>Among maintenance media for pluripotent cells, the appearance of Oct4-GFP+cells was most efficient in LIF1B27 medium, and did not occur in mouse epiblast-derived stem-cell (EpiSC) medium (Extended Data Fig. 1e). The presence or absence of LIF during days 0–2 did not substantially affect the frequency of Oct4-GFP+cell generation on day 7 (Extended Data Fig. 1f), whereas the addition of LIF during days 4–7 was not sufficient, indicating that LIF ependency started during days 2–4.
>とありますなあ。 「 the appearanceof Oct4-GFP+cells 」「Oct4-GFP+cell generation」とあるとおりoct4GFP+cellsは出現すると論文は述べているわけですねえ。 出現するんですから出現する前には「Oct4-GFP+cellsが無い」という状態がなければならんわけですなあ。 ですから「Oct4-GFP+は全細胞が持っています。」などというのは文章が読めない人の言うことですよ。
CD45+cells were sorted by fluorescence-activated cell sorting (FACS) from the lymphocyte fraction of postnatal spleens (1-week old) of C57BL/6 mice carrying an Oct4-gfp transgene, and were exposed to various types of strong, transient, physical and chemical stimuli (described below).
Haematopoietic cells positive for CD45 (leukocyte common antigen) are typicallineage-committed somatic cells thatnever expresspluripotency-related markers such as Oct4 unless they are reprogrammed.We therefore addressed the question of whether splenic CD45+cells could acquire pluripotency by drastic changes in their external environment such as those caused by simple chemical perturbations.
ですねえ。これを読むと「CD45+cell」とは「cells positive for CD45」であるということがわかるわけですねえ。
その後同ページ内に速やかにoct4GFP+という表現が出てきますな。
Without exposure to the stimuli, none of the cells sorted with CD45 expressed Oct4-GFP regardless of the culture period in LIF1B27 medium. In contrast, a 30-min treatment with low-pH medium (25-min incubation followed by 5-min centrifugation; Fig. 1a; the most effective range was pH 5.4–5.8; Extended Data Fig. 1a) caused the emergence of substantial numbersof spherical clusters that expressed Oct4-GFP in day-7culture(Fig. 1b). Substantial numbers ofGFP+cells appeared in all casesperformed with neonatal splenic cells (n530 experiments). The emergence of Oct4-GFP+cells at the expense of CD45+cells was also observed by flow cytometry (Fig. 1c, top, and Extended Data Fig. 1b, c). We next fractionated CD45+cells into populations positive and negative for CD90 (T cells), CD19 (B cells) and CD34 (haematopoietic progenitors),and subjected them to low-pH treatment.
この文章を見れば分かる通り、 「spherical clusters that expressed Oct4-GFP」が「GFP+cells」なわけですねえ。 「The emergence of Oct4-GFP+cells at the expense of CD45+cells was also observed」を見て明白な通り「CD45+cells」と「 Oct4-GFP+cells」の「+」は同じことを示す符号として使われているわけですねえ。 上記のように統語法により、「Oct4-GFP+cellsというのは」GFPを発現させている細胞「cells expressed Oct4-GFP」であると判断できるわけですねえ。
Among maintenance media for pluripotent cells, the appearance of Oct4-GFP+cells was most efficient in LIF1B27 medium, and did not occur in mouse epiblast-derived stem-cell (EpiSC) medium (Extended Data Fig. 1e). The presence or absence of LIF during days 0–2 did not substantially affect the frequency of Oct4-GFP+cell generation on day 7 (Extended Data Fig. 1f), whereas the addition of LIF during days 4–7 was not sufficient, indicating that LIF ependency started during days 2–4.
とありますなあ。 「 the appearanceof Oct4-GFP+cells 」「Oct4-GFP+cell generation」とあるとおりoct4GFP+cellsは出現すると論文は述べているわけですねえ。 出現するんですから出現する前には「Oct4-GFP+cellsが無い」という状態がなければならんわけですなあ。 ですから「Oct4-GFP+は全細胞が持っています。」などというのは文章が読めない人の言うことですよ。
>In vitro differentiation assays demonstrated that low-pH-induced Oct4-GFP+cells gave rise to three-germ layer derivatives (Fig. 2d) as well as visceral endoderm-like epithelium (Extended Data Fig. 3d). When grafted into mice, low-pH-induced Oct4-GFP+cell clusters formed teratomas (40%, n=20) (Fig. 2e and Extended Data Fig. 4a–c) but no teratocarcinomas that persistentlycontained Oct4-GFP+cells (n=50).
>「The emergence of Oct4-GFP+cells at the expense of CD45+cells was also observed」を見て明白な通り「CD45+cells」と「 Oct4-GFP+cells」の「+」は同じことを示す符号として使われているわけですねえ。 上記のように統語法により、「Oct4-GFP+cellsというのは」GFPを発現させている細胞「cells expressed Oct4-GFP」であると判断できるわけですねえ。
METHODS SUMMARY 646頁 Although Oct4-GFP+ cells (expressing pluripotency related protein and gene markers and capable of differentiating into three germ layer derivatives) were also generated from lymphocytes of young adult mice (for example, 6-week-old) under the same culture conditions, their proportion in culture was reduced by several to ten folds as compared to neonatal lymphocytes when lymphocytes were isolated from 1-month-old mice or older.
