a. 15:00→査読要請の専門性が若山さんの手に負えない部分があって責任著者になった
b. 41:05→笹井さんの書き直し部分
c. 45:20→STAP幹細胞に雌での実験がある(Xist)
d. 49:20→文体の種類
e. 1:25:01→1.免染は使われた抗体で分かる(癌細胞ではない)(テラトーマであることも形態で分かる)2.ES細胞の大きさ3.Oct4-GFPと内在性Oct4遺伝子との対応
f. 1:45:28→小保方さんの豊かな発想力と集中力の才、しかし訓練の未熟、その両極端さがあるのかなという・・・
g. 1:50:07→STAP現象は自分の中でも不思議だが、それが無いと説明できないという現象(キメラができている)、これの白黒は・・・
h. 2:10:38→STAP胎盤は丹羽がみた(TSの胎盤と違う→ntES)
i. 2:16:36→ESによるアーティファクトの可能性は丹羽、小保方とは討論した
j. 2:35:10→図と本文との組み合わせは慎重に1Pごと小保方さんと一緒に行った。
先に端的な話をしないと学さんがイライラされるようですから、本筋から入りましょう。
最終的なレター論文というのは査読要請で分割されてSTAP幹細胞記述の大半がアーティクルに移されました。そして、残された記述の大半はFI幹細胞実験に関する仮説論証になっているわけです。
その実験の内容は、キメラ実験で胎盤貢献能力を示す小保方酸浴細胞をFgf4培地に7~10日間培養するとTS like cell(FI幹細胞)に転換して、これを2Nキメラ胚にインジェクトするとその胎盤の中にCAG-GFPの入った細胞が分布していて光って見えるという実験です。無論TS like cellですから胎児胎盤共にベースがリシピエント胚のもので、胎盤だけがドナーとのキメラになっているということです。
報告書は「76 ページ(「2/29」もしくは「2/19」(いずれか判読不能))」と書いていますが、何が書かれていたかを示していない。しかし、小保方さんの弁護士たちの作った資料には以下のように書かれていたんです。
>>
2月27日
CD45+カルスのテラトーマ切る
Ac or rsc or sacs・・・
AFP
βⅢ 1:200
αSM
2/27は1/24から数えると5週間後です。小保方さんはもう一度やり直してますよね。12/27Harukoが出来すぎていて変だったからHI染色しただけで免染しなかった。その代わりもう一度やり直しているんですよね。「CD45+カルスのテラトーマ切る」と書かれてますよね。「Ac or rsc or sacs」というのは論文にこの細胞の名前をどう書くかということを考えているからですね。この時から既にsacsという名前も考えていたということが分かる。単なるメモ代わりに実験ノートを使っているだけでデータは全部PCにあるのですが、その提出は中の内容にハーヴァード側との連絡事項も含まれているのですから、理研の調査時に提出することはハーヴァ―ド側から厳禁されている。米国にはスパイ防止法があるのです。日本みたいに甘くありませんからね。科学者がこういう仕事をしたくないのなら警察を入れるように法改正しなさいと言うことです。また、日本も先進国並みにちゃんとスパイ防止法を作りなさいということですよね。何時までも仲間内のナアナア体質を清算できないと、プーチンコやシュウチンピラと同じように世界の潮流に取り残されて行くぞということですよね。日本も独裁ロシアや共産チャンコロ糞豚を笑っていられるかということです。世の中はヒッピープサヨの<ル>ンペンが考えているほど甘くないんですね。
この時のを含む何度かのテラト―マ実験のサンプルが無くなっていたと『あの日』に書かれているのです。でもデータはPC内にあった。だから、③The frequency and sizes (weights) of tumours should be presented.という要請に以下の様に答えられたということですよね。
「to avoid possible enhancement of post-graft inflammation caused by this scaffold even in syngenic mice. 」の部分が小保方さんがNOD/Scidマウスを使って成功した理由だと考えていることです。しかし、逆に出来なかった理由がpost-graft inflammation であるのかどうかは確認されているのではなくて、たまたまNOD/Scidマウスを使って成功したからなので、他のマウスで出来なかった理由はpost-graft inflammation以上に、その時のスフィア塊に例えば何らかの体性幹細胞が含まれていなかっただけかも知れないわけです。 若山さんはNOD/Scidマウスは関係ないと考えたから、とにかく免疫反応が起きないマウスなら何でもいいはずだと考えて申請書を書いているんです。この時点で小保方さんがこれまでのテラトーマ実験でリシピエントマウスとしてNOD/Scidマウスを使っていることを論文で確認してはいなかったのではないでしょうかね。
ご指摘の通りだと思います。
ただ、私は、花咲か爺さんが、iPS細胞がヴィルスベクターを使って人工遺伝子を挿入していることが原因で癌化する心配をされていた問題と小保方酸浴細胞が癌細胞だからOct-4GFPを蛍光しているのではないかという問題を混同しているようだから、第一リフェリーの考え方の方を紹介しただけです。
テラトーマは胚性の腫瘍でテラトカルシノーマは既に分化完了している体細胞の、特に上皮系の腫瘍を言うわけですが、酸浴細胞はリンパ球が主なものですから、第一、第二リフェリー達の言ってるように、腫瘍化しているリンパ球を拾っているのが原因ではないかとか、酸浴によって腫瘍化しているのではないかとかいう疑義があるわけですから、小保方さんはそれらの質問に答えないといけないわけです。
この時に、笹井さん、小保方さん側として、癌化細胞をキメラ胚に入れてキメラが生まれるか、バカタレが、とは言えないわけです。無論、バカタレたる査読者たちの心の中では、基本そんな細胞からキメラはできないよという常識からくるいかがわしさを感じているんですが、そんなことは言えないから、事故コンタミしたんじゃないのと言ってるんだし、これらはネイチャー誌ですが、サイエンス誌の第一リフェリーはご承知のように酷い侮辱的とも言える言辞を吐いていますよね。
>>
I suspect that the results are artifacts derived from the following processes: (1) the tendency of cells with GFP reporters to go green as they are dying. (2) the ease of cross contamination of cell lines kept in the same lab.
御引用の第2リフェリーの指摘は以下の4件でした。
②は最初に川田龍平議員が国会で取り上げてNOD/Scidマウスの存在を理研に問い合わせましたから有名ですね。
>>
①How many cells were grafted for the teratoma assay?
②Why were NOD/Scid rather than syngeneic mice used as recipients?
③The frequency and sizes (weights) of tumours should be presented.
④ Are they teratomas or teratocarcinomas (easily monitored via Oct4-GFP)?
若山さんも②に関してisogenicマウスで構わないと思ったし、BALB/C-nu/nuで十分だと思ったからこういう申請にしているわけです。
ヴァカンティ氏の耳マウスはBALB/C-nu/nuという免疫不全マウスを使って作られているので、小保方さんだってハーヴァードで最初はそれを使ったと思いますが、出来なかったから超免疫不全マウスであるNOD/Scidマウスを使ったらたまたまその時に出来たから博論まではずっとこのマウスを使用していたわけです。
ところがアーティクル論文のマテメソにこのマウスが使われていると書かれていたので、川田龍平議員の国会質問なったわけです。
以下のアーティクル論文のマテメソの文章に②に関しての回答が書き込まれているわけです。
>>
In vivo differentiation assay
1 × 10^7 STAP cells were seeded onto a sheet composed of a non-woven mesh of polyglycolic acid fibres (3 × 3 × 1 mm; 200 μm in pore diameter), cultured for 24 h in DMEM + 10% FBS, and implanted subcutaneously into the dorsal flanks of 4-week-old mice. In this experiment, to better support tumour formation from slow growing STAP cells by keeping cells in a locally dense manner, we implanted STAP cells with artificial scaffold made of polyglycolic acid fibres. Given the artificial nature of the material, we used NOD/SCID mice as hosts, to avoid possible enhancement of post-graft inflammation caused by this scaffold even in syngenic mice. STAP stem cells were dissociated into single cells and cell suspension containing 1 × 107 cells was injected into the testis. Six weeks later, the implants were analysed using histochemical techniques.
