数個あるはずのLi氏ボックスから1箱残した人はいるのか? あるいは、数個あるはずのLi氏ボックスから1箱だけ、小保方氏がピックアップしたのか? という問題ですよね。

前回記事が長くなりましたので、こちらに移します。
当ブログは、桂報告書には異なる見解が書きこまれていると指摘しています。
その論拠について、前回記事で示しています。
4月15日記事 タイトル:桂報告書のおかしな日本語文体を深堀りすると、調査委員たちの本音”小保方ESねつ造は無理です”が見えます。

ここは大事なので、毎回、冒頭にあげておくことにします。
その前に、今、すごく人気のチャットAIの紹介から書きます。

Q:iPS細胞や科学物質による初期化細胞では、遺伝子のメチル化をはずす酵素が働いていると考えられますか?そのメチル化をはずす各種酵素を使って人工的に細胞初期化を起こそうとする場合、かなりの時間と手間を要しますか?


A:iPS細胞や科学物質による初期化細胞では、遺伝子のメチル化をはずす酵素が働いていると考えられています。実際に、iPS細胞の初期化において、メチル化をはずす転写因子であるOct3/4、Sox2、Klf4、c-Mycが使用されています。これらの転写因子は、遺伝子の発現を変化させることで、細胞を初期化することができます。

A:一方、細胞初期化を起こすために、メチル化をはずす各種酵素を使用する場合、実際にかなりの時間と手間が必要になる場合があります。これは、細胞に含まれる遺伝子のメチル化状態は細胞の種類や発生段階によって異なるため、メチル化をはずす酵素を使用して、特定の細胞種に初期化するためには、それぞれの細胞種に適した酵素を選択し、最適な条件下で処理する必要があるためです。

また、メチル化は、細胞内の複数の遺伝子に影響を与えることがあります。そのため、メチル化をはずすことで細胞を初期化する場合、初期化された細胞が望んでいた遺伝子発現を示すことが保証されているわけではありません。そのため、細胞初期化を起こすためには、遺伝子発現解析など、追加の解析が必要になる場合があります。

したがって、細胞初期化には、細胞種に合わせた酵素の選択や適切な処理条件の設定、そして細胞の解析など、かなりの時間と手間が必要になる場合があります。






さて、一言居士さんは攻撃的で独りよがりなんですね。
一言居士自身の想像で、学とみ子を攻撃します。
一言居士さん自身が知っていることは、他人も知っていなければいけないとみなします。
一言居士さんが大事だと思うことと、他人が大事なことは違うのですが、そうした見解の違いを一言居士さんは認めません。

一言居士さん
>フライデー2015/2/6号の津田記者の記事でしょうに。そんなことすら調べてないのですか?

学とみ子は、事件勃発当時の擁護派の活動状況は知りませんから、2015/2/6号以外の津田記者の記事は知らないのです。
津田記者は、2014年にも報道しているのかを当ブログが知りたかったです。
2014年の記事で、「4箱から3箱になった」問題を津田記者が報道したか?どうかを、当ブログが知りかったのです。


感想さんとLi氏のネット情報位は知ってます。
ここには、「4箱から3箱になった」問題にはふれていませんね。
むしろ、”盗まれた”を前提にLi氏が話をしているのは、なぜか?が大事です。
Li氏はだれからどのような情報をもらったのか?を知るべきです。

そこが日本人が一番知りたいと考えるのに、感想さんはLi氏に。「誰から窃盗を聞いたか?」を確認せず、スルーしました。
だからこそ、学とみ子は、感想さんが小保方ESねつ造派であろうと考えました。
一言居士さんも、感想さんへの不信感を書いています。

しかし、一言居士さんは、いろいろ立場の違う人をひとまとめにし過ぎます。
学とみ子見解は、小保方周りには、積極的にESねつ造を画策した人と、事実を明らかにしたい人が混在していたとの想像です。

先日 2023年4月17日 16:17、oTakeさんが、Li氏が「4箱から3箱になった」問題を知っていたかのようにコメントしました。

ここが重大であると感じました。



oTakeさんは次にこう言っています。

>最終的に移転作業終了となります。当然、フリーザ等の電源を落とすわけですが、その際に中身を確認し電源を落としていますので、フリーザ管理者は当然、試料サンプルは残っていなかったと証言しているわけですね。
同年4月1日以降は、CDB 若山研で稼働しているフリーザは存在していないということです。