しかし、Oct4は蛋白を表す語であり、イタリック体は遺伝子を表すとの原則はある。
また、きちんと遺伝子をイタリック体でかいてあるところもある。 METHODS 645頁 We tested the following three different genetic backgrounds of mice for STAP stem-cell establishment from STAP cell clusters, and observed reproducible data of establishment: C57BL/6 carrying Oct4-gfp (29 of 29), 129/Sv carrying Rosa26-gfp (2 of 2) and 129/Sv 3 C57BL/6 carrying cag-gfp (12 of 16). STAP stem cells with all these genetic backgrounds showed chimaera-forming activity.
さて、懸案のRNA解析なのかDNA解析なのかという問題です。 BCA報告論文には以下のようにある。 >> The article also describes teratomas derived from Oct4-GFP STAP cells as evidence for pluripotency (Fig. 2 and Extended Data Fig. 4 in ref. 1). We found a glass slide specimen from which all these teratoma images were taken, and its corresponding paraffin block. Quantitative PCR of genomic DNA extracted from this paraffin block reproducibly indicated that these teratoma tissues formed from FES1-derived cells(Fig. 1d, e). Immunostaining revealed that intestinal epithelium tissue(Fig. 2e, right in ref. 1) and pancreatic tissue (Extended Data Fig. 4c in ref. 1), shown as teratomas from STAP cells1, were GFP-negative and, thus, of host mouse origin (Fig. 1f–h).
もう一度見ておきましょう。驚いたことに無駄口与太郎教授も馬鹿真似でなくどうやら本当にわかってないみたいですね。
>>
When grafted into mice, low-pH-induced Oct4-GFP+ cell clusters formed teratomas (40%, n = 20) (Fig. 2e and Extended Data Fig. 4a–c) but no teratocarcinomas that persistently contained Oct4-GFP+ cells (n = 50).
(40%, n = 20) というのは20匹分のテラトーマ作成実験をして8匹にテラトーマが出来たという意味ですね。又 (n = 50)というのは一匹に対して何箇所かに移植するので平均2.5箇所使ったという意味です。8匹に6か所の施術しているという意味ではありません。両手両足精巣と欲張るとマウスが死んでしまうから2箇所か3箇所に移植するんですね。特に両手両足の皮下を使う時に、小保方さんは最後までES細胞方式ではなく、ヴァカンティ足場を使用していますから、ES方式よりマウスに与える負荷が高いんですね。結局ES細胞方式ではできなかったんですよ。精巣へのインジェクションでも出来てないのではないかと疑われますが、リストには残されているものもありますね。でもこれが成功例なのかどうかは調べられてないから分からない。論文に書かれているのはあくまでもテラトーマlikeなんですね。
今学さんがアルツハイマー花咲か爺さんの治療中ですが、小保方さんの論文中に以下の文章があって、学さんの説明もわざとかどうかは分からないが端的ではないので花咲か爺さんのケケケ症状は何時まで経っても収まりませんね。
>>
When grafted into mice, low-pH-induced Oct4-GFP+ cell clusters formed teratomas (40%, n = 20) (Fig. 2e and Extended Data Fig. 4a–c) but no teratocarcinomas that persistently contained Oct4-GFP+ cells (n = 50).
12/27Harukoと、論文の中の以下のテラトーマ記載は別の実験ですよ。 >> On day 7, unlike CD45+ cells and like ES cells, low-pH-induced Oct4-GFP+ cells displayed extensive demethylation at the Oct4 and Nanog promoter areas (Fig. 2c), indicating that these cells underwent a substantial reprogramming of epigenetic status in these key genes for pluripotency. In vitro differentiation assays demonstrated that low-pH-induced Oct4-GFP+ cells gave rise to three-germ-layer derivatives (Fig. 2d) as well as visceral endoderm-like epithelium (Extended Data Fig. 3d). When grafted into mice, low-pH-induced Oct4-GFP+ cell clusters formed teratomas (40%, n = 20) (Fig. 2e and Extended Data Fig. 4a–c) but no teratocarcinomas that persistently contained Oct4-GFP+ cells (n = 50). Because some cellular variation was observed in the signal levels of Oct4-GFP within the clusters, we sorted GFP-strong cells (a major population) and GFP-dim cells (a minor population) by FACS on day 7 and separately injected them into mice. In this case, only GFP-strong cells formed teratomas (Extended Data Fig. 4d).
