捏造実験している研究者がこれだけ丁寧に捏造実験サンプルを保管するかということを考えればシャバダバ桂の虚偽報告は自明ですよね。
しかもこれらの実験で使われた細胞のRNAデータはデータバンクに登録されていますよね。
レタ―論文の末尾に提示されている。
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RNA-seq and ChIP-seq files have been submitted to the NCBI BioSample databases under accessions SAMN02393426, SAMN02393427, SAMN02393428, SAMN02393429, SAMN02393430, SAMN02393431, SAMN02393432, SAMN02393433, SAMN02393434 and SAMN02393435.
①にa-fと定義されていて、②にunder feeder-free conditionsと書かれているので常識的にはこのunder feeder-free conditionsはa-fにまたがると理解するのが当然です。 そして③でESではこうなるというコントロールを示して、その後に④でFI-SCはESではないと証明した。3回確認した(three independent experiments)と書いていますよね。 その後に⑤が続くわけですが、ここに繰り返し、「 Fgf4-induced stem cells were plated in trophoblast stem-cell medium containing Fgf4と書かれていて、あたかも最初に②で「Fgf4-induced stem cells were cultured under feeder-free conditions and treated with 0.6 μM JAK inhibitor for 48 h.」と書いてc.dで3回度確認した実験とは別にまた、新たに解凍したかの様にも受け取れる書き方をしているわけです。そのときに解凍したままでトリプシン処理でバラシてないのではないかという疑いはe,fの明視野画像を見る限りない。というのもトリプシン処理しないままだと幹細胞はフィーダー細胞の中に埋もれていますが、画像は浮遊培養状態です。 ですから常識的に考えて、白矢印の先がフィーダー細胞であるとしたら、トリプシン処理でバラシて幹細胞だけを拾い出す時にフィーダーも一緒に吸い取ったというような事故しか考えられないわけです。
⑤e, f, For an additional control, Fgf4-induced stem cells were plated in trophoblast stem-cell medium containing Fgf4 together with Oct4-GFP ES cells that constitutively expressed BFP (the number of plated cells was one-tenth of that of plated Fgf4-induced stem cells).
②Fgf4-induced stem cells were cultured under feeder-free conditions and treated with 0.6 μM JAK inhibitor for 48 h.
⑥Whereas BFP-expressing colonies (ES-cell-derived) still expressed Oct4-GFP in trophoblast stem-cell culture medium after 2 days (e), no Oct4-GFP+ colonies from BFP-expressing ES cells were observed in the JAK-inhibitor-treated culture (f).
②もう一つの可能性はこの矢印の先にある細胞集団がフィーダー細胞ではないかと推測されることです。小保方さんが間違えて青太矢印以外はFI-SCだと早とちりして大きめの細胞塊に安易に白矢印を付けたのではないかという疑義です。丹羽さんのプロトコルにはFI-SC培地はon feederだと書かれている。
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FI stem cell conversion culture
1. STAP cell clusters were transferred to Fgf4-containing trophoblast stem-cell medium (Tanaka et al, Science, 1998) on MEF feeder cells in 96-well plates (Obokata, Nature, 2014b).
FI幹細胞変換培養
1. STAP細胞クラスターがFGF4を含む96ウェルプレート中のMEFフィーダー細胞上のTS細胞<栄養芽層幹細胞>培地 (Tanaka et al, Science, 1998)に移される (Obokata, Nature, 2014b)。
ただし、このExtended Data Figure 5-a~fのレジェンドは以下で、under feeder-free conditionsというのはトリプシン処理でフィーダー細胞を取り除いた状態ということです。
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a–f, JAK inhibitor treatment assay for Fgf4-induced stem cells. Fgf4-induced stem cells were cultured under feeder-free conditions and treated with 0.6 μM JAK inhibitor for 48 h. JAK inhibitor treatment assay eliminated ES cells (Oct4-GFP+) from the culture (a, b). The level of Oct4-GFP expression in Fgf4-induced stem cells, which was moderate, was maintained even after JAK inhibitor treatment (c, d; three independent experiments). Scale bar, 100 μm.e, f, For an additional control, Fgf4-induced stem cells were plated in trophoblast stem-cell medium containing Fgf4 together with Oct4-GFP ES cells that constitutively expressed BFP (the number of plated cells was one-tenth of that of plated Fgf4-induced stem cells). Whereas BFP-expressing colonies (ES-cell-derived) still expressed Oct4-GFP in trophoblast stem-cell culture medium after 2 days (e), no Oct4-GFP+ colonies from BFP-expressing ES cells were observed in the JAK-inhibitor-treated culture (f).
