すでに混入していた可能性を、桂調査委員たちが想像したからこそ、小保方氏に責任を問えないとなっているのでしょう。

oTakeさんです。

＞ES 細胞と TS 細胞の中間のデータが必要としたんですよね。既に FI-SC1, 2 が ES 細胞に近い結果なので、それとは異なる中間的なデータを出すには、若山研での実験作業以外のプロセスがないとあり得ないんですよ。

＞小保方氏が「FI 幹細胞を作った」と言って、FI-SC3 の CD1 10% 混入が後の分析の結果、あぁなるほどね、と思いましたよ。


このエピソードをもって、小保方氏が細胞を混ぜてGRASに持ち込んだとのストーリーが流され、oTakeさんはそれを信じ、小保方ES捏造の根拠にしています。

口コミや噂話だけで、STAP事件を理解している人の考えが良くわかる書き込みです。
小保方氏は幹細胞を作れませんから、小保方氏は、渡された細胞を解凍培養して、GRASへと測定サンプルとして持ち込んだだけですね。
運んだ行動を持って、小保方氏へ疑いを向けています。

細胞からサンプル調整したのは小保方氏でも、小保方氏が作成したものでないので、中身の性状がわかりません。
その細胞が混合物であるのを、小保方氏は知らないからこそ、GRASに持ち込みました。
桂調査委員たちには、こうした小保方氏に、ES細胞を分化調節できるスキルはないことがすぐわかるのでしょうね。

中間の性質を持つように細胞に人工条件付けをする実験は、ES研究のプロにしかできないでしょうから、小保方氏には無理です。
桂調査委員たちは、小保方氏と直接会話して、小保方氏になにができて、何はできないかはわかるでしょうからね。


桂報告書の16頁です。

４）未登録（論文には用いられていない）RNA-seq データの解析により、未登録 RNA-seq
データで用いられていた細胞株／マウス系統は論文のものとは異なり、これらを用いる
と Letter Fig.2i は再現できない

桂報告書の記載は、「小保方氏が様々なバックグラウンドの細胞を寄せ集めて RNA-seq 解析、ChIP-seq 解析を行ったことは自明であり、」とありますが、これは、小保方氏が幹細胞を作ったという意味ではありません。
解析というのはあいまいな言葉で、実験の責任者であるかのような印象を与えています。
あくまで、小保方氏は、GRASで測定するための最終のサンプルを調整したにすぎません。
また、GRASへ持ち込んだ時期は、すでに若山研究室でのSTAP実験が終わった後です。

桂報告書のこの部分
＞これらの複数のデータから論文に採用されたデータを取捨したのは小保方氏と笹井氏である・・・

これも、出てきた結果を小保方氏と笹井氏が評価したという作業に過ぎません。
彼らは、幹細胞作成にはかかわっていません。

STAP細胞の初期化は、実験ごとにばらつきがあり、幹細胞のような標準的な遺伝子発現をしていないでしょうから、用いるデータをどれにするかによって、当然、図は流動的になります。

つまり、小保方氏や笹井氏の作業は限定的でしかありません。
データ作成者の関与と役割が、桂報告書の最初の部分では、十分に説明されていません。
最初の部分では、各著者の業務分担があいまいに書かれています。
しかし、桂報告書での解説が進むにつれ、はっきりと小保方氏の関わり合い方が低いことが書かれていきます。
つまり、桂調査委員たちの本音として、混ぜる作業の実施は、小保方氏にとって難しいことがわかっているのです。


以下が、桂報告書の記載です。

＞2012 年 8 月に第 1 回目として TS 細胞と FI 幹細胞の RNA-seq 用サンプル(TS1 と FI-SC1)が小保方氏より CDB の GRAS に提供され、シークエンシングが実施された。残されたRNA-seq データの解析により、第 1 回目のサンプルは、TS1 と FI-SC1 ともに 129xB6 へテロ系統マウス由来のものであり、TS 細胞は CAG-GFP が、FI 幹細胞は Acr-GFP/CAG-GFP が挿入された細胞から取得されていることも強く示唆された。第 1 回目の GRAS による RNA-seq データ解析結果が想定していたものと異なっているとの理由により、小保方氏らは、再度サンプルを 2013 年 1 月および 6 月に GRAS に提供し (TS細胞 1 種類(TS2)および FI 幹細胞 2 種類(FI-SC2、FI-SC3))、データの再シークエンスを実施した。再シークエンスを実施した FI 幹細胞 RNA-seq は、1 種類が Acr-GFP/CAG-GFP挿入を持つ 129xB6 へテロ系統由来であり(FI-SC2)、もう 1 種類が論文に採用された　Oct4-GFP 挿入を持つ B6 ホモ系統由来データに 10%程度の別細胞(CD1 の可能性が高い)由　来データが混じったもの(FI-SC3)となっている。これら2種類のTS細胞RNA-seqデータ、　3 種類の FI 幹細胞 RNA-seq データは、どのデータを採用するかにより、Letter Fig.2iに示された樹形（発現プロファイルの類似度に基づいた系統樹）が変わることが確認された。これらの複数のデータから論文に採用されたデータを取捨したのは小保方氏と笹井氏であるが、その理由は、小保方氏によれば、サンプルの中で中間的なものを示そうと考えたとのことであった。