コメント
アホな男は誰かな
2023/05/06 URL 編集
Ooboe&otake
調査委員会報告書(桂)p27の『笹井氏らは STAP 幹細胞がヘテロな集団であり、長期的な継代培養により再構成が起っていた細胞が消失したという解釈』自体おかしいんですよ。TCR遺伝子の比較は、キメラマウスとそのキメラマウス作成に用いた細胞との比較すべきなんですよ。“長期的な継代培養“とかの発言が出てくるかと自体おかしいんですよ。
やれやれ…
小才子のブツブツ・・ならば調査委員会報告書(桂)氏に尋ねれば良い。疑義を抱くのなら直接本人に質問するのが正論。やれやれ・・・
2023/05/06 URL 編集
❝けけけ❞さんとのやり取り、大変ですねぇ、、、
もう、相当に増毛できたでしょうね〜
❝毛毛毛❞ あと一本プラスしたら100本だな
居士さん、
続き、お待ち下さい、ませ
なかなか時間が取れません🕖🕛
2023/05/06 URL 編集
こんなのダメですよ!
あなた、以前はもっと適度に効いた山椒の
辛味は、良かったのに〜〜〜
確かに、私も、一言居士さんの、それなりの知識がいる、極細部への視点による長々文には、
余裕のない生活者の私はスルーしてしまいます
でも、貴重な情報考察が、ありますので
読了したいものですが、
切れ目のないむつかしそうな文形を見ただけで、
意欲が萎えるんです。
興味ある私でもそうなんですから、
興味ないペル丼さんにとっては、
目障りでしかないのでしよう。
だからと言って、❝こんなのダメ駄目よ❞
そもそも、居士さんは
ご自分が細部まで納得したい思いでの
考察ですから、自前のブログで展開するスタイル
は自由ですが、学さんブログは、閲覧者もおられるんですから、もう少し簡潔表現でお願いしたい
です。居士さんお願いネ。。。!
2023/05/04 URL 編集
Re: セイヤせいや
> ちょん切られ故にお釜に成り、公衆トイレの便器で貌を洗い、大を垂れ流しても手で拭くだけだ。だから銀蠅が常に数匹小判ザメのようにケツにくっ付いている。そんな女男が綺麗な筈がない。梅に罹っっていても林に罹患していても驚くほどの事ではない・・・
こんなのダメです。
2023/05/04 URL 編集
セイヤせいや
そもそも汚い垢塗れの腰巻をズラシ履きして、女物下着泥を日常の生業とし、学のハイヒールを盗んで、それをコップにしている。
ちょん切られ故にお釜に成り、公衆トイレの便器で貌を洗い、大を垂れ流しても手で拭くだけだ。だから銀蠅が常に数匹小判ザメのようにケツにくっ付いている。そんな女男が綺麗な筈がない。梅に罹っっていても林に罹患していても驚くほどの事ではない・・・
2023/05/03 URL 編集
対抗商法
>どうすれば連日山の様な馬糞を垂れ流せるのか、タダ呆れるばかりだが、
これは、彼が次のように書いたので目的が分かった気がする。
(一言居士)
「(情報は)私の誰も読まない便所の落書きに書き留めていたらいいんですね。」
「(溜息ブログは)早く閉鎖して消去なさいということです。そして学さんも全部消去して、以前のインノセントなブログにお戻しなさいということですよね。」
これは、同業者の2軒を潰して、お客を自分のところに引き込むつもりなんだと思われる。
チャットGPTに聞いてみたら、「対抗商法」と言うらしい。
名前だけ聞くと穏やかなようだけど、汚い話だよな。
2023/05/03 URL 編集
連日馬糞生産信女
ただどうして他人のトイレで、あれ程山の様な馬糞を山積み出来るのか、トイレの中で新聞紙を喰っているに違いない。
哀れなるかな、哀れなるかな、去勢夜鷹孤児信女・・・
2023/05/03 URL 編集
BCA報告論文には以下のようにある。
>>
The article also describes teratomas derived from Oct4-GFP STAP cells as evidence for pluripotency (Fig. 2 and Extended Data Fig. 4 in ref. 1). We found a glass slide specimen from which all these teratoma images were taken, and its corresponding paraffin block. Quantitative PCR of genomic DNA extracted from this paraffin block reproducibly indicated that these teratoma tissues formed from FES1-derived cells(Fig. 1d, e). Immunostaining revealed that intestinal epithelium tissue(Fig. 2e, right in ref. 1) and pancreatic tissue (Extended Data Fig. 4c in ref. 1), shown as teratomas from STAP cells1, were GFP-negative and, thus, of host mouse origin (Fig. 1f–h).
