一般人は間違っていくのにもかかわらず、学者なる人がデタラメをサポートしてしまう。

plusさんは、間違った科学知識に基づく文章を書いてはいけないという気持ちは無い人なのだろう。
恐らく、plusさんは、自身の憶測に基づく文章を書いているうちに、それが正しいという気持ちになってしまうのではないだろうか?
plusさんは、ネット検索と、機械翻訳を駆使して、STAP論文をplus流に読解してしまい、それが正しいと信じ込んでしまうようだ。

だから、学とみ子から間違いを注意されても、まったく、plusさんの頭には刷り込まれないようである。

そのひとつの原因は、学者の肩書を持つため息さんが、学とみ子を否定し、学とみ子はデタラメばかりを言う人間であると、大声で騒いでいることの影響があるのだと思う。



このSTAP論文の以下の英文について、plusさんは、Oct4-GFPが光るteratocarcinomas と読んでしまっているので、学とみ子はそうではないよと注意した。しかし、相変わらず、plusさんの理解は変わらないようだ。

When graftedintomice, low-pH-induced Oct4-GFP+ cell clustersformed teratomas but no teratocarcinomas that persistently containedOct4-GFP+ cells.

plusさんは、 teratocarcinomasは、がん化しているから、Oct遺伝子が持続的に発現していて、光っていると理解しているらしい。
plus流のSTAP論文読解によると、光ったteratocarcinomasはできなかったという理解のようだ。

そして、この文章は光っているかどうかではなく、Oct4-GFPのDNA構造を持っているかどうかを論じていると、学とみ子が言っても、plusさんは聞かない。

科学的現象について意味の通じない文章を書いても、plusさんはなんとも思わないようです。
ある意味、それはplusさんの強さでもあると言える。
そして、間違ったことを書き続けても、plusさんには困った事は起こらない。
科学者になった気分になり、他人を侮辱して、優越感を楽しむことができる。
だから、そうした一般人を利用しているため息さんの方が罪深いと言えるのではないのか?


CD45は、白血球の表面マーカーで、遺伝子構造として持ち、細胞の表面にCD45蛋白を表出している。
しかし、一方、Oct4-GFPは、人工的な挿入遺伝子で、初期化した細胞のみで発現し、Oct4が発現する結果、GFP蛋白が作られる。
がんでもOct蛋白を作ることはあるが、まれな現象である。
しかし、plusさんはかつて聞きかじったこの知識によって、teratocarcinomasは光るはずと思いこんでしまう。

>「だから(STAP論文の著者は)「テラトーマに、持続的にoct4GFP+の細胞がないのが当たり前なのよ。」などとは言わずに(STAP論文には)「テラトーマに、持続的にoct4GFP+の細胞がないことを確認した」と書いたんですなあ。」


ここでは、plusさんは、”持続的にoct4GFP+”の意味を、GFPが発光するという限定的な意味でしか受け取らないのである。
そして、以下のような全く関係のない英文を引用してくる。
これは、Oct4-GFPの遺伝子挿入された細胞において、Oct4-GFP蛋白が合成されてきて、目で確認できるようになるとの説明をするための英文である。

つまり、plusさんの気持ちになってみると、光ってきた時に、Oct4-GFP+と書いてあるのだから、Oct4-GFP+の意味は、「光ることを指すのだ!」となってしまうらしい。自己流解釈がいつも絶対正しいと、plusさんは主張する。


>Among maintenance media for pluripotent cells, the appearance of Oct4-GFP+cells was most efficient in LIF1B27 medium, and did not occur in mouse epiblast-derived stem-cell (EpiSC) medium (Extended Data Fig. 1e). The presence or absence of LIF during days 0–2 did not substantially affect the frequency of Oct4-GFP+cell generation on day 7 (Extended Data Fig. 1f), whereas the addition of LIF during days 4–7 was not sufficient, indicating that LIF ependency started during days 2–4.

>とありますなあ。
「 the appearanceof Oct4-GFP+cells 」「Oct4-GFP+cell generation」とあるとおりoct4GFP+cellsは出現すると論文は述べているわけですねえ。
出現するんですから出現する前には「Oct4-GFP+cellsが無い」という状態がなければならんわけですなあ。
ですから「Oct4-GFP+は全細胞が持っています。」などというのは文章が読めない人の言うことですよ。


plusさんの脳内理解は、「Oct4-GFP+cellsとは光る細胞なんだ!」から一歩も出る事ができなくなってしまうようだ。
錯覚全開の論文読解である。


STAP論文では、oct4GFP人工遺伝子挿入したマウスからSTAP細胞を作り、それからテラトーマを作っている。
テラトーマはoct4GFP遺伝子を持っていても、テラトーマでは光らないと、学とみ子が何度も言っても、plusさんには理解できないようだ。



このplus記載も、デタラメである。

「STAP論文では、テラトーマの遺伝子検索はしてませんけど・・。」などと書きながら、そのほんの数行後ろには
「PCR検査などで遺伝子DNA増幅をしているじゃないですか?論文に書いてありますよ。」
ですからなあ。
どこまで頭が悪いんでしょうなあ。



STAP論文では、PCR検査などで遺伝子DNA増幅をして、初期化蛋白を証明したのは、テラトーマではなく、Oct4-GFPを強く発現した細胞塊である。この細胞塊についての初期化蛋白の発現量を測定しているのである。

STAP論文は、実験方法も、実験の対象となる細胞サンプルもめまぐるしく入れ替わる。
何のために実験をやるのかについて十分の予備知識が論文読者に無ければ、変化していく実験手法、対象サンプルの流れを追うことはできない。


つまり、実験対象がめまぐるしく変化していくSTAP論文において、plusさんは、「実験の種類や対象が何か?」がわからないのである。
また、細胞の蛋白を測定しているのか?発現量を見ているのか?あるいは発した蛍光を見ているのか?plusさんは、論文を読んでも区別をつけられない状態である。

普通の人は、他人から注意を受けた時、自らの未熟を悟るが、plusタイプは、間違っているのはあくまで相手(学とみ子)であるとみなす。
だから、plus無知がばれるような記述をいくらでも続けてしまうのである。
ハッピーなことに、plusさんは自らの間違いに気づかないで済む。
学者なるブログ主も、科学界に足を突っ込んでいるメンバーの人たちも、間違いであると言わないのである。

plus側のミスを、、学とみ子側のミスにしてすり替えることに、plusさんは、何の躊躇も無い人である。





STAP論文について、一般人が間違った解釈をしてしまうなど、やむを得ないものである。
ただ、間違っていると他人から指摘された時、反論をきちんとできることが大事であると思うし、一般人であれば、「知識はなかった!」、「勘違いした!」などのいい訳は十分に許されるものだ。


しかし、ため息ブログなる組織はそうしたものでない。
ブログ主は、大学で医療人を育成する仕事に関わっていると公言しているにもかかわらず、この人自身がSTAP細胞にまつわる科学的知識が無い。
そして、ブログの集まるメンバーが、どんなデタラメ記述をしても、ため息ブログ主は、正しいこととして認めてしまう。
そして、「間違ってますよ」と注意する学とみ子に向かって、学とみ子側の方が間違っていると侮辱と共に言い放つ。


つまり、ため息ブログは、一般人の素人でも、何でも好き勝手に書けてしまうのだ。
一般人は限りなく、間違っていくのにもかかわらず、学者なる人がデタラメをサポートしてしまう。


知識の無い、たまたま行きずりの一般人なら、plusさんのパフォーマンスに騙されるかもしれない。
しかし、当然、評価は一過性であるし、初心者には、おすすめできない。

たとえば、以下のようなplus文章はクセモノだ。


かように、とみこたんの文章理解はこのようですから、とみこたんはSTAP論文を理解しているという可能性はまったくないと言えるでしょうなあ。
ここのoct4GFP+の理解がダメであるなら、STAP論文がどのようにリプログラムであることの証明をしているかの理解ができるわけがないわけですな。
だからとみこたんはSTAP細胞がセレクションでもいいなどと口走るのですねえ。




