に進むのであるから、その途中で変異が入る可能性も考えなければならない。

更に129に至っては以下のような理由になっている。

>>市販の 129 の亜系である 129 x 1/SVJJmsSlc(SLC)と 129+Ter/SvJcl(CLEA)のいずれにも存在しない。<6,7P>

市販のマウスがその都度使われているのではなく、寧ろ自家繁殖させられているからこそマウスコンタミ痕があるのだから、市販のマウスと比較するなんてまつたく非合理な理由付けになっている。こんなので学者だと言ってるから世間からもの笑いされるのだ。

こんなことだから学校の生徒の身分から会社員になった時に学校で一体何を学んできたのだ、役に立たん奴らだと言われたら、先生たちが先生たちでしたからと答える奴らが増えるのだ。くひひひひ。

一言居士
ここまでは2005年当時に129X1コロニーにあったことになっている<129+Terにあって129X1にはないB6のマウスコンタミ痕>で、ピンク部分の話で、Extended Data Figure 1-b,cの1Mバイト図のレジェンドにdifferential SNP clusters (red rectangles) between FES1 and FES2とされているものです。

対してBCA報告論文がthree SNP clusters reflecting parental heterogeneityとしているのはブルー部分です。これは<2011年当時の岡部マウスコロニーにあった何らかの種類の129の飛び込み痕>です。これがExtended Data Figure 1-aのレジェンドにGenomic regions in which FES1 and FES2 ES cells have different SNP clusters in chromosomes (chromosomes 6, 11 and 12) are marked by red rectangles.とされている場所です。

因みに1Mバイト図にある<129+Terにあって129X1にはないB6のマウスコンタミ痕>はそれと分かるほどの大きなエリアなのに10Mバイト図に表示されていないという疑念は指摘済みです。

さてこのExtended Data Figure 1-aのred rectanglesで囲われてブール―部分を共有しているのは以下の細胞です。

①FLS3
②129/GFP ES
③CTS1
④FES1
⑤FES2

ただし、⑤のブルー部分は①②③④とは違っているのにred rectanglesで囲われています。特に6、12番染色体にはブルー部分が全くない。
また、red rectangles内ではないが、その下に置かれている以下の細胞の同じ6、11、12番染色体は①②③④⑤とは全くブルー部分の位置が違う。

⑥ntESG1
⑦ntESG2

①②③④⑤⑥⑦のブルー部分というのは同じ岡部マウスコロニーから選ばれていて、④⑦の凍結された2005年当時には<2011年当時の岡部マウスコロニーにあった何らかの種類の129の飛び込み痕>の元であるコンタミ痕が既に別の場所に現れていて、2011年当時にはそのどれかのラインが又近交化された結果が①②③④に現れていて、⑤のみは2005年当時の違う配偶子、もしくは2005年当時以降2011年当時までの間のどこか違う時期のマウスの持っていた配偶子のコンタミ痕が現れているのだと分かる。

一言居士
我々は先生が「僕のマウス」を渡したという主張には何の証拠も無く、残存サンプルに小保方さんがわざわざ記載した+/-符号の存在から、嘘であると判断している。つまり先生は129X1と岡部マウスとのF1を小保方さんに渡していたのだという前提で考えているわけです。
その前提であると、大田受精卵ESの作成された6年後には再度近交化されている129X1が若山さんによって選ばれて岡部マウスとの間でメイティングされた結果FLS3=CTS1=129/GFP ESになったことになる。これらの3つの細胞には<129+Terにあって129X1にはないB6のマウスコンタミ痕>はありません。同様にFES1にもありませんから、このFES1はFLSであり得ると主張しているわけです。

この大田ESに関してはGOF ESと違って中身の洗い出しは不要です。GOF ESのラベルは小保方さんの筆記体記載ですからチューブをラベルごと残さないといけませんから、中身の入れ替えだと推測しているわけですが、大田ES4細胞に関しては、大田さんが京都大学で解凍して、細胞復活後に自分の分と先生に渡す分とに分けて凍結し、又ラベル書きして、自分の分は保管し、先生には宅配したわけです。到着は2014/7/1です。先生はそれを又解凍して東北大の黒木准教授や東大屋に送ったのですからチューブもラベルもその都度新たになっている。