アーティクル論文では又、多能性の証拠として、Oct4-GFP STAP細胞に由来するテラトーマについても説明している (参考文献1の図2および拡張データ図4)。これらすべてのテラトーマの画像が撮影されたグラススライド標本と、それに対応するパラフィンブロックがある。このパラフィンブロックから抽出されたゲノムDNAの定量PCRは、これらのテラトーマ組織がFES1由来細胞から形成されていることを何度も示している(図1d,e)。免疫染色により、STAP細胞からのテラトーマとして示された腸上皮組織(参考文献1図2eの右側)および膵臓組織(参考文献1の拡張データ図4c)GFP陰性であることが明らかになり、従ってホストマウス由来だと判明した(図1f–h)。
車検も終わって久々に釣りです。んじゃ。
2023/05/03 URL 編集
こういう職位関係でしたね。
~2013 年 3 月
竹市雅俊(センター長) 総括
西川伸一(副センター長) 医療産業都市
相澤慎一(副センター長) 予算
笹井芳樹 施設、予算要求
林 茂生 人事
松崎文雄 学術集会
倉谷 滋 広報国際
2013 年 4 月~2014 年 4 月
竹市雅俊(センター長) 総括
笹井芳樹(副センター長) 施設、予算要求
林 茂生 人事
松崎文雄 予算
倉谷 滋 学術集会、広報国際
言うまでもありませんが上の指示というのは文科驢馬省に決まってますが、これを何か文書で指示するなんてことはないわけです。理研の中に天下らせてやっているOBがいますから、口頭で上からの方針だと囁くわけです。最初はお作法違反だということで小保方さんに謝らせて幕引きにしたかったが、それに失敗したわけです。
笹井さんなんかは小保方さんのバックにヴァカンティ氏が居ることが分かっていて、しかもこの石井報告の裏に文科驢馬省があることは、<予算要求>が彼のマネジメントとしての仕事なんですから、分かってますので苦しんだんですね。何とか自分の記者会見で収まらないかと思っていたでしょうが、キメラが出来たことは信じてますからね。この人も小保方さんと同様に何が何だか分からないという状態なんですね。
文科省はこの実験の捏造騒動には一切関与していませんし、そもそも研究者でもないのにそんなことに関与するはずもない。国立大学と同様に理研も文科省傘下の組織なのですから支配のピラミッドの頂点に居る立場です。下部組織の不始末に対しての責任がある。文科省の関与というのは管理責任という意味での関与です。
しかし、この関与の陰に、文科驢馬省自身が天下りのルール違反していたことがあって、これが一つには事件をややこしくしていたわけです。
この元凶がラブオンザビーチの馬鹿ったれだったわけですが、理研内にもこの待期期間を置かないで直接天下りさせてもらっていたOBがいたわけです。『あの日』の中にも登場する"大将"ですね。無論彼は指示通りに天下っただけですが、出身母体を守る義務があるから、小保方さんに「我慢するんだ、我慢するんだ」と言い続けて、そのうちに転勤してしまって居なくなったわけです。誰しも生活がありますからね。彼はこういう時の"凌ぎ方"が我慢だと知ってるんですね。組織の中での泳ぎ方で、誰の所為でもないが責任は取らなければならないという苦しい場合にその立場に自分が当たってしまうことがあっても、"我慢"していれば世間は忘れ去っていき、そのうちに組織からの"コンペンセイション"があるであろうという経験事実を知っている人ということですから、そもそも素直な人か明るい人でしょうね。反骨心のある人柄だと反発しますから、大抵組織から飛び出してしまいますね。自営すればそんな理不尽を受けることもない。でも最初は後の"コンペンセイション"があるか否かは分からないのですから苦しみますよね。或いはとても素直で楽天的性格で明るい人かのどちらかでしょうね。だからどういう意味でもこういうのに耐えられる人とか、うまく世渡りする人が公務員には向いているかな。大企業でも同じかな。ははは。
人には運命というものがあるんですよね。自分の運命を愛しましょう。終わってしまう頃にはああそうだったのかと分かる時がくる。所詮、人類が滅んで困る宇宙はないと知るか、もし、人類が困ると思うのだったら、人類が滅んで困まらない宇宙などという科学概念は、間違っていると知れることでしょう。土井晩翠の天地有情でしょうかね。
2023/05/03 URL 編集
Ts.Markerさんへ
まず第一にOct4-GFPのテラトーマ試料と明確に分かっているものはありませんね。唯一、12/27Harukoは、
1.小保方さんは自分だけで実験する時GOFマウスしか入手できないことは若山さんが記者会見で証言している。
GOFマウス以外は若山さん自身が管理していると証言した。恐らくGOFマウスは理研のマウスなので自家使用で無料もしくは安価なのだと推定されますね。マウスコンタミが発覚した時には総入れ替えができる。他のマウスストレーンは、特に自家飼育している「僕のマウス」の129とB6、「岡部マウス」のB6はマウスコンタミを恐れて、テクニカル・スタッフにも触らせなかったような証言でしたよね。
論文に使ったマウスでメーカー購入分は自家飼育は出来ない規則ですよね。特に創薬関係の実験ではマウス提供メーカーが責任持てませんからね。
若山研のマウスは基本的には創薬関係の使われ方ではないので随分ルーズで実際には三誌論文や二報論文で使われたマウスのマウスコンタミが多かったですね。尤もこれがあったから識別できたので、笹井さんは記者会見でそれを聞かれたとき分からないのではないかと答えてましたよね。
マウスコンタミがなければ桂報告書やBCA報告論文のSNPs解析はできませんでしたね。その意味では笹井さんの厳密な実験をしていれば分からないという推測説明は正しかったんですけどね。
2.『あの日』の中で小保方さんは渡米休暇申請中に休日出勤してテラトーマを作製したことを渡米後に若山さんにメールで報告し、管理を任せていたラボ仲間からのテラトーマ経過報告も若山さんに転送報告したと書いている。つまり、F1マウスで作製するなら若山さんに事前にメイティングを頼まなければならないので、若山さんは12/27に実験することを知っていることになる。この日は平日なので小保方さんが休日出勤したことを知らなかった若山さんは出張とか会議でラボには不在だったこともわかります。
3.アルイミオウジ氏がOct4-GFPのRNAが残存している棒グラフ箇所を指摘した。(これがRNAなのかDNAなのかは後に触れます。)