しかし、学とみ子からすると、一般人がどこで勘違いするのか?どこで論旨を間違えてしまうのか?なぜ、思いこんでしまうのか?について、興味深い観察ができる。
そして、こうした強烈なつっぱりタイプの人がいることを、学とみ子は社会勉強するのである。


plusさんは、学とみ子を激しく否定し、明らかに情報の錯綜、錯乱を狙っている。
plusさんは、自らの思い付きを書いて、その思いつきが正しいものであるとのパフォーマンスしている。

以下のplus文章も、見当はずれがヒドイね。

>ちなみにねえ、plus99%は「no teratocarcinomas that persistentlycontained Oct4-GFP+cells (n=50).」の確認に「遺伝子検索」なんてものが必要だとは思いませんよ。

STAP論文では調べてないし、学とみ子も必要だなんで言ってないです。
teratocarcinomasはできていないですし、できていない腫瘍から Oct4-GFP+cellsの蛍光なんて調べられるはずないでしょうよ。
こんなおかしな訳になってしまうのは、plusさんの理解が間違っているからです。

テラトーマも何も調べていないのですから、調べていない事実を論文から読み取れば良いのです。
plusさんは、前後の説明から状況を読み取るという作業ができていないのです。

著者や学とみ子が何を指摘しているのか?plusさんは読み取ることができないレベルなんですよ、


このように、plusさんは錯誤の人であるとすぐばれてしまうものだが、実際のSTAP事件はそうではなかった。
plusさんのように科学者気取りの人ではなく、本物の理研学者が事件にかかわっていることが問題なのである。


ため息さんが間違いを書いています。
朝見た時に記載と違うようです。
朝は、FACSとか書いてあったように思うし、もっと派手に間違った記述だったと思うけど、ため息さんは直したみたいですね。

>これに + がついたのは、この遺伝子が発現している細胞という意味なのは当然ですね。この発現はDNA解析でわかるのではなく、紫外線を当てて緑に光るかどうがで検出しているのは明らかです。DNA解析とは違うコストのかからない簡単な方法で検出できるようにするのが目的ですから当然です。

>+ の意味はplus99%さんがおっしゃっているように、発現している という意味です。CD45は白血球共通の膜貫通型蛋白で、これが発現しているから白血球と同定されるわけですが、このDNAはすべての細胞にあるわけですから発現の有無を +/- で表現しているわけですな。


学者とは思えない文章ですね。
テラトーマにOctが発現しているわけないじゃないの。




plusさんも、ため息さんも、「Oct4-GFP+cellsの意味を、光るという意味に限定してさせてしまう」なるミスを犯しているのには、原因があります。
”光る”という観察結果が書いてある最初の論文部分に、Oct4-GFP+cellsなる言葉がでてくるので、Oct4-GFP+cellsは”光る”ことを意味するのだな~と、彼らは理解するようです。

特に、グリーンとかレッドとかでてきた文章に、Oct4-GFP+cellsなる語が登場するので、plusさんも、ため息さんは、てっきり蛍光の話であると思いこんでしまうようです。

DNA構造か、遺伝子発現か?合成された蛋白か?のうちのどれを、実験で証明しようとしているのか?は、実験結果の直前に書かれていますが、plusさんも、ため息さんも、実験の経緯を説明した直前の文章を読み取れないみたいです。
毎回、実験の条件が変わっている事を、彼らは読み取れないようです。


plusさんが独特の手法で行っている、論文理解方法の記載は興味深いですね。
STAP論文から記載が似ている部分を探し出して、そこにある説明を他の部分にも適用して、内容を理解するとの手法です。
plusさんは、突然、関係のない論文を引用してくる変な癖があるなあと、学とみ子は思っていました。
全然別の英文が引用される理由は、plusさん的にはリーズナブルであって、適用可なる理解なんですね。

ここでplusさんが書いている内容は、まさにそうした手法です。
だから、関係のない英文部分が引用されているのだなと、学とみ子は納得できました。

クイズのように、他のところに解答があるかもしれないから、それを探すという手法ですね。
plusさんは、そうしたクイズ解きのような感覚で、論文内容を説明できると思っているようです。



plusさん、ため息さんのそうした理解方法はわかりましたね。
では、論文読解とは、そうした手法ではないことを、当ブログは書きますね。

論文というのは、どの部分も前後に書かれた説明を追って理解していくものです。
実験の方法や対象については、実験結果で得られたエビデンスの前後にしっかり説明が書いてあるものです。
一見、似ている実験でも、手法が目的が違いますから、論文とは、直前に限定的条件を設定して、得られた結果を説明していきます。
これこれを確かめるために、これこれの材料を使い、これなる手法を用いて、この結果を得たと書いてあるのです。

先に説明済であるからと省略することもありますが、論文を読んでいけば、それはわかります。
メソッドに詳しく書くというのもありますが、実験ごとの条件の違いは読者にわかるようになっています。
論文内の記載を持ってきて、別のところに無条件に適用させる読解法を、plusさんは紹介していますが、そうした方法はありませんよ。

plusさんは、関係ない英文を突然出してきて、それで説明する姿勢や意図が、学とみ子はやっと理解できました。
plusさんは、ひとつ、ひとつの実験条件やら説明を実験ごとに追えているわけではないのですね。

論文とはクイズじゃないのだから、そのような連想ごっこで理解できるわけではないと、plusさんは思いませんか?






plusさんが、論文記載文の一部を参考に、別の論文部分の理解につなげていく手法を得意気に書いています。
plusさんは、論文の最初に出てくる記載を、その後の実験でも適用させていくのだそうです。スゴイですね。初耳です。

plus流の論文攻略法が良くわかるので、参考までにコピペしておきましょう。

plus99%
2023年4月29日 23:24

>論文で、Oct4-GFP+cellsというのは、挿入した人工遺伝子を持っている細胞という意味です。
学とみこ 2023/04/29


けけけ。
科学論文ですから、統語法に従っていると考えられるわけですねえ。ですから、この表記がなにを意味するのかは、基本的にはその表記が最初に出現するところで説明されているべきである、と考えればいいのですな。
高校の現代国語で習う通りです。

oct4GFP遺伝子を挿入された細胞がSTAP論文で最初に使われる表記は最初のページですね。

CD45+cells were sorted by fluorescence-activated cell sorting (FACS) from the lymphocyte fraction of postnatal spleens (1-week old) of C57BL/6 mice carrying an Oct4-gfp transgene, and were exposed to various types of strong, transient, physical and chemical stimuli (described below).

で示された通り、carrying an Oct4-gfpという言葉で表現されているんですよ。

一方『+』という記号がなにを意味するのかは、STAP論文で、「+」という表現が最初にどこで使われるかを見ていけばいいのですなあ。

最初のページ、P641に論文が始まってすぐに出てくるんですよ

Haematopoietic cells positive for CD45 (leukocyte common antigen) are typicallineage-committed somatic cells thatnever expresspluripotency-related markers such as Oct4 unless they are reprogrammed.We therefore addressed the question of whether splenic CD45+cells could acquire pluripotency by drastic changes in their external environment such as those caused by simple chemical perturbations.

ですねえ。これを読むと「CD45+cell」とは「cells positive for CD45」であるということがわかるわけですねえ。

その後同ページ内に速やかにoct4GFP+という表現が出てきますな。

Without exposure to the stimuli, none of the cells sorted with CD45 expressed Oct4-GFP regardless of the culture period in LIF1B27 medium.
In contrast, a 30-min treatment with low-pH medium (25-min incubation followed by 5-min centrifugation; Fig. 1a; the most effective range was pH 5.4–5.8; Extended Data Fig. 1a) caused the emergence of substantial numbersof spherical clusters that expressed Oct4-GFP in day-7culture(Fig. 1b). Substantial numbers ofGFP+cells appeared in all casesperformed with neonatal splenic cells (n530 experiments). The emergence of Oct4-GFP+cells at the expense of CD45+cells was also observed by flow cytometry (Fig. 1c, top, and Extended Data Fig. 1b, c). We next fractionated CD45+cells into populations positive and negative for CD90 (T cells), CD19 (B cells) and CD34 (haematopoietic progenitors),and subjected them to low-pH treatment.