こちらでは初めてコメントします。
テラトカルシノーマについて、議論されていますが、私は単純に
Referee #2のテラトーマに関するコメント
How many cells were grafted for the teratoma assay? Why were NOD/Scid rather than syngeneic mice used as recipients? The frequency and sizes (weights) of tumours should be presented. Are they teratomas or teratocarcinomas (easily monitored via Oct4-GFP)?
ともあれ、以下の文章がどういう意図で書かれたのかは以上のことを踏まえて初めて理解できますよね。 >> ③When grafted into mice, low-pH-induced Oct4-GFP+ cell clusters formed teratomas (40%, n = 20) (Fig. 2e and Extended Data Fig. 4a–c) but no teratocarcinomas that persistently contained Oct4-GFP+ cells (n = 50).
「When grafted into mice, low-pH-induced Oct4-GFP+ cell clusters formed teratomas (40%, n = 20) (Fig. 2e and Extended Data Fig. 4a–c)」という文章が最初にあったんです。最初は(40%, n = 20)についてだけ書かれていた。そこに一段目、二段目の実験が加えられたことで以下の表が作製されたのです。
向こうのコメント欄の往診には行ってませんが花咲か爺さんのアルツハイマーは学さんの引用からでも十分に見て取れますね。 以下の部分の解釈ですね。 >> ③When grafted into mice, low-pH-induced Oct4-GFP+ cell clusters formed teratomas (40%, n = 20) (Fig. 2e and Extended Data Fig. 4a–c) but no teratocarcinomas that persistently contained Oct4-GFP+ cells (n = 50).
笹井さんの作成した投稿時原稿に最初にあった文章は「When grafted into mice, low-pH-induced Oct4-GFP+ cell clusters formed teratomas (40%, n = 20) (Fig. 2e and Extended Data Fig. 4a–c) 」だったということです。これは若山研での実験結果です。全部若山さんが小保方さんの実験の上から幹細胞を注射しているものです。
コメント
Zscan4
「牡丹花 咲けば切られる 定めかな」
2023/05/20 URL 編集
そーなんだよね。
5月25日には3ライン樹立。(Only1Line I have)
CTS2,3がなく
CTS11~13はある。
7月9日樹立がCTS11~13という明確な記録もなさそうだし。
でもあの写真を撮ったとしたら忘れるわけはないし...
2023/05/20 URL 編集
夜桜夜鷹乞食尼信女念仏
「一言は馬糞の山をネタにする」
「一言は別れを惜しみ手首切り」
2023/05/19 URL 編集
「記憶はない」じゃなかった。
2023/05/19 URL 編集
>>
レターって、実験をやった人が書いてます。一言居士さん指摘のように。元々、若山氏が責任著者だから、笹井氏は、了解無くして書き替えていないと思いますよ。著者らはダイレクトに会話してますからね。
私はそのような指摘はしていませんよ。幹細胞化の論文の執筆は若山さんが小保方さんに指示したので指導はしているが自分では書いていません。
幹細胞化実験自体は若山さんが中心に行ってきたもので、小保方さんは自分の酸浴細胞と若山さんの作った幹細胞である後に笹井さんによって命名されたSTAP幹細胞とFI幹細胞の遺伝子解析を任されているとともに、両方の論文化の仕事も指示されていることが101Pに書かれている。
>>
また、若山先生は後自身で予想されていた通りに、TS細胞用の培地でスフェア細胞を培養するとTS細胞様に増殖することを見出され、後に「FI幹細胞」と名付けられる幹細胞株を樹立した。6月頃には若山先生がFI幹細胞からキメラマウス作成実験を行ったところ、FI幹細胞は胎児も胎盤も形成したと報告を受けていた。こうして、若山先生はSTAP細胞から、ES細胞様の幹細胞株と、キメラマウスを作製した時にSTAP細胞と同様に胎児と胎盤を形成することができる性質を持ったFI幹細胞の2種類の幹細胞株の樹立に成功された。そのため幹細胞株化の論文にはこのFI幹細胞株についてのデータも追加するように若山先生から指示が出され、実験と論文執筆は進められた。
『あの日』103P。
>>
・・・サイエンスからも、レビュワーにはまわるものの2012年8月21日には不採択の連絡が届けられた。・・・「・・・ネイチャーに現在投稿を試みている論文と幹細胞化の論文を2報同時投稿しよう」と提案され、幹細胞化株化の論文の執筆とともに現在投稿中の論文に対するネイチャーからのレビュワーコメントへの反論を用意するように指示された。・・・
そして、笹井さんが記者会見で小保方さんのアーティクル論文は字句や表現の校正に留めたが、レター論文に関しては小保方さんが書きかけていたものにはこだわらずに一から自分が書いたと言ってましたよね。
https://youtu.be/zZ5l-ABjEyc
a. 15:00→査読要請の専門性が若山さんの手に負えない部分があって責任著者になった
b. 41:05→笹井さんの書き直し部分
c. 45:20→STAP幹細胞に雌での実験がある(Xist)
d. 49:20→文体の種類
e. 1:25:01→1.免染は使われた抗体で分かる(癌細胞ではない)(テラトーマであることも形態で分かる)2.ES細胞の大きさ3.Oct4-GFPと内在性Oct4遺伝子との対応
f. 1:45:28→小保方さんの豊かな発想力と集中力の才、しかし訓練の未熟、その両極端さがあるのかなという・・・
g. 1:50:07→STAP現象は自分の中でも不思議だが、それが無いと説明できないという現象(キメラができている)、これの白黒は・・・
h. 2:10:38→STAP胎盤は丹羽がみた(TSの胎盤と違う→ntES)
i. 2:16:36→ESによるアーティファクトの可能性は丹羽、小保方とは討論した
j. 2:35:10→図と本文との組み合わせは慎重に1Pごと小保方さんと一緒に行った。
ということで、どうもレターに関しては「一から自分が書いた」というのはdのアーティクルのディスカッション部の話と混同していたかもしれない。
そして小保方さん自身も114Pに以下の様に書いている。
>>
・・・若山先生に頼まれていたSTAP幹細胞のデータをまとめたレターのほうは、若山先生の指導の下、執筆を進めていたが、草稿の完成には至っていなかった。・・・
若山さんは山梨に小保方さんを連れて行って、幹細胞化は小保方酸浴細胞核使用ntESであることを伝えて後に、ちゃんとした論文を書かせるつもりだったのです。それ以前にそのことをヴァカンティ氏には分からないように小保方さんにだけは気づかせようとして、また、山梨に連れていけた時のために教育を兼ねていろんな実験をやらせていたんです。メチル化実験はその最たるものですよね。キメラはできているのに脱メチル化はしてない。
リンパ球の大きさと、STAP幹細胞の大きさ比較をさせているのに変だと気づかない。全体を見やすくするためにせっかくつけているスケールバーを無視して組写真を作るという有様です。
https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/f/b/fb7cd808.png
2023/05/19 URL 編集
老衰したドブ鼠脳を移植された夜桜夜鷹は・・
後は心臓移植を待つだけだ・・・カリガリ博士がどんな心臓を用意しているのだろう・・・
2023/05/19 URL 編集
2023/05/19 URL 編集
https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/d/e/de948b81.png