和モガ説の批判から、我々はFES1は先生がFLSをFES1とラベリングしたものだと考えたが、ではどうしてFES2はFLSではないのかという新たな疑問にぶつかったわけです。FES2はFLSの<129+Terにあって129X1にはないB6のマウスコンタミ痕>のあるサブストックだったのだとすることはできません。なぜなら、129X1コロニーは6年間の間に再度近交化されていて、新たな固定SNPs分布になっている筈だからです。20世代は4年でしたよね。

一言居士
今FES2にはntEsG1、G2に使われた<129+Terにあって129X1にはないB6のマウスコンタミ痕>が共有されていることを確認したところです。
桂報告書が援用していることになっている日経サイエンスの大田氏の証言によれば、FES1とFES2は同時期に大田氏によって同じマウスコロニーから選ばれたペアマウスの受精卵から作られたES細胞です。彼は129+Terのコロニーから選んだと思っていたが、検査結果がX1だと聞いて、自分の勘違いだったのだろうと言ってますから、実際には129X1のコロニーから選んだということになるわけです。
<129+Terにあって129X1にはないB6のマウスコンタミ痕>はこの129X1のコロニーから選ばれたペアの持っていた配偶子である二つのエッグと二つのスペルムのいずれかにあったことになるわけです。

この<129+Terにあって129X1にはないB6のマウスコンタミ痕>のある129X1のコロニーは、2005年から2011年までの6年間のその間に再びマウスの飛び込み事故が無ければ、再度近交化してしまっていることに気づかないといけませんよね。又新たな129のラインに置き換えられたということもありません。なぜなら、129X1という系統のジャクソン研究所でのマウスコンタミ痕がそのまま残っているし、既にジャクソン研究所では名前が変えられていますが、報告書では名前もX1のままに書いているので2005年当時から自家飼育維持されているものです。

一言居士
お早うございます。

Ooboeさんが興味をしめされましたね。有難うございます。私も今考えているところです。自分のブログでもここまで深入りはしていないです。では続きです。

FES1とFES2のSNPs解析に両者の間で異なるマウスコンタミ痕がある原因を考えている途中ですが、ここでBCA報告論文の当該文章の全体をもう一度示しておきましょう。今下線部で立ち止まっているところです。

**********
>>
After the above three SNP clusters reflecting parental heterogeneity are excluded, the remaining 1,290 SNP alleles that distinguish FES1 and FES2 are supposed to have accumulated at or after establishment in 2005. Regarding these SNPs, STAP cell lines FLS3 and CTS1 and 129/GFP ES cells are nearly identical, but differ slightly from FES1 (at 30% of these alleles), suggesting that STAP cell lines FLS and CTS were derived from a sub-stock of FES1 ES cells.

親の不均一性を反映する上記の3つのSNPクラスターを除外した後、FES1とFES2を区別する残りの1,290のSNP対立遺伝子は、2005年の確立時または確立後に蓄積したと考えられる。これらのSNPに関しては、STAP細胞株FLS3とCTS1および129 /GFP ES細胞はほぼ同一であるが、FES1とはわずかに異なり(これらの対立遺伝子の30%)、STAP細胞株FLSおよびCTSがFES1 ES細胞のサブストックに由来することを示唆している。

**********

-
一言居士さん
興味深いですね、、、

私の考察が、途切れたままになって、まったく
進んでませんが、少し時間ができました。
この居士さんの考察
仮定ながら興味深いですね、、、

❝ではここでFES1、2の中身の入れ替え問題に関して、仮に先生が入れ替えたとして、どうしてFES1にはFLSを入れたのに、FES2には違う細胞、つまりntESG1、G2の129+Terとのマウスコンタミ痕のある細胞を注入したのかということです。たった今、中身の細胞の洗い出しの不徹底による混合ではないと和モガ説を批判したところです。どうして先生はどちらにも同じFLSのサブストックを入れなかったのだ。❞

この入れ替え事案ですが、
横浜理研、遠藤氏のアクロ発見時点
2014年6月25日前後の流れの中で
現在改めて、整理し直して、考察中です。

いろいろヒントをありがとうございます。

前から、引っかかっているのが、
パトナーへの理研の不可解な回答です。
なぜ、こんな回答になったのでしょうか?

★FES1、ntESG1は山梨若山研から取り寄せ
★FES2,ntESG2は若山研、以外の別の所から
        取り寄せました。

しかし、東北大、東大はパトナーに
これら4サンプルは、まとめて、山梨若山研から
取り寄せた。と文書で
回答されているのですから、

ならば理研も、山梨若山研から
この4サンプル、まとめて取り寄せました。
と、パトナーに回答するのが普通となるところ

この普通の流れの回答とは、
なぜ、ならなかったのでしょうか?
変な理研の回答!こんな変な回答になった
事情に究明ヒントがありそうです。

山梨若山研では、FES1,と2,ntESG1と2
の4サンプルを解凍、増殖させて、
用意できていたのですから、
東北大、東大に送付出来た訳です。

山梨若山研には4サンプルが用意出来ていたのに
理研にはなぜ、4サンプルセットでなく
FES1,とntESG1の、2サンプル
だけを送付したのか?!