①a–f, JAK inhibitor treatment assay for Fgf4-induced stem cells.
②Fgf4-induced stem cells were cultured under feeder-free conditions and treated with 0.6 μM JAK inhibitor for 48 h.
③ JAK inhibitor treatment assay eliminated ES cells (Oct4-GFP+) from the culture (a, b).
④The level of Oct4-GFP expression in Fgf4-induced stem cells, which was moderate, was maintained even after JAK inhibitor treatment (c, d; three independent experiments). Scale bar, 100 μm.
⑤e, f, For an additional control, Fgf4-induced stem cells were plated in trophoblast stem-cell medium containing Fgf4 together with Oct4-GFP ES cells that constitutively expressed BFP (the number of plated cells was one-tenth of that of plated Fgf4-induced stem cells).
⑥Whereas BFP-expressing colonies (ES-cell-derived) still expressed Oct4-GFP in trophoblast stem-cell culture medium after 2 days (e), no Oct4-GFP+ colonies from BFP-expressing ES cells were observed in the JAK-inhibitor-treated culture (f).
次に、この実験指導は笹井さんと丹羽さんが行っているんです。何故それが分かるかと言うと、BFP-transfected Oct4-GFP ES cellsは小保方さんは持っていないから笹井研か丹羽研から提供されているわけです。これは公表されていないが丹羽研の提供だと思います。なぜなら、TS細胞を丹羽さんが提供していて、そのマウス背景がCD1(ICRマウス)だということは公表されています。従ってこのBFP-transfected Oct4-GFP ES cellsの提供も丹羽研だということが推定できるのと、恐らくそのマウス背景もCD1(ICRマウス)ではないかと推測されるわけです。
小保方さんはレジェンドに「For an additional control,」と書いていて、これは無論abとcdの実験に加えてという意味で、疑い深い査読者に向けて、abとcdの実験結果を同時に証明するという意図で笹井さんと丹羽さんが実証実験プランをアドバイズしたものです。
笹井さんと丹羽さんは小保方さんのレジェンドの書き間違いに気づいてないだけで、実験結果は知っているんですね。
レジェンドです。
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e, f, For an additional control, Fgf4-induced stem cells were plated in trophoblast stem-cell medium containing Fgf4 together with Oct4-GFP ES cells that constitutively expressed BFP (the number of plated cells was one-tenth of that of plated Fgf4-induced stem cells). Whereas BFP-expressing colonies (ES-cell-derived) still expressed Oct4-GFP in trophoblast stem-cell culture medium after 2 days (e), no Oct4-GFP+ colonies from BFP-expressing ES cells were observed in the JAK-inhibitor-treated culture (f).
キャプチャーにある[FI-SC+10% BFP-transfected Oct4-GFP ES cells]はレジェンドでは<Oct4-GFP ES cells that constitutively expressed BFP (the number of plated cells was one-tenth of that of plated Fgf4-induced stem cells). と書かれている。
問題は<constitutively expressed BFP>ですよね。
[FI-SC+10% BFP-transfected Oct4-GFP ES cells]の[10% BFP-transfected Oct4-GFP ES cells]というのはOct-GFPとCAG-BFPの共挿入ES細胞を全体の量の10%程度入れたと言っているわけです。
実際に図を確認すると、BFP-transfected Oct4-GFP ES cellsは太青矢印で指示されている。上段が明視野、中段がグリーンフィルターでの蛍光顕微鏡視野、下段がブルーフィルターでの蛍光顕微鏡視野視野です。左のe図がJAK-inhibitor添加前、右のf図が添加48時間後です。GFPは消えているがBFPは消えていない。ES細胞の多能性はJAK-inhibitorを添加することによって、分化の方向に細胞分裂が進むのでOct4遺伝子発現が無くなるからOct4-GFPの緑色蛍光が消えるのですが、CAG-BFPはプロモーターがOct4プロモーターではないのですから、細胞の多能性とは無関係に恒常的に青色蛍光しているわけです。これが実験事実です。