若山さんはGOFマウス由来STAP細胞からFgf4培地でTS-like cellへ転換した細胞はないと証言している。ではこの写真は何だということになりますが、小保方さんはデータを笹井さんに渡しただけです。笹井さんが論文原稿をほとんど一から書き起こしているのです。笹井さんはこの写真を見て、論文の文章を書き起こしているのです。もし、このデータが若山さんのものでないとしたら、小保方さんが存在しなかったデータを若山さんから渡されたデータ以外に予め作って加えていたということになるんです。それっておかしくないですか。
8月にデータを渡されたんです。論文化を指示された。若山さんはGOFマウスのリンパ球を小保方さんが酸浴させた細胞の一個のクラスターをFgf4培地で7日間誘導したら、ばらけながら一度Oct4発現が消えて行きながら、その後新たにFgf4培地に継代したら、全体にうっすらとOct4発現が広がった写真を渡したというこの写真の存在を否定していることになる。
この写真の元の細胞がCAGマウスということはありません。CAGはどんな状態でも光り続けています。Oct4-GFPはOct4遺伝子が発現している初期胚の時にのみ発現していて、分化が始まってOct4遺伝子が不要になる時、つまりそのプロモーター部位に結合していたアクティベーター蛋白が供給されなくなると同時に、Oct4遺伝子のRNAも分解されて消失し、Oct4蛋白も消失すると同時に、同じプロモーターに連結されていたOct4-GFP遺伝子のRNAとそのGFPも消失して行くわけです。
これを論文化を頼まれた小保方さんが捏造する理由がありませんよね。渡されたものの解釈をして仮説構築するだけで、存在しないデータを作る必要はありませんね。しかもこのストーリーは笹井さんが書いたので、笹井さんが書いてからそれに合わせて小保方さんが捏造することはできませんから、捏造なら8月に貰ってから12月にヴァカンティ研に帰っていた時までの間に作ることになるが、それなら最初にストーリーを書いたのが小保方さんで、その時になかったこのデータを作ったということになる。どうやって作るのか。
2023/05/19 URL 編集
最終的なレター論文というのは査読要請で分割されてSTAP幹細胞記述の大半がアーティクルに移されました。そして、残された記述の大半はFI幹細胞実験に関する仮説論証になっているわけです。
その実験の内容は、キメラ実験で胎盤貢献能力を示す小保方酸浴細胞をFgf4培地に7~10日間培養するとTS like cell(FI幹細胞)に転換して、これを2Nキメラ胚にインジェクトするとその胎盤の中にCAG-GFPの入った細胞が分布していて光って見えるという実験です。無論TS like cellですから胎児胎盤共にベースがリシピエント胚のもので、胎盤だけがドナーとのキメラになっているということです。
ICRのリシピエントマウスとCAGマウス由来の細胞をドナーにしたキメラ実験では、
①リシピエントマウスはCAGは入ってないから光りはしないが自然発生で胎児胎盤の両方になる。
②STAPキメラは胎児胎盤ともに光る。
③ESキメラは胎児のみ光って胎盤は光らない。
④ntESキメラも今まで確認した人はいなかったが、胎児のみ光って胎盤は光らないと思い込まれていた。
⑤TSキメラは胎盤のみ光る。
⑥FI幹細胞キメラは胎盤のみ光る。
2023/05/19 URL 編集
さて、それは一時おいておいて、笹井さんのレター論文執筆に戻って、小保方さんは1月の「新年の挨拶をするには遅すぎる頃」に日本に帰ってきた。14日の松の内を過ぎた頃でしょうかね。近年は車社会なので来客にお屠蘇をふるまうこともできませんから仕事始めの挨拶を済ませたら直ぐに日常業務に戻る多忙の会社も多いですが、公的機関ですから早くとも1月の半ば過ぎですね。自己点検報告書に「笹井 GD は、引き続き小保方氏とともに第 2 の論文(ネイチャー誌レター論文)の執筆を進めた。」時期です。二報投稿は3月11日の深夜です。
自己点検報告書ではアーティクル論文に続いてレター論文を書いたとしていますが、『あの日』ではこの時にアーティクル論文も含めてレター論文の二報論文を書き上げをしていて、ヴァカンティ氏に渡した笹井さんのリヴァイズ草稿とは別に更に二人で二報をリヴァイズしたように書かれている。1月16日から始めたと仮定してして3月11日までの55日間です。笹井さんは幹細胞化のデータを見て3時間もあれば書き上げられるが、小保方さんのために執筆指導をしてあげるということになったが、若山さんに見てもらうために若山さんが理研に居るまでの間の投稿を目指すという方針になっていたようですね。
この55日間に、笹井さんは小保方さんへの論文指導をしながらレター論文を書き上げるわけですが、その論文を見たヴァカンティ氏も若山さんもとても喜んだという話になっている。
まだ書き上げていないのですから知財は仕事に入っていけませんが、三者共同出願は決まっていますから、まずはヴァカンティ氏が提出している仮出願書の内容を調べるくらいの事は当然しています。4月24日までにすべてを終わらせないといけませんから出来ることは全部済ませて待っていなければならない。この時に先程述べた若山さんの特許申請手続き書類はどうなっていたのかということです。これは理研内にある筈なのですから、二報論文の提出を待つ前にチェックされている筈ですよね。しかし、これに関する情報は全くありません。
後に特許出願書の書きざまを確認する時に分かることもありますね。
2023/05/19 URL 編集
学さんへ
**********
実験をしたのは責任著者です。
>さて、このレター論文を書いたのは笹井さんです。
**********
その通りですよ。何も矛盾してませんよね。実験をしたのは責任著者で、そのデータと小保方さんの説明をもとに最終的な投稿レター論文を書いたのは笹井さんです。断定して構わないことです。今からその内容に入るのですが、それ以前に笹井さん参加前の事情を知っておかなければならないでしょ。関連してますからね。
2023/05/19 URL 編集
1.ネイチャー誌投稿とリジェクト(4月中)
2.ヴァカンティ氏の米国特許仮出願(4/24)
3.ntESのFgf4培地誘導実験の開始(CTS-1実験は4月頃開始5/25樹立)
4.三大誌チャレンジが決まった後の西川氏のTCR再構成確認アドヴァイス(ネイチャー誌リジェクト後、4月末か5月初頭)
そして幹細胞化実験の結果が出た8月頃に『手記』102Pの出来事が起きる。
>>
2012年8月になると、若山先生は幹細胞化の特許申請の手続きを開始された。若山先生はのちに「STAP幹細胞」と名前がつけられる、増殖性の低いスフェアから増殖するように変化させた幹細胞化の仕事は若山研の研究成果であり、アメリカの研究室にはなんら権利はないと主張していた。
「主張していた」というのは小保方さんが傍で聞いていた話です。「幹細胞化の特許申請の手続き」が完了したのかどうかは知られていませんし、その事務書類も、有無も含めて、公表されていない。当然ですが、そこにntES化したという事実が記載されていないままで、特許成立してしまってから発覚すると巨額な賠償になる。そんなことをするはずがありませんから、ntES化したということは伏せたままでの申請になるしかありませんが、これもそんな申請で通るわけもありませんから、事実申請書類があるのなら、キメラが出来て幹細胞化したという、後の二報論文の主旨のままに申請しているということになり、仮に嘘がバレると小保方さんが自分にES細胞を渡していたのだというしかなくなる。
この辺りの時期というのは山梨大の研究所建物建築完了の2カ月前の時期だということも合わせて考慮しておかねばならない。何時研究所所長兼務が決まったかと言うと、2012年3月末以前ですね。最初から研究所所長兼務ではなかった。2012年3月が理研の10年任期満了の時点で正式に山梨大の教授に就任している。これは最初から決まっている人事で、最初から研究所所長兼務も決まっていたのならこの2012年3月末に山梨大の建物建設は既に完工していなければいけません。入札が5月頃で完工が10月でしたから、所長兼務は後に追加決定されているのです。だから引っ越しが1年延期されたんです。
続きです。
>>
実際に、若山先生は、若山先生自身に51%、私に39%、バカンティ先生と小島先生に5%ずつの特許配分を理研の特許部門に提案した。
小保方さんの酸浴細胞はハーヴァドでのスフィア塊発見から連続している研究ですから、若山さんがこんな主張をすることはできません。もともと共同研究契約書が存在していないことを忘れてはいけませんよね。小保方さんは便宜的な客員登録で酸浴実験をしていますから、契約されていない以上理研には何の権利もないばかりか、この研究は国内法的に違法でもあるわけです。
客員受け入れした時には震災避難でイレギュラーに預かってやって、その後に小保方さんがGOFマウスを使っての実験をつづけさせて欲しいという願いを聞いて、どうせダメになって帰るまでという安易な受け入れ延長をしているわけです。正式には外国の研究のために約定もなく日本国の国民の税金で運営されている理研の資材を使わせている違法行為なんです。でも、震災の特殊事情から西川副所長の判断で安易な受け入れ延長がなされていたわけです。そこには小保方さん自身は日本人だということもあって日本人の教育に資するという研修生受け入れに似た目的感覚もあったんですね。