入れ替えトラブルがあったから???
など、興味つきませんね。











一言居士
興味深いでしょ。そういう風に考え続けているといろんな発見にぶち当たる。考える楽しさですね。

釣りです。んじゃ。

一言居士
では、ここで解析されているFES2のntESG1、G2の共有されたピンク部分は何かということになる。以前、

⑩FES2 ESと⑪ntESG1、⑫ntESG2の間にはピンク部分の共有がある。これが超難問でしたね。

と書きました。

入れ替えがあったという私の推測はこの大田ESの方から推論されたものでは無くて学生のGOF ES=GLS1だというBCA報告の証明から推論されている。以前以下の様に書いた。
>>
**********
同様にGLS=GOF ESであり、AC129とFLS-T=「僕のマウス」ES-1だと証明しているのであって、噂しているのではありません。

①入れ替えが無かったら小保方さんが犯人なのだし
②入れ替えがあったら先生か犯人だ

と分かっているのです。
2023/03/27 URL 編集
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この点は押さえておかなければいけないので入れ替えが無かったら「小保方さんがポトリ」なんです。なんだかどちらの立場でも心情的な判断からこの点を自分で曖昧に自己欺瞞したがる人達が多いですが、私は、先生も小保方さんも赤の他人なので、どちらに心情的に与する感情も持っていない。私の判断は単に合理的な判断に従っているだけで、それが事実なら「小保方さんがポトリ」であって困ることももありませんね。私はそれは事実でないと判断しているだけです。

ではここでFES1、2の中身の入れ替え問題に関して、仮に先生が入れ替えたとして、どうしてFES1にはFLSを入れたのに、FES2には違う細胞、つまりntESG1、G2の129+Terとのマウスコンタミ痕のある細胞を注入したのかということです。たった今、中身の細胞の洗い出しの不徹底による混合ではないと和モガ説を批判したところです。どうして先生はどちらにも同じFLSのサブストックを入れなかったのだ。









一言居士
個々には混ぜられているから共有部分が残ったのだ→(削除)

一言居士
で、まだ<After the above three SNP clusters reflecting parental heterogeneity are excluded>の前段階での検討です。和モガさんの説明は正しいかというものでしたよね。

FES1、2もFLSも細胞です。FES1を完全に洗い出してFLSのサブストックに入れ替えたとしましょう。そしてFES2の洗い出しが不完全で元の細胞が幾分残った上にFLSのサブストックが注入たれたと考えているのが和モガさんの推測です。
理由はFES2とntESG1、G2に共通のピンク部分があるからでしたよね。
ntESG1、G2の129は+Terです。和モガさんも私もFES1、2の129は大田氏本人の最初の記憶通り129+Terだと推定している。しかし、私はこの和モガさんの如何にもありそうな説明には同意できていません。どうも納得できないんですね。

というのも細胞には全DNAが存在している。元の大田FES2細胞が幾分残ったままにその中にFLSサブストック細胞が混ぜられる。二つのDNAが存在していて、これをPCRにかける時に全て断片化される。実際には次世代シーケンサーを使って全解析されているわけですが、PCRの基本原理は同じです。
洗い出したのなら残されているDNAが少なく、追加注入されたDNAが多いわけです。全解析は断片化したDNA量も測定している。均等に大田FES2のDNA断片が並べられ、均等にFLSサブストック細胞のDNA断片が並べられる。すると解析結果は一部の染色体の特定領域だけ一方の細胞DNAの全部になることはありません。

和モガさんは混ぜられた細胞のDNA全解析という概念の意味と、染色体の一部領域に別の細胞のDNAの特徴が混じってるという概念の意味を混同してしまったのだと思います。










