学とみ子が説明する臨床用語への、ため息ブログ主及びメンバーの噛みつき方は尋常ではない。

数年もSTAP論文についてやりとりしていると、専門家でなくてもいろいろわかってくる。

長くなってしまったため息ブログとのバトルも、もはや学術的情報を交換し合うというタスクから大きく逸脱している。
学とみ子が間違ったとしつこく言ってくるため息ブログは異常だ。

ブログ主のため息さんは、自身が医学的考察が不十分であることを何が何でもごまかしたいのであろう。
その意向に、メンバーたちは全面協力の姿勢だ。

ため息さんが今も現役で、医療人教育をしている立場であるのだから、ため息さんは医学に熟知している姿勢を示したいのだ。
だから、その手段として、学とみ子の間違い探しに奔走する。
こうした背景を考えると、ため息さんは、今後も学とみ子攻撃を止めないであろう。

plusさんも当ブログからいろいろ学び、学びを生かして専門家の気分で書きなぐることが楽しいのであれば、そのお愉しみを続けていくのだろう。

対抗策として、学とみ子もこれ以上、情報ソースを提供しないようにしていくしかない。
というより、ため息ブログから、からまれても、当ブログは相手にしないようにしなければならない。

ため息ブログの彼らは独自で、STAP論文理解に必要な知識を集めてこれるわけではない。
いつでも、学とみ子の提供した文章に理不尽にからんでくるだけである。

とにかく、ため息ブログのように、専門知識を侮辱のツールとして使うようになれば、不毛な議論が果てしなく広がることになる。
今回もJAKi 、皮下、浸潤、融合なる語句をめぐるバトルがあったが、しみじみと不毛であると思う。

学とみ子は、人々の理解が進んで欲しいと思いながら、自論を書く。
そこで使われる語句が、ため息ブログによって、果てしなく誤解、誤認されていくのである。

JAKi などは、もはや臨床応用さてているすでに多種発売されている薬剤である。
JAK阻害薬はトファシチニブ(ゼルヤンツ)、バリシチニブ(オルミエント)、ペフィシチニブ(スマイラフ)、ウパダシチニブ(リンヴォック)、フィルゴチニブ(ジセレカ)。

学とみ子の頭にはこうした知識しかないから、JAKi とOctやESとは結びつかない。
以下のplusコメントのコメント記載は、とてもローカルなものであり、JAKi の説明であるなら間違いであると感じる。
でも、plusさんには全ての知識であり、何を批判されたかはわからない。

その持ち込もうというサンプルに混ぜられたのは、JAKiで処理した細胞なんですかぁ?
JAK阻害剤というのはES細胞のES細胞たる特徴であるoct4の発現を維持するJAK-STAT経路を阻害する薬剤ですねえ。これを添加された細胞はES細胞っぽくない遺伝子発現になるわけですなあ。



これは、立場や理解範囲の違いであり、お互いの立場に配慮し合えば済む事である。
本来なら、こうした追及騒ぎなどは起きないはずなのだ。
何年にもわたり、激しい侮辱の言葉を浴びせ続けられているplusさんとは、まともな人間関係は気づけない。

「plus説明は、JAKi の作用機序ではない」と、学とみ子は思うだけなのである。
「そうなんですね。良く勉強されてますね」などと、学とみ子が言う方向には行かないのである。


論文を読みなれない、医学的用語の使い勝手を知らないため息ブログ主及びメンバーだから、誤解はいくらでもしてくる。
そして、ため息ブログからすれば、その誤解の原因は、すべて学とみ子側である。
そうした追及を、集団で行って、そして楽しんでいる。


彼らの理解が進むようにとの情報提供を、学とみ子は長い間、してきてしまったことへの反動であると思う。
この努力はこれで、無駄であったとは思わない。なぜなら、実際、ため息ブログメンバーは、かなり学べたと思う。

「GFPの光など、いつでもどこでも光っていて、研究者は気付くはずだ」とか言ってたplusさんもわかったであろう。
ES.TSを混ぜたら、ES.TSではなくなってしまう科学的事実も、彼らは学んだであろう。

だからこそ、動態が予想不可能なES.TSを、実験の初期に混ぜるとする小保方単独捏造が難しいということなのである。




専門用語を限定して使用しなければならぬとのトレーニングを受けている人は、ため息ブログには皆無だ。
ため息ブログメンバーは、ネット検索による聞きかじり知識を得たら、そこに自身の思い込みを加えて、学とみ子説明を悪意を持って改変していく。

学とみ子にとっては、STAP論文は専門領域ではない。
しかし、臨床用語は専門である。
専門用語の使い勝手は、専門家同士なら誤解はないが、そうでない人が相手の場合、いくらでも誤解や悪用の材料にされてしまうのである。

特に、ため息さんは、医学的知識に大変なコンプレックスを抱えていて、あくまで、学とみ子を悪者にしようとしている。

学とみ子説明に登場させた臨床用語への、ため息ブログ主及びメンバーの噛みつき方は尋常ではない。
わざわざ、1年位前につかった用語について、ため息さんは嚙みついてくるようになったのである。

何を言っても自由なため息ブログ匿名メンバーなのだから、彼らが何か優越感に浸れる言動をしていきたいなら続けていけば良いだろう。

桂調査委員会の参加者も、二度とこの案件について語ろうとしない。
桂報告書が出てからは、本物の学者は、STAP事件は議論しない方が良いと考えただろう。
自らの保身のためである。
その理由は、STAP事件の裁定には問題があると、専門家たちが認めているからである。
早く終わったことにしたいのである。
マスコミは、取材を申し入れたであろうが、学術界は二度とこの事件に触れたくないのである。
「とにかく、無かったことにしてほしい」が、学術界の意向である。

しかし、研究界の人ではない一般社会は、「なぜ、ESねつ造説では、問題なのか?」について、疑問を持ち続けるのである。
特に、自身で学ぶ人たちはいなくならない。
「なぜ、ESねつ造説にすると、問題なのか?」について、追及は続いてしまうのだと思う。


ESは、いろいろな実験をこなしていく経過で、気づかずして混入してしまった可能性が高いというのが、当ブログの理解である。
学とみ子は、当ブログで、STAP論文の理解の仕方を考察しているのだから、今後も、その作業を淡々を進めるだけである。


マスコミ人は、小保方単独犯説を信じる学術層から偏向情報をもらい、日本中に間違った情報を伝えた。
マスコミ解説を支えたのは、小保方単独犯説を作った研究者層と、それを信じた理研関係の研究者層である。
ESねつ造説を広めようとする偏向学者のみから情報を得たマスコミ解説で、日本中に誤解が巻き起こってしまった。
すっかり、個人犯行説を信じてしまった人たちは、社会正義からマスコミに協力的に活動したのだ。


科学者層にも、小保方単独犯説を信じた人たちは一時的に多くいたのだろうが、桂報告書が出てからは激減した。
酸浴実験から以後の実験には、小保方氏の関与が少ない事を、学術層が知ったからである。

学術層の人が、ほとんどのSTAP細胞の実験を小保方氏が担当したわけでないことを聞けば、ESねつ造説実行は困難である事がわかる。
酸浴後STAP細胞を他の実験に渡してしまう研究形態では、個人の捏造は難しいことがわかるのである。

学術層には、今でも、個人犯行説を維持していきたい人たちがいる。
しかし、学術層の人なら、ESねつ造説には、いろいろな不自然な作り話的な側面にきづくだろう。



本物の学者たちは社会的に無言だから、当ブログが想像して紹介しているのである。
まず、酸浴後7day以内にES混入が起きたとの想定は、小保方単独行動を言いたいがためであることに、学術層の人なら気付けるはずだ。
STAP細胞は、酸浴後7day以後も引き続き培養は継続されており、ES混入させたい犯人がいれば、いくらでも若山研究室に入ることができる。
ここは、桂報告書にも、「誰でも混ぜられる状況にあった」と明確に書かれている。


残念なことに、桂報告書は、上からのプレッシャーがあると思われ、小保方単独犯行とさせたい意向が働いている。
いくどとなく小保方氏が研究者として無能であるとの強調をしているのである。
しかし、読む人が読めば、ここは印象操作が加えられているのではないか?に気づけるところであろう。
学術層の人なら、上の管理組織から、何らかの理不尽なプレッシャーが理研にかかっていることを予想できるだろう。



今、ESねつ造説で残って、立ち回っているのは、ため息さんのような非専門家であり、STAP細胞知識は無い。
STAP論文、関連論文も読まず、専門知識を持たないが、学者の肩書があるので、それを利用して、ESねつ造説維持作業をしている。
ため息さんは、他人攻撃が大好きだから、趣味と実益である。そこに、ESねつ造説を信じる一般人たちが寄り合っている。

ため息ブログメンバーの彼らは、ため息さんから専門家のように扱ってもらえることがうれしいし、他人侮辱が大好きなのである。
彼らは叫び続けるでしょう。




一言居士さん、
ご指摘のように、そのばに居合わせる複数のスタッフがいるにも関わらず、誰も何も言わないことが最大の謎ですね。桂報告書に対する無言の抗議でもありますね。

>これだけのことを一応押さえておいて、「第5章 思いとかけ離れて行く研究」15P分の記述の文献批判を行ってみましょう。


oTakeさんが興味深い事を書いてくれました。ため息ブログメンバーのように良くわからない人が公報に参加してたんでしょうね。ため息ブログに、実際に参加してた人がいるのかも。
だからこそここまで頑張るのかと。

事件当初は、TCR解釈は間違ってしまっていました。もう10年近くになるけど、ため息ブログメンバーは、独学が、どの位、進んだのでしょうか?

ため息ブログメンバーは、自身から積極的に語る人がいませんから。いまだにわかっていないと思います。

当ブログでTCRラダーがおかしいとの議論していた当初、あの傲慢なやっぱりさんがTCRを知らない事が判明しました。又、それまでに、他のブログでも議論されていなかったことも判明しました。
つまり、ここでのTCR議論が先駆的だったことがわからないため息ブログメンバーがいました。懐かしいですね。
今は、ため息ブログメンバーの理解は、どの位、進んだのでしょうか?


>【理研の広報】
今回、理研の広報体制ですが…
理研本部の広報、神戸 CDB の広報が動いていたわけですが、実はこの他にも民間の広告代理店にも広報を頼んでいたんですよね。何故か報告から省かれていますね。


oTakeさんの話では、専門家以外の人たちがSTAP論文をあれこれ、一般人向けの論評やら、公報してたんでしょうね。ハンニバルさんのような立場の人がネット向け公報してたんでしょうね。

oTakeさん、
>小保方氏が「そんな大変なことができるか」といって激高したアノ話です。
これは、品種改良で古くから行なわれている”自然界からの有用種を選抜し、それを増やす”ということと原理的に何ら変わりないの話です。

素早く細胞処理をすることが必要なんでしょうね。小保方氏は、いろいろ経験して、マウスから細胞を取り出して実験する時、できることできないことがわかっています。しかし、他の実験者にはわかりません。

ましてや、話を聞くだけのoTakeさんには、なおさらわかりません。


TCR議論で、ため息さんの無知がミエミエになりました。
本庶佑氏の発言は、後半部分が大事で、若山研究室の問題点を指摘しています。


TCR議論では、しっかり実験方法が書かれていないとの、本庶佑氏からの批判でした。TCRを知らない人たちには、本庶佑氏の文章を正しく読めません。ため息さんのような全く知らない人には、意味が通じません。遺伝子が切れると学とみ子が言ったら、ため息さんは、その意味がわかりませんでした。ため息さんは、「切れたら繋がらなくなる」と言いました。
学者でも、この程度に無知な人がいることが、学とみ子にとっては、驚き以外の何ものでもありませんでした。今のため息さんは、その頃からすると、カタコトのTCRを得ました。そのカタコトを振り回してます。

>京都大学大学院医学研究科客員教授本庶佑氏の発言なわけで、学とみ子は本庶佑氏を「免疫の知識が無い」といったことになると指摘したのに答えられなかったのは忘れたの?
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コメント

一言居士
ただ、この時点で若山さんが何も悪いことをしていないという歴史的思考は、私の"目には目を"の、あいつらに対する嫌がらせの復讐記述とは別に押さえておかなければなりませんよね。それはそれ、これはこれです。

仮に小保方酸浴細胞核使用ntESだったらTCR再構成は原理的にどう出るかという可能性をここで確認しておきましょう。ntESはクローン胚から作ります。クローク胚には一個の核しか入りません。

①GLバンドが二つの1本のバンドの出るT細胞の核
②GLバンドと別のもう一つの2本のバンドの出るT細胞核
③GLバンドが二つの1本のバンドの出るT細胞以外の細胞(白血球のT細胞以外の細胞)


①と③は区別できませんが、いずれにせよ、1本か2本の二通りのバンドがでる細胞です。

これをランダムにたくさんの胚に入れるわけです。これをそのまま自然発生させると1,2% からクローン胎児が生まれますが、ntESにすると4Nキメラの樹立率が10%から20%程度に上昇する。無論、クローンと4Nキメラは違いますが畜産実用面では問題ない。

ntESはクローン胚を胚盤胞期まで培養した後にそのインナーセルマスを取り出して、ES培地に入れるわけです。ここで既に全部が培養に成功するわけではないですよね。ES細胞ですらやれば全部できるということは無いようですね。ntESでも同じですが、ES細胞の場合はこの培養継代に成功した時点でほぼ樹立とされて凍結される。40継代も確認して無限増殖を確認するという研究時代は過ぎていて、3、4継代させたら凍結しないと実用的でないですね。

しかし、ntESは培養しても今度はキメラ胚に入れて必ずキメラになるという確率はESとは比較にならないほど低いのですから一つの株は一部を必ずキメラ胚に入れて4Nキメラになるという確認の取れたものでないと樹立とは出来ないわけです。最終的に1割2割の世界のようです。

FLS8株が私の所謂小保方酸浴細胞核使用ntESだったとして、1番から続くナンバリングというのは

①まず普通に考えると一つのクローン胚から取り出されて培養成功し、その一部を4Nキメラ胚に入れて、キメラが生まれたことを確認した株に対して、ナンバリングされていくと考える。するとランダムにクローン胚に入れた細胞はランダムに雌雄混合になる筈なのに、オスばかりというのは、雌雄の赤ちゃんマウスから採取した脾臓由来という論文記述が正しいのなら、おかしいので、オス細胞である大田ESのコンタミなのだということが桂報告書の根拠にもされているわけですが、このことを最初に言ったのが若山さんの記者会見時なので逆に怪しまれているわけです。そんなことを今ごろ言い出すなよと誰でも訝りますよね。このFLSのキメラ子に雌の129を戻し交配したのは若山さんで、キメラ子が全部雄で兄妹交配ができないということはとっくの昔に分かっていたわけです。

