質問し合うと、お互いの理解が進むが、虚勢の人は、質問を受けると無知があからさまになる側面がある。

前回、一言居士さんからの質問形式による議論は少しの間止めたいと、学とみ子は、書きました。

一言居士さんも、学とみ子も、STAP論文に必要な基礎知識を身につける努力をしてきました。一方、ため息ブログ主及びメンバーは、そんな努力はしない人たちです。言いがかりとおちょくりのグループです。それを率いているのが、現役の学者であることに驚く。つまり、世も末なる状況だ。


質問形式というのは、外部から攻撃を受けやすいです。わかっていない人たちに狙われやすいのです。 

ため息ブログメンバーは、言いがかりを言って、当ブログの議論をぐちゃぐちゃにします。そして、ため息ブログが、正当であるかのようにパフォーマンスします。とにかく、ため息ブログは、当ブログの議論内容を聞きかじりをして間違った解釈に繋げます。当ブログ議論がデタラメであると言い、かつ侮辱します。

当ブログから教わったことを、仇として返してきます。こうしたトンデモ行為ができる人が、いるということです。

助けてもらった国を、逆に侵略する行為の国に似てます。


それでも、以前は、ため息ブログは、科学的現象を知りたいという姿勢が感じられましたが、今は全くありませんね。
もう、独学できないことに、ため息ブログ主及びメンバーは、気付いたのでしょうか?だから、こんなに意地悪をするのでしょうか?

ため息ブログは、元々、ES捏造説堅持が目的です。
そして、各人の性癖が又、トンデモで、自己顕示の塊のような人が集まってます。

以下のような悪口を書くのも、ため息さんは平気です。ため息ブログ主、及び、メンバーが、当ブログへ侮辱をしているのに、そんな自らの行為を恥じることもしません。


>二人の間の議論は干渉を受けることなく続けることができるのに、できないことを当方等のせいにしています。常に責任転嫁するのがこれまでの人生だったんでしょうね




当ブログは、こんな彼らが燃えるための燃料を、もう渡さないと言うことです。



又、誰でもわかっている事、理解済みのことだけを書くのは簡単です。又、他人の文章にケチをつけたり、否定するのも簡単です。ため息ブログは、お互いの文章の精度を確かめ合う仕組みがありません。勝手な作り話がまかり通ります。



ため息ブログメンバーがやってることは、各人が理解したつもりになってる事、あるいはハッタリのみで作り込んだ話で、文章を書いてます。


質疑応答は、網羅的な知識を必要とします。知らない事を質問される事があります。ため息さんは、網羅的知識が無いので、聞かれても困ることが多いです。お互い様に知らない者同士は、お互いに質問し合いません。ですから、いままでも、ため息ブログ内での有意義な議論は交換されてません。

だから、今回のようなハンニバルさんからの質問は、珍しいです。


ため息ブログメンバーたちは、このテラトーマの件でわかるように、初歩的知識を欠きます。
ハンニバルさんは、細胞の悪性変化をイメージできません。ため息さんは、どのように答えるかわかりませんが、ため息さんは、初歩的知識を持たないですから、ため息さんの弱点が出るでしょう。

ため息ブログメンバーは、皆さん、ため息さんの知識も英語読解力も低いのがわかっているから、質問し合わないできています。

ため息ブログは、一般的染色で細胞の悪性度がわかるとかの基礎知識を持ちません。
こういう初歩的な医学的疑問をお互いに交換し合えば、彼らはもっと向上します。

でも、彼らは、STAP論文を精度高く理解したいなどという気持ちなど毛頭無く、他人を引きずり下ろす時の快感を求めているのでしょう。

そして、社会が、早く、STAP事件を忘れてほしいと望む人たちです。つまり、ため息さんも、ES捏造説の破綻はわかっているのです。


ハンニバルさんは、「マウスの移植箇所を開いてみたらテラトーマが内臓まで浸潤していた」は、見当外れ甚だしいとわからないようです。

ため息さんは、ブログメンバー全て見識ある知識人と見なしますから、ハンニバルさんも知識人を演じないといけませんよ。


plusさんも、噛みつくネタがなくなったみたいです。誰が何について言った言葉なのかをplusさんは、混乱してますね。

元々、学とみ子や一言居士さんの説明が理解できないplusさんは、デタラメ解釈して、侮辱のネタにしている人ですから、ますます、その傾向がひどくなってます。学とみ子は、内臓まで浸潤してたなんて、一度も言ってません。学とみ子が言ったのは、悪性度の判定は、細胞の検鏡でわかると言っただけです。

plusさんは、昼間なのに酩酊してるんじゃないの?

plusさん、
>小保方氏がマウスの移植箇所を開いてみたらテラトーマが内臓まで浸潤していたなどというのは、学とみ子が、ろくにものを考えずその場しのぎで述べただけの馬鹿げた言葉だと思いますなあ。


「マウスの移植箇所を開いてみたらテラトーマが内臓まで浸潤していた」なる文章は、小保方氏でも、学とみ子でもなく、ハンニバルさんが、かってに想像して書いただけです。

こういう擦り付け作戦が、ため息ブログの本態なんでしょうね。







ため息さん引用の学とみ子文章です。ため息ブログメンバーは、これを読み間違えているのです。
学とみ子が予想できないような読み違いを、ため息ブログはしてしまうのです。

”皮膚浸潤”なる学とみ子説明が、ため息ブログは、”内臓浸潤”と間違って理解してしまう。
内臓浸潤となると侵襲的増殖の意味になってしまうという基礎知識が、ため息ブログに無い。
臓器への融合と、臓器への浸潤の意味の違いがため息ブログにわからないから、テラトーマが内臓に浸潤するなどのトンデモ文章が生まれてしまう。



ため息さん、
「テラトーマは、制御されてない細胞増殖だから、皮膚に浸潤したり、異なる臓器と融合したりしてしまう。テラトーマがどこまで浸潤しているのか切り出す人にはわからないから、おおきめに切り出すとの作業はあり得る。」と学とみ子が最初に言ったんですよ。