「理研の特許部門に提案した」というのは事実ですね。メールの記録があるようです。
続きです。
>>
当時の理研の特許部門の担当者に若山先生から贈られたメールの中には、「若山研のホラボメンバーはスフェアの作製も細胞株化もまあまあできる」などと記されていた。この頃には特許申請の範囲を広げるためか、仔ラットを若山さんから突然渡され細胞塊の作製を急がされるなど、強引さが加速して行くようだった。
変な話ですね。どういう雑談なのかは知らないが、
①若山研のホラボメンバーはスフェアの作製も細胞株化もまあまあできる
②いつでも再現できる
③iPS細胞よりすごいものを作った
というのは特許事務に必要な情報とは全く無関係な話ですよね。小保方さんがこれを知っているのは若山さんがCCで小保方さんにもメール内容が分かるように知らせているからですよね。そして若山さんはこの情報が小保方さんの業務日報を通してヴァカンティ氏の耳にも入ることを知っているわけです。
2023/05/19 URL 編集
理研はここから動き始めたのです。まず笹井さんが論文とデータをざっと見た後にアーティクル論文をリヴァイズしてそれを小保方さんがヴァカンティ氏に説明しに渡米した。その間にも笹井さんとヴァカンティ氏とのメールもしくは電話による相談が進んでいて、この時に特許の話も出ていて理研が手伝うからには三者共同申請特許ということで決着している。その時に当然、笹井さんは既にヴァカンティ氏が米国特許を2012/4/24に仮申請していることを聞かされているわけです。つまり、この時点で本申請するための時間は4カ月を切っているんです。
笹井さんは理研の知財部門に事務手続きを頼むためにもレター論文を早く書かなければなりません。知財が特許クレームするための、この場合は、根拠となる論文が必要です。書かなければ知財も仕事を始められない。
先に『あの日』の中の記述に、共同著者間でレター論文はもっと検証してから出すべきだという話になった時に、若山さんが二報同時に拘った理由を指摘しましたが、この時点ではヴァカンティ氏も笹井さんもネイチャーに拘ってはいなかったということです。ネイチャーは一度出していますから二報同時でなければ受け付けられない。しかし、ヴァカンティ氏も笹井さんもネイチャーである必然性は認めていないわけです。
若山さんが拘った理由はネイチャーの第一査読者がリジェクトしてくれるのを期待したからだということは既に説明しましたが、仮に別の雑誌に掲載したら、レヴェルが低くなるほど通る可能性が高くなる。特にヴァカンティ氏のティシュー誌であれば採用間違いないわけです。
最初にネイチャーにリジェクトとされた時はティシュー誌にでもぶら下げてもらっておいて小保方さんを約束通り渡して欲しいと考えていましたが、今となって天下の理研が参加した上でティシュー誌にぶら下げられて、再現できないとなったら、大問題になってしまうわけです。静かに忘れ去られていくわけには行かなくなっているんです。だから、若山さんは二報同時に拘ったのだと推測したわけです。
では、仮に最初の論文がリジェクトされた時にヴァカンティ氏が自分の主宰誌にぶら下げて小保方さんを渡してくれたと仮定して、この再現ができないと分かった時に、ヴァカンティ研のみならず、他の研究室からも再現できないぞと騒がれた時に、自分が既存ESコンタミさせたみたいだと言う説明で静かに忘れ去られていくものなのかと考えてみると、二つの可能性があるようです。
①一時期は出来ないと騒がれるがいずれ忘れ去られていくとともにヴァカンティ氏も特許仮申請を取り下げることになる。
②若山さんはこのネイチャー誌掲載時点の4月までには既に小保方酸浴細胞核使用ntESキメラの胎盤蛍光を発見しているが、①の前提であると、小保方さんを仮に山梨に連れて行けても、この研究を続けることはできないから、単に最初の目的であった彼女の<努力しうる才能>を育てて、自分のクローン胚研究の進展を期待することになるが、しかし、胎盤蛍光の研究も続けたいのであれば、ヴァカンティ氏に事実を告げて共同研究の道すじを付けなければならない。
2023/05/19 URL 編集
この時の大前提がキメラは酸浴細胞塊のナイフ切り分けで出来たということです。これに関しては笹井さんは再現確認はできません。1月にレター論文に着手しましたが、若山さんは仮に頼まれていたとしても、引っ越しの直前の多忙を理由に断っている筈ですし、笹井さんは信用していますから頼みもしてないのではないでしょうかね。
それにヴァカンティ研との利害調整もやっていて、特許仮申請期限も迫っていて、笹井さんもやることが多かった。
当然ですが、ここは再現してもらわなければいけませんでしたよね。酸浴細胞作りからキメラ胎児確認まで最短20日ですね。準備期間を入れても2カ月あればギリギリ可能だったでしょうね。
2023/05/19 URL 編集
俺はあっちに繰り返し嫌がらせしているだけだぜ。自主閉鎖があるまでな。
そもそもお前は聞かなくていいんだ。そんな義務はないだろうよ。
お前やること無いだけだよな。自ら語りたいこともない。所謂、金魚の糞体質なんだろ。
どうしてそんなに詰まらない人間になってしまったんだ。お前のその極度の詰まらなさは俺には詰まらなくないな。お前の過去を語って見な。聞く者が現れるだろうよ。
例えば、お前は若いころにヨーロッパをヒッピー乞食旅行したわけだ。そこでブリューゲルの茶色に目覚めたんでしょ。そして日本に帰って美術講師になって怠け者の色事師として遊んでいたが、俺がここでブリューゲルの茶色は不思議だとコメントしたことに対して、本物はあんな色じゃねえぞと自分の乞食旅行を自慢げにスノブしたことに対して、俺は何も言ってないのに、運悪く俺の悪友の田中の奴が見とがめて、お前のことを鴨だと喜んでカラカイ始めたわけだ。あいつは以前から俺様が言ってるように中学の時のIQテストでクラスビリだった猛者なんだぜ。どんくらいアホかということはあっちぃ行って花咲か爺言行録を読むだけで正常な人間なら分かるだろうが、俺との雑談でお前が、セルンが光速度より速い速度があると発表したときに、天体の運動に洋梨型軌道があるのだと考えたほどの底なしのアッポ脳だと判明したよな。それを横で聞いて、クラス内での比較ではなく通っていた中学校の差だったのだと田中も気づいて、相手しなくなったようだな。俺は140でビリから2番目だったが田中は139でビリだったんだぜ。1点差であれほどの落差があるんだから、俺はいつも田中をなんて可哀そうな奴なんだと憐れんでいたんだが、お前を見て、なんだか同情して損したなと思った。お前見るところ70程度だろ。
俺は頭がいいから高校に進学したんだが1か月で少年院行きさ。高校の教師がアホの癖しやがって生意気にいつも偉そうな言葉遣いなんで、ちょっとヤキ入れてやろうと思って体育館の裏に連れ込んで顎を拳で触ったら気絶しやがってコンクリに頭を直撃して意識不明になっちまった。俺は空手やっててそのころ握力が80位あったんだぜ。相撲取りにならないかと誘われたことがあるくらいだ。親指と人差し指の指立て伏せ毎日100回やってたからな。運悪くプーチンコみたいな生意気なその糞野郎は生きていたんだが、お陰で俺は退屈な日々を痴愚神礼賛や悲劇の誕生や好色一代男なんかを読んで紛らわす羽目に陥ってしまったんだよ。俺はどんな場所でも優等生なんで一年で院を卒業して、直ぐにとび職の見習いから始めて、やがて自立して会社を経営し始めたのさ。20歳のころだったかな。50歳の時に心筋梗塞で一度死にかけたので、それ以来弟子に会社を譲って、楽隠居さ。
さあ、スカスカのこの物語を潤色すべく、ガンバレや。別れるときに女がお前と別れるなら手首を剃刀で切ってやると言われた時の事ももっと詳しく話してくれよ。その場に俺が居たら手首切るの手伝ってやったんだが、俺はそのころ仕事が忙しくてなあ。悪かったなあ。
ちょぼちょぼ頼むぜ。
2023/05/19 URL 編集
時間差
2023/05/18 URL 編集
2023/05/18 URL 編集
チーズ頭の昔話を聞く人いない
世は平成に移り変わり、女姓天皇も誕生寸前の時、いろりを囲んで老衰した夜鷹の話を辛抱強く聞く、そんな時代ではない。釣りに行くと称しては他所様の干場から、女物下着をくすねる手癖の悪さを意味する。腰巻バァさんの昔話は退屈極まりない。玉がぶら下がっていないと、あんなものだと稲荷の狐達は納得している。知性が欠如しているとあんなものだと・・・
2023/05/18 URL 編集
>>
2月27日
CD45+カルスのテラトーマ切る
Ac or rsc or sacs・・・
AFP
βⅢ 1:200
αSM