個々には混ぜられているから共有部分が残ったのだ

一言居士
お早うございます。
今釣りに忙しいのであちらの往診には行けませんが、学さんの書かれていることから伺えるのはSNPsという概念は自然交配によって生じる現象ですから、前提として自然淘汰があって、生存に不適当な変異を受けてしまった個体は死んでしまったり、子孫に遺伝子を受け渡せなかったりして、この世には存在し得なくなる変異があるということの分からないお爺さんが居そうだなということですね。
DNAの並びにはエキソンと呼ばれる蛋白質製造に関与している部分と、まだその働きがよくわかっていないが進化の過去に出来てきたらしいが現在は蛋白質製造には関与していないとされているイントロン部分とがあることが分かっていて、蛋白質製造に関与しているエキソン部位はコーディング・リジョンと呼ばれ、そうでないイントロン部位はノン・コーディング・リジョンと呼ばれている。その切れ目はどこで分かるのかというと、基本に戻って、コドンと呼ばれる三個一組の塩基の並びで開始コドンはAUG、終始コドンはUAG、UGA、UAAですから、これらの開始コドンと終始コドンに挟まれている部位がエクソンで、そうでないコドンは途中にどれだけあってもアミノ酸指定コドンとは認識されないのでRNAには転写されずに切り捨てられるイントロン部位だということになる。
で、このエクソン部位が所謂遺伝子と定義づけられていて、ここに突然変異が生じると或るアミノ酸を指定しているコドンが別のアミノ酸指定コドンに変化してしまうので致死原因になったり、奇形原因になったりするので、これを正しく修復する機能も別途あるのですが、一塩基変異が特に害のないものである場合はそのまま残って所謂個性を形成するわけです。
対して、DNAの大半であるイントロン部位はアミノ酸指定されていないので変異が残ったままでも生存には関係しないので、修復もされずにそのまま世代を受け継がれて、染色体の乗り換え交叉の生じる配偶子形成を介してあちこちの個体に分割継承されていくわけです。
近交系マウスはその中のたまたま最初の作製研究所によって選ばれたたった1つがいの雌雄マウスが持っていたSNPsが近親交配によってどちらかのホモに固定されているもので、そのSNPsが登録されているということがBCA報告論文のSNPs解析結果を理解するための最低条件であるわけです。

BCA報告書の本文とその解析グラフ表はマウスの自然交配を前提にマウスコンタミ痕を追跡している結果報告になっている。
①129X1のジャクソン研究所での既に全世界中の研究者に公的に知らせられているB6のマウスコンタミ痕
②それ以外の場所に散見される129X1の理研若山研でのB6のマウスコンタミ痕
③129+Terの理研若山研でのB6のマウスコンタミ痕
④岡部Acr-CAG共挿入B6マウスへの大阪大岡部研、もしくはその後の理研若山研での129X1のマウスコンタミ痕

最期の④が、<After the above three SNP clusters reflecting parental heterogeneity are excluded>と書かれている文章の中の< three SNP clusters reflecting parental heterogeneity>という言葉の意味で、レジェンドに示されている<red rectangles>の中のブルー領域の話なのです。

現在学さんとの間で私に言わせると"焦って"議論されているらしいお話はこのSNPs解析の基本を離れた後の細胞の培養変異の話ですから、また自然界のSNPsの話と、その近交化による登録SNPsの話とも違う話ですよね。







一言居士
和モガさんはBCA報告論文の1MバイトSNPs解析結果を比較検討して、129+TerのFES1,2が2014/7/1に山梨大に到着した後に、中身の洗い出しが行われて、そこにFLSが詰め替えられたので、調査結果としてこれが詰め替えの当然の結果として129X1になったのだと推測しました。そしてFES1は完全に詰め替えが出来たが、FES2は洗い出しが完全ではなかったので、129+Terの痕跡が残ったのだと説明された。それがFES2にntESG1G2と同じ場所にFES1には無いピンク部分がある原因だとしたわけです。

さあ、そういうことがPCR結果として出て来得るものなのかどうか。


釣りです。んじゃ。

一言居士
さて、学さんは、FLS3=CTS1=FES1=129/GFP ESという、私にも正しいと思われるBCA報告論文の結論から松崎らが更にサプリで踏み込んだ、その4細胞の作製順と思わせる記述に拘泥されています。
対して私はそこになかなか踏み込まない。

大前提として、

①FLS3---2012年に先生が作成した細胞(「僕のマウス」F1を渡したと先生は言うが、岡部マウスとのF1ではなかったという証拠は提出されていない。)

②CTS1---FLSと同様の背景で同様のやり方で作成されている細胞を単にFgf4培地でTS-likeに先生が誘導したもの。(従って、FLSとCTSのDNA配列は同じであるが、RNA発現解析結果は異なっていておかしくない。)