ため息さんは、ポイントが全くずれている。
”融合”と”浸潤”の違いもわからないため息さんだ。

上記の学とみ子説明を、「テラトーマが内臓に浸潤する」と読むため息さんがトンデモ学者だ。
ため息さんに、基礎的知識の前提が全く無いことを示すもの。内臓に浸潤したらテラトカルチノーマだ。

こんなレベルのブログ主がいるから、メンバーも誤解の枠を広げてしまう。

学とみ子の元の文章(赤字)はこれだ。

以下には”浸潤”の意味するものが書かれている。
この文章は、どの語句も大事だから、勝手に省略してはいけないのだ。
しかし、ため息さんはどこが大事なのかわからずに、重要語句を省略する。
だから、ため息ブログメンバーも誤解の域を広げてしまうのだ。

学とみ子の元の文章
『テラトーマは、制御されてない細胞増殖だから、皮膚に浸潤したり、異なる臓器と融合したりしてしまう。ため息さんの頭は、皮膚は皮膚、臓器は臓器の観念しかない。病的浸潤の概念など、ため息さんは、皆無だ。テラトーマがどこまで浸潤しているのか切り出す人にはわからないから、おおきめに切り出すとの作業はあり得る。ため息さんは、素人同然に何も知らない人なのだ。
一旦、パラフィンブロックにして、それから、スライドにして、浸潤の程度をみるのよ。
どんなに強い言葉を使って学とみ子を侮辱しても、ため息さんは、STAP論文を語るに必要な知識に欠けている。』


上記文章では、”融合と、浸潤”、”皮下と臓器”をそれぞれメリハリをつけて、学とみ子は親切に書き分けている。
しかし、そうしたメリハリを読み取る学力が、ため息ブログに無いのだ。
そして、がん化の知識の無いため息さんは、学とみ子がせっかく書いた大事な部分をぶっ飛ばしてしまう。

そして以下のようにすごむ。
>問題は小腸や膵臓という内臓が同じパラフィン切片にあったことですよ。ですからこの場合「異なる臓器」といったら内臓の臓器でしょ?そうではない臓器てのは何さ?

>自分が何を言ったのかすらわからなくなってしまったようですな。




”テラトーマが内臓への浸潤”と書いたハンニバルコメントは、学とみ子の説明から逸脱しているとの認識がため息さんに無い。
侵襲的増殖なる語の意味する科学的前提を、ため息さんは理解しない。

ため息さんは、病的浸潤はがん化細胞であるとのイメージがないから、「そうではない臓器てのは何さ?」となってしまう。
つまり、ため息さんは、まったく基本的知識を持たないだけでなく、病気を考えるためのセンスも持たない人なのだ。

そして、以下のように書くため息さんは、学とみ子の文章をきちんと読めていない。そこをわからず、デタラメ解釈をしてしまうため息自身が全く見えていない。
学とみ子文章(赤字)から、テラトーマが内臓浸潤すると考えてしまうトンデモ学者だ。
間違っているのはいつでも、自分以外の人であると、ため息さんは感じることができてしまう。

ため息さん
>こういう都合の悪い発言は忘れちゃった作戦が、学とみ子ブログの本態なんでしょうね。
いや作戦ではないようですな。ホントに自分が何を言ったのかを覚えていないのでしょうね。


ため息さんは、ESねつ造説を守るために、一般人を巻き込んでまでして誤解を増長している。
ため息さんは、そうした学者としての問題を反省できない限り、今後も一生、自らの学力レベルの正当性を信じて、誤解をまき散らしていくのだろう。




今度の誤解の原因をつらつら思うに、学とみ子が常識として使う言葉が、ため息ブログに通じないせいであると思う。
たとえば、用語のひとつひとつに当ブログとため息ブログに認識の違いがある。


例えば、学とみ子が皮下と言うと、皮膚の下の限られた狭い空間スペース(皮膚組織図参照)を意味するが、ため息ブログには皮膚の下からずーと奥までの内臓を含むスペースまでをイメージすることになるのではないのかな?

狭いスペースでしか増殖しないのは良性の腫瘍で、皮下からずっと奥の内臓内部に至るまで増殖するものはがん化腫瘍との、メリハリがため息ブログには無いのだと思う。
だから、学とみ子が皮下に浸潤と書くと、皮膚の下から内臓まで全体の臓器を指していると、ため息ブログは解釈してしまうのであろう。皮下とはどこまでかを、ため息さんも、ブログメンバーも知らないのだ。

とにかく、ため息ブログのトンデモ解釈は日常的なので、当ブログとのトラブルが続いてしまうのだと思う。
お互いに誤解の無いように確認し合っていかないと、専門領域の議論などできるはずが無い。
とにかく、自らは省みず、他人を侮辱したくてしかたない特殊な性癖の人の行動は、傍から見て鑑賞するに留めるのが得策だ。


テラトーマは、しばしばカプセル化して、他の臓器とくっついてしまうことがある。人工的に剥離すると離せることが多い。
しかし、テラトーマであれば、そこからの由来細胞が、他の臓器細胞の内部に侵入して、破壊的に増殖してしまうことは無い。
ため息さんは、こうした融合とか、浸潤とかの組織学上の言葉使い分けに関する知識が皆無なのだろう。

また、ため息ブログメンバーは、”皮下”という言葉から場所をイメージできず、皮膚の下にある体内全部というイメージを持ってしまうのだろう。
いくら用語を丁寧に使っても、理解できない人たちが相手では、いくらでも誤解が広がる。
ため息さんの本来の役割は、こうした一般人の間違いを交通整理する役割なのに、一般人と一緒に間違ってしまうのだ。
皮下とはどこか?
皮膚とはどこか?
浸潤とはどういう組織状態か?
融合とはどういう組織状態か?