それに対してレジェンドの説明が変だということをまず確認しなければなりませんよね。
コメント
馬鹿が。
2023/05/27 URL 編集
セイヤセイヤ
学さんが削除したのは・・・
「老婆ホームで寝たきりの学さんを、看護人の溜息老婆が毎日、オシメを取り換えている。その溜息もパンパスを穿いている。唯一の慰めはトイレに行かずに済むと言う事だ」
2023/05/27 URL 編集
ペルドンさん
「久しぶりに溜息ブログを覗いて見たが、・・」で始まるペルドン氏のコメントが消されているが、これは自主削除ではなく、学さんが黙って消したんだな。
内容は、溜息が「学老婆」に論文の翻訳をして差し上げているというようなもので、若干、溜息寄りだが今までと変わりはない。
強いて言えば「学老婆」が気に入らないのだろうが、それを削除の基準にすると、一言居士のコメントは多くが引っかかる。実名を出して、アッポだのシャバダバダだと言っているからだ。
学さんも自分に関することだけ黙って消して済むことじゃない、基準を示さなければならなくなった。
こうして一言居士に関わったブログは潰れていく。
2023/05/27 URL 編集
サナダ虫<ル>ンペン
ぎひひひひ。
2023/05/27 URL 編集
一言サナダ虫
ありゃ御両人を揶揄したものだ。摘みは一言サナダ虫・・
おまえの存在はそんなものなのだ・・サナダ虫・・・
2023/05/27 URL 編集
⑥一方 RNA-seq (Truseq)データの解析からは、
⑦FI 幹細胞は Oct4-GFP が挿入された B6 ホモ系統、
⑧CD45+と STAP 細胞は CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統、
⑨STAP 幹細胞は Acr-GFP/CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統由来であることが示唆された。
要するに以下だと言っている。
https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/3/3/33ab9998.png
2023/05/27 URL 編集
https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/3/1/31905337.png
丹羽さんのTSは2013年の1月の実験ですが、それ以外は若山研です。この1月の時にシーケンサーで全部調べておくべきだったと小保方さんは悔やんでいるわけです。
8月頃というのはいろいろあった時でこの後10月に小保方さんは帰米するわけです。AC129はこの時に既に「僕のマウス」になっている。STAP細胞も「僕のマウス」になっていますよね。小保方さんが129を渡されて「僕のマウス」ESを返したからAC129になったのではありませんね。渡されたマウスも「僕のマウス」です。これを129ローザを渡したと小保方さんには言い、桂調査には129を渡したのにAC129になったと言っているのが若山さんです。大日向も「ワンツーナインではありません」とたわけている。この時からもう既に小保方さんに押し付けようとしていることになる。まだ小保方さんは帰っていません。若山研に所属しているのです。何故か。とても錯綜している場所なんですね。山形大の研究所の建築も完成間近です。
ここで既に小保方さんが用無しになっていると私が疑義している原因があるんですけどね。まあ、先を急ぎますまい。
2023/05/27 URL 編集
②しかし、ChIP-seq input データの解析から、
③FI幹細胞は Acr-GFP/CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統、
④CD45+細胞は Oct4-GFP が挿入された B6 ホモ系統、
⑤STAP 細胞, STAP 幹細胞は CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統由来であることが強く示唆された。
③は岡部マウスとのF1、④はGOFマウスですが、⑤がおかしいですよね。Acr-CAGの存在は③で既に判明しているから、⑤のSTAP細胞とSTAP幹細胞はCAG-GFPと書かれていて、Acr-CAGはAcr-GFPとCAG-GFPなのだからCAG-GFPだという意味ではありえない。つまり「僕のマウス」だと言っているのですが、STAP幹細胞で「僕のマウス」だったと後に解析されたのはAC129です。このChIP-seqの検査は以下の表には日付が書かれていないが2012年の8月頃の筈です。
https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/c/a/ca287deb.png
『あの日』127P。
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多くのサンプルが若山研にいた頃に作製された。論文のデータとしてと使用された細胞には、若山研にいた頃に若山先生からChIP(クロマチン免疫沈降)は行ってもいいが、シーケンサーによる解析は行わないように指示が出されていたものもあった。ChIPの実験では特定のタンパク質の発現しか分からないが、シーケンサーによる解析を行えば、その細胞の由来などが詳細に分かる、「なぜだろう」という疑問を持ちながらも、当時は指示にそのまま従っていた。後に次世代シーケンサーの公開されたデータについても疑義が挙がる。この時に、次世代シーケンサーによる解析を深めていればその後の疑義は起こらなかったと思うと悔やまれる。
2023/05/27 URL 編集
テラトーマのスライドグラス試料「6weeks+PGA 12/27移植 Haruko」を顕微鏡で確認したところ、Article Fig.2eとExtended Data Fig.4a-cの両方の画像が得られた。
一方、同試料のDNA解析により、この試料はES細胞FES1であることが判明した。
(評価)
同じスライドグラスから得られた画像を、2つの異なる試料から得られたと偽った捏造の可能性が考えられた。しかし、他方では、撮影後に過失による画像の取り違えがあった可能性も考えられた。よって、研究不正とは認められない。
Article Fig.2e
Teratoma formation assay of day 7 clusters of Oct4-GFP+cells.