②だから、どうもこのナンバリングの仕方の裏に何か知らない手順がありそうだということが私の未だに分からないでいることなんですね。










一言居士
と、向こうに、目には目を歯には歯を、を示して、やったらやり返されるという事実を見せつけてやったところで、そろそろ客観記述に戻りましょう。

幹細胞は小保方酸浴細胞核使用ntESだというのが、私の説です。このキメラ胎盤が光ったというのが若山さんの発見だったが、その研究は小保方さんと共に山梨大に持っていきたかったのだが、思うに任せないままに事態は最終的にSTAP事件になってしまったのだという仮説です。
ここでは幹細胞とキメラのTCR再構成を確認されると困るので、若山さんは4Nキメラを作ってやらなかったのだと推測しているわけですし、どうして丹羽さんのプロトコル発表を契機に遠藤のKahoの日記にある「なめてますね」という言葉が出たのかに関して、世界中にFLS8株をバラまかれてはその細胞の正体が知られてしまうことを恐れたのではという疑義があるわけですよね。世界は手加減ありませんからESかntESかを識別してしまうかもしれない。それにいずれFI幹細胞をバラまかれたら困ることもあるかもしれませんね。


一言居士
"結論ありき"のとても偏向した報告書ですよね。もっとちゃんと小保方さんに聞けよ。間抜けが。
「最初小保方氏が再構成を確認したとされた」とはなんだ。誰のやった実験なのか聞いてないのかよ。小保方さんは自分が直接にやった実験ではないと書いているではないか。調査当時に小保方さんに聞いたら『あの日』に書かれているようにスタッフだと答えたでしょうが。意図的に聞いてないか、聞いていても若山さんや奥さんの言葉だけを採用しているんだろうが。糞足れが。
小保方さんは『あの日』では先輩の研究員、留学生、メンバー、スタッフと場合によって書き分けてますからね。テクニカルスタッフは坂出さんと山中さんで、坂出さんはベテランで共著者になった論文もある人ですから、山中さん(バ感想)でしょうかね。いい加減な事言うのも大概にせえや。

「その後のCDB 若山研メンバー、および小保方氏自身の追試で失敗した。その事実にもかかわらず、実験結果を自分たちのアイデアに沿うようなものを採用した。」って、三誌論文時代には幹細胞化論文なんて書かれてないんだぜ。TCR再構成実験の実態を調べるのなら、この三誌論文時代の研究室で何が行われていたかをちゃんと調べいや。その適当な調査結果で長々と小保方さんに疑惑があるかのごとくに書き綴っていながら、最後に「研究不正とは認められない」とはなんだ。それなら書くな。このクソガキどもが。

一言居士
幹細胞のTCR再構成確認は第五章の記載ではないが、桂報告書の記載とは微妙に異なっているので、ここに確認しておきましょう。まず、『あの日』149P。
>>
STAP幹細胞は理研の細胞リソース部門に移管し、外部の研究者たちにもSTAP細胞を取り寄せて実験に使ってもらえるようにすることが予定されていた。STAP幹細胞のTCR再構成については、当初若山研のスタッフによって解析が行われていた。その時の結果では調べられた8株のうち2株にはTCR再構成があるようだったが、その実験にはコントロール実験がなく、結果の正確さは担保されていなかった。そのため私が後日、自分で確認の実験をコントロール実験と同時に行ったところ、どの細胞株からもTCR再構成は観察されなかった。しかし、私が解析したSTAP幹細胞は若山研のスタッフが実験を行った細胞から継代培養が繰り返されていたので、STAP幹細胞に元々TCR再構成がなかったのか、継代は培養の過程で選択がかかりTCR再構成のない細胞だけが生き残ったのかが不明瞭になってしまった。ただ、外部に譲与される予定だったSTAP幹細胞は少なくとも継代培養によって増やされたものであるので、プロトコールにはTCR再構成がない、と記載されることになった。


桂報告書27P。
1)TCR 遺伝子再構成に関する不整合データ隠蔽の疑いについて

(調査結果)
小保方氏はTCR遺伝子再構成に関する実験を開始し、STAP細胞を含む細胞塊、一部のSTAP幹細胞にTCR遺伝子の再構成が見られることをCDB若山研で最初に報告した。しかし、後に8系統のSTAP幹細胞のTCR遺伝子の再構成を確認したところ、再構成は確認されなかった。なお、この8系統は小保方氏が継代培養を繰り返していた細胞であった。
さらに、この実験は小保方氏の依頼で、CDB若山研メンバーによるTCR遺伝子再構成の確認実験が行なわれた。しかし、このCDB若山研メンバーの実験ノートによれば、実験の結果TCR遺伝子の再構成は確認されなかった。
以上のことから、小保方氏は最初の実験でTCR遺伝子再構成があることを報告したが、後の小保方氏自身の実験、およびCDB若山研のメンバーに確認を依頼した実験ではTCR遺伝子の再構成を認めるに至らなかったことから、実験データに不整合が存在したことは明らかである。
丹羽氏は2013 年1月に論文作成に加わった際に、小保方氏が継代培養を繰り返していた 8 系統の STAP幹細胞のTCR遺伝子の再構成は確認されなかったと聞いたと説明している。さらに、丹羽氏は笹井氏に対して、TCR遺伝子再構成に関するデータを論文に含めることについては慎重にすべきとの意見を伝えた。小保方氏の追試が不成功であった点に関して、笹井氏らは STAP幹細胞がヘテロな集団であり、長期的な継代培養により再構成が起っていた細胞が消失したという解釈を採った。なお、Article 論文には、STAP細胞を含む細胞塊のTCR遺伝子再構成については記載されが、STAP幹細胞自体のTCR遺伝子再構成実験の結果については記載されなかった。
一方、丹羽氏は、Protocol Exchange への投稿は、発表後、この論文ではすぐに再現性についてクレームがつくと思った。小保方氏のプロトコールでは不十分と考えそれを詳細にしたものを早急に公表すべきと考えた、と説明した。さらに、当時、小保方氏と笹井氏はコリジェンダ(corrigendum)で相当に多忙であり、エディターと応答できる者が必要ということで、自分が執筆した、と説明した。
2014年3月5日にProtocol Exchange に公表された詳細なプロトコールの「STAP stem-cell conversion culture」「2.After 4-7 days of…」のプロトコールの「IMPORTANT」(iii)に、8 系統の STAP幹細胞にはTCR遺伝子再構成が認められない、という結果の記載が存在している。
また、丹羽氏は「若山さんは、最初 STAP幹細胞の初期のパッセージでは TCR 遺伝子再構成はあった、と小保方さんから聞いたと言っている」と説明した。
(評価)
TCR遺伝子再構成に関しては、最初小保方氏が再構成を確認したとされたが、その後のCDB 若山研メンバー、および小保方氏自身の追試で失敗した。その事実にもかかわらず、実験結果を自分たちのアイデアに沿うようなものを採用したものの、後に、Protocol Exchangeで8系統のSTAP幹細胞にはTCR遺伝子再構成が認められないという結果が記載されたこと、並びに丹羽氏への聞き取り調査における上記の説明から、意図的な隠蔽ではなく、研究不正とは認められない


そもそも小保方さんの証言と違っているじゃないか。テクニカルスタッフ(山中さん:バ感想)あたりに若山さんがやらせた結果を小保方さんが聞いて若山研で最初に報告したんでしょ。後の確認は小保方さんが自分で行い、寺下さんにも確認を頼んだということでしょ。
「研究不正とは認められない」なんて当たり前で、「整合データ隠蔽の疑い」なんて書き出しするなよな、テメエ。



一言居士
ということで、無駄な情報ばかりを仕入れてきましたが、漁師名人にはいいこと教わったので収穫はあった。帰って来てみるとまだ無駄口ため息与太郎ブログは閉鎖されていないし、過去アーカイヴも消去されていません。当然学さんブログの私のコメントもまだ消されていない。ナンテコッタイ。やったらやり返されるということがまだ分からないらしい。


一言居士
漁師名人から電話があったので、管理釣り場にちと観戦にいきます。

んじゃ。

一言居士
笹井さんの記者会見での説明でGel2のキメラの尾部組織細胞のTCR再構成確認実験は小保方さんが説明していることが分かりますよね。ここでどうして若山研で取り敢えずは4Nキメラを作ろうという話にならなかったのかというところに関しての情報が無いんですよね。どうして小保方さんの手持ちの2Nキメラで実験したのか、或いは若山さんがそれをあえて4Nを作ってやらずに2Nのままでさせたのかの事情です。しかも、セル段階では<西川先生のご助言に従い、Oct4陽性細胞になった後の細胞のTCR再構成の有無を調べる実験を行うことになった。TCR再構成の有無はPCRによるバンドの有無で判定することができる。実際に実験を行うと、Oct4陽性細胞になった(GFPを発現した)後の細胞からもTCR再構成を示すバンドが確認された。この実験結果を追加し、ネイチャーに続いてセルに投稿した>という説明ではキメラのゲル写真は提示されていないように書かれている。
ただし、特許の書類にSACsと書かれた2NキメラのTCR再構成バンド写真があるのでサイエンスには添付されているようですが、そこでも4Nキメラではありませんから、若山さんは4Nキメラを作ってやっていないのです。その理由を知りたいわけです。若山さんは4Nでなければいけないことは理解していますよね。

①一つにはネイチャーリジェクト後と2012/6/6のセル提出までの間に4Nキメラを作る時間が無かった。
②しかし、またセルにリジェクトされたが、予期してなかったのでサイエンス提出までの間にもまたできなかった。
③或いは、私も既述しているような理由でそもそも4Nキメラを作ってもやはりトレースは出来ないと考えていた。
④もしくはntESだということがバレるから作りたくなかった。

というようなことが考え得るわけで、特に京極さんの論文は提出されていると『あの日』に書かれていましたね。96P。
>>
学生さんからは、「若山先生と相談してネイチャー姉妹誌に投稿することを決めました」と連絡を受けた。若山先生からは論文投稿前に、「僕の大学での将来を考えると暗い気持ちになるのですが」と書かれたメールの中で、「ちょっとずるいですが小保方さん論文のインパクトを利用して、こんな簡単な内容でも一流雑誌に出せるのでは、なんて考えている」という連絡を貰っていた。こうして、この学生さんによって執筆された論文は実際に投稿されたが、騒動になったのち静かに取り下げられている。


まだ小保方さんの山梨に助手で来てくれるという返事はありません。最後までなかったのですから、私のntES論では、この京極さんの論文は嘘の論文になります。でもどの時点かで提出されていて、かつ採用された後に事件化後にリトラクトしているのです。
何時提出されたかが問題なんですね。




一言居士
と、鉄鋼鳶たる私のガラッパチ具合の本領発揮で大向こうからのヤンヤンの喝采を受けているところですが、無論、では本庶氏が意見を求められた時にどう書いたらいいのだろうかと考えている心中に入り込むにはその文章の文献批判が必要になるので、まずは相手の身になって共感的な読解に努めてから批判に入る必要があるのですが、今は、小保方さんの『あの日』第5章の文献批判を行っている途中ですから、寄り道しませんので、言いっぱなし御免です。へへへ。


一言居士
ということですのでちょっと深く考えるだけでこのTCR再構成の確認でES細胞のコンタミではないということを証明することは難しく、かつ、運よく全ての段階でT細胞由来細胞が関与していたとしても、4Nキメラ内で、その既に一度再構成を受けている細胞から分化が進んで再びT細胞となった時に別の場所にTCR再構成が起こるのか否かすら分かってないわけです。胎児は生まれているのですから新たに出来たT細胞は有るはずなわけです。

笹井さんは記者会見で、4Nキメラで行うか、2Nならもともとのマウスの背景を変えるとか、一種類のTCR再構成しか起こらないようなマウスを使うかとかいう説明をしていますが、前者は実際マウス背景は違います。後者はそういう研究も既にあるんでしょうね。でも2Nでなければそんな難しいことはしなくていいのですから4Nなら問題が無いような説明にはなってますね。
再掲します。2:14:52/2:36;24の辺りですね。

https://youtu.be/zZ5l-ABjEyc


4Nでも簡単ではないのではというのが今私が書いたことで、笹井さんも相当なコントロール実験が必要と言ってますから、当然分かっているわけですが、記者会見の説明で深々と入れないということは分かりますよね。4Nキメラという言葉も使わないように100%キメラといい、2Nはどう説明しようかと逡巡して100%でないキメラと言った具合です。
しかし、大事なことはこの件に関して笹井さんと丹羽さんと小保方さんでかなり深く検討して相談したということが分かることです。
古田がそのデータを出してくれますかと言ったのがGel1,Gel2のデータで、これは約束通り再現実験の中間報告書に添付されましたが、後に外されたのです。なぜか。不都合なことがあったからです。こういうところに不正の影がチラチラしているわけで、世間はすぐに変だなと気づいてしまうわけです。

https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/1/9/19990935.png


その魚拓が残されていたので今でも見れるわけです。

ESコンタミに関して三人が話したこともそれとなく暗示されてますよね。古田の説明の後のアッポ桃子の質問に笹井さんが答えている。良い質問しますよね。憎めない。ひひひ。

それは若山研で行われた実験がアーティファクトであるというようなことを論じることになるので、若山さんに面と向かって聞いたことはないですが、丹羽さんと、小保方さんと三人で話し合ったことはあると証言してますね。確認してください。
論文を全体を見渡せる立場にあった笹井さんがどうして不正を見抜けなかったのだという浅薄な批判を本庶がしていますが、お前が笹井さんの立場だったら見抜けたのかと言い返す骨の有る奴は居ないのかねえ。ノーベル賞が何だ。たかが人間です。ニュートンは碌でもない人間だったとホーキンスが書いているし、セントラルドグマは女性研究者の成果を盗んだとも言えるんじゃないか。

人類に貢献する発見をして称賛されるということと、道義的に間違ったことをすることは普通に両立しますね。人間は神様ではないからねえ。

この話をするときに笹井さんが恥ずかしそうな表情をするところをよく見てください。仲間の能力を疑うということ自体がはしたないことなんですが、頭のいい人なんですから、人が疑義するようなことは当然考慮済みだが、キメラが出来たことを疑わなかったと言っているのです。疑ったらこんなことにはなってないでしょう。本庶なら疑ったのか。馬鹿者が。コンチクショウ!