2/27は1/24から数えると5週間後です。小保方さんはもう一度やり直してますよね。12/27Harukoが出来すぎていて変だったからHI染色しただけで免染しなかった。その代わりもう一度やり直しているんですよね。「CD45+カルスのテラトーマ切る」と書かれてますよね。「Ac or rsc or sacs」というのは論文にこの細胞の名前をどう書くかということを考えているからですね。この時から既にsacsという名前も考えていたということが分かる。単なるメモ代わりに実験ノートを使っているだけでデータは全部PCにあるのですが、その提出は中の内容にハーヴァード側との連絡事項も含まれているのですから、理研の調査時に提出することはハーヴァ―ド側から厳禁されている。米国にはスパイ防止法があるのです。日本みたいに甘くありませんからね。科学者がこういう仕事をしたくないのなら警察を入れるように法改正しなさいと言うことです。また、日本も先進国並みにちゃんとスパイ防止法を作りなさいということですよね。何時までも仲間内のナアナア体質を清算できないと、プーチンコやシュウチンピラと同じように世界の潮流に取り残されて行くぞということですよね。日本も独裁ロシアや共産チャンコロ糞豚を笑っていられるかということです。世の中はヒッピープサヨの<ル>ンペンが考えているほど甘くないんですね。
この時のを含む何度かのテラト―マ実験のサンプルが無くなっていたと『あの日』に書かれているのです。でもデータはPC内にあった。だから、③The frequency and sizes (weights) of tumours should be presented.という要請に以下の様に答えられたということですよね。
https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/e/7/e73f15ea.png
取り敢えず釣りです。んじゃ。
2023/05/18 URL 編集
*******************
>>
(4)本画像データが学位論文に由来することに対する認識について
不服申立て者は、テラトーマに係る本画像データについて、「ある意味、チャンピオンデータであった」、「学位論文の実験で、本件画像データのように非常にきれいなテラトーマの写真ができたことは少なかった」旨、3 月 19、23 日に説明した。
・・・
これらの状況は、2 月 20 日の説明等に付加して異なる実験条件下で得られた学位論文の画像データを使用したことについて自ら話すつもりがなかったことを示すものである。
・・・
画像 C は、テラトーマの由来に関する疑義が再度生じることを避けるために、保存していたテラトーマの切片を免疫染色して作成した画像データであって、投稿時には存在しなかったものである。この画像データ(画像 C)は、論文1の Figure 2e 上段の HE 染色と同じテラトーマから作成されたものではあるが、画像 B と同一のテラトーマから作成されたかという点については明ら
かになっていない。
(イ)この点について、不服申立て者は、免疫染色結果も瓜二つであったため、2012 年 6月に取得された、脾臓由来の STAP 細胞から作成されたテラトーマの免疫染色ではなく、従来から使っていたアセンブリ画像を使用した旨、説明している。本件画像データと画像 B を比較すると、少なくともそれぞれの対合する染色像間での印象はかなり異なっており、異なる実験条件下で、瓜二つの免疫染色の結果が得られること自体希有なことであると考えられるところであり、瓜二つであったとの説明には、納得しがたい点があると言わざるを得ない。
・・・
ウ 画像 B の存在について
(ア)画像 B について、不服申立て者は、補充書(1)において、実験ノートの 75 ページの記述をもとに、正しいと主張する画像 B の元となるテラトーマが 2012 年 1 月 24 日に取り出されたなどとする。
(イ)しかしながら、75 ページには日付がなく、近傍のページで日付があるのは、73 ページ(「6/28」)、76 ページ(「2/29」もしくは「2/19」(いずれか判読不能))、81 ページ(「10月」)のみである(いずれも年の記載なし)。このように、75 ページに記載されている実験が 2012 年 1 月 24 日に行われたことを確認できない。また、75 ページには、このテラトーマがどのような細胞と方法を用いて作製されたかについては記載されていない。
(ウ)不服申立て者は、実験ノートの 117 ページの記述をもとに、正しいと主張する画像 Bが 2012 年 6 月 9 日に撮影された、としている(補充書(1)「第3、3」及び同「第3、4」等)。しかし 117 ページには日付がなく、「染色(Differentiation assay)(ES コロニー)」と記載されているだけで、これがどのようなサンプルを、どのような抗体を用いて染色されたのかについては記載されていない。Differentiation assay は、通常、細胞の分化能を検証する実験を意味し、論文1の Methods でも In vitro differentiation assay の項目があり、STAP 細胞の培養条件を変えることにより異なる胚葉の細胞に分化誘導し、免疫染色を行っている。また In vivo differentiation assay の項目もあり、この実験では STAP 細胞を免疫不全マウスの皮下に移植し、テラトーマの形成実験を行っている。117 ページの Differentiation assay については、(Differentiation assay)の記載に(ES コロニー)とも併記されていることから、In vitro differentiation assay の可能性も考えられるが、どちらを意味するのかは不明である。これ以外にも、テラトーマと思われる染色を行っているとされるが、その由来は不明であり、画像 B との関連も不明である。
(エ)テラトーマを取り出してからすぐに免疫染色などの解析を行うのが通常である。サンプルの保存中にタンパク質などの分解あるいは変性が生じ、抗体の反応性の消失または低下をきたす可能性があるためである。2012 年 1 月 24 日にテラトーマを取り出してから2012年6月9日に免疫染色解析を行ったという説明には違和感を感じざるを得ない。また、この間、不服申立て者は、当該研究内容の論文を、4 月に Nature 誌(2012 年論文)、6 月に Cell 誌、7 月に Science 誌に投稿している。2012 年論文では成体マウスの脾臓細胞を用いた研究内容であったが、Cell 誌への投稿論文より新生仔の脾臓を用いた内容へと変更を行っている。本研究におけるテラトーマの解析の重要性を考えれば、新生仔の脾臓細胞から作成された STAP 細胞に由来するテラトーマの画像 B(2012 年 6 月 9 日作成)を、Cell 誌投稿以降の投稿論文に使用しなかったことは、なおさら理解し難いものである。
(オ)不服申立て者は、実験ノートの 99 ページの記述をもとに、2012 年 2 月 27 日には、テラトーマの免疫染色実験が行われ、2012 年 3 月上旬に画像 B のような画像 B’が撮影された可能性が高い、としている(補充書(1)「第3、4」)。このような主張は、不服申立て者自身がどのような実験を、何時行ったかを、実験ノートから特定できないことを示している。
(カ)実験ノートは、どのような実験が、何時行われたかを示す一次資料であり、提出された実験ノートからは、正しいと主張する画像 B がどのように得られたかについて科学的に実証することは不可能である
(キ)不服申立て者には、得られたデータを綿密に検討することをしていなかったことも
うかがわれ、また、いわゆるチャンピオンデータにこだわっていたともうかがわれる点が
ある(チャンピオンデータは、頻度は低いながら非常にうまく行った実験のデータを意味
し、2012 年論文の投稿時からチャンピオンデータであるとするこのデータが使用されてい
た。)。
********************
実験ノートは日付順ですから年度は推測できますよね。報告書に書かれている事を整理すると以下です。
73P 6/23
75P 日付無し 75Pの記述をもとに 2012/1/24 画像Bのもととなるテラトーマが取り出された。
76P 2/29or2/19
81P 10月
99P 99Pの記載をもとに 2012/2/27 テラトーマの免疫染色実験が行われた可能性が高い。2012/3上旬には 画像B’のようなものを撮影した可能性が高い。
117P 117Pの記載をもとに 2012/6/9 画像Bが撮影された。
