更にSNVsの話は培養変異ではありません。もともと近交系マウスにはSNPsもSNVsもホモで存在していますが、登録されているのはSNPsだけです。それを自分たちで定義してSNVsを調べたのですから、本来の近交系マウスに存在しているSNVsですから培養で発生したものではありません。定義はAt least 25% of reads supported alternative alleles that differed from the B6 reference sequenceと書かれていますから、B6の全DNA配列の中の交叉汚染部分と登録SNPs箇所を除いた億単位のサイトの中のリードが25%以上異なっている場所の塩基をSNVsであると定義して特定したと言っているのですが、近交系マウスのSNVsも又購入時には本来はホモに揃っていた筈のものなのですから、残りの75%の標準配列塩基のマウスDNAは何かということになってしまうのです。この時の変異は自家繁殖マウスに新たに出来たSNVsでもあり得るし、培養変異でもかつがつありえない比率ではありませんよね。 およそ、何をやってるのだということです。あれこれと脈絡なく一見専門的な話を混ぜながら素人には分からないだろうとごまかしてるんですよ。 世間を舐めてるんですね。
After filtering properly mapped tags and then removing PCR duplication with SAMtools (ver. 0.1.19), we identified SNPs from the aligned sequence data using SAMtools Mpileup and BCFtools (ver. 0.1.19) with default options.
ところがそこに続いてまた別のSNVsを特定したと書かれている。
We also identified reliable SNVs including heterozygous alleles from aligned sequence data
that satisfied the following criteria using SAMtools Mpileup after filtering the properly mapped tags. (1) Sequence coverage > 20. (2) At least 25% of reads supported alternative alleles that differed from the B6 reference sequence.
続きです。 その虚偽追加記述部分に対応するアッポ松崎のBCA報告論文記述が<Regarding these SNPs, STAP cell lines FLS3 and CTS1 and 129/GFP ES cells are nearly identical, but differ slightly from FES1 (at 30% of these alleles), suggesting that STAP cell lines FLS and CTS were derived from a sub-stock of FES1 ES cells.> という部分で更に悪質な虚偽を書いています。129/GFP ESがFES1のサブストックであるという調査も証明もありません。(at 30% of these alleles)のデータがないぜ、松崎ぃぃぃ。1290箇所の30%だとスライドの99.28% にはならないじゃないか。母数の24,649サイトは何なんだい。
(李氏の日本文) A. 最後に箱を見たのは、帰国前のチェックでした。若山研究室が山梨大に引っ越したとき、あの箱について、研究室同僚とのメールやり取りもございます。あれは2013年の2月のことで、恐らく、2013年2月まで、あの箱がまだ若山研の冷凍庫に保管されてました。当時、あの細胞箱が山梨大に移るという結論に出したが、その後行方不明になりました。
(李氏の日本文) A. 彼女の話が信用できますか?私の細胞がトータル4箱が御座います。なぜ別の3箱が現在正常に山梨大若山研の冷凍庫に保存してますか?なぜこの一箱があの人の冷凍庫に見つかったか?答えが簡単です。あの人が4つの箱が全部チェックしただと思います。ただ、この箱の中身が将来の実験にも使えるものだ。簡単に言うと、警察さんがあの3箱に指紋チェックをしたら、すべてわかるだと思います。今回の刑事訴訟が警察側の怠慢もあります。私に数時間の事情聴取をしても、あの変な結論を出したのは、私が被害者として納得できません。
コメント
狐に去勢された二枚舌信女
ガード下で元一言・今・二言お釜信女がミカン箱の上に立っている。
顔・首・胸にまで真っ白いペンキを塗り、唇には紫の口紅を二倍の広さに塗っている。腰には今では売り物になっている赤腰巻を巻いている。