この文章を見れば分かる通り、
「spherical clusters that expressed Oct4-GFP」が「GFP+cells」なわけですねえ。
「The emergence of Oct4-GFP+cells at the expense of CD45+cells was also observed」を見て明白な通り「CD45+cells」と「 Oct4-GFP+cells」の「+」は同じことを示す符号として使われているわけですねえ。
上記のように統語法により、「Oct4-GFP+cellsというのは」GFPを発現させている細胞「cells expressed Oct4-GFP」であると判断できるわけですねえ。

まあ、こうやって示すまでもなく、普通に文章が読める人はとみこたんのようなバカそのものの読解をしないわけです。

とみこたんの解釈:「論文で、Oct4-GFP+cellsというのは、挿入した人工遺伝子を持っている細胞という意味です」
けけけ。とみこたんは文章を理解する脳みそを持っていないんですなあ。

とみこたんはここの理解がバカですから
「論文には、「Oct4-GFP+cellsが無い」なんていう記述はないですよ。Oct4-GFP+のマウスを使って、テラトーマをつくったのだから、Oct4-GFP+は全細胞が持っています。」
などと書くが、やはり同ページには

Among maintenance media for pluripotent cells, the appearance
of Oct4-GFP+cells was most efficient in LIF1B27 medium, and did not occur in mouse epiblast-derived stem-cell (EpiSC) medium (Extended Data Fig. 1e). The presence or absence of LIF during days 0–2 did not substantially affect the frequency of Oct4-GFP+cell generation on day 7 (Extended Data Fig. 1f), whereas the addition of LIF during days 4–7 was not sufficient, indicating that LIF ependency started during days 2–4.

とありますなあ。
「 the appearanceof Oct4-GFP+cells 」「Oct4-GFP+cell generation」とあるとおりoct4GFP+cellsは出現すると論文は述べているわけですねえ。
出現するんですから出現する前には「Oct4-GFP+cellsが無い」という状態がなければならんわけですなあ。
ですから「Oct4-GFP+は全細胞が持っています。」などというのは文章が読めない人の言うことですよ。

けけけけ。

かように、とみこたんの文章理解はこのようですから、とみこたんはSTAP論文を理解しているという可能性はまったくないと言えるでしょうなあ。
ここのoct4GFP+の理解がダメであるなら、STAP論文がどのようにリプログラムであることの証明をしているかの理解ができるわけがないわけですな。
だからとみこたんはSTAP細胞がセレクションでもいいなどと口走るのですねえ。

けけけけ。

もうやめたらいいのに。
とみこたんはSTAP論文になにが書いてあるのか「まったく理解できなかった」ことは誰の目にも明らかですよ。

(笑)





以下のplus文章でもわかるけど、plusさんて、実験ごとの前提と結果の違いをふまえて英文理解ができないみたいです。

テラトカルチノーマはできていないから、何も調べられない。 Oct4-GFP+cellsとの関連なんてわからないから、両者をつなげて訳してはダメです。

テラトーマは、Oct-GFP挿入細胞から作ったから、そのDNA構造を持っているということです。最初からの前提です。
調べる、調べないは関係無く、Oct-GFP挿入細胞から構成されます。
以下の英文でのOct4-GFP+は、蛍光を意味しています。

STAP論文の該当部分を再度コピペしておきましょうねえ。
643ページですね。

>In vitro differentiation assays demonstrated that low-pH-induced Oct4-GFP+cells gave rise to three-germ layer derivatives (Fig. 2d) as well as visceral endoderm-like epithelium (Extended Data Fig. 3d).
When grafted into mice, low-pH-induced Oct4-GFP+cell clusters formed teratomas (40%, n=20) (Fig. 2e and Extended Data Fig. 4a–c) but no teratocarcinomas that persistentlycontained Oct4-GFP+cells (n=50).

とみこたんはこの部分をどのように訳すんでしょうなあ。
けーっけっけっけ。



plusさんが何が言いたのかわかりませんね。
plusさんは、学とみ子がどのように考えていると想像しているんですかね?
きっと、それは又、びっくりするような奇想天外な発想でしょうね?


まさに、理論になら無いことを、理論であるかのようにplusさんは説明しますね。多分、自身ではそれほど自信があるわけではないけど、とにかく主張してSTAP論文が読める人に見せかけたい!の願望なのでしょう。他の仲間のメンバーに同調を求めたらどうでしょうか?そもそも、そちらのメンバーも、plusさんを一般人としか認めていませんよ。メンバーが黙っているのは、そうした現実です。学とみ子の間違いなら、メンバー全員で、間違いだ!と、書き込むでしょう。もし、全メンバーがplus説が正しいというなら、面白い展開になるでしょう。

plusさん

「The emergence of Oct4-GFP+cells at the expense of CD45+cells was also observed」を見て明白な通り「CD45+cells」と「 Oct4-GFP+cells」の「+」は同じことを示す符号として使われているわけですねえ。
上記のように統語法により、「Oct4-GFP+cellsというのは」GFPを発現させている細胞「cells expressed Oct4-GFP」であると判断できるわけですねえ。


上記は、デタラメ、詐欺的な思い込みです。統語法なんて関係ないです。

こうした論文は、プロしか読まないのだから、著者が紛らわしい表現をしても、読者自身で修正させてしまうので、誤読にはなりません。もっと大事な記載が別にあるのです。読者は、新規的記載部分に集中します。

最初に出てきた記載を、後の文章に当てはめるなんてしません。後の文章には、そのの文章の直前に説明があるのだから、直前直後の文章内容を読み取ります。

読めたふりのplusさんは、クイズ感覚で読んでいたんですね。それを、学者なる人がフォローしているのです。


plusさんは、あくまでも見せかけ作業に必死です。これで、ずっとやってく覚悟のようです。plusさんが、説明しようとすればするほど初歩的な話に戻ってしまうか、デタラメの作り話になってしまいます。plusさんからは、発展的説明は期待できません。

plusさんは、社会的出来事を論評してたまでは良かったものの、ため息さんにおだてられて専門家ぶった科学的解説をはじめてから、plusさんは強引にごまかすようになってしまいました。一種の洗脳です。

しかたないとは言え、今回の思い込みによる誤解はひどすぎます。注意されても受け入れません。何度も同じことを説明しても、plusさんの頭に届かず、虚勢を崩しません。こうした性癖なんですね。
plusさんのような広告屋という職種は、クライアントに対して、指導力や知識ある人であるとの見せかけが必要なのでしょう。

「初歩的知識を間違えていなければ良し!であって、勝手に専門家ぶって楽しんでる!」と、学とみ子は考え直す事にします。

方向性を変えましょう。
plusさんは、テラトカルチノーマであると、著者はどうやって知るのか?について、plus流の考え方って、どうなんでしょうね。

がん化した細胞は、Octが発現してると以前言ってたけど、そこは引っ込めたの?

persistentlycontained Oct4-GFP+cells (n=50)は、テラトーマにかかるということは理解したの?