Extended Data Fig.4a-c
Teratomas formed from STAP cell clusters...
逆に取り違えだとCAG-GFP。
2023/05/27 URL 編集
サナダ虫<ル>ンペン
2023/05/27 URL 編集
①論文や公共データベース登録内容に基づくと、これらの解析に用いている細胞株はCD45+細胞、TS 細胞を除いて 129xB6 ヘテロ系統マウス由来であり、挿入されている GFPのタイプは CAG もしくは Oct4 である。
小保方さんは岡部マウスとのF1を渡されていたことを知りません。従って蛍光しているのはCAGだと思っていて、アクロシンGFPが共挿入されていようとなかろうと、そんな確認はしていませんからCAGだと論文に書いているだけです。小保方さんは若山さんが言ったとおりに書いているので、アクロシンGFPが入っていたことに関しての責任はありません。これはローザの件でも同じです。言われないものは書きようもないことです。
CD45+細胞はGOFの脾臓由来ですからOct4-GFPです。因みにGOFはGenomic Oct4 Fragmentsの略です。
また、TSは若山さんの作ったコントロールTSと、
https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/9/8/98b3bb16.png
それが分化しているようだったので丹羽さんが提供したCD1のTSがある。桂報告書スライドの(2012.8)が前者、(2013.1)最終が後者です。
https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/c/a/ca287deb.png
ChIP-seqの⑯⑰⑱とTru-seqの⑬⑭がそうですが、後者は2013.1の系統樹作成時のものの筈なのでSMARTerの分ではないかという気がするので丹羽研?を付けているが、CD1のTSは丹羽研の提供です。
https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/9/6/964811bd.png
2023/05/27 URL 編集
一言サナダ虫
頭を使わなければ怖いもの知らずか・・
学さん処も近々追い出される運命か・・・
2023/05/27 URL 編集
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1)実際に RNA-seq、ChIP-seq に用いた細胞株/マウス系統が論文記載、公共データベース登録内容と異なっている
(調査結果)
論文や公共データベース登録内容に基づくと、これらの解析に用いている細胞株はCD45+細胞、TS 細胞を除いて 129xB6 ヘテロ系統マウス由来であり、挿入されている GFPのタイプは CAG もしくは Oct4 である。しかし、ChIP-seq input データの解析から、FI幹細胞は Acr-GFP/CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統、CD45+細胞は Oct4-GFP が挿入された B6 ホモ系統、STAP 細胞, STAP 幹細胞は CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統由来であることが強く示唆された。一方 RNA-seq (Truseq)データの解析からは、FI 幹細胞は Oct4-GFP が挿入された B6 ホモ系統、CD45+と STAP 細胞は CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統、STAP 幹細胞は Acr-GFP/CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統由来であることが示唆された。このように、RNA-seq における FI 幹細胞ではマウス系統が論文記載のものと異なっており、また ChIP-seq における FI 幹細胞、STAP 幹細胞では論文には記載のないAcr-GFP/CAG-GFP が挿入された細胞が用いられている。これらの実験は全て小保方氏によりサンプル調製がされているため、どのようにサンプルを用意したのかを中心に聞き取り調査を実施したが、その当時あった細胞を集めて用意したとの説明しか得られず、ノート等の記載も見当たらないため詳細は不明であった。
データです。
①論文や公共データベース登録内容に基づくと、これらの解析に用いている細胞株はCD45+細胞、TS 細胞を除いて 129xB6 ヘテロ系統マウス由来であり、挿入されている GFPのタイプは CAG もしくは Oct4 である。
②しかし、ChIP-seq input データの解析から、
③FI幹細胞は Acr-GFP/CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統、
④CD45+細胞は Oct4-GFP が挿入された B6 ホモ系統、
⑤STAP 細胞, STAP 幹細胞は CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統由来であることが強く示唆された。
⑥一方 RNA-seq (Truseq)データの解析からは、
⑦FI 幹細胞は Oct4-GFP が挿入された B6 ホモ系統、
⑧CD45+と STAP 細胞は CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統、
⑨STAP 幹細胞は Acr-GFP/CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統由来であることが示唆された。