まずは、ため息ブログメンバーがデタラメ解釈をしないように、教官であるため息さんがしっかり教授せよ。

ため息ブログに寄り合う人たちは背伸びの一般人たちだ。自分自身のことは気付かない。
自身が知らない事に気付かず、他人が知らない事を必死に見つけて自身の優越感を作り出す。

こうしたタイプの人にとって、他人の無能やミスを探すことにに熱くなれてやりがいがあるのだろう。
そういう虚勢タイプの人には、STAP事件は格好の自画自賛の場なのだと思う。
STAP事件が一部一般人を引き付けた原因の一つだろう。

ため息ブログは、そんな虚勢たちの集いの場だ。社会的にも、望ましい性格ではないが、それをすることで、彼らは自己満足し、ある意味、救われているだろう。



以下の文章は、ハンニバルさんが日頃抱える不満やストレスに溢れている。ハンニバルさんは、いろいろ悩みがありそうだから、こうした無料でできる解消法にはまるのでしょう。


でも、他人を傷つける側面に、ハンニバルさんは、十分に配慮しないといけないと思います。誰もが社会人としてのプライドを、お互いに尊重し合わないとね。

あえて、下記のような揚げ足を取る稚拙言動は止めましょうね。ため息ブログの質をますます悪くしています。



ハンニバル・フォーチュンさん
2023年5月25日 19:45
>学とみ子さんの仰る通りならば
「ホストマウスの内臓が、四肢の皮下にある」
のでしょうねえ。
皮下におけるテラトーマ形成の実験を行い、皮が膨らんだ。
そこにメスを入れ
皮下のテラトーマを切りとった。
そしたら、あらかじめ皮下に移動していたホストマウスの内臓もあわせて切り取ってしまった。
皮下……まさかそんなところに内臓が移動してきていたとはつゆしらず、
小保方氏は、当該の内臓組織は
STAP細胞由来であると信じていた。
従って小保方氏には悪意がない。

>いやあ、素晴らしい学とみ子説。
いやあ、素晴らしい学とみ子説。
いやあ、素晴らしい学とみ子説。


上記のような揚げ足取り、おちょくりに抵抗がないのは、メンバーは匿名の一般人であるからだろう。

桂報告書は、一般人向けの印象操作を狙った。それにどっぷりはまったのがため息ブログだ。
以下のplusコメントを読むと、plusさんは、いまだにSTAP細胞と、幹細胞の区別がついていない。作るたびに違うものができてくるなら、その細胞は幹細胞とは呼ばない。いまだに、こんな初歩的間違いをしても平気なplusさんだ。
plusさんさんは、いくらでも思い付き、勘違いを書ける人だ。こうしたタイプは、苦しんで自らで学ぶという作業はできない。

以下の文章でもわかるが、見ず知らずの人を無能者に置き換えてしまうのだ。plusさんは、素人的持論を、他人に置き換えてしまうのだ。そして、plus自身は優れていると誇示する。

以前に、当ブログにコメントする人から、「plusさんは、何かを抱えた特殊な人だから相手にしてはいけない。」との忠告を受けたことを思い出す。
plusさんの科学的理解が進めば、そうした悪癖は低減するかと思ったが、plusさんの科学的進化は止まってしまった。ため息さんに大いに責任がある。学者なる人がデタラメをいうと、一般人は、進化しないのだ。

しかし、悪口大好き人間は、plusさんだけでなく、ため息ブログ主及びメンバー全員の性癖だ。

plusさんは、理解できないplus自身に、目をやること位はしてるだろう。
彼にとって、一言居士さんの説明が理解できない。plusさんは、そうした自らのふがいなさをしっかり感じている。それが、plusさんが執拗に、当ブログに噛みつく理由だ。

幹細胞も、自己複製も、いまだに理解できないplus自身がいる。plus本人も、そこに気付いている。しかし、そうしたplus自身のコンプレックスやら劣等感を、plusさんは、逆に自身の優越感へと摩り替えてしまうのだ。「plus自身は高い能力を持つ」と、plusさんは、自分自身を納得させてしまうらしい。plusさんにとって間違うのは、いつも相手の方である。

そんなplusコメントだ。

>小保方氏には、FI幹細胞は均一なものではなく、作るたびに性質に違いのあるものだという認識があるんですなあ。それはつまり再現できるとは限らないということなんですよ。



ため息ブログの常套手段とは、知識ある人を叩くことである。それをため息ブログ全体でしている。



以下のようなplusコメントも、JAKi実験を理解している人をplusさんは演じているつもりだろう。plusさんは、「専門家」なる語句を一枚噛ませて、「専門家と同じように、私(plus)もわかっている。」とのニュアンスで書く。

JAKi実験を丁寧に説明する一言居士さんに対し、よくわからないplusさんがわかった人であるかのように見せつけるための文章が以下だ。

>ですからJAKi実験の記述を説明できずに悩んでいる専門家なんていないと思いますなあ。

JAKi実験は、STAP論文に、目的も結果も書いてある。何の予備知識もいらない。上記の「専門家なんていないと思う」とのplusコメントは、「専門家なりきり姿勢」そのもので滑稽だ。専門家とはどういう人たちなのかのオリエンテーションが、plusさんには全く無いことが良くわかる。

plusさん、

>自分のブログに書き込まれたコメントが理解できなかったのでトンチンカンなことを言っているんですよ。

独力で、自分自身をわからせることができるかどうか?が、plusさんと一言居士さんの大きな違いです。一言居士さんは理解できてからも、わざわざ、かき混ぜた文章を書く。そういう部分は、読者は読まなくても良いです。まともに書けば、一言居士さんは、間違いの無い基本的な考え方が書けます。つまり、わかっていることと、わからないことのメリハリがついています。

一方、plusさんは、ここも知ってる、あそこも知ってるとして、間違いを書きます。


つまり、一言居士さんの文章は、良い意味でも、悪い意味でも遊びがあるのです。一言居士さんは、自身でも、独創的な偏向記述の問題点に気付いているし、読者にも問題点に気付かせているのです。