4.ネットで3が騒がれた後松崎はそのグラフを理由を書かずに隠しこみ痕跡の無いものに差し替えた。
という理由で、GOFマウスを使ったテラトーマ実験だったと思いますが、若山さんが最初のキメラを作った時に出来たというF1の幹細胞を上から注射したのでAcr-CAGが出たわけです。この時にGOFマウスが使われたことはテクニカルスタッフは知っているんですよ。小保方さんはマウスを取りに行くのは自分でもできますが、自分でメイティングさせることは許可されていないですから、テクニカルスタッフたちに頼むわけです。緘口令が敷かれているんですね。
しかし、これ以外にGOFマウス由来テラトーマサンプルは保全試料の中にはありません。小保方さん自身は「STAP細胞からのテラトーマの実験も複数回行われていたが、それらのサンプルもなくなっていた。」と書いていますから、若山研でのテラトーマ実験の試料は12/27Haruko以外にはないわけです。
次に「GOF-ESと同一だと証明した方がよかった」というのは12/27Harukoに関して松崎がという意味ですと、アクロシンが出ていますから不可能ですし、もし上記したように<GOFマウス由来テラトーマサンプルは保全試料の中にはありません>から他のサンプルの意味でも無いものは証明しようがありません。
また、その意味が(40%, n = 20) や (n = 50)の実験の事だとするなら、小保方さんが笹井研でのこの査読要請のリヴァイズ実験を行ったときに学生のGOF-ESを使ったのだと松崎が証明すればよかったのだということなら、この(40%, n = 20) や (n = 50)の実験の試料も残されていないですから不可能です。
そしてもっと重要なことは、小保方さんのBox内にあった学生のGOF-ESは引っ越しの時点でGLSに中身を入れ替えられているということです。
ですから、あなたの<Oct4-GFPのテラトーマ試料でGOF-ESと同一だと証明した方がよかったんじゃない。>というコメントの意図が理解できないでいます。もう少し説明していただけるといいですね。
②FLSのテラトーマだったかもしれない。
12/27Harukoは上述したように若山さんからF1の赤ちゃんマウスを受け取ってないと演繹されますからGOFマウスでのカルスを使った実験ですので<FLSのテラトーマだったかもしれない>ということはありません。ではその主語は何かと推測するのですが、対象となるテラトーマの保全試料は他にありませんから、その意味とは別に、いずれにせよ確認できないことです。
又、FLSのテラトーマはArticle Figure 5-iにありますが、これは-30度フリーザーの20番の中に<FLS ひか てらとーま>とありますが、これは<かもしれない>ではありませんから、ご主旨のあるところではないと分かる。
すると唯一理解可能なのは、私がカルス由来の精巣のテラトーマは成功していないと述べた中で、53番の中にある<Testis テラトーマ CD45 カルス>を意図し成功しているものかどうかが分からないしていたことに対して、これはFLSのテラトーマ実験結果ではないかというご主旨と受け取ることはできる。唯ここにカルスと書かれていますからね。非常に微妙ですね。2012年の5月頃まではまだFLSという名づけはまだないんですね。129ESとか129/GFP ESとか呼ばれていて、その意味はES-likeだと小保方さんは答えているんですね。
以上です。
2023/05/03 URL 編集
FLSのテラトーマだったかもしれない。
2023/05/02 URL 編集
Ts.Markerさんへ
12/27Harukoの切り出しは丁度4週間後の1/24でしたね。ティシュー論文の期間と同じです。28日後ですね。
酸浴細胞の寿命は論文のグラフにあるように20日程度です。小保方さんはヴァカンティ足場に培養液を含ませてGOFマウスのドナー細胞をリシピエントマウスの皮下に埋納した。インプラントですね。インジェクションではない。この上から若山さんが既に出来ていたソート前の幹細胞をインジェクトしたわけです。ntESですから分化増殖能が格段に違いますから小保方さんの移植した酸浴細胞を押しのけてテラトーマに成長していきます。最初のキメラ実験で使われたマウスは岡部マウスとのF1マウスですからAcr-CAG-GFP人工遺伝子のRNAがPCRの結果として検出された。2Nキメラの内部細胞塊ですから、2N胚の中のリシピエント側のESも含まれている。ICRマウスですからその形成テラトーマにはGFPはありません。
次に小保方さんがインプラントした細胞はどうなったのかということですが、増殖分化しないままに一部残されているわけです。20日が生存期間ですが、その間は細胞内でOct4-GFP人工遺伝子が発現しています。分化して行った細胞はもはやOct4-GFP人工遺伝子は発現していませんから、そのRNAもPCRで検出されません。上記の2N胚の中のリシピエント側のES由来テラトーマと区別はつきませんが、それは有っても僅かでしょうね。なにしろESを上から注射されているのですから増殖能に圧倒的な差があるわけです。
では増殖分化しないままに一部残されて20日の生存期間が過ぎた細胞はどうなるのかというと、通常の健康なマウス体内ではその細胞は分解されて行きます。しかし、マウス皮下で細胞が死んで残された8日間に分解が不完全であると死んだままそこに存在していることになる。この細胞には最後に発現していたOct4-GFP人工遺伝子のRNAがそのまま存在していることになるのです。これがアルイミオウジ氏の発見した棒グラフの解で、気づいた松崎が慌てて差し替えたのです。
小保方さんはGOFマウスで実験していたのです。捏造するなら学生のGOF ESを使います。そのことに気づかれたくなかったのです。こいつは悪党なんです。
2023/05/02 URL 編集
Ts.Markerさんへ
>>
When grafted into mice, low-pH-induced Oct4-GFP+ cell clusters formed teratomas (40%, n = 20) (Fig. 2e and Extended Data Fig. 4a–c) but no teratocarcinomas that persistently contained Oct4-GFP+ cells (n = 50).