以下を読むとわかりますが、桂調査委員たちは、小保方氏への聞き取り調査の結果、幹細胞の状況を知らない小保方氏に気付いています。
つまり、小保方氏は、自らGRASに持参しているサンプルの遺伝子背景の中身を把握していませんでした。
小保方氏が預かった細胞、あるいは渡された時点ですでに混入していた可能性を、桂調査委員たちが想像したからこそ、小保方氏に責任を問えないとなっているのでしょう。

自らが故意で混ぜたサンプルを、犯人が持ち込むことなど考えられません。


＞小保方氏が様々なバックグラウンドの細胞を寄せ集めて RNA-seq 解析、ChIP-seq 解析を行ったことは自明であり、論文の記載や公共データベースに登録時の記載と異なる系統や GFP 挿入のあるマウスの使用や、本来比較対象とならないデータを並べて論文に使用したことは不正の疑いを持たれて当然のことである。しかし、聞き取り調査などを通じて小保方氏は「条件を揃える」という研究者としての基本原理を認識していなかった可能性が極めて高く、意図的な捏造であったとまでは認定できないと思われる。一方、FI 幹細胞データに関しては当初の解析結果が同氏の希望の分布をとらなかったこと、それにより同氏が追加解析を実施していること、当初解析結果と追加解析結果で使用したマウスの種類も含め結果が異なること、複数細胞種を混ぜた可能性が高いこと（故意か過失かは不明）から不正の可能性が示されるが、どのようにサンプルを用意したかを含め同氏本人の記憶しかないため、意図的な捏造との確証を持つには至らなかった。よって、捏造に当たる研究不正とは認められない。
なお、RNA-seq はライブラリ調製の前までを小保方氏が行った上で GRAS がシークエンスしており、GRAS 内に残されていたオリジナルデータの確認により、シークエンス後に計算機上で混ぜられたものではないことが確認されているため、GRAS に持ち込まれた段階で混入していたと考えるのが妥当である。


桂調査委員たちが、事件当事者たちに聞きこみを行っても、誰も、自らのミスあるいは故意を認めていません。
しかし、桂調査委員会は、誰がどの実験をやったのかの想像はつくと思います。
小保方氏には、幹細胞を作れないと桂報告書は明記しているから、小保方氏が渡された時点で混じっていたとの考えは当然あります。
小保方氏も、この問題には詳細をのべていないし、又、桂調査委員会も、明らかにしたくないのではないでしょうか？



上記で書いたように、まざったサンプルがあるからといって、小保方氏が混ぜたの証拠はどこにもありません。
しかし、ES捏造説者にとっては、このエピソードは、捏造の動かぬ証拠としての主張になってます。
oTakeさん、澪標さんは主張してますね。



ESもTSも人工的な細胞で、培地条件で、分化を、止めている細胞だ。
それぞれ遺伝子発現が移行していく仮定で、分化を止める物質や条件を作っていかなければならない。
つまり、中間の細胞を得る作業は難しい。
遺伝子発現を人工的に止めて検索しないと、実験の精度がばらつくと予想される。

オースティンスミス論文は、長い研究の経緯と、多くの論文を示し、ESからエピブラストの分化研究の複雑性・多様性を示している。
遺伝子発現の実験は、分化を人工的にとめた幹細胞で行って、安定した実験結果を得ようとしている。

つまり、ＴＳ，ＥＳの中間の性質などを求める実験なるものは、小保方氏のキャリアで達成できるものでなく、小保方氏本人も、そのような意図を持っているわけでもないことが、調査委員にわかるのです。そして、調査委員たちも、細胞分化のコントロールの難しさはわかっているのです。


しかし、非専門の研究者たちは、初期化細胞の性状、細胞混合の不安定性などには無頓着なのだろう。

ESねつ造説をかかげる非専門家たちは、細胞にとって不可能か？可能か？の線引きもあいまいな人たちだから、小保方氏が混ぜて世間を騙したとしか考えないのである。

桂調査書は、ES捏造説を、表面的に支持する素振りを示しているが、本音は小保方氏の単独関与を否定している。小保方氏のデータ整理が不十分と書いている一方で、若山研究室における小保方氏の役割の限界を書いている。

一言居士さん指摘のように、サンプルや画像のとり間違えは、小保方氏だけのものでなく、上司や実験協力者のミスも考えられる。

桂調査書は、表面的に小保方のミスであるかのような印象操作がなされてるだけで、実験の真実はあいまいにしている。

桂調査書は、「解析」なる語句を使って、小保方責任であるかのように書く一方で、TＣＲ実験の共同作業の実験のように、実際のSTAP実験には複数の実験者が関わっていた経緯を示している。



一つ一つの実験の詳細と責任者を書かない限り、ミスの所在ははっきりしない。桂報告書は、これをしていない。

小保方氏からの実験ノートは、元々、情報の一部でしかない。「解析」なる語句で印象操作したことが、桂調査書の読者にわかるように書かれている。理研の秀才は、わざわざ、そうした書き方をしたのだろう。


とにかく、オリジナルで使われたマウス細胞にESが混入してしまえば、ES細胞に置き換わってしまうから、元マウスを突きとめられなくなってしまう。桂報告書は、使用マウスの記録が無いとも書かれている。