ES細胞ですからJAK inhibitor添加前にはOct4-GFPが蛍光している。上段は明視野、下段が蛍光顕微鏡視野です。添加後には蛍光が消えている。つまりこのことによってESコンタミしていたら分かるということです。
この写真の小保方さんのレジェンドは以下です。
>>
a–f, JAK inhibitor treatment assay for Fgf4-induced stem cells. Fgf4-induced stem cells were cultured under feeder-free conditions and treated with 0.6 μM JAK inhibitor for 48 h. JAK inhibitor treatment assay eliminated ES cells (Oct4-GFP+) from the culture (a, b). The level of Oct4-GFP expression in Fgf4-induced stem cells, which was moderate, was maintained even after JAK inhibitor treatment (c, d; three independent experiments). Scale bar, 100 μm.
小保方さんは「JAK inhibitor treatment assay eliminated ES cells (Oct4-GFP+) from the culture (a, b).」と書いている。 eliminateというのは排除するという意味ですが、この言葉は査読者の使っている「Presence of ES cells could be excluded by culture in the presence of JAK inhibitor,」のexcludeに対応しているのですが、若干ニュアンスが異なっている。査読者はPresenceを主語にしていて、ESコンタミの発見手法として書いているが、小保方さんの書き方だとあたかもES細胞自体が細胞死して無くなったかのようにも受け取れる書き方になっている。この辺りの小保方さんの理解がどうなのか、私の理解がどうなのかが気になるところですよね。
小保方さんは博士さんなのだし、私はずぶの素人なのですから、常識的には私の理解がおかしいということになるのですが、なぜど素人の私がそれを疑義するかという理由は更に先の分析に進むと分かって来ると思います。
②論文を信じればGOFのFI-SCがあったというのは当然です。そして、小保方さんがリジェンドに「The level of Oct4-GFP expression in Fgf4-induced stem cells, which was moderate,」と書いていて、そもそもFI-SCのOct4発現はES細胞程には強くないというのは画像で確認出来ますよね。FI-SCというのは基本TS likeだとしていますから、全くTSと同じならOct4-GFP expressionは無いのが当たり前です。しかし、元の小保方酸浴細胞であるSTAP細胞自体が胎盤貢献能力があって、トラフォブラスト特異的マーカーであるCdx2やEomesを発現していると同時にESと同様にOct4も発現していて、そこからFgf4誘導したCTSにも同様の性質があるが、それをキメラ胚に入れたら胎盤になっているという証明があるわけです。
で、JAK inhibitor が何かと言うことを調べずにこの文章を正しく訳出しすることはできませんから、調べるとJAKはJanus kinaseという酵素蛋白質の事だと分かる。以下は自動翻訳機が使えて便利です。<ママ>です。 >> Janus kinase (JAK) is a family of intracellular, nonreceptor tyrosine kinases that transduce cytokine-mediated signals via the JAK-STAT pathway. Since members of the type I and type II cytokine receptor families possess no catalytic kinase activity, they rely on the JAK family of tyrosine kinases to phosphorylate and activate downstream proteins involved in their signal transduction pathways. The receptors exist as paired polypeptides, thus exhibiting two intracellular signal-transducing domains. JAKs associate with a proline-rich region in each intracellular domain, which is adjacent to the cell membrane and called a box1/box2 region. After the receptor associates with its respective cytokine/ligand, it goes through a conformational change, bringing the two JAKs close enough to phosphorylate each other. The JAK autophosphorylation induces a conformational change within itself, enabling it to transduce the intracellular signal by further phosphorylating and activating transcription factors called STATs. The activated STATs dissociate from the receptor and form dimers before translocating to the cell nucleus, where they regulate transcription of selected genes.