上記質問に対し、plusさんは、中学レベルの回答をしてきましたね。
plusさんは、論文を読んで中身を理解するという作業はしてきていません。
元の論文の意味は、 (n=50)のテラトーマが得られて、そこにはカルチテラトーマは無いという意味です。
そう読まないと、論文として意味をなさないからです。中学レベルの英語を通用させる場面ではないのです。中学英語では、thatが直前の語句ではなく、もっと前の語句にかかるなんて文章は、学ばないですからね。


がん化した細胞でoct4の発現が見られる、という論文は以前紹介しましたなあ。

そういう記載を一度でも見ると、plusさんは、がん化細胞はoct4の発現しているんだと思ってしまうのですね。
新しいことを学んだら、「がん細胞のoct4の発現現象がどの位、普遍的なのか?たまたまoct4の発現するがんがあるだけなのか?」と、まともな一般人なら考えるし、得た知識をすぐ自分勝手に拡大解釈したりしません。

>文章の論理構造を意識しながら読むということができなくては、学術論文の英語が読めるわけがないですなあ。
けけけけ。


論文が読めてなくて、中学文法を紹介してきたのは、plusさん側よ。
ところで、論文著者は、テラトカルチノーマはどうすると判別できるの?



plusさんは、どんなにデタラメを言っても何も困りません。だから、言い続けるということでしょう。
結局は、plusさん自身の自信の無さの表れなんですよ。
虚勢することを求められる生き方をしてきたのでしょう。虚勢の裏には、専門家ではないとの強いコンプレックスがあるのです。
でも、今のplusさんは、突っ張り続けるとの選択をしたのだから、魂が赴くままに、この先も虚勢を続ければ良いと思いますよ。

でも、ため息さんは学者ですからね、やはり虚勢は困ることになると思いますよ。




以下のコメントでもわかるけど、一言居士さんも、同じミスをしている(涙)。(n=50)の意味を考えて欲しい。

自動翻訳だと間違った解釈になってしまうという話をしているのに、その自動翻訳を出さないで欲しいです。

テラトーマは、制御を失ってランダムに分化して腫瘤をつくってしまう分化した細胞であって、テラトカルチノーマは分化途上で遺伝子異常が起き増殖が止まらなくなる細胞で、違うカテゴリーの細胞です。
n=50で、生じてくるのはテラトーマなのです。


ため息さん、2023年5月1日 14:39

話をそらさないでください。
「Oct4-GFP+」は「挿入した人工遺伝子を持っている細胞」ではなく「Oct4-GFPが発現している細胞」なのがわかったの?
反論があるの?


論文には、Oct4-GFP+が挿入遺伝子を指す文章部分と、発光を意味する文章部位があります。場所ごとに、Oct4-GFP+なる語句が指してる対象が違うのは当たり前です。それを区別できないなんて話にならないです。

こんな低レベルの話になるため息ブログと議論しても、ホントに時間の無駄です。

ため息ブログ全員が、「 Oct4-GFP+」は「挿入した人工遺伝子を持っている細胞」ではなく「Oct4-GFPが発現している細胞」だと言うのか?見ていきましょう。

そもそも、そんな書き方をする論文なんて無い!でしょうよ。著者が、「 Oct4-GFP+は発光を意味します」と、論文に注釈を書き込むのか?!?

著者が、論文の始めに、Oct4-GFP+なる語句で、Octの発光を説明したら、その後に出てくるOct4-GFP+なる語句は、必ず発光を意味することになるの?

そんな論文無いです。ため息ブログは、ES関連の論文を書いたことも読んだこともない人たちの集団だ。

plusさんが説明した素人の荒療治的読解法を、学者や科学界に足を突っ込んでいる人も支持するのか?

oTakeさんの正体はもうばれてる。STAP細胞領域の正当な科学知識を持つ人じゃ無いです。今回も関係ない論文を出してきてこけおどし作戦だ。




Oct4-GFP+は、STAP論文中で、いろいろな意味で使われている。蛍光を指す言葉に限定しているわけではない。

METHODS SUMMARY 646頁
Although Oct4-GFP+ cells (expressing pluripotency related protein and gene markers and capable of differentiating into three germ layer derivatives) were also generated from lymphocytes of young adult mice (for example, 6-week-old) under the same culture conditions, their proportion in culture was reduced by several to ten folds as compared to neonatal lymphocytes when lymphocytes were isolated from 1-month-old mice or older.

しかし、Oct4は蛋白を表す語であり、イタリック体は遺伝子を表すとの原則はある。

また、きちんと遺伝子をイタリック体でかいてあるところもある。
METHODS 645頁
We tested the following three different genetic backgrounds of mice for STAP stem-cell establishment from STAP cell clusters, and observed reproducible data of establishment: C57BL/6 carrying Oct4-gfp (29 of 29), 129/Sv carrying Rosa26-gfp (2 of 2) and 129/Sv 3 C57BL/6 carrying cag-gfp (12 of 16). STAP stem cells with all these genetic backgrounds showed chimaera-forming activity.


oTakeさんは、大物ぶってわかったふりをする人なんです。それでも周りが騙されてくれるんです。周りの人たちに、oTakeさんの不完全性、科学の未熟性を指摘できるレベルの人がいないのです。

議論の焦点になっていることから外れた内容の文章を引用しているのに得意がっています。GFP遺伝子挿入の方法論なんて今の議論とは違うのに、oTakeさんはわかりません。oTakeさんは、大事なポイントに到達できません。他人の対話を追う集中力がotakeさんはありません。


以下のoTake説明も、見当外れを書いてます。oTakeさんは、きちんと、学とみ子とplusさんのやり取りを追えていません。いい加減な人なんですよね。

>上記内容の括弧書き( )の内容は”Oct4-GFP+”の説明ではなくて、”Oct4-GFP+ cells”の細胞に関する説明ですよ。
“expressing”は、「発現している」という意味ですからね。つまり、蛍光顕微鏡下で蛍光を観察できる細胞と何ら変わらない。因みに私が 2023年5月1日 15:46 に引用したある”論文の方法”は、学とみ子が”著者が、「Oct4-GFP+は発光を意味します」と、論文に注を書き込むのか?!? そんな論文無いです。”に対するものだったのですが、学とみ子には理解できなかったようですね。

otakeさんは、見当外れな説明をしても、そこに気づけません。
“expressing”が、書かれている英文と、GFP+だけが書かれている英文は、違います。論文読者は、出てくる前後説明文章で、GFP+の意味を解釈せよ!と、学とみ子は言ってる。

テラトーマは発光しないし、テラトカルチノーマも発光しないとの予備知識があるからの判断です。テラトーマ文章でのGFP+は、発光を意味しないと、学とみ子は言ってます。

むしろ、小保方氏の頭の中は、酸浴後凝集塊で光っていたけど、テラトーマになってからは光っていないとの認識でいるのです。

普通の人には、こうした基礎力が無いのです。そして、メンバーは、直訳で理解してしまい、注意されても認めないのです。ため息ブログは、無知なる学者が仕切っているから、一般人が、どんどん間違っていくのです。

STAP論文で、GFP+と書かれている部分の多くは蛍光を意味してます。しかし、テラトーマの記載部分では、かつて発光していた細胞でも、テラトーマになったらもはや発光していないのです。GFP蛋白は、細胞が作らなくなると分解されてしまうのでしょう。


ため息ブログメンバーで、話し合いの言葉を追ってレスポンスしてくるのは、plusさんだけです。他の人たちはやり取りをしっかり追えていない。

ため息さん、oTakeさんは、もともと、丁寧に議論を追う作業なんて、もう長い間していないと思う。専門家気取りで、いい加減な対応しかできず、知識無い人をケムに巻いてゴマかす作業に慣れてしまったのだろう。
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コメント

アホな男は誰かな

気まぐれぺルドン
ため息嬢は小保方嬢と最後まで気付かず・・泥鰌掬いをしている男がいる・・・

Ooboe&otake

気まぐれぺルドン
ケ・・違い、彼女のケはチヂレケ・・

調査委員会報告書(桂)p27の『笹井氏らは STAP 幹細胞がヘテロな集団であり、長期的な継代培養により再構成が起っていた細胞が消失したという解釈』自体おかしいんですよ。TCR遺伝子の比較は、キメラマウスとそのキメラマウス作成に用いた細胞との比較すべきなんですよ。“長期的な継代培養“とかの発言が出てくるかと自体おかしいんですよ。
やれやれ…

小才子のブツブツ・・ならば調査委員会報告書(桂)氏に尋ねれば良い。疑義を抱くのなら直接本人に質問するのが正論。やれやれ・・・

Ooboe
学さん

❝けけけ❞さんとのやり取り、大変ですねぇ、、、
もう、相当に増毛できたでしょうね〜
❝毛毛毛❞ あと一本プラスしたら100本だな

居士さん、
続き、お待ち下さい、ませ
なかなか時間が取れません🕖🕛

Ooboe
ペル丼さん

こんなのダメですよ!
あなた、以前はもっと適度に効いた山椒の
辛味は、良かったのに〜〜〜

確かに、私も、一言居士さんの、それなりの知識がいる、極細部への視点による長々文には、
余裕のない生活者の私はスルーしてしまいます


でも、貴重な情報考察が、ありますので
読了したいものですが、
切れ目のないむつかしそうな文形を見ただけで、
意欲が萎えるんです。
興味ある私でもそうなんですから、

興味ないペル丼さんにとっては、
目障りでしかないのでしよう。
だからと言って、❝こんなのダメ駄目よ❞

そもそも、居士さんは
ご自分が細部まで納得したい思いでの
考察ですから、自前のブログで展開するスタイル
は自由ですが、学さんブログは、閲覧者もおられるんですから、もう少し簡潔表現でお願いしたい
です。居士さんお願いネ。。。!