(40%, n = 20) というのは20匹分のテラトーマ作成実験をして8匹にテラトーマが出来たという意味ですね。又 (n = 50)というのは一匹に対して何箇所かに移植するので平均2.5箇所使ったという意味です。8匹に6か所の施術しているという意味ではありません。両手両足精巣と欲張るとマウスが死んでしまうから2箇所か3箇所に移植するんですね。特に両手両足の皮下を使う時に、小保方さんは最後までES細胞方式ではなく、ヴァカンティ足場を使用していますから、ES方式よりマウスに与える負荷が高いんですね。結局ES細胞方式ではできなかったんですよ。精巣へのインジェクションでも出来てないのではないかと疑われますが、リストには残されているものもありますね。でもこれが成功例なのかどうかは調べられてないから分からない。論文に書かれているのはあくまでもテラトーマlikeなんですね。
ここは小保方さんの良心の有るところです。そもそも12/27Harukoは三誌論文に使わなかったんです。博論の写真を使った。変だったからです。でもその理由は自分の何らかの間違いだと考えている。若山さんのキメラが出来たという言葉は言葉通りに信じていますからね。
この12/27Harukoを使わなかった理由を石井調査に対して答える時にいろんな配慮があったと推測している。若山さんが何かしたようだということは当時は無論考えてない。しかし、事件化して後はその疑いも出てきてはいるが、まだ何があってこうなっているかが本人に分かってないのですから頭も混乱するわけです。若山さんが怪しいなんてことはこの石井調査時点では口に出してはいけないことです。それでHI染色だけして免染しなかったが、6月頃に免染したとか、更にはこれが笹井さんの論文に入る時にHI染色染色画像だけが採用された経緯に何も知らない笹井さんの助言もあったのではないかと考えると、小保方さんは配慮することが多く、かつまだ真実が分かってないのですから、いよいよ言い訳が難しいわけです。それで写真の取り違えで説明するしかなくなった可能性もある。
この写真の切り貼りはキャプションの色が3度変わっていて、11jigenは気づいていませんよね。博論画像→ラボ内プレゼン用PDF化画像→二報論文の画像という順です。小保方さんが説明している通りです。11jigenは鬼の首を取ったかのように捏造証拠としましたが、逆にキャプションの色は小保方さんの説明どおりになっていたんですね。こいつが誰なのかは分かっていませんが、所詮大隈界隈や分生界隈の使いっ走りの間抜けなんですね。悪いことをする奴らというのは要するに頭が悪いんです。
2023/05/02 URL 編集
Ts.Markerさんへ
取り敢えず端的にOct4-GFP人工遺伝子のケースからですね。
この構造はOct4遺伝子の発現の仕組みを利用していて、一般にどんな蛋白質作成遺伝子もその先頭にプロモーター領域を持っている。Oct4遺伝子の場合も同じで、
Oct4遺伝子対応プロモーター領域の塩基配列+Oct4蛋白作成遺伝子塩基配列
という構造になっていますね。
このプロモーター部位の働き方はこの部分に例えば核内に現在存在している特定の蛋白質(アクティヴェータ蛋白)が結合することによってその先の遺伝子が働き始めるようになってますよね。Oct4蛋白というのは細胞が分化している時に必要な蛋白ですから分化が進んで不要になると発現が止まっていき、作成されていた蛋白質も細胞内で分解消滅されていきますね。
Oct4-GFP人工遺伝子はOct4遺伝子のプロモーター配列を利用してGFPの緑発光を促進するもので、
Oct4遺伝子対応プロモーター領域の塩基配列+GFP蛋白作成遺伝子塩基配列
という構造になっている。
本物の遺伝子と人工遺伝子はプロモーター領域を共有しているから、本物が発現している時にはそのマーカーとして開発されたGFPの発現も同時にあるわけです。生きたままの細胞に発現している蛋白を確認できるというすぐれものですよね。免染やPCR確認は細胞を殺さないといけないので、これは大変便利な発明だったわけです。
生きたまま観察できるというのは常識的な意味で言うので、例えば細胞が死にかけている時にも同様に機能するかというと、今回丹羽さんが、こういう亜致死下の条件では対応していないということを発見して、それを「GFPの漏れ出し」と表現したわけです。
次にCAG-GFPとの違いですが、Oct4遺伝子が細胞分化の初期段階でのみ盛んに作成される蛋白質であることから、Oct4-GFPも又、分化が進んでいくと蛍光しなくなる。
他方、キメラ作製等の別の目的で常時GFPを発現させておきたい場合には特定の蛋白のプロモーター領域は使えません。そこでどうするかと言うと、細胞の中で常時発現している蛋白のプロモーター領域を組み合わせて使うわけです。そういう蛋白はハウスキーピング蛋白と呼ばれていて沢山ありますが、その中の三種類の蛋白質作成遺伝子のプロモーター領域を組み合わせて人工遺伝子のプロモーターとする。三種の頭文字をとってCAGプロモーターと呼ばれている。
CAG人工プロモーター塩基配列+GFP蛋白作成遺伝子塩基配列