ヤヌスキナーゼ (JAK) は、JAK-STAT経路を介してサイトカイン媒介シグナルを伝達する細胞内の非受容体チロシンキナーゼのファミリーです。 I 型および II 型サイトカイン受容体ファミリーのメンバーは触媒キナーゼ活性を持たないため、チロシンキナーゼの JAKファミリーに依存してシグナル伝達経路に関与する下流タンパク質をリン酸化し、活性化します。 受容体は対のポリペプチドとして存在し、したがって2つの細胞内シグナル伝達ドメインを示します。 JAKは、細胞膜に隣接し、box1/box2 領域と呼ばれる各細胞内ドメインのプロリンに富む領域と結合します。 受容体がそれぞれのサイトカイン/リガンドと結合した後、構造変化が起こり、2つのJAKが互いにリン酸化できるほど十分に近づきます。 JAKの自己リン酸化はそれ自体の構造変化を誘導し、STATと呼ばれる転写因子をさらにリン酸化して活性化することで細胞内シグナルの伝達を可能にします。 活性化されたSTATは受容体から解離し、細胞核に移行する前に二量体を形成し、そこで選択された遺伝子の転写を制御します。
コメント
Re: 学さん
一言居士さんのため息同一人説は困るけど、彼の論文に基づいた話は大歓迎です。
ため息さんや、plusさんは学びが進みませんね。
自身と全く分野の違う学問を学べる人と、学べない人がいるのは、学とみ子には興味深いのです。
一言居士さんは学びが進んでいるので、学びの進まないため息ブログとは違います。
そこがまた、ため息ブログが激しく攻撃してくることのルーツでもあると思います。
ため息ブログは、わかっていそうな人に対する憎しみの感情が強いように思います。
一言居士さんは、スピンさせたがる性癖ですから、わざとスピン文章を書いていますが、彼は本当はわかっているのです。
2023/05/24 URL 編集
学さん
今はバイエルンの特効薬が出来ていて、一日の服用でサナダ虫を駆除出来ます。
早めに服用を・・・
2023/05/24 URL 編集
学寄生の一言サナダ虫
「サナダ虫朝から長い馬糞垂れ」
2023/05/24 URL 編集
釣りです。んじゃ。
2023/05/24 URL 編集
小保方さんは笹井さんや丹羽さんの指導に従って、実際に実験を行って、その結果をExtended Data Figure 5のa,bで示した。
https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/2/e/2e096b19.png
ES細胞ですからJAK inhibitor添加前にはOct4-GFPが蛍光している。上段は明視野、下段が蛍光顕微鏡視野です。添加後には蛍光が消えている。つまりこのことによってESコンタミしていたら分かるということです。
この写真の小保方さんのレジェンドは以下です。
>>
a–f, JAK inhibitor treatment assay for Fgf4-induced stem cells. Fgf4-induced stem cells were cultured under feeder-free conditions and treated with 0.6 μM JAK inhibitor for 48 h. JAK inhibitor treatment assay eliminated ES cells (Oct4-GFP+) from the culture (a, b). The level of Oct4-GFP expression in Fgf4-induced stem cells, which was moderate, was maintained even after JAK inhibitor treatment (c, d; three independent experiments). Scale bar, 100 μm.
a-f,Fgf4誘導幹細胞に関するJAK阻害剤処理実験。 Fgf4誘導幹細胞をフィーダー細胞無しで培養し、0.6μMのJAK阻害剤で48時間処理した。 JAK阻害剤処理実験は、ES細胞(Oct4-GFP 陽性)を培地から除去した(a、b)。 Fgf4誘導幹細胞におけるOct4-GFP発現のレベルは、中等度ではあるが、JAK阻害剤処理後でも維持された(c、d; 3回の独立した実験)。 スケールバー、100μm。
小保方さんは「JAK inhibitor treatment assay eliminated ES cells (Oct4-GFP+) from the culture (a, b).」と書いている。 eliminateというのは排除するという意味ですが、この言葉は査読者の使っている「Presence of ES cells could be excluded by culture in the presence of JAK inhibitor,」のexcludeに対応しているのですが、若干ニュアンスが異なっている。査読者はPresenceを主語にしていて、ESコンタミの発見手法として書いているが、小保方さんの書き方だとあたかもES細胞自体が細胞死して無くなったかのようにも受け取れる書き方になっている。この辺りの小保方さんの理解がどうなのか、私の理解がどうなのかが気になるところですよね。
小保方さんは博士さんなのだし、私はずぶの素人なのですから、常識的には私の理解がおかしいということになるのですが、なぜど素人の私がそれを疑義するかという理由は更に先の分析に進むと分かって来ると思います。
で、c.dはFI-SCだと書かれている。JAK inhibitor添加後でもOct4-GFPが蛍光していますよね。だからここにはES細胞のコンタミは無いのだ、という証明がされているのです。レジェンドにもそう書かれている。
しかし、ですよ。
①まず最初にOct4-GFPで確認されているというのはESもFI-SCもGOFマウスがドナー細胞の幹細胞だということです。小保方さんはGOFマウスのES細胞は持っていません。学生のGOF ESはntESです。笹井さんと丹羽さんが指導していますから、この細胞は彼らが提供していますね。しかし、FI-SCは彼らは持っていませんから、若山さんから受け取っているCTSしかない筈です。ここにGOFのCTSがあることになっている。報告書はなかったようだと言ってますから、無かったら明白な小保方さんの捏造で、しかも、指導しているのは笹井さんと丹羽さんですからね。彼らにも責任が及ぶことです。不正はなかったと言っている桂報告書がどういう意味でも嘘をついている事は明白ですね。