若山研で研究していた人たちが、それぞれに来て、自身と関係する実験成果物を引き上げました。
小保方氏が来た時には、冷凍庫も動いていたと予想されます。
3月31日に電源を落とした人は中身を確認して何もないということで落としたんですよね。
中身が空っぽであると確認したは研究室関係者か?それともなんかの施設を管理する人か?を知りたいですね。



oTakeさんです。
>小保方氏が「残っていた試料を預かっていただけだ」というのはこの同年4月1日以降に小保方氏が試料を取りに行ったことになり、それは事実上あり得ないので残っていたとの主張は“嘘”になります。

研究者ともあろうものが、冷凍庫の電源を落とす日以後に材料を取りに行きますか?あり得ないです。
小保方氏が機能している冷凍庫内に残っていた1箱を持ち出したのではないですか?
小保方氏が数個あったLi氏ボックスから1箱だけ持ち出したとの証拠が無いです。
証拠があるなら、この時、若山研冷凍庫に近づいた人たちは複数いるはずだから、皆、同じ証言になるはずです。

各人の証言が一致しなかったのではないですか?
すでに、冷凍庫の状態がどうであったとかとか関係なく、作業に関係した人たちの証言が大事なのだと思います。
事故の検証性とかは問題でなく、その場に立ち会った複数の人の証言が一致するかだと思います。

数個あるはずのLi氏ボックスから1箱残した人はいるのか?
あるいは、数個あるはずのLi氏ボックスから1箱だけ、小保方氏がピックアップしたのか?
という問題ですよね。
ここの答えが無いのです。


誰も、小保方氏のLiボックスを引き上げた時期と状況について語れない。oTakeさんは、冷凍庫の電源が落ちてから小保方氏が来たなんてデタラメを言ってる。一言居士さん、Ooboeさんも見ている。

ため息ブログは、とにかく、相手をバカ呼ばわりをする。自身のミスは、認めない。

oTakeさん
>言い逃れる為、ホント必死です。
そもそも小保方氏がLi氏のボックスを持ち出したとき、引っ越しは終わってませんよ。最終日近くまで実験をされていた研究員がいましたからね。それまで終わってないんですよ。


小保方氏は、言い逃れをする必要などありません。実験をしていて、この時の状況を知ってる人がいるなら証言すれば良いじゃないですか?
恐らく、根拠ない噂を止めてる人がいるのでは?皆が同じ証言をしてないのだと思う。警察の判断の論拠は明らかにされてないです。oTakeさんは、ES捏造論に都合の良い方向へ持っていくけど、擁護派には通じない。

oTake文章は、先に自身の方向があってそこに持ってくために、権威付け語句を並べてるだけ。そんな文章は魅力もないし信頼性がない。


サラリーマン生活さんは、同じ主張の繰り返しです。AIで、デタラメSTAPと答えるかどうかを検索せよ。

実際の理研の研究者も間違ったSTAP認識であるから、サラリーマン生活さんが、実生活で正しい答えを持ってる専門家と巡り合うのはまれです。学術界の失敗談など、専門家は口にはしません。

CDB上層部のいろいろな態度から、事件の真相を想像できませんか?


口は災いの元だから、知識ある人は黙っています。知識ある人は、聞く人(例えばサラリーマン生活さん)を警戒します。

サラリーマン生活さんは、自身の周りの経験だけで世の中を判断してます。

ため息さん、plusさん、oTakeさんの異常なる発言をきいて、彼らがおかしな連中だということに、サラリーマン生活さんは気づけませんでした。自分自身で考えてないですね。サラリーマン生活さんは、科学の内容がわからなくても、ため息ブログ全員の虚勢のおかしさに気づける力が欲しいですが、それがないようです。

STAP事件について、いま、研究者層が何も言わない現状の背景を考える必要あります。ES捏造なる荷物を皆さん置き去りにしてますね。


ため息さん、少し休んだ後に、何か論調が変わりましたね。おちょくりスタイルを封印してますけど……。

>誰が移動させたのかは明らかです。

小保方氏本人が持ち出したと言ってます。

ここは、複数で、誰かが状況に関わっていたし、或いは、知ってる人がいた。しかし、にもかかわらず黙ってる状況が何よりおかしいです。世間は、こうした状況から判断します。


oTakeさんは、こんな事を暴露して良いのでしょうか?

oTakeさん
>石川先生側は不起訴による裁判も想定しており、三木秀夫弁護士らの不起訴に関するコメントに対しての本当の事実が裁判所によって明らかになるのでワクワクして裁判を待っていたんですよ、ホント(笑)