⑩このように、RNA-seq における FI 幹細胞ではマウス系統が論文記載のものと異なっており、また ChIP-seq における FI 幹細胞、STAP 幹細胞では論文には記載のないAcr-GFP/CAG-GFP が挿入された細胞が用いられている。これらの実験は全て小保方氏によりサンプル調製がされているため、どのようにサンプルを用意したのかを中心に聞き取り調査を実施したが、その当時あった細胞を集めて用意したとの説明しか得られず、ノート等の記載も見当たらないため詳細は不明であった。
2023/05/27 URL 編集
私のリストのTru-seqの⑦⑧にある若山さん作成のFI-SCこそが桂報告書のスライドにある<B6 Oct4-GFP +α*>で、報告書には<+α*>はCD1だとされているが、それこそが以下の実験時のRNA登録ではないのかということを証明しようとしているわけです。
https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/f/2/f23aedf2.png
6月の筈が1月最終に代えられてましたよね。
https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/c/a/ca287deb.png
小保方さんのサンプルには5/14、5/15という日付もありましたね。
https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/2/5/25427118.png
黒文字、緑文字は小保方さん、青文字は寺下さんです。2013年の5月には小保方研の所属になってますよね。一緒にJAKiの実験を手伝っているんですよ。
https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/e/5/e5c07d11.png
2023/05/27 URL 編集
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2−3−1−2.ChIP-seq や RNA-seq などの公開データに関する疑義
STAP 論文において用いられた NGS データ(RNA-seq、ChIP-seq input データ(公共データベースに公開))、および本研究に関連して取得され、論文には用いられなかった RNA-seqデータを、本調査にてシークエンスした NGS データ(各種ゲノムおよび STAP ChIP-seq inputサンプル由来 DNA)と関連づけて解析することにより、以下の問題点が明らかとなった。
私のリストは登録されているものです。桂調査は登録外のGRASに残されていた解析結果と照合しようとしているということです。RNA-seqは最初Tru-seq、後にSMATer-seqで行われているので、私のリストはそれを分類している。
2023/05/27 URL 編集
さて、まじめな話に戻って、このデータの中にRNA seq、ChIP seq、SMARTer seqという分類が書き込まれている。私のデータにSNARTerとなっているのがあるのはSMARTerのスペルミスであるが訂正が面倒なのでそのままにしている。読み替え願う。
この解析手法別に分類したリストは以下です。作成者名は私が加えています。?は気になるので。
https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/9/6/964811bd.png
2023/05/27 URL 編集
このことは2チャンネルに小保方さんが提出しなければならないことを知らなかったのだとからかい気味に書き込んだ奴がいて、この提出遅れも松崎、林、大日向などのクソガキ共が絡んでないかと怪しいところです。特に、マウスストレーンのF1の雌雄記載が逆になっているところも怪しいところです。どうしてこいつらがこんなに怪しまれるかと言うと、原因は石川告発なんですね。有志が鍵を付け替えたなどと愚かなことを言ってる。こういう奴らのしでかすことは推測可能ですからね。
NHKの例の番組に大日向が出てきてゲルに試料を流し込む小芝居をしながら「ワンツーナインではありません」としゃべりましたよね。AC129の事なんですが、AC129サンプルの実際の中身は「僕のマウス」ESだったわけですが、そのことが分かったのは松崎らの後の解析に依るので、お前たちはどうして先にそれを知っているのだということで、頭隠して尻隠さずのクソガキどもなんですね。
2023/05/27 URL 編集
レター論文に記載されているSAM ナンバーのデータは以下です。↓の欄と照合してください。
https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/3/8/38a6a56b.png
STAP論文関係の全ての登録データは以下です。
https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/c/7/c7527a2f.png
2023/05/27 URL 編集
https://twitter.com/nexta_tv/status/1661738899570593793
2023/05/26 URL 編集
しかもこれらの実験で使われた細胞のRNAデータはデータバンクに登録されていますよね。
レタ―論文の末尾に提示されている。
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RNA-seq and ChIP-seq files have been submitted to the NCBI BioSample databases under accessions SAMN02393426, SAMN02393427, SAMN02393428, SAMN02393429, SAMN02393430, SAMN02393431, SAMN02393432, SAMN02393433, SAMN02393434 and SAMN02393435.