一言居士
ウクライナ独立戦争ニューズチェックの時間です。

んじゃ。

一言居士
次にES細胞をポトリした細胞塊を若山さんが渡されていたとして、ES以外は多能性を持たない単なる酸浴細胞であったとしたらそれらは胚の中で分解されていくだけですから、所詮全部ES細胞からのキメラ胎児になるわけです。しかし、この時にはどの細胞を検査してもT細胞以外からはGLバンドだけしか出ませんが、T細胞を取り除けていない場合は全バンドがでます。完全に血液除去できたとしても、これがES由来だと証明するには多数の臓器を全部調べないといけないわけです。

しかもES細胞でない他の細胞であるTCR再構成済み酸浴多能性獲得細胞もキメラになっていたら、GLバンドだけのTCR再構成済み酸浴多能性獲得細胞もあるわけですから、ESと区別はつきません。加えてTS細胞ではない細胞が酸浴多能性獲得細胞になっていたとしたら、それもESと同様にGLバンドしか出ません。ただ、その場合はそもそも小保方さんがポトリなんて可能性はないわけです。

そういうことですから、若山さんがTCR再構成検証のために4Nキメラマウスを作ったと仮定して、小保方さんがポトリしていたと仮定しても、西川さんのTCR再構成確認ではこれがESコンタミだと証明するのは難しいのですし、逆にESコンタミではないと証明するには、西川さんの言うように、やってみて二本のバンドの出る組織細胞が出れば証明終わりになるのです。GLだけではだめですが、GLだけだからESだという証明にもならないということです。結構ややこしいんですね。ですから笹井さんのあの詳しい説明になったわけです。ただ、あのときのどの記者もその意味は分からなかったでしょうね。


一言居士
と、夏日も近づいてきてゲンナリりしがちなあちらの年寄共に喝を入れてあげたところで、続きをやりましょう。私は年寄思いですからね。生まれつき心根が優しいんですね。


まずキメラ胚に入れられたTCR再構成済み酸浴多能性獲得細胞は、小保方さんのプライマーで挟んだときにどういうバンドを示す細胞であるかということです。

まずGLバンドがあります。
①これはTCR再構成は片方の染色体に起きるともう一方の染色体の再構成は止まります。対立遺伝子排除(allelic exclusion)として知られている。つまり両親由来の一方のDNA鎖のT細胞のレセプター遺伝子の再構成は無いので、本来のDNA配列のままなのですから、小保方さんのプライマーで切った長さは最大長でGLバンドに並ぶのです。
②次に再構成されたDNA鎖であっても小保方さんのプライマーで挟んだ区間での再構成で無かったら、やっぱりこの区間で切った長さは最大長でGLバンドに並ぶのです。
③そして、この区間で再構成されている細胞のみ、
   D2.Jβ2.1の長さ
   D2.Jβ2.2の長さ
   D2.Jβ2.3の長さ
   D2.Jβ2.4の長さ
   D2.Jβ2.5の長さ
   D2.Jβ2.Pseuの長さ
   D2.Jβ2.6の長さ
の7つの可能性のどれか一つのバンドに並ぶのです。

従って、4Nキメラ胚に入れられたTCR再構成済み酸浴多能性獲得細胞がキメラになっているとしたら、その胎児の組織細胞からはGLバンド1本だけの細胞とGLバンドともう一つ7種類のどれか1本のバンドの計2本のバンドのある細胞が検出できることになるのです。


一言居士
ESの2Nキメラというのはリシピエントマウスのインナーセルマスの中にES細胞を移植してキメラを作りますからリシピエントマウスの体細胞とES細胞の体細胞の混合したキメラができるわけです。GFPを組み込んだりマウス種を代えることによってキメラ識別ができる。

T細胞がリプログラムされて多能性細胞になった細胞があったとして、それをリシピエントマウスに移植してシピエントマウスの体細胞とES細胞の体細胞の混合したキメラができても無論GFPを組み込んだりマウス種を代えることによってキメラ識別ができます。

でもここに査読者がESコンタミでキメラが出来たのだと疑ったとしたら、GFPによる識別やマウス種の違いではそうでないことを証明することができないわけです。そこでT細胞がリプログラムされて多能性細胞になった細胞なら、キメラの体細胞にもTCR再構成されている体細胞がある筈だからそれを証明しようという時、例えばキメラ尾部の組織からT細胞由来であるTCR再構成痕跡があるという結果が出たらES細胞ではない証明ができたことになるかと言うと違いますよね。
笹井さんが説明しているように、この尾部組織細胞には血液が循環していてリンパ球も浸透しているのだということです。2Nキメラですからリシピエントのリンパ球がある以上全バンドが出ますし、T細胞由来多能性細胞のリンパ球のTCR再構成痕跡がどういう変化を受けているのかも分かってない上に、仮に、完全に血液が取り除かれていて、尾部の組織細胞だけだったとしても、尾部が全部リシピエント由来になっているキメラだったら、TCR再構成痕跡なんかありませんから、GLバンドだけだったからと言ってES細胞だという証明にもならないわけです。

そこで、では4Nキメラで検証するとどうなるかと言うと、リシピエントのインナーセルマスは胎生致死と言って、生まれる前に徐々に排除されてドナー細胞だけの胎児になりますから、T細胞がリプログラムされて多能性細胞になった細胞が全組織細胞になるということです。
この時に問題になるのは20個程度インジェクトしたT細胞由来多能性細胞のTCR再構成は全部異なっているということですから、どういうTCR再構成細胞が何処の組織になったかという別の問題があるのです。

TCR再構成はレセプター遺伝子の全領域で起こりますから、だからこそ無限の抗体を作ることができるわけですが、今小保方さんのプライマーで挟んだD2Jβ2の領域部分だけの話に限定すると、沢山のT細胞集団を検査するとGLと偽遺伝子も含めて全部で8本のバンドが出るわけです。

ですから小保方さんがCD45+細胞集団とその酸浴細胞集団をPCRにかけてゲルに流した写真はホワイトハースト氏のようにクリアに出す技術があったら8本が見えないといけないのです。Gel2は比較的クリアですがホワイトハースト氏の程ではない。Gel1は流れてますよね。ゲルが厚すぎると深いところを通る断片が遅れて来るので上下でラグが出来て斜めになるからぼやけるのだという解説も有りますよね。まあど素人には分からないが未熟ということです。ポスドク1年目なんですから当たり前です。一般企業の大卒者でどんな分野でも入社6年目の社員程度のレヴェルですからまだまだベテランではありえないですよね。従兄弟は医者の資格を取って直ぐに親の病院に勤めましたが父親の叔父さんにまだまだ風邪も治せないよと最初のころ揶揄われてましたから、どんな世界でも似たようなもので、当たり前でしょうや。経験を積んで一人前になる。何事も勉強です。
4馬鹿大将どものように出来ねえ奴ら程中途半端にいっちょ前の口をききたがる。田中ぁ! 中学の時、俺のすぐ下のビリだった癖に、横柄な口利いてんじゃねえぞ。足場板の上から蹴落としてネットの上でピョンピョンさせてやるぞ、このアホンダラぁ。イッヒッヒ。

ともあれ、4NキメラにしたらTCR再構成確認でES細胞ではないことが確認できるかということです。

さにあらず。

ちと所要。





一言居士
『あの日』に戻って、小保方さんは<私が理解した西川先生のご助言は、Oct4が陽性になる前のリンパ球で遺伝子の再構成が起こっていることを示し、リンパ球にストレスをかけてOct4陽性細胞になった後の細胞にも遺伝子再構成があることを示せば、「成熟した細胞がOct4陽性を示す未分化状態に変化した」ことを明確に示せるということだった。>と書いてましたね。

この理解は西川さんの意図をよく汲み取っていますよね。なぜなら、この時小保方さんは既にネイチャーの査読者からESのコンタミだと言われてリジェクトされていますから、ESではないということを証明しなければならないということを理解しているわけです。
ES細胞のコンタミではないと口で言っても、ライブセルイメージングでGOFマウスのリンパ球を酸浴させたらそれまで光ってなかった細胞が光り始めたのだと動画を見せてもトリックだと言われれば仕方ないわけです。本物の研究なら雑誌に掲載してしまえば発見の時期証明は出来ているのですから、寧ろ信用されないままになっている方が研究者としてはどんどん先行できるわけで好ましいくらいです。
ところがヴァカンティ氏としては小保方さんに先行投資していますからね。給料も日本滞在費もハーヴァード大学が負担しています。大学に対して成果を見せなければならない。だから有名誌にアクセプトされたいし、特許も押さえたいわけです。ここは所謂政府関連企業たる理研や国立大学に勤めている若山さんら日本の研究者とは考え方がくい違っていて、取り敢えずティシュー誌にぶら下げて置いたらいいじゃないかという主張が通らないわけです。米国の著名大学は財閥系の私学ばかりで、国の研究支援はありますが、経営は独立していますから、資本主義原理に従って経営されている。投資額は回収されるべきものなのです。

セルだと言われたのですから小保方さんとしては、それら以外にESではないという証明を付けないといけない。ですから、まずはCD45+細胞にTCR再構成があるということを証明をし、次に、酸浴細胞にもTCR再構成があるということを証明したのがGel1であるわけです。そしてそれは誰が見ても2,3,4,5,6レーンで証明されている。4レーンを16レーンに差し替えたがお作法違反なんてことは別として、証明自体としては出来ているわけです。

https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/3/9/39c989df.png

このCD45+細胞とその酸浴細胞はT細胞を含むポリクローナルな細胞集団ですから、再現実験で小保方さんの作った細胞のTCR再構成検査を丹羽さんらがやってくれたらもっと鮮明なゲル写真が撮れたでしょうね。何度やっても出ますね。蛍光細胞の中のT細胞だけは蛍光してないのだと仮定してすらも蛍光とは関係なく出ますよ。当たり前ですね。でも取り敢えずそのことは確認しないといけない。なにしろ査読者に信じられていないわけで、信じられなくてもティシュー誌に論文発表しておいたら第一発見者の栄誉は動かないからいいのだと、ヴァカンティ氏が思ってくれないのですからやるしかないし、やったら出たという当たり前の結果です。

小保方さんは犯人でない限り、自分がESをコンタミしてないのは自分の事ですから分かるんです。またここでその実験後に若山さんにESを渡しては居ないのも自分で分かってます。キメラがESでできたと査読者が疑うのならそれは若山さんが4Nキメラを作ってその体細胞のTCR再構成を確認してコンタミでないことを証明するしかないということになるわけです。

『あの日』は理研退職後に書かれていますから、小保方さんはこの時期の自分の考え方だけでなく、笹井さん参加後の論文作成の事情も頭にあって書いてますから、この辺りは小保方さんがどういう考え方であったのかは即断できません。
普通に考えればここはキメラの確認が必要だと誰にでも分かるところです。しかし、小保方さんは<それからは西川先生のご助言に従い、Oct4陽性細胞になった後の細胞のTCR再構成の有無を調べる実験を行うことになった。TCR再構成の有無はPCRによるバンドの有無で判定することができる。実際に実験を行うと、Oct4陽性細胞になった(GFPを発現した)後の細胞からもTCR再構成を示すバンドが確認された。この実験結果を追加し、ネイチャーに続いてセルに投稿したが、またもレビューワーにはまわるものの結果は不採択だった。>と続けていて、Gel2のキメラ確認の写真はつけてないような書き方をしている。自己点検報告書にレーンの差し替えはセル誌投稿論文に既にあったとされているので、Gel2のキメラのTCR再構成確認実験結果はこの時に既にあったはずなのです。




一言居士
ともあれ、マテメソに書かれたプライマー配列は河本論文のものと同じだったわけです。
>>
TCR-β chain gene rearrangement analysis

Genomic DNA was extracted from STAP cells and tail tips from chimaeric mice generated with STAP cells derived from CD45+ cells. PCR was performed with 50 ng DNA using the following primers (Dβ2: 5′-GCACCTGTGGGGAAGAAACT-3′ and Jβ2.6: 5′-TGAGAGCTGTCTCCTACTATCGATT-3′) that amplify the regions of the (D)J recombination. The PCR products were subjected to gel electrophoresis in Tris-acetate-EDTA buffer with 1.6% agarose and visualized by staining with ethidium bromide. PCR bands from STAP cells were subjected to sequencing analysis and identified as rearranged genomic fragments of the (D)J recombination.



ここに書かれたDβ2: 5′-GCACCTGTGGGGAAGAAACT-3′ のプライマー塩基配列はDβ2遺伝子の前にあって、Jβ2.6: 5′-TGAGAGCTGTCTCCTACTATCGATT-3′の塩基配列は小保方さんの図ではJβ2.7の後になるのだ。そして河本論文通りにPCRするとGLも含めて偽遺伝子込みで8本のバンドがでることになるのです。ところが小保方さんの理解ではこれは7本出るという理解になってしまう。小保方さんはどれがどれかということを一所懸命に確認しようとしたが出来なかったのでしょうね。認識に誤解がある上に、クリアにバンドを出す技術が伴っていないんですよね。

こういう間違いをして悩んでいる人はポトリなんてしないですよ。






一言居士
私はどうも小保方さんの切り貼りはこの誤解から生まれていて、技術の未熟に加えてこの誤解からバンド数の数え方が腑に落ちなくて、分からないままに差し替えたのではないかとも疑ってますね。人が意識的行為をするときには理由がありますよね。ちゃんと聞き出すだけでいいんですがね。この業界にもっと冷静な客観的調査のできる人たちは居ないのかねえ。まあ、大本が文科驢馬省ですからねえ。

一言居士
小保方さんは河本論文に教えられて西川さんの指示した実験を行っている。Extended Data Figure 2-eは以下です。

https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/3/d/3df087b5.png


ここに小保方さんの勘違いが現れています。小保方さんは自分で勉強してJβ2遺伝子は7個あると知っていて、それをJβ2の1~7として図示している。しかし、これは7個という知識が邪魔したので、先のホワイトハースト論文の図を見ての通り、間にJβ2.Pseuを入れての7個なのです。

https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/1/9/19990935.png


pseudogene(偽遺伝子)というのは遺伝子配列としては存在しているが現在では働かなくなっていると考えられている遺伝子です。ですからJβ2遺伝子の数え方としてはJβ2の1~6までしかありません。5と6の間にJβ2.Pseuがあるのです。
実は河本論文の図ではこのJβ2.Pseuが取り除かれて説明されている。ちょっとぼやけてますがFigure3です。

https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/1/d/1df0d9d7.png

右上部のBが以下です。

https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/5/5/55a73fc7.png


小保方さんはこの図のD2-Jβ2エリアを参考に、しかし7個という知識から原図に一つ増やしてExtended Data Figure 2-eを作ったのです。河本論文はJβ2.Pseuを取り除いていますから1~6までしかない。D図部分の拡大図を見てください。D2Jβ2エリアです。Jβ2.Pseuバンドには矢印が無い。

https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/b/9/b9cf0f31.png


小保方さんのその誤解の結果、Extended Data Figure 2-eの3'末端の位置がJβ2.6の位置に置かれ、その後ろにまだJβ2.7がある図解になった。こういう切り取り方をするとバンドはGLを除くと6本出るという理解になる。でも河本論文のプライマー設定は小保方さんの図解ではJβ2.7の後に3'末端があることになるのです。従ってバンド数としてはGL以外には7本という理屈になるのです。