一方のplusさんの文章は、そうした「遊び」の部分がなく、ただただ「しゃかりき」に自己主張しているだけです。

plusさんは、基礎的考察を欠き、科学的エビデンスを、plus流のトンデモ方向へと運んでしまいます。

ため息さんが、きちんとplus文章の問題点を指摘できないから、増長したplusさんが間違いを続けてしまいます。ため息さんは、plus文章に対する軌道修正ができません。


ため息さんがplusさんのデタラメをほめてしまうことで、悪循環が起きています。


plusさんて、批判を受けることで、やる気スイッチが入る人ではないのかな?誉められるとダメになるタイプの人です。
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コメント

一言居士
はっはっは。いけ好かない奴だな。

馬鹿が。

セイヤセイヤ

気まぐれぺルドン
溜息ブログには毎日セッセとコメントを送っている。削除を前提としたメールだから、卑猥この上もない。セイヤが読んでも赤面する。書くなと文句が出ないので、夜這いの話を詳しく書いている。
学さんが削除したのは・・・
「老婆ホームで寝たきりの学さんを、看護人の溜息老婆が毎日、オシメを取り換えている。その溜息もパンパスを穿いている。唯一の慰めはトイレに行かずに済むと言う事だ」

ペルドンさん

セイヤ
>削除削除前提に書いたのさ・・

「久しぶりに溜息ブログを覗いて見たが、・・」で始まるペルドン氏のコメントが消されているが、これは自主削除ではなく、学さんが黙って消したんだな。
内容は、溜息が「学老婆」に論文の翻訳をして差し上げているというようなもので、若干、溜息寄りだが今までと変わりはない。
強いて言えば「学老婆」が気に入らないのだろうが、それを削除の基準にすると、一言居士のコメントは多くが引っかかる。実名を出して、アッポだのシャバダバダだと言っているからだ。
学さんも自分に関することだけ黙って消して済むことじゃない、基準を示さなければならなくなった。
こうして一言居士に関わったブログは潰れていく。

サナダ虫<ル>ンペン

一言居士
おまえの存在はそんなものなのだ・・サナダ虫<ル>ンペン・・・

ぎひひひひ。

一言サナダ虫

気まぐれぺルドン
削除削除前提に書いたのさ・・
ありゃ御両人を揶揄したものだ。摘みは一言サナダ虫・・
おまえの存在はそんなものなのだ・・サナダ虫・・・

一言居士
続きます。

⑥一方 RNA-seq (Truseq)データの解析からは、
⑦FI 幹細胞は Oct4-GFP が挿入された B6 ホモ系統、
⑧CD45+と STAP 細胞は CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統、
⑨STAP 幹細胞は Acr-GFP/CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統由来であることが示唆された。


要するに以下だと言っている。

https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/3/3/33ab9998.png

一言居士
要するにChIP-seqの桂調査結果では以下だとしていることになる。

https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/3/1/31905337.png


丹羽さんのTSは2013年の1月の実験ですが、それ以外は若山研です。この1月の時にシーケンサーで全部調べておくべきだったと小保方さんは悔やんでいるわけです。
8月頃というのはいろいろあった時でこの後10月に小保方さんは帰米するわけです。AC129はこの時に既に「僕のマウス」になっている。STAP細胞も「僕のマウス」になっていますよね。小保方さんが129を渡されて「僕のマウス」ESを返したからAC129になったのではありませんね。渡されたマウスも「僕のマウス」です。これを129ローザを渡したと小保方さんには言い、桂調査には129を渡したのにAC129になったと言っているのが若山さんです。大日向も「ワンツーナインではありません」とたわけている。この時からもう既に小保方さんに押し付けようとしていることになる。まだ小保方さんは帰っていません。若山研に所属しているのです。何故か。とても錯綜している場所なんですね。山形大の研究所の建築も完成間近です。

ここで既に小保方さんが用無しになっていると私が疑義している原因があるんですけどね。まあ、先を急ぎますまい。


一言居士
インポ<ル>ンペンがゲンナリしたところで続きです。

②しかし、ChIP-seq input データの解析から、
③FI幹細胞は Acr-GFP/CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統、
④CD45+細胞は Oct4-GFP が挿入された B6 ホモ系統、
⑤STAP 細胞, STAP 幹細胞は CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統由来であることが強く示唆された。


③は岡部マウスとのF1、④はGOFマウスですが、⑤がおかしいですよね。Acr-CAGの存在は③で既に判明しているから、⑤のSTAP細胞とSTAP幹細胞はCAG-GFPと書かれていて、Acr-CAGはAcr-GFPとCAG-GFPなのだからCAG-GFPだという意味ではありえない。つまり「僕のマウス」だと言っているのですが、STAP幹細胞で「僕のマウス」だったと後に解析されたのはAC129です。このChIP-seqの検査は以下の表には日付が書かれていないが2012年の8月頃の筈です。

https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/c/a/ca287deb.png


『あの日』127P。
>>
多くのサンプルが若山研にいた頃に作製された。論文のデータとしてと使用された細胞には、若山研にいた頃に若山先生からChIP(クロマチン免疫沈降)は行ってもいいが、シーケンサーによる解析は行わないように指示が出されていたものもあった。ChIPの実験では特定のタンパク質の発現しか分からないが、シーケンサーによる解析を行えば、その細胞の由来などが詳細に分かる、「なぜだろう」という疑問を持ちながらも、当時は指示にそのまま従っていた。後に次世代シーケンサーの公開されたデータについても疑義が挙がる。この時に、次世代シーケンサーによる解析を深めていればその後の疑義は起こらなかったと思うと悔やまれる。




Zscan4
>(調査結果)
テラトーマのスライドグラス試料「6weeks+PGA 12/27移植 Haruko」を顕微鏡で確認したところ、Article Fig.2eとExtended Data Fig.4a-cの両方の画像が得られた。
一方、同試料のDNA解析により、この試料はES細胞FES1であることが判明した。
(評価)
同じスライドグラスから得られた画像を、2つの異なる試料から得られたと偽った捏造の可能性が考えられた。しかし、他方では、撮影後に過失による画像の取り違えがあった可能性も考えられた。よって、研究不正とは認められない。

Article Fig.2e
Teratoma formation assay of day 7 clusters of Oct4-GFP+cells.