RNA-seqおよびChIP-seqファイルは、SAMBI02393426、SAMN02393427、SAMN02393428、SAMN02393429、SAMN02393430、SAMN02393431、SAMN02393431、SAMN02393432、SAMN02393433、SAMN02393434およびSAMN02393435としてNCBI BioSampleデータベースに提出されている。
遠藤はこれを解析して虚偽論文を書いて小保方さんを陥れる手伝いをしましたね。この分析結果はTs.Markerさんも自分のブログで開示していて皆に見れるようにしてくれている。
2023/05/26 URL 編集
https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/2/5/25427118.png
2023/05/26 URL 編集
https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/0/b/0b57cb6a.png
先程のは以下が証拠です。又糞セイヤの仕業かな。
https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/5/3/53d973bd.png
2023/05/26 URL 編集
2023/05/26 URL 編集
書き込みは出来るようです。
2023/05/26 URL 編集
①もともとの実験データにはどちらにも緑色蛍光があった。
②もしくは小保方さんがe,fの実験時に解凍し直したが、そのときにフィーダー細胞を残してしまって、相変わらずのそそっかしさで白矢印を付け間違えた。
という可能性にとどめておきましょう。
2023/05/26 URL 編集
そして③でESではこうなるというコントロールを示して、その後に④でFI-SCはESではないと証明した。3回確認した(three independent experiments)と書いていますよね。
その後に⑤が続くわけですが、ここに繰り返し、「 Fgf4-induced stem cells were plated in trophoblast stem-cell medium containing Fgf4と書かれていて、あたかも最初に②で「Fgf4-induced stem cells were cultured under feeder-free conditions and treated with 0.6 μM JAK inhibitor for 48 h.」と書いてc.dで3回度確認した実験とは別にまた、新たに解凍したかの様にも受け取れる書き方をしているわけです。そのときに解凍したままでトリプシン処理でバラシてないのではないかという疑いはe,fの明視野画像を見る限りない。というのもトリプシン処理しないままだと幹細胞はフィーダー細胞の中に埋もれていますが、画像は浮遊培養状態です。
ですから常識的に考えて、白矢印の先がフィーダー細胞であるとしたら、トリプシン処理でバラシて幹細胞だけを拾い出す時にフィーダーも一緒に吸い取ったというような事故しか考えられないわけです。
⑤e, f, For an additional control, Fgf4-induced stem cells were plated in trophoblast stem-cell medium containing Fgf4 together with Oct4-GFP ES cells that constitutively expressed BFP (the number of plated cells was one-tenth of that of plated Fgf4-induced stem cells).
②Fgf4-induced stem cells were cultured under feeder-free conditions and treated with 0.6 μM JAK inhibitor for 48 h.
⑥Whereas BFP-expressing colonies (ES-cell-derived) still expressed Oct4-GFP in trophoblast stem-cell culture medium after 2 days (e), no Oct4-GFP+ colonies from BFP-expressing ES cells were observed in the JAK-inhibitor-treated culture (f).
2023/05/26 URL 編集
ではなんであるのか。二つの可能性がある。
①私はまだネイチャー誌が二報論文を無料公開していた時に、論文を自分のパソコンに取り込みましたが、今有料になってからは元の公開論文を再確認していません。この時にコピーでデータを取り込んだので、その時の変換で見えなくなってしまったのかもしれない。また、そもそもの小保方さんのデータには緑色蛍光があったのが、論文画像段階では既に見えなくなっていたのかも知れない。これはですから、私には分かりません。
②もう一つの可能性はこの矢印の先にある細胞集団がフィーダー細胞ではないかと推測されることです。小保方さんが間違えて青太矢印以外はFI-SCだと早とちりして大きめの細胞塊に安易に白矢印を付けたのではないかという疑義です。丹羽さんのプロトコルにはFI-SC培地はon feederだと書かれている。
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FI stem cell conversion culture
1. STAP cell clusters were transferred to Fgf4-containing trophoblast stem-cell medium (Tanaka et al, Science, 1998) on MEF feeder cells in 96-well plates (Obokata, Nature, 2014b).