石川氏は、不確定な情報で利用されてしまったとの見方もあります。窃盗が認められず、石川氏は、ひどく傷ついたんでしょう?石川氏は、ES捏造間違いないと信じてました。

彼に代表されるように、理研にはES捏造を信じていた研究者たちがいました。ES捏造を断定しなかった桂報告書の書きぶりに不満だったのです。
遠藤さんも不満を口にしてますね。

桂報告書にはES捏造の事実は書かれておらず、画像の捏造判定を持って、小保方氏がES捏造したとの印象操作してるだけです。だから、石川氏、遠藤氏が文句を言ってます。

このようにキャリアあるシニア研究者も、「ES捏造は本当である」と思わせられたのです。



サラリーマン生活さんが、当ブログの議論を理解せず、以下を書いても、誰も説得できません。ため息さんが誉めるだけです。

真面目に考えてる人は、以下のような中身の無い主張は相手にしません。

>本来は構造てきには単純な研究不正事件で難しい事件などではないのです。

単純な研究不正ではないとの主張が理解できませんし、反論もできません。論点を把握してません。

サラリーマン生活さんは、自身が「単なる捏造事件と思う」を根拠に、捏造説は正しいと主張しているだけです。これでは、他人への説得力皆無です。他人を納得させるには、納得へ向けた論拠が必要です。論拠を語ることで、相手は納得するのです。サラリーマン生活さんのように、STAP細胞を理解しようとしない人には無理でしょう。自身で議論内容の理解をしないで、他人に聞いてるだけです。

せめて、サラリーマンさんがどのような環境で、どのような言葉を使ってSTAP問題を質問し、どのような肩書きの人がどのように答えたか?を記述したらどうでしょう。

サラリーマン生活さんは、素晴らしかった、感激した、とか言うだけで、具体的状況を書きません。他人に聞いてもらうための一番の焦点を語りません。語らなければいけないという意識がないです。

サラリーマン生活さんは、ため息さんたちが言いがかり的に当ブログにけちをつけ、本論から逃げようとする様にも気づけないのですから。

サラリーマン生活さんは、ものを考えてない人たちを探して、ES捏造論で盛り上がった方が良いです。サラリーマン生活さんは、そうした人たちの間で、ES捏造論を共有すれば、楽しめるでしょう。


oTakeさん、

>フリーザ管理者は当然、試料サンプルは残っていなかったと証言しているわけですね。

その人は、それしか言わないのでしょう?前日はどのような状態であったか?知ってるいるなら、小保方氏がいつきたのかを公表していないのです?或いは、小保方氏が来てるはずはないとかも証言してません。こういう内々で、個人的な話は警察は困るんでしょう?

小保方氏が盗んだというなら、全面的情報開示をすれば良いのです。3月31日に誰が実験してたのか?情報開示してないじゃないですか?警察が認めないなら、自らで情報公開すれば良いじゃないですか?






ため息さん、
2023年4月20日 16:45
>嘘つき学とみ子曰く:oTakeさんは、冷凍庫の電源が落ちてから小保方氏が来たなんてデタラメを言ってる。
幾つ嘘をつくと、満足するのでしょ?



oTakeさんは以下を言ってます。

>今、小保方氏が「残っていた試料を預かっていただけだ」というのはこの同年4月1日以降に小保方氏が試料を取りに行ったことになり、それは事実上あり得ないので残っていたとの主張は“嘘”になります。
理研での小保方研試料のリストに残っていたものを預かっていたかのような証言記録がありますが、同時にこれは嘘の証言をしていたことが確定します。






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コメント

狐に去勢された二枚舌信女

気まぐれぺルドン
駅前をぶらついていたら、怖ろしものを見てしまった。
ガード下で元一言・今・二言お釜信女がミカン箱の上に立っている。
顔・首・胸にまで真っ白いペンキを塗り、唇には紫の口紅を二倍の広さに塗っている。腰には今では売り物になっている赤腰巻を巻いている。
何かアジっているのか、思ったが。段ボールで看板を作り握り締め、沈黙を守っている。
長細い看板には金釘流の字で、

「オカマにも発言の自由はある。溜息グループは言論を弾圧するな・!!学様マンセー」

余りの不人気に新手を捻出したらしい・・・

一言居士
「自然界に何億と生息するマウスの個体別のSNPsは別に登録なんかされていませんね。」というのはちょっと舌足らずでしたかね。マウスのSNPsの箇所は全部分かっていますから、登録されていると言えば登録されていると言えますかね。近交系マウスの登録SNPsというときの登録ではありませんが、ちゃんと分かっているという意味では記録公開されている。