Gel1とGel2ともに電気泳動の技術が未熟でバンドがぼやけている。ゲルの厚さや電圧のかけ方に鮮明な画像を得るテクニックがあると聞いていますが、丹羽さんなんかが見たら未熟はすぐに分かったと思いますね。石井さんも早く収拾したいという気持ちが先行して小保方さんがどうしてレーンの切り貼りをしたのかの理由を親身になって聞いてないんですね。それよりも軽微なお作法違反で謝らせればこんな詰まんない問題はすぐに終わって人はいずれ忘れるのだと考えている。ちゃんとこの時に理由を聞いていればよかったんですね。
一方で笹井さんと丹羽さんは小保方さんが身近に居ますからもっと詳しく聞き出しているんですね。技術の未熟と共に4Nキメラでなければ証明にならないということも分かっていて、とにかく落ち着いたら若山さんと一緒に再現すればいいのだと考えて、キメラのTCR再構成実験写真を外させたわけです。とにもかくにもキメラが出来ているのですから何があっても大発見であることは動かないと思っているんですね。



一言居士
先に断っておかなければなりませんが、若山さんは私の説でもこの時点で特段悪いことはしてません。小保方酸浴細胞核使用ntES実験をしている事を自分たち以外の誰かに言わなければならないなどという法律も道徳もありません。むしろ研究者間の競争を思えば論文が出るまでは秘密にしているのが当然です。まして胎盤が光った時以降はこれはヴァカンティ研の発見というよりは自分の研究室の発見で、キメラ作製技術はヴァカンティ研にはないのです。しかも山梨大に行くことも、加えて研究所の所長人事も決まっているのです。西川さんには当面は黙っていたいでしょうよ。向こうでの予算獲得を図りたいだろうという思いは誰であっても同じで、論文が出た後なら西川さんにも笑って説明できることです。

資本主義下の経済体制では人々は競争して生産性を上げることが奨励される。いわば個々人の我欲を刺激してよく働かせて社会主義体制下の現実のように怠けさせないというシステムです。しかし、生産性向上の目的自体は我欲なんかではなく、全体の福祉向上にあって、マクロ経済学を学べば誰にでも常識として理解できることです。要するに全人類の食糧を我欲で一人占めしても食いきれないでしょうという当たり前のことです。何のために生産性向上させているのか。全員を例えば江戸時代の飢饉の餓死から救うためではないか。現代社会が餓死を免れているのは全員が我欲を刺激されるシステムに同意して競争ルールに従っている結果としての生産性向上のお陰なのだ。競争はつらいなと思って脱落すると、そういう人たちはどんどん生活上不利になって行くわけで、しかし、最低保証は社会保障で救われるというシステムですから、否応なく競争はしなければならないのだ。最低保証が無いと北朝鮮みたいに脱落した人たちが亡くなって人口が減っていき、最後には糞金一人になって自分では生産できないから最後の一人が亡くなった時に絶滅するのだ。資本主義でも同じで全員のために生産しているから、生産物は全員の分がある。競争に脱落した人に分配しないと生産物は余って、年々分配されない人が亡くなった分だけ縮小再生産になる。だから社会保障は資本主義体制を維持するために必須なビルトインスタビライザーとして機能しているのだ。そしてこういう社会は事細かく法律でやっていいことといけないことが決められている法治社会でもあるわけです。こういうことがシュウチンピラ共産糞豚政権や、プーチンコの糞独裁政権には理解できないんですね。というより自分たちの我欲が優先して理解したくないのです。いずれ排除されていくのは見えてますね。人類は馬鹿ではないからね。

若山さんがこの時点で法に触れていないということに気づいて欲しいですねえ。歴史的思考訓練の出来てない人は出来事を時系列順に追体験して行くことができないんですよねえ。はは。


私の説では、若山さんにとってはこの4月にいろんな問題が一気に噴出しているんですね。
ヴァカンティ氏の特許仮申請があって、しかもネイチャーで終わって、ティシュー論文掲載かと思っていたら、セルだと言い出した。"小保方さんがポトリ"説でも約束が違うぞという思いは同様の解釈になるでしょうね。『あの日』にあるように4月頃にはTS様細胞誘導の試みを始めていたというのですから、胎盤蛍光は3月頃だということになるんです。論文提出前後です。

受精卵ES細胞の胎盤は光りませんよ。

ここで"小保方さんがポトリ"は無いのみならず、ESコンタミ自体が"事故"も含めて無いと気づかねばなりません。

もし、ESのコンタミなら胎盤は光らなかったのでなければなりませんよね。ところが胎盤が光った証拠があちこちにあるわけです。

しかし、まずはどうして論文を通すために4Nキメラの出生胎児を作ってやらなかったのかの問題からです。



一言居士
さて、小保方さんは出身の専門が化学で、岡野、大和の細胞シートの研究に進んで細胞生物学から、ヴァカンティ研で初めて多能性幹細胞研究分野に入りましたので、獣医学や医学の分野には疎い。ですから西川先生のTCR再構成アドヴァイスの実行には取り敢えずはにわか勉強をしなければならなかったわけです。それが西川先生のところに所属していた研究員の人が渡した河本論文だったわけです。

それに対して若山さんは獣医学ですから医者や看護師さんたちと同様に基礎知識として免疫学は当然学んでいます。西川先生のアドヴァイスの意味は当然ですが世界の若山さんですからすぐに分かったわけです。

西川さんの追跡法は①CD45→②酸浴蛍光CD45→③キメラ胎児という経路の中に常にT細胞が含まれているという前提での検証です。

まず、小保方さんのOct4-GFPによる追跡は①GOFマウスのCD45→②酸浴後Oct4-GFP蛍光したCD45です。①には必ずT細胞が含まれています。そして②にも含まれている可能性が高いと予想することはできますが、T細胞だけは酸浴してもOct4-GFPを発現しない可能性に関しての検証は無いのですから絶対ではないわけです。またFIの場合はCAG -GFPマウスですので、①F1マウスのCD45→②酸浴後クラスター形成したF1マウスのCD45です。

次に若山さんのGOFマウス由来キメラの追跡法は小保方さんの②酸浴後Oct4-GFP蛍光したCD45→GOFマウスであるB6の毛色と黒目を持つキメラ誕生で、F1の場合は小保方さんの②酸浴後クラスター形成したF1マウスのCD45→CAG-GFPの蛍光しているキメラです。因みにこの写真が一大スペクタクルでもあるわけです。

繰り返しますが、ESコンタミが無ければ、この論文の証明はTCR再構成検証なんかなくても、ある意味で十分だということに気づかなければならない。つまり、具体的な何がキメラになったのかを問わなければ、「体細胞がキメラになった」という驚愕の主張をしている事に変わりはないということです。

しかし、ESのコンタミだったら当たり前すぎて無価値な主張です。これはESだけです。体性幹細胞を拾っていても新発見事実だということに変わりはないということに気づかないといけない。

こんな驚愕の主張に対してまず疑うのはESのコンタミに決まってますから西川さんはESのコンタミではないという証明も必要だと考えて、2012/3/12に若山さんにTCR再構成検証も付けたらどうだとアドヴァイズしたわけです。しかし、若山さんは実験は自分たちが行っていて、周りにそんなES 細胞は存在してないという本当かどうかも分からない理由で、取り敢えずそれを実行しないでネイチャーに投稿したのです。
「本当かどうかも分からない」という意味は後にはあったことになったからですよね。学生のGOF ES、置き忘れの大田ES、BGF1のESが少なくともこの4月以前にはあったことになるのです。特にBDF1は奥さんの研究にあるのですから存在しているに決まっているじゃないかということですが、若山さんとしては無論当時そんな細胞を解凍していた事実はないという意味です。では李のBDF1はどうなのかと言うと盗まれたのはこの2012年の4月までではなくて2013年の2月には存在をラボ仲間が確認していたと言っているんですから三木弁護士ならずとも大笑いですね。それにこの細胞の背景はラベルには書かれていません。BDF1だということはバ感想との対話で初めて証言していることです。

西川さんの指摘は当たってリジェクトされた。ESコンタミでしょと蹴りだされた。案の定です。西川さんにしてみたらいろんな論文の査読も頼まれてますから、当然自分が査読してもESコンタミを疑うに決まっていると考えたのです。その時に白血球なり、リンパ球を使っているのだからその中にT細胞は必ず含まれている。だから提出前にTCR再構成追跡を行いなさいとアドヴァイズしたのです。この追跡は全ての段階にT細胞があるとは限りませんから、不完全ではあるが、しかし、全ての段階にT細胞があったら証明終わりなんですから、やって損はないでしょということです。しかも論文を読んだらOct4-GFPがギラギラ光ってるんでしょということです。丹羽さんの"GFPの漏れ出し"なんてこの時には知られていない。T細胞は全ての段階で存在しているだろうと予測してとりわけ間違ってはいないわけです。どうしてB細胞もアドヴァイズしなかったのだという問いは笹井さんが西川さんにしたようで、B細胞の検証には大量の細胞が必要だから、T 細胞にしたという答えを得たことを記者会見で証言してましたよね。

結果的にはこの検証では不十分だったでしょうが、この段階でやってみて損のある検証ではありませんね。全ての段階でTCR再構成が検証されたらESではないことの完全証明になる。無論、培養バイアスとかキメラ内での選択など不明なことがあって全ての段階では検証されない可能性があって、しかもそれは必ずしもESコンタミ原因だということはこの検証では言えません。しかし、繰り返しますが、全ての段階でTCR再構成が検証されたらESではないことの完全証明になる。どうしてやってみないのだ。やってみないと分からないでしょう。少なくとも西川さんは確率高くそうなると予測したのです。

若山さんはアドヴァイスの意味が分かっている。従って、やると困ることがあったからやらなかったのだ。
西川さんはいろんな論文の査読を頼まれているから、ESコンタミを疑われるぞと思った。しかし、忘れないでいただきたいが、世界の若山さんもいろんな論文の査読を頼まれていますよ。こんな論文はESコンタミを疑われてリジェクトされるに決まっているという思いは西川さんと同じでしょう。だから私の説では、若山さんはこの論文はリジェクトされるという確信の元で提出しているのです。そうでないと捏造論文になってしまう。若山さんは小保方さんをヴァカンティ氏から奪うために若干のリスクは負っているのです。



一言居士
雨に降られてパラソルの中に閉じ込められるのはいいが、雷様は洒落にならない。カーボンロッドを振っていると釣り人自身が避雷針になってしまう。


さて、若山さんはどういうわけかはともかくとして小保方さんの論文草稿を西川さんに見せることになった訳です。その時に西川さんは若山さんにリンパ球を使っているのならその追跡にTCR再構成の確認証拠を付けたらどうだとアドヴァイズしたということです。2012/3/12ですね。まだ論文は提出されていないどころか、ACCsの名づけも決まってない。『あの日』には名づけは2012/3/22となっている。
実験ノートにも名づけを考えているメモ書きがありましたね。
>>
2月27日
CD45+カルスのテラトーマ切る
Ac or rsc or sacs・・・
AFP
βⅢ   1:200
αSM


西川さんは自身が査読者になった気持ちで読みますよね。すると誰でも気づきますが、GOFマウスでOct4-GFP発現を確認した細胞をキメラ胚に入れて生まれたキメラは毛色と黒目で確認できますので移植細胞とキメラとの因果証明はできますし、また、F1のスフィア塊はOct4発現が確認できないのでクラスター形成しているという形態判断でキメラ胚に入れられてはいますが、CAG-GFPが蛍光するので、移植した細胞と生まれたキメラとの因果は追えるのですが、そもそもが信じがたいような報告なので、ESのコンタミではないかと疑われるのではないかということは、実際三誌にそう指摘されていますから、西川さんも当然気づくわけです。

TCR再構成はES細胞にはありませんから、この確認を付けておいた方がいいのではないかと西川さんはアドヴァイズしたわけです。でも若山さんは不要だと思ってその時は実行せずに、論文を投稿して、案の定、西川さんの言ったとおりに、ESコンタミを疑われてリジェクトされたわけです。

私の説ではそんなことしたらntES化しているのがバレてしまうから実行しなかったのだということになるし、そうでなく、ほんとに"小保方さんがポトリ"に騙されていたが、実際不要だと思ったから実行しなかったのかはこれだけでは分かりませんよね。ESコンタミだと疑われない限りは論理的には不要ですよね。

でも、4月に投稿したらESコンタミを疑われてリジェクトされたわけです。

私の説ではここでヴァカンティ氏は自分の主宰するティシュー誌にぶら下げて、小保方さんを若山さんの元に渡してくれるから、若山さんは暫くは胎盤蛍光の研究を一緒に行いながら、小保方さんに事実を告げて翌年には山梨大に連れて行けると考えている。そして連れて行った後はヴァカンティ氏にも事実を告げて山梨大との共同研究を持ちかけようと思っている。理研には内緒にしておきたいから西川さんにも事実を告げてないわけです。
でもヴァカンティ氏は自分が責任著者になっている論文を小保方さんに渡されているので、提出前後には既に手続き準備をしていて、4/24には仮出願してしまったわけです。若山さんは想定外だったと思いますね。これは事実を告げるチャンスを失う可能性があるので、例のキメラ子にGFPが半分しか来なかったというESコンタミの言い訳の伏線情報を小保方さんに吹き込んだわけです。しかも、セルだサイエンスだと言い出した。

他方"小保方さんがポトリ"説では、西川さんに結果を聞かれて、リジェクトされたと報告しなれければなりませんから、ほら、言わんこっちゃないという話になりますよね。西川さんは若山さんを信じてますからね。恐らく山梨大研究所長の追加人事も西川さんが配慮して進言してあげてますよね。ヴァカンティ氏もセルだと言い出していて、"小保方さんがポトリ"説ではあっても、約束が違うじゃないかとは思いながらも、後々のことを考えれば喧嘩するわけにもいきませんし、じゃあセルに通そうということになって、小保方さんがセル誌投稿用に書いた草稿を持って多分5月の初めころに再度小保方さんを連れて西川さんのTCR再構成アドヴァイスに従うことになったわけです。

さて、私のntES説と"小保方さんがポトリ"説のどちらが正しいか。

私が正しいのです。なぜならこの実験で若山さんは小保方さんのために4Nキメラを作ってやらなかったからです。若山先生は獣医学の博士さんです。




一言居士
50ngという文字はGel2の17と19レーンに見られますが、どういう関係でしょうかね。


雨が上がったのでちと釣り場の偵察に行かないといけない。んじゃ。


一言居士
GLラインというのはジャームラインと言って、普通の体細胞やES細胞だとTCR再構成なんてありませんからPCRしてゲルに流すとこのジャームラインしかありません。特にこの実験ですと『あの日』に書かれた西川さんの言葉にあるように西川ラボの研究員が小保方さんに試薬を渡していて、その時に河本論文も同時に渡して説明しているんですね。これも確かアルイミオウジ氏の情報でしたよね。
アーティクルのマテメソにこの実験のPCRに使われたプライマーが書かれていてアルイミオウジ氏はここから探り出したのだと思われる。
>>
TCR-β chain gene rearrangement analysis

Genomic DNA was extracted from STAP cells and tail tips from chimaeric mice generated with STAP cells derived from CD45+ cells. PCR was performed with 50 ng DNA using the following primers (Dβ2: 5′-GCACCTGTGGGGAAGAAACT-3′ and Jβ2.6: 5′-TGAGAGCTGTCTCCTACTATCGATT-3′) that amplify the regions of the (D)J recombination. The PCR products were subjected to gel electrophoresis in Tris-acetate-EDTA buffer with 1.6% agarose and visualized by staining with ethidium bromide. PCR bands from STAP cells were subjected to sequencing analysis and identified as rearranged genomic fragments of the (D)J recombination.