Extended Data Fig.4a-c
Teratomas formed from STAP cell clusters...

逆に取り違えだとCAG-GFP。

サナダ虫<ル>ンペン

一言居士
確かにお前の前回のコメント、学さんに消されたよな。馬鹿が。

一言居士
まずは①からです。

①論文や公共データベース登録内容に基づくと、これらの解析に用いている細胞株はCD45+細胞、TS 細胞を除いて 129xB6 ヘテロ系統マウス由来であり、挿入されている GFPのタイプは CAG もしくは Oct4 である。


小保方さんは岡部マウスとのF1を渡されていたことを知りません。従って蛍光しているのはCAGだと思っていて、アクロシンGFPが共挿入されていようとなかろうと、そんな確認はしていませんからCAGだと論文に書いているだけです。小保方さんは若山さんが言ったとおりに書いているので、アクロシンGFPが入っていたことに関しての責任はありません。これはローザの件でも同じです。言われないものは書きようもないことです。

CD45+細胞はGOFの脾臓由来ですからOct4-GFPです。因みにGOFはGenomic Oct4 Fragmentsの略です。

また、TSは若山さんの作ったコントロールTSと、

https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/9/8/98b3bb16.png


それが分化しているようだったので丹羽さんが提供したCD1のTSがある。桂報告書スライドの(2012.8)が前者、(2013.1)最終が後者です。

https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/c/a/ca287deb.png

ChIP-seqの⑯⑰⑱とTru-seqの⑬⑭がそうですが、後者は2013.1の系統樹作成時のものの筈なのでSMARTerの分ではないかという気がするので丹羽研?を付けているが、CD1のTSは丹羽研の提供です。

https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/9/6/964811bd.png






一言サナダ虫

気まぐれぺルドン
朝から元気がいい、朝立ちもしない癖に・・
頭を使わなければ怖いもの知らずか・・
学さん処も近々追い出される運命か・・・

一言居士
続きです。
>>
1)実際に RNA-seq、ChIP-seq に用いた細胞株/マウス系統が論文記載、公共データベース登録内容と異なっている

(調査結果)
論文や公共データベース登録内容に基づくと、これらの解析に用いている細胞株はCD45+細胞、TS 細胞を除いて 129xB6 ヘテロ系統マウス由来であり、挿入されている GFPのタイプは CAG もしくは Oct4 である。しかし、ChIP-seq input データの解析から、FI幹細胞は Acr-GFP/CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統、CD45+細胞は Oct4-GFP が挿入された B6 ホモ系統、STAP 細胞, STAP 幹細胞は CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統由来であることが強く示唆された。一方 RNA-seq (Truseq)データの解析からは、FI 幹細胞は Oct4-GFP が挿入された B6 ホモ系統、CD45+と STAP 細胞は CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統、STAP 幹細胞は Acr-GFP/CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統由来であることが示唆された。このように、RNA-seq における FI 幹細胞ではマウス系統が論文記載のものと異なっており、また ChIP-seq における FI 幹細胞、STAP 幹細胞では論文には記載のないAcr-GFP/CAG-GFP が挿入された細胞が用いられている。これらの実験は全て小保方氏によりサンプル調製がされているため、どのようにサンプルを用意したのかを中心に聞き取り調査を実施したが、その当時あった細胞を集めて用意したとの説明しか得られず、ノート等の記載も見当たらないため詳細は不明であった。


データです。
①論文や公共データベース登録内容に基づくと、これらの解析に用いている細胞株はCD45+細胞、TS 細胞を除いて 129xB6 ヘテロ系統マウス由来であり、挿入されている GFPのタイプは CAG もしくは Oct4 である。
②しかし、ChIP-seq input データの解析から、
③FI幹細胞は Acr-GFP/CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統、
④CD45+細胞は Oct4-GFP が挿入された B6 ホモ系統、
⑤STAP 細胞, STAP 幹細胞は CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統由来であることが強く示唆された。
⑥一方 RNA-seq (Truseq)データの解析からは、
⑦FI 幹細胞は Oct4-GFP が挿入された B6 ホモ系統、
⑧CD45+と STAP 細胞は CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統、
⑨STAP 幹細胞は Acr-GFP/CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統由来であることが示唆された。
⑩このように、RNA-seq における FI 幹細胞ではマウス系統が論文記載のものと異なっており、また ChIP-seq における FI 幹細胞、STAP 幹細胞では論文には記載のないAcr-GFP/CAG-GFP が挿入された細胞が用いられている。これらの実験は全て小保方氏によりサンプル調製がされているため、どのようにサンプルを用意したのかを中心に聞き取り調査を実施したが、その当時あった細胞を集めて用意したとの説明しか得られず、ノート等の記載も見当たらないため詳細は不明であった。







一言居士
私が順序だてて説明して行こうとすると長たらしいとか、要点をと、Ooboeさんや、学さんにせかされることが多いので、先に最終的な目的地だけは示しておきましょう。

私のリストのTru-seqの⑦⑧にある若山さん作成のFI-SCこそが桂報告書のスライドにある<B6 Oct4-GFP +α*>で、報告書には<+α*>はCD1だとされているが、それこそが以下の実験時のRNA登録ではないのかということを証明しようとしているわけです。

https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/f/2/f23aedf2.png


6月の筈が1月最終に代えられてましたよね。

https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/c/a/ca287deb.png


小保方さんのサンプルには5/14、5/15という日付もありましたね。

https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/2/5/25427118.png


黒文字、緑文字は小保方さん、青文字は寺下さんです。2013年の5月には小保方研の所属になってますよね。一緒にJAKiの実験を手伝っているんですよ。

https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/e/5/e5c07d11.png

一言居士
さて、報告書15Pですよね。
>>
2−3−1−2.ChIP-seq や RNA-seq などの公開データに関する疑義

STAP 論文において用いられた NGS データ(RNA-seq、ChIP-seq input データ(公共データベースに公開))、および本研究に関連して取得され、論文には用いられなかった RNA-seqデータを、本調査にてシークエンスした NGS データ(各種ゲノムおよび STAP ChIP-seq inputサンプル由来 DNA)と関連づけて解析することにより、以下の問題点が明らかとなった。