こんどこそ、んじゃ。

一言居士
送信順序が逆になってしまいました。失礼。分かるからいいですよね。んじゃ。

一言居士
<SNPってのは1%以上の個体に共有されている変異ですよねえ。>までは説明不足ではあっても、部分表現として間違ってはいませんから、分からんやっちゃな、ということにはならないのですが、続く文章の、<つまり、1%程度の個体にしか共有されていないものも登録されているということですが。>という叙述は明らかに途中経過の知識が欠如していると分かりますから、前文の段階でもやっぱり分かってなかったのだと演繹されてしまいますね。
自然界に何億と生息するマウスの個体別のSNPsは別に登録なんかされていませんね。個体別に全部違うのですからどこに何のために登録するのか分かりませんね。個体別に全部違うというのは逆に標準配列のマウスなんて実際には存在していないということです。その理解が無いんです。

登録されているのは近交系マウスのSNPsです。これは自然界の中にいる無数のマウスの中の1亜種のマウスの中から更に、マウス研究所もしくはマウス作製会社がたまたま選んだ1ペアの持っているその亜種の標準配列と比較しての変異箇所がSNPsであることを雌雄それぞれで確認した後に交配し、20世代以上の近親交配結果でほぼ全ての対立遺伝子座の塩基がホモに揃った時点で、SNP座は最初のペアでそれぞれ確認されていますから、近交化したときにそのSNP座の塩基を調べて登録公開して販売しているわけです。無論その近交系マウスのSNPs塩基はもともとの親のどちらかの塩基に揃っているものですから親のどちらとも違うSNPs配列になっているものです。


「1%程度の個体にしか共有されていないものも登録されている」という叙述は、

①自然界のマウスの1%程度に共有されている塩基をSNPsというという定義
②亜種の全塩基配列は標準配列として登録されているという事実
③近交系マウスの全塩基配列も登録されているという事実
④近交系マウスのSNPs位置とその塩基も登録されているという事実

のそれぞれが頭の中でよく区別整理されていない文章になっていることがわかる。つまりChatGPTによる作文と同じなんですね。こういうのは一般に"分かったような分からないような"という、頭の悪い奴の語ることを揶揄するときに使う言葉で評価して置けばいいでしょう。



一言居士
<こじたんはここから理解していない>と自覚しているのは、この"こじたん"というのは彼の頭の中では私の事を意味しているようですが、私の書いていることと、彼が書いていることが全く違っていることから、彼の頭の中にある"こじたん"氏が私ではなく彼自身の創作人物で、つまりは彼自身の分身であるということが分かるわけです。<理解していない>というのは自覚なんです。
自覚を自覚と認識できなくなっているのをボケといいます。プーチンに典型的に表れていますね。

んじゃ。釣りです。

一言居士
モーニン。

ため息君は無言なのでまだ分かりませんがコメント欄の馬鹿どもは健在のようです。まあ、ボケ老人たちの社交場として元気が何よりですが、そろそろ全閉鎖全消去して、新しくブログを立ち上げ直し、ChatGPTの将来の説明なんかしてると人が沢山読みに来ると思うんだけどなあ。写真も料理もなかなかいいですよね。でも、そういう生活が出来ているのが御用学者稼業で一人の若い女性を陥れたお陰での官僚からの便宜供与によるものだという自覚が生まれてしまうとさぞかし寝にくうござろう。

ついでだから久々に診察でもしておきましょうかね。花咲か爺さんのアルツハイマー症状は学先生にはお見通しのはずで、ケケケ症状は無自覚の反復なんですね。まあ脳が硬化して同一言語反復現象が始まっているんでしょ。そのうちにどちらさんでしたっけがはじまりそうですね。親の介護経験のある人は誰でも知ってますね。先生の様にお医者さんでなくても分かることはありますぞ。

アルツハイマーでの能力低下とは別にそもそもの知能程度がある。私なんか自慢ではないが中学生時代の知能指数測定でクラスでビリから2番目でしたからねえ。花咲か爺さんの本名は田中君というんですが、その時にクラスでビリだった男なのですから、自慢じゃないが私とは雲泥の差です。

>>
なんでしょうなあ。
SNPってのは1%以上の個体に共有されている変異ですよねえ。
つまり、1%程度の個体にしか共有されていないものも登録されているということですが。
こじたんはここから理解していないと。