73Pの6/23というのは75Pの記述の1/24が2012年ですから当然2011年の6/23ということです。小保方さんが客員として戻ってきたころです。この頃から酸浴細胞を作り始めていて10月頃に光り始めるんですよね。11月にキメラが出来たと言われたのでテラトーマ実験を行ったのが12/27なんです。その4週間後の28日後が2012/1/24ですから、小保方さんは計画的に23日から出社し、挨拶を済ませて24日に切り出した。ですから「このように、75 ページに記載されている実験が 2012 年 1 月 24 日に行われたことを確認できない。」というのは小保方さんのティシュー論文さえ読んでいない調査不足だと分かるのです。
ティシュー論文のテラトーマ切り出しは4週間後です。博論はなかなかできなかった所為か6週間後です。
ちゃんと調べろよと言いたくなりますが、実は石井調査で些細なミスを指摘して小保方さんに謝らせて幕引きしたかったんですね。こんな非生産的な仕事は科学者は皆したくないんですよ。だから小保方さんが素直に従って謝ってくれていたら幕引き出来て、彼女も研究は続けられたであろうことは東大の加藤研の事例で分かりますよね。しかし、不服申し立てをしたから渡部報告書ということになった。我々の真意が分からないのかと怒ってますからね。とても意地悪い対応になっているんです。でもこれは調査側が悪いので事件の複雑さに気づいていなかったんですね。バックにヴァカンティ氏が居るのですから小保方さんは引くに引けないのです。それは笹井さんも分かっているんですね。だからあの記者会見になっていて笹井さんは狭間で苦しんだわけです。
2023/05/18 URL 編集
若山さんはNOD/Scidマウスは関係ないと考えたから、とにかく免疫反応が起きないマウスなら何でもいいはずだと考えて申請書を書いているんです。この時点で小保方さんがこれまでのテラトーマ実験でリシピエントマウスとしてNOD/Scidマウスを使っていることを論文で確認してはいなかったのではないでしょうかね。
ともあれ、12/27Harukoが申請されたBALB/C-nu/nuで行われたことは事実確認されています。そしてこれは上から若山さんが幹細胞を注射したんです。
また、その後引き続き何度か行われたとされるテラトーマ実験もBALB/C-nu/nuで行われていることは申請がそうなので他のマウスは使えませんから、NOD/Scidマウスでないことは間違いない。
2023/05/18 URL 編集
モンキーさんへ
ただ、私は、花咲か爺さんが、iPS細胞がヴィルスベクターを使って人工遺伝子を挿入していることが原因で癌化する心配をされていた問題と小保方酸浴細胞が癌細胞だからOct-4GFPを蛍光しているのではないかという問題を混同しているようだから、第一リフェリーの考え方の方を紹介しただけです。
テラトーマは胚性の腫瘍でテラトカルシノーマは既に分化完了している体細胞の、特に上皮系の腫瘍を言うわけですが、酸浴細胞はリンパ球が主なものですから、第一、第二リフェリー達の言ってるように、腫瘍化しているリンパ球を拾っているのが原因ではないかとか、酸浴によって腫瘍化しているのではないかとかいう疑義があるわけですから、小保方さんはそれらの質問に答えないといけないわけです。
この時に、笹井さん、小保方さん側として、癌化細胞をキメラ胚に入れてキメラが生まれるか、バカタレが、とは言えないわけです。無論、バカタレたる査読者たちの心の中では、基本そんな細胞からキメラはできないよという常識からくるいかがわしさを感じているんですが、そんなことは言えないから、事故コンタミしたんじゃないのと言ってるんだし、これらはネイチャー誌ですが、サイエンス誌の第一リフェリーはご承知のように酷い侮辱的とも言える言辞を吐いていますよね。
>>
I suspect that the results are artifacts derived from the following processes: (1) the tendency of cells with GFP reporters to go green as they are dying. (2) the ease of cross contamination of cell lines kept in the same lab.
理研若山ラボはしょっちゅうクロスコンタミがあるような低レヴェルのラボだと言ってることになります。学さんもコンタミは起こりうるものだという主張ですが、しかし、起こりうるものだから少なくとも一流とされているラボでは起こらないような細心の注意が払われている結果、ほとんど起こらないのだということでないと、仕事にはなりませんよね。
理研は日本では一流とされている研究所です。若山さんのラボも一流なのですからそんなことはないんです。サイエンスの第一レフェリーは論文の余りに非常識なクレームに瞬発的に怒りを感じたのだと思いますね。文章にそれがよく出ていると感じますね。実際、コンタミなんてなかったので、キメラが出来たというのが嘘だっただけですよね。何故そうなったのかということが事件の核心だったわけです。若山さんはそんなことを言われて怒りもしません。なぜなら落としてもらわないと困りますからね。
御引用の第2リフェリーの指摘は以下の4件でした。
②は最初に川田龍平議員が国会で取り上げてNOD/Scidマウスの存在を理研に問い合わせましたから有名ですね。
>>
①How many cells were grafted for the teratoma assay?
②Why were NOD/Scid rather than syngeneic mice used as recipients?
③The frequency and sizes (weights) of tumours should be presented.
④ Are they teratomas or teratocarcinomas (easily monitored via Oct4-GFP)?
若山さんが小保方さんのための動物実験計画申請書にテラトーマ実験用に準備したのはヌードマウスとこのsyngeneic miceとしてのB6でした。
https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/d/0/d07508bb.png
若山さんも②に関してisogenicマウスで構わないと思ったし、BALB/C-nu/nuで十分だと思ったからこういう申請にしているわけです。
ヴァカンティ氏の耳マウスはBALB/C-nu/nuという免疫不全マウスを使って作られているので、小保方さんだってハーヴァードで最初はそれを使ったと思いますが、出来なかったから超免疫不全マウスであるNOD/Scidマウスを使ったらたまたまその時に出来たから博論まではずっとこのマウスを使用していたわけです。
ところがアーティクル論文のマテメソにこのマウスが使われていると書かれていたので、川田龍平議員の国会質問なったわけです。
以下のアーティクル論文のマテメソの文章に②に関しての回答が書き込まれているわけです。
>>
In vivo differentiation assay
1 × 10^7 STAP cells were seeded onto a sheet composed of a non-woven mesh of polyglycolic acid fibres (3 × 3 × 1 mm; 200 μm in pore diameter), cultured for 24 h in DMEM + 10% FBS, and implanted subcutaneously into the dorsal flanks of 4-week-old mice. In this experiment, to better support tumour formation from slow growing STAP cells by keeping cells in a locally dense manner, we implanted STAP cells with artificial scaffold made of polyglycolic acid fibres. Given the artificial nature of the material, we used NOD/SCID mice as hosts, to avoid possible enhancement of post-graft inflammation caused by this scaffold even in syngenic mice. STAP stem cells were dissociated into single cells and cell suspension containing 1 × 107 cells was injected into the testis. Six weeks later, the implants were analysed using histochemical techniques.