という構造になっている。これでスペルム以外の場所では常時(persistentlyに)蛍光する。スペルムは細胞質が少ないのでこのCAG人工プロモーターが働かないので、別途アクロシンプロモーターを使ってスペルムでも緑色蛍光する仕組みを考案したのが大阪大の岡部研究室で、CAGと組み合わせてAcr-CAG共挿入B6マウスを作製した。それを大田さんが若山研究室に勉強に来た時に持ち込んで今回の事件の主犯になったわけです。
今学さんがアルツハイマー花咲か爺さんの治療中ですが、小保方さんの論文中に以下の文章があって、学さんの説明もわざとかどうかは分からないが端的ではないので花咲か爺さんのケケケ症状は何時まで経っても収まりませんね。
>>
When grafted into mice, low-pH-induced Oct4-GFP+ cell clusters formed teratomas (40%, n = 20) (Fig. 2e and Extended Data Fig. 4a–c) but no teratocarcinomas that persistently contained Oct4-GFP+ cells (n = 50).
「常時(persistentlyに)蛍光する」という言葉の意味がCAGの定義とごっちゃになっているんですね。小保方さんは酸浴させてOct4-GFPがpersistentlyに蛍光している細胞を選んだと言っているので、それをリシピエントマウスに足場付きで作製してテラトーマになった時にまだ光ってるなんてことは言ってないですね。できたテラトーマは癌細胞ではなかったと言っているだけです。ほとんどの人の思考の基礎となっている国語力の問題ですよね。笑ってしまう。
2023/05/02 URL 編集
2023/05/01 URL 編集
狐に去勢されお釜が天職になった元孤児信女
身の上話をしてバラ錢を期待しているらしいが、いい日には5円玉や一円玉が転がる。
今日のテーマは、有能で志高い自分の様な者は、溜息という恐ろしいサディストから逃れられないと、号泣しながら主張している・・・
2023/05/01 URL 編集
もともと、スライドグラスとパラフィンブロックの一致のデータは示されていない。
あなたの昔からの疑念ですね。形が違っている。ただ、私は何枚もスライスしたから形が違って行ったのだと思っています。ただどちらにせよ断定はできませんよね。
>>
acrGFPが検出されたのなら、n=50 のものと違う可能性もある。
12/27Harukoテラトーマは無論、n=50 のものとは違います。小保方さんはGOFマウスドナーでn=50のテラトーマ切り出し箇所を確認して、査読者に対して、これは癌細胞ではなかったと証明していますから、アクロシンが出るものではありません。ヴァカンティ足場付きで博論やティシュー論文時の実験と同様にテラトーマライクを作ったものです。
アクロシンが出たのは12/27Harukoで若山さんが小保方さんのGOFドナー実験の上からキメラ成功時の幹細胞を注射したからです。この幹細胞は私はですから小保方酸浴細胞核使用ntESだと言っているわけです。
>>散らばったgfpを蛍光で探すか、pcrで探すかってかな。
そうですね。学さんのおっしゃる通り、紫外線照射でGFP蛍光を確認する方法と、発現しているGFP蛋白を免染して確認する方法と、発現しているOct4-GFP人工遺伝子のRNA発現をPCRで確認する方法の3つの方法がありますが、Oct4蛋白質自体を免染する方法と、Oct4構造遺伝子のRNA発現自体をPCRする方法が一番確実ですよね。
凡ては酸浴するという異常なやり方でGOFマウスを利用したことが原因の誤解から生まれた事件でしたね。若山さん自身も細胞が光ったことはキメラは出来なくても「何物かではある」と誤解した。この誤解はGFPの漏れ出しという丹羽さんの発見で解決しましたね。内在性のOct4構造遺伝子は発現してないのにOct4-GFPが大量に発現した。若山さんは顕微鏡の大家であるからこそ自家蛍光でないことを確認して驚いたんですね。自家蛍光だと思ったら驚くわけがない。自家蛍光も後にためにする誤魔化しに利用されましたね。
でも事実は丹羽さんが再現実験するまで誰も知らなかったのです。これって発見なんですけどね。怪我の功名の発見ですが、基礎研究では日常茶飯事なのは、現象を誤解して何か発見したつもりがトンデモだったと後で分かるなんてのが日常茶飯なのと同様ですよね。
それなのにどうしてこんな問題になるんだよと言うようなことなんですが、これが学さんのおっしゃる人間事象の事故コンタミだということです。
笹井さんはああいうことしちゃいけないですよ。何かいろいろとあったんでしょうね。今となってはね。分かりません。
2023/05/01 URL 編集
レフェリー#1氏のコメントは以下でした。
>>
>研究と結論は意図的にある特定の分野に焦点が当てられていて、他は除かれている。本文から読者は直ぐに刺激が多能性に向けた何らかのリプログラミングを引き起こしていると思ってしまう。このことはテラトーマとキメラ形成によって際立って提示されている。しかし、リプログラミングは一つの説明であるにすぎない。再生、脱分化及び増殖能力、そして異なる組織への分化は又腫瘍を含む癌幹細胞の特徴でもある。私は著者らに遺伝子操作なしの幹細胞様の作成法の発見に関する主張に注意深くあることをお奨めしたい。著者らは処置が遺伝子に引き起こしている実際の効果を調べ、遺伝子の不安定性に気づかないといけない。