Re: セイヤせいや

学とみ子
ペルドンさん、

> ちょん切られ故にお釜に成り、公衆トイレの便器で貌を洗い、大を垂れ流しても手で拭くだけだ。だから銀蠅が常に数匹小判ザメのようにケツにくっ付いている。そんな女男が綺麗な筈がない。梅に罹っっていても林に罹患していても驚くほどの事ではない・・・

こんなのダメです。

セイヤせいや

気まぐれぺルドン
「対抗商法」と言うのか・・資本主義の汚点を煮詰めているわけだ。
そもそも汚い垢塗れの腰巻をズラシ履きして、女物下着泥を日常の生業とし、学のハイヒールを盗んで、それをコップにしている。
ちょん切られ故にお釜に成り、公衆トイレの便器で貌を洗い、大を垂れ流しても手で拭くだけだ。だから銀蠅が常に数匹小判ザメのようにケツにくっ付いている。そんな女男が綺麗な筈がない。梅に罹っっていても林に罹患していても驚くほどの事ではない・・・

対抗商法

セイヤ
(気まぐれペルドン)
>どうすれば連日山の様な馬糞を垂れ流せるのか、タダ呆れるばかりだが、

これは、彼が次のように書いたので目的が分かった気がする。

(一言居士)
「(情報は)私の誰も読まない便所の落書きに書き留めていたらいいんですね。」
「(溜息ブログは)早く閉鎖して消去なさいということです。そして学さんも全部消去して、以前のインノセントなブログにお戻しなさいということですよね。」

これは、同業者の2軒を潰して、お客を自分のところに引き込むつもりなんだと思われる。
チャットGPTに聞いてみたら、「対抗商法」と言うらしい。
名前だけ聞くと穏やかなようだけど、汚い話だよな。

連日馬糞生産信女

気まぐれぺルドン
どうすれば連日山の様な馬糞を垂れ流せるのか、タダ呆れるばかりだが、学さんのトイレにはチリ紙の代りに、新聞紙が丸めて置いてあるが、切れ痔に成る筈が、尻が貌の面同様鉄仮面らしい。
ただどうして他人のトイレで、あれ程山の様な馬糞を山積み出来るのか、トイレの中で新聞紙を喰っているに違いない。
哀れなるかな、哀れなるかな、去勢夜鷹孤児信女・・・

一言居士
さて、懸案のRNA解析なのかDNA解析なのかという問題です。
BCA報告論文には以下のようにある。
>>
The article also describes teratomas derived from Oct4-GFP STAP cells as evidence for pluripotency (Fig. 2 and Extended Data Fig. 4 in ref. 1). We found a glass slide specimen from which all these teratoma images were taken, and its corresponding paraffin block. Quantitative PCR of genomic DNA extracted from this paraffin block reproducibly indicated that these teratoma tissues formed from FES1-derived cells(Fig. 1d, e). Immunostaining revealed that intestinal epithelium tissue(Fig. 2e, right in ref. 1) and pancreatic tissue (Extended Data Fig. 4c in ref. 1), shown as teratomas from STAP cells1, were GFP-negative and, thus, of host mouse origin (Fig. 1f–h).

アーティクル論文では又、多能性の証拠として、Oct4-GFP STAP細胞に由来するテラトーマについても説明している (参考文献1の図2および拡張データ図4)。これらすべてのテラトーマの画像が撮影されたグラススライド標本と、それに対応するパラフィンブロックがある。このパラフィンブロックから抽出されたゲノムDNAの定量PCRは、これらのテラトーマ組織がFES1由来細胞から形成されていることを何度も示している(図1d,e)。免疫染色により、STAP細胞からのテラトーマとして示された腸上皮組織(参考文献1図2eの右側)および膵臓組織(参考文献1の拡張データ図4c)GFP陰性であることが明らかになり、従ってホストマウス由来だと判明した(図1f–h)。




車検も終わって久々に釣りです。んじゃ。

一言居士
さて、では「こいつは悪党なんです。」というところから続けましょう。無論こういう挑発言辞はためいき与太郎ブログに向けて、早くブログを自主閉鎖しろよ。さもないとこの嫌がらせが続くぞと意図的に発しているので、事実は松崎も林も上からの指示でやってることは分かり切っているわけです。
こういう職位関係でしたね。

~2013 年 3 月
竹市雅俊(センター長) 総括
西川伸一(副センター長) 医療産業都市
相澤慎一(副センター長) 予算
笹井芳樹 施設、予算要求
林 茂生 人事
松崎文雄 学術集会
倉谷 滋 広報国際

2013 年 4 月~2014 年 4 月
竹市雅俊(センター長) 総括
笹井芳樹(副センター長) 施設、予算要求
林 茂生 人事
松崎文雄 予算
倉谷 滋 学術集会、広報国際


言うまでもありませんが上の指示というのは文科驢馬省に決まってますが、これを何か文書で指示するなんてことはないわけです。理研の中に天下らせてやっているOBがいますから、口頭で上からの方針だと囁くわけです。最初はお作法違反だということで小保方さんに謝らせて幕引きにしたかったが、それに失敗したわけです。
笹井さんなんかは小保方さんのバックにヴァカンティ氏が居ることが分かっていて、しかもこの石井報告の裏に文科驢馬省があることは、<予算要求>が彼のマネジメントとしての仕事なんですから、分かってますので苦しんだんですね。何とか自分の記者会見で収まらないかと思っていたでしょうが、キメラが出来たことは信じてますからね。この人も小保方さんと同様に何が何だか分からないという状態なんですね。

文科省はこの実験の捏造騒動には一切関与していませんし、そもそも研究者でもないのにそんなことに関与するはずもない。国立大学と同様に理研も文科省傘下の組織なのですから支配のピラミッドの頂点に居る立場です。下部組織の不始末に対しての責任がある。文科省の関与というのは管理責任という意味での関与です。
しかし、この関与の陰に、文科驢馬省自身が天下りのルール違反していたことがあって、これが一つには事件をややこしくしていたわけです。
この元凶がラブオンザビーチの馬鹿ったれだったわけですが、理研内にもこの待期期間を置かないで直接天下りさせてもらっていたOBがいたわけです。『あの日』の中にも登場する"大将"ですね。無論彼は指示通りに天下っただけですが、出身母体を守る義務があるから、小保方さんに「我慢するんだ、我慢するんだ」と言い続けて、そのうちに転勤してしまって居なくなったわけです。誰しも生活がありますからね。彼はこういう時の"凌ぎ方"が我慢だと知ってるんですね。組織の中での泳ぎ方で、誰の所為でもないが責任は取らなければならないという苦しい場合にその立場に自分が当たってしまうことがあっても、"我慢"していれば世間は忘れ去っていき、そのうちに組織からの"コンペンセイション"があるであろうという経験事実を知っている人ということですから、そもそも素直な人か明るい人でしょうね。反骨心のある人柄だと反発しますから、大抵組織から飛び出してしまいますね。自営すればそんな理不尽を受けることもない。でも最初は後の"コンペンセイション"があるか否かは分からないのですから苦しみますよね。或いはとても素直で楽天的性格で明るい人かのどちらかでしょうね。だからどういう意味でもこういうのに耐えられる人とか、うまく世渡りする人が公務員には向いているかな。大企業でも同じかな。ははは。
人には運命というものがあるんですよね。自分の運命を愛しましょう。終わってしまう頃にはああそうだったのかと分かる時がくる。所詮、人類が滅んで困る宇宙はないと知るか、もし、人類が困ると思うのだったら、人類が滅んで困まらない宇宙などという科学概念は、間違っていると知れることでしょう。土井晩翠の天地有情でしょうかね。