2023/05/18 URL 編集
テラトカルシノーマについて
テラトカルシノーマについて、議論されていますが、私は単純に
Referee #2のテラトーマに関するコメント
How many cells were grafted for the teratoma assay? Why were NOD/Scid rather than syngeneic mice used as recipients? The frequency and sizes (weights) of tumours should be presented. Are they teratomas or teratocarcinomas (easily monitored via Oct4-GFP)?
を受けて追加されたのではないかと考えています。
この指摘を受けてからOct4-GFPについて調べ直したのか、すでに調べてあったのか、どのように調べたのかに興味があります。
2023/05/17 URL 編集
老衰したドブ鼠の脳は火花を発し、灰に成りつつある
手癖の悪さも前より酷くなってきた。
あの穴が開いたチーズの様なドブ鼠の老衰脳も、空っぽだった脳に取っては、恵みのエネルギーになっているのだろう・・・
ハーレルヤ、ハーレルヤ・・教会に住み着いた老衰ドブネズミだったかも知れない・・・
2023/05/17 URL 編集
取り敢えず釣りです。んじゃ。
あ、因みにレター論文の実験はES細胞ではできません。ntES細胞だったから出来たものがあるのです。まだまだ研究途上なのです。
*********
①小保方さんの酸浴細胞の実験結果は本物です。
②若山さんの小保方酸浴細胞核使用ntESキメラ実験は本物です。
**********
2023/05/17 URL 編集
**********
>若山先生が作成した FI-SC1, 2 は、ES 細胞に近い性質だった。そして、それらは CAG-GFPで、Oct4-GFP の FI 幹細胞が存在していなかった。これが発覚したのが小保方氏が若山研での実験終了後、笹井研で論文を執筆していた頃ですからね。ES 細胞と TS 細胞の中間のデータが必要としたんですよね。既に FI-SC1, 2 が ES 細胞に近い結果なので、それとは異なる中間的なデータを出すには、若山研での実験作業以外のプロセスがないとあり得ないんですよ。この作業は小保方氏しかいない。小保方氏が「FI 幹細胞を作った」と言って、FI-SC3 の CD1 10% 混入が後の分析の結果、あぁなるほどね、と思いましたよ。
小保方氏曰く、何をやっても増殖しないはずの酸浴細胞が、増殖性を備えた FI 幹細胞を作ったわけだ。しかも、保存していないといいながら、小保方研試料リストに小保方作 FI 幹細胞(CTS)記載あり(笑笑笑)
>嘘ついてるのバレバレじゃないか(笑笑笑)
**********
2023/05/17 URL 編集
” 小保方研試料リストに小保方作 FI 幹細胞 ”
石碑が建ちそうだな。
②” 小保方研試料リストに小保方作 FI 幹細胞 ”
騒いでゴマカ○気なんかな~...。
③letter 論文 ESで全て可能ですかね。
この件はレター論文を読み進めば分かってくるでしょうね。これから始めます。
その前に私が止めている懸案がある。
**********
①若山先生が作成した FI-SC1, 2 は、ES 細胞に近い性質だった。
②そして、それらは CAG-GFPで、Oct4-GFP の FI 幹細胞が存在していなかった。
知恵の浅瀬を渡る下々たちの巣くう向こうのブログのアホさ加減を示すのにちょうどいい見本として、ここまでは昨日大笑いしたところです。次は、
③これが発覚したのが小保方氏が若山研での実験終了後、笹井研で論文を執筆していた頃ですからね。
からですね。
**********
2023/05/17 URL 編集
ともあれ、以下の文章がどういう意図で書かれたのかは以上のことを踏まえて初めて理解できますよね。
>>
③When grafted into mice, low-pH-induced Oct4-GFP+ cell clusters formed teratomas (40%, n = 20) (Fig. 2e and Extended Data Fig. 4a–c) but no teratocarcinomas that persistently contained Oct4-GFP+ cells (n = 50).
「When grafted into mice, low-pH-induced Oct4-GFP+ cell clusters formed teratomas (40%, n = 20) (Fig. 2e and Extended Data Fig. 4a–c)」という文章が最初にあったんです。最初は(40%, n = 20)についてだけ書かれていた。そこに一段目、二段目の実験が加えられたことで以下の表が作製されたのです。
https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/e/7/e73f15ea.png
そして、本文中に「but no teratocarcinomas that persistently contained Oct4-GFP+ cells (n = 50).」と書き加えられた。(n = 50)なんです。特に一段目の3/20はOct4-GFP蛍光細胞だけをFACS選別しましたよと主張しているのです。そこに癌化細胞は認められなかったと。では蛍光してなかった細胞が癌化するなんてこともないじゃないかと言ってしまうと、それは査読者をからかうことになってしまうから、黙ってるんです。こういうのをレトリックというんです。
論文を通してもらいたいわけです。如何に笹井さんがこのレフェリーより優れているとしても、選択判断するのはレフェリーですから、配慮するに決まってますよね。馬鹿じゃないんですから。笹井さんは無論このリヴァイズ実験を知ってますよ。小保方さんは既にいくばくかの予算を持っていますが、まだ自分の部屋の改修が済んでませんから笹井研に居て、いろんな器具や薬剤の提供は笹井研から受けているんですね。だから笹井さんは全部知っている。
2023/05/17 URL 編集
老衰したドブ鼠の脳を移植された夜鷹バァさんは元気だ
2023/05/17 URL 編集
また、査読書は著者達以外には持っていませんから、小保方さんであり得ない以上若山さんが流出させたものです。桃子本302P。
>>
五月のある日、私はどうしてもほしかったある資料を入手した。…資料は、掲載時を含む計四回の投稿論文と査読コメント、関連資料の一式だった。
三誌論文と二報論文のそれぞれの投稿論文とその査読書です。若山さん以外から出ることはありませんが、本人から直接か、理研が調査時に若山さんから入手して松崎が流出させたのかは分かりません。小保方さんは調査時に提出しないと非難されていますから、若山さんに決まっているのです。
2023/05/17 URL 編集
>>
一人目の査読者が初稿当時の一人目と同じ人物であることは明らかだった。
若山さんがネイチャー投稿に拘ったのはこの人に回るから必ず落としてくれると思っていたからです。
ちょっと長いですが、この第一レフェリーのアーティクル論文に関するコメントの海賊版翻訳を示しておきましょう。
********************
>リフェリー #1 (著者への所見)
>
>この現在の論文では、著者らは、多能性へ向けた細胞核のリプログラム過程での細胞への刺激の役割を重要視している。これはとても興味深く、恐らく革新的な論文である。しかし、結論に導く説明とデータは幾分推論に過ぎず、かつ、一部は手始めの段階である。
>
>研究と結論は意図的にある特定の分野に焦点が当てられていて、他は除かれている。本文から読者は直ぐに刺激が多能性に向けた何らかのリプログラミングを引き起こしていると思ってしまう。このことはテラトーマとキメラ形成によって際立って提示されている。しかし、リプログラミングは一つの説明であるにすぎない。再生、脱分化及び増殖能力、そして異なる組織への分化は又腫瘍を含む癌幹細胞の特徴でもある。私は著者らに遺伝子操作なしの幹細胞様の作成法の発見に関する主張に注意深くあることをお奨めしたい。著者らは処置が遺伝子に引き起こしている実際の効果を調べ、遺伝子の不安定性に気づかないといけない。
>
>著者らは、体細胞系譜決定が遺伝子修飾に働きかけることによってのみ強力に変化させ得ると、又、その過程は自然には生じないと、読者を信じるように導いている。遺憾ながら私は同意しない。これは心筋細胞の部分的分化が心臓疾患治癒の原因となって以降のケースとは違う(Senyo et al.,2012 nature 事例を参照)。面白いことに、細胞系譜決定の動的平衡が癌幹細胞培養維持にも又示されてきている(Gupte et al.,2011 Cell 事例)。私見では、これらの事例は、著者らによって為されている主張に反して、哺乳動物体細胞は遺伝子修飾無しに、脱分化能力を持つことを示している。