私のリストは登録されているものです。桂調査は登録外のGRASに残されていた解析結果と照合しようとしているということです。RNA-seqは最初Tru-seq、後にSMATer-seqで行われているので、私のリストはそれを分類している。



一言居士
何時までも自主閉鎖しないため息与太郎への嫌がらせ言辞は学さんが嫌がるのでこのくらいにしておきますが、やったらやり返されるということは世間の常識ですからね。

さて、まじめな話に戻って、このデータの中にRNA seq、ChIP seq、SMARTer seqという分類が書き込まれている。私のデータにSNARTerとなっているのがあるのはSMARTerのスペルミスであるが訂正が面倒なのでそのままにしている。読み替え願う。

この解析手法別に分類したリストは以下です。作成者名は私が加えています。?は気になるので。

https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/9/6/964811bd.png





一言居士
まず最初に確認すべきは小保方さんは理研に2013/11/5に提出していて、理研は2014/2/13にそれをNCBIに提出したということです。登録は論文提出前に行わなければなりませんが、係員が事務ミスした形になっている。

このことは2チャンネルに小保方さんが提出しなければならないことを知らなかったのだとからかい気味に書き込んだ奴がいて、この提出遅れも松崎、林、大日向などのクソガキ共が絡んでないかと怪しいところです。特に、マウスストレーンのF1の雌雄記載が逆になっているところも怪しいところです。どうしてこいつらがこんなに怪しまれるかと言うと、原因は石川告発なんですね。有志が鍵を付け替えたなどと愚かなことを言ってる。こういう奴らのしでかすことは推測可能ですからね。
NHKの例の番組に大日向が出てきてゲルに試料を流し込む小芝居をしながら「ワンツーナインではありません」としゃべりましたよね。AC129の事なんですが、AC129サンプルの実際の中身は「僕のマウス」ESだったわけですが、そのことが分かったのは松崎らの後の解析に依るので、お前たちはどうして先にそれを知っているのだということで、頭隠して尻隠さずのクソガキどもなんですね。

一言居士
さて。


レター論文に記載されているSAM ナンバーのデータは以下です。↓の欄と照合してください。

https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/3/8/38a6a56b.png


STAP論文関係の全ての登録データは以下です。

https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/c/7/c7527a2f.png

一言居士
休憩中ですが、黒海でウクライナの無人攻撃艇がロシアの偵察艇に命中したらしい映像が公開されていますね。

https://twitter.com/nexta_tv/status/1661738899570593793

一言居士
捏造実験している研究者がこれだけ丁寧に捏造実験サンプルを保管するかということを考えればシャバダバ桂の虚偽報告は自明ですよね。
しかもこれらの実験で使われた細胞のRNAデータはデータバンクに登録されていますよね。
レタ―論文の末尾に提示されている。
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RNA-seq and ChIP-seq files have been submitted to the NCBI BioSample databases under accessions SAMN02393426, SAMN02393427, SAMN02393428, SAMN02393429, SAMN02393430, SAMN02393431, SAMN02393432, SAMN02393433, SAMN02393434 and SAMN02393435.

RNA-seqおよびChIP-seqファイルは、SAMBI02393426、SAMN02393427、SAMN02393428、SAMN02393429、SAMN02393430、SAMN02393431、SAMN02393431、SAMN02393432、SAMN02393433、SAMN02393434およびSAMN02393435としてNCBI BioSampleデータベースに提出されている。


遠藤はこれを解析して虚偽論文を書いて小保方さんを陥れる手伝いをしましたね。この分析結果はTs.Markerさんも自分のブログで開示していて皆に見れるようにしてくれている。

一言居士
さて次は木星リストに残されているこれらの実験試料です。JAKiの文字が見えますね。


https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/2/5/25427118.png

一言居士
昨日も書き込めなくなっていたがそれは学さんが新しいスレッドを書き込み中だったのかな。

https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/0/b/0b57cb6a.png


先程のは以下が証拠です。又糞セイヤの仕業かな。

https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/5/3/53d973bd.png

一言居士
3つ前のコメントの後の⑤②⑥を消そうとしてもパスワードが違うと表示される。

一言居士
また編集できなくなくなりましたね。

書き込みは出来るようです。

一言居士
TSとESの混合であるというアッポ遠藤の説の可能性に私が触れないのは、これからそれが別途検討されていくからですが、従って今のところこの白矢印の謎は、

①もともとの実験データにはどちらにも緑色蛍光があった。
②もしくは小保方さんがe,fの実験時に解凍し直したが、そのときにフィーダー細胞を残してしまって、相変わらずのそそっかしさで白矢印を付け間違えた。

という可能性にとどめておきましょう。

一言居士
①にa-fと定義されていて、②にunder feeder-free conditionsと書かれているので常識的にはこのunder feeder-free conditionsはa-fにまたがると理解するのが当然です。
そして③でESではこうなるというコントロールを示して、その後に④でFI-SCはESではないと証明した。3回確認した(three independent experiments)と書いていますよね。
その後に⑤が続くわけですが、ここに繰り返し、「 Fgf4-induced stem cells were plated in trophoblast stem-cell medium containing Fgf4と書かれていて、あたかも最初に②で「Fgf4-induced stem cells were cultured under feeder-free conditions and treated with 0.6 μM JAK inhibitor for 48 h.」と書いてc.dで3回度確認した実験とは別にまた、新たに解凍したかの様にも受け取れる書き方をしているわけです。そのときに解凍したままでトリプシン処理でバラシてないのではないかという疑いはe,fの明視野画像を見る限りない。というのもトリプシン処理しないままだと幹細胞はフィーダー細胞の中に埋もれていますが、画像は浮遊培養状態です。
ですから常識的に考えて、白矢印の先がフィーダー細胞であるとしたら、トリプシン処理でバラシて幹細胞だけを拾い出す時にフィーダーも一緒に吸い取ったというような事故しか考えられないわけです。


⑤e, f, For an additional control, Fgf4-induced stem cells were plated in trophoblast stem-cell medium containing Fgf4 together with Oct4-GFP ES cells that constitutively expressed BFP (the number of plated cells was one-tenth of that of plated Fgf4-induced stem cells).