Ts.Markerさんへ

一言居士
①Oct4-GFPのテラトーマ試料でGOF-ESと同一だと証明した方がよかったんじゃない。


まず第一にOct4-GFPのテラトーマ試料と明確に分かっているものはありませんね。唯一、12/27Harukoは、

1.小保方さんは自分だけで実験する時GOFマウスしか入手できないことは若山さんが記者会見で証言している。
GOFマウス以外は若山さん自身が管理していると証言した。恐らくGOFマウスは理研のマウスなので自家使用で無料もしくは安価なのだと推定されますね。マウスコンタミが発覚した時には総入れ替えができる。他のマウスストレーンは、特に自家飼育している「僕のマウス」の129とB6、「岡部マウス」のB6はマウスコンタミを恐れて、テクニカル・スタッフにも触らせなかったような証言でしたよね。
論文に使ったマウスでメーカー購入分は自家飼育は出来ない規則ですよね。特に創薬関係の実験ではマウス提供メーカーが責任持てませんからね。
若山研のマウスは基本的には創薬関係の使われ方ではないので随分ルーズで実際には三誌論文や二報論文で使われたマウスのマウスコンタミが多かったですね。尤もこれがあったから識別できたので、笹井さんは記者会見でそれを聞かれたとき分からないのではないかと答えてましたよね。
マウスコンタミがなければ桂報告書やBCA報告論文のSNPs解析はできませんでしたね。その意味では笹井さんの厳密な実験をしていれば分からないという推測説明は正しかったんですけどね。

2.『あの日』の中で小保方さんは渡米休暇申請中に休日出勤してテラトーマを作製したことを渡米後に若山さんにメールで報告し、管理を任せていたラボ仲間からのテラトーマ経過報告も若山さんに転送報告したと書いている。つまり、F1マウスで作製するなら若山さんに事前にメイティングを頼まなければならないので、若山さんは12/27に実験することを知っていることになる。この日は平日なので小保方さんが休日出勤したことを知らなかった若山さんは出張とか会議でラボには不在だったこともわかります。

3.アルイミオウジ氏がOct4-GFPのRNAが残存している棒グラフ箇所を指摘した。(これがRNAなのかDNAなのかは後に触れます。)

4.ネットで3が騒がれた後松崎はそのグラフを理由を書かずに隠しこみ痕跡の無いものに差し替えた。

という理由で、GOFマウスを使ったテラトーマ実験だったと思いますが、若山さんが最初のキメラを作った時に出来たというF1の幹細胞を上から注射したのでAcr-CAGが出たわけです。この時にGOFマウスが使われたことはテクニカルスタッフは知っているんですよ。小保方さんはマウスを取りに行くのは自分でもできますが、自分でメイティングさせることは許可されていないですから、テクニカルスタッフたちに頼むわけです。緘口令が敷かれているんですね。

しかし、これ以外にGOFマウス由来テラトーマサンプルは保全試料の中にはありません。小保方さん自身は「STAP細胞からのテラトーマの実験も複数回行われていたが、それらのサンプルもなくなっていた。」と書いていますから、若山研でのテラトーマ実験の試料は12/27Haruko以外にはないわけです。

次に「GOF-ESと同一だと証明した方がよかった」というのは12/27Harukoに関して松崎がという意味ですと、アクロシンが出ていますから不可能ですし、もし上記したように<GOFマウス由来テラトーマサンプルは保全試料の中にはありません>から他のサンプルの意味でも無いものは証明しようがありません。
また、その意味が(40%, n = 20) や (n = 50)の実験の事だとするなら、小保方さんが笹井研でのこの査読要請のリヴァイズ実験を行ったときに学生のGOF-ESを使ったのだと松崎が証明すればよかったのだということなら、この(40%, n = 20) や (n = 50)の実験の試料も残されていないですから不可能です。

そしてもっと重要なことは、小保方さんのBox内にあった学生のGOF-ESは引っ越しの時点でGLSに中身を入れ替えられているということです。


ですから、あなたの<Oct4-GFPのテラトーマ試料でGOF-ESと同一だと証明した方がよかったんじゃない。>というコメントの意図が理解できないでいます。もう少し説明していただけるといいですね。


②FLSのテラトーマだったかもしれない。

12/27Harukoは上述したように若山さんからF1の赤ちゃんマウスを受け取ってないと演繹されますからGOFマウスでのカルスを使った実験ですので<FLSのテラトーマだったかもしれない>ということはありません。ではその主語は何かと推測するのですが、対象となるテラトーマの保全試料は他にありませんから、その意味とは別に、いずれにせよ確認できないことです。
又、FLSのテラトーマはArticle Figure 5-iにありますが、これは-30度フリーザーの20番の中に<FLS ひか てらとーま>とありますが、これは<かもしれない>ではありませんから、ご主旨のあるところではないと分かる。
すると唯一理解可能なのは、私がカルス由来の精巣のテラトーマは成功していないと述べた中で、53番の中にある<Testis テラトーマ CD45 カルス>を意図し成功しているものかどうかが分からないしていたことに対して、これはFLSのテラトーマ実験結果ではないかというご主旨と受け取ることはできる。唯ここにカルスと書かれていますからね。非常に微妙ですね。2012年の5月頃まではまだFLSという名づけはまだないんですね。129ESとか129/GFP ESとか呼ばれていて、その意味はES-likeだと小保方さんは答えているんですね。

以上です。

Zscan4
Oct4-GFPのテラトーマ試料でGOF-ESと同一だと証明した方がよかったんじゃない。

FLSのテラトーマだったかもしれない。

Ts.Markerさんへ

一言居士
この問題は錯綜しているので後回しにして、先にアルイミオウジ氏の指摘したOct4-GFP痕跡を示す僅かな高さの棒グラフを松崎が消した件に関して、あなたのおっしゃる「GFPタンパクの寿命」との関係を考察しておきましょう。

12/27Harukoの切り出しは丁度4週間後の1/24でしたね。ティシュー論文の期間と同じです。28日後ですね。
酸浴細胞の寿命は論文のグラフにあるように20日程度です。小保方さんはヴァカンティ足場に培養液を含ませてGOFマウスのドナー細胞をリシピエントマウスの皮下に埋納した。インプラントですね。インジェクションではない。この上から若山さんが既に出来ていたソート前の幹細胞をインジェクトしたわけです。ntESですから分化増殖能が格段に違いますから小保方さんの移植した酸浴細胞を押しのけてテラトーマに成長していきます。最初のキメラ実験で使われたマウスは岡部マウスとのF1マウスですからAcr-CAG-GFP人工遺伝子のRNAがPCRの結果として検出された。2Nキメラの内部細胞塊ですから、2N胚の中のリシピエント側のESも含まれている。ICRマウスですからその形成テラトーマにはGFPはありません。

次に小保方さんがインプラントした細胞はどうなったのかということですが、増殖分化しないままに一部残されているわけです。20日が生存期間ですが、その間は細胞内でOct4-GFP人工遺伝子が発現しています。分化して行った細胞はもはやOct4-GFP人工遺伝子は発現していませんから、そのRNAもPCRで検出されません。上記の2N胚の中のリシピエント側のES由来テラトーマと区別はつきませんが、それは有っても僅かでしょうね。なにしろESを上から注射されているのですから増殖能に圧倒的な差があるわけです。