何かアジっているのか、思ったが。段ボールで看板を作り握り締め、沈黙を守っている。
長細い看板には金釘流の字で、
「オカマにも発言の自由はある。溜息グループは言論を弾圧するな・!!学様マンセー」
余りの不人気に新手を捻出したらしい・・・
2023/04/20 URL 編集
こんどこそ、んじゃ。
2023/04/20 URL 編集
2023/04/20 URL 編集
自然界に何億と生息するマウスの個体別のSNPsは別に登録なんかされていませんね。個体別に全部違うのですからどこに何のために登録するのか分かりませんね。個体別に全部違うというのは逆に標準配列のマウスなんて実際には存在していないということです。その理解が無いんです。
登録されているのは近交系マウスのSNPsです。これは自然界の中にいる無数のマウスの中の1亜種のマウスの中から更に、マウス研究所もしくはマウス作製会社がたまたま選んだ1ペアの持っているその亜種の標準配列と比較しての変異箇所がSNPsであることを雌雄それぞれで確認した後に交配し、20世代以上の近親交配結果でほぼ全ての対立遺伝子座の塩基がホモに揃った時点で、SNP座は最初のペアでそれぞれ確認されていますから、近交化したときにそのSNP座の塩基を調べて登録公開して販売しているわけです。無論その近交系マウスのSNPs塩基はもともとの親のどちらかの塩基に揃っているものですから親のどちらとも違うSNPs配列になっているものです。
「1%程度の個体にしか共有されていないものも登録されている」という叙述は、
①自然界のマウスの1%程度に共有されている塩基をSNPsというという定義
②亜種の全塩基配列は標準配列として登録されているという事実
③近交系マウスの全塩基配列も登録されているという事実
④近交系マウスのSNPs位置とその塩基も登録されているという事実
のそれぞれが頭の中でよく区別整理されていない文章になっていることがわかる。つまりChatGPTによる作文と同じなんですね。こういうのは一般に"分かったような分からないような"という、頭の悪い奴の語ることを揶揄するときに使う言葉で評価して置けばいいでしょう。
2023/04/20 URL 編集
自覚を自覚と認識できなくなっているのをボケといいます。プーチンに典型的に表れていますね。
んじゃ。釣りです。
2023/04/20 URL 編集
ため息君は無言なのでまだ分かりませんがコメント欄の馬鹿どもは健在のようです。まあ、ボケ老人たちの社交場として元気が何よりですが、そろそろ全閉鎖全消去して、新しくブログを立ち上げ直し、ChatGPTの将来の説明なんかしてると人が沢山読みに来ると思うんだけどなあ。写真も料理もなかなかいいですよね。でも、そういう生活が出来ているのが御用学者稼業で一人の若い女性を陥れたお陰での官僚からの便宜供与によるものだという自覚が生まれてしまうとさぞかし寝にくうござろう。
ついでだから久々に診察でもしておきましょうかね。花咲か爺さんのアルツハイマー症状は学先生にはお見通しのはずで、ケケケ症状は無自覚の反復なんですね。まあ脳が硬化して同一言語反復現象が始まっているんでしょ。そのうちにどちらさんでしたっけがはじまりそうですね。親の介護経験のある人は誰でも知ってますね。先生の様にお医者さんでなくても分かることはありますぞ。
アルツハイマーでの能力低下とは別にそもそもの知能程度がある。私なんか自慢ではないが中学生時代の知能指数測定でクラスでビリから2番目でしたからねえ。花咲か爺さんの本名は田中君というんですが、その時にクラスでビリだった男なのですから、自慢じゃないが私とは雲泥の差です。
>>
なんでしょうなあ。
SNPってのは1%以上の個体に共有されている変異ですよねえ。
つまり、1%程度の個体にしか共有されていないものも登録されているということですが。
こじたんはここから理解していないと。
こういうのを見るとビリから二番の優越感がムラムラと沸き起こって嬉しくなるんですよねえ。やっぱりあれだけ説明してやってもビリの田中君には分からなかったのだ。ひひひ。エエド、エエド。
<SNPってのは1%以上の個体に共有されている変異ですよねえ。>という正しい叙述の理解に深度があるわけですが、ここには何に対しての1%であるかということの認識が示されてないんですね。ChatGPT並みの表現でしょうかね。これだけで分かったような気持ちになる人はChatGPTを使いこなすことはできないでしょうね。そもそもまだ発展途上らしいですからね。より強力な検索機能と組合されてくると使い勝手がよくなるでしょうね。今のところは<SNPとはなんですか?>と問い合わせると<1%以上の個体に共有されている変異です>と答えが返ってきたらマシな方のようですね。中には10%と答えるような場合もあるし、<UFOの一種です>などと答えるような場合もあるようですが、質問に対する答え方のパターンがより自然な会話になるようにプログラミングされているシステムのようですね。正しく論理的答えを出すという能力に関してはそれこそ将棋ソフトの方が遥かに進んでいる。ですからこれからあらゆるソフト機能が組み合わされて行って人工知能を搭載したロボットとして完成して行くのでしょうかね。