こういうのを見るとビリから二番の優越感がムラムラと沸き起こって嬉しくなるんですよねえ。やっぱりあれだけ説明してやってもビリの田中君には分からなかったのだ。ひひひ。エエド、エエド。
<SNPってのは1%以上の個体に共有されている変異ですよねえ。>という正しい叙述の理解に深度があるわけですが、ここには何に対しての1%であるかということの認識が示されてないんですね。ChatGPT並みの表現でしょうかね。これだけで分かったような気持ちになる人はChatGPTを使いこなすことはできないでしょうね。そもそもまだ発展途上らしいですからね。より強力な検索機能と組合されてくると使い勝手がよくなるでしょうね。今のところは<SNPとはなんですか?>と問い合わせると<1%以上の個体に共有されている変異です>と答えが返ってきたらマシな方のようですね。中には10%と答えるような場合もあるし、<UFOの一種です>などと答えるような場合もあるようですが、質問に対する答え方のパターンがより自然な会話になるようにプログラミングされているシステムのようですね。正しく論理的答えを出すという能力に関してはそれこそ将棋ソフトの方が遥かに進んでいる。ですからこれからあらゆるソフト機能が組み合わされて行って人工知能を搭載したロボットとして完成して行くのでしょうかね。
無論機械には肉体がありませんからね。感情は物質界-身体-精神の連結の中に存在しますから、ロボットは物質そのもので自身の感情は無いので、人間の模倣行動をするだけですね。人は一度はshiねますが、機械はshiねない。なぜなら身体がないからです。本物の感情は身体とともにある。「あはれ」の感情は身体と精神の結合の中にある。shiねないものには本物の感情はないですね。ロボットは胸がキュンとはならないのよ。キュンとした時の言葉や行動を真似させることはプログラムすればできますけどね。ははは。


ということで1%というのは自然界の沢山のマウスを亜種も含めてDNA配列を調べ、一つのサイト上で一番多い塩基だけを標準塩基とした上で、それぞれの亜種の標準配列を決定するという作業が行われたという事実が出発点なんですね。ヒトゲノム計画の一環でマウスも全ての亜種の標準配列が読み終わっているわけです。その標準配列に対して99%のマウスが同じ塩基を持っているのに1%のマウスが別の塩基を持っている時にそれをSNPと定義しているから、1000匹調べて10匹に存在している、10000匹に対して100匹にあるような、人間なら1000人に10人あるようなSNPsが原因の病気があるときにその医学的対策を考えるのに1%という基準が恣意的に作られたわけです。研究者の数は限られているのですから1億人に1人のために研究するということは経済合理的に無理なので1%程度の病気原因になっているなら調べようという目安ですね。
ですから因みにSNVsは1%以下のものですね。これは調べ出したらきりが無いほどありますが、少なくとも自然界では生きているという条件ですから、shiんでしまうような変異は存在していませんね。ここは培養細胞の変異とは少し違うところですよね。













一言居士
次回にもまだため息ブログの自主閉鎖が無かったら今度はミトコンドリアDNAの問題に進みましょうかね。んじゃ。

一言居士
更にSNVsの話は培養変異ではありません。もともと近交系マウスにはSNPsもSNVsもホモで存在していますが、登録されているのはSNPsだけです。それを自分たちで定義してSNVsを調べたのですから、本来の近交系マウスに存在しているSNVsですから培養で発生したものではありません。定義はAt least 25% of reads supported alternative alleles that differed from the B6 reference sequenceと書かれていますから、B6の全DNA配列の中の交叉汚染部分と登録SNPs箇所を除いた億単位のサイトの中のリードが25%以上異なっている場所の塩基をSNVsであると定義して特定したと言っているのですが、近交系マウスのSNVsも又購入時には本来はホモに揃っていた筈のものなのですから、残りの75%の標準配列塩基のマウスDNAは何かということになってしまうのです。この時の変異は自家繁殖マウスに新たに出来たSNVsでもあり得るし、培養変異でもかつがつありえない比率ではありませんよね。
およそ、何をやってるのだということです。あれこれと脈絡なく一見専門的な話を混ぜながら素人には分からないだろうとごまかしてるんですよ。
世間を舐めてるんですね。