②Fgf4-induced stem cells were cultured under feeder-free conditions and treated with 0.6 μM JAK inhibitor for 48 h.

⑥Whereas BFP-expressing colonies (ES-cell-derived) still expressed Oct4-GFP in trophoblast stem-cell culture medium after 2 days (e), no Oct4-GFP+ colonies from BFP-expressing ES cells were observed in the JAK-inhibitor-treated culture (f).



一言居士
最後の難題が中段の画像です。白矢印の先に指定されているFI-SCは JAK-inhibitorの添加前後でどちらも緑色蛍光していません。c,dの実験で使われたFI-SCは前後で蛍光しているからES細胞ではないのだと証明されている。その同じFI-SCを使っているのなら、前後で緑色蛍光していなければならないが、実際の画像は私の50インチ大画面モニターで、しかも最大限に拡大しても、左右"どちらも"緑色蛍光していないのです。ということはこの細胞はFI-SCでないのみならず、ES細胞ですらないのです。
ではなんであるのか。二つの可能性がある。

①私はまだネイチャー誌が二報論文を無料公開していた時に、論文を自分のパソコンに取り込みましたが、今有料になってからは元の公開論文を再確認していません。この時にコピーでデータを取り込んだので、その時の変換で見えなくなってしまったのかもしれない。また、そもそもの小保方さんのデータには緑色蛍光があったのが、論文画像段階では既に見えなくなっていたのかも知れない。これはですから、私には分かりません。

②もう一つの可能性はこの矢印の先にある細胞集団がフィーダー細胞ではないかと推測されることです。小保方さんが間違えて青太矢印以外はFI-SCだと早とちりして大きめの細胞塊に安易に白矢印を付けたのではないかという疑義です。丹羽さんのプロトコルにはFI-SC培地はon feederだと書かれている。
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FI stem cell conversion culture

1. STAP cell clusters were transferred to Fgf4-containing trophoblast stem-cell medium (Tanaka et al, Science, 1998) on MEF feeder cells in 96-well plates (Obokata, Nature, 2014b).

FI幹細胞変換培養

1. STAP細胞クラスターがFGF4を含む96ウェルプレート中のMEFフィーダー細胞上のTS細胞<栄養芽層幹細胞>培地 (Tanaka et al, Science, 1998)に移される (Obokata, Nature, 2014b)。



通常ES細胞の培養に使うフィーダー細胞にはガンマ線照射で増殖しないように処理されたマウスの線維芽細胞が使われている。このTS培地でもMEF、即ちマウス胎児線維芽細胞 (Mouse Embryonic Fibroblast)が使われているわけです。小保方さんが間違えて解凍したままの培養細胞でこの実験を行うとフィーダー細胞の入ったままの実験になる。

ただし、このExtended Data Figure 5-a~fのレジェンドは以下で、under feeder-free conditionsというのはトリプシン処理でフィーダー細胞を取り除いた状態ということです。
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a–f, JAK inhibitor treatment assay for Fgf4-induced stem cells. Fgf4-induced stem cells were cultured under feeder-free conditions and treated with 0.6 μM JAK inhibitor for 48 h. JAK inhibitor treatment assay eliminated ES cells (Oct4-GFP+) from the culture (a, b). The level of Oct4-GFP expression in Fgf4-induced stem cells, which was moderate, was maintained even after JAK inhibitor treatment (c, d; three independent experiments). Scale bar, 100 μm.e, f, For an additional control, Fgf4-induced stem cells were plated in trophoblast stem-cell medium containing Fgf4 together with Oct4-GFP ES cells that constitutively expressed BFP (the number of plated cells was one-tenth of that of plated Fgf4-induced stem cells). Whereas BFP-expressing colonies (ES-cell-derived) still expressed Oct4-GFP in trophoblast stem-cell culture medium after 2 days (e), no Oct4-GFP+ colonies from BFP-expressing ES cells were observed in the JAK-inhibitor-treated culture (f).


a-f,Fgf4誘導幹細胞に関するJAK阻害剤処理実験。 Fgf4誘導幹細胞をフィーダー細胞無しで培養し、0.6μMのJAK阻害剤で48時間処理した。 JAK阻害剤処理実験は、ES細胞(Oct4-GFP 陽性)を培地から除去した(a、b)。 Fgf4誘導幹細胞におけるOct4-GFP発現のレベルは、中等度ではあるが、JAK阻害剤処理後でも維持された(c、d; 3回の独立した実験)。 スケールバー、100μm。e,f, 加えて別のコントロール実験として、Fgf4誘導性幹細胞を、Oct4-GFPとともにBFPを恒常的に発現する ES細胞(播種細胞数はFgf4誘導幹細胞数の数の1/10)と共にFgf4を含有する栄養膜幹細胞培地に播種した。BFPを発現するコロニー(ES細胞由来)が2日後に栄養膜幹細胞培養培地中でOct4-GFPを依然として発現した(e)のに対して、BFP発現ES細胞由来のOct4-GFP 陽性コロニーはJAK阻害剤添加培地では観察されなかった(f)。


問題はこのunder feeder-free conditionsという言葉が以下の文章のどこまで掛かっているのかということです。


①a–f, JAK inhibitor treatment assay for Fgf4-induced stem cells.
②Fgf4-induced stem cells were cultured under feeder-free conditions and treated with 0.6 μM JAK inhibitor for 48 h.
③ JAK inhibitor treatment assay eliminated ES cells (Oct4-GFP+) from the culture (a, b).
④The level of Oct4-GFP expression in Fgf4-induced stem cells, which was moderate, was maintained even after JAK inhibitor treatment (c, d; three independent experiments). Scale bar, 100 μm.
⑤e, f, For an additional control, Fgf4-induced stem cells were plated in trophoblast stem-cell medium containing Fgf4 together with Oct4-GFP ES cells that constitutively expressed BFP (the number of plated cells was one-tenth of that of plated Fgf4-induced stem cells).
⑥Whereas BFP-expressing colonies (ES-cell-derived) still expressed Oct4-GFP in trophoblast stem-cell culture medium after 2 days (e), no Oct4-GFP+ colonies from BFP-expressing ES cells were observed in the JAK-inhibitor-treated culture (f).