無論機械には肉体がありませんからね。感情は物質界-身体-精神の連結の中に存在しますから、ロボットは物質そのもので自身の感情は無いので、人間の模倣行動をするだけですね。人は一度はshiねますが、機械はshiねない。なぜなら身体がないからです。本物の感情は身体とともにある。「あはれ」の感情は身体と精神の結合の中にある。shiねないものには本物の感情はないですね。ロボットは胸がキュンとはならないのよ。キュンとした時の言葉や行動を真似させることはプログラムすればできますけどね。ははは。
ということで1%というのは自然界の沢山のマウスを亜種も含めてDNA配列を調べ、一つのサイト上で一番多い塩基だけを標準塩基とした上で、それぞれの亜種の標準配列を決定するという作業が行われたという事実が出発点なんですね。ヒトゲノム計画の一環でマウスも全ての亜種の標準配列が読み終わっているわけです。その標準配列に対して99%のマウスが同じ塩基を持っているのに1%のマウスが別の塩基を持っている時にそれをSNPと定義しているから、1000匹調べて10匹に存在している、10000匹に対して100匹にあるような、人間なら1000人に10人あるようなSNPsが原因の病気があるときにその医学的対策を考えるのに1%という基準が恣意的に作られたわけです。研究者の数は限られているのですから1億人に1人のために研究するということは経済合理的に無理なので1%程度の病気原因になっているなら調べようという目安ですね。
ですから因みにSNVsは1%以下のものですね。これは調べ出したらきりが無いほどありますが、少なくとも自然界では生きているという条件ですから、shiんでしまうような変異は存在していませんね。ここは培養細胞の変異とは少し違うところですよね。
2023/04/20 URL 編集
2023/04/19 URL 編集
およそ、何をやってるのだということです。あれこれと脈絡なく一見専門的な話を混ぜながら素人には分からないだろうとごまかしてるんですよ。
世間を舐めてるんですね。
2023/04/19 URL 編集
この時のカバレッジも当然20以上必要ですが、この場合はその中にいくつか違う塩基を示すリードがあったらどうしたのかということの説明がありません。培養細胞はたくさんの数で基本的に一つの細胞のDNAの一か所に突然変異が入っても、細胞分裂の関係で周りの細胞が同じ変異を複製している状態はありますが、培養皿の中の全細胞が同じサイトに変異を持つことはありませんから、ランダムに選ぶと、FES1とFES2のそれぞれのリード上に違う変異が認識されるということになる。つまりそのサイトの登録SNPs がリードの中で大半指定塩基で一致していても、どちらかに幾分違う塩基が混じっていたら、FES1とFES2とで異なるSNPsを持つという識別になるわけです。これが培養変異の識別の筈ですね。でもその説明は無いですね。
2023/04/19 URL 編集
この時に気づいておかなければならないのは、次世代シーケンサーの解析でカバレッジ20以上で1本だけが登録されたSNP塩基で無かったような場合は単なる培養変異として無視されるということです。調べようとしているのは培養細胞の何個かのDNAが変異しているかということではないからです。この時は129かB6かを識別しているということです。129とB6の登録サイトはほとんどが別々の場所です。
2023/04/19 URL 編集
2023/04/19 URL 編集
After filtering properly mapped tags and then removing PCR duplication with SAMtools (ver. 0.1.19), we identified SNPs from the aligned sequence data using SAMtools Mpileup and BCFtools (ver. 0.1.19) with default options.
ところがそこに続いてまた別のSNVsを特定したと書かれている。
We also identified reliable SNVs including heterozygous alleles from aligned sequence data
SNVsは自然界ではSNPsより出現頻度の少ない突然変異箇所である。近交系マウスの登録SNVsなどというものはない。従って何がSNVsかは定義されなければならない。それが以下である。
that satisfied the following criteria using SAMtools Mpileup after filtering the properly mapped tags.