では増殖分化しないままに一部残されて20日の生存期間が過ぎた細胞はどうなるのかというと、通常の健康なマウス体内ではその細胞は分解されて行きます。しかし、マウス皮下で細胞が死んで残された8日間に分解が不完全であると死んだままそこに存在していることになる。この細胞には最後に発現していたOct4-GFP人工遺伝子のRNAがそのまま存在していることになるのです。これがアルイミオウジ氏の発見した棒グラフの解で、気づいた松崎が慌てて差し替えたのです。

小保方さんはGOFマウスで実験していたのです。捏造するなら学生のGOF ESを使います。そのことに気づかれたくなかったのです。こいつは悪党なんです。





Ts.Markerさんへ

一言居士
もう一度見ておきましょう。驚いたことに無駄口与太郎教授も馬鹿真似でなくどうやら本当にわかってないみたいですね。
>>
When grafted into mice, low-pH-induced Oct4-GFP+ cell clusters formed teratomas (40%, n = 20) (Fig. 2e and Extended Data Fig. 4a–c) but no teratocarcinomas that persistently contained Oct4-GFP+ cells (n = 50).

(40%, n = 20) というのは20匹分のテラトーマ作成実験をして8匹にテラトーマが出来たという意味ですね。又 (n = 50)というのは一匹に対して何箇所かに移植するので平均2.5箇所使ったという意味です。8匹に6か所の施術しているという意味ではありません。両手両足精巣と欲張るとマウスが死んでしまうから2箇所か3箇所に移植するんですね。特に両手両足の皮下を使う時に、小保方さんは最後までES細胞方式ではなく、ヴァカンティ足場を使用していますから、ES方式よりマウスに与える負荷が高いんですね。結局ES細胞方式ではできなかったんですよ。精巣へのインジェクションでも出来てないのではないかと疑われますが、リストには残されているものもありますね。でもこれが成功例なのかどうかは調べられてないから分からない。論文に書かれているのはあくまでもテラトーマlikeなんですね。

ここは小保方さんの良心の有るところです。そもそも12/27Harukoは三誌論文に使わなかったんです。博論の写真を使った。変だったからです。でもその理由は自分の何らかの間違いだと考えている。若山さんのキメラが出来たという言葉は言葉通りに信じていますからね。
この12/27Harukoを使わなかった理由を石井調査に対して答える時にいろんな配慮があったと推測している。若山さんが何かしたようだということは当時は無論考えてない。しかし、事件化して後はその疑いも出てきてはいるが、まだ何があってこうなっているかが本人に分かってないのですから頭も混乱するわけです。若山さんが怪しいなんてことはこの石井調査時点では口に出してはいけないことです。それでHI染色だけして免染しなかったが、6月頃に免染したとか、更にはこれが笹井さんの論文に入る時にHI染色染色画像だけが採用された経緯に何も知らない笹井さんの助言もあったのではないかと考えると、小保方さんは配慮することが多く、かつまだ真実が分かってないのですから、いよいよ言い訳が難しいわけです。それで写真の取り違えで説明するしかなくなった可能性もある。
この写真の切り貼りはキャプションの色が3度変わっていて、11jigenは気づいていませんよね。博論画像→ラボ内プレゼン用PDF化画像→二報論文の画像という順です。小保方さんが説明している通りです。11jigenは鬼の首を取ったかのように捏造証拠としましたが、逆にキャプションの色は小保方さんの説明どおりになっていたんですね。こいつが誰なのかは分かっていませんが、所詮大隈界隈や分生界隈の使いっ走りの間抜けなんですね。悪いことをする奴らというのは要するに頭が悪いんです。


Ts.Markerさんへ

一言居士
「GFPタンパクの寿命」に関して説明しておいてよ、と言う意味に受け取りましたよ。
取り敢えず端的にOct4-GFP人工遺伝子のケースからですね。


この構造はOct4遺伝子の発現の仕組みを利用していて、一般にどんな蛋白質作成遺伝子もその先頭にプロモーター領域を持っている。Oct4遺伝子の場合も同じで、

Oct4遺伝子対応プロモーター領域の塩基配列+Oct4蛋白作成遺伝子塩基配列

という構造になっていますね。

このプロモーター部位の働き方はこの部分に例えば核内に現在存在している特定の蛋白質(アクティヴェータ蛋白)が結合することによってその先の遺伝子が働き始めるようになってますよね。Oct4蛋白というのは細胞が分化している時に必要な蛋白ですから分化が進んで不要になると発現が止まっていき、作成されていた蛋白質も細胞内で分解消滅されていきますね。

Oct4-GFP人工遺伝子はOct4遺伝子のプロモーター配列を利用してGFPの緑発光を促進するもので、

Oct4遺伝子対応プロモーター領域の塩基配列+GFP蛋白作成遺伝子塩基配列

という構造になっている。
本物の遺伝子と人工遺伝子はプロモーター領域を共有しているから、本物が発現している時にはそのマーカーとして開発されたGFPの発現も同時にあるわけです。生きたままの細胞に発現している蛋白を確認できるというすぐれものですよね。免染やPCR確認は細胞を殺さないといけないので、これは大変便利な発明だったわけです。
生きたまま観察できるというのは常識的な意味で言うので、例えば細胞が死にかけている時にも同様に機能するかというと、今回丹羽さんが、こういう亜致死下の条件では対応していないということを発見して、それを「GFPの漏れ出し」と表現したわけです。

次にCAG-GFPとの違いですが、Oct4遺伝子が細胞分化の初期段階でのみ盛んに作成される蛋白質であることから、Oct4-GFPも又、分化が進んでいくと蛍光しなくなる。
他方、キメラ作製等の別の目的で常時GFPを発現させておきたい場合には特定の蛋白のプロモーター領域は使えません。そこでどうするかと言うと、細胞の中で常時発現している蛋白のプロモーター領域を組み合わせて使うわけです。そういう蛋白はハウスキーピング蛋白と呼ばれていて沢山ありますが、その中の三種類の蛋白質作成遺伝子のプロモーター領域を組み合わせて人工遺伝子のプロモーターとする。三種の頭文字をとってCAGプロモーターと呼ばれている。

CAG人工プロモーター塩基配列+GFP蛋白作成遺伝子塩基配列

という構造になっている。これでスペルム以外の場所では常時(persistentlyに)蛍光する。スペルムは細胞質が少ないのでこのCAG人工プロモーターが働かないので、別途アクロシンプロモーターを使ってスペルムでも緑色蛍光する仕組みを考案したのが大阪大の岡部研究室で、CAGと組み合わせてAcr-CAG共挿入B6マウスを作製した。それを大田さんが若山研究室に勉強に来た時に持ち込んで今回の事件の主犯になったわけです。


今学さんがアルツハイマー花咲か爺さんの治療中ですが、小保方さんの論文中に以下の文章があって、学さんの説明もわざとかどうかは分からないが端的ではないので花咲か爺さんのケケケ症状は何時まで経っても収まりませんね。
>>
When grafted into mice, low-pH-induced Oct4-GFP+ cell clusters formed teratomas (40%, n = 20) (Fig. 2e and Extended Data Fig. 4a–c) but no teratocarcinomas that persistently contained Oct4-GFP+ cells (n = 50).