どうでしょうか。

一言居士
次に、この実験指導は笹井さんと丹羽さんが行っているんです。何故それが分かるかと言うと、BFP-transfected Oct4-GFP ES cellsは小保方さんは持っていないから笹井研か丹羽研から提供されているわけです。これは公表されていないが丹羽研の提供だと思います。なぜなら、TS細胞を丹羽さんが提供していて、そのマウス背景がCD1(ICRマウス)だということは公表されています。従ってこのBFP-transfected Oct4-GFP ES cellsの提供も丹羽研だということが推定できるのと、恐らくそのマウス背景もCD1(ICRマウス)ではないかと推測されるわけです。
小保方さんはレジェンドに「For an additional control,」と書いていて、これは無論abとcdの実験に加えてという意味で、疑い深い査読者に向けて、abとcdの実験結果を同時に証明するという意図で笹井さんと丹羽さんが実証実験プランをアドバイズしたものです。
笹井さんと丹羽さんは小保方さんのレジェンドの書き間違いに気づいてないだけで、実験結果は知っているんですね。



ああれ

気まぐれぺルドン
一言真田虫が復活してきた・・流石サナダ虫だけの事はある・・・

一言居士
小保方さんの書いたレジェンドは以下ですよね。

①Whereas BFP-expressing colonies (ES-cell-derived) still expressed Oct4-GFP in trophoblast stem-cell culture medium after 2 days (e),

② no Oct4-GFP+ colonies from BFP-expressing ES cells were observed in the JAK-inhibitor-treated culture (f).

①をそのままに理解すると、写真の事実と違っている事を確認してください。after 2 days にBFP-expressing colonies (ES-cell-derived)のOct4-GFPは消えているではないですか。観測事実とは真逆の説明になっている。
しかし、after 2 daysを①の文章から切り取って、②の文章の後に付けると理解可能になるということに気づいていだきたいですね。

①Whereas BFP-expressing colonies (ES-cell-derived) still expressed Oct4-GFP in trophoblast stem-cell culture medium(e),

② no Oct4-GFP+ colonies from BFP-expressing ES cells were observed in the JAK-inhibitor-treated culture after 2 days (f).


小保方さんは文章をモチャモチャと編集している過程で、間違えているんです。




一言居士
次はExtended Data Figure5-e,dです。


https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/f/2/f23aedf2.png

レジェンドです。
>>
e, f, For an additional control, Fgf4-induced stem cells were plated in trophoblast stem-cell medium containing Fgf4 together with Oct4-GFP ES cells that constitutively expressed BFP (the number of plated cells was one-tenth of that of plated Fgf4-induced stem cells). Whereas BFP-expressing colonies (ES-cell-derived) still expressed Oct4-GFP in trophoblast stem-cell culture medium after 2 days (e), no Oct4-GFP+ colonies from BFP-expressing ES cells were observed in the JAK-inhibitor-treated culture (f).

e,f, 加えて別のコントロール実験として、Fgf4誘導性幹細胞を、Oct4-GFPとともにBFPを恒常的に発現する ES細胞(播種細胞数はFgf4誘導幹細胞数の数の1/10)と共にFgf4を含有する栄養膜幹細胞培地に播種した。BFPを発現するコロニー(ES細胞由来)が2日後に栄養膜幹細胞培養培地中でOct4-GFPを依然として発現した(e)のに対して、BFP発現ES細胞由来のOct4-GFP 陽性コロニーはJAK阻害剤添加培地では観察されなかった(f)。

私の海賊版翻訳の英文と日本文とをよく比較して私の理解が間違ってないことを確認されてください。日本語に翻訳すると私がこの英文をどう理解しているかが、他の人々の目にさらされることになりますよね。

キャプチャーにある[FI-SC+10% BFP-transfected Oct4-GFP ES cells]はレジェンドでは<Oct4-GFP ES cells that constitutively expressed BFP (the number of plated cells was one-tenth of that of plated Fgf4-induced stem cells). と書かれている。
問題は<constitutively expressed BFP>ですよね。

GFP=Green Fluorescent Protein=緑色蛍光蛋白
BFP=Blue Fluorescent Protein=青色蛍光蛋白

[FI-SC+10% BFP-transfected Oct4-GFP ES cells]の[10% BFP-transfected Oct4-GFP ES cells]というのはOct-GFPとCAG-BFPの共挿入ES細胞を全体の量の10%程度入れたと言っているわけです。
実際に図を確認すると、BFP-transfected Oct4-GFP ES cellsは太青矢印で指示されている。上段が明視野、中段がグリーンフィルターでの蛍光顕微鏡視野、下段がブルーフィルターでの蛍光顕微鏡視野視野です。左のe図がJAK-inhibitor添加前、右のf図が添加48時間後です。GFPは消えているがBFPは消えていない。ES細胞の多能性はJAK-inhibitorを添加することによって、分化の方向に細胞分裂が進むのでOct4遺伝子発現が無くなるからOct4-GFPの緑色蛍光が消えるのですが、CAG-BFPはプロモーターがOct4プロモーターではないのですから、細胞の多能性とは無関係に恒常的に青色蛍光しているわけです。これが実験事実です。
それに対してレジェンドの説明が変だということをまず確認しなければなりませんよね。




一言居士
さて、
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