TCRベータ鎖遺伝子再構成分析

ゲノムDNAは、CD45陽性細胞由来STAP細胞と、それらから生成されたキメラマウスの尾部先端から抽出した。(D) J組換え領域を増幅するPCRは、50ngのDNAを以下のプライマー(Dβ2:5'-GCACCTGTGGGGAAGAAACT-3'とJβ2.6:5'-TGAGAGCTGTCTCCTACTATCGATT-3')を用いて行った。 PCR産物は1.6%アガロースを有するトリス - 酢酸-EDTA緩衝液中でゲル電気泳動に供し、エチジウムブロマイドで染色して可視化した。STAP細胞からのPCRのバンドは、配列決定分析に供し、(D)J組換えの再構成ゲノム断片として同定された。


このプライマーが河本論文のプライマーと全く同じなんですね。小保方さんは初めてやる実験なのですからこの論文の通りに行ったんです。

一生懸命勉強しているのが分かりますよね。こんな人がES細胞をポトリなんてしませんね。ですから身近にいて小保方さんを知っている笹井さんや丹羽さんは小保方さんをそういう意味では全く疑ってませんし、言うまでもありませんが小保方さんのリクルート事情が背景にあって何の因果か自分たちが論文の書き直しをすることになっているなんてことはこの時点で知る由もありませんから、若山さんも疑ってない。だからあの混乱になったんですね。


一言居士
Article Figure 1-iは無論二報論文時ですからそこでのキャプションの書き方とセル誌で書かれていたキャプションが比較できません。図そのものは同じだと自己点検委員会の報告書にありましたが、キャプションの書かれ方までは説明されてない。ただ、サイエンス論文にどう書かれていたかは特許図にあります。再掲しましょう。

https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/f/7/f7a10ae7.png

ここのキャプションはLymphosytesになっているので恐らくセル誌論文でもLymphosytesと書かれていた可能性が高い。ただ、特許図はSACs#1~#4があることと2Nキメラが9レーンありますから、Gel2の27,28,29レーンの2Nキメラゲル写真とは違う別の実験です。


キメラ子そのものは小保方さんは生きたマウスを渡されて持っていますから、新たに若山さんが渡さなくても小保方さんだけでキメラのゲル写真は撮れるのですが、誰がこの実験を行ったのかは分かっていない。

先に、このキメラのTCR再構成確認実験は2Nキメラではいけないということは、二報論文でキメラのTCR再構成確認はしたとのみ書かれていて写真が無いのは丹羽さんがこれを外させたのだということは分かっていますが、その理由を笹井さんが記者会見で説明してますね。

https://youtu.be/zZ5l-ABjEyc

2:13:26の古田の質問から2:14:52/2:36;24の辺りで2Nキメラではホスト側のT細胞が入るからそれをちゃんと識別できないといけないと説明している。そして小保方さんもこの実験がまだ未完成であることを説明しているようですね。つまりこれは小保方さんが2Nしか持たないからそれでやっているようです。若山さんはTCRアドヴァイス以前の段階で4Nキメラも作っていますが、これは胎児段階で帝王切開されているから、その生きたサンプルがないんですね。
尻尾を切ってその組織を確認したのは論文に書かれていますが、その尻尾の組織にホストのT細胞があり得るということを小保方さんは気づいていなかったんです。それで丹羽さんが注意して、外させたんです。後から若山さんに4Nで作ってもらって正しく確認すればいいと思ってますからね。この段階で若山さんを疑ってなんていません。

では、若山さんはなぜ、セル誌論文段階で4Nキメラを作製してやらなかったのかという問題がありますよね。論文の共著者ですからね。


言うまでありませんが、私の小保方酸浴細胞核使用ntES説ではこの4Nキメラを作ると若山さんにとって不都合な結果が予想されるからです。



一言居士
さて、まず、このGel1とGel2の上部のキャプションと下部のレーンナンバーは理研が小保方さんから入手して説明を受けた後に書き込んだものだというのはSTAPという言葉があるので分かりますね。2012年5月に行われたセル誌論文の実験時にはACCsという呼び名です。

次に、参考のために全てのバンド位置がきれいに表示指定されているホワイトハースト論文のゲル図を比較のために左端に置いていますが、このあるべきGLバンドからJβ2.6のバンド位置にGel1とGel2の縮尺を合わせることによって、Gel1とGel2の元の写真の縮尺が違っているのだということが分かります。つまりこの二つの実験は別の人間が行っているようだということです。
推測ですがGel1は小保方さんが行った実験で、Gel2は野老さんではないでしょうか。同一人物なら写真の縮尺がこんなに違っていることはないと思いますね。そしてGel2の方が比較的きれいにとれている。

特徴的なのは引かれている白い線です。
Gel2はGLの線とJβ2.6の線の間を3等分した2本の線の更に上にもう一本等間隔の線が計5本引かれているのとずっと上にあるスタート線の6本です。
対してGel1はJβ2.1の位置に1本引かれていて、Jβ2.6の更に下にあるラダーに合わせて引かれている。これは不純物の集積したものですからどちらかと言うと出来の悪い実験だと思われるが、7から14レーンの全てにあるので最初これをJβ2.6の位置だと間違えて引いたのではないでしようか。ともあれその間を2等分して計3本の線とスタートラインの1本で計4本ですよね。
目印のための補助線ですからどこに引いても構いませんが、最終的にどのバンドがどれと分かっていればいいわけです。Gel2の補助線の引き方の方がTCR再構成確認の電気泳動写真に引く補助線としては分かった上での引き方だということくらいは言えそうです。

実は赤字が切り貼りしたレーンで、石井さんがGel1をそのまま使えばいいのに何のために切り貼りしたのだろうと疑義していますが、早く事態収拾したいという目的でのみ見ているから、その何故かまでは小保方さんに聞けなかったんでしょうね。Gel1の2,3,4,5,6レーンをそのまま提示して置けば何でもなかったのです。どうして4レーンをGel2の16レーンに差し替えたのかということです。より分かり易くするためと小保方さんは説明していますが、どちらも鮮明にラダーが出ていて見た目は変わりありませんよね。
小保方さんは不純物のラダーである一番下の白線位置にあるラダーをJβ2.6だと間違えていて、レーン4にはそれがないから16に差し替えたのだということもありませんね。というのも5,6レーンも同じく無いのですが、それはそのままなんですね。尤もこれは差し替えようにも同じような実験はないですね。
実はレーン4は<CD45+ sells>ですが、レーン6は<CD45+/CD3+ 1(100ng)>と説明されている。


人間が意識的に何かするときには当然理由があります。小保方さんの説明ではより分かり易くする目的で差し替えたと言っているが、見た目は同じなので何が分かり易くなったのかが誰にも理解できないわけです。Article Figure 1-iは以下ですね。

https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/4/d/4dd77510.png

ここには<CD45+ sells>とも<CD45+/CD3+ 1(100ng)>とも書かれていない。ただLymphosytes(リンパ球)と書かれているだけで、<CD45+ sells>(白血球)とも<CD45+/CD3+ 1(100ng)>(T細胞)とも書かれてはいないのです。包含関係は、

<CD45+ sells>(白血球) > Lymphosytes(リンパ球) > <CD45+/CD3+ 1(100ng)>(T細胞)

ですがFACS選別は完全ではありませんから、Lymphosytes(リンパ球) >= <CD45+/CD3+ 1(100ng)>(T細胞)と解することはできます。

でも小保方さんはレーン4の<CD45+ sells>(白血球)をLymphosytes(リンパ球) >= <CD45+/CD3+ 1(100ng)>(T細胞)に差し替えたんです。それも分かり易くするためにという理由ですが、誰ももとの写真は知りませんから、見かけは何も変わっていないので、理由になってないことが首をかしげさせるわけです。


一言居士
TCR再構成に関しては学さんに注意されたことが契機で勉強しましたから感謝の念を込めて以下にGel1とGel2のバンド比較をどうみるのかという分かり易い比較表を添付しておきましょう。

そろそろウクライナ独立戦争のニューズチェックの時間です。つまりお酒が、、、、んじゃ。


https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/1/9/19990935.png



一言居士
このGel1とGel2がどちらもセル誌への投稿のために行われた実験であることは自己点検報告書の4Pに以下の様に書かれていることから知られる。
>>
⑦2012 年 6 月 6 日にセル誌へ投稿し不採択となった原稿には切り貼りのなされたTCR 再構成データが含まれており、この一部が 2013 年 3 月 10 日投稿のネイチャー誌アーティクル論文の切り貼りされた TCR 再構成のデータとして使われている。このころ、小保方氏は、若山氏の支援を受けて STAP 細胞から胎盤形成に寄与する幹細胞を樹立する研究に取り組んだ。

桃子は6月とだけ書きましたがここでは投稿が2012/6/6だと明記されている。ネイチャーリジェクトは4月中ですからこの実験が5月に行われたことは明らかで、小保方さんは分かり易くするという間違った考え方ですが、赤字で記されているレーンを組み合わせたのです。この分かり易くという考え方は小保方さんの未熟の所為で、既にリンパ球と酸浴細胞とSTAP幹細胞とES細胞の比較写真をわざわざスケールバーがあるにも関わらず、それぞれの全体像が見やすくなる大きさで組み写真を作っている間違いを指摘しましたよね。そんなことをしなければ逆に彼女は若山さんのSTAP幹細胞がESの大きさになっていることに気づけたでしょうに。

https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/f/b/fb7cd808.png


ゲルの切り貼りも同じく彼女の未熟が原因です。そもそもそんなことしなくても証明は出来てるということは石井さんが辞任後に語ってましたよね。この切り貼りはセルの時点で既に行われていたのですから、二つのゲル写真の実験は同時期に行われているのです。

つまりキメラの実験も曲りなりに行われているということです。そしてこれが厳密に正確な実験か否かは別としてTCR再構成は見られていますから、これもセルには添付されていておかしくないのですが、セルにこのキメラの証明が載せられていたのか否かは確認できていません。
ただ、特許書類には以下のFIG.20が添付されていて、その説明はSACsの2Nキメラと書かれていて、SACsの名称はサイエンス誌ですから、ネイチャー・セル誌論文時代のACCs表記になっていないところからして、セル誌の実験時には掲載されていなかったかも知れない。分からないところです。

https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/f/7/f7a10ae7.png

現在は二報論文がリトラクトされて理研の発表でESコンタミだとされているのでヴァカンティ氏はキメラ関係は全部削除しています。最初のネイチャー論文の主張だけを残していますね。仮申請時の時の状態でクレームをし続けているわけです。つまり我々が検討している今の時期の認識に戻っているということなのです。



一言居士
まずはGel1、Gel2ですね。

https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/3/9/39c989df.png


この三誌論文段階では幹細胞化の論文は書かれていませんから、このセル投稿のために行われた実験結果はこの二つです。

Gel1はGOFマウスのCD45+細胞と、それを酸浴した後のOct4-GFP発現細胞だけをFACSで集めた細胞、および酸浴蛍光塊そのままのTCR再構成バンドの現れたゲルです。

Gel2のCD45+が所謂白血球の分化抗原陽性細胞です。まずCD45で脾臓細胞から白血球だけをFACSで選別する。そして更にCD3+もしくはCD90+で選別する。どちらもT細胞の分化抗原です。そして2Nキメラに使われた細胞はCD45+選別だけの細胞です。小保方さんの貰っていたキメラか、若山さんのキメラかは不明ですね。


一言居士
小保方さんは<私が理解した西川先生のご助言は、Oct4が陽性になる前のリンパ球で遺伝子の再構成が起こっていることを示し、リンパ球にストレスをかけてOct4陽性細胞になった後の細胞にも遺伝子再構成があることを示せば、「成熟した細胞がOct4陽性を示す未分化状態に変化した」ことを明確に示せるということだった。>と書いていますが、論理がおかしいですよね。

CD45陽性細胞集団のTCR再構成を確認し、次にそれに酸浴ストレスを掛けてからOct4-GFP蛍光細胞塊を集めてTCR再構成を確認した結果の結論は、

①もとのCD45+細胞集団にT細胞が含まれていたということ
②酸浴後Oct4-GFP蛍光細胞にT細胞が含まれていたということ

の二つです。ここでまず、T細胞以外の細胞がOct4-GFP発現している可能性の考慮が抜けている。

次に、②の細胞からキメラが作られて初めてOct4-GFP蛍光細胞が未分化リプログラム細胞であったことが分かるのですから、

③キメラ胎児の組織細胞にTCR再構成があるか否かの確認

をしなければなりませんが、小保方さんの上記理解にはキメラ側の確認の必要性認識が抜けていることになる。もっとも、②の細胞でT細胞以外の細胞のみがOct4-GFP蛍光していたら、キメラ胎児組織にもTCR再構成が無いことになるという、この証明実験系のそもそもの発想に厳密さがないことは、小保方さんの所為ではなく、西川さんの責任なんですが、西川さんにしてみたら、リンパ球の2割くらいはT細胞なんだし、そんなにギラギラと沢山光っているのだから、その中にT細胞もあるだろうし、人の論文ですからそんなに深々とは考え抜いてはいないので、T細胞だけはリプログラムされないかも知れないということまでは考えていないんですね。

よくよく考えれば分かることですが、そもそも追跡手段としてはCAG-GFPが使われているんですね。本当に小保方さんの酸浴細胞を形態判断でキメラ胚に入れてキメラが生まれ、そのCAG-GFPが光っていたら、リンパ球のどんな構成要素細胞が光ったかなんて関係ありませんよね。取り敢えずはキメラになったということで、これだけでも大発見です。
リプログラムされた幹細胞か、何らかの体性幹細胞かは分からないにせよ、酸浴細胞がキメラの由来であることは証明されている。体性幹細胞がキメラになったのであっても大変な発見です。そんな知見はこの時点では今までありません。後に筋肉細胞でキンガ・ヴォイニーツ女史が発見しましたが、それは2014年のことです。

ですから後者の既存体性幹細胞ではない、もしくは既存ES細胞のコンタミではないということを証明するにはTCR再構成の確認ではいけないんです。T細胞がキメラになったのであればTCR再構成確認で証明できますが、そうでない細胞がキメラになっている可能性もあるのですから、厳密にはダメなんですが、関係者は西川さんに気を使ってはっきりとそう言わないんですね。