FI幹細胞変換培養
1. STAP細胞クラスターがFGF4を含む96ウェルプレート中のMEFフィーダー細胞上のTS細胞<栄養芽層幹細胞>培地 (Tanaka et al, Science, 1998)に移される (Obokata, Nature, 2014b)。
通常ES細胞の培養に使うフィーダー細胞にはガンマ線照射で増殖しないように処理されたマウスの線維芽細胞が使われている。このTS培地でもMEF、即ちマウス胎児線維芽細胞 (Mouse Embryonic Fibroblast)が使われているわけです。小保方さんが間違えて解凍したままの培養細胞でこの実験を行うとフィーダー細胞の入ったままの実験になる。
ただし、このExtended Data Figure 5-a~fのレジェンドは以下で、under feeder-free conditionsというのはトリプシン処理でフィーダー細胞を取り除いた状態ということです。
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a–f, JAK inhibitor treatment assay for Fgf4-induced stem cells. Fgf4-induced stem cells were cultured under feeder-free conditions and treated with 0.6 μM JAK inhibitor for 48 h. JAK inhibitor treatment assay eliminated ES cells (Oct4-GFP+) from the culture (a, b). The level of Oct4-GFP expression in Fgf4-induced stem cells, which was moderate, was maintained even after JAK inhibitor treatment (c, d; three independent experiments). Scale bar, 100 μm.e, f, For an additional control, Fgf4-induced stem cells were plated in trophoblast stem-cell medium containing Fgf4 together with Oct4-GFP ES cells that constitutively expressed BFP (the number of plated cells was one-tenth of that of plated Fgf4-induced stem cells). Whereas BFP-expressing colonies (ES-cell-derived) still expressed Oct4-GFP in trophoblast stem-cell culture medium after 2 days (e), no Oct4-GFP+ colonies from BFP-expressing ES cells were observed in the JAK-inhibitor-treated culture (f).
a-f,Fgf4誘導幹細胞に関するJAK阻害剤処理実験。 Fgf4誘導幹細胞をフィーダー細胞無しで培養し、0.6μMのJAK阻害剤で48時間処理した。 JAK阻害剤処理実験は、ES細胞(Oct4-GFP 陽性)を培地から除去した(a、b)。 Fgf4誘導幹細胞におけるOct4-GFP発現のレベルは、中等度ではあるが、JAK阻害剤処理後でも維持された(c、d; 3回の独立した実験)。 スケールバー、100μm。e,f, 加えて別のコントロール実験として、Fgf4誘導性幹細胞を、Oct4-GFPとともにBFPを恒常的に発現する ES細胞(播種細胞数はFgf4誘導幹細胞数の数の1/10)と共にFgf4を含有する栄養膜幹細胞培地に播種した。BFPを発現するコロニー(ES細胞由来)が2日後に栄養膜幹細胞培養培地中でOct4-GFPを依然として発現した(e)のに対して、BFP発現ES細胞由来のOct4-GFP 陽性コロニーはJAK阻害剤添加培地では観察されなかった(f)。
問題はこのunder feeder-free conditionsという言葉が以下の文章のどこまで掛かっているのかということです。
①a–f, JAK inhibitor treatment assay for Fgf4-induced stem cells.
②Fgf4-induced stem cells were cultured under feeder-free conditions and treated with 0.6 μM JAK inhibitor for 48 h.
③ JAK inhibitor treatment assay eliminated ES cells (Oct4-GFP+) from the culture (a, b).
④The level of Oct4-GFP expression in Fgf4-induced stem cells, which was moderate, was maintained even after JAK inhibitor treatment (c, d; three independent experiments). Scale bar, 100 μm.
⑤e, f, For an additional control, Fgf4-induced stem cells were plated in trophoblast stem-cell medium containing Fgf4 together with Oct4-GFP ES cells that constitutively expressed BFP (the number of plated cells was one-tenth of that of plated Fgf4-induced stem cells).
⑥Whereas BFP-expressing colonies (ES-cell-derived) still expressed Oct4-GFP in trophoblast stem-cell culture medium after 2 days (e), no Oct4-GFP+ colonies from BFP-expressing ES cells were observed in the JAK-inhibitor-treated culture (f).