②論文を信じればGOFのFI-SCがあったというのは当然です。そして、小保方さんがリジェンドに「The level of Oct4-GFP expression in Fgf4-induced stem cells, which was moderate,」と書いていて、そもそもFI-SCのOct4発現はES細胞程には強くないというのは画像で確認出来ますよね。FI-SCというのは基本TS likeだとしていますから、全くTSと同じならOct4-GFP expressionは無いのが当たり前です。しかし、元の小保方酸浴細胞であるSTAP細胞自体が胎盤貢献能力があって、トラフォブラスト特異的マーカーであるCdx2やEomesを発現していると同時にESと同様にOct4も発現していて、そこからFgf4誘導したCTSにも同様の性質があるが、それをキメラ胚に入れたら胎盤になっているという証明があるわけです。
ここに若山さんの胎盤貢献証明と、小保方さんの発現解析の基本になっているGapdhの問題が重なっている可能性がありますよね。後に丹羽さんが発見したGFPの漏れ出し現象と相澤さんの指摘した亜致死下での細胞のGapdh値の不安定性は論文執筆当時には誰も気づいていません。
そしてそこに私の小保方酸浴細胞核使用ntESだとしたらという仮説で全てが解明されるかということです。
2023/05/24 URL 編集
https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/c/b/cbdc9115.png
私の海賊版翻訳はまだこの査読書については途中のままになっています。釣りが一段落する夏になって暇があったら完成させるつもりです。グーグル翻訳機が使えないので日本文を一から書き起こさないといけないのでとても面倒なので途中になっているのです。今後の議論の便宜のためにこの部分だけ訳出ししておきましょう。
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>>
著者らはSTAP細胞由来のTS様細胞は胚由来のTS細胞とは全く別の細胞であると示唆しているが、しかし、そのデータは決定的でなく、しかもSTAP細胞もしくはES細胞の(これはNanog陽性細胞がしばしばあることで説明されうる)しつこいコンタミの可能性がありある。 ES細胞の存在は培地にJAK阻害剤を入れることで排除でき、Oct4蛋白質やNanog蛋白質の免疫染色で観察可能である。次にTS細胞との比較を全RNA発現解析で行うべきである。また、TS様細胞からFgf4を取り除いた時のデータも必要である---そうすることによって栄養巨細胞に分化することはないか?
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英文自体は全く難しくないものですが、専門知識が無いからどう訳しておくかが難しいですね。こういう表現の方がいいとか、そもそもの理解が間違っているということでしたらご指導願いたし。
で、JAK inhibitor が何かと言うことを調べずにこの文章を正しく訳出しすることはできませんから、調べるとJAKはJanus kinaseという酵素蛋白質の事だと分かる。以下は自動翻訳機が使えて便利です。<ママ>です。
>>
Janus kinase (JAK) is a family of intracellular, nonreceptor tyrosine kinases that transduce cytokine-mediated signals via the JAK-STAT pathway. Since members of the type I and type II cytokine receptor families possess no catalytic kinase activity, they rely on the JAK family of tyrosine kinases to phosphorylate and activate downstream proteins involved in their signal transduction pathways. The receptors exist as paired polypeptides, thus exhibiting two intracellular signal-transducing domains. JAKs associate with a proline-rich region in each intracellular domain, which is adjacent to the cell membrane and called a box1/box2 region. After the receptor associates with its respective cytokine/ligand, it goes through a conformational change, bringing the two JAKs close enough to phosphorylate each other. The JAK autophosphorylation induces a conformational change within itself, enabling it to transduce the intracellular signal by further phosphorylating and activating transcription factors called STATs. The activated STATs dissociate from the receptor and form dimers before translocating to the cell nucleus, where they regulate transcription of selected genes.