こう書かれたので<癌細胞ではないという証明を書いた>のです。この実験は笹井研で若山さんの引っ越し後に行われていることになるので、若山さんは抜き取ることはできません。今残されているいくつかの候補の中にあるものでしょうね。
手記で無くなっていたと書かれているテラトーマ試料は理研若山研で行われていた実験ですが、三誌論文には博論のテラトーマ画像がサプリとして添付されていただけで使われていないが、しかし、無くなっていたと書かれている。1206P。
>
・・・STAP細胞からのテラトーマ実験も複数回行われていたが、それらのサンプルもなくなっていた。・・・
行われていたと書いていて、自分が行ったという具合には書いてませんね。でも石井調査では12/27Haruko以降も何回かテラトーマを作ったと実験ノート記載を根拠に証言している。
若山さんかラボ仲間が行ったのなら、それを抜き取って廃棄したということから、実際にはES等のテラトーマではないかとも疑われるが、論文を書かせるためではありませんね。若山さんは三誌論文では博論のがサプリとして論文内に詳しい説明もなく貼り付けてあっただけだと証言している。三誌論文自体は公表されていないので確認はできません。サイエンスの査読書にもテラトーマに触れたコメントはない。何か怪しい所ではないでしょうかね。
2023/05/01 URL 編集
Ts.Markerさんへ
>>
On day 7, unlike CD45+ cells and like ES cells, low-pH-induced Oct4-GFP+ cells displayed extensive demethylation at the Oct4 and Nanog promoter areas (Fig. 2c), indicating that these cells underwent a substantial reprogramming of epigenetic status in these key genes for pluripotency.
In vitro differentiation assays demonstrated that low-pH-induced Oct4-GFP+ cells gave rise to three-germ-layer derivatives (Fig. 2d) as well as visceral endoderm-like epithelium (Extended Data Fig. 3d). When grafted into mice, low-pH-induced Oct4-GFP+ cell clusters formed teratomas (40%, n = 20) (Fig. 2e and Extended Data Fig. 4a–c) but no teratocarcinomas that persistently contained Oct4-GFP+ cells (n = 50). Because some cellular variation was observed in the signal levels of Oct4-GFP within the clusters, we sorted GFP-strong cells (a major population) and GFP-dim cells (a minor population) by FACS on day 7 and separately injected them into mice. In this case, only GFP-strong cells formed teratomas (Extended Data Fig. 4d).
7日目に、ES細胞と同じように、但しCD45陽性細胞とは異なって、低pH誘導Oct4-GFP陽性細胞はOct4およびNanogのプロモータ領域において、広範囲の脱メチル化を示した(図2c)。それはこれらの細胞が多能性の鍵となる遺伝子のエビジェネティックな状態の顕著な再プログラミングを受けたことを示すものである。
試験管内分化実験は、低pH誘導Oct4-GFP陽性細胞が三胚葉派生体(図2d)ならびに臓側内胚葉様上皮(拡張データ図3d)をもたらしたことを示した。低pH誘導Oct4-GFP陽性細胞クラスターをマウスに移植するとテラトーマを形成した(40%、n =20)(図2e及び拡張データ図4a-c)、しかし、持続的にOct4-GFP陽性細胞を含んでいる奇形癌腫(n=50)はなかった。クラスター内のOct4-GFPの信号レベルでいくつかの細胞の違いが観察されたので、私たちは7日目時点で、FACSによりGFP強発現細胞(多数集団)とGFP弱発現細胞(少数集団)を選別し、それらを別々にマウスに注射した。この場合、GFP強発現細胞のみがテラトーマ形成した(拡張データ図4d)。
2023/05/01 URL 編集
FLSや、その他のstapもやってるかもね。ふふ。
2023/04/30 URL 編集
acrGFPが検出されたのなら、n=50 のものと違う可能性もある。
散らばったgfpを蛍光で探すか、pcrで探すかってかな。
2023/04/30 URL 編集