どうでしょうか。
2023/05/26 URL 編集
小保方さんはレジェンドに「For an additional control,」と書いていて、これは無論abとcdの実験に加えてという意味で、疑い深い査読者に向けて、abとcdの実験結果を同時に証明するという意図で笹井さんと丹羽さんが実証実験プランをアドバイズしたものです。
笹井さんと丹羽さんは小保方さんのレジェンドの書き間違いに気づいてないだけで、実験結果は知っているんですね。
2023/05/26 URL 編集
ああれ
2023/05/26 URL 編集
①Whereas BFP-expressing colonies (ES-cell-derived) still expressed Oct4-GFP in trophoblast stem-cell culture medium after 2 days (e),
② no Oct4-GFP+ colonies from BFP-expressing ES cells were observed in the JAK-inhibitor-treated culture (f).
①をそのままに理解すると、写真の事実と違っている事を確認してください。after 2 days にBFP-expressing colonies (ES-cell-derived)のOct4-GFPは消えているではないですか。観測事実とは真逆の説明になっている。
しかし、after 2 daysを①の文章から切り取って、②の文章の後に付けると理解可能になるということに気づいていだきたいですね。
①Whereas BFP-expressing colonies (ES-cell-derived) still expressed Oct4-GFP in trophoblast stem-cell culture medium(e),
② no Oct4-GFP+ colonies from BFP-expressing ES cells were observed in the JAK-inhibitor-treated culture after 2 days (f).
小保方さんは文章をモチャモチャと編集している過程で、間違えているんです。
2023/05/26 URL 編集
https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/f/2/f23aedf2.png
レジェンドです。
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e, f, For an additional control, Fgf4-induced stem cells were plated in trophoblast stem-cell medium containing Fgf4 together with Oct4-GFP ES cells that constitutively expressed BFP (the number of plated cells was one-tenth of that of plated Fgf4-induced stem cells). Whereas BFP-expressing colonies (ES-cell-derived) still expressed Oct4-GFP in trophoblast stem-cell culture medium after 2 days (e), no Oct4-GFP+ colonies from BFP-expressing ES cells were observed in the JAK-inhibitor-treated culture (f).
e,f, 加えて別のコントロール実験として、Fgf4誘導性幹細胞を、Oct4-GFPとともにBFPを恒常的に発現する ES細胞(播種細胞数はFgf4誘導幹細胞数の数の1/10)と共にFgf4を含有する栄養膜幹細胞培地に播種した。BFPを発現するコロニー(ES細胞由来)が2日後に栄養膜幹細胞培養培地中でOct4-GFPを依然として発現した(e)のに対して、BFP発現ES細胞由来のOct4-GFP 陽性コロニーはJAK阻害剤添加培地では観察されなかった(f)。
私の海賊版翻訳の英文と日本文とをよく比較して私の理解が間違ってないことを確認されてください。日本語に翻訳すると私がこの英文をどう理解しているかが、他の人々の目にさらされることになりますよね。
キャプチャーにある[FI-SC+10% BFP-transfected Oct4-GFP ES cells]はレジェンドでは<Oct4-GFP ES cells that constitutively expressed BFP (the number of plated cells was one-tenth of that of plated Fgf4-induced stem cells). と書かれている。
問題は<constitutively expressed BFP>ですよね。
GFP=Green Fluorescent Protein=緑色蛍光蛋白
BFP=Blue Fluorescent Protein=青色蛍光蛋白
[FI-SC+10% BFP-transfected Oct4-GFP ES cells]の[10% BFP-transfected Oct4-GFP ES cells]というのはOct-GFPとCAG-BFPの共挿入ES細胞を全体の量の10%程度入れたと言っているわけです。
実際に図を確認すると、BFP-transfected Oct4-GFP ES cellsは太青矢印で指示されている。上段が明視野、中段がグリーンフィルターでの蛍光顕微鏡視野、下段がブルーフィルターでの蛍光顕微鏡視野視野です。左のe図がJAK-inhibitor添加前、右のf図が添加48時間後です。GFPは消えているがBFPは消えていない。ES細胞の多能性はJAK-inhibitorを添加することによって、分化の方向に細胞分裂が進むのでOct4遺伝子発現が無くなるからOct4-GFPの緑色蛍光が消えるのですが、CAG-BFPはプロモーターがOct4プロモーターではないのですから、細胞の多能性とは無関係に恒常的に青色蛍光しているわけです。これが実験事実です。
それに対してレジェンドの説明が変だということをまず確認しなければなりませんよね。
2023/05/26 URL 編集
2023/05/26 URL 編集