ヤヌスキナーゼ (JAK) は、JAK-STAT経路を介してサイトカイン媒介シグナルを伝達する細胞内の非受容体チロシンキナーゼのファミリーです。 I 型および II 型サイトカイン受容体ファミリーのメンバーは触媒キナーゼ活性を持たないため、チロシンキナーゼの JAKファミリーに依存してシグナル伝達経路に関与する下流タンパク質をリン酸化し、活性化します。 受容体は対のポリペプチドとして存在し、したがって2つの細胞内シグナル伝達ドメインを示します。 JAKは、細胞膜に隣接し、box1/box2 領域と呼ばれる各細胞内ドメインのプロリンに富む領域と結合します。 受容体がそれぞれのサイトカイン/リガンドと結合した後、構造変化が起こり、2つのJAKが互いにリン酸化できるほど十分に近づきます。 JAKの自己リン酸化はそれ自体の構造変化を誘導し、STATと呼ばれる転写因子をさらにリン酸化して活性化することで細胞内シグナルの伝達を可能にします。 活性化されたSTATは受容体から解離し、細胞核に移行する前に二量体を形成し、そこで選択された遺伝子の転写を制御します。
2023/05/24 URL 編集
学さんへ
その通りです。コンフィデンシャルなんです。著者しか持っていません。小保方さんが筆頭著者ですから小保方さん宛てに来る。実際のメールはコレスポンディングオーサのところに来るのでしょうかね。私は門外漢ですから良くは知りません。先にも書いた通りアッポの桃子が入手して専門家に意見を聞くと称してバラまきましたから、誰かによってネットに拡散されているということを慶応大学の吉村教授が言いながら自分の研究室のブログで公表しているのを私はスクショしておきましたから、拡散している直接の人間は私にとっては吉村氏です。この人はTCR再構成に関してもあらぬことを言ってましたが、今はその時の研究室のサイト内容は全部消去されています。とても怪しい人ですね。
査読書は著者間で共有されますが著者以外は持っていません。必ず採用されるとは限りませんからその内容は研究者にとっては他に知られたくないことだから秘密情報として扱われるわけです。査読者として好ましくない研究者を提出者側から予め指定して置けるのもライバルの研究者をできるだけ排除できるようにしておくためですね。事実かどうかは分からないが二報論文ではiPS細胞の山中さんも指定されていたということまでアッポ桃子は書いていますから、本当なら情報の提供者が若山さんだということは自明なんですね。
若山さんはこの時点ではもはや小保方さんに全てを押し付けて逃げるしか方法が無い所にまで追い詰められているんですね。
2023/05/24 URL 編集
学さんへ
この査読文をズーと読んでく作業って、老人には辛いです。早く読み終えたいと思ってしまいます。
私のブログの画面は拡大縮小出来る筈ですよ。
学さんは外出先からスマホ書き込みされることがおありだとお聞きしている。多分それほど視力が弱いということはないのだと思いますが、このデータはPDF画像をスクリーンショットで保存しているものですから文字が鮮明でないので読みにくいと思いますね。
因みに私はPCのモニター画面として42インチの4Kのテレビを買って来て使用しています。4Kの液晶画面は専用のPCモニターと変わらないくらい細密です。
昨日の夕方、仲間の情報でダムのワンドにヘラ玉が沢山あるという連絡が入りましたので今から確認に行きます。魚が入っていたら釣りますから午後まで戻りません。まだでしたら2時間以内に戻ることになるでしよう。問題のJAKiの実験に入れることになる。
んじゃ。
2023/05/23 URL 編集
一言サナダ虫
まだ薄皮をつけたままなのだ。
小保方・弁護士を告訴できなかった、法的には弱者の泣寝入り組なのだか、スピッツの様に鳴いて泣いているだけだから、本来スピッツは猟犬なのだが・・・
2023/05/23 URL 編集
o竹
一度も近寄った事がない、生理的に好まない。
だから「学」さんのブログで書証を公表して欲しい、泣寝入りではないとするならば、素っ裸になる必要がある。チンチンは見せなくていいから・・・
2023/05/23 URL 編集
どうしたチンピラ
草稿? 必要ないだろうが。早く告訴しろ。ネコフンジャッタ糞醜女が。
2023/05/22 URL 編集
変態ペルドン
まぁ、それを見た、楠本英正、中村公政がかなり慌ててましたが(笑)
これらに慌ててて火消ししようと隠蔽工作しようとしたのがOoboeだよ。
真実を知ったTeabreak氏やDORA氏は発狂してましたし(笑)
やっちまったものは、どうにもできないですからねー
2023/05/22 URL 編集
o竹
時効成立したのかね、していなければ「告訴」・・
せめて「書証」の公表を、確認したいね・・小保方晴子の強迫・強圧・・・
2023/05/22 URL 編集
誤認じゃねーよ
2023/05/22 URL 編集
o竹の誤認
「M弁護士の訴訟も匂わす下手な法廷戦術から、話しが明後日の方向に飛んでいき、手記の出版も経たりした挙句、残り火のようにまだ話題が続いていた」
ですねえ。
騒動の時系列を記述しているので、「M弁護士の訴訟も匂わす下手な法廷戦術」とは、手記の出版よりも前のことなんですよ。
2023/05/22 URL 編集
サナダムシ<ル>ンペンへ
ほんとうだなあ。お前にぴったりだ。がはははは。
2023/05/22 URL 編集
学ブログに寄生する一言サナダムシ
おまえに相応しい名前だ・・・
2023/05/22 URL 編集
私が貼り付けているのは査読文の後半の第二レフェリーです。
査読書は以下です。再掲します。
http://theartofintelligence.blog.jp/archives/20610471.html
この8Pの下から11行目からのパラグラフが私の引用した以下です。
https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/c/b/cbdc9115.png
ちと釣りです。
2023/05/22 URL 編集