但し、現実には実はFACSでT細胞のみを選別しているんです。キメラの実験もしているのです。


一言居士
TCRの話に入りますが、腹が減っては戦が出来ぬ。ランチです。

んじゃ。

一言居士
桃子はネイチャーは4月、セルは6月、サイエンスは7月投稿だと論文を見た上で書いています。二報論文は3/10に投稿してリヴァイズ要請が4/5に来ましたから、査読に回ると投稿から25日程度かかるということがわかる。サイエンスは8/21にリジェクトされていますから、7月の投稿というのはほぼ7月の下旬の末だということが推測できる。最初のネイチャーは4月投稿4月リジェクトと分かっている。4/1日投稿なら4/25リジェクト、4/5投稿なら4/30リジェクトという感じですが、この期間中に重大な事案が発生している。


2012/3/12 若山さんが西川さんに論文を見せ、そのときにTCR再構成アドバイスを受けたが採用せずにそのまま投稿した。

2012/4/1~5 ネイチャー誌に投稿した。

2012/4/24 ヴァカンティ氏が米国特許仮出願を行った。

2012/4/27 若山さんのヒト細胞使用許可に関する倫理委員会が開かれた。

2012/4/25~30 ネイチャーリジェクト


これからすると、小保方さんはセルのための草稿を書き直した後にそれを持って西川研究室に出掛けて行ったのですから、既に5月に入っているようですよね。
また、倫理委員会が開かれる前に若山さんは申請をしている筈で、申請直後に日程が決まることはないので恐らくこの申請はネイチャーリジェクト前だと推測されますね。
ヴァカンティ氏の特許仮出願はリジェクト直前でしょうかね。これも出願書類は事前に準備しているのですから論文提出時期の前後から準備を始めていますよね。

私の説ではこの特許仮出願は若山さんにとっては予定外であったので、後々のために、キメラ作製は自分のESコンタミであったという言い訳がしやすいように、ジャームライントランスミッション実験結果の出た4月の終わりか5月の初めのこの頃に小保方さんにGFPが半分のキメラ子にしか来なかったと吹き込んでおいたのだと説明している。胎盤が光ったのもやはりこの頃で、何もかもがこの頃に重なっているわけです。


私の説にとって重大な事実は、若山さんが2012/3/12に西川さんにこの論文はリジェクト用の論文だということを説明してないことから、嘘をつかれている人として、その時点で小保方さんとヴァカンティ氏に加えて西川さんも入ってしまったということです。
ただし、この時はまだ胎盤は光っていないですから、若山さんは自分の研究の実験中でまだ結果待ち状態なのです。そんな状態でどうして2012/3/12に西川さんに自発的に論文を見せることがあるでしょうか。
ここは寧ろ若山さんが小保方さんがポトリに騙されて、素直に喜んで西川さんに報告しているのだと考えた方が理解しやすいのですから、私の説にとっては不都合な真実なんですね。

不都合な真実が出たらそれを回避してはいけないんですね。無視するのはいけない。ES細胞のテラトーマの襞襞を見て見ぬふりをするため息与太郎の真似はいけませんよね。そもそもそれが事実なら事実に自分の考えを合わせて行かないと真実には至れませんね。私は小保方さんも若山さんも赤の他人なのでどちらが犯人だということになっても何も困りません。困るのは若山さんが犯人で無いのなら、それまで若山さんが犯人であると指摘してきた根拠を全部自分自身でオセロゲームのように一つずつ確認しながらひっくり返していかなければならない仕事の困難さが予想されることですよね。

ともあれ、ここにはまだ自発的な説明ではなく、西川さんから問われて答えなければならなくなったという可能性もあるので、引き続きの検討を要しますね。倫理委員会への報告も自発的なものであったのか、採血した保健室からの問い合わせか、小保方さんに促されたのか、分かってないことが多い。




一言居士
< Reviewers at Cell and at Science concurred.>という文章を、その前の文章のリジェクト理由と、ネイチャーリジェクト直後のヴァカンティ氏が小保方さんに言った言葉の間に注釈しているので、意味が曖昧になったわけです。

まあ、桃子並みの理解力と文章表現力の人なんでしょうよ。

ともあれ、ネイチャーリジェクト後にヴァカンティ氏がセルだ、サイエンスだ、と小保方さんに発破をかけたから、小保方さんはまずセルの草稿を用意したが、投稿前に若山さんに連れられて西川さんの部屋に行ったのだ。

若山さんにとっては話がおかしいと分かりますよね。論文を書かせたら小保方さんを渡してくれるのではなかったのか。It’s a lower bar for other journals. Do you decide to try to jump over a lower bar or do you jump higher?って何だい。小保方さんにしても、山梨大に助手で誘っているのに、ヴァカンティ氏のいうがままにセルの原稿書こうとしているってどういうこと。ティシュー誌に掲載してもらえば終わる話じゃないか。


一言居士
>>
リンパ球は成熟過程で遺伝子の再構成が起こることが知られている。リンパ球の一種であるT細胞に起こる遺伝子再構成は、T細胞受容体再構成といい、通称TCR再構成と呼ばれる。
私が理解した西川先生のご助言は、Oct4が陽性になる前のリンパ球で遺伝子の再構成が起こっていることを示し、リンパ球にストレスをかけてOct4陽性細胞になった後の細胞にも遺伝子再構成があることを示せば、「成熟した細胞がOct4陽性を示す未分化状態に変化した」ことを明確に示せるということだった。
それからは西川先生のご助言に従い、Oct4陽性細胞になった後の細胞のTCR再構成の有無を調べる実験を行うことになった。TCR再構成の有無はPCRによるバンドの有無で判定することができる。実際に実験を行うと、Oct4陽性細胞になった(GFPを発現した)後の細胞からもTCR再構成を示すバンドが確認された。この実験結果を追加し、ネイチャーに続いてセルに投稿したが、またもレビューワーにはまわるものの結果は不採択だった。



注意すべきは「この実験結果を追加し、ネイチャーに続いてセルに投稿した」と書かれているところで、その前に西川さんの部屋に行ったとき「西川先生は草稿を見るなり」と書いていることに呼応しているので、セルに投稿する準備をしていることが分かる。4月にネイチャー誌にリジェクトされていて、なぜ小保方さんがセルに投稿する準備をしているのかは、デイナがニューヨーカーに投稿した取材記事に書き留めているのですが、彼女はそもそも童話作家らしく、この分野の基礎知識がないようで、事件の全体像もつかめていないようです。小保方さんにも電話取材していることが『小保方晴子日記』に書かれていますが、なんだか支離滅裂な記事なんですね。
>>
To Wakayama, the project would have represented an unusual opportunity. His ten-year term at C.D.B. was coming to an end, and he was seeking a university position; a prominent publication could give him a tremendous lift. According to Vacanti, Wakayama “loved the idea and was a hundred per cent confident that he could get the paper published in Nature.” With the help of his cloning expertise, they hoped to create a chimera, a mouse grown from stress-altered cells injected into a host embryo—a spectacular show of the cells’ developmental potency. Wakayama had cautioned Obokata that chimeras were elusive, though; not even embryonic stem cells produced them consistently. She writes, “The production of chimera mice really depends on the skill sets of the person who conducts the experiment.”
In the spring of 2012, Vacanti, Obokata, and Wakayama made their first submission to Nature. The journal rejected their manuscript, arguing that they had failed to prove that the cells had converted: perhaps they had simply isolated other stemlike cells within the tissue, or perhaps the samples had been contaminated with embryonic stem cells. Reviewers at Cell and at Science concurred. “The bar to say you’ve demonstrated your hypothesis is correct is very high for those journals,” Vacanti says. “It’s a lower bar for other journals. Do you decide to try to jump over a lower bar or do you jump higher?”


時系列が支離滅裂になっていて、ネイチャーにリジェクトされたところから、リジェクト理由はセル、サイエンスの査読者とも一致しているとした後に、ヴァカンティの言葉を記載しているんですが、これはネイチャーリジェクトされた時の言葉を三誌リジェクト後の言葉と勘違いしてfor those journalsとデイナが解している書き方で、実際には、自分の主宰するティシュー誌に掲載するか、三大誌の他の二誌であるセル、サイエンスに挑戦するかねと小保方さんに言ったのだと考えないと意味が通らない。
前半ではプロモーションの話を聞いていて、ヴゥカンティ氏と小保方さんもこれを疑っていたということが分かるところです。なにしろ知識不足で文章の整理ができてないので、余り信頼性は無いのですが、ヴァカンティ氏の言葉を直接書き込んでいるという意味では貴重な取材記録ではあるんですね。

一言居士
私は以前以下のように書いている。
>>
そうすると、この追加人事案は西川さんが進言してあげて、竹市さん、野依さん、文科省という順番で上がっていった事案で、この時にはSTAP研究の件は触れられていないと思われますね。2011年11月のキメラが出来たという件は若山さんは西川さんに言ってないと思います。というのも私は小保方蛍光細胞核使用ntESの別実験だと思ってますから、このキメラを西川さんに出来たなんて言うはずがない。あくまでも小保方さんに対して嘘をついているのは引き留めのためだと見ていますからね。ただし、実験自体は本物ですよね。そんな研究をしてはいけないなどと言う規則はありません。


つまり、私の説では、この2012/3/12に初めて若山さんは西川さんに論文を見せて、事実を伏せて、嘘をついたことになるのです。

この時に西川さんは管理者として大変大きな落ち度がありましたよね。論文を読んでいながら共同研究協約書の締結をしていないということに関して迂闊にしていたことです。もともと一時的な客員として許可していて、結局何も出ずに帰るか、若山研究室に入ってくれるかだと考えていましたからね。論文を読んだときに直ぐに約定に気づかないといけない。副所長としての管理責任上の落ち度です。所謂理系の人にありがちな杜撰さで、文系の人だとそれが本来の仕事ですからあり得ないミスです。これは岸が西川さんに注意して後々のために顧問を早目に引退させたということだと推測していますね。

尤も、西川さん自身はその事情を以下の様に書いてますね。

https://aasj.jp/news/watch/1697

猪武者のアッポ石川のコメントもありますから興味のある人は面白いかも知れない。私は興味ありませんけどね。


一言居士
私の「小保方酸浴細胞ntESこそが胎盤蛍光した細胞の正体である」という説にとって重大な箇所です。
なぜならば、私の説にとっては、若山さんはこの小保方さんリクルートのためのネイチャー提出論文の嘘を西川さんにも告げていなかったのだということになるからです。
西川さんはこの論文のキメラができたという主張を最後まで信じていました。それは彼のブログを「小保方さん」でググれば沢山の証拠がでてきます。彼はヴァカンティ研との連絡も取りあっていて、特許の件も知っています。ただ小保方さんを米国に渡さずに理研という日本国内に留めおいて人材流出を防いだことこそ自分の功績だとすら思っていることが分かります。

一言居士
何年前かということに関しては記憶違いだと言ってますね。ただし、調査委員会報告書の記載は正しいといっているんです。
>>
調査委員会には全て私のメールを開示していますので3月12日が正しいです。私にとってはどちらも同じですが。

調査委員会報告3Pは以下です。再掲します。
>>
⑤2012年3月12日、西川伸一 GDより小保方氏にT細胞受容体(TCR)遺伝子再構成の解析に関するアドバイスがあった。


日付けが正しいのならTCRアドバイスは3/12に若山さんに対して行われたのだということにしかなりません。ここは大変重要な箇所です。小保方さんに対する直接のアドヴァイスは4月のリジェクト以降の『あの日』に書かれた時期です。3/12ではありえない。
ですから若山さんがネイチャー提出前の論文を見せた時が3/12で、そのときに西川さんは若山さんに対してTCRアドバイスをしているんです。そして、リジェクト後に二人が相談に来たからその時にTCRアドバイスを小保方さんにしたのだ。だから、「私にとってはどちらも同じですが。」という説明になる。



一言居士
>>
印象的な絵画が飾られた部屋に入り、西川先生に論文の説明をしようとしたが、西川先生は草稿を見るなり、「ふんふん。なるほど。そういうことやな」と私の説明はまったく必要なしに内容を理解したようで、「TCRや。リンパ球からやった実験なんやったらTCRの実験をせなあかん。それさえあればリプログラミングの決定的な証拠になる。必要な試薬は、持ってる研究員がいるから、分けてあげられるように手配しとくわ」と言った。面接は私や若山先生から内容を説明する余地もなく、西川先生の理解の速さに圧倒されている間に終わった。


ということで、西川さんが2012年3月12日に若山さんから論文草稿を見せられ、既に理解していたことが伺えますが、TCRのアドヴァイスがリジェクト結果を受けての対策だということを考えると、自己点検委員会に西川さんが証言したTCRアドヴァイスの日にちは最初に投稿前論文を若山さんに見せられた日と、そのリジェクトを受けて、若山さんが電話なり、西川研究室に出掛けて、相談した後に、小保方さんを連れて行った日にちとの混同があるのだと知れるところです。

①2012/3/12に若山さんが投稿前原稿を西川さんに見せた。
②リジェクトを受けて若山さんが西川さんに相談した。
③その後で小保方さんを連れて西川研究室に出むいた。

若山さんがいきなり小保方さんを連れて西川研究室に行くということはありませんから、事前に予約を入れて用事を説明しますね。ですから③の前段階に②があるんですね。この説明の時に若山さんが論文を見せたのだとしたら、①の日付は西川さんの単なる勘違いということも考えられる。なにしろ、調査は2014年に行われているわけで、このアドヴァイスは2012年のことです。2年前の事を思い出しているわけです。何か手帳に関係した記載があったのかも知れないですから、単なる記憶では2012/3/12という日付までは出てきません。西川さんのブログにはメールの日付だとコメント欄の質問に対する回答として書かれている。

https://aasj.jp/news/watch/1069
>>
stapman より:
2014年8月15日 8:42 PM
「最初にこの話を聞いたのは仕事でイスラエルに滞在していた約1年半前の事」とのことですが、下記の魚拓によると当初は1年半前ではなく3年前と記述されていたようです。なぜ書き換えられたのでしょうか?

http://megalodon.jp/2014-0223-0149-03/aasj.jp/news/watch/1069

また、STAPについて初めて知ったのが1年半前とすると、「CDB自己点検の検証について」3ページの「2012 年 3 月 12 日、西川伸一GDより小保方氏にT細胞受容体(TCR)遺伝子再構成の解析に関するアドバイスがあった。」という記述と食い違いが生じるように思えます。これは自己点検報告書が誤っているということでしょうか?

http://www3.riken.jp/stap/j/c13document14.pdf

返信
nishikawa より:
2014年8月15日 9:15 PM
時間は記憶間違いです。年を取ると何でも昔のことに思います。調査委員会には全て私のメールを開示していますので3月12日が正しいです。私にとってはどちらも同じですが。


一言居士
雨に向かひて月を恋ひ、垂れ込めて春の行方知らぬも、なほあはれに情け深し

変なのがいなくなって静かになりました。いいですねえ。居なくなったということは私が感じていたほどの変質症状ではなかったのでしょうかね。でもきっと、私が治療してあげたから正気を取り戻したのでしょうね。名医だなあ。