③FES1---大田氏が2005年のntES論文アクセプト後の時期に、論文とは無関係に受精卵ES細胞を作ったが、研究に使うことなく2005/12/7に凍結したとされている細胞で、本人は129+Terで作製したと思っていたが、調査結果は129X1だったので自分の記憶違いだったのかと日経サイエンスに証言している。(因みに2005年のntES論文に使われたのは129+Terです。論文アクセプト直後にFES1,2を作製している。)

④129/GFP ES---小保方さんのボックスに他の後にそう命名されたFLS関連細胞と共に並んでいた中の一つの細胞で、コンプライアンス室で何回かのリスト作成後、小保方さんが再現実験参加のために病院から出勤してきた際に、竹市、松崎、丹羽、片山氏の立会いの下で細胞の内容の説明をしたときには、ES-likeという意味の命名なのだという説明以外に、特段これに関して何のコメントも無かったもので、別途知らない細胞については不明と答えていたが、後に、この細胞に関して特定して質問された時には、他のラボメンバーと同様に「知らない」と答えた細胞である。(「この細胞からアクロシンがでてESコンタミが疑われるが、あなたは知っているかという類の誘導質問であると、これは犯人であっても無くても「知らない」と答えるので、竹市、松崎、丹羽、片山氏4者立会いの下での質問に対する回答と違っていておかしくはない。)

ということで、これらの細胞に関して、2014/6/5の和光本部でのテレビ会議で竹市氏が「細胞の出所が分からなくては特定の結論を導き出すことはできない」(佐藤貴彦『SSTAP細胞 事件の真相』79P)と注意したにも関わらず、上述の様に由来確認されないままに細胞の比較だけが行われている結果になっていて、先に紹介した北村弁護士の述べている<証拠能力>に関する一般常識すらない、遅れた村社会リンチ魔女狩りの結果が桂報告書とBCA報告論文となってしまっているわけです。

4細胞の作製順序などというペテン論理に入る前に、既に知られている細胞の性質を検討する方が先なのだということは一般人の普通の感覚です。





一言居士
お早うございます。ため息与太郎教授はまだブログの自主閉鎖をしていないばかりか、認知症患者たちのために又も新たなコメント欄を提供したようです。釣りで忙しいのでまだ往診には行けないでいますが、新ブログの最後に見られる桜の写真は染井吉野ではないように思います。
染井吉野は花吹雪した後に葉が出ます。葉と一緒に咲くのは山桜で、敷島の大和心を人問はば朝日に匂ふ山桜花、と宣長が歌ったように、樹木の背後から太陽の光が透かして射しこんできたときの崇高な美しさに下りの山道で踏んでいたブレーキの足の力が抜けて、山側の土手に衝突しそうになり、家族ごと事故してしまいそうになった昔を思い出します。それにしても谷側でなくてよかった。
山桜は一般に染井吉野より開花が早いですから、これはピンクの色の濃い種類で葉と一緒にかわいらしく咲いているところから河津桜に似ている気がします。



学さん

気まぐれぺルドン
「男性ホルモンという名の神話」
書かれてはいかがですか・・・

Re: 初めまして

学とみ子
EK さん、コメントありがとうございます。


このような内容のコメントをいただいたのは初めてです。
大変、感激しました。

出版状態を維持するには結構、コストがかかるため、残念ですが、今は絶版となっています。

私の人生で初めての自主出版本で、多分、最後になると思います。
乏しい私の人生経験を軸に小説を書いたにすぎないので、今さら、自分で読む気もしない位うまく書けておりませんでした。

しかし、ブログを始めて後、ため息ブログにとりつかれて、学とみ子は以前と比べて、いくらか世の中を学びました。
人の気持ちもいろいろ考えるようになりました。

小保方氏のキャリアの挫折は本当に気の毒と思っています。

ため息ブログからのいやがらせは続くと思いますが、今後もよろしくお願いいたします。

コメント、本当にありがとうございました。





初めまして

EK
先生のご著書「女性ホルモンという名の神話」を読ませていただきました。
私は主人公と同年代にあり、共感する場面がいくつもあります。主人公が苦しみながらも心身共に立ち直って行く姿にとても感動しました。私自身悩みが多い中、この本が心の支えの1つとなっています。この本に出会えたことが嬉しく、どうしても感謝の気持ちをお伝えしたくてコメント欄に書かせていただきました。ありがとうございました。
先生の溢れる知性と強靭な精神力を尊敬しています。これからも頑張ってください!
応援しています。
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