一言居士
次にFES1とFES2とで異なったSNPsサイト1290箇所というのは、培養変異箇所の話です。例えばFES1のB6登録SNPsサイトの登録塩基が登録されている塩基種では無かったときにFES1とFES2の同じであるべき塩基に違いがあるということです。その違いはその塩基が129のものになっているというような意味ではありません。129の登録SNPsの場所はまた別の場所です。塩基種は4種ですから、登録塩基種以外の何であっても違うという判断です。
この時のカバレッジも当然20以上必要ですが、この場合はその中にいくつか違う塩基を示すリードがあったらどうしたのかということの説明がありません。培養細胞はたくさんの数で基本的に一つの細胞のDNAの一か所に突然変異が入っても、細胞分裂の関係で周りの細胞が同じ変異を複製している状態はありますが、培養皿の中の全細胞が同じサイトに変異を持つことはありませんから、ランダムに選ぶと、FES1とFES2のそれぞれのリード上に違う変異が認識されるということになる。つまりそのサイトの登録SNPs がリードの中で大半指定塩基で一致していても、どちらかに幾分違う塩基が混じっていたら、FES1とFES2とで異なるSNPsを持つという識別になるわけです。これが培養変異の識別の筈ですね。でもその説明は無いですね。

一言居士
さて、まずこの前提から129B6F1のSNPs解析というのは25億サイトを百万サイト毎に区切って2500個の区切りを作り、その中にある129の登録SNPsサイトとB6の登録SNPsサイトの塩基を全部調べて、129の登録SNPsサイトの塩基が全部正しく存在していて、B6の登録SNPsサイトの塩基が全部正しく存在していたらその区切り全体をグリーンに表示するということです。もしマウスコンタミが無ければ、そこにはどちらの登録SNPsも無い場所なら白で塗られる以外は、全部の区切りが本来グリーンであるべきだという解析になる。
この時に気づいておかなければならないのは、次世代シーケンサーの解析でカバレッジ20以上で1本だけが登録されたSNP塩基で無かったような場合は単なる培養変異として無視されるということです。調べようとしているのは培養細胞の何個かのDNAが変異しているかということではないからです。この時は129かB6かを識別しているということです。129とB6の登録サイトはほとんどが別々の場所です。

一言居士
解析されているのは培養細胞である。培養皿の中には数万の大量の数の細胞があるが、その中の一部を吸い上げて全体の代表とする。それでも数千の細胞があるのですから、よく攪拌していれば代表していることになる。DNAの数も数千本ある。因みにミトコンドリアだと一個の細胞の中に300から400個あるとされているのでもっと多くなる。このDNAを超音波で裁断した断片をフローセルに流す。板の上に立っているプローブに捕まった断片のみがPCR増幅されてリードとなる。大半のDNA断片は外に流れて廃棄される。このリードを標準配列の上に重ねてマッピングして行く。一か所のサイトの上には普通何十本何百本というリードが少しずつずれながら重ねられて行く。この重ねられてる層をデプスとかカバレッジという。既述したSequence coverage > 20というのはリードの重なりが20本以上ということで、それ以下だと細胞内のDNA変異タイプの比率の信頼性が下がるということです。即ちランダムサンプリングの数が足りないから全体を代表しないということです。これは次世代シーケンサーが解析速度を優先しているから、仕組み上、その正確さは確率で保証されるしかないからです。確率ですから何度も同じ検査を行うと正確度は上がりますね。

一言居士
サプリのマテメソには以下の様にSNPs箇所を特定したと書かれている。

After filtering properly mapped tags and then removing PCR duplication with SAMtools (ver. 0.1.19), we identified SNPs from the aligned sequence data using SAMtools Mpileup and BCFtools (ver. 0.1.19) with default options.

ところがそこに続いてまた別のSNVsを特定したと書かれている。

We also identified reliable SNVs including heterozygous alleles from aligned sequence data

SNVsは自然界ではSNPsより出現頻度の少ない突然変異箇所である。近交系マウスの登録SNVsなどというものはない。従って何がSNVsかは定義されなければならない。それが以下である。

that satisfied the following criteria using SAMtools Mpileup after filtering the properly mapped tags.
(1) Sequence coverage > 20.
(2) At least 25% of reads supported alternative alleles that differed from the B6 reference sequence.