>>
理研CDBでは若手PIの登用が常だったために、何か困ったことがあった時には、担当の先生のようにコンサルティングGD(グループディレクター)に相談に行けるシステムが取られていた。各PIに経験豊富なCDBの幹部であるGDが2名、コンサルティングGDとしてつけられており、若山研のコンサルティングGDはともに当時副センター長であった西川伸一先生と相澤慎一先生だった。ネイチャーからの不採択を受け、「西川先生に原稿を見てもらいアドバイスを受けよう」と若山先生から誘われ、若山先生とともに西川研に赴いた。


若山さんはハワイ大学で世界で初めてマウスのクローン作製に成功し、そのntES化にも世界で初めて成功した人ですね。ハワイ大学では柳沢教授のもとで助教授でしたが、その後ロックフェラー大学でも助教授として教鞭をとりながら研究を続け、ここで例の「僕のマウス」のB6を作ったんですね。
その後理研に就職しましたから、小保方さんが書いている若手のPI研究員の話は最近の事で、若山さんが理研に来た頃には既に世界の若山だったんですね。何時頃から若手のためのメンター制度が出来たのかは知りませんが、たぶんそのころから若山さんにもメンターがつけられて、若手ではありませんから、学問業績のランキングからしても妙な人をメンターにできないので、副所長の西川さんと相澤さんがメンターになっていたわけでしょうね。
GDになると任期がなくなりますが、GDはディレクターですので経営者ですから研究の才能とはまた別の才能ですね。所謂理系ですからそんなに経営の才の有る人は少ないですね。こういう世界では大学でも誰も学長になりたがらないというのがありますよね。経営というのは研究に対しては雑務そのものですから研究したい人には嫌な仕事になるんでしょうね。

羽生さんがやっと将棋連盟会長になりましたね。順当な人事ですが、三浦九段の事件があって、谷川会長が引責辞任した後は羽生さんの番だったでしょうが、将棋の指し盛りだったから嫌がったのだと思いますね。仕方なく名人経験者であった佐藤さんが引き受けたんですね。何事も人生は巡り合わせですから甘受して行くしかないんですよねえ。自分の力が少し下り坂だなと自覚が出ると名誉職に就いて雑務してあげてもいいかなと思えるようになる。でも佐藤さんもそのころ差し盛りだったんですよね。実力の基礎は研究量ですから、雑務を抱えると勝負には不利になるに決まってますね。例外だったのは大山康晴永世名人だけですね。とてつもない怪物でしたね。羽生会長にはそれを期待します。

へっへっへ。さて、将棋ファンの私としては、ここで無理やり横道に引きずり込みたかっただけで、話を戻すと、「ネイチャーからの不採択を受け」と書かれているところは見逃せませんね。不採択後に「若山先生とともに西川研に赴いた」のです。こういう箇所は事実が書かれているので決して、ため息与太郎の言う意味の分からない「私小説」なんかではありません。つまりフィクションではないということです。スピン屋として雇われている奴の小保方ディスリのイメージ戦略はいつもこの手のものです。

ここには西川さんと若山さんが登場しているのですから事実でないことを書いたら指摘されてしまいますから嘘は書けません。編集者と三木弁護士がリーガルチェックしています。編集者は会社が訴訟されないように、三木弁護士も小保方さんが訴訟された時に自分が弁護する立場ですから、注意深く用心しているわけです。

自己点検委員会報告3P。
>>
⑤2012年3月12日、西川伸一 GDより小保方氏にT細胞受容体(TCR)遺伝子再構成の解析に関するアドバイスがあった。


あれあれ、と誰でも首をかしげます。論文は4月に投稿し4月中にリジェクトされたのですから、小保方さんが若山さんと一緒に出掛けて行った日と、西川さんが誰かさんに「T細胞受容体(TCR)遺伝子再構成の解析に関するアドバイス」をした日にちが異なるということです。



一言居士
ウクライナのニューズチェックの時間です。ウクライナの反撃が始まっているようですね。ただ、世界の資本主義圏の目的はプーチンの軍隊を消耗させることですから、あからさまな形ではロシア領土内の攻撃はしませんね。尤も注意深く工作部隊の支援はしていて、内乱になりそうですよね。ウクライナ領土内で、ロシア軍の首をじわじわと静かに絞めていくしかありませんからね。投降してプーチンから逃げるロシア兵士も多いですね。ロシア国民こそいい迷惑です。
オペックでサウジとロシアが対立していますね。これも圧力になります。ロシアの財政はひっ迫していて内部崩壊が近いと思いますが、経済制裁というのは時間がかかります。プーチンの病気の進行が先かな。プーチンがいなくなったらさっと解決に向かいますよ。ロシアはこの戦争で何の得もしていない。不要な戦争なんですね。生産性の向上という新しい時代の到来に気づけないアナクロだっただけですからね。秀吉と同じボケなんですよ。

んじゃ。

一言居士
>>
幹細胞株化の論文のため実験と並行して、私は若山先生から指示を受け、2012年の春頃から体細胞にストレスを与えるとOct4陽性の細胞塊ができ、その細胞塊からキメラマウスができるところまでを論文にまとめ投稿をはじめていた。
通常の科学雑誌は投稿後、原稿はレビューワーにまわり採択が判断されるが、ネイチャー、セル、サイエンスといったトップジャーナルはレビューワーに原稿をまわすかどうかを、まず1回目のふるいにかけ、多くの原稿がこの1回目のふるいで不採択の判定を受ける。スフェア細胞の論文を最初に投稿した雑誌はネイチャーだった。レビューワーにはまわるものの、結果は不採択だった。



これも情報が不足していますが、ネイチャー投稿日と不採択通知のきた日はどちらも4月中ということ以外には分かっていません。これは桂調査チームは全部分かっっている筈ですがなぜか具体的に書いていない。また小保方さんも『あの日』に書いていない。

3誌論文と2報論文及びその査読書を入手した桃子も「小保方氏らは、二〇一二年四月にネイチャー、同年六月に米科学誌セル、同年七月に米科学誌サイエンス---と「三大誌」とも呼ばれる有名科学誌に相次いで投稿した。」と書いているだけで具体的な日付を隠している。
これは特に三誌論文は採択されてないので未発表論文になることから日付までコンフィデンシャルになっているのだとは思われるが、桃子はそれを専門家たちにバラまきましたから、自覚が無いのか、意図的にまいたかは判然としないところです。ただ、これらの書類は若山さんが出所で直接か、松崎経由のどちらかだということは判明している。というのも224Pに以下のようにある。
>>
「CDB自己点検検証委員会の報告書案、目を通しに来られますか」
その頃、私はさる人物から願ってもない提案を受けた。数日後、指定された場所に向うと、前置きもそこそこに資料を手渡された。
急いで目を通すと、幾つかの初めて知る内容に気付いた。記事になる、と確信したが、さすがにコピーをとるわけにはいかない。おそるおそるバッグからカメラを取りだし、撮るジェスチャーをして目で了承を求めると、相手は軽くうなづき、別の作業を始めた。


公務員法違反現場の目撃証言ですね。思わず大笑いしてしまいました。それ以来須田桃子とか須田と言わず桃子という呼び方に統一しましたね。無論アッポ桃子という意味で、憎めなくなったからですよね。
取材源秘匿のジャーナリストとしてのマナーもへったくれもありませんね。でも、それによって分かったことも多いわけです。小保方さんの実験ノートの全コピーのNHKへの流出もコピー機の前で藤原が目で合図したんでしょうかね。ははは。桃子が松崎がああっと言ったら松崎は知らない間に写真撮られていたんですと言い訳するのかな。すると犯人は桃子になるわけです。ひっひっひ。笑うしかない。しかし、公務員法違反を理研がスルーしたという犯罪は消えません。現に流出してますからね。

それはともかくとして、小保方さんは3月頃から自分の論文を書き始めていて、提出が4月なんです。ここにはキメラが出来たと嘘が書かれていますし、シングルでもわずかに出来たがナイフ切り分けで沢山出来たという細かい嘘も書かれていたわけです。無論、若山さんはこんな論文が通ってたまるか、必ずリジェクトされると思って書かせたのですし、事実リジェクトされたのです。そしてヴァカンティ氏が自分の主宰雑誌にぶら下げた後に小保方さんを自分に渡してくれると期待していたわけです。

そこに4/24の特許と4/27の倫理委員会が関係してくるわけです。リジェクトは4月の何日だったのか。
そこに意図的に日付を隠したのではないかという疑義も生じるのです。






一言居士
さて、続きです。
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実際に独立して再現実験に成功した当時の学生さんは、「幹細胞化された細胞からクローンマウスを作製する」という、若山さんに割り振られた研究テーマをもとに私とは別の論文の執筆を開始していた。「iPS細胞の発表直後は、iPS細胞を用いた研究なら簡単なものでも注目され有名雑誌に掲載されていた。自分たちはこの研究に関しては独り占めできるので、できるだけ多くの関連論文を身内から出し有名雑誌に掲載したい」という若山先生のお考えに沿ったものだった。学生さんからは、「若山先生と相談してネイチャー姉妹誌に投稿することを決めました」と連絡を受けた。若山先生からは論文投稿前に、「僕の大学での将来を考えると暗い気持ちになるのですが」と書かれたメールの中で、「ちょっとずるいですが小保方さん論文のインパクトを利用して、こんな簡単な内容でも一流雑誌に出せるのでは、なんて考えている」という連絡を貰っていた。こうして、この学生さんによって執筆された論文は実際に投稿されたが、騒動になったのち静かに取り下げられている。


この学生さんは京極さんで今は博士さんになって理研に勤めていますから、その論文ではない論文で博士号を取得したのでしょうね。
小保方さんの記者会見で説明していた第三者成功者というのは、この「独立して再現実験に成功した当時の学生さん」である京極さんですね。そして樹立成功したというのはOct4-GFP蛍光細胞を作れたということで、キメラまで成功させたものではないはずです。丹羽さんも蛍光細胞を作るのに小保方さんのアドヴァイスをもらってますから、蛍光させる事自体もそんなにやさしくはないわけです。なにしろ、酸浴させて、丹羽さんの発見した<GFPの漏れ出し現象>を実現させなければなりませんから、アーティファクトであったにしろ誰でもすぐに出来るものではないわけです。

そして若山さんの与えたテーマは「幹細胞化された細胞からクローンマウスを作製する」ということですから、<幹細胞化された細胞>は若山さんが作製して京極さんに与えたものです。これは私の説では小保方酸浴細胞核使用ntESなんですから、若山研の技術でクローンの繰り返し作成論文はありますから、簡単な実験ではあるわけです。ただし、京極さんには幹細胞は作れなかったはずです。丹羽さんに作れませんでしたからね。
仮にESコンタミだったとしたら、京極さんにも自分の作成した酸浴蛍光細胞をキメラ胚に入れてキメラを作れるし、幹細胞誘導も出来た筈ですが、独立して作ってますから小保方さんはESをポトリできませんね。
だからこの実験は若山さんが幹細胞を作って与えているんです。

まだ3月です。小保方さんはまだ論文を書き上げていません。無論、論文提出も、ヴァカンティ氏の米国特許仮出願も、倫理委員会開催も行われていない。

ところが、若山さんが「小保方さん論文のインパクトを利用して」と言っていることに注意が必要です。これは事実で、メール指示ですから小保方さんは受信記録を持っていて、この『あの日』を書いているのです。

まだ書き上げられてはいないが小保方さんは若山さんの指導で今書こうとしている論文がある。この論文を書かせたらヴァカンティ氏は小保方さんを手放してくれるはずではなかったですか。81P。
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・・・ところが、ヴァカンティ先生からは、「アイデアの発端はうちの研究室にある。論文が出るまではどうしてもうちの研究員でいてほしい。理研で研究したいならできる限りサポートするから、所属は変えないでほしい」と思いがけず強く説得されてしまった。


これは小保方さんが解していることですから、彼女の受けとった理解ですので、裏でヴァカンティ研と若山さんの間で同じ約束が交わされたのかどうかは分からない。ただ、ここに「所属は変えないで」と語られているところには注意が必要で、小保方さんは渡米する以前に既にヴァカンティ研との間で雇用契約書にサインしていることが分かります。恐らくエアメール郵送していますね。若山さんは横恋慕している形になっているんです。ちょっと横車になっているとよそ目には感じられるところです。
小保方さんは既に助手で誘われていますが、返事をしていない。尤も何かは答えなければなりませんから、ここで、まだ論文が書かれてないのでと言ったかも知れない。ここのところはヴァカンティ研との口頭での約束がどうなっていたかによるんです。小島さんを介しているはずですよね。本来なら共同研究協約書の締結が必要なのを、一時的なことだと思って便宜手続きで客員にした。細胞が光った時には約定しなければならなかったと指摘した理由です。
そこを通り過ぎて、助手で誘って、論文を書かせるまでの話だと思っている間に、3月まで来て胎盤も光ったわけです。山梨に連れていけることになったら本当の事を言って真実の論文を書かせるつもりでいるわけです。「小保方さん論文のインパクトを利用して」と若山さんが言っているのは内心で、小保方酸浴細胞核使用ntESの研究ですから、いずれ、京極さんの研究も、そのクローンからクローンづくりの研究ということになるわけで、本物の研究になる予定だったわけです。





一言居士
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同時に、若山先生からは若山研の研究員たちへのスフェア研究に関する実験テーマの割り振りをメールで提案された。その提案された研究テーマは胚操作の技術が必要とされるもので、私自身では行えないものばかりだった。私からは「ラボの皆さんにやっていただく用に先生の提案してくださった実験系は私には技術がなく絶対にできませんので、私には意見する資格もございません。若山研のみなそんにやっていただく実験テーマも割り振りも先生のご判断にお任せします」と返事をしていた。


2012/4/24にヴァカンティ氏が米国特許仮出願を行った。当然その前の4月の初旬にネイチャー初稿論文を提出している。リジェクトが何日であったかは知られていないが、提出とリジェクトの両方が4月中ということは分かっている。その後、2014/4/27に倫理委員会に小保方さんは若山さんとともに出席し、自分の論文のプレゼンを行った。当然キメラが出来たと発表しているのである。

私のntES説では若山さんはこのとき嘘をついたままなのである。

この下りはまだ3月です。ここで若山さんはラボ仲間を参加させているが、最初にメンバー表を添付した通り、ここに書かれた「若山研の研究員たち」というのは学生を含んでいるのです。正式の博士研究員は夫妻を除けば李と野老さんだけです。彼らは既に博士号を取得していて、李は次の就職先を探していて、野老さんは既に正式な就職先があるのですから、ただ手伝いをしているだけです。従って「実験テーマの割り振り」というのは主に学生たちへの割り振りで、糸井さんは翌月には居なくなりますから、そのテーマの割り振りは京極さんと寺下さんに博士号を取得させるためのテーマです。