「常時(persistentlyに)蛍光する」という言葉の意味がCAGの定義とごっちゃになっているんですね。小保方さんは酸浴させてOct4-GFPがpersistentlyに蛍光している細胞を選んだと言っているので、それをリシピエントマウスに足場付きで作製してテラトーマになった時にまだ光ってるなんてことは言ってないですね。できたテラトーマは癌細胞ではなかったと言っているだけです。ほとんどの人の思考の基礎となっている国語力の問題ですよね。笑ってしまう。





Zscan4
GFPタンパクの寿命

狐に去勢されお釜が天職になった元孤児信女

気まぐれぺルドン
右も左も前も後ろもプラスもマイナスも区別が付かない夜鷹稼業が、偉そうに青空教室を開いている。間違えれば学指導教官が、指導してくれる。その合間合間に自分はどうしてお釜に為ったのか、狐達にチョッキンされたのか、
身の上話をしてバラ錢を期待しているらしいが、いい日には5円玉や一円玉が転がる。
今日のテーマは、有能で志高い自分の様な者は、溜息という恐ろしいサディストから逃れられないと、号泣しながら主張している・・・

一言居士
>>
もともと、スライドグラスとパラフィンブロックの一致のデータは示されていない。


あなたの昔からの疑念ですね。形が違っている。ただ、私は何枚もスライスしたから形が違って行ったのだと思っています。ただどちらにせよ断定はできませんよね。


>>
acrGFPが検出されたのなら、n=50 のものと違う可能性もある。

12/27Harukoテラトーマは無論、n=50 のものとは違います。小保方さんはGOFマウスドナーでn=50のテラトーマ切り出し箇所を確認して、査読者に対して、これは癌細胞ではなかったと証明していますから、アクロシンが出るものではありません。ヴァカンティ足場付きで博論やティシュー論文時の実験と同様にテラトーマライクを作ったものです。

アクロシンが出たのは12/27Harukoで若山さんが小保方さんのGOFドナー実験の上からキメラ成功時の幹細胞を注射したからです。この幹細胞は私はですから小保方酸浴細胞核使用ntESだと言っているわけです。


>>散らばったgfpを蛍光で探すか、pcrで探すかってかな。


そうですね。学さんのおっしゃる通り、紫外線照射でGFP蛍光を確認する方法と、発現しているGFP蛋白を免染して確認する方法と、発現しているOct4-GFP人工遺伝子のRNA発現をPCRで確認する方法の3つの方法がありますが、Oct4蛋白質自体を免染する方法と、Oct4構造遺伝子のRNA発現自体をPCRする方法が一番確実ですよね。

凡ては酸浴するという異常なやり方でGOFマウスを利用したことが原因の誤解から生まれた事件でしたね。若山さん自身も細胞が光ったことはキメラは出来なくても「何物かではある」と誤解した。この誤解はGFPの漏れ出しという丹羽さんの発見で解決しましたね。内在性のOct4構造遺伝子は発現してないのにOct4-GFPが大量に発現した。若山さんは顕微鏡の大家であるからこそ自家蛍光でないことを確認して驚いたんですね。自家蛍光だと思ったら驚くわけがない。自家蛍光も後にためにする誤魔化しに利用されましたね。
でも事実は丹羽さんが再現実験するまで誰も知らなかったのです。これって発見なんですけどね。怪我の功名の発見ですが、基礎研究では日常茶飯事なのは、現象を誤解して何か発見したつもりがトンデモだったと後で分かるなんてのが日常茶飯なのと同様ですよね。
それなのにどうしてこんな問題になるんだよと言うようなことなんですが、これが学さんのおっしゃる人間事象の事故コンタミだということです。
笹井さんはああいうことしちゃいけないですよ。何かいろいろとあったんでしょうね。今となってはね。分かりません。





一言居士
これは以前にも書いたように査読要請ですから、小保方さんは再度笹井研でテラトーマのリヴァイズ実験を行っている筈なんです。
レフェリー#1氏のコメントは以下でした。
>>
>研究と結論は意図的にある特定の分野に焦点が当てられていて、他は除かれている。本文から読者は直ぐに刺激が多能性に向けた何らかのリプログラミングを引き起こしていると思ってしまう。このことはテラトーマとキメラ形成によって際立って提示されている。しかし、リプログラミングは一つの説明であるにすぎない。再生、脱分化及び増殖能力、そして異なる組織への分化は又腫瘍を含む癌幹細胞の特徴でもある。私は著者らに遺伝子操作なしの幹細胞様の作成法の発見に関する主張に注意深くあることをお奨めしたい。著者らは処置が遺伝子に引き起こしている実際の効果を調べ、遺伝子の不安定性に気づかないといけない。


こう書かれたので<癌細胞ではないという証明を書いた>のです。この実験は笹井研で若山さんの引っ越し後に行われていることになるので、若山さんは抜き取ることはできません。今残されているいくつかの候補の中にあるものでしょうね。


手記で無くなっていたと書かれているテラトーマ試料は理研若山研で行われていた実験ですが、三誌論文には博論のテラトーマ画像がサプリとして添付されていただけで使われていないが、しかし、無くなっていたと書かれている。1206P。
>
・・・STAP細胞からのテラトーマ実験も複数回行われていたが、それらのサンプルもなくなっていた。・・・


行われていたと書いていて、自分が行ったという具合には書いてませんね。でも石井調査では12/27Haruko以降も何回かテラトーマを作ったと実験ノート記載を根拠に証言している。
若山さんかラボ仲間が行ったのなら、それを抜き取って廃棄したということから、実際にはES等のテラトーマではないかとも疑われるが、論文を書かせるためではありませんね。若山さんは三誌論文では博論のがサプリとして論文内に詳しい説明もなく貼り付けてあっただけだと証言している。三誌論文自体は公表されていないので確認はできません。サイエンスの査読書にもテラトーマに触れたコメントはない。何か怪しい所ではないでしょうかね。

Ts.Markerさんへ

一言居士
12/27Harukoと、論文の中の以下のテラトーマ記載は別の実験ですよ。
>>
On day 7, unlike CD45+ cells and like ES cells, low-pH-induced Oct4-GFP+ cells displayed extensive demethylation at the Oct4 and Nanog promoter areas (Fig. 2c), indicating that these cells underwent a substantial reprogramming of epigenetic status in these key genes for pluripotency.
In vitro differentiation assays demonstrated that low-pH-induced Oct4-GFP+ cells gave rise to three-germ-layer derivatives (Fig. 2d) as well as visceral endoderm-like epithelium (Extended Data Fig. 3d). When grafted into mice, low-pH-induced Oct4-GFP+ cell clusters formed teratomas (40%, n = 20) (Fig. 2e and Extended Data Fig. 4a–c) but no teratocarcinomas that persistently contained Oct4-GFP+ cells (n = 50). Because some cellular variation was observed in the signal levels of Oct4-GFP within the clusters, we sorted GFP-strong cells (a major population) and GFP-dim cells (a minor population) by FACS on day 7 and separately injected them into mice. In this case, only GFP-strong cells formed teratomas (Extended Data Fig. 4d).

7日目に、ES細胞と同じように、但しCD45陽性細胞とは異なって、低pH誘導Oct4-GFP陽性細胞はOct4およびNanogのプロモータ領域において、広範囲の脱メチル化を示した(図2c)。それはこれらの細胞が多能性の鍵となる遺伝子のエビジェネティックな状態の顕著な再プログラミングを受けたことを示すものである。
試験管内分化実験は、低pH誘導Oct4-GFP陽性細胞が三胚葉派生体(図2d)ならびに臓側内胚葉様上皮(拡張データ図3d)をもたらしたことを示した。低pH誘導Oct4-GFP陽性細胞クラスターをマウスに移植するとテラトーマを形成した(40%、n =20)(図2e及び拡張データ図4a-c)、しかし、持続的にOct4-GFP陽性細胞を含んでいる奇形癌腫(n=50)はなかった。クラスター内のOct4-GFPの信号レベルでいくつかの細胞の違いが観察されたので、私たちは7日目時点で、FACSによりGFP強発現細胞(多数集団)とGFP弱発現細胞(少数集団)を選別し、それらを別々にマウスに注射した。この場合、GFP強発現細胞のみがテラトーマ形成した(拡張データ図4d)。

Zscan4
CTSのテラトーマも残ってるしな。
FLSや、その他のstapもやってるかもね。ふふ。

Zscan4
もともと、スライドグラスとパラフィンブロックの一致のデータは示されていない。

acrGFPが検出されたのなら、n=50 のものと違う可能性もある。

散らばったgfpを蛍光で探すか、pcrで探すかってかな。
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