全解析しているのでこの定義のSNVsは登録SNPsサイト以外の全DNA配列から選ばれているのである。
SNPsサイトはFES1sとFES2で異なっている1290サイトのみを比較し、SNVsは25億サイトから選んでいる

一言居士
培養変異の比較なら、本来25億サイトの比較をすべきなのであるし、しかも何も難しくない。25億サイトの比較とSNPsサイトの比較で同じ比率になるというランダムサンプリング保証がない。つまり登録SNPsの位置は培養変異の場所のサンプリングとしてランダムな選択位置であるという証明が無い。しかも大きな染色体交叉位置を除いてもまだ数百万箇所あるSNPs位置の全比較すらしていない。
更に1290サイトと24649サイトの違いの説明がなく、加えてどちらの数が正しいのかは別としてもそれらの30%が違うという、387箇所か7395箇所かの数値はスライドに書かれているパーセンティジから導けないもので、①②③④⑤⑥の違いを全部足しても387とか7395にはならないが、このことに関する説明が本文にはない。

一言居士
最初はSNPs比較だった。次にはブルーの塊を除いた。それでも数百万残っているSNPs箇所をFES1とFES2とで異なっているSNPs箇所が1290だと言って、比較箇所を根拠もなく絞り込んだ。そして、

①FES1とFLS3の共通箇所は99.33%だと言った。つまり0.77%である10塩基が異なっていたと言った。
②FES1とCTS1の共通箇所は99.16%だと言った。つまり0.84%である11塩基が異なっていると言った。
③FES1と129/GFP ESの共通箇所は99.28%だと言った。つまり0.72%である9塩基が異なっていると言った。
④FLS3とCTS1の共通箇所は99.92%だと言った。つまり0.08%である1塩基が異なっていると言った。
⑤FLS3と129/GFP ESの共通箇所は99.95%だと言った。つまり0.05%である1塩基が異なっていると言った。
⑥CTS1と129/GFP ESの共通箇所は99.93%だと言った。つまり0.07%である1塩基が異なっていると言った。

これであるとFES1と他の3株とはほぼ10塩基違っていたが、他の3株同士では1塩基しか違ってなかったから、他の3株はほぼ同一の通算継代期間を経ていて、FES1はそれよりも少し短い継代期間だったと言うことになるのであって、FES1から他の3株が派生したなんてロジックは成立しない。

また、スライドでは本文と違って比較箇所を24649サイトとしているが、この数字と1290サイトの違いの説明がない。しかし、これをそのまま適用すると、

①FES1とFLS3の共通箇所は99.33%だと言った。つまり0.77%である190塩基が異なっていたと言った。
②FES1とCTS1の共通箇所は99.16%だと言った。つまり0.84%である207塩基が異なっていると言った。
③FES1と129/GFP ESの共通箇所は99.28%だと言った。つまり0.72%である177塩基が異なっていると言った。
④FLS3とCTS1の共通箇所は99.92%だと言った。つまり0.08%である20塩基が異なっていると言った。
⑤FLS3と129/GFP ESの共通箇所は99.95%だと言った。つまり0.05%である12塩基が異なっていると言った。
⑥CTS1と129/GFP ESの共通箇所は99.93%だと言った。つまり0.07%である17塩基が異なっていると言った。

ということになる。比率は同じで結論は、他の3株はほぼ同一の通算継代期間を経ていて、FES1はそれよりも少し短い継代期間だったと言うことになるだけである。

一言居士
立川駅の構内の段ボールの中で寝るな。用もないのに学さんのブログに立ち入るな。自分のブログで一人ごちてろ。

一言夜桜お釜信女

気まぐれぺルドン
学さんの玄関に糞尿を撒き散らすな・・・
ガード下で筵を広げて客を取るな・・・

一言居士
続きです。
その虚偽追加記述部分に対応するアッポ松崎のBCA報告論文記述が<Regarding these SNPs, STAP cell lines FLS3 and CTS1 and 129/GFP ES cells are nearly identical, but differ slightly from FES1 (at 30% of these alleles), suggesting that STAP cell lines FLS and CTS were derived from a sub-stock of FES1 ES cells.> という部分で更に悪質な虚偽を書いています。129/GFP ESがFES1のサブストックであるという調査も証明もありません。(at 30% of these alleles)のデータがないぜ、松崎ぃぃぃ。1290箇所の30%だとスライドの99.28% にはならないじゃないか。母数の24,649サイトは何なんだい。