>
>施された細胞処置が遺伝子異常を引き起こす可能性に加えて、大量細胞死を引き起こしていることも明白である。著者らはその後の実験の流れに沿って、生き残った細胞に意識を向けて、図1に細胞数計測見積を示しているが、それは恐らく最善の実験ではない。著者らは細胞死の数量を実証し、かつ示し、そしてこれをOct4-GFP観測と同時にCD45陽性細胞を共染色することで実行しなければならない。これはPI/Annexin-Vを使ってできる簡単な実験である。
>
>著者らは観測されている過程が実際に細胞転換に思えるのか、腫瘍化なのかを定義するように努力しないといけない。比較はOct4-GFP陽性細胞と非処理CD45陽性細胞との間で行われているが、最善の内部コントロールは処理中にできてくるOct4-GFP陰性細胞の集団である。
>
>図1bは適正に示されていない。すべてのコントロール細胞を含む適切な識別手法が示されなければならない。同様に、それぞれのパネルはきちんとラベルしておかないといけない。読者はなぜ非処理のCD45陽性細胞が(三日目の)CD45の減少を示すことになったり、7日目までの完全に非処理の独立した細胞集団ですら減少することになるのか戸迷うことになる。又、著者らは、過剰造血細胞系列と前駆細胞を含むCD45陽性細胞としての出発点の細胞集団の特性定義を求められている。
>
>著者らはSTAP細胞が小さいということによって何を主張したいのか? 何の関係があるのか? 何故? 葉状仮足って何? 著者らは、これらの実験の背後にある疑問や仮説が何に関するものなのか、又何が結論として引き出されてくるのかを解説すべきだ。査読者である私にはこれらの観察結果の関連が示されているとは見えない。代わりに、クロマチン沈降実験と脱メチル化の情報提供をすると確かにより興味深いのではないか。必ずしもゲノムワイドプロファイリングまでは必要ではないが、簡単なヒストン修飾確認、かつ又は、脱メチル化確認実験があるととても論文の質が高まるのでないか。
>
>FACSのデータは適切に解析されるべきで、論文全体において統計的な処置で表示されなければならない。所謂"代表配列プロット"はそれぞれの分析に適した半定量的単一細胞技法の使い方が悪い。各解析で何度の実験がなされたのか? 細胞タイプ毎のOct4-GFP%の違いを比較するいくつかのグラフはエラーバーすらついてない。エラー変動はどうだったのか? 結果は統計的に重要だったのか?
>
>細胞の転換能力の評価にゲル解析が使えるのではないか。
>
>STAP細胞の意味している新しい"準安定的多能性状態"とES細胞やiPS細胞との違いに焦点を当てるためにRNAマイクロアレイ解析を実施してみるべきである。
>
>いくつかの図にエラーバーがない。実験数、反復実験とそれぞれの統計結果の情報を表示して欲しい。
>
>もっとそれぞれの実験で内部コントロール実験が必要で、例えばCD45陰性GFP陰性の刺激惹起性細胞のようなものだ。(図1の全ての細胞がOct4-GFP陽性ではないので、この集団は全ての実験で別途内部コントロールとして使える。なぜならそれらはまだリプログラムされてない細胞として扱われているからだ。)
>
>もしこれらの細胞が幹細胞であるなら、どうして増殖能力がなく数が減少していくのか。私はこの観察結果は更なる検討に値すると思う。
>
>図3cは明らかにGFP撮影チャンネルの過飽和を示している。
>
>図4eはZO-1を発現している細胞の小さな集団を示している。ES細胞、エピブラスト細胞とSTAP細胞の差異とされているものは、細胞の塊や集団があるための、限定的な違いのある抗体反応の所為でもありうる。このデータからはどんな説明や結論も出してはいけない。(例:採用されているFACS解析)
>
>図1a,1e,1f,1g,1h. 図4aは取り除くべき。これらの図は何の説明にもなってなく、単に何の実際の生物学的に議論された意味合いもない手法に過ぎず、或いは図1の多数のパネルの場合のように、ただ多数の手段を使って提示されているだけの同じ情報に過ぎない。細胞がOct4-GFPを発現していてCD45発現が無くなっていることを言うのに図1において一個のパネルで足りる。
>
>著者らはCD45陽性でかつCD34陰性の集団がOct3/4::GFP陽性細胞の主要な出所だと述べているが、どうしてそう言えることになるのかを、特にCD45陽性細胞が更に分化した状態にあることを考慮して検討すべきだ。初期化学問分野の現近の通説に沿って初期化に関してもっと従順であるべきだ。(神経幹細胞のような体性幹細胞集団の初期化に関する報告書の何れかを見て欲しい。)
>
>2a図の免疫染色はSTAP細胞に多能性マーカー発現を検知したことを示しているが、他の細胞集団にはないように見える。これは正しいのか? 仮に正しいとしても著者らは、このネガティブ集団に関して全く初期化されていないのかどうか、或いは、多能性マーカー蛋白質を失っただけなのかどうか、というこの観点に関して、検討をしないといけない。
********************
2023/05/17 URL 編集
以下の部分の解釈ですね。
>>
③When grafted into mice, low-pH-induced Oct4-GFP+ cell clusters formed teratomas (40%, n = 20) (Fig. 2e and Extended Data Fig. 4a–c) but no teratocarcinomas that persistently contained Oct4-GFP+ cells (n = 50).
③マウスへの移植により、低pH誘導Oct4-GFP陽性細胞クラスターがテラトーマを形成した(40%、n =20)(図2e及び拡張データ図4a-c)。しかし、確実にOct4-GFP陽性細胞を含んでいる奇形癌腫(n=50)はなかった。
何故こういう分かりずらい文章になったのかの原因は査読要請だということをまずは押さえておかないと話が始まりませんが、田中君は私が中学の時の知能指数検査でビリから二番だった時のビリだった私よりあんぽんたんだったんですから無理もありません。査読要請がなかったときの笹井さんが作製した投稿論文がどうなっていたかということを推測できるかという問題です。
笹井さんの作成した投稿時原稿に最初にあった文章は「When grafted into mice, low-pH-induced Oct4-GFP+ cell clusters formed teratomas (40%, n = 20) (Fig. 2e and Extended Data Fig. 4a–c) 」だったということです。これは若山研での実験結果です。全部若山さんが小保方さんの実験の上から幹細胞を注射しているものです。
これは先にも述べましたが若山研時代ですからFACS選別はしていません。Oct4-GFP蛍光しているクラスターを蛍光顕微鏡下の目視で集めてきて、細胞総数を12/27Harukoでは10^5個足場付きでインプラントした。この数はES細胞テラトーマのプロトコルの個数です。キメラが出来ているのでES並みの個数にしてみたのです。
因みに選別時代のティシュー論文では2X10^6個で、これは運よく直ぐに出来たようです。博論時にはなかなか出来なくて10^7個です。小保方さん自身も博論時になかなか出来なくて、博論画像データは謂わばチャンピオンデータだったと証言していますよね。こういうところからも体性幹細胞を拾っている可能性が考えられるんですよね。アーティクル論文では10^7個になってますね。これは12/27Haruko時の数10^5個ではなくて、査読要請から笹井研で再実験した時の数字です。この分は3/20(15%)ですね。若山さんが上から注射した実験では8/20(40%)なんです。
二報論文に関する最初のリヴァイズ要請査読書は以下にある。
http://theartofintelligence.blog.jp/archives/20610471.html
2023/05/17 URL 編集
Zscan4 letter 論文 ESで全て可能ですかね。
それに三途の河がある。
泳いで渡れない、
ヒマラヤから流れてくるガンジス河、氷河の水で凍え死ぬと言われている・・
前にも後にも道はなく富士山が聳えている。
富士山を新幹線から拝もう
京に行こう・・
ギャーテギャーテハラソギャーテ―・・・
2023/05/17 URL 編集
2023/05/17 URL 編集