この3月の時点ではネイチャー論文提出も、ヴァカンティ氏の米国特許仮出願も、倫理委員会開催も行われていない。ただ、胎盤蛍光確認は既にあったかも知れないところです。
先に桃子本の胎盤蛍光発見に関する取材記事を紹介しておきましょう。107P。
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キメラマウスの作成後、若山氏は、STAP細胞の「幹細胞化」にも取り組んだ。STAP細胞には万能性はあるが、ES細胞やiPS細胞のようにほぼ無限に増える自己増殖能がない。若山氏によれば、万能性と増殖能を併せ持つ幹細胞は、小保方氏が若山研に来た当初から作りたいといっていたものだったという。
「小保方さんが作っていて、いつまでもできなくて苦しんでいたので、僕がキメラ実験をやるときに残った細胞で作ったら簡単にできた。初めてキメラが生まれたときの細胞でできたんです」と若山氏は語る。使ったのは、ES細胞に適した培地で、これにSTAP細胞を移して培養すると、ES細胞によく似た万能細胞(STAP幹細胞)に変化したのだった。この細胞を使ったキメラマウスも生まれ、ES細胞と同等の万能性を持つことが確かめられた。
時期は不明だが、STAP細胞が胎児だけでなく、胎盤にも分化する、という「発見」もあった。ある関係者は、そのときのことを次のように記憶している。
「小保方さんが持ってきた試料を見ると、確かに胎盤が光っているので皆『おおっ』と驚きました。でも、胎児の血液が流れ込んで光っている可能性もあるので、ちゃんと胎盤の切片を作って分析すべきだ、と数人が指摘しました。そうしたら彼女が後から『GFPがポジティブ(陽性)でした』と報告してきたんです」
小保方氏の報告によれば、胎盤の組織にもSTAP細胞由来の細胞が存在し、緑の蛍光を発していたということになる。若山氏は、比較用に、ES細胞から作ったキメラマウスの胎盤も作り、小保方氏に渡した。だが、その切片の分析結果の報告は受けないまま、山梨大学に移ったという。


キメラも出来てないのに<若山研に来た当初から>幹細胞を作りたいなんて言うはずが無いのですが、『あの日』の説明とは完全に対立しているこの聞き書きは参考のためによく覚えておきましょう。






一言居士
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それからは若山先生の指示で、研究室の多くのメンバーが論文化のための実験を手伝ってくれた。私は、若山先生による研究指導や実験データの確認に加えて、その合間に若山先生から、「実験機器の使い方を教えてほしい」と頼まれセルソーターと呼ばれる機械を使うなど、一緒に実験をすることも多かった。


この「論文化」というのは「幹細胞株化の論文」のことで自分の論文ではありません。そちらはほぼ後のアーティクル論文の内容ですから、酸浴細胞の作り方と、その3胚様分化実験に、遺伝子発現解析です。そこにナイフ切り分けでキメラが出来たという嘘が加わっている論文で、4月に提出されて4月中にリジェクトされた。
ですから、これは若山さんの研究の手伝いなんです。3月の話ですが、既に胎盤蛍光が発見された時期の辺りです。後に「2012年4月頃には」TSlike細胞の誘導培養を始めていたと書かれているので、STAP細胞由来キメラの胎盤蛍光発見は3月頃だと分かるわけです。私の説では小保方酸浴細胞核使用ntESの胎盤が光ったということです。これはナイフ切り分けキメラの嘘とは無関係な本物の発見だということです。

「他の人に実験を頼むよりも自分で実験したほうが確実、などと言っている余裕はありません」という若山さんの言葉の背景に、研究所所長に決まっているということと、何か新発見したというワクワク感とザワザワした感情を読み取るのは私だけでしょうかね。

<「実験機器の使い方を教えてほしい」と頼まれセルソーターと呼ばれる機械を使う>という小保方さんの記載を第三者が外から見ていると、若山さんが小保方さんと仲良くなりたがって、助教に来て欲しいと"粉を振っている"光景にしか見えませんよね。自分のところにあるセルソーターの使い方を大先生が自分が知らないから教えてくれなんて言うわけがない。下心があるに決まっているのに、小保方さんは自分が助教に誘われていたということを忘れて、無頓着に書いてますが、こういうところは彼女の客観的描写筆力なのか、若くてただトッポイだけだったのかは分かりませんね。後に相澤さんに叱られていますから、オボさんだったのかもしれません。
しかし、こういうのは実際にその人を知らないと分からないことなんでしょうね。少なくとも嫌な女なのに自分の研究室に助手として採用したいと思う人なんていません。



一言居士
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この頃にはまだ未申請であった、ヒト細胞を使った実験に関しても、「行ったのはその承認後だったということにすればいいだけです」とメールで指示される程だった。


2012年2、3月の話ですね。この実験は実際に行われていて木星リストにちゃんと書き込まれている。以下です。

https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/b/5/b5863332.png


この件に関する倫理委員会は4月27日に開かれた。自己点検委員会報告書4P。
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⑥2012年4月27日、小保方氏は神戸研究所(2013年4月から神戸事業所)研究倫理第一委員会において STAP現象に関する説明を行い、その研究内容は、同委員会の内部委員であった松崎文雄 GD 及びオブザーバーの竹市センター長の知るところとなった。なお、西川GDも内部委員であったが、既にSTAP現象を認識していた(上記⑤)。その際、小保方氏はSTAP細胞をiPS細胞と比較し、その優位性に言及した。


2月から3月に掛けて若山さんは自分の血液を提供して小保方さんに酸浴細胞を作らせようとしていたということです。その実験結果のサンプルが「若山さんの血液細胞からSTAP作成(6種類の培地)」と小保方さんが説明した以下です。

①125番 ACTH Teru-1
②126番 3i Teru-1
③127番 ES-L Teru-1
④128番 KSR Teru-1
⑤129番 B21-L Teru-1
⑥130番 KSM Teru-1

この実験を若山さんは1カ月遅れで事後申請したわけです。それが研究倫理第一委員会です。竹市さんはこの席上でSTAP研究を始めて知ったとされていて、このことが後に小保方さんを理研で採用しようという発案の契機になったとされている。
従って、これが事実なら、若山さんの研究所所長人事の追加決定はSTAP細胞研究とは無関係に決定されたということになります。ここは既に4月ですから若山さんに1年間の延長が認められていて非常勤TLになる人事決定通知は既に3月以前にメンターの西川さんから知らされている。そうでないと引っ越ししなければならないし、在籍者の進路も決めてあげないといけない。そして副所長の西川さんが知っているということは当然竹市所長が知っていて、更には研究所長人事なのですから、野依さんも知っていれば、当然文科省の官僚たちも知っているということなのです。

そうすると、この追加人事案は西川さんが進言してあげて、竹市さん、野依さん、文科省という順番で上がっていった事案で、この時にはSTAP研究の件は触れられていないと思われますね。2011年11月のキメラが出来たという件は若山さんは西川さんに言ってないと思います。というのも私は小保方蛍光細胞核使用ntESの別実験だと思ってますから、このキメラを西川さんに出来たなんて言うはずがない。あくまでも小保方さんに対して嘘をついているのは引き留めのためだと見ていますからね。ただし、実験自体は本物ですよね。そんな研究をしてはいけないなどと言う規則はありません。

手記92Pに2011年の末のころの記載がある。
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理研CDBのPI(プリンシパル・インベスティゲーター)と呼ばれる研究室主催者のポジションは基本的に任期制になっている。私が若山研に客員研究員として在籍している間、若山先生はちょうど10年の任期期間を終え、次の就職先を探す活動をしておられた。実験中に、「就職活動はなかなか難航している」というお話を耳にすることもあったが、翌2013年の4月からは無事、山梨大学の教授に就任することが決まったと、研究室のメンバーに連絡がされた。理研での若山研は2013年の3月で一旦解散となる。若山先生は私を「山梨大の助教のポジションを用意しているから一緒に来て欲しい」と熱心に誘ってくださるようになった。


つまり小保方さんは2012年3月が若山さんの任期期限で4月から正式に山梨大の教授に就任している事を知らないわけです。客員ですから余り詳しく説明されてないわけです。李はこの時から就職活動を始めて8月に職を得て帰国したわけです。みなそれぞれ準備しなければならないが、野老さんはそもそも病院勤務ですから就職活動はしなくていいんですね。名古屋に帰るだけです。坂出さんは理研に残りましたし、山中さんは大阪万博館に職を得た。学生は勉強しているだけですから元の大学の指導教官の指示に従うわけです。糸井さんはですから3月で退所したわけで、京極さんはその後博士号を得て、理研に採用された。寺下さんはその後笹井さんの指導を期待されて小保方研に預けられたわけです。若山夫妻の情報提供元にもなっていて、論文の進捗なんかを聞き出しているわけです。

なぜ若山さんがそんなにのめり込んで言ったのかの背景に研究所所長人事が決まって、山梨大に予算を取ってくる期待感に関してのプレッシャーがありましたかね。ここはちょっとまだ分からないところです。
デイナ・ドッドイヤー女史がザ・ニューヨーカーに寄稿した取材記事にヴァカンティ氏が若山さんがSTAP研究を自分のプロモーション活動に利用したと思っているらしい記載があって、小保方さんもそう思っている節がありますが、どうもこの辺りの時系列を考えると、そうでもない気がしますよね。そもそも若山さんの実績からして研究所所長というのはSTAPとは無関係にそれほどおかしな待遇でもありませんよね。
小保方さんはそういうことに疎いので<「就職活動はなかなか難航している」というお話を耳にする>につけ、若山さんが自分の事だけを言っていると思っているようですが、実際には一番弟子の岸上さんは既に別の大学の教授になっていましたが、若山さんの転任時には同じ山梨大の教授になっているわけですから、プロモーション活動というのは自分の事だけではないわけです。


一言居士
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「第5章 思いとかけ離れて行く研究」

2012年3月になると私には、若山先生から若山研のメンバーをフルに使って急いで幹細胞株化の論文を仕上げるように指示が出された。指示されたメールの中には、「他の人に実験を頼むよりも自分で実験したほうが確実、などと言っている余裕はありません」とまで書かれ、論文執筆をかなり急がされた。



小保方さんは2012.1.23の月曜日に米国から日本に戻ってきました。Ooboeさんのパートナー氏取り寄せ資料で明らかですね。

https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/f/c/fc5ac908.png

4週間後にあたる翌日の24日に12/27Harukoを切り出してHE染色だけして免染はしなかったんですね。なんか変だったということですよね。若山さんが小保方さん引き留めのために嘘をついているので、テラトーマもできるように上から幹細胞を注射したんですね。だからアルイミオウジ氏が発見したoct4-GFPの痕跡が残り、リシピエントのICRマウスのインナーセルマスからGFPの無いテラトーマ組織ができたんですね。無論、小保方さんはそんなことは知らないし気づけないので、ただ出来すぎているので変だと思ったから免染しなかったんですね。
そして最初のFLS、FLB、GLSの実験のための酸浴細胞作りを指示された。7日かかりますから1/25から1/31が7日目だと計算があいますね。
キメラ実験も同時に行いますからそこから胎児なら10日とか出産なら20日掛かるので、結果が分かるのが2月の後半だということも分かる。また、最初のネイチャー論文には例の特許出願書にある表の実験も行われているので実はBDF1のキメラ作製実験も3月中までには結果が出ている。以下ですね。

https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/2/0/20b32d88.png

BDF1のシングルで出来ていることになっていることに注意が必要です。このデータは若山さんから小保方さんに渡され、小保方さんからヴァカンティ氏に中継されて2012/4/24の米国特許仮出願時の添付書類になっているのですから小保方さんは知っているし、4月提出の論文にも使っているのですから当然知っている。
後にこのシングルの結果が2報論文で外されたことに関しては若山さんと小保方さんの間で何かしら示し合わされたことがあるということは覚えて置かなければなりませんね。
2月から3月のどこかの時点で山梨大の助手のポストで誘われています。若山さんはこれを言いたいがために小保方さんを引き取めているんですね。前年の時点ではまだ人事秘が解けていないから言えなかったのです。しかし、プロポーズしたが小保方さんの返事が何であったかは分からないが、色よい返事ではなく、結果的には10月にヴァカンティ氏の許に戻るまで返事をしていなかったのですよね。
そういう状態での「2012年3月になると」という意味ですが、書かれていることは事実で、その根拠はメール指示なので小保方さんはPC内に日付付きのデータを持っていて、これが編集者と三木弁護士のリーガルチェックを経ているからです。
「論文執筆をかなり急がされた」が結果的にはレター論文が笹井さんによって書かれるまでできませんでしたね。
「他の人に実験を頼むよりも自分で実験したほうが確実、などと言っている余裕はありません」という若山さんの内心に何があるのかは推測するよりありませんが、3月時点では山梨大研究所所長人事は決まっている。というのもそうでないと引っ越ししなければなりませんから、こんなことをしている暇はないわけです。1年間理研内で非常勤TLになることは既に決まっているということです。



学さんへ

一言居士
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一言居士さん、
ご指摘のように、そのばに居合わせる複数のスタッフがいるにも関わらず、誰も何も言わないことが最大の謎ですね。桂報告書に対する無言の抗議でもありますね。


これから文献批判に入りますが、当時のラボ内に誰が居たのかということを具体的に確認しておくのが大事ですね。何事も抽象的に考えているだけでは気づけないことが多いです。
「第5章 思いとかけ離れて行く研究」の描写している時期は2012年のことです。

1.若山さん(ラボ主催者)
2.奥さん(博士研究員)
3.李(男性博士研究員:中国人:2012/8帰国)
4.野老さん(女性博士研究員:レター共著者、名古屋不妊手術病院からの技術獲得研修)
5.小保方さん(常勤客員博士員研究員)
6.坂出さん(女性テクニカル・スタッフ:ベテラン、現在も理研勤務)
7.山中さん(女性テクニカル・スタッフ:バ感想さん、大阪万博館勤務)
8.京極さん(男子学生:現在博士号取得後理研勤務)
9.糸井さん(男子学生:小保方さんにGOF ESを分けてくれた人:2012/3末で研修終了退所)
10.寺下さん(女子学生:小保方研に預けられていた人、レター共著者)
11.平内さん(女性事務スタッフ)

https://livedoor.blogimg.jp/thomasmcknight-ffwi5no2/imgs/5/4/54282f2f.png

総勢11人です。既に若山さんは山梨大の教授就任は早くに決まっていて実際に2012.4から正式には山梨大教授です。退所間近なので本格的な研究員は残していない。前年の末以降のどこかの時点で当初人事に追加されて研究所長兼務が決まって、その建物建設のために1年の延長が決まっているので、その間に学生たちに博士号を取得させてあげる指導をしているという時期です。小保方さんには既に年初に山梨大の助手のポストを提示して誘っているが、イエスの返事は貰ってない。




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