同じ遺伝子欠失が共有されている4細胞で、入れ替えが無いと勝手に決め込んだFES1は2005年樹立だとされている。FES3、CTS1は当然2012年樹立、129/GFP ESも私はFLSだと思っていますから当然2012年樹立です。でもシャバダバ桂報告書とアッポ松崎BCA報告論文はこれを、FES1の株分け分を大田さんが置き忘れたと、本人は全部持ち出したと記憶しているのに、勝手に証拠も無く決めつけて、小保方さんがそれを見つけてポトリしたのだと、これも証拠も無い勝手な決めつけ虚偽認識を世間に押し付けたがっているわけです。すると129/GFP ESも2005年の樹立だということになる。
この思い込みだらけの前提でも、DNA全解析の違いを比較するとどの細胞株が一番長く培養されたかが分かるだけで、大田さんのFES1と、その置き忘れとされる129/GFP ESとの違いの原因は培養期間が違うというだけで、大田さんが何度も凍解凍して通算培養期間が長いか逆に短いか、又129/GFP ESが何度も凍解凍して通算培養期間が長いか逆に短いかの相互関係は分かっていません。ただ違いがあるというだけです。その意味ではFES1と残りの3株は違いがやや大きいというだけです。

ましてや、調査はDNA25億対の比較ではない。何をやってんというくらいの大笑いのロジックです。

一言居士
(李氏の日本文)
A. 最後に箱を見たのは、帰国前のチェックでした。若山研究室が山梨大に引っ越したとき、あの箱について、研究室同僚とのメールやり取りもございます。あれは2013年の2月のことで、恐らく、2013年2月まで、あの箱がまだ若山研の冷凍庫に保管されてました。当時、あの細胞箱が山梨大に移るという結論に出したが、その後行方不明になりました。


2月というのはメール確認した話でしょ。引っ越しは3/11以降ですからね。何も矛盾はない。引っ越しの時に置き忘れたていたから預かっていたという小保方さんの証言の否定根拠を警察は認めなかったから、告発事項の存在そのものすら疑わしいとコメントしましたね。
石川はフライデーで小保方さんが盗んだと公言していて、警察から名指しをしない条件で受理された。名指しすると民事事件になったときの証人とされるのを税金で運営されている警察が嫌がるからですが、名前を外させて窃盗があったという第三者告発を受理した後に調査に入って、結局そんな証拠はなかったということを発表したわけです。
この結果を受けて、李とバ感想が言い訳の対話を発表したのです。実験も終わってるのに誰がお前の細胞を盗むのだと三木に嘲笑されたので、RFPが欲しくて将来のために盗んだのだと言い直しているわけです。NHKに出演した時はそんなことは言ってませんね。人間のクズですよ。こいつは。


一言居士
小保方さんは2013/3/11の夜中にネイチャーに投稿して、その後返事の来るまでの間に山梨大に出向いて引っ越しの手伝いをしたと書いてますね。引っ越しも手伝わなかったなどと書き込んでいるクズの関係者もいましたかね。夜に皆でほうとうを食べたと書いてますね。118P。嘘の書きようもないことです。
李の書いている3箱は若山さんの事後MTAにはありませんね。盗難届も出されていないし、そもそも気になるのだったら小保方さんに聞けばよかっただけでしょ。それまでの間何も困ってなかったんでしょ。事件化して後に騒ぎ出した。李の3箱が若山研にあるという調査も若山研での提示もないですよね。
凍結サンプルについた指紋を調べろなんて言ってる糞野郎の事なんか信じる奴は居ない。

一言居士
>>ここの答えが無いのです。


石川の馬鹿が窃盗があったと言ったが、警察の調査で窃盗は無かったと却下されましたよ。小保方さんは置き忘れをそのまま預かっていただけです。手記156P。
>>
その後若山先生からメールでサンプルボックスを移動させるように指示が出され、

メールの記録は小保方さんのPC内にありますから日にちも分かっている。小保方さんは多忙で預かったまま放置して忘却してただけです。自分たちが置き忘れたのを利用したか、わざと残して後々のために濡れ衣を着せようとしたのでしょうや。

一言居士
>>感想さんとLi氏のネット情報位は知ってます。ここには、「4箱から3箱になった」問題にはふれていませんね。

触れられてますね。ちゃんと読まれてくださいね。

(李氏の日本文)
A. 彼女の話が信用できますか?私の細胞がトータル4箱が御座います。なぜ別の3箱が現在正常に山梨大若山研の冷凍庫に保存してますか?なぜこの一箱があの人の冷凍庫に見つかったか?答えが簡単です。あの人が4つの箱が全部チェックしただと思います。ただ、この箱の中身が将来の実験にも使えるものだ。簡単に言うと、警察さんがあの3箱に指紋チェックをしたら、すべてわかるだと思います。今回の刑事訴訟が警察側の怠慢もあります。私に数時間の事情聴取をしても、あの変な結論を出したのは、私が被害者として納得できません。
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