(1) Sequence coverage > 20.
(2) At least 25% of reads supported alternative alleles that differed from the B6 reference sequence.
全解析しているのでこの定義のSNVsは登録SNPsサイト以外の全DNA配列から選ばれているのである。
SNPsサイトはFES1sとFES2で異なっている1290サイトのみを比較し、SNVsは25億サイトから選んでいる
2023/04/19 URL 編集
更に1290サイトと24649サイトの違いの説明がなく、加えてどちらの数が正しいのかは別としてもそれらの30%が違うという、387箇所か7395箇所かの数値はスライドに書かれているパーセンティジから導けないもので、①②③④⑤⑥の違いを全部足しても387とか7395にはならないが、このことに関する説明が本文にはない。
2023/04/19 URL 編集
①FES1とFLS3の共通箇所は99.33%だと言った。つまり0.77%である10塩基が異なっていたと言った。
②FES1とCTS1の共通箇所は99.16%だと言った。つまり0.84%である11塩基が異なっていると言った。
③FES1と129/GFP ESの共通箇所は99.28%だと言った。つまり0.72%である9塩基が異なっていると言った。
④FLS3とCTS1の共通箇所は99.92%だと言った。つまり0.08%である1塩基が異なっていると言った。
⑤FLS3と129/GFP ESの共通箇所は99.95%だと言った。つまり0.05%である1塩基が異なっていると言った。
⑥CTS1と129/GFP ESの共通箇所は99.93%だと言った。つまり0.07%である1塩基が異なっていると言った。
これであるとFES1と他の3株とはほぼ10塩基違っていたが、他の3株同士では1塩基しか違ってなかったから、他の3株はほぼ同一の通算継代期間を経ていて、FES1はそれよりも少し短い継代期間だったと言うことになるのであって、FES1から他の3株が派生したなんてロジックは成立しない。
また、スライドでは本文と違って比較箇所を24649サイトとしているが、この数字と1290サイトの違いの説明がない。しかし、これをそのまま適用すると、
①FES1とFLS3の共通箇所は99.33%だと言った。つまり0.77%である190塩基が異なっていたと言った。
②FES1とCTS1の共通箇所は99.16%だと言った。つまり0.84%である207塩基が異なっていると言った。
③FES1と129/GFP ESの共通箇所は99.28%だと言った。つまり0.72%である177塩基が異なっていると言った。
④FLS3とCTS1の共通箇所は99.92%だと言った。つまり0.08%である20塩基が異なっていると言った。
⑤FLS3と129/GFP ESの共通箇所は99.95%だと言った。つまり0.05%である12塩基が異なっていると言った。
⑥CTS1と129/GFP ESの共通箇所は99.93%だと言った。つまり0.07%である17塩基が異なっていると言った。
ということになる。比率は同じで結論は、他の3株はほぼ同一の通算継代期間を経ていて、FES1はそれよりも少し短い継代期間だったと言うことになるだけである。
2023/04/19 URL 編集
2023/04/19 URL 編集
一言夜桜お釜信女
ガード下で筵を広げて客を取るな・・・
2023/04/19 URL 編集
その虚偽追加記述部分に対応するアッポ松崎のBCA報告論文記述が<Regarding these SNPs, STAP cell lines FLS3 and CTS1 and 129/GFP ES cells are nearly identical, but differ slightly from FES1 (at 30% of these alleles), suggesting that STAP cell lines FLS and CTS were derived from a sub-stock of FES1 ES cells.> という部分で更に悪質な虚偽を書いています。129/GFP ESがFES1のサブストックであるという調査も証明もありません。(at 30% of these alleles)のデータがないぜ、松崎ぃぃぃ。1290箇所の30%だとスライドの99.28% にはならないじゃないか。母数の24,649サイトは何なんだい。
同じ遺伝子欠失が共有されている4細胞で、入れ替えが無いと勝手に決め込んだFES1は2005年樹立だとされている。FES3、CTS1は当然2012年樹立、129/GFP ESも私はFLSだと思っていますから当然2012年樹立です。でもシャバダバ桂報告書とアッポ松崎BCA報告論文はこれを、FES1の株分け分を大田さんが置き忘れたと、本人は全部持ち出したと記憶しているのに、勝手に証拠も無く決めつけて、小保方さんがそれを見つけてポトリしたのだと、これも証拠も無い勝手な決めつけ虚偽認識を世間に押し付けたがっているわけです。すると129/GFP ESも2005年の樹立だということになる。
この思い込みだらけの前提でも、DNA全解析の違いを比較するとどの細胞株が一番長く培養されたかが分かるだけで、大田さんのFES1と、その置き忘れとされる129/GFP ESとの違いの原因は培養期間が違うというだけで、大田さんが何度も凍解凍して通算培養期間が長いか逆に短いか、又129/GFP ESが何度も凍解凍して通算培養期間が長いか逆に短いかの相互関係は分かっていません。ただ違いがあるというだけです。その意味ではFES1と残りの3株は違いがやや大きいというだけです。
ましてや、調査はDNA25億対の比較ではない。何をやってんというくらいの大笑いのロジックです。
2023/04/19 URL 編集
A. 最後に箱を見たのは、帰国前のチェックでした。若山研究室が山梨大に引っ越したとき、あの箱について、研究室同僚とのメールやり取りもございます。あれは2013年の2月のことで、恐らく、2013年2月まで、あの箱がまだ若山研の冷凍庫に保管されてました。当時、あの細胞箱が山梨大に移るという結論に出したが、その後行方不明になりました。
2月というのはメール確認した話でしょ。引っ越しは3/11以降ですからね。何も矛盾はない。引っ越しの時に置き忘れたていたから預かっていたという小保方さんの証言の否定根拠を警察は認めなかったから、告発事項の存在そのものすら疑わしいとコメントしましたね。
石川はフライデーで小保方さんが盗んだと公言していて、警察から名指しをしない条件で受理された。名指しすると民事事件になったときの証人とされるのを税金で運営されている警察が嫌がるからですが、名前を外させて窃盗があったという第三者告発を受理した後に調査に入って、結局そんな証拠はなかったということを発表したわけです。
この結果を受けて、李とバ感想が言い訳の対話を発表したのです。実験も終わってるのに誰がお前の細胞を盗むのだと三木に嘲笑されたので、RFPが欲しくて将来のために盗んだのだと言い直しているわけです。NHKに出演した時はそんなことは言ってませんね。人間のクズですよ。こいつは。
2023/04/19 URL 編集
李の書いている3箱は若山さんの事後MTAにはありませんね。盗難届も出されていないし、そもそも気になるのだったら小保方さんに聞けばよかっただけでしょ。それまでの間何も困ってなかったんでしょ。事件化して後に騒ぎ出した。李の3箱が若山研にあるという調査も若山研での提示もないですよね。
凍結サンプルについた指紋を調べろなんて言ってる糞野郎の事なんか信じる奴は居ない。
2023/04/19 URL 編集
石川の馬鹿が窃盗があったと言ったが、警察の調査で窃盗は無かったと却下されましたよ。小保方さんは置き忘れをそのまま預かっていただけです。手記156P。
>>
その後若山先生からメールでサンプルボックスを移動させるように指示が出され、
メールの記録は小保方さんのPC内にありますから日にちも分かっている。小保方さんは多忙で預かったまま放置して忘却してただけです。自分たちが置き忘れたのを利用したか、わざと残して後々のために濡れ衣を着せようとしたのでしょうや。
2023/04/19 URL 編集
触れられてますね。ちゃんと読まれてくださいね。
(李氏の日本文)
A. 彼女の話が信用できますか?私の細胞がトータル4箱が御座います。なぜ別の3箱が現在正常に山梨大若山研の冷凍庫に保存してますか?なぜこの一箱があの人の冷凍庫に見つかったか?答えが簡単です。あの人が4つの箱が全部チェックしただと思います。ただ、この箱の中身が将来の実験にも使えるものだ。簡単に言うと、警察さんがあの3箱に指紋チェックをしたら、すべてわかるだと思います。今回の刑事訴訟が警察側の怠慢もあります。私に数時間の事情聴取をしても、あの変な結論を出したのは、私が被害者として納得できません。
2023/04/19 URL 編集